raku jõujaamad (hingamine raku tasandil); kloroplast taimedel, mitokonder loomadel. Sisaldavad RNA molekule ning toimub valgusüntees. 6. Transpordiviisid: 1) Aktiivne- Madalamalt konsentratsioonilt kõrgema suunas kuni tasakaalustumiseni. Vajab ATP-energiat ning transportvalke. 2) Passivne- Molekulid liiguvad kõrgemalt madalamale. Valgulised kandjad, ei vaja lisaenergiat. 7. Histoon on kromosoomi valk, mis kaitseb DNA-d ning aitab kromosoome rakujagunemise ajal kokku pakkida.
adenine bases and has been highly conserved through evolution. The TATA box is usually located 25 base pairs upstream to the transcription site. 4. Nimeta peamised DNAd siduvad domäänid, mis on iseloomulikud transkript-sioonifaktoritele (vähemalt 3) a. Homedomään valgud, tsink-sõrm valgud (zinc-finger), leutsiin lukud, heeliks-ling-heeliks (helix-loop-helix). 5. Mis roll on histoondeatsetülaasidel (HDAC) ja mis funktsioon on histoon-atsetülaasidel (HAT)? a. Histoondeatsetülaasid: b. Need valgud põhjustavad nukleosoomides, mis seonduvad TATA- box'i ja promootor-proksimaalsele järjestusele, histooni N- treminaalsete sabade de-atsetülatsiooni. Kui histoon on deatsetüleeritud, siis generaalsed transkript-sioonifaktorid, ei suuda seonduda TATA-box'ile. c. Histoonatsetülaasid: d
(retro-, DNA transposoomid, lisajärjestused), plasmiidid, bakteriofaagid, II rühma intronid. Transkrip Faktor- tugeva seostumisvõimega valgud st järjestusspetsiifiline DNAd siduv valök . vabastavad DNA keerulisest kromatiidsest koostisest. NMD ebakorrektselt splaisitud mRNA de lagundamine(kui stop koodon asub enne viimast ekson-ekson liidest) PTC-enneagne stopp-koodon. praimer -lühike oligonukleotiid, mille külge DNA polümeraas DNA replikatsiooni ajal kinnitubHAT- histoon atsetüül tansferaasidel on võime panna atsetüülrühm histooni N terminuse külge. Vähendavad interaktsiooni DNA ja histooni vahel. Soodustavad teiste valkude DNA pol ligipääsemist. HDAK- deatsetülaasid. Lõikavad atsetüülrühmas lüsiini jääkide küljest ära ja pärsivad aktiivust, fosfolüreelivad histooni. Promootor- TATA elementi sis geeni ala. Koht kuhu seondub RNA polümeraas. Ülavoolu asuv ala. DNA replikatsioon-Helikaas eraldab DNA ahelad. PolIII abil kodeeritakse
eukarüootides. • HAT (histoonatsetülaasid) - põhjustavad histooni N-terminaalsete sabade hüperatsetülatsiooni, tänu millele generaalsed transkriptsioonifaktorid seonduvad tugevamini. • HDAC (histoondeatsetülaasid) - need valgud põhjustavad nukleosoomides, mis seonduvad TATA- box’i ja promootor-proksimaalsele järjestusele, histooni N-treminaalsete sabade de-atsetülatsiooni. Kui histoon on deatsetüleeritud, siis generaalsed transkript-sioonifaktorid, ei suuda seonduda TATA- box’ile. • “capping” on struktuur maatriks RNA 5’-otsas. • Poly(A) on suure hulga adenosiinmonofosfaadi jääkide kinnitamise protsess primaatse mRNA 3’-otsa külge. • Splaising on protsess, mille käigus lõigatakse rakutuumas asuvast RNA molekulist välja intronjärjestused ning allesjäänud otsad ühendatakse.
metüleerimisel. (RNA 5' otsas paiknevate ribooside 2' oksügeenidele) Capi funktsioonid - 1) tuumaekspordi regulatsioon 2) kaitseb selle eest, et eksonukleaasid (otsast 5'-3' lõikavad) tulevad lõikama, aga see on 5'-5' 3) translatsiooni promootor 4) 5' lähimate intronite äralõikamise promootor Mis on HDAC ehk histooni deatsetülaas Ensüümiklass, mis eemaldab atsetüülgrupid epsilonNatsetüül lüsiin aminohappe histoonil. See teguviis on vastupidine histoon atsetüültransferaasile HDAC eemaldab need atsetüülgrupid, et suurendada positiivset laengut histoonide sabades ja soodustab suure afiinsusega sidumist histoonide ja DNA selgroo vahel. See protsess kondenseerib DNA struktuuri, hoides ära transkriptsiooni. HDAC tegeleb keskkonnast tuleneva info protsessimisega, rakuprotsessidega, raku kasvu ja surmaga, inimhaigustega ntx vähiga. Deatsetüleerimine muudab kromatiini resistentseks nukleaasidele ja moodustub kromatiin
CpG-saared inaktiivses X-kromosoomis on suuremas osas metüleeritud. Metüleerimine on mehhanism transkriptsiooni peatamiseks. XIC X-kromosoomi inaktivatsiooni tsenter. Selle ala peal on geen XIST. See geen on aktiivne vaid inaktiivsel X-kromosoomil. XIST geen ei kodeeri ühtki valku. XIST RNA !!! seondub rakutuumas inaktiivse X-kromosoomiga (Barri kehaga). Inimese aktiivses X-kromosoomis on H4 histoon atsetüleeritud, inaktiivses X-is aga mitte (s.t., on vaikiv). CpG saarekeste metüleerumine kutsub esile geenide inaktivatsiooni. Aktiivsetel geenidel Barri kehas puuduvad CpG saared 11. Kuidas määratakse mRNA eluiga rakus? mRNA eluiga mõjutavad polü-A saba olemasolu (ilma polü-A-ta mRNA-d on väga lühiealised) ja 3' mittetransleeritavad regioonid (UTR). Eluiga mõjutavad RNA-sisesed järjestused, nagu Poly-A piirkond, mis on kaitstud PABP-
4. ribosüümid RNA-ensüümid 5. mikro-RNAd posttranskriptsiooniline geenide aktiivsuse regulatsioon Escheria coli soolekepike Saccharomyces cerevisiae pagaripärm Schizosaccharomyces pombe poolduv pärm Caenorhabditis elegans ümaruss Drosophila melanogaster äädikakärbes Danio rerio sebrakala Geen DNA järjestuse lõik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd Histoon väga konserveerunud aluseline valk DNA ja RNA erinevused: · desoksüriboos, riboos · tümiin, uratsiil · kaheahelaline, üksikahelaline · RNA omab katalüütilist funktsiooni Transkriptsioon ehk RNA süntees. Splaising RNA modifikatsioon pärast transkriptsiooni, kus intronid eemaldatakse ja eksonid liidetakse. Toimub eukarüood mRNAs enne kui ta saab translatsiooniga toota korrektse valgu. Ribosoom valgutehas, mis sisaldab rRNAd ja ribosoomi valke
TOITE - laktoos imetajate piimas KAITSE - taime tsütoplasma suhkrustumine talvel ärakülmumise vastu BIOSÜNTEETILINE - süsivesikul on lähteaineks teiste ainete sünteesil; nt: riboos ja desoksüriboos nukleiinhapetes; süsivesikutest lipiidide süntees RASVAD EHK LIPIIDID - - orgaanilised ühendid, kuhu kuuluvad rasvad, õlid, vahad, steroidid jt; vees mittelahustuvad; lahustuvad orgaanilistes lahustites; fibrinogeen, fibriin, histoon, lipaas, insuliin LIPIIDIDE JAOTUS: 1. HORMOONID - tekivad sisenõrenäärmetes ja mõjutavad organismi ainevahetust SUGUHORMOONID - testosteroon ja östrogeen *östrogeen osaleb munarakkude küpsemisel INSULIIN e. neerupealise hormoon 2. RASVHAPPED KÜLLASTUNUD o -rasvhapped, mis sisaldavad oma molekulis ainult üksiksidemeid.
tuumapiirkond. Ka tuumakes tuumamembraaniga, milles poorid pole. Rakk on valdavalt 1n ainevahetuseks. Rakk valdavalt 2n faasis faasis kromosoomid on 1 1n rõngaskromosoom. on palju lineaarseid kromosoome. DNA-d ja geene suhteliselt Neis ka histoodin. DNA hulk suur vöhe. Histoon- valke pole kaksikmembraaniga Pole on tuum. mitokondrid - küigis rakuorganellid rakkudes ja plastiidid taimerakkudes sisemembraanistik pole eristunud. vüib- olla hästi arenenud. ümber tuuma. sopistisi golgi kompleks. EPR. lüsosoomid
nimetatakse ning mida selle abil teha saab? Karüotüüp, selle abil saab määrata kromosoomide ümberpaiknevusest tingitud haigusi. 27. Eukarüoodi DNA esimene ja teine pakkimistasand kuidas neid nimetatakse? Mitu korda need DNAd lühendavad? I pakkimistasand pakkimine nukleosoomi lühendab 7x II pakkimistasand 30 nm fiiber/solenoid- lühendab 40x 28. Millistest histoonidest moodustub nukleosoom (mitu histooni ja millised histoonid)? Milline histoon sellesse struktuuri ei kuulu ja mis on tema teadaolevad ülesanded tuumas? Nukleosoomi moodustavad histoonid H2A, H2B, H3 ja H4 - kõiki 2x. Histoon H1 stabiliseerib ja hoiab nukleosoomi sidemeid püsivatena ning vastutab kõrgemate pakkimistasandite stabiilsuse eest. Nukleosoom moodustub histoonidest H2A,H2B, H3,H4, kõiki neid on kahekordselt. On olemas ka histoon H1, mis vastutab nukleosoomide omavaheliste
genoome erinevalt ja sellest tuleneb fenotüübiline erinevus. Epigeneetiline programmeerimine taimedes aitab kontrollida arengu etappe. (loeng nr. 5 epigeneetika) Histoonid - valgud, mille ümber on DNA keeratud · Histoonid on aluselised ja DNA on happeline ja nii moodustub stabiilne kooslus kromatiin. Histooni peamine osa = oktameer (8 histooni molekuli) DNA keeratakse kaks korda ümber histoonide Nukleosoom = DNA, mida hoidab histoon paigal Nukleosoome hoiavad koos linker DNA-d DNA superkeerdumine Nukleosoomi funktsioon · Aitavad DNA molekuli keerdus hoida · Reguleerivad geeni ekspressiooni (loeng 3, 5 -genoom, ploidsus; epigeneetika) Meetodid: PCR - Polymerase chain reaction (PCR). Vaja praimereid, mis on disainitud sisestatud geeni järgi. 1. Inkubeeritakse sihtmärgi DNA-d 94 kraadi juures 1 minut, et eraldada ahelad. 2. Lisatakse praimerid, nukleotiidid ja DNA polümeraas 3
mikrotuubul mitokonder plastiid polüsoom- ühe ja sama valgu molekule sünteesivate ribosoomide kogum, mis on seotud ühe mRNA molekuliga. prokarüoot ribosoom tsentriool tsentrosoom tsütoloogia tsütoplasma võrgustik tsütoskelett turgor-taimeraku siserõhk karüoplasma-tuumaplasma, poolvedel, orgaaniliste ainete kogum, vett ei ole, ül: siduda tuuma osasid fagotsütoos- rakk õgib suuri aineosakesi. Rakumembraani sissesopistumisel moodustuvad rakku sisenenud aine põiekesed. histoon- kromosoomi valk Selgitavad küsimused: Rakkude uurimise võimalused. lk 47-48 (4 asja) valgus, elektromikroskoobid, infotehnoloogia, radioaktiivsete isotoopidega uurimine rakkude mitmekesisus, lähtudes tuumast, suurusest, kujust. lk 51-52 iseloomustada looma raku membraani ja ainete liikumisvõimalusi. lk 56-58 iseloomusta tsütoplasmat (lüh. küsimus) lk 53 iseloomusta rakutuuma(pikem). kromosoomid ja tuumakesed jne. lk 54-55
tuum Tuuma pole, selle asemel on Tuum eraldatud tuumapiirkond. Ka tuumakest pole. tsütoplasmast tuumamembraaniga, milles poorid ainevahetuseks. kromosoomid DNA-d ja geene suhteliselt vähe. On palju lineaarseid Histoon-valke pole kromosoome. Neis ka histoonid. DNA hulk suur kaksikmembraaniga Pole On tuum, mitokondrid - rakuorganellid kõigis rakkudes ja plastiidid taimerakkudes
eri seisundis: 10% aktiivne (sisaldab DNA-d, mida atud rakus transkribeeritakse) ja 90% inaktiivne. DNA-ga seonduvaid valke on laias laastus kahte sorti: struktuursed ja regulatoorsed. Kõige paremini on uuritud struktuursed valgud histoonid, mis esinevad kõigil eukarüootidel. Histoonid on suhteliselt väikesed valgud suure hulga positiivselt laetud aminohapetega (Lys, Arg). Histoone on 5 tüüpi, mis jagunevad kahte rühma: nukleosoomsed histoonid (H2A, H2B, H3, H4) ja histoon H1. Inimese haploidne genoom sisaldab ca 3 miljr. nukleotiidi paari, mis on jagatud 24-ks kromosoomiks (22 erinevat autosoomi ja 2 erinevat sugukromosoomi). Histoonid ja DNA nukleosoomne struktuur. DNA pakkimine kõrgema järgu struktuuridesse. Kõikides eukarüootides on DNA kaksikahela esimeseks kõrgemaks organiseerituse astmeks nn. nukleosoomne struktuur. Nukleosoomi südamiku moodustavad nukleosoomsed histoonid, mida on igat molekuli 2 eksemplari, seega on nukleosoomi
Rakus kahes eri seisundis: 10% aktiivne (sisaldab DNA-d, mida atud rakus transkribeeritakse) ja 90% inaktiivne. DNA-ga seonduvaid valke on laias laastus kahte sorti: struktuursed ja regulatoorsed. Kõige paremini on uuritud struktuursed valgud histoonid, mis esinevad kõigil eukarüootidel. Histoonid on suhteliselt väikesed valgud suure hulga positiivselt laetud aminohapetega (Lys, Arg). Histoone on 5 tüüpi, mis jagunevad kahte rühma: nukleosoomsed histoonid (H2A, H2B, H3, H4) ja histoon H1. Inimese haploidne genoom sisaldab ca 3 miljr. nukleotiidi paari, mis on jagatud 24-ks kromosoomiks (22 erinevat autosoomi ja 2 erinevat sugukromosoomi). Histoonid ja DNA nukleosoomne struktuur. DNA pakkimine kõrgema järgu struktuuridesse. Kõikides eukarüootides on DNA kaksikahela esimeseks kõrgemaks organiseerituse astmeks nn. nukleosoomne struktuur. Nukleosoomi südamiku moodustavad nukleosoomsed histoonid, mida on igat molekuli 2
Mõlemat tüüpi valkude kompleksid tuuma DNA-ga moodustavad kromatiini. Histoone nimetatakse ka kromosoomi struktuurvalkudeks, ülejäänud on regulatoorsed valgud. Histoonid sisaldavad palju positiivselt laetud aminohappeid arginiini ja lüsiini. Sellest tulenevalt on histoonid aluselised. Positiivne laeng aitab histoonidel DNA-ga seonduda. Eristatavad on 5 põhilist histoonide klassi: H2A, H2B, H3 ja H4 kuuluvad nukleosoomi koostisesse; histoon H1 asub linker-DNA alas. Protamiinid on tugevalt aluselised valgud, mis on ehituselt histoonidest lihtsamad ning ei sisalda türosiini. Protamiinid asendavad histoone spermides, võimaldades DNA väga tugeva kokkupakkimise. Histoone määravad geenid asuvad eükarüootide genoomis tandeemsete kordustena. Mittehistoonsete kromosoomivalkude hulka kuuluvad DNA topoisomeraasid, HMG valgud, teatud
tuum Tuuma pole, selle asemel on Tuum eraldatud tuumapiirkond. Ka tuumakest tsütoplasmast pole. tuumamembraaniga, milles poorid ainevahetuseks. kromosoomid DNA-d ja geene suhteliselt vähe. On palju lineaarseid Histoon-valke pole kromosoome. Neis ka histoonid. DNA hulk suur kaksikmembraaniga Pole On tuum, mitokondrid - rakuorganellid kõigis rakkudes ja plastiidid taimerakkudes
selle abil teha saab? Karüotüüp. Nende põhjal saab kromosoome ning nende ümberkorraldustest tulenevaid haigusi määrata. Eukarüoodi DNA esimene ja teine pakkimistasand – kuidas neid nimetatakse? Mitu korda need DNAd lühendavad? - Esimene tasand : pakkimine nukleosoomi, lühendab 7x - Teine tasand : 30nm fiiber/solenoid, lühendab 40x Millistest histoonidest moodustub nukleosoom (mitu histooni ja millised histoonid)? Milline histoon sellesse struktuuri ei kuulu ja mis on tema teadaolevad ülesanded tuumas? Kromatiini koosseisus on histoone viit tüüpi – H1, H2A, H2B, H3, H4. Nukleosoom koosneb histoonidest ja nende ümber keerdunud DNA-st. Ühes nukleosoomis on kokku kaheksa histooni molekuli: iga nelja histooni (H2A, H2B, H3, H4) on kahes korduses. Nukleosoomide vahel paiknevale DNA ahelale seondub H1 histoon, mida nimetatakse ka linkerhistooniks. H1
Nukleosoomide vahele jäävad ilma histoonideta DNA lõigud. * Nukleosoomid on kõige madalam (esimene) DNA kondensatsiooni aste.(põhjustab DNA ahela lühenemist ~3 korda) Nukleosoomi ehitus: Oktameerne histoonide kompleks igat histooni (H2A, H2B, H3, H4) 2 molekuli Histoonide kompleksi ümber on keerdunud DNA ahel pikkusega ~146 aluspaari. Nukleosoomi diameeter 10 nm. Nukleosoomide vahel paikneva DNA ahela pikkus varieerub rohkem 15-55 aluspaari, taimedel 20 200 aluspaari. H1 histoon seostub DNAga väljaspool nukleosoomi. H1 funktsiooniks on stabiliseerida nukleosoomne struktuur, aga samuti kõrgemad DNA kondenseerumise tasandid. Et nukleosoomide struktuur tekiks, on vajalikud täiendavad valgud, mis seovad histoonid ja ühendavad need DNAga. Esinevad täiendavad DNA kondenseerumise tasandid. Rakkude interfaasis (periood mitooside vahel) eraldatud DNA esineb 30 nm diameetriga ahelatena e solenoididena. Selline struktuur tekib nukleosoomse pärlinööri spiraliseerumisel
Kromatiini all mõistetakse rakutuumas olevat DNA-d, mis on seotud valkudega. DNA-ga seonduvaid valke on laias laastus kahte sorti: struktuursed ja regulatoorsed. Kõige paremini on uuritud struktuursed valgud histoonid, mis esinevad kõigil eukarüootidel. Histoonid on suhteliselt väikesed valgud suure hulga positiivselt laetud aminohapetega (Lys, Arg). Histoone on 5 tüüpi, mis jagunevad kahte rühma: nukleosoomsed histoonid (H2A, H2B, H3, H4) histoon H1. H3 ja H4 on evolutsioonis väga konserveerunud valgud, s.t. et fülogeneetiliselt väga kaugetel liikidel on erinevused valgu primaarjärjestuses tühised. Kõikides eukarüootides on DNA kaksikahela esimeseks kõrgemaks organiseerituse astmeks nn. nukleosoomne struktuur. Kahe nukleosoomi vahele jäävat DNA lõiku nim. linker-DNA-ks, sinna seondub histoon H1, mis vastutab DNA pakkimise eest järgmisse kõrgema järgu struktuuri (30 nm kiud)
mida selle abil teha saab? Karüotüüp. Nende põhjal saab kromosoome ning nende ümberkorraldustest tulenevaid haigusi määrata. 27. Eukarüoodi DNA esimene ja teine pakkimistasand kuidas neid nimetatakse? Mitu korda need DNAd lühendavad? - Esimene tasand : pakkimine nukleosoomi, lühendab 7x - Teine tasand : 30nm fiiber/solenoid, lühendab 40x 28. Millistest histoonidest moodustub nukleosoom (mitu histooni ja millised histoonid)? Milline histoon sellesse struktuuri ei kuulu ja mis on tema teadaolevad ülesanded tuumas? Kromatiini koosseisus on histoone viit tüüpi H1, H2A, H2B, H3, H4. Nukleosoom koosneb histoonidest ja nende ümber keerdunud DNA-st. Ühes nukleosoomis on kokku kaheksa histooni molekuli: iga nelja histooni (H2A, H2B, H3, H4) on kahes korduses. Nukleosoomide vahel paiknevale DNA ahelale seondub H1 histoon, mida nimetatakse ka linkerhistooniks
nimetatakse ning mida selle abil teha saab?Karüotüüp, selle abil saab määrata kromosoomide ümberpaiknevusest tingitud haigusi. 27. Eukarüoodi DNA esimene ja teine pakkimistasand kuidas neid nimetatakse? Mitu korda need DNAd lühendavad? I pakkimistasand nukleosoom lühendab 7x II pakkimistasand fiiber- lühendab 40x 28. Millistest histoonidest moodustub nukleosoom (mitu histooni ja millised histoonid)? Milline histoon sellesse struktuuri ei kuulu ja mis on tema teadaolevad ülesanded tuumas? Nukleosoom moodustub histoonidest H2A,H2B, H3,H4, kõiki neid on kahekordselt. On olemas ka histoon H1, mis vastutab nukleosoomide omavaheliste sidemete püsivuse eest, stabiliseerib nukleosoomi ja osaleb kõrgemate pakkimistasandite stabiilsuse eest. On väga liikuv ja teised funktsioonid teadmata. 29. Millised mittehistoonsed valgud aitavad kromatiini kõrgemat järku
Nukleosoomi tuumiku moodustavad histoonid H3, H4, H2A ja H2B, mida kõiki on kahes korduses. Nendest H3 ja H4 moodustavad tetrameeri, millele omakorda kinnituvad kaks H2A-H2B dimeeri. Ümber histoonide oktameeri on keerdunud DNA. Nukleosoomide rida DNAl moodustab pärlikee struktuuri, so 10 nm fiiber. Järgmises etapis pakitakse nukleosoomid omavahel kokku, mille tulemusena moodustub 30 nm kromatiini fiiber. Nukleosoomide vahele jäävale DNA-le seondub histoon H1 ja toob nukleosoomid omavahel kokku. 30 nm fiiber kinnitub lingudena kromosoomi tugivalkudele (chromosome scaffold), tugivalkudega seonduvaid DNA piirkondi nim SAR-iks (scaffold associated region). 30 nm fiiber moodustab loop’e, mis on umbes 300 nm pikad. 300 nm fiibrid surutakse kokku tihedalt pakitud spiraaliks ning moodustub 700 nm fiiber. Ning 700 nm fiiber keritakse tihedalt kokku metafaasi kromosoomi kromatiidiks (1400 nm).
tekitades "pärlikee", see omakorda on pakitud 30 nm fiibriteks, see omakorda lingudeks, viimane veel eriti kondenseerunud vormiks ning lõpptulemus on metastaasi kromosoom. Kromatiini pakkimine: nukleosoomid koosnevad valgulisest tüvest, millele DNA on keermeliselt ümber keeratud, oktameerne tüvi koosneb iga histooni (H2A, H2B, H3 ja H4) kahest koopiast, 30-nm fiibrid, neis on nukleosoomid pakitud irregulaarse struktuurina või solenoidi struktuuri, H1, viies histoon, on solenoidi sisemuses otseses kontaktis DNAga, nii et iga H1 molekul on assotsieeritud ühe nukleosoomiga. Eu- ja heterokromatiin. Eukromatiin on ala, kus kromatiin on vähem kondenseerunud, annab värvimisel heledaid vööte, suurem osa transkriptsioonist toimub eukromatiini piirkondades. Heterokromatiin on ala, kus kromatiin on rohkem kondenseerunud, annab värvimisel tumedaid vööte, esineb sagedamini tsentromeeride piirkonnas ja telomeeride aladel. Kromatiid. Iga metafaasi kromosoom
Nukleosoomide ümberkorraldamine Kutsuvad esile lisaregulaatorite seostumise Aitavad RNA polümeraasil seostuda promootorile Vabastavad RNA polümeraasi, et alustada transkriptsiooni Vabastavad RNA polümeraasi peatuskohast transkriptsiooni aktivaatorid töötavad sageli mitmekesi koos Mitu koos töötavat aktivaatorit annavad suurema toime (transkriptsiooniline sünergia) Nukleosoomide eemaldamine (nt histoon chaperionidega e nn saatevalkudega) Histoonide asendamine Histoonide ümberkorraldamine toimimine transkriptsiooni erinevatel etappidel Repressorid Lülitab geenid välja inhibeerib transkriptsiooni Aktivaatorid ja repressorid võistlevad sama regulatoorse piirkonna pärast DNA-l Repressor takistab aktiveeriva signaali jõudmist aktivaatorile Takistab üleüldiste transkriptsioonifaktorite kompleksi moodustumist
Eukarüootne kromosoom on bakteri DNAga võrreldes kompaktsem. Kromosoomi moodustab 1 DNA molekul. Eukarüootsete kromosoomide kondensatsioonil eristatakse 3 taset: 1. DNA nukleosoomne struktuur DNA on keritud ümber histoonidest moodustunud oktameeride. Oktameeri moodustab histoonivalkude kogum, kus histoone H2a, H2b, H3 ja H4 on kahes korduses. Nukleosoom sisaldab 146 aluspaari DNAd. Nukleosoomid on omavahel ühendatud linkeralade kaudu. Histoon H1 on seotud linkeralaga ja see stabiliseerib struktuuri ning osaleb kromatiinikiudude moodustamisel. 29 DNA on nukleosoomis negatiivselt superspiraliseerunud ja keritud 1,75 ringi ümber histoonse oktameeri. Nukleosoomi diameeter on 11nm. 2. Kromatiinkiud Kromatiin – interfaasi raku kromosoomimaterjal, mis koosneb valdavalt DNAst ja valkudest, väiksemas hulgas ka RNAst.
AU / GC b) Vesiniksidemed saab üle kanda. A = U / G C ( kolmikside nende vahel) Sekundaarstruktuure hoivad koos vesiniksidemed. 3. Kolmandane struktuur Nukleiinhappe seostub valkudega ja see seos põhineb ioonsidemetel +, - laengutel. Nukleiin happed annavad fosforhappele laengu ja valgud annavad + laengu. · DNA puhul näiteks kromosoomid, kromosoomides on DNA siduvaks valguks histoonid( neid on 5 tüüpi). Histoon valkude ülesanded: a) vähendada Dna molekule b) kaitsta DNA-d: kiirguste katkemise eest c) tagada DNA valikuline avaldumine · RNA puhul näiteks ribosoomid, seal toimub valkude süntees. Füüsikalised ja keemilised omadused 1.Kõrgmolekulaarsus, biomolekulides kõige suurema molekulmassiga. 2. Lahustuvad biovedelikes 3. Nukleiinhapped hüdrolüüsuvad ja mille tulemuseks on vabade nukleodiide teke. 4
(varieerub 8 aluspaarist 114-ni). 13. Mis on histoonid, oktameer, nukleosoomid Histoonid - struktuurselt tugevalt aluselised valgud, suure hulga positiivselt laetud aminohapetega. Osalevad kromosoomide DNA kokkupakkimisel ja geenide aktiivsuse regulatsioonil. - Histoone on 5 tüüpi mis jagunevad 2 rühma: 1) nukleosoomsed histoonid (H2A, H2B, H3, H4 - osalevad nukleosoomi moodustamises); 2) histoon H1 - seondub linker-DNA-ga. Need valgud on erinevatel liikidel väga sarnased ja esinevad peaaegu igas rakutüübis, välja arvatud spermatosoidid- seal on asendatud protamiinidega Oktameer - histoonidest moodustunud nukleosoomi südamik, mis koosneb kahest H2A-H2B dimeerist ja H3-H4 tetrameerist. Nad on DNA- ga spetsiifiliselt seotud, moodustades nukleosoome Nukleosoomid - oktameer + 146 DNA nukleotiidipaari
Võrreldes interfaasi kromosoomidega on meioosi ja mitoosi kromosoomid rohkem kondenseerunud. Eukarüoodi kromosoomi kondensatsioonil on eristatavad kolm astet. 1) DNA nukleosoomne struktuur. Iga 200 nukleotiidi pikkuse DNA lõigu kohta on moodustunud üks nukleosoom, mis sisaldab 146 aluspaari. Nukleosoomid on ühendatud linkeraladega. Iga nukleosoomi koostises on 2 molekuli histoone H2a, H2b, H3 ja H4. Histoon H1 on seondunud linkeralaga. Linkeralade pikkus võib varieeruda nii liigiti kui ka erinevates rakutüüpides liigisiseselt. Nende pikkus varieerub 8 aluspaarist 114-ni. Nukleosoomide struktuur geneetiliselt aktiivsetes kromosoomi piirkondades erineb struktuurist geneetiliselt inaktiivsetes piirkondades. 2) Kromatiini kiud. Interfaasis on elektronmikroskoobi abil nähtavad 10 nm diameetriga nukleosoome sisaldavad kromatiini kiud
Nt p53 tuumorsuppressor valk aktiveerides võib viia apoptoosini. metüleerimine - valgu metüleerimine toimub tavaliselt arginiini või lüsiini jäägi juures. Arginiini saab metüleerida 1 või 2 korda või ühe metüülrühmaga mõlemasse lämmastikku, läbi viivad peptidüülarginiin metüültransferaasid. Lüsiini saab metüleerida 1-3 korda lüsiini metüültransferaaside poolt. Valkude metüleerimist on enim uuritud histoonides, kus seda viivad läbi histoon metüültransferaasid (Met kohal?). 40 Metüleeritud histoonid võivad epigeneetiliselt represseerida või aktiveerida geeni ekspressiooni teatud tingimustel. ubikvitineerimine ubikvitiini aktiveerimine (2-astmeline reaktsioon E1 ubikvitiin-aktiveeriv ensüüm viib läbi, vajab ATP energiat; 1 samm hõlmab ubikvitiin-adenülaadi intermediaadi tootmist ja teine samm viib
replitseerimist. Teisele ahelale peab uued panema. Histoonid peavad juba valmis olema. H2A ja H2B dissotseeruvad. Histooni chaperonid – juhivad uued histoonid tütarDNA juurde. Kontrollib, et moodustaks tetrameer sellega, kellega peakski. Aitavad nukleosoomi moodustada. Erinevatel chaperonidel on erinevad rollid kokkupakkimisel. Nukleosoomis on histoonide ja DNA vahel 142 vesiniksidet. Nukleosoomide vahel on DNAga seotud H1 (histoon). H1 on oluline kromatiini struktuuri kohaselt. Histoonidel on üheahelalised DNA sabad, mis ulatuvad nukleosoomist välja. Olulised sündmused on mõjutatud sabadest. H3 koht – sealt läheb DNA välja. H2A ja H2B ei ole otstega seotud, vaid ainult selle järjestusega. H3 ja H4 N-terminaalsete otste modifitseerimine on oluline geenide ekspresseerimisel. Histoonide laengust sõltub, kui kõvasti on DNA küljes kinni. Histoonid tagavad DNA-l topoloogilise pinge, DNA on „ülekäänatud“.
, kuid need raskused on teada ja neid proovitakse võimalust pidi vältida. Kui võrrelda erinevaid valke, siis selgub, et nende evolutsiooniline kiirus on vägagi erinev. valk kiirus x 109 /a fibrinopeptiidid 8.3 lüsosüüm 2.0 insuliin 0.4 histoon H4 0.01 Vaatamata ulatuslikule verieeruvusele olid need need, omal ajal Kimura poolt kokkuvõetud arvud, tundusid talle LV tarvis kaugelt liiga suured (nüüdseks muidugi oleks võimalik niisuguseid tabeleid tega sadu kordi suuremaid). Miks siis Kimura pidas neid kiirusi vastuolevaiks LV poolt seletuvaile? Täpne kvantitatiivne seletus nõuaks detaile, miska piirdume põhimõtete selgitamisega.
Eukarüoodi kromosoomi kondensatsioonil on eristatavad kolm astet. 1) DNA nukleosoomne struktuur. Iga 200 nukleotiidi pikkuse DNA lõigu kohta on moodustunud üks nukleosoom, mis sisaldab 146 aluspaari. Nukleosoomid on ühendatud linkeraladega, mis on nukleaaside poolt atakeeritavad. Iga nukleosoomi koostises on 2 molekuli histoone H2a, H2b, H3 ja H4. DNA on nukleosoomis negatiivselt superspiraliseerunud ja keritud 1,75 korda ümber histoonidest moodustunud oktameeri. Histoon H1 on seondunud linkeralaga. Linkeralade pikkus võib varieeruda nii liigiti kui ka erinevates rakutüüpides liigisiseselt. Nende pikkus varieerub 8 aluspaarist 114-ni. Nukleosoomide struktuur geneetiliselt aktiivsetes kromosoomi piirkondades erineb struktuurist geneetiliselt inaktiivsetes piirkondades. 2) Kromatiini kiud (ingl. k. fibers). Interfaasis on elektronmikroskoobi abil nähtavad 10 nm diameetriga nukleosoome sisaldavad kromatiini kiud
Eukarüoodi kromosoomi kondensatsioonil on eristatavad kolm astet. 1) DNA nukleosoomne struktuur. Iga 200 nukleotiidi pikkuse DNA lõigu kohta on moodustunud üks nukleosoom, mis sisaldab 146 aluspaari. Nukleosoomid on ühendatud linkeraladega, mis on nukleaaside poolt atakeeritavad. Iga nukleosoomi koostises on 2 molekuli histoone H2a, H2b, H3 ja H4. DNA on nukleosoomis negatiivselt superspiraliseerunud ja keritud 1,75 korda ümber histoonidest moodustunud oktameeri. Histoon H1 on seondunud linkeralaga. Linkeralade pikkus võib varieeruda nii liigiti kui ka erinevates rakutüüpides liigisiseselt. Nende pikkus varieerub 8 aluspaarist 114-ni. Nukleosoomide struktuur geneetiliselt aktiivsetes kromosoomi piirkondades erineb struktuurist geneetiliselt inaktiivsetes piirkondades. 2) Kromatiini kiud (ingl. k. fibers). Interfaasis on elektronmikroskoobi abil nähtavad 10 nm diameetriga nukleosoome sisaldavad kromatiini kiud
annaabi.ee 
