Smile Shutter. Sony Ericssonil tuli äsja välja uus mobiiltelefon C510, millel on lisaks teistele vajalikele funktsioonidele juures üks uus ja huvitav lisafunktsioon Smile Shutter. See tähendab seda, et funktsiooni sisse lülitades, teeb telefon inimesest pildistades foto ära ainult siis, kui inimene naeratab. KAVATSUS: Viia läbi Mai kuu neljal nädalal Eesti 5- s suuremas linnas- Tallinnas, Tartus, Pärnus ning Narvas, kampaania ,,Püüame naeratusi", mille käigus 6 promootorit tutvustavad rahvarohkemates kohtades inimestele kampaania eesmärki, ning koguvad naeratavatest inimestest pilte tehes naeratusi. EESMÄRGID: 1. Riietada promootorid kõik ühesuguste Sony Ericssoni ning ,,Naeratusejahti" reklaamivatesse riietesse. 2. Varustada promootorid kampaania ajak Sony Ericssoni uue telefoniga C510. 3. Tutvustada inimestele uut Sony Ericssoni mobiiltelefoni C510 4. Rääkida inimestele kampaaniast ,,Püüame naeratusi" 5
plasmiidvektorisse kasutada erinevaid ensüüme. Milliseid ensüüme järgnevast valikust saaks rakendada: a) DNA topoisomeraas I b) DNaas I c) DNA polünukleotiid kinaas d) DNA ligaas e) T7 DNA polümeraas 10. Kõik järgnevad väited radioaktiivselt märgitud riboproovi osas on õiged välja arvatud: a) See on sünteesitud T7 DNA polümeraasiga b) Ensüüm võib kasutada Sp6 promootorit c) Seda saab kasutada proovina Northern blot analüüsil d) See on kindla pikkusega proov 11. Mille poolest erinevad DNA ja RNA? a) DNA sisaldab viit erinevat lämmastikalust, kuid RNA vaid nelja b) RNA koosneb ainult pürimidiinidest ja DNA puriinidest c) Mõlemad, nii DNA kui RNA sisaldavad suhkrujääki, kuid ainult DNA sisaldab pentoosi d) DNA sisaldab fosfaatrühmi, aga RNA ei sisalda
ning eluvormide geene. On võimalik kogunisti sisestada bakterilt pärit geene taimedele või siirdada organismi tehisgeene, mida seal varem ei esinenud. Looduses iseeneslikult sellised protsessid ei ole võimalikud. Geenmuundamise puhul on põllumajanduslikesse kultuuridesse sisestatud mingit kindlat tunnust kandev võõrgeen, mis sisaldab endas lisaks vajalikule omadusele ka antibiootikumile resistentset märgistusgeeni ja geeni talitlust reguleerivat DNA promootorit. Esimene geneetiliselt muundatud taim oli tubakas, mis teostati 1983.aastal. See sai võimalikuks tänu bakterile- agrobakterium. See bakter oli võimeline nakatama edukalt taimi, saates neisse väikesed DNA- aasad (Ti- plasmiidi), mis omakorda sokutavad end taimerakkude kromosoomidesse. Tuleb vaid plasmiididele lisada vajalikud geenid, see ollus taimelehele määrida ja uus taim kasvatada. Nii aretati ka maavitsaline petuunia ja ka puuvill. Turule jõudis tubakas 1994. aastal.
ka järglastele päranduvad - Ilmneb mingi uus, mõnele liigile omane tunnus - Loomine põhineb rekombinantse DNA tehnoloogial - Esimene transgeene organism-1981(hiir) - Suurimetajate saamine on keerukas: 1. Keeruline on geenivektori sisestamine viljastunud munarakku seda kahjustamata 2. suur katsete arv 3. Ei ole geenivektorit, mis inegreeruks alati vajalikus kohas 4. Siiratav geen vajab veel koespetsiifilist promootorit,et hakkaks tööle õiges kohas 5. Lisanduvad kaod, mis tulevad embrüosiiramisega seotud riskidest, kogu protseduur on suur õnnemäng 11. Transgeensed taimed: - Luuakse põllumajanduslikel eesmärkidel' - Neli taotlust: 1. Parandada saaduste tarbekvaliteeti 2. Suurendada vastupidavust haigustele ja kahjurputukatele 3. Tõsta taluvust umbrohutõrje kemikaalide suhtes 4. Tõsta karmide keskkoonnatingimuste taluvust - Seotud meristeempaljundamisega
tartus planeeritakse luua lehm ,kes toodab insuliini( Sulev Kõks ja Ülle Jaakmaa) transgeensete suurimetajate saamine keerukas: · munaraku kahjustumine- tänapäeval viiakse üha enam geene in vitro embrüonaalsese tüvirakku. Need omakorda uude varajasse embrüosse · embrüosiirdamine ei ole sageli edukas · ei ole olemas geenivektorit, mis integeeruks alati vajalikus kohas( kahjustab olemasolevaid geene) · siiratav geen vajab veel koespetsiifilist promootorit, et ta hakkaks tööle õiges kohas ja ajas · väga suur katsete arv! - võib mõjutada katsealuste elukvaliteti ravimeid tootvad loomad · GM-kitse piimas antikehad kasvajate vastu · GM-lehma piimas laktoalbimiin enneaegsetele lastele · GM-sead toodavad inimese hemoglobiini loomade tõuaretus · sigade ja lammaste kaal kasvas 30% · kalkunite munevus kasvas · lihaloomad kelle tailiha ja rasva osakaal on täpselt määratud
Promootor muutub RNA polümerasi afiinsus, transkriptsiooni aktiivsus suureneb või väheneb vastavalt lac operoni positiivne kontroll: Positiivne kontroll kui laktoos on ainus süsiniku allikas mikroobile ja glükoos puudub Katabolismi aktiveeriv valk (CAP) ühineb cAMP, aktiveerides viimase ja sidudes selle CAP järjestusega ülevalpool promootorit CAP muudab DNA konformatsiooni, millega RNA polümeraas seondub ja saab transkriptsiooon alata Kui mõlemad suhkrud on olemas (glükoos ja laktoos) siis kasutatakse glükoosi, sest aktiivse CAP kontsentratsioon madal (madal cAMP). Kui eksperimentaalselt lisada cAMP siis lac operon alustab ekspressiooni ka glükoosi juuresolekul Positiivne kontroll CAPiga lac operoni järjestus oli esimene geeniregulatsiooni molekulaarne mudel:
Loomarakkudele mõeldud ekspressioonivektor (plasmiid) sisaldab: 1.komponente, mis võimaldavad plasmiidi bakteris paljundada (prokarüootset replikatsiooni alguspunkti, antibiootikumi resistentsusgeeni); 2.kloneerimisala (MCS) erinevate restriktaaside lõikekohad; 3.uuritavat järjestust (valkude korral tavaliselt cDNA kujul); 4.reportergeeni (GFP, lutsiferaas, lacZ jt.) või märgise (tag; FLAG, myc, V5, GFP) järjestust. 5.eukarüootset promootorit (CMV, SV40) ja polüadenüleerimisjärjestust (SV40); 6.selektsioonimarkeri ekspressioonikassetti. Praktiline töö III Immuunotsütokeemia 1. Mille poolest on erinevad monoklonaalsed ja polüklonaalsed antikehad? Mka reageerivad vaid ühe epitoobiga antigeeni molekulis, on väga spetsiifilised 2. Mis on epitoop? Too välja kaks erinevat tüüpi epitoopide rühma ja kirjelda mille poolest need erinevad. Antigeeni osa, mis seostub spetsiifiliselt antikeha retseptorile.
sigma faktoreid, mis võimaldavad RNA polümeraasil seonduda erinevatele promootorjärjestustele. Transkriptsiooni initsiatsiooni lõppedes vabaneb sigma faktor RNA polümeraasi koosseisust. 4. Prokarüootne operoon regulatoorne üksus, milles asuvad struktuurgeenid, operaator ja promootor. Operooni mudeli järgi kontrollivad struktuurgeenide transkriptriooni regulaatorgeen ja operaatorgeen. Laktoosi (lac) operoni regulatsioon E.Coli rakkudes. Lac operon sisaldab promootorit P, operaatorit O ja 3. struktuurgeeni lacZ (-galalaktosidaasi geen), lacY (-galalaktosidaasi permeaasi geen) ja lacA (transatsetülaas). Operoni geenide negatiivne kontroll toimub läbi repressorvalgu Lac I seondumise operaatorile ja positiivne kontroll läbi aktivaatorvalgu CAP seondumise operaatoralale. 5. Eukarüootse mRNA kodeeriv osa erineb prokarüootsest selle poolest, et sisaldab tüüpiliselt vaid üht tsistronit e. ORF'i. Erineva struktuuri tõttu ei ole mRNA eukarüootide ja
Sellest ajast saati suhtutakse siinmail 4 muundatud taimedesse palju skeptilisemalt, kui USA-s. Alates 2004. aastast on GMO-de kasvatamine taas lubatud. [1] 1.3. Geneetiliselt muundatud põllukultuur Põllumajanduslikesse kultuuridesse on sisestatud mingit kindlat tunnust kandev võõrgeen, mis sisaldab endas lisaks vajalikule omadusele ka antibiootikumile resistentset märgistusgeeni ja geeni talitlust reguleerivat DNA promootorit. [6] Selle alusel on välja töötatud sordid, mis taluvad umbrohutõrjet ning mida on herbitsiididega kerge töödelda, kartmata kultuuri kahjustumist. On olemas ka kahjurite vastu immuunseid sorte, mis sünteesivad ise mullabakteritest mürki kahjurite hävitamiseks. Samuti üritatakse pidevalt luua haigustele, põuale ja mulla soolsuselt vastupidavaid kultuure. Väga laialdaseks on kujunenud teraviljaaretus erinevate saaduste tarvis. Samas
Meie kasutasime DH5α, mille kompetentsus on 107 (see tähendab, et 1 ng-ga transformeeritud tass annab 107 kolooniat) 3. Selle aja jooksul valatakse LB + Amp + X-gal + IPTG tassid: jälle sulatatakse agarsöödet (200 ml) ning pärast 50 °C-ni jahtumist lisatakse 200 μl X-gal, 200 μl ampitsiliini ning 25 μl IPTG-d. Pärast segamist valasin homogeenne sööde õhukese kihina Peetri tassile, kus ta jäi mõneks ajaks tarduma. 52. IPTG-d on lac promootorit aktiveeriv reagent, X-gali on vaja, et bakterite elutegevuse käigus söötmes oli näha sinist pigmenti, antibiootikumi lisatakse, et oleks võimalik selekteerida välja bakterid, kuhu on sisse läinud plasmiid (edukalt transformeeritud elusad bakterid vastava antibiootikumi juuresolekul) 4. Pärast inkubeerisin transformatsioonisegu 90 sekundit 42 °C juures (heat shock) ning tõstsin tuubi 2 minutiks jääle (jahutamine) 5
ära kõik ilma plasmiidita bakterid) ja X-gali, mis on laktoosi analoog, vaid glükoosi asemel on indool, mis vabaneb glükosiidsideme hüdrolüüsi käigus, ning oksüdeerub ja värvub siniseks. Sööde valmistamiseks: Sulutasime LB(steriilne sööde)+Agar söödet mikrolaineahjus sulemiseni, jahtusime pidavlt segades (et ei tarduks ära) ~50 kraadini. Lisasime 200 µl X-gal, 200 µl ampitsiliini ja 25 µl IPTG-d – lac promootorit aktiveeriva reagenti Valasime sööde Petri tassile ja panime tarduma Bakteri kasvamiseks sööde peale: Suspendeerisin bakrerid topsis edadi-tagasi ning pipeteerisin tardunud söötmega Petri tassile Selleks, et bakterid asutsid ühtlaselt, panin klaaskullikesed tassile ja loksutasin. Valasin kullikesed etanooli lahusesse ja jäätsin tass inkubaatorisse üleöö kasvamiseks. 2 päeva möödudes tulin tagasi laborisse
laienemise. Loeng 2. Rakkude proliferatsioon, rakutsükkel ja selle · Koosneb kahest valgust, p21 ekspressiooni rakus regulatsioon kontrollitakse transkriptsioonifaktori - onkogeeni valgu p53 kaudu, mis mõjutab p21 promootorit 1.Rakutsükkel ja rakutsükli faasid 6. Tuumori supressorvalk p53 ja tema funktsioon · Rakutsükkel on rakkude jagunemise tsükkel, mis rakutsüklis koosneb jagunemisesks ettevalmistumisest (G1, · p53 on tuumori-supressorgeen, selle S ja G2 faasid) ja mitoosist ( M faas). mutatsioonide korral ei toimu rakutsükli pidurdust, 2
· Kui "kütuseid" on piisavalt, siis sekreteeritakse rasvhapped verre ning transporditake adipotsüütidesse · Nälgimise korral konverteerib maks rasvhapped ketokehadeks, mis sekreteeritakse verre ning transporditakse teistesse kudedesse 14. Mida mõeldakse geeni ekspresseerumise all? Kirjeldage geeni ekspressiooni erinevaid etappe. Geeni ekspressioon on lõplikult valgu süntees mingi DNA info pealt saadud mRNA järgi. mRNA sünteesiks on vaja promootorit, millega saavad DNA peale seonduda transkriptsioonifaktorid. Loodakse komplamentaarsuse alusel A-U, C-G. Peale transkritpsiooni lisatakse lõppu saba ja mRNA protsessitakse enne ribosoomi minemist ja lõigatakse välja intronid ning seotakse eksonid. Ribosoomis algab valgu süntees, AUG alustab. Süntees käib 5'-3' otsani ja kui satub stop-koodon, siis lisatakse valgule "müts". · Transkriptsiooni viivad läbi RNA polümeraasid:
Asendades agrobakterites looduslikud geenid võõraste siirdatavatega, saadaksegi bakteri abil viia võõr-DNA taimerakkudesse. DNA-püssi puhul taimerakku tulistatakse pisikesi kulla- või volframiosakesi, kuhu on eelnevalt seotud võõras DNA. Jõudnud raku sisse võõr-DNA tuleb see metalliosakeselt lahti ja tungib rakutuumas pärilikkuse ainesse. (Eestimaa Looduse Fond 2006.) Selleks, et sisestatud DNA rakus funktsioneerima hakaks ja soovitud tunnus avalduks, on vaja promootorit. See on DNA osake, mis sageli võetakse viirustelt. Promootor lülitub sisse kohas, mis on sellele kõige vastuvõtlikum. Muundkultuurid on tihti ebastabiilsed ning see on tingitud sellest, et lisades uut pärilikku infot mõjutatakse geenide vahel juba varem väljakujunenud vastastikuseid toimeid.(Eestimaa Looduse Fond 2006.) 2. GENEETILISELT MUUNDATUD KULTUURIDE ARENG Lähtuvalt muundamisel kasutatavast tehnoloogiast ja selle protsessi eesmärkidest jagatakse GM kultuurid kolme põlvkonda
võrdse ülekande lähterakust tütarrakkudesse. 27. Mis on geen? DNA lõik, mis määrab ära 1 RNA molekuli sünteesi. 28. Transkriptsioon. RNA süntees, toimub rakutuumas interfaasi ajal. DNA biheeliks keeratakse järk-järgult lahti ning sünteesitakse ühe ahela teatava lõiguga komplementaarne RNA molekul. Seda viib läbi ensüüm, mis DNA molekulile kinnitumiseks ja transkriptsiooni alustamiseks vajab teatud nukleotiidide järjestust e promootorit. RNA süntees lõppeb kui ensüüm jõuab geeni lõpus nukl järj, mida nim terminaatoriks, seal ensüüm eraldub DNAst, viimane taastab oma biheeliksikujulise struktuuri ja sünteesitud RNA liigub läbi tuumamembraani pooride tsütoplasmasse. 29. tRNAde struktuur ja funktsioon. tRNA molekul koosneb ühest ahelast, kuid selle komplementaarsete lõikude nukleotiidide vahele on moodustunud vesiniksidemed, teist järku struktuur on ristikulehe sarnane. Molekuli paardumata
rakke? Lihtsam oleks (ja seda ka katsetatakse) vigane geen avastada varases lootestaadiumis, sest siis on veel vähe rakke, mis nn geenivahetust vajavad. · rekombinantse genoomiga viiruste kasutamisel - kuidas jõuab viirus õigesse kohta ja kõigi vajalike kohtadeni. Kas muudetud genoomiga viiruse sisseviimisel ei kaasne ebasoovitavaid nähtusi? · uurida, mis geenil viga on. St seostada viga geeni tasandil fenotüübilise efektiga. (Nt: kuidas aktiveerida promootorit). 5. Kloonimine, mõiste ja eesmärgid; kloonimise ajalugu ja näiteid. Kloonimise põhimõtteline skeem. Kloonimine. Kloonimine on sama geneetilise taustaga rakkude loomine. Ajaloost: Tavaline on olnud varases staadiumis loote (blastula) rakkude kloonimine. Diploidne tuum viiakse munarakku, millest on tuum (haploidne) enne välja võetud. Mäletatavasti on munarakk totipotentne. Munaraku tsütoplasmas olevad
100 µl E.coli kompetentsed Rakud, kuhu sisestame plasmiidi rakud(TOP10), kompetentsuse aste 107 kokku Steriilne tardsööde LB Kus peal oma rakke kasvatame 200ml 200 µl Ampitsilliini vesilahus 100mg/ml Selektsioonimarker 25 µl IPTG 0,8M vesilahus Värvusreaktsioon/Aktiveerib lacZ promootorit 200 µl X-gal Värvusreaktsioon 10 Arvutused: X-gal: Tahame saada 20 µg/ml ja meil on 200ml ehk 20*200=4000 µg ehk 4mg on vaja. Meil on olemas 20mg/ml lahus, selleks et saada sealt 4mg vütame 1ml/5= 200 µl IPTG: Tahame saada 0,1mM=0,0001M ehk 0,0001 = m/0,2 ja sealt saame et vaja minev m = 0,00002g. Meil on 0,8M vesilahus ehk 0,8 = 0,00002/V ja V = 25 µl
Regulatsioon toimub nii translatsiooni efektiivsuse, mRNA stabiilsuse kui ka valgu stabiilsuse kaudu. 32 geeni rpoH mRNA 5' otsas on järjestus, mille baasil moodustub sekundaarstruktuur, mis blokeerib osaliselt translatsiooni initsiatsiooni regiooni. Selle sekundaarstruktuuri püsivus rakus sõltub temperatuurist. Kõrgemal temperatuuril sekundaarstruktuur laguneb, muutes mRNA on ribosoomidele kättesaadavaks. Seega toimib rpoH mRNA termosensor. 32 geenil rpoH on mitu promootorit. Promootorid P1, P4 ja P5 on transkribeeritavad normaalsel temperatuuril, P3 HS vastusena (E kontrolli all) ja P5 on reguleeritud cAMP poolt. Promootorite P4 ja P3 ees on DnaA boxid. 70 on RNA polümeraasi subühikutest temperatuurile kõige tundlikum. Temperatuuritõusu tagajärjel on 70 inaktiivne, agregeerunud vormis. Nii saab RNA polümeraasi apoensüüm siduda teist faktorit. DnaJ, DnaK ja GrpE moodustavad 32-ga stabiilse kompleksi, eksponeerides teda proteaasidele
2. Võrdle transkriptsiooni initsiatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüootidel. Prokarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: RNA polümeraas seondub ühega paljudest spetsiifilistes tranksriptsiooni faktoritest (-faktor) moodustades holoensüümi. Sellises vormis suudab ta ära tunda ja seonduda promootor-piirkonnaga DNA'l. -35 -10 regioon sisaldab prokarüootset promootorit. DNA matriitsahel, mis on +1 ja terminaatori vahel transkribeeritakse RNA'sse, mis siis transleeritakse valku. Selles staadiumis DNA on kaksikheeliks (suletud). DNA põimub lahti üksikahelaks initsiatsiooni saidi lähedal (+1). RNA-polümeraas transkribeerib DNA'd (- alaühik initsieerib sünteesi), kuid toodab umbes 10 "värdjalikku" (lühike, mitteproduktiivne) transkripti. Need transkriptid ei saa polümeraasist väljuda, kuna väljapääs on blokeeritud -faktoriga.
Selleks, et bakteri RNA polümeraas transkribeeriks bakteri geenide asemel faagi geene, toimub bakteri RNA polümeraasi modifikatsioon faagi poolt kodeeritud faktorite kaudu. Modifitseeerimine võib toimuda erinevate mehhanismide alusel. subühiku modifikatsioon võimendab anti- interaktsiooni, ß` subühiku fosforüleerimine aga inaktiveerib ensüümi. Transkriptsiooni initsiatsioon 70 promootoritelt. E. coli 70 poolt äratuntavate promootorite konsensusjärjestuse aluseks on võetud 298 promootorit. -35 -10 T69T79G61A56C54A54 N16-18 T77A76T60A61A56T82 Transkriptsioon algab 6-7 nt -10 heksameerist geeni poole ning peaaegu alati on esimeseks nukleotiidiks puriin (A või G). Eristatakse mitut etappi, kus RNA polümeraas on DNA-ga seotud erinevas ulatuses: 1. Suletud kompleksi (closed complex) moodustumine. Holoensüüm on seondunud spetsiifiliselt promootorile, kattes regiooni -55 kuni +20 (80 bp).
rõhuasetusega retrotransposonidel Alu (SINE) ja LINE (L1) elementidel: päritolu, suurus, struktuur, omadused, jaotuvus genoomis, retropositsioneerumise mehhanismid, Alu-de roll primaatide evolutsioonis. • U 45% inimese genoomist on transposoon-elementidega seotud. Suurem osa neist on mitteLTR retrotransposoonid: LINE1 (L1) ja SINE (Alu). L1 element koosneb kahest avatud lugemisraamist, mis külgnevad 5’ ja 3’ UTRdega. 5’UTR sisaldab RNA pol II promootorit. Alu element sisaldab kahte monomeeri, mis on eraldatud A-rikka linkerregiooniga. Üks monomeer RNA pol III promootorit. Transponeeruvad elementide jaotuvus üle genoomi ei ole juhuslik. SINEd esinevad eukromatiinis, geenirikastes R-vöötides ja LINEd paiknevad G-vöötides (AT rikkad alad, geenivaesed). SINEde korduste arv on väiksem kui LINEdel. SINEd ei ole viiruslikku päritolu, nad ei kodeeri oma pöördtranskriptaasi, on rekombinatsiooni hotspotideks
Praegusel ajal puuduv HEV replikatsiooni uurimiseks sobiv rakukultuur (replitseerub ainult ahvide primaarsetes hepatotsüütides). Tobamoviirused- tubaka mosaiigiviirus (TMV) Alfa-sarnaste taimeviiruste ühised jooned on: Genoomide 5’-otstes asub cap-struktuur, mis sünteesitakse viiruse ensüümide poolt. Vähemalt osade geenide ekspresiooniks kasutatakse sgRNA-sid, mis sünteesitakse kasutades subgenoomset promootorit, negatiivse RNA maatritsil. TMV virion TMV virionid kujtavad endast jäika kepikese laadset struktuuri, mis on rakuvälises keskkonnas väga stabiilne. TMV partikkel koosneb ühest molekulist genoomsest RNA-st ja ca 2100 identsest kattevalgu subühikust. Üks kattevalgu molekul seob 3 nukleotiidi RNA-st, spiraali pöörde peale tuleb 49 nukleotiidi ja 16 1/3 kattevalgu molekuli
TRANSKRIPTSIOON on matriitssüntees, mille käigus sünteesitakse DNA molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. Transkriptsioon toimub eukarüootidel tuumas, prokarüootidel tsütoplasmas. Prokarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: RNA polümeraas seondub ühega paljudest spetsiifilistes tranksriptsiooni faktoritest (-faktor) moodustades holoensüümi. Saab seonduda promootor-piirkonnaga DNA'l. -35 -10 regioon sisaldab prokarüootset promootorit.. Selles staadiumis DNA on kaksikheeliks. DNA põimub lahti üksikahelaks initsiatsiooni saidi lähedal. RNA- polümeraas transkribeerib DNA'd,kuid toodab umbes 10 "värdjalikku" (lühike, mitteproduktiivne) transkripti. Need transkriptid ei saa polümeraasist väljuda, kuna väljapääs on blokeeritud -faktoriga. Lõpuks -faktor dissotseerub holoensüümist ja järgenb elongatsioon. Eukarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: on keerulisem kui prokarüoodil, RNA polümeraas ei
Molekulaar-bioloogi klassikaline põhidogma väidab: ● DNA – DNA ehk DNA taastoodab ennast (replikatsioon) ● DNA – RNA ehk DNAst sünteesitakse RNA (transkriptsioon) ● RNA – valk ehk RNAst sünteesitakse valk (translatsioon) Viirustes on võimalik ka info kandumine RNAlt DNAle pöördtranskriptsioon ning RNAlt RNAle – RNA replikatsioon Info on struktuursetes ühikutes ehk geenides. On vaja alguspunkti, praimerit või promootorit – oleneb kas DNA või RNA 8. Kirjelda DNA ja RNA koostisosasid ja nende vahelisi keemilisi sidemeid, lämmastikalused, nukleosiidid, nukleotiidid DNA ja RNA on nukleotiidide polümeerid. DNA sisaldab valkude sünteesiks vajalikku informatsiooni, mis on geenides. RNA on vajalik valkude tootmiseks. DNA: lämmastikalused - A adeniin, G guaniin, C tsütosiin, T tümiin, suhkrujääk desoksüriboos, fosforhappejääk
fosfaatsillad a. Transposoonide puhul jäävad DNA ahelasse augud, mille parandab DNA polümeraas 34. Mis on transposoom (transposome)? Rõngasstruktuur (Transposoon + transposaas). Transposaasid tekitavad silmuse ja lõikavad transposoomi välja 35. Kuidas saab konservatiivset kohaspetsiifilist rekombinatsioonis toimivat bakteriaalset ensüümi kasutada koespetsiifiliselt geenide väljalülitamiseks hiires? Lõikesaitide ees kasutatakse koespetsiifilist promootorit (rekombinaas ainult selles koes), mis on seotud konservatiivse kohaspetsiifilise rekombinatsiooni ensüümiga bakterites. Huvipakkuvas koes seega toodetakse ensüümi Cre rekombinaas, mis lõikab kohaspetsiifilistelt saitidelt ja nii saame geeni eemaldada. Kui rekombinaasi ekspresseeritakse ainult maksas, kustutatakse huvipakkuv geen ainult seal. Teistes kudedes aga geeni ei lõigata välja, kuna rekombinatsioonigeenile eelneb koespetsiifiline promootor. 5. RNA ja transkriptsioon
Guanosiinpentafosfaat petab ära RNA polümeraasi. Ta lülitatakse RNA koosseisu, aga sinna otsa enam ei saa midagi panna. RNA süntees jääb seisma. Lülitatakse transkriptsioon üldiselt välja. Erinevad viisid transkriptsiooni aktiveerimisel: Aktivaatorvalgud seonduvad promootori lähedusse – sigmafaktor seondub nõrgalt, ei hoia piisavalt kinni avatud struktuuri tekkimiseks. α subühiku seondumist saab stabiliseerida – sellega saab kogu promootorit stabiliseerida. Sel juhul aktivaatorvalgud interakteeruvad nii α kui β subühikuga. Aktivaatorvalk peab igal juhul ära tundma mingi järjestuse sel kohal. Aminohapete sünteesiraja regulatsioon Trp operon Transkriptsiooni ja translatsiooni seostatus. See on Trp sünteesi operon. Kui Trp-d pole, siis toimub mRNA süntees operonilt. Kui söötmes on Trp, siis sünteesitakse operonilt vaid lühikesed mRNA jupid. See saavutatakse mRNA konfiguratsiooni kaudu. Saab
mRNA translatsioon 5. mRNA degradatsioon 6. Valgu degradatsioon Transkriptsiooni kontroll: 1. Promootorid: Transkriptsiooni algusest üleval pool. Mõni promootor näitab kus transkriptsioon algab (näit. TATA), teised määravad millal transkriptsioon algab. Promootereid aktiveerivad spetsiifilised valgud, mida kutsutakse transkriptsiooni faktoriteks (TF); need seonduvad promootorregiooniga spetsiifiliselt. Ühel geenil võib olla üks või mitu promootorit, igal promootoril oma TF. Promootorid nii pos. kui neg. tagasisidemega reguleeritud. 2. Tugevdajad ehk enhanserid (enhancers): Esinevad mõlemal pool, nii ülal kui allpool start koodonit. Regulatoorsed valgud seonduvad spetsiifiliselt enhancer järjestustega; sidumine määratakse spetsiifiliste enhancer järjestuste poolt. TF-iga ühinenud DNA moodustab silmuse, mis kontakteerub enhanseriga. Interaktsioonid reguleerivate
75 takistab RNAP seondumist promootoralaga. Kui arabinoos on saadaval, siis arabinoosi seondudes regulaatorvalgule AraC toimuvad konformatsioonilised muutused ning seejärel muutuvad ka seondumiseelistused. Arabinoosiga seondunud AraC seondub I1 ning Crp-cAMP saab seonduda DNA-ga ning arabinoosi katabolismigeenid aktiveeritakse. 8.4. Geenide organiseeritus Bakterites pole kõigil geenidel oma promootorit, millelt RNAP saaks initsieerida transkriptsiooni. Geenid, mis asuvad sama promootori järel ning mida RNAP transkribeerib korraga, nimetatakse operoniks ning sellist RNA-d, mis sisaldab mitme geeni RNA-d, nimetatakse polütsistroonseks RNA-ks. Tavaliselt on ühes operonis sellised geenid, mis on seotud sama funktsiooni või mehhanismiga. Näiteks tihti on sekundaarsete C-allikate katabolismi geenid ühes operonis. Geene, mis vastutavad sama C-allika metabolismi eest on efektiivne
annaabi.ee 
