TRANSKRIPTSIOON GEENI EKSPRESSIOONI REGULATSIOON 1. Andke seletus järgmistele mõistetele või terminitele: a. Transkriptsioon - DNA kodeerimine RNA-ks b. Operon - geneetilise ekspressiooni ühik, mis koosneb ühest või enamast geenist ning operaator- ja promootorjärjestusest, mis reguleerivad nende transkriptsiooni | ühe metaboolse raja geenid kromosoomis, mis on grupeerunud klastriteks c. Promootor - DNA järjestus, mis koosneb ~40bp piirkonnast d. mRNA protsessing transkriptsioonijärgne RNA molekulide töötlemine e. Enhanser lühike osa DNA-st, mis seob omavahel proteiinid, mida nimetatakse aktivaatoriteks. f. Topoisomeraas (güraas) - eelnevad ja järgnevad polümeraasile, et leevendada despiraliseerumisest tingitud pingeid 2. Milles seisneb (ja kellelt pärineb) molekulaarbioloogia keskne dogma? Illustreerige vastust joonisega! DNA -> transkirptsioon -> RNA -> translatsio...
regulatoorse signaali või promootori kontrolli all. • Operaator on struktuurigeenide avaldumist kontrolliv operoni osa. • Polütsistroonne RNA on opeonilt sünteesitud RNA-molekul. • Promootor on nukleotiidijärjestus, millega seonduvad transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas, et initsieerida transkriptsiooni. • Transkriptsiooni ühik on DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks. • enhancer on lühike DNA ala, mis seob aktivaatoreid (valgud), initsieerib transkriptsiooni läbi mediaatorkompleksi. Enhancer alade tuvastamiseks kasutatakse linker–skaneeritud, mutatsioon analüüs/geelelektro-foreesi ja autoradiograafiat, footprinting. • Transkriptsiooni faktor on valk, mis seondub spetsiifilistele DNA järjestustele, kontrollides see läbi mRNA molekulide transkriptsiooni kiirust DNA-lt.
Footprinting. Märklaud geenid ei sisalda TATAboxi. 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? a. Sidumine proksimaalse elemendi teatud järjestusele stimuleerib peatunud RNA-polII jätkama elongatsiooni ja indutseerib kiiret reinitsiatsiooni uute RNA-polII molekulidega. 19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsi- meetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. a. Reportergeen viiakse uuritavasse rakku... 20. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsi-meetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? a. Enhancer lühike DNA ala, mis seob aktivaatoreid (valgud), initsieerib transkriptsiooni läbi mediaatorkompleksi. b. Tuvastamiseks kasutatakse linkerskaneeritud, mutatsioon analüüs/geelelektro-foreesi ja autoradiograafiat, footprinting. 21. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite
1. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakku isoleeritud DNA abil. Transformatsioon võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transkriptsioon ümberkirjutamine, DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Translatsioon mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine ehk lihtsamalt öeldes valgu süntees. (RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel.) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori pi...
Kordamisküsimused geneetikas loeng 9 kohta: 1. Defineeri mõiste transkriptsioon. Selle üldine toimumine eukarüoodil? Transkriptsioon on matriits DNAst lähtuv mRNA süntees. Toimub alati suunas 5'-3'. Protsess, mille käigus geneetilise koodi salvestatud informatsioon kantakse üle kindlale RNA tüübile. Eukarüoodil kontrollitakse iga geeni transkriptsiooni eraldi. Aktivatsioonil osalevad abistavate faktoritena organismi signaalmolekulid. I initsiatsioon kromatiini avamine CRC tegevuse tulemusena, TF seondumine promootorile. H sideme lõhkumisel osalevad teatud transkipstioonifaktori, RNA sünteesi viib läbi RNA polümeraas (I;II;III). Transkriptsiooni käivitamisel osalevad nii NH kui valgud (cis, trans) initsiatsioon-elongatsioon- terminatsioon 2. Kuidas, millest ja kus moodustub tuumake? Tuumakese funktsioon?. 3. Kuidas toimub eukarüoodil transkriptsiooni initsiatsioon? Millised faktorid on vajalikud? Vt eelmist...
tsütoplasmas. Tsütoplasmast liiguvad valgud seejärel tagasi tuuma. a) mitmed TF'd, ntks STAT valgud, peavad olema fosforüülitud, et saaks DNA'ga siduda. 14. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox-st? DNA sidumissait on igasugune regioon DNA'l, kuhu teised molekulid võivad seonduda. Ka TATA-box on sidumissait, mis on alati promootor-regioonis ja on sidumissaidiks RNAPolII'le. 15. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Enhancer on lühike DNA lõik, kuhu saavad seonduda valgud, et võimendada geenide transkriptsiooni taset geeniklastris. Asetsevad nad geenide proksimaalsest promootorist tuhandete aluspaaride kaugusel, võivad asuda intronites või isegi viimasest eksonist veel allavoolu. Enhancerid on eukarüootidele väga iseloomulikud, samas prokarüootides peaaegu puuduvad
saarekeste puhul aga 20-200bp ulatuses mitmelt võimalikult elemendilt. Enamikul neist geenidest on ca 100bp kaugusel start-saidist 20-50bp pikkune GC-jada. Proksimaalne promootor. Regulaatorelemendid, mis asuvad 100-200bp start-saidist, moodustavad koos TATAboxi või initsiaatoriga promootori proksimaalsete elementide kogumi ehk proksimaalse promootori. Distaalne promootor. Kaugemal asuvad elemendid moodustavad koos TATAboxi või initsiaatoriga distaalse promootori. 6. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Enhancer on promootorist kaugelasuv transkriptsiooni regulaatorala. Tavaliselt 100-200bp pikad, sisaldavad hulgaliselt 8-20bp regulaatorelemente. Need võivad asuda 200bp kuni kümnete kbp kaugusel promootorist üles- või allavoolu, asuda nii intronis kui geeni viimasest eksonist veel allavoolu, on tihti rakutüüp-spetsiifilised, omades aktiivsust vaid kindlates rakutüüpides. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks
Rakutuum Rakutuum esineb ainult eukarüootsetes rakkudes. Üks suurematest organellidest (5-25 µm). Ümbritsetud kahekordse membraaniga nn tuumaümbrisega. Välimine membraan on sageli seotud ER membraaniga ja kahe membraani vaheline ruum on ER luumeni jätkuks. Tuumamembraanid koosnevad lipiidsest kaksikkihist, milles esinevad teatud tüüpi valgud. Tuumas on eristatav tuumakese piirkond. Tuuma sisemist osa, mis ei ole tuumake, nimetatakse nukleo- e. karüoplasmaks. Tuuma struktuur ja koostis on määratud tuuma funktsioonidega. Tuumas paikneb DNA ja toimub DNA replikatsioon. Tuumas paikneval DNA-l sünteesitakse mRNA, tRNA, rRNA, samuti toimub tuumas ribosoomide subühikute teke. mRNA, tRNA ja ribosoomide subühikud peavad liikuma tuumast tsütoplasmasse. Tsütoplasmast tuuma peavad liikuma tsütoplasmas sünteesitud valgud (histoonid, regulaatorvalgud, DNA ja RNA polümeraasid jt) Seega läbi tuuma membraani peav...
Lõppu pandakse mitte... järjestused. RNA polümeraas II Transkriptsioonifaktor sama mis sigma prokarüoodil;kõik RNA polümeraasid vajavad. TFid on valgud, mis formeeruvad promootori basaalelemendil. Iga TF töötab vaid oma RNA polümeraasiga, iga polümeraas nõuab TF'i. Märgitakse vastavalt polümeraasile TFIID, TFIIB, TFIIF, TFIIE, TFIIH. RNA polümeraas + TF kompleksi nimetatakse preinitsiatsioonikompleksiks. Transkriptsiooni aktiveerib enhancer järjestus DNA-l. mRNA erinevused pro- ja eukarüootidel: Prokarüoodid : mRNA transkript on kohe selline, millel algab translatsioon. Kuna proakrüoodil puudub tuum, siis translatsioon algab kohe kui algab transkriptsioon (protsessid on üheaegsed), toimub muidugi ribosoomil. mRNAs on polüstistroonne: sisaldab mitmelt geenilt transkribeeritud mRNAd. Hiljem valkude eraldamine. Eukarüoodid : Esmalt pre-mRNA st. ta ei ole kohe valmis transleeruma, teda tuleb töödelda.
Kordamisküsimused 1.prax: · Mis on rakuliin ja rakkude primaarkultuur, mille poolest erinevad? Primaarne rakukultuur on otseselt koest eraldatud rakkudest koosnev ja piiratud jagunemisvõimega kloon. Rakuliin on imortaliseeritud kloon, mis on võimeline paljunema/ jagunema piiramatult. Immortaliseeritud liine saab kas iseeneslike mutatsiooni tagajärjeliste transformatsioonide kaudu, ka eraldades rakke kasvajatest. Tekitada kunstlikult telomeraasi sisseviimisel rakku. Rakuliin sageli aneupolidne- kromosoomide arv normaalsest erinev (tavaliselt suurem). Eri rakutüübid transformeeruvad eri sagedusega, suured liikidevahelised erinevused. · Milleks on söötmesse lisatud seerum, antibiootikumid ja aminohapped? Et rakud end hästi tunneksid. Seerum-keskkond + mitogeenid=kasvufaktorid ja muud proliferisatsiooniks vajalikud substansid. Antibiootikumid-et bakterid vohama ei hakkaks, meie rakud olid antibioo...
Transkriptsioonifaktorid koosnevad kahest moodulist ehk domäänist. Üks osa tunneb ära DNA järjestuse ja teine – aktivatsioonidomään – omab signaali, et järgmised faktorid saaksid tulla. Nt pagaripärmi GAL1 geeni promootor ja aktivaatorala koos Gal4 sidumiskohtadega. Moodulite vahetamine aktivaatoris viib promootori spetsiifika muutumisele. DNA sidumisdomään määrab aktivaatori töötamise. Transkriptsiooni aktivatsioon võimendi abil – enhancer. Toimib DNA-le mõlemis suunas. Võib asuda promootorist väga kaugel. Üks enhancer võib reguleerida mitut geeni, sellega seonduvad oma kindlad geeni aktivatsiooni elemendid (ST1). Enhancer on DNA järjestus, mis koosneb paljudest kordustes, on mõlemat pidi sümeetriline. RNA polümeraas II seob mediaatorkompleksi, need omakorda enhancer piirkonnaga. Kromatiini remodeleerimine toob enhancer promootori lähedusse.
plasmiid lahustub ja etanooliga saadakse pärast kätte. · Pöördtranskriptaasi käigus saab küpsest mRNA-st uue DNA, mida kutsutakse cDNA-ks (complementary), nii saab bakter sealt valku tootma hakata (bakterites puuduvad intronid) Transgeenne analüüs organismi viiakse sisse võõrgeen, mida seal hakatakse ekspresseerima, näiteks viirusvektorite abil saab; kui on vähe rakke, siis rekombinantse DNA meetod. 39. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Kauguste-tagant mõjuvad regulaatorelemendid on enhancer-id, mis on eukarüootsetele genoomidele väga iseloomulikud, samas kui bakteris nad peaagu täielikult puuduvad. Asuvad sadade kuni tuhandeteid aluspaaride kaugusel start-saidist, võivad asuda nii ülavoolu, intronites kui ka allavoolu. Enhancer'id on üldreeglina 50bp kuni 200bp pikad DNA järjestused
Geneetika I kordamisküsimused (2012) 1. Molekulaargeneetika põhimõisted (mis on DNA, RNA, aminohapped jne) DNA -desoksüribonukeliinhape, kannab edasi pärilikku infot. Koplementaarsus ja antiparalleelsus- 5´ 3´ Sekundaarstruktuur- iga ahela täispööre e suur vagu(10 nukleotiidi), vahemaa N-aluste vahel e. väike vagu. RNA- ribonukeliinhape, viib läbi valkude sünteesi, geneetilised regulatsiooni protsessid RNA-analüüsi kasutatakse diagnostikas palju vähem, kuna RNA on palju ebastabiilsem (nii säilitamise, kui analüüsi suhtes). Vajadusel (RNA-viiruste analüüs) kasutatakse näiteks revertaasi polümeraas mis sünteesib RNA pealt DNA. Valgud- koosnevad ah, nende kaudu jõuab pärilik info tunnustesse Replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon- matriitssüsteemireaktsioonid Nukleosiid- suhkur + lämmastikalus Nukleotiid- suhkur+ lämmastikalus+ fosfaatrühm ( lisaks nukleiinhappe mood. On teisi ül: ATP, koensüümide koostises...
moodustunud kapsiidides- rakust on vajalikud ainult substraadid (NTP-d). Replikatsiooni teostav RdRp on väga spetsiifline- see replitseerib ainult L-A ja tema satelliit- RNA-sid. Selleks on vajalikud kaks RNA-s paiknevat järjestust: RNA 3’- terminaalne järjestus. See järjestus sisaldab replikatsiooniks vajaliku stem-loop struktuuri. Olulised on ka viimased 6 nukleotiidi. RNA sisemine järjestus, nn internal replication enhancer. See on tõenäoliselt esimene sait , millega RNA polümeraas seondub (seepärast asub ta pakkimissignaali läheduses ja kattub sellega osaliselt). Reoviiruse infektsioonitsükkel NB! Kõikidel dsRNA viirustel: Kogu reoviiruse infektsioonitsükkel toimub tsütoplasmas. dsRNA vabanemist ei toimu kunagi, ta on alati core osakeses. Esimeseks viirus- spetsiifiliseks sünteesiks rakus on alati transkriptsioon.
In bacteria, a domain of prokaryotes, transcription begins with the binding of RNA polymerase to the promoter in DNA. RNA polymerase is a core enzyme consisting of five subunits: 2 subunits, 1 subunit, 1 ' subunit, and 1 subunit. At the start of initiation, the core enzyme is associated with a sigma factor (number 70) that aids in finding the appropriate -35 and -10 base pairs downstream of promoter sequences. Eukaryotic RNA polymerase does not directly recognize the core promoter sequences. Enhancer, promotor-proximal elements. The most common type of core promoter in eukaryotes is a short DNA sequence known as a TATA box. The TATA box, is the binding site for a transcription factor known as TATA binding protein (TBP), which is itself a subunit of another transcription factor TFIID. After TFIID binds to the TATA box via the TBP, five more transcription factors and RNA polymerase combine around the TATA box in a series of stages to form a preinitiation complex. One transcription
GTPsiduvate valkude ja tuuma DNAga seostuvate valkude geenid. Need viirused võivad põhjustada rakkude transformatsiooni, on kiirelt onkogeensed. Aga selle tüübi inimese viirusi leitud pole. Leukeemiaviirused (incl HTLV–1) põhjustavad vähki pika latentsusaja järel (vähemalt 30 aastat). Leukeemiaviirused promovad rakukasvu kaudsemalt kui eelmised. Nad toodavad transkriptsiooniregulaatorit tax, mis aktiveerib LTRi promootoreid ja spetsiifilisi rakugeene (nt mõned tsütokiinid). Enhancer ja promootor võivad kasvu stimuleerivate proteiinide ekspresseerumist mõjutada. Kontrollimatu rakukasv võib olla piisav, transformeerimaks raku neoplastiliseks või tekitamaks geneetilisi kõrvalekaldeid. HTLV–1 (human T–leukemia virus) põhjustab täiskasvanu ägedat T–lümfotsüütset leukeemiat (ATLL) ja HTLV–1– seotud müelopaatiat (mitteonkogeenne neuroloogiline haigus). Inimese onkoviirused on HTLV–1, –2, –5, aga ainult –1 on kindlasti haigusega seotud.
ning seejärel TFIIA ja TFIIB. TATA järjestus asub transkriptsiooni alguskohast umbes 30 nukleotiidi eemal. Sageli on TATA-järjestusest 5’-suunas CAAT ja GC järjestused. Peale RNA polümeraasi seondumist kompleksiga vabanevad üldised transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas fosforüleeritakse ning algab RNA süntees. Lisaks sellele seonduvad promootoriga ka regulaatorvalgud, mille DNA järjestused paiknevad promootorist veel kaugemal. Viimasena seonduvad tekkinud valkude komplektiga enhancer valgud, mis omakorda seonduvad DNA järjestusega tuhandeid nukleotiide eemal promootorist. (DNA keerab ennast ümber promootoril paikneva valgukompleksi). Enhancer e võimendaja – väike DNA piirkond, mis peale transkriptsiooni faktoritega seostumist stimuleerib transkriptsiooni põhiliste geenipromootorite pealt. Enhaanser peab tulema promootori juurde. DNA-järjestus, mis võimendab transkriptsiooni ühel või mõnel geenil, isegi kui asub transkribeeritavast geenidest kaugel
1. loeng Akronüümid: TH1 – t lümfotsüüdid helper, IL interleukiin CD – diferentseerumise klaster, raku pinnal olev marker, valguline v lipo.. marker. Seos diferentseerumisega – erinevatel rakkudel eri omad. DSCAM- Down Syndrome Cell Adhesion Molecule, neuronid ei tunne üksteist õigesti ära, liiga palju DSCAM valku Down sündroomiga imetajatel. Drosophilal erinevad valgu variandid – tunnevad ära eri patogeene. PPR- molekulaarset mustrit ära tundvad TLRs- Tol like retseptors PAMPs- patogeeniga seotud molekulaarsed mustrid NLRs- bakterite äratundmiseks mitte rakkudde pinnal vaid sees Evolutsioon Varasemad – ei kaasne mälu, iga kord samaga kokku puutudes sama vastus sama tugev. Kuni kõhrkaladeni. Omandatud ehk adaptiivne alates kõhrakaladest hakkab tekkima, antikehad, T ja B lümfotsüüdid. Komplement – Ehhinodermidest, seotud ka kaasasündinud immunoloogiaga, kaasasündinud retseptorid võivad midagi väga spetsiifiliselt ära tunda, enne kui p...
Enchancer-akivaatorvalk, mis on vajalik transkriptsiooni alustamises, kinntiub mediaatorile CTD- Rna polümeraasi c-terinaalne doeen, RNA polümeraasi saba fosforüülitakse ja ta erladub promootorilt ning jätkab RNA ahela pikedamist. Fosforüülimise tagajärjelt seostuvad RNA töötlemise faktorid polümeraasile ja hakkavad RNA-d ümberkujundama. Kromatiini ümberkujundav kompleks Histoone ümberkujundav ensüüm Mediaator- sinna kinnitub enhancer Eukarüootide RNA polümeraasid. RNA polümeraas I – transkribeerib 5,8S, 18S ja 28S rRNA geene RNA polümeraas II – transkribeerib kõiki valke kodeerivaid geene, aga lisaks ka snoRNA, miRNA, siRNA, lncRNA ja enamust snRNA geene RNA polümeraas III – transkribeerib tRNA, 5S rRNA, mõnesid snRNA ja teiste väikeste RNA-de geene Üldiste transkriptsioonifaktorite ülesanne DNA transkriptsiooni läbiviimises. Nad aitavad paigutada eukarüootide RNA polümeraasi täpselt promootorile.
1. Sissejuhatus Metaboolne ja geneetiline regulatsioon bakterites Bakterirakkude efektiivseks kasvuks on vaja, et kõiki raku põhilisi ehitusblokke ja nendeks vajalikke makromolekule produtseeritaks õiges vahekorras. Selleks, et sünteesi lõpp-produktide kontsentratsioon rakus liiga kõrgele ei tõuseks, on rakus välja kujunenud kaks kontrollmehhanismi: 1. Ensüümiaktiivsuse tagasisidestuslik inhibitsioon (feedback inhibition) metaboolne regulatsioon 2. Ensüümi sünteesi repressioon geneetiline regulatsioon Tagasisidestusliku inhibitsiooni tulemusena inhibeeritakse rakus juba olemasoleva ensüümi aktiivsus reaktsiooni lõpp-produkti poolt. Inhibitsiooni võib esile kutsuda ka teatav metabolismiraja vaheprodukt. Geneetilise repressiooni korral inhibeerib tavaliselt lõpp-produkt metabolismiraja esimese ensüümi sünteesi vastava geeni avaldumise pärssimise kaudu. Metaboolne regulatsioon tagasisidestusliku inhibitsiooni kaudu ja geneetilin...
parandavad veebilehe juurdepääsetavust. http://jibbering.com/accessibility/bookmarklets.html Accessible Web Browser Project Illinoisi Ülikooli projekt, mille eesmärk on luua Internet Explorer'it COM-objektina kasutades veebilehitseja, mis parandab nägemispuudega inimeste juurdepääsu veebile. http://slappy.cs.uiuc.edu/fall99/team5/ AYE Henrik Quinteli veebilehe teisendaja. http://www.fh-worms.de/~quintel/Q/first.htm BBC Education Text to Speech Internet Enhancer: BETSIE BBC haridusprogrammi veebiteksti teisendus kõneks. http://www.bbc.co.uk/education/betsie/) Lynx-me service Näitab tekstiversiooni sellest, milline on sait Lynx'is. http://ugweb.cs.ualberta.ca/~gerald/lynx-me.cgi Delorie Lynx viewer Näitab, milline on sait Lynx'is. http://www.delorie.com/web/lynxview.html Internet Exploreri veebitarvikud http://www.microsoft.com/Windows/IE/WebAccess/default.asp Muffin filtering proxy server Veebi filtreerimise puhverserver ehk proksi. http://muffin
ECKHART TOLLE A NEW EARTH Awakening to Your Life's Purpose CONTENTS Chapter One The Flowering of Human Consciousness – 6 Evocation..................................................................................................6 The Purpose of This Book........................................................................8 Our Inherited Dysfunction........................................................................10 The Arising New consciousness..............................................................12 Spirituality and Religion..........................................................................14 The Urgency of Transformation...............................................................16 A New Heaven and a new Earth...............................................................18 ...
15% to 0.3%, given as P2O5 (in remaining myofibrils) to form a gel (Tornberg the EU, the maximum is 0.5%). Lactate and 2005). In contrast, connective tissue mem- acetate are used for microbial safety (Bedie brane proteins partly dissolve at around et al. 2001), and citrate can replace phos- 65°C, partly swell during cooking, and the phate. Sodium glutamate is also frequently solubilized collagen forms a gel only when used as a taste enhancer. Glucono-delta- cooled. The same occurs with connective lactone is used as a color enhancer. tissue that can be added as homogenized For economical reasons, nonmeat ingredi- rind or dried powder. It should be noted, ents are also added to sausages. There is also however, that collagen, once dissolved, a wide range of other ingredients that are slowly forms a gel at lower temperatures added to increase water and fat holding;