Tallinna Tehnikaülikool Protokoll Valgu kontsentratsiooni määramine Bradfordi meetodil Tallinn 2012 Spektrofotomeetria põhialused. Valguse neeldumine keskkonnas on kirjeldatav järgmise skeemiga: , kus I0 - pealelangenud kiirguse intensiivsus; d - valgust neelava kihi paksus; I1 - paksusega d neelava kihi läbinud kiirguse intensiivsus. Valguse neeldumise mõõtmiseks kasutatakse kahte erinevat, kuid omavahel seotud parameetrit: 1. T - Läbilaskvus (transmittance) , mida väljendatakse protsentides. I T= I0 2. A - Absorbtsioon (absorbance), mis on seotud I ja I0ga ning T-ga järgmiselt: I0 A = log = - log T ...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL MATEMAATIKA-LOODUSTEADUSKOND Geenitehnoloogia instutuut Praktiline töö nr. 2 SDS-PAGE Protokoll Koostaja: XXXXXX Juhendajad: Katrina Laks, Merlin Friedemann Tallinn, 2015.a Teoreetiline osa. Elektroforees on makromolekulide eraldamine elektrivälja toimel. SDS-PAGE (naatrium- dodetsüül sulfaat polüakrüülamiid geel elektroforees) on laialdaselt kasutatav valkude elektroforeetilise eraldamise meetod, kus valkude denatureerimiseks kasutatakse SDS-i. SDS (ka laurüül sulfaat) on anioonne detergent, mis seostub valgumolekulidega ja annab molekulidele negatiivse kogulaengu ning elektriväljas liiguvad nad anoodile (positiivselt laetud elektrood). Polüakrüülamiid geel piirab molekulide migreerumiskiirust, kusjuures väiksemad molekulid liiguvad kiiremini, kui suuremad molekulid. Kuna massi ja laengu suh...
Geeniperekonnad Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: *Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt k...
1. Mis on ja mida uurib genoomika Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomi kaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika),Geenide identifitseerimise, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemid jne. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud)"Sussmann, 2006. "Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni." Smit 2006. 3. Genoomika suundumused ja probleemid Paradigmade muut on viinud genoomika: 1. Strukturaalsetest uuringutest funktsionaalsetele. 2.Geenikaardi põhiselt geenide tuvastamisest järjestuspõhilisele. 3.Haiguste etioloogia (põhjusest) uuringutest patogeneesi uurimise...
Teadmata patsiendi geneetilist informatsiooni, kirjutatakse sageli välja ravimeid, mis ei mõju. Eriti on see probleemiks vähi, Alzheimeri, artriidi, diabeedi ravi puhul. Praegu kasutusel olevate ravimite sobivust hinnatakse populatsiooni keskmiste põhjal, kuid kuna kõigi inimeste DNA on erinev, on tõenäoline, et standardne ravimidoos ei sobi vähemalt pooltele inimestele. Personaalmeditsiini abil saab vältida probleeme, mis tekivad nendest erinevustest. 5. Proteoomika - Teadus, mis fokuseerub elusorganismi poolt kodeeritavate kõikide valkude struktuuri ja funktsiooni uurimisele. 6. Biotehnoloogia - on rakendusliku bioloogia valdkond, mis kasutab elusorganisme ja nende saadusi inimese tervise ja elukeskkonna parandamisel. Biotehnoloogia on tänapäevane viis lahendada keerukaid probleeme odavalt ja keskkonda säästvalt. Biotehnoloogia ühendab geneetika, rakubioloogia, embrüoloogia ja mikrobioloogia teadmisi. Seejuures põhinevad biotehnoloogia
docstxt/135102981473.txt
vallas? Keskkonna puhastamisel saab geneetiliselt muundatud mikroorganismidega kõrvaldada näiteks õlireostust. 11. Kuidas kasutatakse geenitehnoloogiat kohtumeditsiinis? Kasutatakse kohtumeditsiinis isaduse tuvastamiseks, kurjategijate ja tundmataisikute laipade identifitseerimiseks 12. Milliste teadusharude meetodeid kombineerib bioinformaatika? Matemaatika, andmetöötlus ja statistika meetodid. 13. Mida uurib proteoomika? Organismide valkude komplekte. 14. Millised on kõige kiiremini arenevad biotehnoloogia valdkonnad? · Tervishoid - üheks haruks on kujunemas bioterrorismi eest kaitse ning vastavad ennetamise ja tõrjumise tehnoloogiad. · Põllumajandus - keskkonnakaitses ja toiduainetetööstuses kasutatavaks biotehnoloogiaks. · Traditsiooniline tööstus - keemiatööstuses, tekstiilitööstuses, metsatööstuses ja elektroonikatööstuses
sisaldava toiduaine etiketil see ära märkida. 9. Vali, kas väide on tõene või väär. Geneetiliselt muundatud lehm Bessie piim sisaldab vähiravimeid. Tõene / väär Geeniteraapia on haiguste ravimine RNA manipuleerimise teel. Tõene / väär Bioremedatsioon on bioloogiliste ravimite kasutamine mürgiste Tõene / väär jäätmete eemaldamiseks keskkonnast. Proteoomika on teadusharu, mis uurib prokarüootide paljunemist. Tõene / väär Bakterid sobivad ensüümide tootmiseks hästi, sest kasvavad kiiresti, Tõene / väär tarbivad vähe toitaineid ja suudavad toota suure koguse ensüüme. Kümosiin on ensüüm, mida kasutatakse juustu valmistamiseks Tõene / väär 10. Kuidas kasutatakse viiruseid nanotehnoloogias?
sisalduvaid süsivesikuid) 10.Geenitehnoloogia kasutusvaldkonnad: 1)Põllumajandus-saagikuse suurendamine, kultuurtaimede omanduste parandamine, toiduväärtuse, maitse ja välimuse parandamine 2)Toiduainetööstus-püütakse välja töötada toiduaineid, mis tervisele hästi mõjuksid 11.Biotehnoloogiaga seotud uued teadusharud: 1)Bioinformaatika-andmete haldamiseks, analüüsimiseks, kasutamiseks tekkinud haru 2)Proteoomika-valkude avaldumistasemete ja omavaheliste seoste väljaselgitamine 3)Nanobiotehnoloogia-nanomõõkavas tehnoloogia, mis ühendatakse bioloogiliste struktuuridega, meditsiini tarbeks püütakse leiutada kehasse paigaldatavaid bioandureid, aparaate 12.Geenitehnoloogia Plussid: Vähe jäätmeid, jäätmed on ohutumad ja neid on vähe. Tooraine on odav Miinused: Saab toota vaid teatud aineid ja on tundlikkus keskkonna tegurite vastu
pikaajalist mõju. Geenitehnoloogiaga seotud teadusharud ning elukutsed GMO – organism või viirus, mille geene on geenitehnoloogiliste meetoditeg muudetud või mille genoomi on siirtatud uusi geene Funktsionaalsed toiduained – biotehnoloogiliselt töödeldud toiduained, mis peaksid aitama inimestel haigusi vältida Bioinformaatika – bioloogia ja informaatika ühendav teadusharu, milles töötatakse välja meetodeid bioloogilise info analüüsimiseks arvutites Proteoomika – teadusharu, mis uurib organismi valgukomplekti Farmakogenoomika – teadusharu, mis uurib, kuidas geneetilised erinevused mõjutavad organismide reaktsiooni ravimitele Traditsiooniline biotahnoloogia – toitude ja jookide valmistamine mikroobide abil või siis looma- ja taimearetus Tänapäevane biotehnoloogia – rakkude õppimine ja nende talitus Geenitehnoloogiat kasutatakse: Ravimitööstus (ravimite tootmine, ravimite arendamine, diagnoos,
sünteesitakse erinevate elusorganismide poolt inimkehale vajalikke või ravis kasutatavaid aineid. Näiteks suhkrutõve raviks kasutatavad nn humaan- ehk inimkeha insuliinidega identsed insuliinid on toodetud muundatud bakterite poolt. Rakendusbioloogia meditsiini haru hõlmab väga paljusid bioloogia rakenduslike harude inimesega seotud uurimisvaldkondi, näiteks mikrobioloogia (sh parasitoloogia, viroloogia jne), farmakoloogia jageneetika (sh proteoomika) kuni bioeetikani välja. Biotehnoloogia Biotehnoloogia on rakendusliku bioloogia valdkond, mis kasutab elusorganisme ja nende saadusi inimese tervise ja elukeskkonna parendamisel. Biotehnoloogia on tänapäevane viis lahendada keerukaid probleeme odavalt ja keskonda säästvalt.Biotehnoloogia ühendab geneetika, rakubioloogia, embrüoloogia ja mikrobioloogia teadmisi. Seejuures põhinevad biotehnoloogia teadmised geenide, valkude, rakkude ja isegi tervete elusorganismidega manipuleerimisel.
kindlates suundades ja tekkinud pildi järgi saab määrata elektronide paigutuse kristallis valkude uurimiseks tuleb kõigepealt nad kristalliseerida, mis on keeruline Peptiidide keemiline süntees – aminohapped liidetakse ükshaaval; et tagada liitumine soovitud järjekorras, kaitstakse ühe karboksüülrühm ja teise aminorühm reaktsiooni ajaks, hiljem kaitsvad rühmad eemaldatakse 5. Proteoomika, definitsioon Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Genoomist tulenev info ei kirjelda bioloogilisi süsteeme piisavalt.) Proteoom – kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. Proteoomika rakendused • Tevetete ja patoloogiliste kudede võrdlus • diagnostiliste markerite identifitseerimine • märklaudvalkude identifitseerimine • patoloogilistes protsessides esinevate radade uurimine
Mis on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu? Eesti Geenivaramu näol on tegemist maailma ühe suurema tervise- ja geeniandmete kogu loomisega. Kogutavad tervise-, sugupuu- ja geeniandmed on hindamatu uurimismaterjal paljude riikide teadlastele. Nii on uute avastuste juures alati ka Eesti spetsialistid. Eesti Geenivaramu projekti edu aitab kaasa mitme teadusharu arengule: inimese geneetika, bio- ja geenitehnoloogia, bioinformaatika, farmakogeneetika, proteoomika. Kes on geenidoonor? Vastavalt Inimgeeniuuringute seadusele on geenidoonor inimene, kes annab vereproovi ja kelle kohta koostatakse terviseseisundi kirjeldus. Eesti Geenivaramu Esimesed geenidoonorid Esimeste geenidoonorite andmed jõudsid Geenivaramusse 2002. aasta oktoobris. Andmekogu, mis suureneb iga päevaga, võimaldab kogutud andmeid teadusuuringutes juba kasutada. Geenidoonor Geenidoonoriks võivad saada kõik inimesed alates 18. eluaastast
seisukohale, et PSA ei ole kasvajaspetsiifiline marker, vaid pigem eesnäärme koespetsiifiline antigeen. Hoolimata mitmetest vastuolulistest seisukohtadest selle kasutamise kohta, on PSA siiski laialdaselt kasutusel olev biomarker eesnäärme funktsiooni ja kahjustuse hindamisel. [7] Viimasel aastakümnel oli tehtud suur samm analüütilises ja molekulaarses bioloogias. Avastati ja uuriti paljusid onkogeene, tuumor-suppressor geene. Hiljutised saavutused üle-genoomsete uuringute,proteoomika ja bioinformaatika vallas avaldavad suurt mõju uutele vähi biomarkerite avastamisele ja uurimisele. Tänapäevased tehnoloogiad on võimelised läbi viima suuremahulisi paralleelseid analüüse. Niisugune analüüs aitab tuvastada iseloomulikke seaduspärasusi ja identifitseerida korraga mitu markerit. Selline strateegia on nüüd valitud uute vähi biomarkerite otsimiseks.[6] Vähi biomarkerite rakendusi[muuda | redigeeri lähteteksti] · Vähi geneetilise eelsoodumuse hindamine
Elurikkuse informaatika valdkond EI tegeleb üksikindiviidi, populatsiooni, taksoni ja nendevaheliste suhete kohta käiva informatsiooni kogumise, talletamise, toimetamise, otsimise ning analüüsiga. EI hõlmab erinevates uurimisvaldkondades loodud informatsiooni: (molekulaarne) süstemaatika, evolutsioonibioloogia, populatsioonibioloogia, käitumisteadused, sünökoloogia jm. EI on osa bioloogilisest informaatikast, mis asetseb keskkonnainformaatika ja bioinformaatika (genoomika ja proteoomika) vahel ning kattub nendega osaliselt. EI moodustab bioloogiateaduste üldise infosüsteemi skeleti. Standardid TDWG - Taxonomic Database Working Group GBIF - Global Biodiversity Information Facility DNA triipkood: uus metoodika, mis kasutab kokkulepitud nn. standardgeeni lühikest DNA järjestust liikide molekulaarseks määramiseks. Liikide määramiseks mõeldud uus globaalne standard. The Consortium for the Barcode of Life (CBOL) - rahvusvaheline initsiatiiv liikide määramiseks
Vastavlt murdenurga ja murdunud kiirte tugevusele suudab kristallograaf genereerida kolmemõõtmelise pildi elektronide tihedusest kristallis. Peptiidide keemiline sünteesis liidetakse aminohapped vastavalt vajadusele ükshaaval. Et saada kindla järjestusega peptiidi, tuleb tuleb kaitsta esimese aminohappe aminorühm ja teise (s.o liidetava) aminohappe karboksüülrühm. Karboksüülrühm kaitstakse tavaliselt metüleerimisel, aminorühma kaitsmisel kasutatakse Boc või Fmoc rühma. 5. Proteoomika, definitsioon. Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Proteoom kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. IV NUKLEIINHAPPED 1. Nukleotiid, nukleosiid, deoksüriboos (valemid). Nukleotiid = nukleosiidfosfaat = lämmastikalus + suhkur + 1-3 fosforüülrühma. Enamik vabu nukleotiide on
kehatemperatuuri tõus jne). 43. Antikeha vahendatud immuunsus. Ehk humoraalne immuunsus toimub B-lümfotsüüdide vahendusel. 44. Genoomika. Molekulaarbioloogia haru, mis tegeleb genoomide uurimisega. Kujunes välja 1980ndail aastail. 45. Transkriptoomika. Uurib geeni ekspressiooniprofiili (geenide aktiivsuse alusel) mikrokiiptehnoloogia abil, mis võimaldab uurida genoomi kõiki geene. 46. Proteoomika. Uurib valke, eriti nende struktuuri ja funktsioone. Üks meetod on ntks valkude kahedimensionaalne geelelektroforees DNA ja valkude lahutamine nende suuruse alusel. 47. Süsteemibioloogia. Bioloogia haru, mis püüab molekulaar-, raku-, organismi- ja teisi tasandeid integreerides mõista, kuidas bioloogilised süsteemid toimivad. 48. Funktsionaalne genoomika. Molekulaarbioloogia haru, mis püüab genoomide sekveneerimisest saadud andmeid geenide ja valkude
Pärastpoole lülitatakse ümber teistele antikehatüüpidele. Vastus on alati polükloonne e palju eri antikehi tekib sama epitoobi vastu. Kui nakkus pikka aega püsib, valitakse kõik paremad ja aktiivsemad antikehad välja. Seda afiinsuse olulist muutust tihti laborites ei arvestata. Seroloogilist meetodit soovitatakse rangelt kasutada ainult teadusuuringutes, mitte kliinilistes! 3. proteoomika meetodid 4. PCR suht kiire vastus, ülitundlik (isegi natuke liiga tundlik), väga tootlik, väga vähenõudlik transpordi- ja säilitustingimuste suhtes, väga täpne (tuvastab patogeeni olemasolu), annab palju muid võimalusi (genotüpiseerimine nt). Puudused: 1. DNA kontaminatsioonioht. 2. Mittekvantitatiivne (võib anda valepositiivse tulemuse) 3. ei tuvasta resistentsust antibiootikumidele 4
DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika), Geenide identifitseerimisega, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemidega jne. 3. Genoomika suundumused ja probleemid. Post-genoomika e. modulaarne bioloogia: Genoomide tasemel - Molekulaarne fülogenees, võrdlev genoomika, käitumise genoomika, strukturaalne ning funktsionaalne genoomika ja proteoomika jne; Funktsionaalne genoomika oleks DNA järjestuses leiduva informatsiooni taandamine funktsioonile ehk struktuurilt funktsioonini; Metodoloogiliseks aluseks geneetilised meetodid; Genoom on erinevate DNA (RNA) molekulide (nukleaarse, mitokondriaalse, plastiidse, plasmiidse jne.) summa mingi kindla liigi rakku(de)s. Genoomide sekveneerimise ning bioinformaatika tulemused: Aheldatusgruppide leidmine, Genoomide ehituse võrdlused, Genoomse DNA, EST-de ja cDNA-de
tulemusel tekib kompleks, mis haaratakse spetsiifiliste valgete vererakkde poolt ja hävitatakse 284. Genoomika: kogu genoomi kaardistamine, tervikgenoomide struktuuri ja funktsiooni uurimine ja liikide võrdlemine, esmakordselt võttis kasutusele USA geneetik Thomas H. Roderick 1986. aastal 285. Transkriptoomia: genoomilt transkribeeritd RNA-de kogukomplekti uurimine 286. Proteoomika: organismi valkude struktuuri ja funktsioneerimise uurimine, esmakordselt võttis kasutusele Austraalia geneetik Marc R. Wilkins 1994. aastal 287. Süsteemibioloogia: uuetasandiline süsteemne käsitlusviis bioloogiliste küsimste lahendamiseks teaduste andmete integratsiooni põhjal 288. Funktsionaalne genoomika: Alt-üles lähenemine- lähtub rakus olevatest molekulidest, selgitab kuidas geenid töötavad, seosed (ahelad) geenide aju ja käitumise vahel 289
26 Rakendustest: antikehade kiibid diagnostikas, uute Interaktsioonipartnerite tuvastamine, prognostika, farmakoloogilised eksperimendid . Valgukiipidele on kinnitatud: -Antigeenid -Antikehad -Aptameerid (ka DNA v RNA) -Retseporid -Substraadid (madalmolekulaarsed) -Ensüümid 12.LCM Laserpüüdur mikrodissektsioon (LCM): LCM (Emmert-Buck; NIH) võimaldab valmistada ülipuhtaid mikroanalüütilisi preparaate teiste ,,high-throughput" genoomika ja proteoomika meetodite jaoks või otseseks diagnostikaks.Põhineb inverteeritud mikroskoobi ja madalsagedus infra-punase laseri kombinatsioonil.Tavalisele koeslaidile paigutatakse film, millele laseri toimel fikseeritakse valitud rakud või koeosad. Neid kasutatakse omakorda kas DNA, RNA või valgu eraldamiseks.Saadud materjale kasutatakse, kas mRNA profileerimisel, DNA aberratsioonide leidmisel, proteoomikas jne. 13.Mittepositsionaalsed kiibid
annaabi.ee 
