hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül- tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape. Olgugi, et paljudele aminohapetele vastab mitu erinevat tRNAd, vastab igale erinevale tRNAle vaid üks konkreetne aminoatsüül-tRNA ligaas. Aminoatsüül-tRNA ligaas tunneb tRNA ära vastavate tRNA identsuse elementide järgi, milleks on kindlad, erinevatele tRNA molekulidele ainuomased nukleotiidid antikoodoni lingus ja aktseptoorses õlas. Valgusünteesi käigus ribosoomis lahutatakse tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumisel aminohape tRNAst ja lisatakse valguahelasse. 30. Geneetiline kood
* valk kujundab tunnuse 3.Transkriptsioon: RNA süntees * toimub rakutuumas * lähteaine on DNA lõik promootorist kuni terminaatorini * Mis toimub: üks DNA biheeliks keeratakse järkjärgult lahti ning sünteesitakse ühe ahela teatava lõiguga komplementaarne RNA molekul. * Mis tekib: mRNA, rRNA, tRNA molekulid 4.DNA molekuli järgi RNA molekuli moodustamine. G>C / T>A / A>U / C>G 5.Translatsioon e. valgu süntees * toimub ribosoomis * lähteained mRNA, aminohapped, tRNAd, mis viivad aminohapped ribosoomi * Mis toimub: tRNA toob kohale sobiva aminohappe. Järgmine tRNA toob kohale uue aminohappe ja AHte vahel moodustub peptiidside. Algab initsiaatorkoodonist ja lõpeb stoppkoodoni juures * Mis tekib: valk 6. Valgu moodustamine mRNA molekuli järgi G C A A U G G U A U C A U A A Met Val Ser .
6.translatsiooni-järgne kontroll - millised toodetud valkudest aktiveeritakse/inaktiveeritakse, millistesse raku osadesse valgud transporditakse *Rakkude erinevused tulenevad geenide valikulisest avaldumisest. *Geenid avalduvad kui nende pealt sünteesitakse RNAd. *Geenide avaldumise lõppeesmärgiks võib olla vajaliku valgu süntees. Kõik geenid ei sisalda infot valgusünteesiks, nende pealt sünteesitakse rRNAd, tRNAd. *Kõik peab olema kindla kontrolli all: rakkude jagunemine, geenide avaldumine. *Geenide avaldumine peab olema reguleeritud kättesaadava toidu järgi - kulukas on toota kõiki valke, mida läheb vaja eri toitainete omastamiseks. *Organismi geenide avaldumist mõjutab keskkond: nii väline (kus organism areneb/elab), kui ka sisemine (hormoonid/ainevahetus). Veel mõjutavad erinevad kemikaalid,ravimid,temperatuur,valguse ja toitainete kättesaadavus.
tsitraaditsükliks. Erinevalt sisemembraanist on välismembraan läbitav ioonidele ja väikestele molekulidele, seega on selle ala ensüümide Maatriksis sisalduvad ka mitu identset koopiat sisaldus sarnane tsütosooliga. mitokondriaalsest DNA genoomist, mitokondri ribosoomid, tRNAd ja mitmed ensüümid mitokondri geenide ekspressiooniks. Mitokondrid Valgu liikumine läbi kahe membraani vajab multimeerseid valgukomplekse TIM ja TOM. Mitokondri valgud ja genoom Tuumas asuv DNA kodeerib suure osa
7. Nõrk side(Wobble) tRNA antikoodonis, mis tähendab, et kolmas nukleotiid on kõige nõrgem ja paardub vähemspetsiifiliselt Wobble hüpotees: Osutas Francis Crick 1966 a. Esineb 3' otsas koodonil ja 5' otsas antikoodonil Nende vahel nõrk vesinik side Degeneratsioon koodil selline, et nõrk side kolmandas positsioonis alati samal a/h Selle tulemusena on täieliku koodi lugemiseks vaja oluliselt vähem kui 61 tRNAd 5' antikooon 3' koodon G paardub U või C C Paardub G A Paardub U U paardub A või G I (Inosiin) Paardub A, U, või C I = posttranskriptoorne modifitseeritud puriin TTT TCT TAT TGT TTC TCC TAC TGC TTA TCA TAA TGA Geneetilised koodid TTG TCG TAG TGG CTT CCT CAT CGT CTC CCC CAC CGC CTA CCA CAA CGA
! 13. RNA sünteesi keemilised inhibiitorid loomses rakus. (М128) 80 ! Aktinomütsiin D (antibiootikum): ühineb eukarüoodi rakus DNA-ga ja takistab RNA polümeraaside liikumist, seega kõikide RNA tüüpide süntees on inhibeeritud. Alfa-amanitiin: valgekärbseseene alkaloid, inhibeerib rakus RNA polümeraas II, mRNA süntees muutub võimatuks. ! 14. Aminohapete aktiveerimine ja adapteerimine. (Б137) 84 ! ! Vaja on aminohappeid (20 põhitüüpi), tRNAd (32 eri tüüpi), energiat (ATP, GTP) ja erinevaid valke (initsiatsioonifaktorid IF1, IF2, IF3 ja ensüümvalgud AAS-id e aminoatsüül-tRNA-süntetaasid , kodaasid e aminoatsüül-tRNA-ligaasid jne) Aktiveerimine: AH + ATP + AAS -> AH-AMP-AAS (aktiveeritud aminohape) + 2P Ensüüm liidab aminohappe külge adenosiinmonofosfaadi (AMPi). Adapteerimine (aminohappe kinnitumine tRNA külge) AH + AMP + AAS + tRNA -> AH-tRNA (aminoatsüül-tRNA) + AMP + AAS
Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik-faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni faktori SL1, mis seondub tuumikpromootorelemendile. PolIII sõltuv transkriptsioon tRNA,5 srRNA + väikesed RNA-d: PolIII sünteesib tRNAd ja 5S-rRNAd. Igas tRNA geenis on olemas sisemised promootorelemndid A box ja B box. Need alad ei funktsioneeri ainult promoo-toritena, vaid kodeerivad kahte eukarüootse tRNA osa, mis on vajalikud valgu-sünteesiks. 5S-rRNA geenis on üks sisemine kontrollala C box, mis käitub promootorina. tRNA ja 5S-rRNA sünteesiks on vajalikud kaks multimeerset valku TFIIIB ja TFIIIB ning 5S-rRNA sünteesiks on veel vajalik ka faktor TFIIIA
labiilsemaks RNA molekul koosneb alati ühest kovalentselt seotud ahelast RNA ei moodusta pikka lineaarset kaksikheeliksi struktuuri RNA molekulid moodustavad sekundaarstruktuure voltudes iseendaga Kirjeldatud on mitmesugused sekundaarstruktuuri elemendid Juuksenõela (hairpin) struktuur Parempoolne kaksikheeliks Sisemised aasad ja paunad katkestavad sageli pideva kaksikheeliksi tRNA struktuur tRNA molekulid on 7493 nukleotiidi pikkused tRNAd funktsioneerivad kui aktiveeritud aminohapete kandjad valgu biosünteesis Iga aminohappe kohta on vähemalt üks vastav tRNA tRNA struktuuri kuulub palju modifitseeritud nukleotiide Kõik tRNA molekulid moodustavad sarnase sekundaar ja tertsiaarstruktuuri rRNA rRNA sekundaar ja tertsiaarstruktuur sisaldavad analoogilisi elemente tRNA molekulile. rRNA molekulid on aga palju suuremad ja seega kompleksema struktuuriga Toodud 16S rRNA primaarstruktuur
aminohappejääkide vahele sünteesitakse peptiidside. 3. Peptiidsideme sünteesil vabaneb esimene tRNA enda küljes olnud aminohappejäägist. Esimene aminohappejääk on nüüd teisega seotud ja teine aminohape on omakorda teisele koodonile vastava tRNA küljes. 4. mRNA kulgeb läbi ribosoomi, tehes ruumi järgmistele tRNAdele. Nii kandub moodustuv valk ühelt tRNA molekulilt teisele edasi, kasvades järjest pikemaks. Stoppkoodonile ei vasta ühtegi tRNAd. Valguga seotud tRNA väljub ribosoomist ning valk eraldub omakorda sellest. Kasutatud tRNAde külge seotakse uued aminohapped, loetud mRNA on valmis uuesti ribosoomile kinnituma ja saab edasi küpseda.
mis paiknevad vastavate õlgade otsetes.Funktsioon: aminohapete transport valkude sünteesi toimumiskohta. 28. Aminoatsüül-tRNA, kuidas neid rakus saadakse? tRNA, mille 3' otsa on seotud aminohappe karboksüülrühm ehk C-terminus, protsessi viib läbi ensüüm, mille aktiivtsentrisse konkreetne tRNA sobitub, et kinnitataks õige aminohape. tRNA mille küljes on aminohappe jääk. aminoatsyyl-tRNA süntentaas sünteesib aminoatsyyl-tRNAd. 29. Aminohapete lühiiseloomustus. Aminohapped on orgaanilised ühendid, mis sisaldavad funktsionaalsete rühmadena amino- (-NH2) ja karboksüülrühma (-COOH) ning aminohappespetsiifilist kõrvalahelat. Nii amino- kui ka karboksüülrühm aminohappes on võimelised amiidsete sidemete tekitamiseks ja tänu sellele saavad erinevad aminohapped omavahel reageerida moodustamaks dipeptiidi. 30. Valkude lühiiseloomustus. Valgud ehk proteiinid on polüpeptiidid, mis koosnevad
4)kontroll translatsiooni tasemel 5)kontroll mRNA lagundamise tasemel 6)translatsiooni-järgne kontroll GEENID AVALDUVAD ÕIGEL AJAL JA ÕIGES KOHAS *Rakkude erinevused tulenevad hoopis geenide valikulisest avaldumisest. *Geenid avalduvad, kui nende pealt sünteesitakse RNAd. Geenide avaldumise lõppeesmärgiks võib olla organismile või rakule vajaliku valgu süntees. *Kõik geenid ei sisalda infot valgusünteesiks, vaid nende pealt sünteesitakse nt rRNAd või tRNAd. *Hulkrakse organismi teeb keerukaks veel see, et on palju erinevate omadustega rakutüüpe. Naharakk on teistsugune kui närvirakk ning seal peavad avalduma teistsugused geenid. *Geenide avaldumine peab olema ajas ja ruumis hästi kontrollitud ja koos kõlas keskkonnatingimustega. *Kui kontroll ära kaob, siis võivad rakud hakata piiramatult paljunema ning tagajärjeks võib olla vähkkasvaja teke. KUIDAS KONTROLLITAKSE GEENIDE AVALDUMIST?
Loote arengu algetappidel kiire rakkude jagunemise ajal iga rakk sisaldab ~5-10 miljonit ribosoomi. tRNA süntees tuumas ja transport tsütoplasmasse (4-26 lk 121) tRNA molekulid (~75-80 nukleotiidi), sünteesitakse vastavatelt geenidelt RNA Pol III toimel esialgse transkriptina, (pre-tRNA), millel on liigsed nukleotiidid 5'otsas. Samuti on vajalik teatud nukleosiidide modifitseerimine (U dihüdrouridin, pseudouridin, ribotümidiin). Mõningad pre tRNAd sisaldavad introneid. Protsessing toimub nukleoplasmas. Valminud tRNAd liiguvad läbi NPC(tuuma poori kompleks) tsütoplasmasse valkude vahendusel. Rakkude diferentseerumise regulatsioon Loomsetes organismides on ~300 erinevat rakutüüpi, taimedes ~80. Diferentseerumisel erinevates suundades ei kao osa DNA-st genoomi koostisest vaid erinevates rakkudes ekspresseeruvad erinevad geenide valikud. Seda tõestavad hulgalised
translatsiooni initsiatsiooni. pre-mRNAst välja lõigatud intronite lagundamine intron vabaneb lariaatstruktuurina, mis lagundatakse kiiresti tuumas olemasolevate RNaaside poolt. 2. Kirjelda eukarüootse mRNA molekuliga toimuvaid muutusi pärast transkriptsiooni lõppu ja translatsiooni algust 5'cap struktuur eemaldatakse, mRNA seostub ribosoomiga, lisandub startkoodoniga (AUG) komplementaarne tRNA aminohappega, ribosoom liigub mööda mRNAd ning seostuvad järjest uued tRNAd aminohapetega, kuni ribosoom jõuab stopp-koodonini, kompleks laguneb, mRNA lagundatakse. 3. pre-mRNA järeltöötluse regulatsioon. Alternatiivne splaising on mRNA protsessingu peamiseks regulatsioonimehhanismiks. Erinevate eksonite alternatiivne splaising on enimlevinud mehhanism ühelt transkriptsiooniühikult erinevate valkude sünteesiks. Toimib vaid juhul, kui geenis on intronite arv vähemalt üks. Näiteks pre-mRNA kõiki eksoneid ei
Ühesugune koodonite ja aminohapete vastavus eksisteerib peaaegu kõigi eel- ja päristuumsete organismide rakkudes. mRNA molekulis määrab initsiaatorkoodon gen info lugemise alguse ja stoppkoodon selle lõpu. Nende vahele jääv transleeritav piirk määrab sünteesitava valgu aminohappelise järjestuse. 31. Translatsioon. Valgu süntees, toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks on vaja lisaks mRNAle veel tRNAd, aminohappeid, ensüüme ja energiat. Translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub 1. tRNA molekul, millega on ühendatud aminohape Met. Edasi seostub iga tRNA molekul tsütoplasmas kindla aminohappega(vastava ensüümi kaasabil ja ATP energia arvel) ja toob selle ribosoomi. Koodon-antikoodon paardumisega mõtestat lahti geneetiline kood. Protsess kestab seni kuni järg jõuab mRNA stoppkoodonini, sellega ei
Hiline transkriptsioon algab koos DNA sünteesi algusega. Hiliseid geene on 133; jätkub ka osade varajaste geenide ekspressioon Umbes 2 tundi peale infektsiooni algust toimuvad rakus tsütoloogilised muutused: - tuumake kaob, kuid tuuma membraanid, mitokondrid ja kloroplastid säilivad; - raku materjalid ”surutakse” kloroplasti vastu, vabanev ruum kujuneb viiruse moodustumise tsentriteks, sinna kogunevad ka membraanid. Valkude sünteesil osalevad viiruse tRNAd ja arvatavasti ka viiruse kodeeritud translatsioonifaktorid (eF3). Mitmeid valke glükosüleeritakse, erinevalt enamikust viirustest teevad seda PBCV-1 enda ensüümid, mida on viirusel viis või kuus. Virionide kapsiidid moodustuvad enne DNA pakkimist (pakkimine toimub kapsiidis leiduva ava kaudu). 4-5 tundi peale infektsiooni algust leidub nakatatud rakus juba arvukalt valmis virione. Virionide pungumist rakumembraanist ei esine.
Osadel inimestel on ravimi metabolism kiirem ning see elimineerub kiiresti. 31. Mille poolest erineb ddATP dATP st? Struktuurivalem? Üks on didesoksüribonukleotiid ja teine on desoksünukleotiid. Didesoksün. on terminaatoriks replikatsioonil, desoksü.n. ühiku liitmine pikendab ahelat. dATP-l esineb 3’OH, ddATP-l on 3’ positsioonis vesinik. 32. Geneetilise info transleerimise põhimõttelised etapid kuni metaboliitideni Translatsiooniks on vajalikud tRNAd, aminoatsüül-tRNA-süntetaasid, ribosoomid, erinevad translatsioonifaktorid. mRNA molekuli nukleotiidne järjestus transleeritakse polüpeptiidi aminohappeliseks järjestuseks vastavalt geneetilisele koodile, mille alusel vastab igale aminohappele kas üks või mitu koodonit. Igal tRNA-l on oma aminohape ning antikoodon, mis paardub mRNA-l koodoniga. Peptidüültransferaas katalüüsib aminohapete vahel peptiidsideme.
välissignaalile, hakatakse nende mRNAde sabasid pikendama ja nii stimuleerides mRNAde translatsiooni. 52. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused ensüümid neid RNAsid transkribeerivad? Jälle üks ulme küsimus. Eeldan, et tuumakeses on DNA ja DNAlt transkribeeritakse RNA, siis enamik teadmist vajavad RNAd saavad transkribeeritud tuumakeses. rRNA'd sünteesib RNAPolI; mRNAd, enamiku snRNAd ja miRNAd sünteesib RNAPolII; tRNAd ja teisi väikesi RNAsi sünteesib RNAPolIII. RNAPolIV sünteesib siRNAd taimedes. 53. Mis vahe on miRNAl ja siRNAl? Märklaud-mRNAga paardumisel ei ole miRNA 3' otsa paardumine korrektselt komplementaarne on üksikuid mittepaardunuid nukleotiide. siRNA'l on paardumine alati täpne. See vahe ongi. 54. Kirjelda hnRNP A1 tuumast ekspordi protsessi. Missugused valgud selles osalevad? Kuidas rakk kontrollib, et see protsess on ühesuunaline
Kahe aminohappe vahele tekib tugev peptiidside Translatsioon lõpeb stoppkoodonitega. 25. Informatsiooni RNA (mRNA) ja transpordi RNA (TRNA) ülesanne valgusünteesil? Ribosoom liigub piki mRNA ahelat ja kopeerib koodonite kaupa infot. Et sünteesida palju valgumolekule, seostub üks mRNA paljude ribosoomidega. tRNA on komplementaarse antikoodoniga ja toob esimese aminohappe ribosoomi. Teine tRNA mahub ka koos oma aminohappega ribosoomi. Kahe aminohappe vahele tekib tugev peptiidside. tRNAd toovad aminohappeid vastavalt mRNA-s sisalduvale eeskirjale (c=g, a=u). Valgusünteesi etapid: 1. mRNA ühineb ribosoomiga 2. mRNA molekuli initsiaatorkoodoniga (AUG) seondub esimene tRNA molekul (antikoodoniga UAC) 3. Ribosoomi siseneb teine tRNA molekul, tuues endaga kaasa järgmise mRNA koodonile vastava aminohappe 4. Ribosoomis kahe kõrvuti asetseva tRNA molekuli otstes olevate aminoapete vahel sünteesitakse ensüümide abil peptiidside 5
splaissosoomi. Väikesed tuumakese RNPd (snoRNP) ja väikesed Cajal keha RNPd (scaRNPd) vahendavad RNPde (rRNA ja snRNA) komponentide küpsemist. Väikesed RNAd võivad moodustada mikroRNPd mille funktsiooniks on translatsiooni regulatsioon. Tsütoplasmas on peamiseks RNP-ks ribosoom, mis viib läbi translatsiooni. Ribosoomid assotsieeruvad ka signaali äratundvate partiklitega (SRP) RNP mis suunab valgud ERi. tRNAd moodustavad tsütoplasmas komplekse aminoatsüül-tRNA süntetaasidega, mis aminoatsüleerivad tRNAd. • • • • • • • • Genoomi varieeruvuse klassikalised allikad, mutatsioon ja rekombinatsioon: • • Somaatilised ja idurakkudes toimuvad DNA nukleotiidsed asendused: olulisus evolutsioonis; nende ‘saatust’ mõjutavad faktorid (indiviidi, populatsiooni ja evolutsiooni tasandil) • Kui somaatilises rakus toimub asendus, mõjutab see ainult mutatsiooni
a. preRNA, mis koosneb eksonitest ja intronitest b. splaissingu teel lõigatakse intronid välja, jäävad ainult eksonid c. Eksonitest moodustub küps RNA 3. Ensüüm RNA-polümeraas jõuab terminaatorpiirkonda. 4. DNA ahel suletakse ensüümide abil. 5. Geeni kopeerimisel valmib mRNA, mis viiakse rakutuumast välja ribosoomidesse. (lisaks võib luua ka tRNAd ja rRNAd) NB! Toimub rakutuumas, tuumapiirkonnas, mitokondrites ja kloroplastides. 27. mRNA erinevused prokaüootidel ja eukarüootidel Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Eukarüoodid:
14.Valgu süntees Ribosoom – 2 alaüksust – keha ja pea – seal vahel käib läbi info RNA ehk mRNA - Tuumas on DNA, sellelt sünteesitakse mRNA ja viakse tuumast välja tsütoplasmasse - Tsütoplasmas on ribosoomid mis mRNA püüavad ja mis hakkavad mRNA info alusel valkusid sünteesima Valgu süntees e translatsioon – mRNAlt kui matriitsilt koodi vahendusel süntees. Järgneb RNA sünteesile. Vaja läheb ribosoome, mRNAd, tRNAd, aminohappeid, energiat, ensüüme. Tulemuseks valgu molekul 15.Modifikatsioonid Prokarüooid – bakterid - Geenid kompleksis – liitgeenid (operon), mitu struktuuri järjest mille juurde käivad regulaatorgeenid - Transkriptsioon ja translatsioon samaaegselt Eukarüoodid - RNA protsessing (tuumas) - Katkelised geenid – intronid ja eksonid; geeni splaissing - Transkriptsioon ja translatsioon eriaegselt Modifikatsioonid
colis, on enimuuritud. · Valgu süntees prokarüootides on märksa lihtsam kui kõrgemates eukarüootides, kuid ka siin osaleb üle 100 erineva valgu ning palju erinevaid RNA molekule. Staadiumid Initsieerimine : mRNA ja initsiaator aminoatsüül-tRNA sidumine ribosoomi väikesele subühikule, millele järgneb selle seondumine suurele subühikule Elongatsioon: peptiidsidemete süntees korduv tsükkel, mille käigus aminoatsüül- tRNAd lisanduvad ribosoom-mRNA kompleksile ning polüpeptiidahel kasvab ühe aminohappejäägi võrra Terminatsioon :toimub ribosoomi jõudmisel "stop"-koodonini RIBOSOOMID · ... on ribonukleoproteiinid (ca 2/3 rRNA + 1/3 valgud), mida leidub kõikide rakkude tsütosoolis, mitokondri maatriksis ja kloroplastide stroomas. · ... liiguvad / libisevad mööda mRNA ahelat, juhtides koodon-antikoodon interaktsioone mRNA ja aminoatsüül-tRNA-de vahel ning katalüüsides
hapnik (mudas, mullas, loomade ja inimese soolestikus, mäletsejate loomade vatsas). Metanogeenid on väga hapnikukartlikud. 58. Termofiilid, halofiilid...ja muud fiilid ja nende eripära? Termofiilid: rakud on väikesed, vaba vee sisaldus rakkudes väiksem, rakukomponendid uuenevad kiiresti, rakus rohkesti polüamiine, osadel arhedel on leitud ka histoonitaolisi valke, ensüümid on termostabiilsemad, kui mesofiilidel, tRNAd on termofiilidel veidi teistsuguse koostisega: on GC-rikkamad ja neis esinevad modifitseeritud Nalused (5-metüültiouridiin). Termofiilide valkudes on rohkem ioonseid sidemeid valgu osade vahel ja vähem väljaulatuvaid linge. Halofiilid: rakus on kõrge K+ sisaldus. See stabiliseerib neil ribosoome ja on osmoprotektoriks. Membraani pinnaga seotud valgud, ka kestavalgud vajavad aga stabiilsuseks kõrget Na+ sisaldust 59. Tardsöötmed: 1. keedetud kartuli lõigud! Siis zhelatiin ja siis agar.
hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül-tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape. Olgugi, et paljudele aminohapetele vastab mitu erinevat tRNAd, vastab igale erinevale tRNAle vaid üks konkreetne aminoatsüül-tRNA ligaas. Aminoatsüül-tRNA ligaas tunneb tRNA ära vastavate tRNA identsuse elementide järgi, milleks on kindlad, erinevatele tRNA molekulidele ainuomased nukleotiidid antikoodoni lingus ja aktseptoorses õlas. Valgusünteesi käigus ribosoomis lahutatakse tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumisel aminohape tRNAst ja lisatakse valguahelasse. Ribosoomide ehitus ja funktsioon http://et.wikipedia.org/wiki/Rakutuum
tRNA süntetaasid; Samuti mõned tsütokroomid, NADH, ATPaasid. mtDNA geenid transkribeeritaks mõlemalt ahelalt. Mitokondriaalse DNA transkriptsioon: mRNA sünteesitakse ja ka transleeritakse mitokondris. Geeni produktid, mis moodustuvad tuumageenide poolt, moodustuvad tsütoplasmas ja transporditakse sealt mitokondritesse. Imetajatel ja selgroogsetel loomadel mtDNA transkribeeritakse ühe molekulina (polütsistroonne RNA) ja seejärel moodustatakse alles sellest mRNA, rRNA ja kõik tRNAd. tRNA geenid vahelduvad teiste geenidega ja töötavad kui transkriptsiooni signaali terminaatorid. Taimedel ja seentel on mtDNA märksa suurem: tRNA ei eralda geene; Mittekodeerivad järjestused geenide vahel; Transkriptsiooni ei termineeri tRNA geenid; Esinevad intronid, mida imetajatel ei ole mtDNAs; Transkriptsioon monotsistroonne (sama mis geen). mtDNA genoomi translatsioon: Mitokondriaalsel mRNA'l ei ole 5' otsa. Translatsiooni kasutatakse spetsiifilisi
le 69. Koodon-antikoodon paardumine, selle täpsus. Mis on supressor-tRNA? tRNA antikoodonjärjestus paardub mRNAs asuva koodonjärjestusega koodoni kahe esimese nukleotiidi osas väga täpselt, vastavuses lämmastikaluste komplementaarsuse põhimõttele. Supressormutatsioonid asendusmutatsioon ühes geenis surub maha e supresseerib teises geenis tekkinud mutatsiooni avaldumise. Stoppkoodoniga paarduvat mutantset tRNAd nim supressor-tRNAks. 70. Mutatsioonisagedust mõjutavad tegurid. Kiirgus, kemikaalid. Füüsikalised tegurid. Nende olemasolu ja hulk keskkonnas. + DNA replikatsiooni täpsus, DNA reparatsiooni efektiivsus. 71. Spontaansed ja indutseeritud mutatsioonid. Mutatsioonitekke juhuslikkust tõendavad katsed. Spontaanne mutatsioonisagedus on madal. Indutseeritud mut: mutageenid (kiirgus ja kemikaalid, mis kahjustavad DNAd) võivad suurendada mutatsioonisagedust rakus
• B: ekstsentrilise nukleokapsiidiga küps virion (nt. hiire rinnanäärme kasvaja viirus) • C: tsentraalselt paiknev nukleokapsiid • D: nukleokapsiid on silinderjas. Struktuur. Retroviirused on enamvähem kerajad, diameeter 80…120 nm. Ümbrises on viiruse glükoproteiinid, ümbris saadakse pungumisel. Ümbris ümbritseb kaht identset koopiat +RNAd sisaldavat nukleokapsiidi. Virionis on ka 10…50 koopiat pöördtranskriptaasi, integraasi ja 2 rakulist tRNAd. Neid tRNAsid kasutatab RT praimerina. Genoomil on 5’ cap ja 3’ polüA saba. Genoom sarnaneb küll mRNAle, kuid ei ole iseseisvalt infektsioosne. Lihtsate retroviiruste genoom koosneb 3 peamisest geenist, mis kodeerivad polüproteiine järgmiste ensüüm- ja struktuurvalkude tarvis: • Gag: grupispetsiifiline antigeen. Kapsiidi, maatriksi ja nukleiinhapete seostusvalgud. • Pol: polümeraas, proteaas, integraas. • Env: ümbrise glükoproteiinid.
hüpermodifitseeritud nukleotiidid, mis pole võimelised aluspaare moodustama, nii on tagatud translatsiooni täpsus. tRNA teine oluline piirkond, 3' ots, paikneb aktseptor-õla otsas. tRNA kolm viimast nukleotiidi on CCA järjestus, mis ribosoomis seondub valguahela peptiidsideme moodustumist katalüüsiva piirkonnaga. tRNA 3' otsa seotakse ka ensüüm aminoatsüül-tRNA ligaasi vahendusel estersidemega vastav aminohape. Olgugi, et paljudele aminohapetele vastab mitu erinevat tRNAd, vastab igale erinevale tRNAle vaid üks konkreetne aminoatsüül-tRNA ligaas. Aminoatsüül-tRNA ligaas tunneb tRNA ära vastavate tRNA identsuse elementide järgi, milleks on kindlad, erinevatele tRNA molekulidele ainuomased nukleotiidid antikoodoni lingus ja aktseptoorses õlas. Valgusünteesi käigus ribosoomis lahutatakse tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni paardumisel aminohape tRNAst ja lisatakse valguahelasse. Ribosoomide ehitus ja funktsioon http://et.wikipedia.org/wiki/Rakutuum
P-loop seob GTP fosfaatrühmi Switch-id olulised GTP hüdrolüüsiks NB! Vaadake slaide 12 - 13 EF-Tu Tu” : T –” transfer”, u - “unstable”. Monomeerne GTPaas, 3 domeeni GTPaasne aktiivsus. GTPaasi stimuleerib ribosoom. Kolmikkompleks : EF•Tu-GTP•aa-tRNA. EF-Tu seondub ribosoomiga kolmikkompleksis. EF-Tu konformatsioon muutub GTP hüdrolüüsi järel. EF-Tu•GTP kompleks seob aa-tRNAd tugevalt EF-Tu nn. “suletud” vormis GTP hüdrolüüs EF-Tu-l. EF-Tu omandab “avatud” konformatsiooni EF-Tu•GDP dissotsieerub aa-tRNA küljest. His84 aktiveerib H2O molekuli, see atakeerib γ-fosfaatrühma GTPs. Val20/Ile60 “värav” kaitseb GTP-d His84 toime eest. Ribosoom stimuleerib “värava” avanemist. “Avatud” värava korral toimub GTP hüdrolüüs . EF-Ts. Ts: T – “temperature”, s- “stable”. Monomeerne valk. G-nukleotiidi vahetusfaktor
annaabi.ee 
