meristem less) ja CLAVATA muteerumisel STM on vajalik tsentraalsete meristemaatiliste rakkude (CZ) säilitamiseks ja taastootmiseks – muteerumisel ilmselt meristeem kaob CLAVATA soodustab rakkude diferentseerumist organite algmeteks, kui geen muteerunud, muutub meristeem suureks Mis funktsioon on geenidel KNAT ja KNOTTED vastavalt müürloogas ja maisis. Millises taime piirkonnas nad ekspresseeruvad? Mis toimub nende ekspresseerumisel piirkondades kus nad normaalselt ei avaldu. -Geenidel on oluline roll meristeemide püsimisel.Tipumeristeemide tsntraalsete meristemaatiliste rakkude säilitamiseks ja taastootmiseks – tagavad rakutsükli säilimise ning rakkude uuenemise. -Diferentseerunud rakkudes on nende ekspressioon pärsitud, nad ekspresseeruvad näiteks võrse tipumeristeemis.
rakus surmakutsaritena: teatavad, et nüüd on katastroof, tõmbame heaga ise stepsli seinast välja. Kuidas vanast rakust uus saab. Apoptoosi puhul on võtmeküsimuseks surmata rakud nii, et ei tekiks põletikku. Piltlikult öeldes: rakkude sees olev sodi ei tohi sattuda rakkudevahelisse ruumi ekslema ega segadust tekitama. Seetõttu käib apoptoosi määratud rakus keskkonnateadlik jäätmekäitlus. Kui ühel või teisel moel on saabunud korraldus vaikselt hukkuda, ekspresseeruvad geenid, mis vastutavad rakku seestpoolt lagundavate valkude valmistamise eest. Jämedates joontes võib sellised valgud jagada kaheks: nukleaasid teevad tükkideks DNA ehk pärilikkusaine; proteaasid lammutavad pilbasteks rakus olevad valgud. DNA- d lõhkuvaid ensüüme on omakorda mitut masti: mõned hakkavad pärilikkusainet viilutama otstest, teised saevad teda väiksemateks juppideks keskelt. Ka proteaase on spetsiifilisemaid ja universaalseid.
PI seostub RNA-ga RNAst tuleb lahti saada. Paljud rakud lähevad G1-st G0 ja seega G1 rohkem rakke. Ülemised helendavad rohkem. Immuunofluorestsents. Aktiinifiibrite ja tuuma visualiseerimine miks vaja? 1) valkude paiknemise uurimine raku sees, pinnal ja kudedes. 2) valkude ekspressioonitaseme hindamine (eri rakuliinides ekspresseeruvad valgud erinevas hulgas. 3) erinevate valkude omavaheline paiknemine ja interaktsioonid rakus. Rakkude fikseerimine PBSiga (paraformaldehüüd) rakus olevad valgud ristseotakse lüsiini kaudu rakk tardub. Triton-X lahusega jääl teeb rakumembraani auklikuks (triton-X seob endaga membraani lipiide). Tulemus: antikehad ja muud elusasse rakku sisenemisvõimetud ühendid pääsevad rakku (falloidoon ja DAPI).
· CK-BB kasvajate korral Laktaadi dehürdogenaas e. LDH On anaeroobse glükolüüsi üks võtmeensüüme. Esineb kõikide keharakkude tsütoplasmas, tema taseme tõus vereplasmas eolmneb paljude haiguste korral. Suurem LDH sisaldus südamelihastes, skeletilihastes, maksas, erütrotsüütides. Isoensüümsus võimaldab tema plasmamuutuse järgi hinnata just nende kudede kahjustusi. (nt müakrdiinfarkti diagnostika). On heteropolümeerne isoensüüm: H (heart) ja M (muscle) SU ekspresseeruvad kudedes erinevalt (heteropolümeerne koespetsiifiline isoensüüm). Neljast subühikust kombineeruvad viis isovormi: Südamelihas Erütrotsüüdid Neerud Skeletilihas Maks LDH1 HHHH 4+ 3+ + LDH2 HHH M 4+ 3+ + LDH3 HHMM + + 2+ + + LDH4 HMMM 2+ 2+ 2+
Anterio-posterioorse telje areng ja peamised faktorid ZPA määrab anterio-posterioorse (pöial-väike sõrm) telje. Peamisteks faktoriteks on Shh, Gli3, Hox-id, BMP ja BMPi antagonist Noggin. Anterioposterioorne asümmeetria tuleneb sellest, et mesenhüümirakud jäsemepunga tagumises regioonis jagunevad kiiremini kui eespool. Protsessi kontrolivad Hox-geenid, mille perekonnad Hoxa ja Hoxd ekspresseeruvad alguses jäseme tagumises osas. ZPA-s ekspresseeritakse Sonic Hedgehog (Shh), mis vastutab sõrmede-varvaste tekke ja arvu eest. Sõrmedevaheline mesoderm, Shh, Gli3, BMP ja Hoxd-de perekond vastutavad sõrmede identiteedi (keskmine, väike, nimetissõrm jne) eest. Shh ekspressioon väljaspool ZPA’d põhjustab lisavarvaste teket (polüdaktüüliat). Shh puudumisel tekib ainult pöial, kui Shh ja Gli3 puudu, tekib palju identideedita sõrmi. BMP gradient
vähesel määral. Selgroogsete rakkudes: peremeesraku transkriptsiooni ja translatsiooni mahasurumine, apaptoosi indutseerimine. Alfa-viiruse genoom Alfa- viiruste genoomne RNA on ca 12 kb pikkune. Teda iseloomustaks: Genoom 5’-otsas cap-struktuur; Genoom 3’- otsas asub polyA järjestus, ca 70 jääki; 5’-terminaalne 2/3 genoomi kodeerib mittestruktuurseid valke (NSP, ekspresseeruvad otse genoomilt). 3’- poolne 1/3 genoomi kodeerib struktuurseid valke (SP) ja ekspresseerub sgRNA kaudu. sgRNA sünteesitakse infektsiooni käigus (virionides seda ei ole) subgenoomselt promootorilt viiruse RdRp poolt. sgRNA on capeeritud ja polüadenüleeritud. Seondumine rakule ja sisenemine rakku Rakkudesse sisenemiseks kasutatakse alternatiivseid retseptoreid. Alfa-viiruse antiretseptoriks on E2 glükoproteiin. Retseptor-antiretseptor interaktsioon
9. Millised muutused võrse tipumeristeemi ehituses toimuvad geenide STM (shoot meristem less) ja CLAVATA muteerumisel STM - väheneb tipumeristeemi tsentraalsete meristemaatiliste rakkude hulk (CZ). CZ rakkude säilitamine ja taastootmine CLAVATA meristeemid on ebapropotsionaalselt suured. Rakkude jagunemine on pärsitud. Vajalik organialgmete diferentseerumiseks. 10. Mis funktsioon on geenidel KNAT ja KNOTTED vastavalt müürloogas ja maisis. Millises taime piirkonnas nad ekspresseeruvad? Mis toimub nende ekspresseerumisel piirkondades kus nad normaalselt ei avaldu. Produtseerivad homeodomeenseid TF-e, mis vastutavad tipumeristeemi säilitamise ja taastootmise eest. Kui ekspresseeruvad kohas, kus ei peaks, põhjustavad sagaraid vales kohas. 11. Milliste geenide ekspresseerumise transkriptsioonitasandiline kontroll on reguleeritud valgusega (nimetage vähemalt kolm geeni) nitraadireduktaas, Rubisco väike subühik, LHC valgud 12
Noori moodustuvaid tsitruseliste vilju pritsitakse IAA lahusega. Kambiumi aktiveerumine kevadel Juhtkudede diferentseerumise esilekutsumine kalluses IAA mõju geenide ekspressioonile Tuntud on valguline auksiini retseptor ABP1 (ingl: auxin binding protein). Kõik auksiinist tingitud reaktsioonid ei ole vahendatud selle retseptori poolt, sest antikehad selle valgu suhtes sageli ei pärsi reaktsioone IAA suhtes. Lokaliseerunud ER-is ja vähesel määral rakumembraanis. Auksiini toimel ekspresseeruvad geenid jaotatakse kahte rühma: 1. Varased (ekspressioon stimuleerub juba olemasolevate trans faktorite toimel), ekspressiooni ei pärsi valgu sünteesi inhibiitorid, IAA toime ilmneb juba minutite/tunni möödudes. Eristatakse mitmeid valkude rühmi: a. Osalevad kasvu ja arengu regulatsioonis AUX, SAUR (väikese molekulmassiga 9-10 kDA valgud, mis sarnanevad transkriptsioonifaktoritega seostumiskoht DNA-le, kiire turnover), rakkude kommunikatsioonis
T-rakud, mille eemaldamine on oluline, et tagada organismi enese kudede vastane tolerantsus. Negatiivne selektsioonil osutub määravaks antigeeni seondumise tugevus T-rakuga, liiga tugev signaal viib raku apotooosi. Ehk siis perifeeriasse pääsevad vaid need T-rakud, mis tunnevad ära oma MHC- peptiid molekule kuid ei oma olulist afiinsust self peptiidi suhtes. AIRE – autoimmuunregulaator, mis ekspresseerub tüümuses. Tänu AIRE’le ekspresseeruvad tüümuses kehaomased antigeenid ning tänu sellele saab tüümuses toimuda T-rakkude negatiivne selektsioon. Mutatsioonid AIRE geenid võivad esile kutsuda autoimmuunhaigusi. 6. Immunoloogiline tolerantsus (tsentraalne ja perifeerne). Immuunsüsteemi funktsioon: kaitse haigustekitajate eest (neid elimineerides); tolerantsus oma kudede suhtes (tüvirakkudest genereeritud T ja B lümfotsüütide abil; TCR ja BCR oluline roll); st
Üldise stressivastuse käigus on indutseeritud paljud "heat shock" valgud, millest osa on molekulaarsed shaperonid. Molekulaarsed shaperonid osalevad valkude pakkimisel, makromolekulide assambleerimisel ning valkude transpordil ja translokatsioonil läbi membraani. Olles oma funktsiooni täitnud, vabanevad nad lõpproduktilt ilma seda eelnevalt keemiliselt muutmata. 23. Kuidas on kontrollitud kuumashoki geenide avaldumine bakteris E. coli's? Kuumashoki valgud HSP-d (heat shock proteins) ekspresseeruvad basaalsel tasemel ka normaalsel temperatuuril. Enamus HSP-sid molekulaarsed shaperonid ja ATP-sõltuvad proteaasid (Lon, ClpAP), mis osalevad valkude voltimisel, assambleerimisel, transpordil, reparatsioonil ja degradatsioonil. Hsp70 perekond - siia kuulub DnaK, mis toimib koos GrpE ja DnaJ-ga ning on eeskätt stabiliseeriva funktsiooniga. Hsp60 perekond - siia kuulub GroEL kompleks, mis on tõeline shaperon, organiseerides valkude voltimist aktiivsesse konformatsiooni. E
Tugi ja liikumissüsteem. 16. Rakutuuma osised. ...?! 17. Kromosoomide struktuur. Eukarüoodi DNA on jaotunud mitmeks individuaalseks elemendiks e. kromosoomiks seda tõenäoliselt selleks, et genoom oleks rakus lihtsamini ja efektiivsemalt manipuleeritav. Kromosoomis on DNA püsivalt seotud valkudega, mis pakivad DNA kaksikahela ning loovad rakupõlvkondades säilivaid struktuurseid seisundeid, kus geenid on kas püsivalt inaktiveeritud, püsivalt ekspresseeruvad või saavad alluda jooksvale regulatsioonile. Kromosoomide spetsialiseerunud piirkonnad nagu näiteks tsentromeer, telomeerid, satelliidid või kromomeerid on naaberaladest visuaalselt eristatavad ja täidavad erinevaid funktsioone. Taolise lineaarse diferentseerituse taga on unikaalse ja kordusDNA alade paiknemine kromosoomis ning eu ja heterokromatiini erinev kokkupakkimine, mida saab in situ hübridisatsiooni ja diferentsiaalvärvimise meetodite abil kromosoomitasandil nähtavale tuua.
(PRR), mis tunnevad ära patogeenidele omaseid molekulaarseid struktuure (Pathogen Associated Molecular Patterns - PAMP). PAMP need on kindlad molekulid ja struktuurid, mida leidub vaid prokarüootidel. PAMP-e toodavad vaid mikroobid ja seega kaasasündinud immuunsüsteem on võimeline tegema vahet oma ja võõra vahel. 3. Joonista adaptiivses immunsuses osalevad tähtsaimad molekulid: Ig, TCR, MHCI ja MHCII, millistel rakkudel need ekspresseeruvad, millistele struktuuridele seonduvad/milliseid peptiide seovad ja mis neid iseloomustab? alfa beeta Ig (BCR) ekspresseerub B- raku pinnal. B- rakk tunneb ära kas lineaarseid või konformatsioonilisi epitoope (valgulisi, karbohüdraatseid ja lipiidseid). TCR ekspresseerub T- raku pinnal. T rakk tunneb ära ainult lineaarseid peptiidseid epitoope mis on seondunud MHCII või MHCI molekulidele. TCR
2) vahepealne kiht on HLA negatiivne ja 3) väliskiht,mis pole intaktne ning seal ekspresseeritakse mitteklassikalist HLA-I. Lokaalselt toimub eelkõige HLA ekspressiooni alusel platsentabarjäär. Moduleerib lokaalselt ema immuunsüsteemirakkude vastust. HLA geenid ja HLA aheldatud geenid mõjutavad gameetide arengut, embrüo lõikamisi, blastotsüsti ja trofoblasti moodustumist, implantatsiooni, loote arengut ja ellujäämist. HLA klass I antigeenid ekspresseeruvad invasiivsel trofoblastil ja on olulised ema-loote piiril. HLA-G on oluline loote kaitsmisel ema natural-killer rakkude eest, mida on palju trofoblasti tungivates rakkudes. HLA-E aitavad lootel vältida ema immuunsüsteemi järelvalvet, tõenäoliselt interakteerub NK-rakkude inhibitoorsete retseptoritega. Ehk HLA-E molekulid kaitsevad samuti loodet ema immuunvastuse eest normaalse raseduse käigus. Triin Laisk-Podar 1 Milline on munasarjade funktsioon
38. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. Sai vist juba 35das küsimuses kirjeldatud. 39. Kirjelda protsesse, mille tulemusena tekib ühest pre-mRNAst hulgaliselt erinevaid mRNAsid. Aleternatiivne splaising. Splaissimise käigus lõigatakse välja ka erinevas kombinatsioonis eksoneid. Sellist splaisingut reguleeritakse tavaliselt rakutüüp-spetsiifiliselt. Üheks võimaluseks on splaisingu regulatsioon, kus ühel geenilt pärit erinevad mRNAd ekspresseeruvad erinevates raku või koe tüüpides. Teistel juhtudel alternatiivne splaising võib toimuda samas raku tüübis vastuseks reinevatele keskkonna-ja raku arengut määravatele ¬signaalidele. Splaisingu repressorid ja aktivaatorid kontrollivad splaisingut alternatiivsete splaissaitide kasutamise kaudu. 40. Too näiteid, kuidas alternatiivne splaising muudab bioloogilist funktsiooni. Äädikakärbse sugu, näit. Eksoni vahele jätmine: D
Samuti on vajalik teatud nukleosiidide modifitseerimine (U dihüdrouridin, pseudouridin, ribotümidiin). Mõningad pre tRNAd sisaldavad introneid. Protsessing toimub nukleoplasmas. Valminud tRNAd liiguvad läbi NPC(tuuma poori kompleks) tsütoplasmasse valkude vahendusel. Rakkude diferentseerumise regulatsioon Loomsetes organismides on ~300 erinevat rakutüüpi, taimedes ~80. Diferentseerumisel erinevates suundades ei kao osa DNA-st genoomi koostisest vaid erinevates rakkudes ekspresseeruvad erinevad geenide valikud. Seda tõestavad hulgalised näited selle kohta, et nii loomades kui ka taimedes on üksikutest diferentseerunud rakkudest võimalik saada tervikorganism. Eriti kerge on see taimede puhul praktiliselt igast taime osast saab vegetatiivsel paljundamisel uue taime. Loomade kloneerimine tõestab sama. Geeni ekspresseerumise all mõistetakse tema poolt kodeeritud valgu sünteesi. Inimese rakus ekspresseerub keskmiselt ~10000-20000 tema ~30000 geenist
homeodomeenseid transkriptsioonifaktoreid;tipumeristeem ei säilu mutatsiooni korral CLAVATA- vajalikud diferentseerumiseks organite algmeteks nende geenide mutatsioonide korral meristeem muutub suureks CLAVATA muteerumisel areneb ebaproportsionaalselt suur SAM. 12. Mis funktsioon on geenidel KNAT ja KNOTTED vastavalt müürloogas ja maisis. Millises taime piirkonnas nad ekspresseeruvad? Mis toimub nende ekspresseerumisel piirkondades kus nad normaalselt ei avaldu. vajalikud tsentraalsete meristemaatiliste rakkude säilitamiseks ja taastootmiseks (geenid mis produtseerivad homeodomeenseid transkriptsioonifaktoreid KNOX klassist nagu KNOTTED1 maisis, KNAT1 Arabidopsis'es (müürloogas); Ekspresseeruvad lehealgmetes?? Tekitab mügarate teket 13. Milliste geenide ekspresseerumise transkriptsioonitasandiline kontroll on reguleeritud valgusega (nimetage vähemalt
tuumamembraane, tsütoplasmavõrgstiku ja enamikku raguorganelle. 16. Rakutuuma osised. ...?! 17. Kromosoomide struktuur. Eukarüoodi DNA on jaotunud mitmeks individuaalseks elemendiks e. kromosoomiks - seda tõenäoliselt selleks, et genoom oleks rakus lihtsamini ja efektiivsemalt manipuleeritav. Kromosoomis on DNA püsivalt seotud valkudega, mis pakivad DNA kaksikahela ning loovad rakupõlvkondades säilivaid struktuurseid seisundeid, kus geenid on kas püsivalt inaktiveeritud, püsivalt ekspresseeruvad või saavad alluda jooksvale regulatsioonile. Kromosoomide spetsialiseerunud piirkonnad nagu näiteks tsentromeer, telomeerid, satelliidid või kromomeerid on naaberaladest visuaalselt eristatavad ja täidavad erinevaid funktsioone. Taolise lineaarse diferentseerituse taga on unikaalse ja kordus-DNA alade paiknemine kromosoomis ning eu- ja heterokromatiini erinev kokkupakkimine, mida saab in situ hübridisatsiooni ja diferentsiaalvärvimise meetodite abil kromosoomitasandil nähtavale tuua.
b) regulaatorgeenid kontrollivad ja mõjutavad struktuurgeenide avaldumist. 3. Terviklikud ja mosaiiksed geenid: a) terviklik puuduvad mitteinformatiivsed nukleotiidsed järjestused; b) mosaiikne (katkendlik) informatiivsed järjestused vahelduvad mitteinformatiivsetega, mis iRNA-st välja lõigatud. Geenide omadused Geeni ekspressiivsus s.o geeni poolt määratud produkti fenotüübilise avaldumise aste. Erinevates rakkudes ekspresseeruvad erinevad geenid. Kui geen ei ekspresseeru, siis ta on penetrantne. Nt kiilaspäisuse geen naistel. Geene iseloomustab 2-kordistumine DNA replikatsioonis. Geene iseloomustab muutlikkus nii mutatsiooniline kui kombinatiivne. Geene iseloomustab konservatiivsus st. muutuste vältimine. Geene iseloomustab pleiotroopsus 1 geen osaleb üheaegselt paljude tunnuste kujunemisel. Alleel geeni eri vorm (id) (mõiste alleelsed geenid)
b) regulaatorgeenid kontrollivad ja mõjutavad struktuurgeenide avaldumist. 3. Terviklikud ja mosaiiksed geenid: a) terviklik – puuduvad mitteinformatiivsed nukleotiidsed järjestused; b) mosaiikne (katkendlik) – informatiivsed järjestused vahelduvad mitteinformatiivsetega, mis iRNA-st välja lõigatud. Geenide omadused Geeni ekspressiivsus s.o geeni poolt määratud produkti fenotüübilise avaldumise aste. Erinevates rakkudes ekspresseeruvad erinevad geenid. Kui geen ei ekspresseeru, siis ta on penetrantne. Nt kiilaspäisuse geen naistel. Geene iseloomustab 2-kordistumine DNA replikatsioonis. Geene iseloomustab muutlikkus – nii mutatsiooniline kui kombinatiivne. Geene iseloomustab konservatiivsus st. muutuste vältimine. Geene iseloomustab pleiotroopsus – 1 geen osaleb üheaegselt paljude tunnuste kujunemisel. Alleel – geeni eri vorm (id) (mõiste alleelsed geenid)
käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil uue ahela põhjal. Seda on kirjeldatud rõngaskromosoomide puhul: · Paljude viiruste genoomi replikatsioon · Geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil 55. Molekulaarbioloogia põhidogma. · Geneetiline info avaldub generatsioonist generatsiooni DNA nukleotiidides · Geenid avalduvad/ekspresseeruvad fenotüübiliselt transkriptsiooni ning translatsiooni kaudu 56. RNA tüübid: tRNA, rRNA, mRNA, snRNA ja nende funktsioonid. tRNA (transport) toimivad adapteritena translatsioonil polüpeptiidahelasse lülitavate aminohapete ja mRNA molekulis asuvate aminohappeid määravate koodonite vahel, kannavad aminohapete ribosoomi rRNA (ribosoomi) kuuluvad ribosoomide koostisesse. Sünteesitakse tuumakeses
1. Sensorkinaasi CreC poolt kontrollitud signaali ülekandesüsteem 2. Regulatsioon atsetüülfosfaadi kaudu. Atstüülfosfaat tekib vaheühendina fosfotransatsetülaasi Pta ja atsetaadi kinaasi AckA reaktsioonis: Pta AckA Atsetüül CoA + Pi atsetüülfosfaat atsetaat + ATP CoA ADP Nende reaktsioonide tulemusena inkorporeeritakse P i ATP-sse, mis on metabolismis esmaseks fosforüülrühma doonoriks. Pta ja AckA ekspresseeruvad rakus konstitutiivselt. Anaeroobsetes tingimustes on nende tase siiski 2 korda kõrgem ning märkimisväärne efekt nende ekspressioonitasemele ilmneb glükoosi nälja korral. Atsetüülfosfaadi olemasolu võimaldab rakkudel glükoosi näljas elus püsida. Atsetüülfosfaadist AckA toimel tekkinud atsetaati kasutatakse sel juhul C-allikana. Atsetüülfosfaat võib toimida ka energiaallikana ABC perekonna transportersüsteemis. In vitro katsetes on näidatud, et atsetüülfosfaadi kõrge
- Glükoos inhibeerib cAMP moodustumist. - Glükoosi olemasolul on [cAMP] madal. Glükoosi ärakasutamisel [cAMP] tõuseb. Moodustub CAP-cAMP kompleks, mis seostub lac operonis oma spetsiifilise DNA järjestusega ja soodustab ekspressiooni. Kui laktoos puudub keskkonnast, siis lacI repressor seostub operaatoriga, lacZYA ei ekspresseeru. Kui laktoos on keskkonnas, siis repressor inaktiveeritud induktoriga seostumise tõttu, lacZ, lacY, ja lacA geenid ekspresseeruvad. - LacZYA geenid on tavaliselt väga madalal tasemel ekspresseerunud - Laktoosi olemasolul seostub üks tema ainevahetuse produktidest repressoriga, inhibeerides selle - Repressor ei seondu enam operaatoriga, ja lacZYA geenid transkribeeritakse - Repressoriga seostuja on induktor. - lacZYA RNA transkript on ebastabiilne ja lagundatakse ruttu. Seega, laktoosi lõppemisel või muu suhkruallika ilmumisel keskkonda taastub nende ensüümide ekspressiooni tavaline tase
- Glükoos inhibeerib cAMP moodustumist. - Glükoosi olemasolul on [cAMP] madal. Glükoosi ärakasutamisel [cAMP] tõuseb. Moodustub CAP-cAMP kompleks, mis seostub lac operonis oma spetsiifilise DNA järjestusega ja soodustab ekspressiooni. Kui laktoos puudub keskkonnast, siis lacI repressor seostub operaatoriga, lacZYA ei ekspresseeru. Kui laktoos on keskkonnas, siis repressor inaktiveeritud induktoriga seostumise tõttu, lacZ, lacY, ja lacA geenid ekspresseeruvad. - LacZYA geenid on tavaliselt väga madalal tasemel ekspresseerunud - Laktoosi olemasolul seostub üks tema ainevahetuse produktidest repressoriga, inhibeerides selle - Repressor ei seondu enam operaatoriga, ja lacZYA geenid transkribeeritakse - Repressoriga seostuja on induktor. - lacZYA RNA transkript on ebastabiilne ja lagundatakse ruttu. Seega, laktoosi lõppemisel või muu suhkruallika ilmumisel keskkonda taastub nende ensüümide ekspressiooni tavaline tase
Mõnedel juhtudel heterodimeeride alternatiivsed vormid ei mõjuta DNA-sidumise spetsiifikat, pigem soodustab iga monomeeriga seotud aktivatsioonidomäänide alternatiivsete kombinatsioonide teket ning seeläbi mõjutab tekkinud dimeerse transkriptsioonifaktori aktivatsiooniomadusi. Individuaalsete Tfide aktiivsust saab reguleerida mitmeti. On teada ka inhibitoorsed valgud, mis seonduvad bZip ja bHLH valkudega ega luba viimastel interakteeruda DNAga. Rakkudes, kus need inhibiitorid ekspresseeruvad, nad represseerivad nende faktorite (bZip ja bHLH) transkriptsioonilist aktiivsust. Happelised aktivatsiooni domäänid on suhteliselt struktureerimata, juhusliku keerd-(coil) konformatsiooniga. Need domäänid indutseerivad transkriptsiooni, kui nad on kompleksis valgulise ko-aktivaatoriga. Väga hästi uuritud on imetaja CREB valgu happelise aktivatsioonidomääniga interakteeruvad valgud. CREB fosoforüülitakse rakulise cAMP taseme tõustes
isasorganismide vahel. 50. Miks nimetatakse inaktiveerunud X-kromosoomi fakultatiivseks heterokromatiiniks? Mis juhtub tunnustega, mis on määratud X-kromosoomil olevate geenidega? Inaktiveerunud X-kromosoomi nimetatakse fakultatiivseks heterokromatiiniks(Barri kehake) see-pärast, et tema geenid on vaigistatud, kromosoom on kondenseerunud ja asub nagu heterokromatiinile kohane tuumas perifeersel, membraanilähedases kohas. Siiski 10% geenidest ekspresseeruvad siiski. Tunnused avalduvad, ent mitte täielikult. 51. Mis vahendab ühe X-kromosoomi inaktivatsiooni? Millisel hetkel inaktivatsioon toimub ja kui kaua kestab? Inaktivatsiooni indutseerib RNA. X kromosoom transkribeerib RNA, mis jääb tuuma ja seondub inaktiveeritava X kromosoomi DNAga, indutseerib heterokromatiseerumise. Inaktivatsioon algab varases loote arengus suvalisel ajal ning kestab elu lõpuni. 52
juhuslik (kõik emased mosaiiksed). X inaktivatsioon toimub Xist transkripti kaudu, mis on lcnRNA – Xist katab terve inaktiveeritud X-kromosoomi. • • Geenide vanema-spetsiifiline ekspressioon ja vaigistamine (imprinting): levimine organismides, mõistete sisu ja mehhanismid. • Imprintingu korral ekspresseerub vaid ema- või isapoolne geen. Teise vanema geen on inaktiveeritud. Imetajates ekspresseeruvad imprinditud geenid embrüogeneesi kestel ja platsentas. Imprinditud geenid moodustavad ko- reguleeritavad geeniklastrid. Väikesed mittekodeerivad RNAd lncRNAd takistavad ühe ahela ekspressiooni. • • Tüüpilisemad histoonide modifikatsioonid (atsetüleerimine, metüleerimine) ja nn. ‘histooni kood’ mõiste; teada mõned näited nn. ‘aktiivsele’ ja ‘inaktiivsele’ kromatiinile tüüpilis(t)est histoonide modifikatsioonidest (e.g. kui oleks oma
integriinid vahendavad nõrke rakk-rakk ja rakk-maatriks vahelisi interaktsiooone. ECM põhikomponendid: proteoglükaanid, kollageen, lahustuvad valgud (fibronektiin). Rakk- maatriks adhesiooni moduleeritakse integriinide arvu ja aktiivsuse muutuste kaudu. Deadhesiooni faktorid võimaldavad rakkude migratsiooni ja võivad rakupinda ümber modelleerida. 11. Rakkude diferentseerumine. Eristunud/diferentseerunud rakkudel on tihti oma kindel/äratuntav morfoloogia ja neis ekspresseeruvad valgud on spetsifitseerunud teatud kindlate bioloogiliste funktsioonide täitmisele, mis on siis omased vaid sellele rakutüübile. Morfogeenid, nende roll rakkude diferentseerumisel. Morfogeen on aine/ühend, mis kontsentratsioonist sõltuvalt määrab ära rakutüübi identiteedi. Morfogeeni pidev gradient kutsub esile terve rea unikaalseid rakulisi reaktsioone/vastuseid, ehkki küll vaid teatud, lõpliku arvu lävikontsentratsiooni väärtuste juures
Antigeeni esitlevad rakud: dendriitrakud, monotsüüdid/makrofaagid ja B-lümfotsüüdid, mis ekspresseerivad oma pinnal MHC klass II valke. Loomulikud tapjarakud e. NK-rakud. Need on suured granulaarsed lümfotsüüdid, mis tapavad viirustest nakatanud rakke ja kasvajarakke. Põhilised koesobivuse kompleksi valgud. Põhilised koesobivuse kompleksi (ingl. k. major histocompatibility complex, MHC) klass I valgud ekspresseeruvad enamikul rakkudel, klass II valgud aga ainult antigeeni esitlevatel rakkudel. Inimesel nimetatakse neid HLA-I ja HLA-II valkudeks (ingl. k. Human Leukocyte Antigen). Erinevate T-lümfotsüütide ja NK-rakkude funktsioonid. Tsütotoksiline T-lümfotsüüt tunneb ära viiruse peptiide kui need on eksponeeritud MHC klass I molekulide poolt nakatunud raku pinnal. Nad aktiveeruvad ja lüüsivad rakke eraldades tsütotoksiine (perforiinid ja gransüümid).
Esinevad luuüdis, lümfisõlmedes, põrna valges pulbis, tonsillides, gastrointestinaaltrakti lümfaatilises koes. Moodustavad lümfifolliikuleid, mille aktivatsioonil arenevad folliikuli keskel heledamalt värvuvad idutsentrid blastrakud, millest üks osa moodustab mälurakud ja teine osa transformeerub immuunglobuliine sünteesivateks plasmarakkudeks. B-lümfotsüüdi pinnal on IgM pinnaantigeen, mis määrab pinnaretseptori. Sellele lisaks ekspresseeruvad pinnal veel CD19, CD20 ja CD21 molekulid. Küpse B raku pinnal on retseptoriteks membraan seotud antikehad. Ekspresseerib veel teisi molekule membraanile: B220- sageli kasutatakse B-raku pinnamarkerina, ei ole unikaalne. CD40 reageerib TH pinnal oleva CD40-ga. MHCII molekulid lubavad B-rakul antigeeni esitleda. CDR 1 ja CDR2 on retseptorid komplemendi valkude jaoks. B7-1 ja B7-2 on retseptoriteks TH jaoks. Puhkab B-rakk on väike. Antigeeni poolt aktiveeritud B rakk läbib rakutsükli.
ja isasorganismide vahel. 50. Miks nimetatakse inaktiveerunud X-kromosoomi fakultatiivseks heterokromatiiniks? Mis juhtub tunnustega, mis on määratud X-kromosoomil olevate geenidega? Inaktiveerunud X-kromosoomi nimetatakse fakultatiivseks heterokromatiiniks(Barri kehake) see-pärast, et tema geenid on vaigistatud, kromosoom on kondenseerunud ja asub nagu heterokromatiinile kohane tuumas perifeersel, membraanilähedases kohas. Siiski 10% geenidest ekspresseeruvad siiski. 51. Mis vahendab ühe X-kromosoomi inaktivatsiooni? Millisel hetkel inaktivatsioon toimub ja kui kaua kestab? Inaktivatsiooni indutseerib RNA. X kromosoom transkribeerib RNA, mis jääb tuuma ja seondub inaktiveeritava X kromosoomi DNAga, indutseerib heterokromatiseerumise. Inaktivatsioon kestab elu lõpuni. 52. Milles seisneb alternatiivne splaissing ja kuidas võiks see kaasa aidata organismide paremale kohastumusele keskkonnamõjude suhtes?
nõrgemini, nimetatakse semidominantseks alleeliks. (fenotüübilisi erinevusi saab seletada, näiteks geeniprodukti hulga kvantitatiivse erinevusega) · Juhul kui heterosügootides avalduvad mõlemad tunnused, dominantsus puudub. Sel juhul nimetatakse alleele kodominantseteks. Näiteks on inimese LM veregrupid. Kodominantsuse puhul avalduvad alleelid teineteisest sõltumatult. (kodominantsuse puhul ekspresseeruvad mõlemad alleelid sõltumatult) · 3.3. Mitmealleelsus (polüalleelsus) Geen võib esineda rohkem kui kahe erisuguse alleelina. (Mitmese allelismi klassikaliseks näiteks on küülikute karva värtust kontrollivate geenide alleelid). 3.4. Alleelide seeriad Erinevate alleelide kombineerumisel võivad nad omada erinevat efekti sõltuvalt sellest, millised alleelid on kombineerunud. Erinevad alleelide
transkriptsiooni käigus tihedalt seotud RNAP subühikute vahele, mis seletab transkriptsiooni kõrge protsessiivsuse. Eukarüootsest transkriptsioonist Eukarüootidel on reeglina rohkem geene kui prokarüootidel. Näiteks imetajatel arvatakse olevat 40 000 erinevat geeni, kuna prokarüootidel on neid rohkem kui 10x vähem. Seepärast on ka eukrüootide geenide regulatsiooni mehhanismid oluliselt komplitseeritumad. Lisaks on hulkraksetel eukarüootidel erinevad rakutüübid ja koed, milles ekspresseeruvad erinevad geenikomplektid. Eriti keeruliseks muudab geeni ekspressiooni regulatsiooni hulkraksetes organismides rakkude difentseerumine individuaalse arengu käigus, mille eri astmetel avalduvad erinevad geenikomplektid ja toimub ulatuslik geenide avaldumise ümberlülitumine. palju DNA cis elemente ja trans faktoreid Erienevalt reguleeritud geeniperekonnad 5'TOP näiteks on housekeeping geenid Üheaegselt avalduvatel geenidel sarnased faktorid (osaliselt kattuvad) ja ka
osas ja ligand ephriin B2 posterioorses osas. Nende valkude toimel toimub rakk-rakk eemaletõukumine. Esimene somiit tekib kõrvavesiikulist tahapoole, järmised somiidid tekivad presomiitilisest mesodermist, mis on segmenteerumata, regulaarse intervalli tagant anterio-posterioorsel teljel. Somiitide teke kummalegi poole neuraaltoru on sünkroonne, somiitide tekkeks kuluv aeg on täpselt determineeritud ning täpselt reguleeritud erinevate molekulaarsete mehhanismide poolt – tsükliliselt ekspresseeruvad geenid – see omakorda võimaldab embrüo vanust hinnata (hiir 65 paari; inimene 38-45 paari, kana 50 paari, madu 500 paari). Kui posterioorses osas on somiitide formeerumine alles algjärgus, siis anterioorses osas diferentseerub somiit juba erinevateks kudedeks. Somiidi spetsialiseerumine ja regionaliseerumine Segmenteerumata paraksiaalne mesoderm on eelnevalt juba determineeritud vastavalt oma positsioonile A/P telje suhtes.
kaks eelnevat asja ei mõju, suunatakse rakk apoptoosi. Globaalset translatsiooni inhibeerivad asjad: IF2 või IF 4 fosforüleerimine IF2 A kinaas – PKR (protein kinase R) IF4 – mõjutas skaneerimist ühe mRNA translatsiooni aktiivsuse regulatsioon käib üle 3’ UTR-i, kus on cis- järjestused, millega seonduvad TRANS-faktorid. Toimub spetsiifiline mRNA aktivatsioon või repressioon More Antisense RNA - mRNA-ga komplementaarne RNA. Nt. inimese neerupealise rakkudes. Kaks mRNA-d ekspresseeruvad samades rakkudes, kus nad seonduvad ja valku ei tule. - Kaheahelalised (20-25 nukleotiidi) 1) siRNA – small interfering RNA – pärineb pikkadest kaheahelalistest RNA-dest või on tegemist viirusega. Seondub translatsiooni reguleerijana. Seondub ja RNA lagundatakse ära. 37 2) micRNA – microRNA – väikesed genoomis kodeeritud RNA-d. Suudavad modifitseerida DNA-d ja vaigistab geeni. PTGS – post-translational gene-silence
annaabi.ee 
