suunaliselt (eksonukleaasidega). - lagundamine tuumas vahetult peale sünteesi. - endonukleaasne lagundamine - lõhutakse molekulisiseseid sidemeid . - nonstop mediated decay (3` 5`), organellis eksosoom. - nonsense mediated decay 6. Milliseid nukleotiidseid järjestusi lagundatakse nonsense mediated decay mehhanismiga? Selle mehhanismi kasutamisega lagundatakse: Enneaegsete stop-koodonitega mRNAd. Upstream ORF asub mRNA 5´UTR (mitte-transleeritavas) regioonis. Liiga pikk 3´UTR (RNA polümeraas on ülesünteesinud mRNA-d). mRNAd, kus kasutatakse korraga erinevates lugemisraamides valgusünteesi initsiaatorkoodoneid. NMD toimub enamasti enne, kui on katkenud mRNA füüsiline side tuumaga. Enneaegset stop-koodonit sisaldav mRNA molekul, mis on jõudnud tsütoplasmasse, pääseb suure tõenäosusega lagundamisest. NMD on alati seotud lagundatava mRNA translatsiooniga - NMD
Eukarüootsete organismide genoomiprojektid (pärmid, eelloomad, hulkraksed) Pärmid: *Esimesena sekveneeritud eukarüoot Saccharomyces cerevisiae -pagaripärm (1996 a., 14 Mb, 16 kromosoomi, lisaks plasmiidid ja dsRNA viirused). Umbes 6340 geeni, 7% kodeerib mittetransleeritud RNA-d. Valke kodeerivaid ORF-e 5773 (25% nendest iseloomustamata). Geenide pikkus ca. 1.5 kb. Geenide kaugus ca 2 kb. Genoom väga kompaktne. Kromosoomides funktsionaalsed elemendid ARS, TEL, CEN. 2002 a. Schizosaccharomyces pombekäärituspärm, genoom. 13.8 Mb. 4940 valke kodeerivat geeni e. 57% genoomist. Sarrnasem kõrgemate eukarüootidega kui S.cerevisiae. *Erinevused intronite arvus (S.cerevisiae275 e. 5%, S.pombe43%), transposonite arvus (S.cerevisiaearvukalt, S.pombevaid mõned)
E. coli sekveneeritud 1997 a. Genoom 4 639 221 bp. 4289 geeni (2657 valke kodeerivad, 1632 funktsioon teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Multiresistentsuplasmiid pTP10: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000. Suurus 1-100 kb.pTP10 on Corynebacterium striatumM82B multiresistentsusplasmiid (51 kb.), mis tagab resistentsuse 16 antibiootikumi vastu. 47 ORF-i. 6. Eukarüootsete genoomide omadused (C väärtuse paradoks, koodikasutus, kompleksus) *Geneetiline info paikneb valdavalt nukleaarselt. Lisaks plastiidide/mitokondrite genoom (v.a. Archaeozoa, kellel puudub organellide DNA). Vähemalt mõnes elutsüklis esineb diploidsena! *DNA hulka haploidses genoomis nimetatakse C väärtuseks ja on liigispetsiifiline (ulatub 0,5pg-132pg). Katteseemnetaimedel varieerub kuni 600x. NB! C
Definitsioon 1.4. ([1], 22) Olgu funktsioon määratud hulga mingil alamhulgal ja olgu . Kirjutame ja ütleme, et funktsioon on avaldatud funktsiooni kaudu, rakendades argumendile -operaatorit, kui Funktsiooni võib arvutada järgmise algoritmi järgi: Arvutame järjestikku , , ................................................ Kui saame mingi arvu korral, , siis lõpetame ja väljastame . Definitsioon 1.5. ([1], 23) Funktsiooni nimetatakse osaliselt rekursiivseks (ORF), kui ta on algfunktsioon või teda saab avaldada algfunktsioonide kaudu, kasutades lõplik arv kordi asendusskeemi, lihtrekursiooniskeemi ja -operaatorit. Mõiste funktsiooni (*)-arvutatavus tähendab seda, et selle funktsiooni väärtusi on võimalik arvutada vastava Turingi masina abil, kus see ,,(*)" märgib kahte tingimust, mis peavad kehtima vastava Turingi masina korral. Need tingimused on järgmised:
Segmentide 5'-NTR järjestused on omavahel homoloogsed (eriti suur on homoloogia on 32 5'- terminaalset nukleotiidi vahel), 3'-NTR-id aga mitte. Peale selle kujutavad mõlema segmendi terminaalsed järjestused endast inverteeritud korduvjärjestusi. Need terminaalsed struktuurid võivad moodustada sekundaarstruktuure, mis on olulised viiruse genoomi replitseerumiseks ja pakkimiseks. Segmendi A kodeeriv ala sisaldab erinevates faasides kahte osaliselt kattuvat ORF-i. Pikk ORF1 kodeerib 110 kDa polüproteiini. Valmis valkude järjekord polüproteiinis on (N-terminusest alates) VP2-VP4-VP3. ORF2 kodeerib VP5 valku (17 kDa). VP5 on mittestruktuurne valk, mis pole viiruse replikatsiooniks absoluutselt vajalik. Segmendi B kodeeriv ala sisaldab ühte lugemisraami, mis kodeerib VP1 valku. VP1 on dsRNA segmentide terminaalseks valguks (side RNA 5'-terminaalse G-jäägiga Ser-jäägi kaudu VP1-s),
Nende DNA piirkondade asukoht geeni suhtes pole tähtis ( asuvad reeglina geenist kaugel). Transkriptsiooni ini-saidist eespool. - downstream (suund) võimendaja, piirkonnad.. promootorpiirkonnast tagapool. Transkriptsiooni initsiatsiooni saidist tagapool. - Splaisosoom organellid raku tuumas, kus leiab aset intronite lagundamine. Splaisosoomid on suured kompleksid, mis koosnevad valkudest ja snRNAst. koht kus toimub splaising, raku tuumas - ORF piirkond ehk avatud lugemisraam. Transleeritav DNA piirkond - Monotsistroonne - mRNA eukarüoodil on reeglina (>90%) monotsistroonne, s.t. kodeerib ühte valku - Polütsistroonne prokarüoodil polütsistroonne. Vt eelmine - Kozaki konsensus (järjestus) - soodustab translatsiooni initsiatsiooni - Valk e proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Valgud on organismid kõige mitmekesisemad makromolekulid
to f-1f)$ o(lCI Ff- c r rf(f(O(Orf'(OrO$s 6/)C!OGl@ CrlO--Cr| (O@-rOr)Gl .;ll (f, .lf rr ll tl O(OF
Translatsioon- dekodeeritakse mRNA ahel ribosoomide abil vastavaks aminohapete ahelaks (polüpeptiid), millest hiljem saab aktiivne valk. Translatsioon toimub raku tsütoplasmas ribosoomidel, paljude ensüümide abil. mRNA (messanger, DNA pealt sünteesitud jäljend valgu sünteesiks) tRNA transpordivad AH ribosoomidesse rRNA (ribosoomi koostises) Initsiatsioon- Valku kodeerivat järjestust e. transleeritavat DNA piirkonda nimetatakse ka avatud lugemisraamiks ORF. ORF algab initsiaatorkoodoniga AUG ja lõpeb stop koodoniga. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad spaisser järjestused. mRNA 5' otsa koguneb mitmeid valgulisi initsiatsioonifaktoreid, kuhu seondub ka ribosoomi väiksem alaühik 40S koos Met-tRNAga moodustub valgusünteesi initsiaatorkompleks Elongatsioon- aminohapete lisandumine polüpeptiidahelasse, mis on tsükliline protsess: tRNA, mis kannab ahelasse juurdelisanduvat aminohapet, seostumine ribosoomi A saiti
teadmata). Neljandik geenidest organiseeritud 75 operoni. Enamik geene esindatud ühe koopiana v.a. rRNA geenid. Keskmine distants geenide vahel 118 bp.Valke kodeerivad geenid (87,8% genoomist) paigutatakse 22 funktsionaalsesse gruppi. Plasmiidid: autonoomselt replitseeruvad, sümbiontsed või parasiitsed bakterite geneetilised elemendid. Rakus 1-1000. Suurus 1-100 kb. pTP10 on Corynebacterium striatum M82B multiresistentsusplasmiid (51 kb.), mis tagab resistentsuse 16 antibiootikumi vastu. 47 ORF-i. 6. Eukarüootsete genoomide omadused (C väärtuse paradoks, koodikasutus, kompleksus). Valdavalt paikneb geneetiline info nukleaarselt. Lisaks plastiidide/mitokondrite genoom (v.a. Archaeozoa, kellel puudub organellide DNA). Vähemalt mõnes elutsüklis esineb diploidsena, DNA hulka haploidses genoomis nimetatakse C väärtuseks ja on liigispetsiifiline (ulatub 0,5pg-132pg). Katteseemnetaimedel varieerub kuni 600x. NB! C väärtus ei korreleeru organismide
See saba on oluline tuumaekspordi jaoks, translatsiooni ja mRNA stabiilsuse jaoks. Kui saba lühendatakse, siis varsti mRNA degradeeritakse ensümaatiliselt. 56. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. Attenuatisioon leiti kõigepealt E.coli trp operonis. Uuring oli suunatud kahele faktile mutatsioonid, mis lõid välja trp repressori ei olnudki täielikult trüptofaaniga represseeritud, trp operoni alusjärjestus oli ebatavaline ORF, mis eelnes tuntud trüptofaani biosünteesivate ensüümide struktuursete geenide ORF- idele. Esmalt leiti, et ORF koosneb kahest tandem Trp koodonist, teiseks, et mRNA-l koosnes selles alas kahe grupilisest sümmeetriast, mis võimaldas moodustada tal eksklusiivseid sekundaarstruktuure, millest üks meenudas rho-sõltuvat transkriptsiooni terminatsiooni signaali ja teine kaitseks esimese formeerumise eest ja seeläbi ka terminatsiooni eest (pre-emptor struktuur) Attenuatsiooni mehhanism:
järjestuste väljasõelumine GenBanki jt formaadist, aminohapete järjestuse muutmine 1- tähelistest koodidest 3-tähelisteks ja vastupidi, valkude ja DNA järjestuste filtreerimine, järjestuse teatud piirkondade väljavõtmine). c. Koodonite kasutussageduse uurimine, mustrite otsimine järjestuses, nukleotiidide ja aminohapete sisaldused järjestustes, ORF-de leidmine, PCR produktide otsimine, valgu isoelektrilise punkti arvutamine, valgu molekulmassi arvutamine, restriktsioonisaitide kindlakstegemine, (de)transleerimine, restriktsioonikaartide tegemine, translatsioonikaardid, praimerikaardid. Aldolaasi E. coli nukleotiidne järjestus: >eco:b2097 fbaB, dhnA; fructose-bisphosphate aldolase class I [EC:4.1.2.13]; K01623 fructose-bisphosphate aldolase, class I
inverteeritud korduvjärjestused. Seega on võimalik, et nakatatud rakkudes võib mimiviiruse DNA omandada ka tsirkulaarse kuju. • Genoomi mõõtmed on viiruse kohta erakordselt suured: 1,181,404 bp (võrdluseks: bakteri Mycoplasma genitalium genoom on 580 kbp pikkune). • Kodeeriv ala moodustab genoomist üle 90%, lugemisraamid paiknevad mõlemas DNA ahelas. Kokku on identifitseeritud 1262 ORF-i, mis on pikemad kui 100 koodonit, valke kodeerivad neist 911 (homolooge on leitud 194-le). • Mimiviiruse poolt kodeeritavate valguliste produktide hulka suurendab splaisingu kasutamine. Mimiviirusel on olemas: - valkude splaising (intein-domeenid, mis katalüüsivad enda väljalõikamist sünteesitud valgumolekulist ja uue peptiidsideme tekkimist väljalõikekohta ümbritsevate ah jääkide vahele) DNA polümeraasi kodeerivas alas
PBP3 ning temaga assotsieerunud valkude toimel moodustub jaguneva raku keskele peptidoglükaani kaksikkiht. Min valgud MinCDE ja SlmA inhibeerivad FtsZ ringi moodustumist EnvA toimel toimub nende kihtide eemaldumine ja sellele järgneb välismembraani sissekasvamine. Raku jagunemisel osalevate valkude regulatsioon Suur osa raku jagunemisel osalevatest geenidest on kodeeritud mra operoni poolt. Selles operonis on leitud 16 avatud lugemisraami (ORF-i). Valgulised produktid on identifitseeritud 14 ORF-i puhul. Operonis on sisemisi promootoreid. ORF-ide vahed on väga lühikesed ning sageli asuvad kodeerivale järjestusele eelnevad RBS järjestusi sisaldavad regioonid eespoololevate ORF-ide lõpus. Neid geene sisaldavas regioonis on 7 sisemist promootorit, 4 neist paiknevad ftsA ja 1 ftsQ geenis. See võimaldab erinevaid geene erineval tasemel transkribeerida. Lisaks on promootorid veel erineva tugevusega
Single Nucleotide Ploymorphysm – 1 1400 nukleotiidist on erinev indiviididel. Asukoha järgi on mittekodeerivas regioonis, kodeerivas regioonis: sünonüümsed ehk vaikivad, mittesünonüümsed: missense ja nonsense. SNP- d esinevad keskmisel iga 100-300 nukleotiidi järel. Ei ole organismile kahjulikud, kuna ei põhjusta aminohapete mutatsioone. Kasutatakse biomarkeritena.geneetilises kaardistamises, populatsioonigeneetikas. Praeguseks teada 9 miljonit erinevat SNP-d. 45. Mis ORF ja kuidas seda kindlaks määrata saab? Open Reading Frame jaotab nukleotiidid triplettideks, algab ATG alguskoodoniga alati, 5’ otsast 3’ otsani. Saab määrata nende piirkondade järgi, mis sarnanevad juba teadaolevate lookustega või DNA järjestuse omaduste põhjal geenide tuvastamisega (nt bakteritega see lihtne, kuna neil puuduvad intronid) splice signaalidega, nt keskmistel ja algus eksonitel v intronitel puuduvad
,.,t*, 6) / J'd.tk4/yq Ary,)r'a' a;r' ; , :,4a_/1|aA_&l@c7Ot 4 .J j ' l"=ablcr,., q; k,) epl tu',|^) 1I 'q) rryitut a1XAfu"p,,n ,,[x 4 z) ? ft-,ltu, a4. WWp'^dL _t l_ d'nI,''t orf&1' +* f?'1d 4W; 1 4d,1Y'tJa..,.pcp. l &lJ 4 . . t t u + 4 , a - l ,l 6 pt** "4 AaP,lpt^ila" 4e+ i(biJ(W f , in'1.4&b1*hQ 1j. fl l l + l + , 1 I l l b '4" ");_+, ,, I : L , ),M . A&+ *dht'Fla rtin. $zl:ufon &oilH,,tr44+.rdz/jbd4{ )2, {' (x;'d,4R' /V:*v,'[ t{= -e rt 7nfutopA-
Keskaeg Noodikirja areng Etappe on kokku 6. 1. Neuma- märk, millega pandi kirja helisid 2. Noodijooned- punane ja roheline joon, do ja fa 3. Iga noodi jaoks võeti kasutusele eraldi joon, võis olla kuni 10 joont 4. 11. Sajand Guido Arezzost, võtab kasutusele 4 joont ja joonevahed, erinevatel helidel silpnimetused 5. 12. Sajand kasutusele võetakse kandilised noodipead, kvadraatneuma 6. 13. Sajand Franco Kölnist, rütmisüsteem, mis on aluseks tänapäeva noodivältustele Ilmalik muusika Goljaarid - inimesed, tänu kellele me ilmalikust muusikast üldse midagi teame. 11-13 sajand rüütli kultuuri kuldaeg Rüütli laulikud Lõuna-Prantsusmaal trubaduurid Bernart de Ventadorn Põhja-Prantsusmaal truväär Adam de la Halle Saksamaal minnesingerid ehk lembelaulikud Walter von der Vogelweide Algselt pidi rüütli laulik olema seisuselt rüütel, hiljem asi muut...
liiguvad tRNAd koos mRNAga ribosoomis ühe koodoni võrra edasi; asub põhiliselt ribosoomi suuremal subühikul sait ribosoomil on tRNAde sidumiskohad, ribosoomi subühikute vahele jääv põhiline aktiivtsenter. 11. Ribosoomi tsükkel selle läbib ribosoom translatsiooni kolme etapi (initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon) käigus. Valku kodeerivat järjestust nii mRNAl kui DNAl nim. avatud lugemisraamiks (ORF). Avatud lugemisraam nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaatorkoodoniga ning lõppeb stoppkoodoniga. 12. RBS (Shine Dalgarno järjestus, Kozaki järjestus), bakteriaalne mRNA on polütsistroonne. Bakterites eelneb initsiaatorkoodonile ribosoomi sidumispiirkond (RBS) ehk Shine Dalgarno järjestus, mis aitab ribosoomi väikesel subühikul õigesti positsioneeruda.
G2- tuumake Mitoos- tuumake laguneb G1- tuumake koondub S- DNA replikatsioon Tuumakese osa ribosoomide ja teiste ribonukleoproteiinide sünteesis eukarüootides. Ribosoomi subühikute moodustumine rRNA-st ja valkudest, tuumakesse on koondunud tRNA sünteesi määravad geenid Geneetilise koodi mõiste ja tema degenereerituse põhjused. mRNA lugemisraami mõiste. Valku kodeerivat järjestust e. transleeritavat DNA piirkonda nimetatakse ka avatud lugemisraamiks – ORF. ORF algab initsiaatorkoodoniga AUG ja lõpeb stop – koodoniga. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad spaisser – järjestused. Lugemisraami suund on 5´3´ Nukleotiidne triplettide seeirad mRNAs,mida tõlgendatakse translatsioonil Transport-RNA molekuli struktuur ja funktsioon. Ristiklehe kujuline, 3´ lõpus CCA asub kinnitunud aminohape estersidemega, antikoodon loopis on antikoodon. Sisaldab ebatavalisi aminohappeid- kahe metüüliga guaniin (N,N-
translatsioonilise kontrolli all. kattevalgu RBS ei ole “võtmekohaks” ainult MS2 RNA translatsioonil. Sama regioon osaleb ka transkriptaasi seondamisel ja seob omavahel translatsiooni ja replikatsiooni regulatsiooni. Kattevalgu enda geenil negatiivne regulatsioon puudub. Replikaasi translatsioon Replikaasi geen asub kattevalgu geeni translatsioonilise kontrolli all. Seetõttu blokeerivad terminaatorkoodonid kattevalgu ORF 5’ poolses osas ka replikaasi translatsiooni. Selle põhjuseks on asjaolu , et replikaasi RBS regioon MJ moodustab kaheahelalise struktuuri kattevalgu geeni kodeeriva regiooniga. Ribosoomid mis transleerivad kattevalgu geeni “sulatavad” lahti R-geeni RBS järjestuse ja avavad R-geeni translatsiooniks. Kattevalk toimib ka R-geeni negatiivse regulaatorina. Kui kattevalgu konsentratsioon kasvab ja valk hakkab moodustama diameere siis
Ei vaja praimerit. Süntees algab promootorilt (kindel DNA signaaljärjestus, seostuvad regulaatorvalgud). Lõppeb terminaatorini jõudmisel (DNa järjestus, kus RNA polümeraas vabastab sünteesitud RNA). Initsiatsioon (sünteesi algus), elongatsioon (vahepealne osa), terminatsioon (lõpp). Sünteesi käigus tekib 1 viga 10000 nukleotiidi kohta. 27.mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Avatud lugemisraam ehk ORF (open reading farme), valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stoppkoodonini. Mittekodeerivad järjestused 5´UTR ja 3´UTR (untranslated region). Eukarüootidel on 5´cap ja 3´polü-adenosiin-järjestus (polüAsaba). Üks mRNA kodeerib eukarüootidel ainult ühte valku, prokarüootidel mitut valku. Mitut valku kodeeriv mRNA prokarüootidel- iga initsiatsioonikoodoni ees paikneb Shine- Delgarno järjestus. 28
Transkriptsioon. Transkriptsioon- matriiksüntees, mille käigus saadakse DNA molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. Transkriptsioonil saasakse mRNA, tRNA ja rRNA molekulid. mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Bakteriaalne mRNA on reeglina polütsistroonne, st. üks mRNA kodeerib mitut valku. Valku kodeerivat järjestust nii mRNA’l kui DNA’l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame). Avatud lugemisraam on nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator- koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. mRNA’d sisaldavad lisaks kodeerivale järjestusele (ORF’le) ka speisserjärjestusi. Enne (5’ poolselt) ORF’i asub liiderjärjestus ja peale viimast ORF’i on treilerjärjestus. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad inter- tsistroonsed speisserid
b) Kataboolsete operonide regulatsioon B. subtilis'el on kirjeldatud 6 transkriptsiooni antiterminatsiooni kaudu reguleeritavat süsteemi (näiteks sahharoosi ja -glükosiidide metabolism), E. coli ja P. aeruginosa puhul 3. E. coli bgl operonis paikneb 3 geeni, mis on vajalikud aromaatsete -glükosiidide (salitsiin) kasutamiseks: ter ter bglG bglF bglB orf antiterminaator- -glükosiidide fosfo-- valk transporter, glükosidaas fosfotransferaas BglG on antiterminaatorvalk, mis seondub spetsiifiliselt operoni liiderjärjestusele. Seostumine toimub 32 nt-pikkusele märklaudjärjestusele RAT (ribonucleic antiterminator). Selle tulemusena stabiliseerub alternatiivne sekundaarstruktuur, mis lõhub transkriptsiooni terminaatori
jaguneb teatud fragmentideks lisatakse teatud järjestused muudetakse keemilist koostist (N-aluseid) 27. mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5’cap ja 3’polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5’UTR ja 3’UTR - eukarüootidel on 5’cap ja 3’polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav
jaguneb teatud fragmentideks lisatakse teatud järjestused muudetakse keemilist koostist (N-aluseid) 27. mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. Erinevused: - rakutuum - geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5'cap ja 3'polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse - transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke - promootorid on keerulisemad mRNA osad: - avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5'UTR ja 3'UTR - eukarüootidel on 5'cap ja 3'polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav
from prematurely binding. CAP-sõltumatu initsiatsioon. The best studied example of the cap-independent mode of translation initiation in eukaryotes is the Internal Ribosome Entry Site (IRES) approach. What differentiates cap-independent translation from cap- dependent translation is that cap-independent translation does not require the ribosome to start scanning from the 5' end of the mRNA cap until the start codon. Upstream ORF-ide mõju eukarüootsele translatsioonile. GCN4 süsteem. 23 Снижение эффективности трансляции из-за наличия uORF в 5’-UTR является хорошо изученным эффектом; одним из примеров, иллюстрирующих его, может служить ген поли(А)-полимеразы α[en] (англ
nukleotiid paardunud 72.-ga. Antikoodonõla struktuur on erinev. Erinevused on vajalikud transforumülaasile äratundmiseks – lisab Met-tRNAfMet-le formüülgrupi ja seob Met-tRNA fMet otse ribosoomi P-saiti (A-saiti läbimata). üldist: GTP-d siduv domään on universaalne, aga ATP-d siduv domään on eri valkudel erinev. kõigil mRNA-del on ribosoomi sidumispiirkond Bakteriaalne mRNA on polütsistroone – üks mRNA kodeerib mitut valku. Avatud lugemisraam – ORF - valku kodeeriv järjestus nii mRNA-l kui DNA-l. - 99% järjestusi algab AUG. Prokarüootides on 10% GUG - nukleiinhappe järjestus, mis algab initsiaatorkoodoniga ja lõpeb stoppkoodoniga. - mRNA-d sisaldavad ORFi ja splaisserjärjestust. - 0 raam, + 1 raam, - 1 raam (= +2 raam – loogilisem) Enne ORFi (5’ otsa poolset) asub liiderjärjestus ja peale viimast ORFi on treilerjärjestus. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad inter-tsistroonsed speisserid.
Aluste asendumine, insertsioon, deletsioon. Kromosomaalsed insertsioonid, deletsioonid, translokatsioonid. Somaatilised ja germinatiivsed. Mutatsioone hinnatakse: 1. Mutatsioonide määr = tõenäosus, et teatud tüüpi mutatsioonid tekivad teatud ajaühiku vältel (põlvkond näiteks). 2. Mutatsioonide sagedus = mutatsioonide arv rakupopulatsioonis või indiviididel. Mutatsioonid on alati juhuslikud! Geenmutatsioonide tüübid koodi lugemise suhtes (ORF): Missense mutatsioonid - aluse asendumine viib uuele aminohappele valgus. Nonsense mutatsioon- aluse asendumine viib stopkoodonile ja sellega polüpeptiid lüheneb. Neutraalsed mutatsioonid - aluse asendumine viib küll uuele aminohappele, aga viimase keemiline struktuur on sarnane eelmisega, mistõttu valgu omadused ei muutu või osutuvad kasulikeks adaptatsioonis hiljem. Vaikivad (Silent) mutatsioomid - aluse asendumine ei muuda kodeeritavat aminohapet.
Haigused. • Rõuged. Hingamisteede infektsioon, siis lokaalsed lümfisõlmed, siis vireemia. 5-17 päeva inkubatsiooni, siis kõrge palavik, väsimus, tõsine peavalu, seljavalu, järgneb vesikulaarne lööve suus, üle keha, oksendamine, kõhulahtisus, ulatuslik verejooks. Kogu lööve ühel ajahetkel. Viimane loomulikul teel saadud rõugete juht 1977. • Vaccinia. Kasutati rõugete vaktsiinina. Oli tõsiseid kõrvalnähte: entsefaliit, vaccinia necrosum. • Orf, lehmarõuged, ahvirõuged. Kontaktikohale tavaliselt 1 sõlmeline kolle – tavaliselt sõrmedel, käele, käsivarrele, on hemorraagiline (lehm) või granulomatoosne (teised). Kolded tekivad ja kaovad 25-35 päevaga, tavaliselt armi moodustamata. Koldeid võib ekslikult pidada antraksiks. • Molluscum contagiosum. Sõlmeline – tüükasarnane. Algab paapulist, mis muutub pärlilaadseks nabaga koldeks diameetriga 2…10 mm. Tavaliselt kehal, genitaalidel, proksimaalsetel jäsemetel, tav
naabrid). Seega tunnevad mõlemad terminatsioonifaktorid ära stop-koodoni UAA ja ülejäänud stop-koodonite jaoks on kummalegi oma faktor. Seepärast pole üllatav, et UAA on kõige tugevam ja kõige sagedamini esinev stop-koodon bakterites. 3. mRNA bakteritel ja eukarüootidel. Bakteriaalne mRNA on reeglina polütsistroonne, st. üks mRNA kodeerib mitut valku. Valku kodeerivat järjestust nii mRNA'l kui DNA'l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame). Avatud lugemisraam on nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator- koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. mRNA'd sisaldavad lisaks kodeerivale järjestusele (ORF'le) ka speisserjärjestusi. Enne (5' poolselt) ORF'i asub liiderjärjestus ja peale viimast ORF'i on treilerjärjestus. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad inter-tsistroonsed speisserid
nukleotiidiga. Ka antikoodon õla struktuur on veidi erinev (vt. joon. 8.13). Need erinevused on vajalikud, transformülaasile äratundmiseks mis lisab Met-tRNAfMet'le formüülgrupi ja fMet- tRNAfMet seondumiseks otse ribosoomi P saiti, ilma eelnevalt A saiti läbimata. Bakteriaalne mRNA on reeglina polütsistroonne, st. üks mRNA kodeerib mitut valku (joon 7.15). Valku kodeerivat järjestust nii mRNA'l kui DNA'l nimetatakse ka avatud lugemisraamiks, lühend ORF (open reading frame). Avatud lugemisraam on nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. mRNA'd sisaldavad lisaks kodeerivale järjestusele (ORF'le) ka speisserjärjestusi. Enne (5' poolselt) ORF'i asub liiderjärjestus ja peale viimast ORF'i on treilerjärjestus. Erinevate lugemisraamide vahel asuvad inter-tsistroonsed speisserid.
Youwill hearfivepeopletalkingaboutthe most 29 27 importantthingin theirlives.Listenandmatch sentencesf (true) Thereisone orF (false). to the statements' the speakers statementwhichdoesnot matchanyof the 1 Rachelgetsplentyof to m?tih keywglds lre words
Youwill hearfivepeopletalkingaboutthe most 29 27 importantthingin theirlives.Listenandmatch sentencesf (true) Thereisone orF (false). to the statements' the speakers statementwhichdoesnot matchanyof the 1 Rachelgetsplentyof to m?tih keywglds lre words
Youwill hearfivepeopletalkingaboutthe most 29 27 importantthingin theirlives.Listenandmatch sentencesf (true) Thereisone orF (false). to the statements' the speakers statementwhichdoesnot matchanyof the 1 Rachelgetsplentyof to m?tih keywglds lre words
Youwill hearfivepeopletalkingaboutthe most 29 27 importantthingin theirlives.Listenandmatch sentencesf (true) Thereisone orF (false). to the statements' the speakers statementwhichdoesnot matchanyof the 1 Rachelgetsplentyof to m?tih keywglds lre words
annaabi.ee 
