Väike, peenike Liikuv, viburid bipolaarselt Raku pikkus 1.6 µM, laius 0.1-0.25 µM Aroobne Optimaalne kasv 35°C Ubikinoon-Q10 GC järjestusi 49.9% -hemolüüs ... Omadus Tulemus H2S tootmine + Indooltest - Uurea kasutamine - Nitraadi lagundamine - Oksüdaastest + Katalaasitest + Süsivesikute metabolism - Leutsiini arülamidaas + Antibiootikumid Tundlik: Ampitsilliin Polümüksiin B Tetratsükliin Tundetu: Vankomütsiin Penitsilliin G Fülogeneesipuu 16sRNA põhjal Kasutatud allikad Haematospirillum jordaniae gen. nov., sp. nov., isolated from human blood samples Antonie van Leeuwenhoek International Journal General And Molecular Microbiology Volume 109, issue 4, pp.493-500 DOI:10.1007/s10482-016-0654-0 B. W. Humrighouse . B. D
http://www.allaboutwildlife.com/wp- content/uploads/2011/05/pandashyjk 20001.jpg • Young V.R., Pellett P.L., McLarney M.J. koostasid uurimustöö seoses erinevate loomade vajadustega aminohapete järele (1996). • Uuritavad liigid: kalkunid, koerad, rotid, sead, kanad, jänesed, inimesed. Tulemused • Nooremad isendid vajavad rohkem aminohappeid, eriti vastsündinud. • Vajadus trüptofaani, lüsiini ja leutsiini järele polnud märkimisväärselt erinev liikide vahel. • Kõige vähem vajab aminohappeid täiskasvanud inimene. Saa: metioniini, tsüstiini (väävlirühmaga aminohapped) Aaa: aromaatsed aminohapped <- Vastsündinud Täiskasvanu d -> Vajadus konkreetsete asendamatute aminohapete • Üldiselt noorukitel sarnased vajadused aminohapete järele.
Enneaegset stop-koodonit sisaldav mRNA molekul, mis on jõudnud tsütoplasmasse, pääseb suure tõenäosusega lagundamisest. NMD on alati seotud lagundatava mRNA translatsiooniga - NMD toimumiseks on vajalik translatsiooni terminatsioon enneaegsel stop-koodonil. 7. Regulaatorvalkude olulisemad alaklassid pro- ja eukarüootsel geeniregulatsioonil? Heeliks-pööre-heeliks motiiviga valgud. Homeodomääni valgud. Tsinksõrme sisaldavad valgud. Aluselised leutsiini-tõmblukku sisaldavad valgud. Aluselised heeliks-ling-heeliks valgud. POU-domääni valgud. Steroidhormoonide retseptorid 8. Iseloomusta heelixlingheelix regulaatorvalgu ehitust joonisena ja kirjelda funktsiooni? Kaks -heeliksit [polüpeptiidahela spiraalne sekundaarne struktuur], mis on ühendatud pikema, painduva aminohappelise linguga. Selline ehitus võimaldab heeliksite vaba ruumilist liikumist. Aluselised valgud
Kuna aga kogutud õietolm koosneb paljude taimede tolmudest, siis on selles ka kõikide gruppide vitamiine, sealhulgas niisuguseid, mida muus toidus ei ole. Kõige väärtuslikum on õietolm valkude poolest. Need sisaldavad kõiki aminohappeid, sealhulgas asendamatuid, mida on vaja rakkude uuendamiseks ja ülesehituseks. Asendamatuid aminohappeid on õietolmus 4 viis-kuus korda rohkem kui loomalihas või piimas. Näiteks 15 g õietolmu sisaldab 1,1 mg leutsiini, mis on inimesele vajalik päevane kogus. Õietolmu mõju on uuritud palju loomkatsete abil. Umbes 50 õietolmus sisalduvat bioaktiivset ainet mõjuvad soodsalt paljude haiguste korral. Ühtlasi aitab õietolm taastada maksa funktsioone, on efektiivne aneemiavastane vahend, aktiviseerib kõhunäärme insuliini tootmist, vähendab vere hüübivust, tugevdab kapillaare, alandab vere kolesteroolitaset, on skleroosivastase toimega, soodustab sapi- ja uriinieritust, mõjub vähivastaselt, ei
ja vask. Villa orgaanilise aine iseloomulikuks tunnuseks on fibrillaarsete valkude, eriti keratiinide kõrge sisaldus, milles leidub rohkesti väävlit sisaldavaid aminohappeid (tsüstiini, tsüsteiini jt). Väävlisisalduse järgi võib otsustada ka villakasvu üle. Jämedas, säsikanaliga villas on väävlit vähem kui peenvillas. Arvatakse, et väävlli vähesusest on tingitud jämevillalammaste aeglasem villakasv. Villas leidub kuni 20 aminohapet, nendest kõig rohkem tsüstiine, leutsiini, arginiini ja glutamiinhapet. (allikas 1 ) Villa tehnoloogilised omadused Villa tehnoloogilised omadused on jämedus, säbarus, pikkus, tugevus, venivus, vanuvus. Villa jämedus määrab saadava lõnga väärtuse, valmistatava riide paksuse ja pehmuse. Säbarus võib olla: · lame · normaalne · kõrge Mida peenekiulisem on vill, seda säbaram ta on. Säbarusest oleneb villa elastsus, vanuvus ja riide poorsus. Villakarva pikkus määrab lõnga siledus ja tugevus. Villa
Ran – G-valk, mis ringleb GTP ja GDP seotud vormina, andes energia ühesuunaliseks transpordiks. Importiin seondub NLSi sisaldava valguga ja FG-tuumaporiinidega. Importiin-valgu kompleks seondub Ran-GTPga, mis põhjustab konformatsioonilise muutuse importiinis ning NLSiga valk vabastatakse. Ka valkude ekspordiks tuumast on vajalik teatava signaaljärjestuse olemasolu. Siinkohal on tegemist tuuma ekspordi signaaliga (NES), mis koosneb lühikestest hüdrofoobsetest leutsiini-või isoleutsiinirikastest järjestustest. Eksport tuumast toimub impordiga sarnase mehhanismi abil, ainult vastassuunas. Paljud valgud sisaldavad nii NLS-e kui ka NES-e, mis tähendab, et nad liiguvad pidevalt edasi-tagasi tuuma ja tsütosooli vahel. Selle kiiruse reguleerimisega on seega ka võimalik muuta valgu lokalisatsiooni. 5. Milliseid vesiikulite kattevalke teate? Milliste vesiikulitega nad seotud on (milliste organellide vahel liiguvad)?
Lipolüüs aktiivsem kui proteolüüs · Lipaasid: Piima natiivne lipaas, mikroseente lipaasid · Rasvhapped: metüülketoonid -oksüoktanüülhape: hepaan-2-oon -oksüoktanüülhape: 2-undekanoon -laktoonid: -tetradekalaktoon, -dodekalaktoon -laktoonidest saab ka hüdroksükarboksüülhappeestreid (vt joonised -laktooni tekkimine triglütseriididest, leutsiini metabolism, Metioniini metabolism ja lenduvate väävliühendite teke) Juustu mikrobioloogiline riknemine 1. Piimhappebakterid: · Hiline gaasitekke defekt: lõhed nn avatud tekstuur. Eriti laktobatsillide aktiivne heterofermentatiivne metabolism · Pigmentatsioon: Kaltsiumlaktaadi kristallid laktobatsillide elutegevusest. Propioonbakterite roosakas pigment pH soodustab kasvu, kui L.delbrueckii
küllastamata rasvhapete ning hea maitse poolest Samuti on ka lambaliha teistest lihadest õrnem, peenekiuline ja kergesti seeduv, erinevalt teistest lihadest. Talleliha on nii võrd peen, et seda peetakse delikadessiks ja kasutatakse hõrgutiste valmistamiseks. Inimene on suuteline omastama 90% väärtuses lambaliha. Lambaliha söömine tagab ka loomsed valkude hulga ja aitab kaasa taimsete toitainete omastamisele. Lamba valk on lüsiini ja leutsiini rikas (Loomakasvatus). 1.1. Liha toodang Lambaliha toodang jääb küll alla veiseliha toodangule, kuid toodang on siiski tõusuteel. Keskmiselt toodetakse elaniku kohta 1,8 kg. Suurenevast liha nõudlusest, oli 2013. aastal kokkuostu hinnad tõusuteel. Kuna lambalihal ei ole ka suurt tarbimist on lambaliha vähese saadavusega, siis on lambaliha hind aina tõuseb (Loomakasvatus). 4 2. Erinevad tõud
reaktsiooniks TCA tsükli jaoks 2. AcCoA karboksülaas, produtseerib malonüülCoA. Kontrolletapp rasvhapete sünteesis. 3. PropionüülCoA karboksülaas, produtseerib metüülmalonüülCoA, esimene reaktsioon paarituarvulise süsiniku aatomitega rasvhappe kataboliseerimisel tekkiva propionüülCoA konverteerimisel suktsinüülCoA-ks. SuktsinüülCoA saab siseneda TCA tsüklisse. 4. β-metüülkrotonüülCoA karboksülaas, so leutsiini ja mõningate isopreeni derivaatide oksüdatsiooniks vajalik ensüüm Tooreste munade liigtarbimise tagajärjel võib välja areneda biotiini defitsiit, sest munas leiduv valk avidiin moodustab biotiiniga väga tugeva kompleksi ja inhibeerib viimase adsorbtsiooni. Vitamiin B1 Vitamiin B1 ehk tiamiin konverteeritakse koensüümiks ehk tiamiinpürofosfaadiks ATP sõltuvas reaktsioonis. Tiamiinpürofosfaat on vajalik teatud
järjestuse. * Nimeta ja kirjelda transkriptsiooni regulaatorite põhilisi struktuurilisi motive Transkriptsiooni regulaatorid sisaldavad struktuurseid motiive, mis n.ö. loevad DNA nukleotiidseid järjestusi. 1. Heeli-pööre-heeliks - koosneb kahes heeliksist, mida seob oma vahel lühike AH ahel. Heeliksid on fikseeritud nurga all. 2. homeodomeeni valgud. koosnevad kolmest alfa-heeliksist, mis on ühendatud omavahel hüdrofoobsete sidemete abil. 3. Leutsiini tõmbluku valgud koosnevad kahest alfa-heeliksist, mida hoiavad koos hüdrofoobsed AH (leutsiin) külgmised sidemed. 4. -lehe tüüpi DNA-d äratundvad valgud 5. Tsink-sõrme valgud struktuuris üks või rohkem tsingi aatomit. * Milleks on oluline transkriptsiooni regulaatorite dimeriseerumine? Transkriptsiooni regulaatorite dimeriseerumine suurendab nende afiinsust ja spetsiifilisust DNA suhtes. 15. Nukleosoomide mõju transkriptsiooni regulaatorite seondumisele
Tabel 28.2). Valkude analüüs geelelektroforeesil ei võimalda tuvastada kõiki mutatsioone. Mõnede alleelide puhul võivad mutatsioonid olla toimunud hoopis väljapool polüpeptiidi kodeerivat ala, näiteks intronis, promootoralas või kodeerivatest järjestustest tahapoole jäävates alades. Samuti võib mutatsioon kodeerivas järjestuses muuta ainult koodoni viimast nukleotiidi, kuid mõlemal juhul kodeerivad koodonid sama aminohapet (näiteks UUA ja UUG kodeerivad mõlemad leutsiini); või siis toimub ühe aminohappe asendumine teisega, millel on eelmisega võrreldes sama laeng (näiteks valiini asendumine alaniiniga). Muutusi DNA järjestuses kirjeldab näiteks restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfism RFLP (restriction fragment-length polymorfism). Restriktaasid lõikavad DNA-d kindlatest järjestustest ning DNA molekuli lõikamise tulemusena tekivad erineva pikkusega DNA fragmendid, mida on võimalik geelelektroforeesil üksteisest lahutada
transkriptsiooni kiirust. DNA-le seonduvate regulatoorsete valkude struktuurid. Iseloomulikukd tunnuseks DNA-seonduvatele valkudele on - helikaalsete segmentide esinemine, mis sobivad täpselt B-vormi DNA suurde nõkku. Heeliks-pööre-heeliks (HTH) motiiv: koosneb spetsiifilisest äratundmisheeliksist ja stabiliseerivast heeliksist, mis on teineteisest eraldatud lühikese lingjärjestusega. Zn-finger motiiv. Leutsiini tõmbluku (Leu Zipper) motiiv. 4. mRNA transkriptsioonijärgen modifitseerimine. Prokarüootides mRNAd ei modifitseerita. Eukarüootides mRNA primaarne transkript modifitseeritakse küpseks mRNA-ks tuumas enne suunamist tsütoplasmasse. Sünteesi käigus modifitseeritakse mRNA primaarseid transkripte kovalentselt nii 5'- kui 3'-otsast, muutes nad erinevateks teiste polümeraaside poolt toodetud RNA-dest. Kapseldamine ja metüleerimine
võimaldab sondumist RNA polümeraasi siduvate valkudega. Lisaks nendele aladele on transkriptsioonifaktoritel mitmeid ühiseid ehituslikke elmente ja selle alusel jagatakse :need järgnevalt: · heeliks-pööre-heeliks (helix-turn-helix) motiiviga valgud · homeodomääni valgud · heeliks-ling-heeliks (helix-loop-helix) · "Tsinksõrme" (Zn-finger) sisaldavad valgud · aluselised leutsiini tõmlukku (leuzine zipper) sisaldavad valgud · POU-domääni valgud · steroidhormoonide retseptorid Inimese mitokondriaalne genoom Mitokondriaalne genoom koosneb tsirkulaarsest kaksikahelalisest DNA-st. Antud genoomi suuruseks on 16 569 bp. Jaotatakse raskeks ja kergeks ahelaks. Mitokondrid sisaldavad tavaliselt tuhandeid DNA molekule. Mitokondriaalne DNA päritakse ema liini pidi. Inimese mitokondri DNA-s sisaldub praeguste andmete kohaselt 37 geeni.
Mõned peamised trans faktorite rühmad: · heeliks-pööre-heeliks (ingl helix turn helix) Esinevad dimeeridena, mõlemi dimeeri üks heeliks osaleb dimeeride vahelise sideme tekkes, teine heeliksite paar moodustab käärisarnase struktuuri, mille otsad paiknevad DNA kahes kõrvutiasetsevas suures vagumuses. Seda tüüpi trans faktoriks on näiteks repressor, mis takistab bakteriofaagide paljunemist bakterirakus. · leutsiini tõmblukk (ingl leucine zipper) Kahest dimeerist moodustub samuti käärisarnane struktuur mis seostub DNA sügava vagumusega. Dimeerid hoitakse koos hüdrofoobsete jõududega Leu jääkide vahel . · tsinksõrmed (ingl zinc fingers) DNA sügava vagumusega komplementaarne ruumiline struktuur mis tekib valguahela paindumisel tsingi ioonide ümber. Iga tsingi aatom on seotud nelja aminohappega (His, Cys)
wobble" paari kõigi nelja koodoniga. Väärib märkimist, et kõigil 4 koodonit kodeerivatel tRNA'del on antikoodoni 1. positsioonis U. Mitokondrite koodide evolutsiooniline suhe on kujutatud joonisel 9.6. Lisaks mitokondritele esineb üksikuid kõrvalekaldeid UGK'st ka teistes oragnismides. Eriti sage asendus on stop koodoni UGA asendumine Trp koodoniga. Neil organismidel on ainult kaks stop koodonit. Mõnedel pärmseentel Candida perekonnast esineb universaalse koodi leutsiini koodoni, CUG transleerimine seriinina. Seejuures transleerib CUG koodonit seriini-tRNA antikoodoniga CAG. Erakordne siinjuures on aga fakt, et see tRNASerCAG lülitab peptiidahelasse nii seriini kui leutsiini, viimast küll väikese sagedusega. Seega on Candida pärmidel leutsiini koodon CUG mitmetähenduslik. Selline olukord võis tekkida evolutsiooni käigus seetõttu, et koodonit CUG kasutatakse pärmides harva ja selle muutus ei omanud mingil evolutsiooni perioodil letaalset mõju.
19. NAD+, THF, CoA, FAD, biotiini, B12 ja TPP aminohapete metabolismis. NAD+ ja NADP+ Kahe elektroni ülekandega seotud redoksreaktsioonid. PDH kompleksis NAD+ poolt reoksüdeeritakse FADH2, tekib NADH. Biotiin on vajalik hargnenud ahelaga aminohapete katabolismis. SuktsinüülCoA süntees propionüülCoA-st vajab kofaktorina biotiini. Samuti on biotiin vajalik -metüülkrotonüülCoA karboksülaasi jaoks. Töötab leutsiini lagundamise rajas. THF teostab ühesüsinikuliste jääkide ülekannet paljude biomolekulide sünteesil. Glütsiin, seriin, trüptofaani lagundamine, histidiini lagundamine, puriini ja pürimidiini biosüntees. CoA - Atsüülrühmade ülekanne. Atsetüül-lipoamiid loovutab atsetüüli CoA koosseisu, tekib dihüdroksülipoamiid. FAD - Nii ühe- kui kaheeletroniliste ülekannetega seotud redoksreaktsioonid. FAD redutseeritakse
Keskmine rasvade tarbimine, kuna pikaajalisel tööl kasut just neid toitaineid energeetilistel eesmärkidel. Enne võistluseid ei tohiks SV-d tarbida, tekib enneaegne töövõime langus. Tarbida täiendavalt SV-d ja vett koos minsooladega treeningu ajal. Toidulisanditest kasutatakse keskmise ahelaga rasvhappeid. 26. Jõu ja lihasmassi arendamiseks toidulisandid ja nende kasutamisel saadavad efektid Kehakaalu, lihasmassi ja jõu suurendamiseks kasut AH-te komplekse leutsiini, isoleutsiini, valiini ja valgukontsentraate. Individuaalse AH-d arginiin ja ornitiin kasut kehakaalu ja lihasmassi suurendam ja rasvamassi vähendam. 27. Taimetoitlus, selle liigid. Taimetoitluse eelised ja range taimetoitluse puudused. Taimetoitlane on inimene, kes ei tarbi mingit loomset toitu (muna, piim, mesi), ainult taimed ja taimsed saadused on lubatud, seenedki on keelatud. Taimetoitluse liigid. 1. Laktovegetariaanid taimne toit +
45. Mis tagab enamike valguliste transkriptsioonifaktorite DNA-ga seondumise spetsiifilisuse? Tõmbejõud, mis tekivad hüdrofoobsestest vastasmõjudest, elektrilisest laengust või teistest molekulaarsetest äratundmismehhanismidest. Transkriptsioonifaktoride DNAga seondumise tagavad tõmbejõud, mis tekivad hüdrofoobsetest vastasmõjudest, elektrilisest laengust või teistest molekulaarsetest äratundmismehhanismidest näiteks heeliks-ling-heeliks, heeliks-pööre-heeliks, leutsiini tõmblukk, tsinksõrmed, peptiidiling, beeta-leht. 46. Kuidas saab RNA polümeraasi ligipääsu geeni ees asetsevale promootorile takistada? Kuidas saab seda soodustada? Nt repressoritega. E.coli näitel - keskkonnas leiduv trüptofaan seondub repressorvalguga ja tekitab seega konformatsioonimuutuse. Suundudes promootorile takistab translatsiooni algust. Eukarüootidel tähtis mediaator, mis takistab v soodustab RNA polümeeri seondumist. Saab kasutada repressoreid
Üle 20 imetajatel (NOD2-muramüül dipeptiid) RLR retseptorid RNA helikaasid Taimede PPR retseptorid(XA21, FLS2) MBL (mannan-binding lectin) C-reaktiivne valk Komplemendi retseptorid RNA helikaasid RIG-I ja MDA5 RIG-I ja akronüümid immunoloogilistes tekstides RIG-I(retinoic-acid-inducible protein ) retseptorite (tsütosoolsed RNA helikaasid) käivitatud signaalirajad Taimede immuunsüsteemi elemente PAMPS- Pathogen-associated molecular pattern LRR- leucine-rich repeat (leutsiini rikaste kordustega retseptorid) R genes (resistentsuse geenid) RNA interference Lihtsamad keemilised mediaatorid ja signaalnolekulid (salitsüül hape,jasmon hape, etüleen.....) Immuunreaktsioonid taimedel miRNA ssRNA molekule mõnest tuhandest kuni 40,000 molekulini raku kohta Leitud kõigis metazoa liikides, 0.5-1% geenidest siRNA märklauaks on geenid, millest on ise pärit miRNA reguleerib erinevaid geene 100 erinevat mRNA molekuli võib olla reguleeritud ühe miRNA poolt 3
cabigaseostuva kompleksi asemele. Kuus taset, mille juures toimub eukarüootide geeniekspressiooni reguleerimine Transkriptsiooni kontroll (tuumas) RNA prtosessingu kontroll (tuumas) RNAtranspordi ja lokalisatsiooni kontroll (tsütosoolis) Translatsiooni kontroll (tsütosoolis) mRNA lagundamise kontroll (tsütosoolis) Valgu aktiivsuse kontroll (tsütosoolis) Kuus erinevat transkriptsiooni regulaatorite tüüpi heeliks-pööre-heeliks valgud homeodomeeni valgud leutsiini tõmbluku valgud β-lehe tüüpi DNA-d äratundvad valgud tsink-sõrme valgud heeliks-ling-heeliks valgud Transkriptsiooni regulaatorite seostumine DNA cis-regulatoorsetele järjestustele Regulaatroid sisaldavad struktuurseid motiive, mis loevad DNA nukleotiidseid järjestusi. Need on mittekodeerivad cis regulatoorsed järjestused, mis peavad asuma samas kromosoomis,kus asuvad geenid mida nad reguleerivad. Cis- regulatoorsetele järjestustele
Proteaasid, glükoproteiinid, proteoglükaanid, mutsiinid, fibromoduliin, laktoferriin. SRP (signaali äratundja partikkel) on proteiin-RNA kompleks. Eukarüootides kuus polüpeptiidi + RNA. Prokarüootides 1 polüpeptiid +RNA. Vajalik valgu signaaljärjestuse äratundmiseks Kirjeldage signaaljärjestust valgu liikumiseks tsütosoolist ER-i, milliste teiste valkudega signaaljärjestus komplekseerub? Kus paikneb selle järjestuse retseptor? N-terminaalses otsas korduvad leutsiini jäägid ning ka lüsiini jäägid. Signaaljärjestus komplekseerub SRP-ga, translokaatoriga. Selle järjestuse retseptor on hüdrofoobne Met jääkidega ümbritsetud tasku SRP P54 subühikus. Ning translokaatorid paiknevad ER-s. Nimetage pöördtranskriptaasi (RNA sõltuv DNA polümeraas) osavõttu vajavaid protsesse eukarüoodi rakus Retrotransposonite teke, DNA liikumine mitokondro ja tuuma vahel Nimetage ER-is ja Golgis sekreteeritavate valkudega toimuvad modifikatsioonid
taastamiseks. Aminohapped jagunevad kaheks: · asendatavad aminohapped organismis sünteesitakse aminohappeid desamiinimise ja transamiinimise teel. Asendatavate aminohapete hulka kuuluvad glükokoll, alaniin, tsüstiin jt. Mittetäisväärtuslikud valgud sisaldavad asendatavaid aminohappeid. · asendamatud aminohapped organismile vajalikud aminohapped, mida organismis ei sünteesita. Nt. arginiini, leutsiini, lüsiini, trüptofaani. Neid aminohappeid peavad kindlasti sisaldama toidus leiduvad valgud. Täisväärtuslikud valgud sisaldavad asendamatuid aminohappeid. Toiduvalkudest saadavad aminohapped kasutatakse organismis järgmiselt: MAKSAS: · aminohapete transamiinimine vastavalt organismi vajadustele · maksa enda koe- ja fermentatiivsete valkude süntees · vereplasma valkude - albumiini, globuliini ja fibrinogeeni - süntees
sünteesitav valk-ribosoom kompleksiga seob) seotakse SRP retseptoriga, mis asub endoplasmaatilisel retiikulumil. SRP ja SRP retseptor seejärel vabanevad kompleksist, andes signaaljärjestusega sünteesitava valgu üle translokaatorile. 3. Kirjeldage signaaljärjestust valgu liikumiseks tsütosoolist ER-i, milliste teiste valkudega signaaljärjestus komplekseerub? Kus paikneb selle järjestuse retseptor? N-terminaalses otsas korduvad leutsiini ja lüsiini jäägid. Signaaljärjestus komplekseerub SRP-ga, translokaatoriga. Selle järjestuse retseptor on hüdrofoobne Met jääkidega ümbritsetud tasku SRP P54 subühikus. Ning translokaatorid paiknevad ER-s. 4. Nimetage pöördtranskriptaasi (RNA sõltuv DNA polümeraas) osavõttu vajavaid protsesse eukarüoodi rakus. Retrotransposonite teke, DNA liikumine mitokondri ja tuuma vahel 5. Nimetage ER-is ja Golgis sekreteeritavate valkudega toimuvad modifikatsioonid
UGA vastab trüptofaanile Arginiinil 6 koodonit Arginiinil 4 koodonit 3 stoppkoodonit (UAA, UAG, UGA) 4 stoppkoodonit (UAA, UAG, AGA, AGG) Valku saab sünteesida vähemate tRNAdega tRNAdel antikoodoni 1. kohal U ei ole ühekoodonilisi AH vastavusi kood on lihtsustunud ja saab läbi vähemate tRNA-dega. Teistes organismides on sage UGK stoppkoodoni asendus UGA Trp koodoniga. Neil organismidel on 2 stoppkoodonit. Pärmseentel (Candida perekond) – leutsiini CUG transleerimine seriinina. CUG koodonit transleerib seriini tRNA antikoodoniga CAG. CAG lülitab peptiidahelasse nii seriini kui leutsiini (leutsiini väikse sagedusega) – erakordne. Taimemitokondris on UGK (erinev inimesest): Stop → UAA, UAG, AGA, AGG Met → AUA, UAU Ile → AUC, GAU, AUU DNA – tRNA – mRNA – valk A T T C T A C G A A G A T G T C G A T C G A T C T A T T C DNA U A A G A U G C U U C U A C A G C U A G C U A G A U AA G mRNA (siit loed vastavaid AHsid)
ei sünteesi ja mida on vaja söötmesse sisse panna. Need ongi mikroobide fenotüübid. Fenotüübi tähis kolmetäheline, millest esimene on suur täht. Lisatakse + või -, vastavalt sellele kas tunnus olemas või puudub. Näit.: Lac- tähendab, et rakk ei saa kasutada süsinikuallikana laktoosi. Geen märgitakse samuti kolme tähega, aga kõik tähed on väikesed. Näit.: auksotroofne mutant mis pole võimeline sünteesima leutsiini oleks fenotüübilt Leu- ja genotüübilt leu-. Tähistus r või s märgib vastavalt resistentsust või siis tundlikkust näit. Antibiootikumidele. Konjugatsioon Ühesuunaline gen. materjali ülekanne doonorilt retsipiendile otsese kontakti kaudu. Väga harva doonori kromosoomi segment rekombineerub retsipiendi kromosoomi homoloogse segmendiga. Retsipiendid, kellel on doonori DNA-d, nimetatakse transkonjugaatideks. Bakterite rekombineerimiseks on vajalik nende omavaheline füüsiline kontakt.
Trans-faktorid asuvad RNAs ja mõjutavad transkripsiooni, trans-faktorid on näiteks kõik transkriptsioonifaktorid) 45. Mis tagab enamike valguliste transkriptsioonifaktorite DNA-ga seondumise spetsiifilisuse? Transkriptsioonifaktoride DNAga seondumise tagavad tõmbejõud, mis tekivad hüdrofoobsetest vastasmõjudest, elektrilisest laengust või teistest molekulaarsetest äratundmismehhanismidest näiteks heeliks-ling-heeliks, heeliks-pööre-heeliks, leutsiini tõmblukk, tsinksõrmed, peptiidiling, beeta-leht. 46. Kuidas saab RNA polümeraasi ligipääsu geeni ees asetsevale promootorile takistada? Kuidas saab seda soodustada? Näiteks saab kaustada repressoreid. E.colil näiteks kui keskkonnas on trüptofaani, seondub trüptofaan repressorvalguga, mis tekitab konformatsioonimuutuse, repressor seondub seepeale promootorile ja takistab translatsiooni algust.
(vt. Tabel 28.2). Valkude analüüs geelelektroforeesil ei võimalda tuvastada kõiki mutatsioone. Mõnede alleelide puhul võivad mutatsioonid olla toimunud hoopis väljapool polüpeptiidi kodeerivat ala, näiteks intronis, promootoralas või kodeerivatest järjestustest tahapoole jäävates alades. Samuti võib mutatsioon kodeerivas järjestuses muuta ainult koodoni viimast nukleotiidi, kuid mõlemal juhul kodeerivad koodonid sama aminohapet (näiteks UUA ja UUG kodeerivad mõlemad leutsiini); või siis toimub ühe aminohappe asendumine teisega, millel on eelmisega võrreldes sama laeng (näiteks valiini asendumine alaniiniga). Muutusi DNA järjestuses kirjeldab näiteks restriktsioonifragmentide pikkuse polümorfism RFLP (restriction fragment-length polymorfism). Restriktaasid lõikavad DNA-d kindlatest järjestustest ning DNA molekuli lõikamise tulemusena tekivad erineva pikkusega DNA fragmendid, mida on võimalik geelelektroforeesil üksteisest lahutada. Kui mõnes
regioonide 2 ja 3 omavaheline paardumine on takistatud ja omavahel saavad paarduda regioonid 3 ja 4, termineerides transkriptsiooni. Sarnane regulatsioon toimub ka teiste aminohapete biosünteesi operonide transkriptsioonil. Juhul, kui operon kodeerib rohkem kui ühe aminohappe biosünteesi, sisaldavad vastavate operonide liiderpeptiidi kodeerivad järjestused kõigi nende aminohapete koodoneid. Näiteks ilvGDMEA kodeerib isoleutsiini, valiini ja leutsiini biosünteesi ning sel juhul on liiderpeptiidi kodeerivas järjestuses kontrollkoodoniteks Ile, Val ja Leu. Aminoatsüül tRNA süntetaasid Aminohapete nälja korral tõuseb rakkudes aminoatsüül tRNA süntetaaside hulk. See võimaldab efektiivsemalt kasutada veel olemasolevaid aminohapete ressursse enne, kui vastavad biosünteesirajad on uuesti tööle lülitatud. Süntetaaside geenidel on konserveerunud sekundaarstruktuuridega liiderjärjestus, mis sisaldab ka
millel on oluline roll kaasasündinud immuunvastuses. TLR ekspresseeritakse makrofaagide, dendriitrakkude, neutrofiilide, mukoosa epiteelrakkudel ja endoteelrakkudel. TLR kodeerivad geenid on evolutsioonis kõrgelt konserveerunud ning on leitud nii C.elegans’s, Drosophila’s kui ka imetajates. Inimeses on 11 TLR geeni, mis on kõik glükoproteiinid ning sisaldavad ekstratsellulaarses regioonis leutsiini kordusjärjestusi ja tsüsteiini motiive. Tsütoplasmaatilises osas sisaldavad TLR-id TIR (Toll/ IL-1 retseptor) homoloogilist domääni, mis on vajalik signaliseerimiseks. Imetajate TLR on oluline erinevat tüüpi molekulide äratundmiseks, mis ekspresseeruvad mikroobide pinnal. Kuna imetajate TLR asuvad nii rakkude pinnal kui ka intratsellulaarsetel membraanidel on imetajate rakud võimelised mikroobe ära tundma nii raku sees kui väljas. Imetajate rakusisesed (ER
paarduda regioonid 3 ja 4, termineerides transkriptsiooni. Sarnane regulatsioon toimub ka teiste aminohapete biosünteesi operonide transkriptsioonil. Juhul, kui operon kodeerib rohkem kui ühe aminohappe biosünteesi, sisaldavad vastavate operonide liiderpeptiidi kodeerivad järjestused kõigi nende 11 aminohapete koodoneid. Näiteks ilvGDMEA kodeerib isoleutsiini, valiini ja leutsiini biosünteesi ning sel juhul on liiderpeptiidi kodeerivas järjestuses kontrollkoodoniteks Ile, Val ja Leu. Pürimidiini biosünteesi operonid Pürimidiini biosünteesi kodeeriv pyrB1 operon kodeerib samuti liiderpeptiidi. Transkriptsiooni terminatsiooni põhjustav sekundaarstruktuur lõhutakse transkriptsiooni ja translatsiooni koosmõjul. 20 nt enne liiderpeptiidis olevat terminatsioonisaiti asuvad 8 uridiinnukleotiidi. UTP madala kontsentratsiooni
Mitte kõik aminohapped ei reguleeri ainult enda biosünteesi ja katabolismi. Mõni aminohape võib reguleerida mitut biosünteesirada . Üks aminohape on erandlik leutsiin. Leutsiin seondub transkriptsioonifaktoriga Lrp, mis reguleerib sadade geenide transkriptsiooni, kusjuures mitte kõik geenid pole seotud aminohapete metabolismiga. Lrp abil reguleeritakse ka rakkude sisenemist statsionaarsesse kasvufaasi. Siiani pole ühtegi konkreetset hüpoteesi, miks bakterid peaks leutsiini hulga kaudu tunnetama rakkude üldist nälga. Valkude süntees ja kasv Üks metabolismi lõppsaadus on aminohapetest valkude assambleerimine. Eksponentsiaalses kasvufaasis, kui bakterid kasvavad kiiresti, on umbes 75% rakkude transkriptsioonist suunatud ribosoomide ekspressiooniks. Selleks, et sünteesida valke, tunnetab bakter rakus olevat energiataset ning aminohapete kättesaadavust. ATP ja GTP kontsentratsioon mõjutavad otseselt rRNA geenide transkriptsiooni
annaabi.ee 
