Ni Ureaas Esineb aktiivtsentris Mo Ksantiini oksüdaas Oksüdeerimine-redutseerimine V Nitraadi reduktaas Oksüdeerimine-redutseerimine Metallid on olulised Se Glutatiooni Asendab ühes tsüsteiinijäägis mikroelemendid peroksüdaas väävliaatomit Mittevalgulised biokatalüsaatorid: ribosüümid Ribonukleaas P katalüüsib tRNA eellasmolekuli hüdrolüüsi spetsiifilise koha pealt, moodustub funktsionaalne tRNA Ribonukleaas P koosneb valgulisest osast ja RNA-st 1983 a Ribonukleaas P-st isoleeritud RNA oli võimeline teostama katalüüsi Katalüütiline RNA ehk ribosüüm Tänapäevaks teada palju erinevaid ribosüüme "RNA maailma" mudel esimesteks isereplitseeruvateks ja spetsiifilist katalüüsi vahendavateks molekulideks võisid olla RNA-d Ensüümide modifitseerimine
DNA ja RNA võrdlus DNA RNA 1.Pentoos Desoksüriboos Riboos 2.Lämmastikalused A, T, C, G A, U, C, G 3.Nukleotiidijääkide arv Suurem Väiksem 4.Denatureeruvus Aeglasemalt Kiiremini 5.Lagundav ensüüm Desoksüribonukleaas (DNA- Ribonukleaas (RNA-aas) aas) 6.Leidumine päristuumses a)tuumas a)tuumas rakus b)mitokondris b)mitokondris c)kloroplastis c)kloroplastis d)ribosoomides [e)tsütoplasmas] 7
NUKLEIINHAPPED Nukleiinhapped avastati esmakordselt rakutuumas. Ladina keeles on tuum nucleus - sellest tuleneb ka vastavate ühendite nimetus. Nukleiinhapped on biopolümeerid, mille monomeerideks on nukleotiidid. Eristatakse kahte tüüpi nukleiinhappeid: desoksüribonukleiinhape (DNA) ja ribonukleiinhape (RNA). Vastalt sellele on ka kahesuguseid monomeere - DNA ehituses on desoksüribonukleotiidid ja RNA koostises ribonukleotiidid. Lihtsustatul võib aga mõlemaid kutsuda nukleotiidideks. *Nukleiinhapped jaotuvad DNA (desoksüribonukleiinhape) ja RNA (ribonukleiinhape). *Kõik nukleiinhapped koosnevad nukleotiididest, nukleotiidid moodustavad pikki ahelaid. * Iga nukleotiid koosneb kolmest komponendist :1) 5-süsinikuline suhkur (pentoos), [DNA-s desoksüriboos ja RNA-s riboos] 2)lämmastikalus, 3) fosfaatrühm DNA ehitus 1. DNA esmane struktuur nukleotiidijääkide hul...
Ajalooliselt 3 meetodit ensümaatiline hüdrolüüs happeline hüdrolüüs (DNA, kaasneb depuriinimine) aluseline hüdrolüüs (RNA) Nukleaasid Ensüümid, mis katalüüsivad fosfodiestersideme hüdrolüüsi Funktsioone nukleiinhapete degradatsioon kahjustuste, võõra DNA sissetungi korral jm Mõned nukleaasid on DNA või RNA spetsiifilised, mõned järjestusspetsiifilised, mõned mittespetsiifilised DNaas desoksüribonukleaas, hüdrolüüsib DNA molekule RNaas ribonukleaas, hüdrolüüsib RNA molekule Nukleaasid Vastavalt hüdrolüüsitava sideme asukohale jaotatakse nukleaasid: Eksonukleaasid katalüüsivad terminaalse nukleotiidi eemaldamist 3´ eksonukleaasid 5´ eksonukleaasid Endonukleaasid katalüüsivad ahelasisese fosfodiestersideme hüdrolüüsi produktiks 3´ fosfaadiga nukleotiid produktiks 5´fosfaadiga nukleotiid
Lihtvalgud- Valgud, mis koosnevad ainult aminohapetest Liitvalgud- Valgud, mis sisaldavad lisaks aminohapetele mitte-aminohappelist osa. Liitvalkude prosteetilised rühmad- Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nimetatakse seda prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt sellest jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. 5. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Katalüütiline- Ribonukleaas Regulatoorne- Insuliin Transport- Hemoglobiin Struktuurne- Kollageen, alfa-keratiin Reserv- Ovalbumiin, Kaseiin Kontraktsioon- Aktiin, Müosiin Kaitse- Immunoglobuliinid Adaptor e. Toes- AKAP-valgud Eksootilised funktsioonid- antifriisvalgud kalades 6. Valkude analüüsi meetodid. Valkude aminohappelise järjestuse määramiseks kasutatava sekveneerimise strateegia ja etapid. Slaidid 22-31. 7. Peptiidide laboratoorne süntees tahkel kandjal põhimõte.
· Denatureeruvad, hüdrolüüsuvad · Kõrgmolekulaarsed e suure molekulmassig Erinevused DNA RNA Pentoos Desoksüriboos Riboos Lämmastikalused A, T, C, G A, U, C, G Nukleotiidijääkide ärv Suurem Väiksem Denatureeruvus Aeglasemalt Kiirem Lagundav ensüüm Desoksüribonukleaas Ribonukleaas (RNA- (DNA-aas) aas) Ülesanne Päriliku info säilitamine Päriliku info ja edasikandmine realiseerimine valgusünteesi käigus Nt nr 1: Määrake aineklass võimalikult täpselt: a) maltoos b) fruktoos c) hemoglobiin d) tselluloos e) glükogeen f) vaha g) testosteroon h) fibrinogeen i) mRNA j) laktoos
Denatureerivad faktorid 1. Temperatuur. Termiline denaturatsioon on kooperatiivne. Muna keetmine 2. pH HCl maos 3. Detergendid 4. Kaotroopsed ühendid (Guanidiinium ioon, karbamiid) Väiksemad valgud denatureeruvad reeglina pöörduvalt Suuremad valgud kalduvad denatureerudes agregeeruma ja selline denaturatsioon on pöördumatu Valkude kokkupakkumise kineetika Levinthali paradoks: väikese valgu (ribonukleaas, 124 ah) puhul on võimalik ligikaudu 1050 erinevat konformatsiooni. Kui valk kulutaks iga konformatsiooni läbiproovimiseks 1013 sekundit, siis kuluks kõikide proovimiseks 1030 aastat. Tegelikult omandab ribonukleaas funktsionaalse ruumilise struktuuri vähem kui 1 minuti jooksul. Valkude kokkupakkumist uuritakse jälgides eelstatsionaarse faasi kineetikat. Nõuab reaktsiooni jälgimist esimese mõne millisekundi jooksul.
Bioloogiline funktsioon edasikandmine muutumatul valgu sünteesi käigus kujul Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas DNA-aas e Lagundav ensüün RNA-aas e ribonukleaas desoksüribonukleaas
koliinesteraas aktiivsus pepsiin Pepsiin magu 1.5 Sahharaas soolestik 6.2 trüpsiin Katalaas maks 7.3 Ribonukleaas pankreas 7.8 Arginaas maks 9.7 Aluseline fosfataas E. coli 9.8 1.5 7.5 pH
juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon. (gag kapsiidivalgud, pol-pöördtranskriptaas, integraas ja ribonukleaas, env-ümbrises asuvad glükoproteiinid.) 4. Mi s tüüpi viirus
Kõrgmolekulaarsed e suure molekulmassig Erinevused DNA RNA Pentoos Desoksüriboos Riboos Lämmastikalused A, T, C, G A, U, C, G Nukleotiidijääkide ärv Suurem Väiksem Denatureeruvus Aeglasemalt Kiirem Lagundav ensüüm Desoksüribonukleaas (DNA- Ribonukleaas (RNA-aas) aas) Ülesanne Päriliku info säilitamine ja Päriliku info realiseerimine edasikandmine valgusünteesi käigus Nt nr 1: Määrake aineklass võimalikult täpselt: a) maltoos b) fruktoos c) hemoglobiin d) tselluloos e) glükogeen f) vaha g) testosteroon h) fibrinogeen i) mRNA j) laktoos
3. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest. Liitvalgud sisaldavad lisaks aminohapetele ka mitte-aminohappelist osa. Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nim sed prosteetiliseks rühmaks. © MIHKEL HEINMAA, kevad 2010 4. Bioloogilised funktsioonid: katalüütiline (ribonukleaas); regulatoorne (insuliin); transport (hemoglobiin); struktuurne (kollageen); reserv (kaseiin); kontraktsioon (aktiin); kaitse (immunoglobuliinid); adaptor (AKAP-valgud); eksootilised funktsioonid (antifriisvalgud kalades). 5. Valgu sekveneerimine 1. aste. Ahelate lahutamine mitme polüpeptiidahela korral (ntks ekstremaalse pH'ga) 2. aste. Disulfiidsidemete katkestamine (ntks performaadiga oksüdeerimisel) 3. aste. N- ja C- terminaalsete jääkide määramine. 4
kaotanud kompetentsuse. Lahus I (50 mM glükoos, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0; 10 mM EDTA- Na2) Lahus II (0,1 N NaOH*, 1% SDS; * erineb sellest, mis on toodud DNA kokaraamatus; 0,1 N lahuse kasutamine 0,2 N asemel tõstab oluliselt DNA saagist ning võimaldab eraldada maksimaalse koguse superspiraalset plasmiidi vormi K. Mätlik ja M. Speek, avaldamata andmed) Lahus III (5 M KOAc), säilit 4 oC juures) propanool TE (10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2) Ribonukleaas A TE-s (5 g/ml,; Sigma) Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver (5 x TBE, 20% glütserool, 0,01% Broomfenoolsinine) EtBr 5 g/l (pipeteerida kummikinnastega, kantserogeenne) NB
DNA RNA 1.Pentoos Desoksüriboos Riboos (lihtsuhkur, mille molekulis on viis süsinikuaatomit) 2.Lämmastikalused A, T, C, G A, U, C, G 3.Nukleotiidijääkide Suurem Väiksem arv 4.Denatureeruvus Aeglasemalt Kiiremini (biopolümeeride, peamiselt valkude omaduste muutumine temperatuuri, rõhu ja muude tingimuste muutmise teel) 5.Lagundav ensüüm Desoksüribonukleaas Ribonukleaas (DNA-aas) (RNA-aas) 6.Leidumine a)tuumas a)tuumas päristuumses rakus b)mitokondris b)mitokondris c)kloroplastis c)kloroplastis d)ribosoomides [e)tsütoplasmas] 7.Ülesanne Päriliku info säilitaminePäriliku info
(nn. ,,over night" ehk ON kultuur). Lahus I (50 mM glükoos, 25 mM Tris-HCl, pH 8,0; 10 mM EDTA- Na2) Lahus II (0,1 N NaOH*, 1% SDS; * erineb sellest, mis on toodud DNA kokaraamatus; 0,1 N lahuse kasutamine 0,2 N asemel tõstab oluliselt DNA saagist ning võimaldab eraldada maksimaalse koguse superspiraalset plasmiidi vormi K. Mätlik ja M. Speek, avaldamata andmed) Lahus III (5 M KOAc), säilit 4 oC juures) propanool TE (10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na2) Ribonukleaas A TE-s (5 g/ml,; Sigma) Fenool, tasakaalustatud TE-ga (NB! Fenooli pipeteerida ainult kummikinnastes ja tõmbe all!). 70% ja 95% Etanool. 1 M Na-atsetaat (NaOAc), pH 5,5 (lisatakse DNA sadestamiseks) Agaroos (FMC) 1 x TBE foreesi puhver (TBE, 50 mM Tris-boraat, pH 8,3; EDTA-Na2) 1 x TBE foreesi pealekandmis-puhver (5 x TBE, 20% glütserool, 0,01% Broomfenoolsinine) EtBr 5 g/l (pipeteerida kummikinnastega, kantserogeenne) NB
5 DNA RNA 1.Pentoos Desoksüriboos Riboos 2.Lämmastikalused A, T, C, G A, U, C, G 3.Nukleotiidijääkide arv Suurem Väiksem 4.Denatureeruvus Aeglasemalt Kiiremini 5.Lagundav ensüüm Desoksüribonukleaas (DNA- Ribonukleaas (RNA-aas) aas) 6.Leidumine päristuumses rakus a)tuumas a)tuumas b)mitokondris b)mitokondris c)kloroplastis c)kloroplastis d)ribosoomides [e)tsütoplasmas] 7
lühiajaliselt maosisaldise üleminekul soolde). Tee toimub peensooles vabaneva enterokinaasi (enteropeptidaasi) toimel. Enterokinaasi toimel eraldub trüpsinogeenist inhibeeriv valk ja vabaneb trüpsiin, mis ka ise jätkab edasist trüpsinogeeni aktivatsiooni trüpsiiniks. Trüpsiini toimel aktiveeritakse ka teised ensüümid (prokarboksüpeptidaas => karboksüpeptidaas, elastaasi aktivatsioon jt.). Pankreases tekivad ka nukleiinhappeid lõhustavad ribonukleaas ja desoksüribonukleaas (pH optimum 7,0...7,5), emulgeeritud lipiide lõhustav lipaas (pH optimum 6,5) ja kolesteraas, mis lõhustab kolesterooli estreid (pH optimum 6,6...8,0). Süsivesikuid (polüsahhariide) lõhustab pankrease - amülaas (toimeoptimum pH 6,8...7,2). 3. Seedeelundite talitluse regulatsioon 3.1. Seedeelundite innervatsioon: sümpaatiline, parasümpaatiline, enteraalne. Seedekulglal on enteraalne närvisüsteem, mis võimaldab juhtida mao ja
Võib olla nii, et muidu hüdrofoobse piirkonna sisse tekkib kanal. Läbi selle kanali saavad liikuda hüdriilsed ained. Valgu molekulid tagavad niisiis iga konkreetse membraani spetsiifilisuse. KLONEERIMINE 15/10/09 Restriktaasid on ühed valgulised ensüümid, sellised ensüümid, mis lõikavad katki DNA'd. Nukleiin happeid lagundavad üldiselt sellised ensüümid nagu nukleaasid. Rakkudes on palju erinevaid nukleaase, mis lõhuvad fosfodiestersidemeid. RNA'd lõhub ribonukleaas ja DNA'd desoksüribonukleaas ja on olemas ebaspetsiifilisi nukleaase, mis lõhuvad nii RNA, kui ka DNA ahelaid. Kõikidel tuntud nukleaasidel oli üks ühine omadus: nad lõhkusid fosfodiestersidemeid järjestusest sõltumata. Seetõttu ei olnud võimalik katki lõigata spetsiifilisi lõike. Kuuekümnendate aastate lõpus Smith, Johns Hopkins (???) avastasid bakterirakkudest veel ühed desoksüribonukleaasid, mis erinesid
Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest. Liitvalgud koosnevad lisaks mitteaminohappelisest osast: kui see osa on funktsionaalselt oluline (lihtne ehitus kofaktor, keeruline koensüüm). Jagatakse vastavalt mitteaminohappelisele osale glüko-, lipo-, nukleo-, hemoproteiinideks. 3. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Funktsioon Näide Katalüütiline Ribonukleaas Transport Hemoglobiin Struktuurne Kollageen Kaitse Immunoglobuliinid Eksootilised funktsioonid Antifriisvalgud kalades 4. Sekundaarstruktuuri mõiste ja tüübid. -heeliks ja -leht ehk voldik (paralleelne ja antiparalleelne) põhilised parameetrid, stabiliseerivad sidemed. Teised - struktuurid. Valgu sekundaarstruktuur moodustab põhiahela amino- ja karbonüülrühma aatomite vahel
· aproteogeensed ei esine valkude koostises Peptiidside aminohapetes esineb trans-konfiguratsioonis, iseloomult 40% kaksikside, lühem kui tüüpiline üksikside ja pkem kui tüüpiline kaksikside, põhiskelett kergelt laetud, tänu osalisele kaksiksideme peptiidsideme 6 aatomit on planaarselt Liitvalkude prosteetilised rühmad glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinid Valkude bioloogilised funktsioonid · katalüütiline ribonukleaas · regulatoorne insuliin · transport hemoglobiin · struktuurne kollageen, keratiin · reserv ovalbumiin, müosiin · kontraktsioon müosiin, aktiin · kaitse immunoglobuliinid -heeliks pöörde kohta 3,6 jääki, ühe jääki tõus 1,5 Å, heeliksin suur dipoolmoment, stabiliseeritud lähestikku asuvate aminohappejääkide peptiidsideme amiidrühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vaheliste vesiniksidemetega -leht
- Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nimetatakse seda prosteetiliseks rühmaks - Sõltuvalt mitte-aminohappelisest osast jaotatakse liitvalgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks · Ensüümvalkudes nimetatakse struktuurilt lihtsaid prosteetilisi rühmi kofaktoriteks, keerulisi koensüümideks katalüütiline (ensüümid) ribonukleaas, heksokinaas jpt. regulatoorne (hormoonid) insuliin, kasvuhormoon jt gaaside transport (O2, CO2) hemoglobiin struktuurne kollageen, a-keratiin reserv ovalbumiin, kaseiin jt kontraktsioon aktiin, müosiin, tubuliin, kinesiin kaitse immunoglobuliinid adapter (kohandaja) AKAP'id hormon. sign. ülekandes
Bioloogiline funktsioon edasikandmine muutumatul valgu sünteesi käigus kujul Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas DNA-aas e Lagundav ensüün RNA-aas e ribonukleaas desoksüribonukleaas 5.3. Omadused omavad laengut (raku pH juures). Tänu P-happele negatiivne; NH lahus on viskoosne, mis on tingitud nende ühendite suurest molekulmassist. NH denatureeruvad st kaotavad oma kõrgemat järku struktuuritasemed; NH on omane väga kitsas neeldumismaksimum Uv piirkonnas. Nukleotiidide erijuhud: Nukleotiinhapetesse kuuluvad sellised nukleotiidid, kus on 1 fosforhappejääk monofosfaat.
nimetatud bakterite erinev värvumine Grami järgi. G(+) stafülokokk (värvub lillakassiniseks) G(-) Escherichia coli (värvub punaseks) G(+) bakteril katab rakumembraani paks peptidoglükaankiht. G(-) bakteri peptidoglükaankiht on õhuke. Selle peal paikneb täiendav kesta kiht välismembraan, mille ehitus meenutab rakumembraani. Ruumi, mis g(-) bakteritel paikneb rakumembraani ja välismembraani vahel, nimetatakse periplasmaks. Periplasma pole tühi ruum. [Periplasmas on näiteks ribonukleaas, aluseline fosfataas, penitsillinaas, transporterite seostusvalgud, formiaat-vesinik lüaas, tsütokroom C, osa rakukesta sünteesi ensüüme jne.] G(+) bakterite rakukest koosneb: 1) paksust (20-80 nm) peptidoglükaankihist, mis moodustab kuni 80% rakukesta massist, 2) Kestateihhuuhapetest, mis läbistavad peptidoglükaankihti, 3) Lipoteihhuuhapetest, mis seostuvad ka membraani lipiidkihiga.
Bioloogiline funktsioon edasikandmine muutumatul valgu sünteesi käigus kujul Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas DNA-aas e Lagundav ensüün RNA-aas e ribonukleaas desoksüribonukleaas 5.3. Omadused omavad laengut (raku pH juures). Tänu P-happele negatiivne; NH lahus on viskoosne, mis on tingitud nende ühendite suurest molekulmassist. NH denatureeruvad st kaotavad oma kõrgemat järku struktuuritasemed; NH on omane väga kitsas neeldumismaksimum Uv piirkonnas. Nukleotiidide erijuhud: Nukleotiinhapetesse kuuluvad sellised nukleotiidid, kus on 1 fosforhappejääk – monofosfaat.
Bioloogiline funktsioon realiseerimine valgu edasikandmine sünteesi käigus muutumatul kujul Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas DNA-aas e Lagundav ensüün RNA-aas e ribonukleaas desoksüribonukleaas Ülesanded ja tähtsus: - DNA ülesanne on päriliku info säilitamine ja edasi andmine võimalikult muutumatul kujul. - RNA ülesanded: - mRNA info viimine tuumast valgu sünteesikohta ribosoomidele; - tRNA aktiveeritud aminohappejääkide seondumine ja transport ribosoomidele; - rRNA osalemine geenide aktivatsioonil ja aidata kaasa tuumakeses
Bioloogiline funktsioon edasikandmine muutumatul valgu sünteesi käigus kujul Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas DNA-aas e Lagundav ensüün RNA-aas e ribonukleaas desoksüribonukleaas 5.3. Omadused omavad laengut (raku pH juures). Tänu P-happele negatiivne; NH lahus on viskoosne, mis on tingitud nende ühendite suurest molekulmassist. NH denatureeruvad st kaotavad oma kõrgemat järku struktuuritasemed; NH on omane väga kitsas neeldumismaksimum Uv piirkonnas. Nukleotiidide erijuhud: Nukleotiinhapetesse kuuluvad sellised nukleotiidid, kus on 1 fosforhappejääk monofosfaat.
Kemokiiniretseptoriga seostumine toob viiruse ümbrise ja plasmamembraani üksteisele lähemale, lubab gp41 interaktsiooni teise membraaniga, membraanide sulandumist. Sulandumine on gp41 tegevusse sekkuva antiviirusravimi toimepunkt. Tsütoplasmasse vabanenult algab replikatsiooni varane faas. RT, mida kodeerib polgeen, kasutab virionis olevat tRNAd praimerina, sünteesib komplementaarse ahelaga -DNA. RT toimib ka ribonukleaas Hna, degradeerides RNA genoomi ja sünteesides DNA +ahela (komplementaarse ehk cDNA). RT on antiviirusravimite peamine ründepunkt. Virioni DNA sünteesi käigus duplitseeritakse mõlemas genoomi otsas U3 ja U5 järjestused, tekivad LTR. See protsess toodab integreerimiseks vajalikud enhancer- ja promootorjärjestused transkriptsioooni reguleerimiseks. DNA-koopia genoomist on seega suurem kui algupärane RNA. RT on vigadealdis. HIVi RT teeb ühe vea 2000 bp kohta, 5 viga genoomi kohta (9000 bp)
Liitvalgud sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa. Kui mitteaminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nim seda prosteetiliseks rühmaks. Prosteetilised rühmad sõltuvalt mitteaminohappelisest osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks. 4. Valkude bioloogiliste funktsioonide loetelu, näiteid vastava funktsiooniga valkudest. Funktsioon Näide Katalüütiline ribonukleaas Regulatoorne insuliin Transport hemoglobiin Struktuurne kollageen Reserv kaseiin Kontraktsioon aktiin, müosiin Kaitse (antikehadena) immunoglobuliinid Adaptor e toes AKAP-valgud (siduvad valgud, proteiinkinaasid) Eksootilised funktsioonid antifriisvalgud kalades
UTR (untranslated regions) mRNA 5´ ja 3´otsas. REP Repetitive Extragenic palindromic sequences. Polü(A) järjestused mRNA 3´otsas - eukarüootides on polü A et stabiliseerida. Bakteritel vatsupidine funktsioon. 3´otsas polü(A)-järjestust sisaldavad RNA molekulid on PNPaasi ja RNaas II poolt paremini atakeeritavad. polü(A)-järjestus on nende eksonukleaaside kinnitumis-kohaks muidu vahetult 3´otsas sekundaarstruktuuri sisaldavatele mRNA-dele. Vajatakse helikaasi abi ja ribonukleaas kinnitub kehvemini, kui on sek struktuur, selliseid lagunatakse muidu aeglasemalt poly a annab toetsupinna. Polü(A) järjestusi sünteesivad polü(A) polümeraasid PAP I ja PAP II mRNA polüadenüleerimine on bakterirakus pidevalt toimuv protsess, mis aitab kaasa mRNA molekulide täielikule degradeerimisele. 9. Globaalne geeniregulatsioon bakterites ja selle uurimist võimaldavad meetodid. Erinevaid bioloogilisi protsesse koordineeritakse globaalse regulatsiooni kaudu
molekulmass ...10 nukleotiidi Sõltuvalt RNA tüübist 10 -10 Vastupidavus denaturatsioonile (pH, tº) On vastupidavam võrreldes RNA-ga On vähem vastupidavam võrreldes DNA-ga Bioloogiline funktsioon Pärilikkussaine säilitamine ja edasikandmine muutumatul kujul Pärilikkusinfo realiseerimine valgu sünteesi käigus Sünteesiv ensüüm DNA polümeraas RNA polümeraas Lagundav ensüün DNA-aas e desoksüribonukleaas RNA-aas e ribonukleaas 5.3. Omadused omavad laengut (raku pH juures). Tänu P-happele negatiivne; NH lahus on viskoosne, mis on tingitud nende ühendite suurest molekulmassist. NH denatureeruvad st kaotavad oma kõrgemat järku struktuuritasemed; NH on omane väga kitsas neeldumismaksimum Uv piirkonnas. Nukleotiidide erijuhud: Nukleotiinhapetesse kuuluvad sellised nukleotiidid, kus on 1 fosforhappejääk monofosfaat.
rakukultuurist midagi, mis muutis mittevirulentsed elusad IIR tüüpi rakud virulentseteks. See tähendab, et ta transformeeris IIR rakud patogeenseteks limakapsliga rakkudeks IIIS(kandis IIIS DNA väliskeskkonnast IIR bakterirakku). 1944 näitasid Avery, MacLeod ja McCarty, et S.Pneumoniae mittevirulentsete IIR tüüpi rakkude transformeerimist IIIS tüüpi virulentseteks rakkudeks põhjustas DNA. Nad näitasid, et desoksüribonukleaas (Dnaas), mis lagundas DNA, kõrvaldas ka transformatsioonivõime. Ribonukleaas (lagundab RNAd) ja proteaas (lagundab valke) transformatsioonivõimet ei mõjutanud. 1952 Hershey ja Chase tõestasid, et bakteriofaag T2 geneetiline info on talletunud DNA-s. Eelnevalt oli näidatud, et T2 faagi elutsükkel tomub ainult E.Coli rakkudes. Järelikult sõltub faagi paljunemine totaalselt E.Coli raku metaboolsest masinavärgist. Hersley ja Chase näitasid, et kui viirus
Pankreasenõre: Sisadlav süsiveskute, rasvade ja proteiini seedeks vajalikke ensüüme Neutraliseerib moats peensoolde suubuva happelise küümuse et ensüümid saakis toimet avaldada Pankreasenõres sisaldub põhiliselt 4 klass ensüüme: proteaasi, karbohüdraasi, lipaasid, nukleaasid. Kõik proteaasid ja fosfolipaas A moodustavad proensüümidena, kohe aktiivsetena produtseeritakse alfa-amülaas, triatsüülglütserrllipaas, kolesteroolesteraas, ribonukleaas I. Kasteistsõrmiku limaskestas produtreeritav enterekinaasi toimel aktiveerub enamus trüpsinogeneesist trüpsiiniks, mis omakorda muudab aktiivseks ülejäänud trüpsinogeeni, kümotrüpsinogeeni, samuti prokarbooksüpeptidaasid A ja B ning proelastaasi. Pankrease lipaasi aktiivsus suureneb põrsastel emise 4 elunädala jooksul märgatavalt (emisepiimas on rasva 6-8%) Pärast võõrutamist oleneb pankrease trüpsiini ja kümotrüpsiini aktiivsus söödaproteiini
kaksikahelaliste piirk. 4. Molekulmass | Suurem | Väiksem 5. Ülesanne rakus | Päriliku info säilitamine | Päriliku info kasutamine 6. Leidumine rakus | Tuum, mitokondrid,kloroplastid | Ribosoomides, tuumas, kloroplastides, | | Mitokondrites, tsütoplasmas. 7. denatureeruvus | aeglaselt | kiiremini 8. Lagundav ensüüm | Desoksüribonukleaas | Ribonukleaas DNA ja RNA võrdlus(ühised tunnused) : 1. lämmastikalused. 2. koosnevad nukleotiididest. 3. negatiivne laeng. 4. mõlemad denatureeruvad. 5. suur molekulmass. Kokkuvõttev tabel staatilisest biokeemiast: 1. süsivesikud 2. lipiidid. 3. valgud. 4. nukleiinhapped. Sidemetüüpide tabel : Ehitusüksused Keemilise sideme tüüp 1. Monoosid e. monosahhariidid | glükosiidside - seob monoosijääke. 2
kui valk on viidud oma lõplikule kohale rakus. Chaperonid suunavad enamuse valkude voltumist sünteesi käigus. Mõnede (peamiselt väiksemate, alla 150 aminohappe jäägist koosnevate) valkude ruumiline struktuur tekib iseeneset sünteesi käigus ja ei vaja 8 lisafaktoreid. Sel juhul on kogu ruumilse struktuuri tekkeks vajalik informatsioon olemas valgu primaarstruktuuris. Üks hästiuuritud näide on ribonukleaas A (RNaas A). Kui RNaas A molekul denatureerida st. lõhkuda tema ruumiline struktuur kas kuumutamise või keemiliste ainetega, siis jääb valguahela primaarstruktuur muutumatuks ja lagunevad ainult nõrgad sidemed, mis hoiavad valgu ruumilist struktuuri. Sobivates keskonnatingimustes tema aktiivne konformatsioon taastub. Seda protsessi nimetatakse valgu renatureeumiseks. Mõnede valkude renatureerimiseks on vajalikud kofaktorid, valgu ligandid, mis stabiliseerivad tema ruumilst struktuuri.
Klass II CS valgud on need, mis ekspresseeruvad olulisel määral ka 37°C juures ning temperatuurilanguse korral indutseeritakse neid vähem kui 10 korda. 1) Klassi I kuuluvad valgud CspA, CspB, CspG, CsdA, RbfA, NusA ja PNPaas. CspA, CspB ja CspG on RNA/DNA shaperonid, CsdA on ribosoomiga assotsieerunud valk, millel on RNA sekundaarstruktuure lahtikeerav aktiivsus. RbfA on ribosoomiga seonduv valk. NusA osaleb transkriptsiooni terminatsioonil ja antiterminatsioonil. PNPaas on ribonukleaas. 2) Klassi II kuuluvad valgud RecA, translatsiooni initsiatsioonifaktor IF-2, H-NS, DNA güraas GyrA. CS-spetsiifilisi faktoreid pole leitud. CS vastusega kaasnevad regulatoorsed muutused toimuvad transkriptsiooni aktivatsiooni järgselt. CS valkude induktsioonitase sõltub temperatuurilanguse ulatusest. Hiljuti leiti veel valk TF (trigger factor), mille madalal tasemel süntees indutseeritakse vastusena külma- shokile pärast 2 3-tunnist lag perioodi
annaabi.ee 
