Tallinna Tehnikaülikool Protokoll Valgu kontsentratsiooni määramine Bradfordi meetodil Tallinn 2012 Spektrofotomeetria põhialused. Valguse neeldumine keskkonnas on kirjeldatav järgmise skeemiga: , kus I0 - pealelangenud kiirguse intensiivsus; d - valgust neelava kihi paksus; I1 - paksusega d neelava kihi läbinud kiirguse intensiivsus. Valguse neeldumise mõõtmiseks kasutatakse kahte erinevat, kuid omavahel seotud parameetrit: 1. T - Läbilaskvus (transmittance) , mida väljendatakse protsentides. I T= I0 2. A - Absorbtsioon (absorbance), mis on seotud I ja I0ga ning T-ga järgmiselt: I0 A = log = - log T ...
TALLINNA TEHNIKAÜLIKOOL MATEMAATIKA-LOODUSTEADUSKOND Geenitehnoloogia instutuut Praktiline töö nr. 2 SDS-PAGE Protokoll Koostaja: XXXXXX Juhendajad: Katrina Laks, Merlin Friedemann Tallinn, 2015.a Teoreetiline osa. Elektroforees on makromolekulide eraldamine elektrivälja toimel. SDS-PAGE (naatrium- dodetsüül sulfaat polüakrüülamiid geel elektroforees) on laialdaselt kasutatav valkude elektroforeetilise eraldamise meetod, kus valkude denatureerimiseks kasutatakse SDS-i. SDS (ka laurüül sulfaat) on anioonne detergent, mis seostub valgumolekulidega ja annab molekulidele negatiivse kogulaengu ning elektriväljas liiguvad nad anoodile (positiivselt laetud elektrood). Polüakrüülamiid geel piirab molekulide migreerumiskiirust, kusjuures väiksemad molekulid liiguvad kiiremini, kui suuremad molekulid. Kuna massi ja laengu suh...
Geeniperekonnad Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: *Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt k...
1. Mis on ja mida uurib genoomika Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomi kaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika),Geenide identifitseerimise, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemid jne. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud)"Sussmann, 2006. "Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni." Smit 2006. 3. Genoomika suundumused ja probleemid Paradigmade muut on viinud genoomika: 1. Strukturaalsetest uuringutest funktsionaalsetele. 2.Geenikaardi põhiselt geenide tuvastamisest järjestuspõhilisele. 3.Haiguste etioloogia (põhjusest) uuringutest patogeneesi uurimise...
Teadmata patsiendi geneetilist informatsiooni, kirjutatakse sageli välja ravimeid, mis ei mõju. Eriti on see probleemiks vähi, Alzheimeri, artriidi, diabeedi ravi puhul. Praegu kasutusel olevate ravimite sobivust hinnatakse populatsiooni keskmiste põhjal, kuid kuna kõigi inimeste DNA on erinev, on tõenäoline, et standardne ravimidoos ei sobi vähemalt pooltele inimestele. Personaalmeditsiini abil saab vältida probleeme, mis tekivad nendest erinevustest. 5. Proteoomika - Teadus, mis fokuseerub elusorganismi poolt kodeeritavate kõikide valkude struktuuri ja funktsiooni uurimisele. 6. Biotehnoloogia - on rakendusliku bioloogia valdkond, mis kasutab elusorganisme ja nende saadusi inimese tervise ja elukeskkonna parandamisel. Biotehnoloogia on tänapäevane viis lahendada keerukaid probleeme odavalt ja keskkonda säästvalt. Biotehnoloogia ühendab geneetika, rakubioloogia, embrüoloogia ja mikrobioloogia teadmisi. Seejuures põhinevad biotehnoloogia
docstxt/135102981473.txt
vallas? Keskkonna puhastamisel saab geneetiliselt muundatud mikroorganismidega kõrvaldada näiteks õlireostust. 11. Kuidas kasutatakse geenitehnoloogiat kohtumeditsiinis? Kasutatakse kohtumeditsiinis isaduse tuvastamiseks, kurjategijate ja tundmataisikute laipade identifitseerimiseks 12. Milliste teadusharude meetodeid kombineerib bioinformaatika? Matemaatika, andmetöötlus ja statistika meetodid. 13. Mida uurib proteoomika? Organismide valkude komplekte. 14. Millised on kõige kiiremini arenevad biotehnoloogia valdkonnad? · Tervishoid - üheks haruks on kujunemas bioterrorismi eest kaitse ning vastavad ennetamise ja tõrjumise tehnoloogiad. · Põllumajandus - keskkonnakaitses ja toiduainetetööstuses kasutatavaks biotehnoloogiaks. · Traditsiooniline tööstus - keemiatööstuses, tekstiilitööstuses, metsatööstuses ja elektroonikatööstuses kasutatavaks biotehnoloogiaks
KONTROLLTÖÖ BIOLOOGIA 12.KLASS Nimi: 1. Kus kasutati esimesi bioloogilisi relvi? Kasutati II maailmasõjas, kui jaapanlased katsetasid katku mõju hiinlaste peal. 2. Too näiteid kõige ohtlikkumadest bioloogilistest relvadest. Siberi katk, muud katku põhjustavad bakterid, rõuged, Ebola, Marburgi viirus. 3. Mis on biorelvade eelis teiste relvade ees? Neil on võime organismis paljuneda ja neid on raske märgata. 4. Mis on ensüümid? Valgud, mis katalüüsivad keemilisi reaktsioone rakus (muudavad reaktsiooni kiirust vi võimaldavad reaktsioonidel toimuda sobimatutes tingimustes, nt madalama temperatuuriga kui muidu). 5. Milleks kasutavad geneetikud viiruseid? Viiruste viimisega bakteri genoomi toodetakse ravimeid, nt insuliini ja interferooni ning paljusid tööstuses kasutatavaid valke. 6. Nimeta 5 suuremat valdkonda, kus kasutatakse g...
1. Viiruste ehitus Viiruspartikli südamiku moodustab pärilikkusaine, mis on nukleiiinhape DNA või RNA. Nukleiinhapet nim. viiruse genoomiks. Viirusgenoomi DNA või RNA võib ola kahe-või üheahelaline. Pärilikkusainet ümbritesevad valgud, mis moodustavad kaitsva kapsiidi. Kapsiidi peal võib veel olla lipiididest ja valkudest ümbris. Kapsiidi või ümbrise pinnal asuvad valgud, mis tunnevad ära viiruse paljunemiseks oleva märklaudraku. 2. Viiruste lüütiline ja lüsogeenne tsükkel Lüütiline: 1)Nakatumine-viiruse antiretseptorid hakkuvad raku membraani retseptoritega 2)Viiruse DNA/genoom siseneb rakku 3) Viiruse DNA replikeerub 4)Transkriptsioon viirusegeenidelt 5)Sünteesitakse viirusvalgud 6)Viirusosakesed pakitakse 7)Rakk lüüsub 8)Otsastpeale Lüsogeenne: 1) Algab samuti nakatumisega. Viiruse DNA lülitub peremeesraku genoomi. Transkriptsiooni ei toimu, viirusosakesi ei teki. Kui rakk pooldub, replikeeri...
Viiruste ehitus Viirus – mitterakuline paradiis, mis suudab paljuneda vaid elusate rakkude sees Viroloogia – teadusharu, mis uurib viirusi ja viirusesarnaseid objekte Viiruspartikkel – viirusosake, mis koosneb pärilikkusaine molekulist, seda ümbritsevatest valgumolekulidest ning mõnel juhul lipiidsest ümbrisest Viiruse kapsiid – viiruse pärilikkusainet ümbritsev ja kaitsev valkudest kate Viiruse ümbris – fosfolipiididest ja valkudest koosnev lisakiht viiruse kapsiidi ümber; kaitseb viirust ning aitab sellel peremeesrakku pääseda DNA-viirus – viirus, mille genoom on DNA RNA-viirus – viirus, mille genoom on RNA Plussaheline viiruse genoom – RNA-viiruse genoom, mida on võimalik kasutada otse mRNAna ja seeläbi sünteesida viiruse valk, mis viivad läbi viirusegenoomi paljundamise või lähevad uue viirusepartikli koosseisu Miinusaheline viiruse genoom – RNA-viiruse genoom, mille põhjal tuleb enne valkude sünteesi sünteesida komplentaar...
PÄRNUMAA KUTSEHARIDUSKESKUS kokk Madis Kool Bioloogia Essee Juhendaja: Allan Lorents Pärnu 2013 Rakendusbioloogia Rakendusbioloogia on bioloogia põhiharude tõestatud seaduspärasuste ja teooriate praktilises elus kasutamise võimaluste ja lahenduste uurimise ning teostamisega tegelev teadusharu. Rakendusbioloogia on eriti paljutõotav põllumajanduses ja kalanduses, kus bioloogiliste vastastik- ja koostoimemehhanismide toimimist ära kasutades või toimimist tootmisele soodsas suunas mõjutades saab kas paremat saaki või näiteks vähendada kasutatavate taimekaitsevahendite hulka. Kuid laialdast kasutust leiab rakendusbioloogia ka keskkonnakaitse valdkonnas, kus spetsiaalsetele bakteritele ja mikroorganismide omadusi ära kasutades saadakse reostuse likvideerimisel, reovepuhastites või prügimajanduse keskkonnasäästlikumaks muutmisel palju ära teha. Rakendus...
kindlates suundades ja tekkinud pildi järgi saab määrata elektronide paigutuse kristallis valkude uurimiseks tuleb kõigepealt nad kristalliseerida, mis on keeruline Peptiidide keemiline süntees – aminohapped liidetakse ükshaaval; et tagada liitumine soovitud järjekorras, kaitstakse ühe karboksüülrühm ja teise aminorühm reaktsiooni ajaks, hiljem kaitsvad rühmad eemaldatakse 5. Proteoomika, definitsioon Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Genoomist tulenev info ei kirjelda bioloogilisi süsteeme piisavalt.) Proteoom – kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. Proteoomika rakendused • Tevetete ja patoloogiliste kudede võrdlus • diagnostiliste markerite identifitseerimine • märklaudvalkude identifitseerimine • patoloogilistes protsessides esinevate radade uurimine
Mis on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu? Eesti Geenivaramu näol on tegemist maailma ühe suurema tervise- ja geeniandmete kogu loomisega. Kogutavad tervise-, sugupuu- ja geeniandmed on hindamatu uurimismaterjal paljude riikide teadlastele. Nii on uute avastuste juures alati ka Eesti spetsialistid. Eesti Geenivaramu projekti edu aitab kaasa mitme teadusharu arengule: inimese geneetika, bio- ja geenitehnoloogia, bioinformaatika, farmakogeneetika, proteoomika. Kes on geenidoonor? Vastavalt Inimgeeniuuringute seadusele on geenidoonor inimene, kes annab vereproovi ja kelle kohta koostatakse terviseseisundi kirjeldus. Eesti Geenivaramu Esimesed geenidoonorid Esimeste geenidoonorite andmed jõudsid Geenivaramusse 2002. aasta oktoobris. Andmekogu, mis suureneb iga päevaga, võimaldab kogutud andmeid teadusuuringutes juba kasutada. Geenidoonor Geenidoonoriks võivad saada kõik inimesed alates 18. eluaastast
Vähi biomarkerid Vähi biomarkerid on biomolekulid, mida leidub veres, teistes kehavedelikes või kudedes. Biomarker võib olla kas normaalse või patoloogilise protsessi tunnuseks, samuti viidata kahjustusele või haigusele. Markerit võib kasutada kontrollimaks seda, kuidas keha reageerib kahjustuse või haiguse ravile.[1] Biomarkeri täpne definitsioon varieerub, kõige laiemas tähenduses võib mõista biomarkeri all igat molekulaarset, füsioloogilist või anatoomilist tunnust, mis on kvantitatiivselt mõõdetav. Vähi biomarkerid annavad kujutlust vähitekkega seotud bioloogilistest protsessidest ja annavad kliiniliselt kasulikku informatsiooni iga vähikasvaja puhul individuaalselt.[2] Molekulaarsete vähi biomarkerite all mõeldakse peamiselt valke, DNAd või RNAd. Biomarkeriks võib olla kas või kasvaja poolt sekreteeritud molekul või spetsiifiline keha vastusreaktsiooni saadus kinnitamaksvähi olema...
Elurikkus ehk bioloogiline mitmekesisus Elurikkuse elemendid: Ökoloogiline Geneetiline Organismide elurikkus elurikkus elurikkus Riik Hõimkond Selts Bioom Sugukond Ökosüsteem Perekond Kooslus Liik Populatsioon Populatsioon Populatsioon Indiviid Indiviid Geen Nukleotiid 1. Kuni 20 saj. elusloodus jaotatud kaheks - taimed ja ...
Vastavlt murdenurga ja murdunud kiirte tugevusele suudab kristallograaf genereerida kolmemõõtmelise pildi elektronide tihedusest kristallis. Peptiidide keemiline sünteesis liidetakse aminohapped vastavalt vajadusele ükshaaval. Et saada kindla järjestusega peptiidi, tuleb tuleb kaitsta esimese aminohappe aminorühm ja teise (s.o liidetava) aminohappe karboksüülrühm. Karboksüülrühm kaitstakse tavaliselt metüleerimisel, aminorühma kaitsmisel kasutatakse Boc või Fmoc rühma. 5. Proteoomika, definitsioon. Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Proteoom kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. IV NUKLEIINHAPPED 1. Nukleotiid, nukleosiid, deoksüriboos (valemid). Nukleotiid = nukleosiidfosfaat = lämmastikalus + suhkur + 1-3 fosforüülrühma. Enamik vabu nukleotiide on
kehatemperatuuri tõus jne). 43. Antikeha vahendatud immuunsus. Ehk humoraalne immuunsus toimub B-lümfotsüüdide vahendusel. 44. Genoomika. Molekulaarbioloogia haru, mis tegeleb genoomide uurimisega. Kujunes välja 1980ndail aastail. 45. Transkriptoomika. Uurib geeni ekspressiooniprofiili (geenide aktiivsuse alusel) mikrokiiptehnoloogia abil, mis võimaldab uurida genoomi kõiki geene. 46. Proteoomika. Uurib valke, eriti nende struktuuri ja funktsioone. Üks meetod on ntks valkude kahedimensionaalne geelelektroforees DNA ja valkude lahutamine nende suuruse alusel. 47. Süsteemibioloogia. Bioloogia haru, mis püüab molekulaar-, raku-, organismi- ja teisi tasandeid integreerides mõista, kuidas bioloogilised süsteemid toimivad. 48. Funktsionaalne genoomika. Molekulaarbioloogia haru, mis püüab genoomide sekveneerimisest saadud andmeid geenide ja valkude
Pärastpoole lülitatakse ümber teistele antikehatüüpidele. Vastus on alati polükloonne e palju eri antikehi tekib sama epitoobi vastu. Kui nakkus pikka aega püsib, valitakse kõik paremad ja aktiivsemad antikehad välja. Seda afiinsuse olulist muutust tihti laborites ei arvestata. Seroloogilist meetodit soovitatakse rangelt kasutada ainult teadusuuringutes, mitte kliinilistes! 3. proteoomika meetodid 4. PCR suht kiire vastus, ülitundlik (isegi natuke liiga tundlik), väga tootlik, väga vähenõudlik transpordi- ja säilitustingimuste suhtes, väga täpne (tuvastab patogeeni olemasolu), annab palju muid võimalusi (genotüpiseerimine nt). Puudused: 1. DNA kontaminatsioonioht. 2. Mittekvantitatiivne (võib anda valepositiivse tulemuse) 3. ei tuvasta resistentsust antibiootikumidele 4
DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika), Geenide identifitseerimisega, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemidega jne. 3. Genoomika suundumused ja probleemid. Post-genoomika e. modulaarne bioloogia: Genoomide tasemel - Molekulaarne fülogenees, võrdlev genoomika, käitumise genoomika, strukturaalne ning funktsionaalne genoomika ja proteoomika jne; Funktsionaalne genoomika oleks DNA järjestuses leiduva informatsiooni taandamine funktsioonile ehk struktuurilt funktsioonini; Metodoloogiliseks aluseks geneetilised meetodid; Genoom on erinevate DNA (RNA) molekulide (nukleaarse, mitokondriaalse, plastiidse, plasmiidse jne.) summa mingi kindla liigi rakku(de)s. Genoomide sekveneerimise ning bioinformaatika tulemused: Aheldatusgruppide leidmine, Genoomide ehituse võrdlused, Genoomse DNA, EST-de ja cDNA-de
immuunsüsteem, see sekreteerib moodustunud antikehad kehavedelike ringlussüsteemi, kus nad seonduvad antigeenidega, mille tulemusel tekib kompleks, mis haaratakse spetsiifiliste valgete vererakkde poolt ja hävitatakse 284. Genoomika: kogu genoomi kaardistamine, tervikgenoomide struktuuri ja funktsiooni uurimine ja liikide võrdlemine, esmakordselt võttis kasutusele USA geneetik Thomas H. Roderick 1986. aastal 285. Transkriptoomia: genoomilt transkribeeritd RNA-de kogukomplekti uurimine 286. Proteoomika: organismi valkude struktuuri ja funktsioneerimise uurimine, esmakordselt võttis kasutusele Austraalia geneetik Marc R. Wilkins 1994. aastal 287. Süsteemibioloogia: uuetasandiline süsteemne käsitlusviis bioloogiliste küsimste lahendamiseks teaduste andmete integratsiooni põhjal 288. Funktsionaalne genoomika: Alt-üles lähenemine- lähtub rakus olevatest molekulidest, selgitab kuidas geenid töötavad, seosed (ahelad) geenide aju ja käitumise vahel 289
26 Rakendustest: antikehade kiibid diagnostikas, uute Interaktsioonipartnerite tuvastamine, prognostika, farmakoloogilised eksperimendid . Valgukiipidele on kinnitatud: -Antigeenid -Antikehad -Aptameerid (ka DNA v RNA) -Retseporid -Substraadid (madalmolekulaarsed) -Ensüümid 12.LCM Laserpüüdur mikrodissektsioon (LCM): LCM (Emmert-Buck; NIH) võimaldab valmistada ülipuhtaid mikroanalüütilisi preparaate teiste ,,high-throughput" genoomika ja proteoomika meetodite jaoks või otseseks diagnostikaks.Põhineb inverteeritud mikroskoobi ja madalsagedus infra-punase laseri kombinatsioonil.Tavalisele koeslaidile paigutatakse film, millele laseri toimel fikseeritakse valitud rakud või koeosad. Neid kasutatakse omakorda kas DNA, RNA või valgu eraldamiseks.Saadud materjale kasutatakse, kas mRNA profileerimisel, DNA aberratsioonide leidmisel, proteoomikas jne. 13.Mittepositsionaalsed kiibid
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
