Samuti tundus esmapilgul, et trüptofanaasne aktiivsus puudub minu uuritaval mikroobil. Siiski hakkas vaikselt tekkima veekihile õrnalt punakas alkoholkiht, kuigi see oli väga nõrk. Seega ei osanud täpselt hinnata, kas on olemas trüptofanaas või mitte. Indooltesti tuleks korrata, et veenduda täiesti ensüümi olemasolus. Minu tundmatul tüvel ei tuvastanud amülaasi, proteaasi ega kaseiini. -glükosidaas (eskuliin) ja -galaktosidaas andsid positiivse tulemuse. Arginiini dihüdrolaas, ureaas ja DNaasi testid olid negatiivsed. 5. kasv temperatuuril, NaCl kontsentratsioonidel ja pH-l 37 °C juures kasv puudus täielikult, kuid 42 °C juures esines. Maksimaalne soolataluvus oli 7% juures, kuid eelistas (kõige tugevam kasv) 0% juures kasvada. Kõige nõrgem kasv oli pH 3 juures ja tugevaim alates pH 9-st kuni 11-ni. 6. 16S rRNA geeni järjestus Kasutades BLAST andmebaasi ja tundmatu tüve 16S rRNA järjestust, sain lõpuks tulemuseks Enterobacter aerogenes'i
-galaktosidaas + W + + -fukosidaas V W + + Prevotella multiformis P. multiformis P. denticola P. bivia P. melaninogenica API An-ident -glükosidaas - - - W -galaktosidaas - W W + -galaktosidaas + W + + Arginiini - + - + aminopeptidaas Histidiini - - - + aminopeptidaas Glütsiini - - + - aminopeptidaas Prevotella multiformis (DNA G+C sisaldus (%)) P.multiformis P.denticola P.bivia P.melaninogenica 51,1-51,3 40,0 50,5 41,1 Prevotella multiformis Kasutatud kirjandus:
10% aktiivne (sisaldab DNA-d, mida antud rakus transkribeeritakse) 90% inaktiivne 1. Eukromatiin: Seal paiknevad aktiised geenid Ei ole väga tihedalt pakitud 1. Heterokromatiin: Tugevasti kondenseerunud Peamiselt kõrgkordus DNA Tuuma ümbruse lähedal Nt: X-inaktivatsioon Kromosoomivalgud 1. Histoonid: Struktuurivalgud aluselised Neutraalse pH juures positiivse laenguga (20-30% arginiini ja lüsiini) 5 klassi: H1, H2A, H2B, H3, H4 (spermatosoidides protamiinid) Moodustavad kromatiinist struktuurseid alaüksusi - nukleosoome Fülogeneetiliselt konserveerunud 1. Mittehistoonsed kromosoomivalgud: Tugevalt happelised Neutraalse pH juures negatiivse laenguga Miks on DNA pakkimine vajalik? 1. DNA peab mahtuma rakutuuma (Genoomi kogupikkus u 2m!) 2. DNA peab tütarrakkude vahel jagunema võrdselt 3
Villa orgaanilise aine iseloomulikuks tunnuseks on fibrillaarsete valkude, eriti keratiinide kõrge sisaldus, milles leidub rohkesti väävlit sisaldavaid aminohappeid (tsüstiini, tsüsteiini jt). Väävlisisalduse järgi võib otsustada ka villakasvu üle. Jämedas, säsikanaliga villas on väävlit vähem kui peenvillas. Arvatakse, et väävlli vähesusest on tingitud jämevillalammaste aeglasem villakasv. Villas leidub kuni 20 aminohapet, nendest kõig rohkem tsüstiine, leutsiini, arginiini ja glutamiinhapet. (allikas 1 ) Villa tehnoloogilised omadused Villa tehnoloogilised omadused on jämedus, säbarus, pikkus, tugevus, venivus, vanuvus. Villa jämedus määrab saadava lõnga väärtuse, valmistatava riide paksuse ja pehmuse. Säbarus võib olla: · lame · normaalne · kõrge Mida peenekiulisem on vill, seda säbaram ta on. Säbarusest oleneb villa elastsus, vanuvus ja riide poorsus. Villakarva pikkus määrab lõnga siledus ja tugevus. Villa
homokarnosiin karnosiini süntetaasi toimel aktiveerumine Lihasrakusisese pH säilitamine Vase kelateerimine 3) Neuromediaator NAD Trüptofaan, niatsiin Neurotransmitter Lämmastikoksiid (NO) Arginiini baasil NOS abil Silelihaste lõõgastusfaktor KNS neurotransmitter Makrofaagide tumoritsiidne/bakteritsiidn e faktor Trombotsüütide
stabiilsuse). • Manustatakse 1 kord päevas. • Imiteerib füsioloogilise basaalinsuliini ööpäevast rütmi. Tagab 24 tunni jooksul stabiilse basaalinsuliini taseme organismis. • Tunduvalt väheneb hüpoglükeemia oht, sealhulgas ka öisel ajal. - Keskmise ja pika toimeajaga (18-24 tundi) humaaninsuliin (Insulin glargin, Insulin detemir) Determiirinsuliini puhul on kompleks küllastatud rasvhappega. Glargiininsuliini B-ahela C- terminaali on lisatud kaks arginiini, ka aminohappe vahetus. Glargiin-insuliin – 24 h toimiv iniminsuliini analoog, ei segata lühitoimeliste insuliinidega. K. Vahenõmm 2018 Suukaudsed vere glükoosisisaldust vähendavad ained. Nende ainete farmakokineetika, toimemehhanism, kõrvaltoimed, kasutamine, ravikombinatsioonide rakendamine, kombinatsioonid insuliiniga. - Biguaniidid (Metformiin) Isoleeriti harilikust kitsehernest. • Tugevdab insuliini toimet perifeersetes kudedes. • Inhibeerib glükoneogeneesi maksas. •
Täpselt nii arvasin ka mina, enne kui oma teadusuuringutega algust tegin. Siis sain teada, et paljud taimed, mis on meile kasulikud nagu mustikad, spinat, brokoli kaasa arvatud punane vein, tume sokolaad, mida ma armastan, tegelikult kõik need aitavad tekitada mingil määral lämmastikmonooksiidi. Neis kõigis on mingisuguseid taolisi aineid, mis konventeeruvad lämmastikmonooksiidiks kui maohape nendega kokku puutub. Maost kantakse see laiali vereringega. · L-arginiini muundumine lämmastikmonooksiidiks toimub alles peensooles. Konvergents on väiksem, vananedes saame seal lämmastikmonooksiidi vähem. Kui saame mao kaudu lämmastikmonooksiidi kätte, saame seda rohkem ja kiiremini kui peensoole kaudu. Ja tegelikult L-arginiin, mida kõik arvavad, et see on see õige asi, tegelikult L-arginiin ei ole see kõige parem asi lämmastikmonooksiidi saamiseks ja ma hakkasin sellest natuke edasi mõtlema.
dehüdreeritus, hüpotensiivsus, siis ADH võimendab soolade tagasii mendumist jämedas ülenevas osas ja kogumisjuhas. Kuigi ADH simulatsioon soolade tagasivõtmisel jämedas ülenevas osas tundub teise efektiga – võimendab tuubuli vedeliku lahjendamist, siis tegelikult lubab maksimaalselt soolade ja vee säilitamist, sest suurenenud soolade võtmine osaleb interstitiaalses osmolaarsuses ja võimaldab võimendatud vee imendumist kogumisjuhades. NO – gaas, mis toodetakse L-arginiini katabolismis, toodetakse neeru endoteeli ja epiteeli rakkudes. NO suurendab neeru Na+ ja vee eritamist nii, et inhibeerib Na + võtmist rakku mitmetes neeru segmentides. Jämedas ülenevas osas, NO tootmine inhibeerib apikaalset Na+ sissevõtmist (inhibeeritakse transportereid). Sellel on oluline roll süsteemse ekstratsellulaarse vedeliku mahu ja vererõhu regulatsioonis. Endoteliin 1 – peptiidhormiin, mida toodetakse neerudes kogumisjuhades, endoteelirakkudes, jämedas ülenevas osas
Energiabatoonid Spordijoogid valgusisaldusega Ammoniaak kutsub esile väsimuse · Väsimus lihastes ja ajus · Tasakaaluhäired koormuse lõppfaasis · Kestval ja/või intensiivsel koormusel aitavad amoniaagisisaldust langetada Asparagiinhape, glutamiinhape ja arginiin Võtta kindlasti täpses koguses Min 10g lisaks tavatoidule 24t jooksul enne koormust · Aminohapete preparaadid, eri spordijoogid Nisuidud kõrge arginiini sisaldusega · Nisuidud 2,3 grammi 100g kohta · Võistluspäeva hommikul 50g nisuidusid · Lahjendatud lahjas piimas jogurtis puuviljamahlas Nisuidud - igapäevane toidulisand Aminohapped olulised just kestval koormusel · Kestval koormusel aminohapete ja süsivesikute puudumine Nende sisaldus veres ja lihastes järsult langeb · Mida vähem aminohappeid, seda suurem haiguste ja vigastuste oht
sooladel on oluline toime meie närvisüsteemi talitlusele. Viimatinimetatud põhjusel kasutatakse glutamiinhapet ja kaltsiumglutamaati mitmete neuroloogiliste haiguste ravil. Mitmesugused sünteetilised aminohapete teisendid kindlustavad kas mõru või soolase maitseaistingu. Samuti on sünteetilised aminohapped kasutusel ka kunstlike toidulõhnade ja -aroomide tekitamiseks. Nii näiteks on kunstliku leivalõhna tekitamiseks ühe olulise komponendina vaja arginiini, praetud liha aroomi jäljendamiseks aga aminohapetest tsüsteiini, glütsiini ja glutamiini. Tunduvalt rohkem on toiduainetetööstuses levinud üksikute toiduainete rikastamine erinevate valgupreparaatidega. Nii korrigeeritakse sellise menetlusega paljude taimsete toiduvalkude aminohappelist koostist. Toitumise seisukohalt ei ole enamik taimseid toiduvalke täisväärtuslikud. Taimsed toiduvalgud ei sisalda vajalikus koguses ega vahekorras meile asendamatuid aminohappeid
terminaalne -heeliks sisaldab DNA sidumiseks vajalikke aluselisi AAjääke, keskmises osas on lingu ala ning Cterminuses on järgmine -heeliks. Sarnaselt aluselistele-lukkudele võivad ka bHLH valgud moodustada heterodimeere. 25. Mis roll on histoondeatsetülaasidel (HDAC) ja mis funktsioon on histoonatsetülaasidel (HAT)? Histooni sabad on tavaliselt positiivse laenguga tänu lüsiini ja arginiini jääkidele, mistõttu histoonid saavad hästi siduda negatiivse laenguga DNA-d. Atsetüleerimine neutraliseerib laengud ja DNA keerdub lahti, saab toimuda transkriptsioon. HDAC deatsetüleerib histoonid, mistõttu seonduvad need tagasi DNA fosfaatide külge ja tekib kondenseerunud struktuur. HAT-i roll on täpselt vastupidine viib atsetüül-koensüümA-lt atsetüüli positiivsete aminohapete neutraliseerimiseks. 26. Histoonne kood.
suures skaalas ja samas suur sarnasus morfoloogiliselt väga erinevate ja süstemaatiliselt kaugete liikide vahel. Seda nähtust nimetatakse C-väärtuse paradoksiks. Eukarüoodi DNA-seoselised valgud jagunevad kaheks- histoonid ja mittehistoonsed valgud. Mõlemat tüüpi valkude kompleksid tuuma DNA-ga moodustavad kromatiini. Histoone nimetatakse ka kromosoomi struktuurvalkudeks, ülejäänud on regulatoorsed valgud. Histoonid sisaldavad palju positiivselt laetud aminohappeid arginiini ja lüsiini. Sellest tulenevalt on histoonid aluselised. Positiivne laeng aitab histoonidel DNA-ga seonduda. Eristatavad on 5 põhilist histoonide klassi: H2A, H2B, H3 ja H4 kuuluvad nukleosoomi koostisesse; histoon H1 asub linker-DNA alas. Protamiinid on tugevalt aluselised valgud, mis on ehituselt histoonidest lihtsamad ning ei sisalda türosiini. Protamiinid asendavad histoone spermides, võimaldades DNA väga tugeva kokkupakkimise. Histoone määravad
hüdrogenaasid ja aminohapete dekarboksülaasid. Anaeroobsetes tingimustes kui keskkonna pH on väga madal pH 2,0 2,5, aktiveerib E. coli hüdrogenaas 3, mis katalüüsib H+ muutmist H2. Neutrofiilides, mis satuvad äkki happelisse keskkonda, on olulised aminohapete dekarboksülaasid, näiteks glutamaadi dekarbüksolaas (E. coli's GadB), mis lagundab glutamaadi -aminovõihappeks ehk GABA-ks (inglise keeles -amonibutyric acid), arginiini dekarbüksolaas ja lüsiini dekarboksülaas. GadB partner GadC abil transporditakse tsütoplasmast GABA välja. GABA transportimisega välja transporditakse glutamiinhape rakku. Vastupidiselt happelisele keskkonnale, aktiveeritakse aluselises keskkonnas aminohapete deaminaasid näiteks trüptofaani deaminaas TnaA või metabolismirajad, mis toodavad orgaanilisi happeid. hüdrogenaas: glutamaadi dekarboksülaas:
Kui hiljem vaadata, siis kasvukeskkonnas olevate teiste substraatide aluselised laguproduktid varjutavad tekkinud happelise reaktsiooni 10. Mis on IMViC test ja milliste mikroobide eristamisel on ta oluline? Enterobaktereid tuvastav testide seeria. 11. Mis tähtsus on eksoensüümidel ja nimeta neid? Eksoensüümid – bakterite produtseeritud ensüümid, mis lagundavad väljaspool rakku olevad polümeersed orgaanilised ühendid. Proteaas, esteraas, glükosidaas, galaktosidaas, trüptofanaas, arginiini dihüdrolaas, amülaas, DNaas, tsellulaas. 12. Millisesse ensüümide klassi kuuluvad eksoensüümid? Hüdrolüütilised ensüümid. 13. Mille järgi on võimalik määrata mikroobi trüptofanaasset aktiivsust? Indooltestiga. Trüptofaan lagundatakse indooliks. Kasutatakse lisaks Kovacsi reaktiivi. Erepunane värvus. Kasutatakse LB söödet. Indooli kuhjub ja seda ei metaboliseerita. 14. Mida peab sisaldama indooltesti tegemiseks kasutatav sööde? Trüptofaani. 15
8) Stressiregulaator 9) Vajalik virulentsuseks (liikumiseks, biokile moodustumiseks jne) VÄÄVEL Kemolitotroofsetel S-bakteritel (värvusetud S-bakterid), kes saavad energiat redutseeritud S-ühendite oksüdatsioonist ja kellel S ladestub oksüdatsiooni vaheproduktina. On kui endogeenne energiaallikas. Beggiatoa, Thiothrix, Thiomargarita, Achromatium. Tsüanofütsiin On tsüanobakterite (jmt bakterite, näiteks Acinetobacter) varuvalk. On arginiini ja asparagiinhappe kopolümeer. Tema hulk võib ulatuda kuni 10%-ni kuivainest. Teda kasutatakse peamiselt kui N-varuainet ja kui keskkonnas N-allika hulk kahaneb, siis hakatakse seda rakus kasutama. On tsüanofütsiin valguline polümeer. VIBURID, PIILID JA LIIKUMINE Bakterite liikumisviisid: 1) Viburitega liikumine vedelas keskkonnas 2) Viburitega liikumine tahkel pinnal (voogamine e. swarming; Proteus jt.)
46. Eukarüootsete kromosoomide koostis ja struktuur. Suur osa eukarüootsest DNAst ei ole kodeeriv. Eukarüootidel on genoom jaotunud mitmeks erinevaks kromosoomiks ning enamasti on kõiki kromosoome 2 komplekti. Kromosoom koosneb ühest pikast DNA molekulist. Võrreldes bakteri DNAga on eukarüoodi DNA märksa kompaktsem. Inimese genoomi moodustava DNA kogupikkus on 1 m. DNA ahel keeratakse ümber histoonide (aluselised valgud sisaldavad 20-30% arginiini ja lüsiini). Interfaasi rakkude tuumast isoleeritud kromatiin koosneb peamiselt DNAst ja valkudest. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: histoonid ja mittehistoonsed kromosoomivalgud. 47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel? Tsentromeer võimaldab geneetilise info jaotumist võrdselt mitoosis. Kui tsentromeer puudub, siis on rakkude normaalne jagunemine häiritud.
· ribosoom Koosnevad kahest rRNA molekulist ja 34 valgumolekulist (rRNA-d rohkem kui valku). Valgumolekulid asuvad pinnal. Jagunevad suureks (50S/60S) ja väikseks (30S/40S) subühikuks. Ribosoomid (70S/80S) moodustavad tuumakestes. Seal toimub valkude süntees (asuvad tsütoplasmas, karedapinnalisel ER-il, mitokondrites, kloroplastides). 4. Atsetülaasi tähtsus. Histooni sabad on tavaliselt positiivse laenguga tänu lüsiini ja arginiini jääkidele, mistõttu histoonid saavad hästi siduda negatiivse laenguga DNA-d. Atsetüleerimine neutraliseerib laengud ja DNA keerdub lahti, saab toimuda transkriptsioon. HDAC deatsetüleerib histoonid, mistõttu seonduvad need tagasi DNA fosfaatide külge ja tekib kondenseerunud struktuur. HAT-i roll on täpselt vastupidine viib atsetüül-koensüümA-lt atsetüüli positiivsete aminohapete neutraliseerimiseks. 5. Mis vahe on totipotentsel, pluripotentsel ja multipotentsel rakul?
Need ained paiknevad graanulitena tsütoplasmas (viimasel ajal arvatakse, et võivad ka periplasmas olla), kus neid saab tuvastada lipofiilsete värvidega (näiteks sudaanmust), kuna graanulit katab lipiide sisaldav membraan. Polühüdroksüalkanoaadid (PHA) koosnevad hüdroksüülkarboksüülhapetest, mis on omavahelseotud estersidemega. Seega on tegu polüestriga. PHA hulk bakteri kuivainest võib olla kuni 80%. Tsüanofütsiin On tsüanobakterite varuaine. On arginiini ja asparagiinhappe kopolümeer. Tema hulk võib ulatuda kuni 10%-ni kuivainest. Teda kasutatakse peamiselt kui N-varuainet ja kui keskkonnas N-allika hulk kahaneb, siis hakatakse seda rakus kasutama. Molekuli põhiahel koosneb asparagiinhappest ja asparagiinhappe -karboksüülrühmadele on seostunud Arg. Tsüanobakteritel on veel fükobiliinpigmendid, mida ka N-vaeguses N-allikana kasutatakse. Seetõttu on näiteks N-vaeguses kasvavad tsüanobakterite kultuurid mitte sinakad, vaid rohelised.
46. Eukarüootsete kromosoomide koostis ja struktuur. · Struktuur - eukarüootide genoom on mitu suurusjärku suurem ning seega jaotunud ka mitmeks erinevaks kromosoomiks ning enamasti on kõiki kromosoome 2 komplekti. Samuti on eukarüoodi DNA kompaktsemalt pakitud. · Keemiline koostis interfaasi ajal rakkudest isoleeritud kromatiin koosneb peamiselt DNAst ja valkudest (histoonid aluselised valgud, 20-30% arginiini ja lüsiini, taimedel/loomad 5 liiki histoone: H1, H2a, H2b, H3 ja H4; mittehistoonsed valgud tugevalt happelised) Histoonid on DNAga spetsiifiliselt kompleksseerunud moodustades alaüksusi nukleosoome. 47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel? · Tsentromeeride on kääviniitide kinnitumiskohad. Erinevate kromosoomide tsentromeeri regioonid CEN regioonid on konserveerunud
· Mikrotsirkulatsiooni piirkonnas verevarustuse tase väheneb · Venoosset hüpereemiat kasutatakse vahel ka ravi eesmärgil sidekoe vohamise soodustamiseks (haavade, luumurdude ine paranemise stimuleerimiseks) Pankrease ensüümid- Trüpsiin · pankrease nõres sisalduv proteolüütiline ensüüm. · Eritub trüpsinogeenina ja aktiveerub soolenõres leiduva enteropeptidaasi toimel. · Seedib hästi lihasvalku. Lõhustab proteiine ja polüpaptiide molekuli sees, eelistatdes peptiidsidemeid arginiini ja lüsiiniga. Kümotrüpsiinid A, B, C · Enetropeptidaasid, mis aktiveeritakse enterokinaasi abil. · Lõhustavad peptiidsidemeid fenüülalaniiniga, türopsiiniga ja trüptofaaniga. -amülaas · Produtseeritakse pankreases aktiivsel kujul · Duodeenumis hüdrolüüsib polüsahhariide (tärklis) kuni disahhariidideni (maltoos) · Moodustab ensüüm-substraadi kompleksid Lipaas · Toimib rasva-vesiemulsiooni faaside pinnal, lõhustades triglütseriide rasvhapeteks ja glütserooliks
Need ained paiknevad graanulitena tsütoplasmas (viimasel ajal arvatakse, et võivad ka periplasmas olla), kus neid saab tuvastada lipofiilsete värvidega (näiteks sudaanmust), kuna graanulit katab lipiide sisaldav membraan. Polühüdroksüalkanoaadid (PHA) koosnevad hüdroksüülkarboksüülhapetest, mis on omavahelseotud estersidemega. Seega on tegu polüestriga. PHA hulk bakteri kuivainest võib olla kuni 80%. Tsüanofütsiin On tsüanobakterite varuaine. On arginiini ja asparagiinhappe kopolümeer. Tema hulk võib ulatuda kuni 10%-ni kuivainest. Teda kasutatakse peamiselt kui N-varuainet ja kui keskkonnas N-allika hulk kahaneb, siis hakatakse seda rakus kasutama. Molekuli põhiahel koosneb asparagiinhappest ja asparagiinhappe -karboksüülrühmadele on seostunud Arg. Tsüanobakteritel on veel fükobiliinpigmendid, mida ka N-vaeguses N-allikana kasutatakse. Seetõttu on näiteks N-vaeguses
määral, nii et nende omastamine toidust on möödapääsmatult vajalik.(Histidiin, Isoleutsiin, leutsiin, lüsiin, metioniin, fenüülalaniin, treoniin, trüptofanaan, valiin)) Asendatavaid aminohappeid suudab organism ise toota asendamatute aminohapete ja muude ainete baasil. (alaniin) Happelised aspartaadi ja lutamaadi R-grupid sisaldavad krboksüülrühma, mis on füsioloogilise pH juures negatiivselt laetud. Aluselised Lüsiini ja arginiini r-grupid on füsioloogilise pH juures positiivselt laetud. Histidiini R-grupp võib sõltuvalt ümbritsevast keskkonnast olla laenguta või positiivselt laetud esineb tihti ensüümide aktiivtsentris. Aromaatsed Fenüülalaniin ja trüpofaan on väga aromaatsed. Hüdroksüaminohapped Seriini ja treoniini hüdroksüülrühmad teevad nad palju hüdrofiilsemaks ja reaktiivsemateks Väävlit sisaldavad aminohapped Tsüseiini tioolrühm SH on väga reaktiivne. Esineb tihti ensüümide
EMP (Embden- Meyerhofi) rada neil ei funksioneeri. Küll aga saavad nad kasutada rasvhappeid ja alkohole ja neid aeroobselt lagundada. Kõigil seniuuritud mükoplasmadel on väga puudulik hingamissüsteem, neil puuduvad kinoonid ja tsütokroomid, seega ei suuda nad oksüdatiivselt fosforüülida. Fermentatiivsetel mükoplasmadel moodustub ATP glükolüüsis substraatsel fosforüülimisel. Mittefermentatiivsetel võib ATP moodustuda arginiini dihüdrolaasi reaktsioonis. Neil on membraanis aktiivne karboksüpeptidaas, mis vöib peremeesraku valkudest vabastada Arg ja varustada mükoplasmat energiaallikaga. L-Arg L-Tsitrulliin L-Orn + karbaomüül-P ATP Uureat lagundavatel mükoplasmadel pole leitud Arg dihüdrolaasi, glükolüüsi ega atsetaadi kinaasi. Seega peab neil olema mingi muu vöimalus ATP tootmiseks. On esitatud hüpotees, mille järgi uurea hüdrolüüsil moodustuv NH3 suunatakse rakust välja ja moodustub
ja elutegevuse käigus hävinenud rakustruktuuride taastamiseks. Aminohapped jagunevad kaheks: · asendatavad aminohapped organismis sünteesitakse aminohappeid desamiinimise ja transamiinimise teel. Asendatavate aminohapete hulka kuuluvad glükokoll, alaniin, tsüstiin jt. Mittetäisväärtuslikud valgud sisaldavad asendatavaid aminohappeid. · asendamatud aminohapped organismile vajalikud aminohapped, mida organismis ei sünteesita. Nt. arginiini, leutsiini, lüsiini, trüptofaani. Neid aminohappeid peavad kindlasti sisaldama toidus leiduvad valgud. Täisväärtuslikud valgud sisaldavad asendamatuid aminohappeid. Toiduvalkudest saadavad aminohapped kasutatakse organismis järgmiselt: MAKSAS: · aminohapete transamiinimine vastavalt organismi vajadustele · maksa enda koe- ja fermentatiivsete valkude süntees · vereplasma valkude - albumiini, globuliini ja fibrinogeeni - süntees
H H H N: + H HNH 38 H H Kroom võib oma sisesfääri siduda kloriidioone, vee molekule aga ka karboksülaatioone. Kroom kasutab kompleksühendite moodustamisel oma vabu d-orbitaale. Kollageen kui valk koosnes põhiliselt glutamiinhappe, aspargiinhappe, arginiini ja lüsiini jääkidest. Kollageeni peptiidahelas on karboksüülrühmad ja aminorühmad paraja pikkusega kõrvalharude otsas ja seetõttu kompleksi moodustamiseks hästi kättesaadavad. Kroomparknahk on üks paremaid nahku: ta on keemiliselt püsiv, elastne, pehme. Eriti vastupidav on kroomparknahk kõrgemate temperatuuride suhtes. Kroomnaha struktuur on võrdlemisi hõre (poorsus suur). Puuduseks võib olla ka mõningane rohekas värvitoon, mis on põhjustatud Cr3+ ühenditest (iooni värvus)
kiiresti, nii et ringlusse satub neist väga tühine hulk. Tüüpiline lokaalne mediaator on histamiin, mida eksotsüteerivad sidekudedes olevad nuumrakud. Huvitav lokaalse mediaatorina toimiv signaalmolekul on NO, mis käivitab tsüklilise GMP-ga seotud signaali ülekande raja. Seda ainet kasutatakse juba üle 100 aasta stenokardia raviks. Normaalselt organismis sünteesitakse NO-d ensüümi NO süntaasi poolt, mis deamineerib arginiini. NO toimib lokaalse mediaatorina, ta difundeerub läbi membraanide ja mõjutab naabruses asuvaid rakke. Närvikasvufaktorit e. NGF-i (nerve growth factor) sünteesivad kõik koed, mis on innerveeritud sümpaatiliste neuronite poolt. Ta on sensoorsete ja sümpaatiliste neuronite troofiline faktor; Prostaglandiine toodetakse paljude rakkude poolt; põhjustab silelihaste kontraktsiooni, trombotsüütide agregatsiooni, põletikku. Teatud prostaglandiine toodetakse suures hulgas
sooladel on oluline toime meie närvisüsteemi talitlusele. Viimatinimetatud põhjusel kasutatakse glutamiinhapet ja kaltsiumglutamaati mitmete neuroloogiliste haiguste ravil. Mitmesugused sünteetilised aminohapete teisendid kindlustavad kas mõru või soolase maitseaistingu. Samuti on sünteetilised aminohapped kasutusel ka kunstlike toidulõhnade ja -aroomide tekitamiseks. Nii näiteks on kunstliku leivalõhna tekitamiseks ühe olulise komponendina vaja arginiini, praetud liha aroomi jäljendamiseks aga aminohapetest tsüsteiini, glütsiini ja glutamiini. Tunduvalt rohkem on toiduainetetööstuses levinud üksikute toiduainete rikastamine erinevate valgupreparaatidega. Nii korrigeeritakse sellise menetlusega paljude taimsete toiduvalkude aminohappelist koostist. Toitumise seisukohalt ei ole enamik taimseid toiduvalke täisväärtuslikud. Taimsed toiduvalgud ei sisalda vajalikus koguses ega vahekorras meile asendamatuid aminohappeid
millimeetrini. Et kogu selline DNA hulk rakku ära mahuks, peab see võrreldes bakteri DNA-ga olema märksa kompaktsemalt pakitud. Inimese kõige suurem kromosoom on metafaasis ainult 10 µm pikkune ja läbimõduga 0,5 µm. Interfaasi rakkude tuumast isoleeritud kromatiin koosneb peamiselt DNA-st ja valkudest. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: 1. Histoonid aluselised valgud (neutraalse pH juures positiivselt laetud), sisaldavad 20-30% arginiini ja lüsiini, mis on positiivse laenguga. 2. Mittehistoonsed kromosoomivalgud tugevalt happelised (neutraalse pH juures negatiivselt laetud). Histoonidel on põhiline kromosoomi struktuuri kujundav roll. Kõrgemate eukarüootide kromatiin sisaldab ekvivalentses hulgas histoone ja DNA-d. Taimedel ja loomadel on 5 klassi histoone H1, H2a, H2b, H3 ja H4. Need valgud on olemas peaaegu kõigis rakutüüpides v. a. spermarakkudes, kus nad on asendatud protamiinidega, mis on samuti
Need baktyerid saavad energiat redutseeritud S-ühendite oksüdatsioonist, S ladestub vaheproduktina. On kui endogeenne energiaallikas. Beggiatoa, Thiothrix, Thiomargarita, Achromatium. 3. Mõnedel kemoorganotroofidel võib S ladestuda keskkonnas, kus on palju H2S ja orgaanilist ainet ning on ilmselt vesinikperoksiidi kahjutustamise produkt (Sphaerotilus). Tsüanofütsiin Tsüanobakterite (jmt bakterite, näiteks Acinetobacter) varuvalk. On arginiini ja asparagiinhappe kopolümeer. Tema hulk võib ulatuda kuni 10%-ni kuivainest. Teda kasutatakse peamiselt kui N-varuainet ja kui keskkonnas N-allika hulk kahaneb, siis hakatakse seda rakus kasutama. Molekuli põhiahel koosneb asparagiinhappest ja asparagiinhappe -karboksüülrühmadele on seostunud Arginiin. Seega on tsüanofütsiin valguline polümeer, aga teda ei sünteesita ribosoomidel. Iga uue aminohappe lisamiseks kulub ära 1 ATP molekuli energia
perioodil letaalset mõju. Huvitav fenomen on ka koodonite ning vastavate tRNA'de puudumine. Mycoplasma capricolum genoom ei sisalda (niipalju kui teada) CGG koodonit ega ka vastavat tRNAArg CCG geeni. Kui sellese organismi viia CGG koodonit sisaldav geen, siis viimase translatsioon peatub CGG koodoni kohal. Sellist asendumist seletatakse `genoomi AT survega' (vt. koodonite kasutamisest) koodoni kasutusele, mille tuelemusena arginiini jaoks kasutatakse põhiliselt AGPu koodoneid. Pärmi Torulopsis glabrata mitokondriaalsed geenid ei sislada ühtegi CGN koodonit, ega ka vastavat tRNA geeni ei ole leitud. Ka siin võib oletada genoomi AT survet, kuna pärmi mitokondritel on see kõrge. Kurioosumina puudub bakteril Micrococcus luteus kuus koodonit (UUA-Leu, CUA-Leu, AUA-Ile, GUA-Val, CAA-Gln ja AGA-Arg). Seega on siin geneetilise koodi evolutsiooniks vaba ruumi. Koodonid, millel puudub tähendus on tõelised nonsens koodonid.
keskkonda neutraliseerida. Näiteks lüsiini dekarboksülaas (kodeeritud cadA geeni poolt) degradeerib lüsiini ja selle tulemusena moodustub aluseline kadaveriin. Kadaveriin transporditakse kadaveriini transporteri CadB abil rakust välja. Lisaks happelisele keskkonnale aktiveerib cadBA geenide transkriptsiooni lüsiini olemasolu keskkonnas ja anaerobioos. Geenide ekspressioonitase on maksimaalne nende kolme komponendi koosesinemisel. Vastusena happelisele keskkonnale indutseeritakse veel arginiini dekarboksülaas Adi ja ornitiini dekarboksülaas SpeF. Nende ensüümide toimel tekivad aluselised ühendid agmatiin ja putrestsiin, mis transporditakse samuti väliskeskkonda. Aluselise pH korral ekspresseeruvad deaminaasid, mida on vaja ammooniumi genereerimiseks. Ensüümreaktsioonide kaasproduktina tekivad nõrgad happed, mis langetavad rakust väljaviidutena väliskeskkonna pH-d. pH muutused kutsuvad esile ka muutusi rakkude käitumises. Happelise keskkonna korral ilmneb rakkudel
a. Enne seda arvati, et TE-d on iseloomulikud ainult eukarüootsele rakule. TE-dele on iseloomulik, et nad: 1) toimivad distantsi tagant; 2) võivad paikneda nii promootori ees kui taga; 3) toimivad sõltumatult nende orientatsioonist. TE-dele seonduvad transkriptsiooni aktivaatorid (enhancer binding protein EBP). Enamasti seonduvad EBP-d promootorist 70 - 150 bp ülespoole. On ka erandeid. Näiteks RocR, mis reguleerib B. subtilise arginiini ja ornitiini transpordi ning metabolismi geene, seondub promootorist 1500 bp ülespoole. Enterobakteritel vastutavad N-assimileerimise eest gln geenid, mis aktiveeritakse NtrC poolt. NtrC on võimeline gln promootorilt transkriptsiooni aktiveerima ka siis, kui tema seondumissaidid on viidud promootorist 3000 bp kaugusele. EBP-d seonduvad enamasti dimeerina ning dimeeride seondumissaite on 2 või enam. Dimeeride seondumine toimub kooperatiivselt
mahuks, peab see võrreldes bakteri DNA-ga olema märksa kompaktsemalt pakitud. Inimese kõige suurem kromosoom on metafaasis ainult 10 µm pikkune ja läbimõduga 0,5 µm. Eukarüootse kromosoomi keemiline koostis. Interfaasi rakkude tuumast isoleeritud kromatiin koosneb peamiselt DNA-st ja valkudest. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: 1. Histoonid aluselised valgud (neutraalse pH juures positiivselt laetud), sisaldavad 20-30% arginiini ja lüsiini, mis on positiivse laenguga. 2. Mittehistoonsed kromosoomivalgud tugevalt happelised (neutraalse pH juures negatiivselt laetud). Histoonidel on põhiline kromosoomi struktuuri kujundav roll. Kõrgemate eukarüootide kromatiin sisaldab ekvivalentses hulgas histoone ja DNA-d. Taimedel ja loomadel on 5 klassi histoone H1, H2a, H2b, H3 ja H4. Need valgud on olemas peaaegu kõigis rakutüüpides v. a. spermarakkudes, kus nad on asendatud
mahuks, peab see võrreldes bakteri DNA-ga olema märksa kompaktsemalt pakitud. Inimese kõige suurem kromosoom on metafaasis ainult 10 µm pikkune ja läbimõduga 0,5 µm. Eukarüootse kromosoomi keemiline koostis. Interfaasi rakkude tuumast isoleeritud kromatiin koosneb peamiselt DNA-st ja valkudest. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: 1. Histoonid aluselised valgud (neutraalse pH juures positiivselt laetud), sisaldavad 20-30% arginiini ja lüsiini, mis on positiivse laenguga. 2. Mittehistoonsed kromosoomivalgud tugevalt happelised (neutraalse pH juures negatiivselt laetud). Histoonidel on põhiline kromosoomi struktuuri kujundav roll. Kõrgemate eukarüootide kromatiin sisaldab ekvivalentses hulgas histoone ja DNA-d. Taimedel ja loomadel on 5 klassi histoone H1, H2a, H2b, H3 ja H4. Need valgud on olemas peaaegu kõigis rakutüüpides v. a. spermarakkudes, kus nad on asendatud
HAIGUSTEKITAJA ISOLEERIMINE. Kultiveerimine on komplitseeritud, kasutamine on väga piiratud. Söötmed peavad sisaldama seerumit, pärmiekstrakti, rida kasvufaktoreid, glükoosi ning 45 penitsilliini kaasneva kõrvalfloora hävitamiseks. Mükoplasmade kasv on väga aeglane, kuni 6 nädalat, kasvu hinnatakse valgusmikroskoobi all suurendusega 10x, identifitseerimine toimub spetsiifiliste fluorestseerivate antikehade abil. M.hominis kasvab arginiini sisaldaval söötmel “praetud muna” sarnaste väikeste pesadena. SERODIAGNOSTIKA. Kasutatakse pneumoonia diagnoosimisel. Mycoplasma pneumoniae infektsiooni korral tekivad IgM antikehad 1.-2. haigusnädalal, kõrgeim tase on 3.-4.nädalal, kaovad 8.-9. nädalaks. Reinfektsiooni korral tekivad IgM antikehad harva. IgG antikehad tekivad 2. haigusnädalal ja püsivad 2-4 kuud. IgA antikehad on samuti värske nakkuse tunnuseks, kuid nende osatähtsust on veel vähe uuritud
pK väärtused valkudes võivad olla erinevad mudelpeptiididest, sest pK väärtus sõltub rühma lähiümbrusest. Kui valgus on karboksüülrühm ja lähedal paikneb mingi pos laeng (arginiin ntx), siis see hape on palju tugevam hape kui ilma pos laenguta, sest tekkiv negatiivne ioon on stabiliseeritud lähedaloleva pos laengu poolt. Kui neg laeng, siis on deprotoneerimine pärsitud, sest lähestikku tekivad kaks neg laengut, mis tõukuvad. Alustest on oluline Lys aminorühm. Arginiini kõrvalahel on alati (pea kõigil pH-del) pos laenguga, tema vahendab elektrostaatilist katalüüsi. Elektrostaatiline katalüüs Sinna, kuhu liigub mingi laeng, seal on vastas teisemärgiline laeng ja meil on soodne elektrostaatiline interaktsioon. Seda vahendavad laengut kandvat am.happe jäägid, kõige efektiivsemad on need, millel on permanentne laeng antud pH juures Arg, Lys. pH ja pK erinevus on umbes 2.
splicing). Splassiosoom koosneb ≈ 150 erinevast valgust, 5 erinevast RNA-st. Intron tavaliselt pärast eraldumist lagundatakse. snRNPs - väikese tuuma ribonukleaarsed valgud ― 5’ ekson ― 5’ splice site (U1) ― A (U2) ― polüPy (U2AF) 3’ splice site ― 3’ ekson IGS – intron guide sequence Eukarüootide premRNA splaissimine - osalevad U RNA (U rikas, 100-300 nukleotiidi pikad), paljud valgud (mitmed on SR valgud). SR valgud – seriini ja arginiini rikkad. - splaissimine – intronite (geenid sisaldavad introneid – mittekodeerivad osad) eemaldamine RNA tasemel - kõigis organismides on intronitel sarnased otsad - toimub kõikides rakkudes - intronil on 3 tähtsat osa: 2 otsa ja hargemiskoht. - intronid on sagedasemad hulkraksetes eukarüootides - harvem on intronid prokarüootidel ja viirustel. Pagaripärmi genoomis ≈ 200 intronit, millest 101 on valgusünteesi geenides
annaabi.ee 
