:D ● ● Hulkrakse organismi geenidest eraldub samaaegselt.. ??? 1. Vaadake joonist! Millist protsessi on kujutatud? Tegemist on valgu sünteesi ehk translatsiooniga. Tooge kolm argumenti oma otsustuse toetuseks. 1) Joonisel on kujutatud transpordi RNA-d (iseloomulik ristikulehe kuju) 2) Transpordi RNA-d transpordivad aminohappe jääke (Phe, Val) 3) Aminohappejääkidest on moodustunud aminohappeahel e valgu primaarstruktuur (aminohappejääkide vahel peptiidsidemed) 4) Ribosoomile on kinnitunud üheahelaline mRNA, mille koostisse kuulub nukleotiid uratsiil 5) mRNA koodoniga on ühinenud tRNA antikoodon Millises raku osas protsess toimub? Valgu süntees toimub ribosoomides. Nimetage kaks põhjust, milleks vajab organism sünteesiprodukti. Valkude ülesanded organismides on: 1) Reguleerida biokeemiliste reaktsioonide kiirust 2) Ehituslik funktsioon, kuuluvad kõigi rakuorganellide koostisse 3) Transpordifunktsioon (hemoglobiin veres, transportvalgud membraanides)
Transkriptsiooni etapid: Lisandub ensüüm RNA polümeraas, mis seondub DNA ahela promootor piirkonnaga. Ensüüm keerab DNA biheeliksi lahti. RNA polümeraas sünteesib 1 DNA ahela lõiguga ehk geeni komplementaarse RNA molekuli. RNA polümeraas jõuab terminaator piirkonnani ning eemaldub DNA-lt. mRNA, tRNA, rRNA süntees. DNA omandab uuesti biheeliksi kuju. RNA liigub raku tuumast välja tsütoplasmasse ribosoomide poole. rRNA- ribosoomi RNA kinnitub ribosoomile. mRNA- viib info DNA-lt ribosoomi. tRNA- toob tsütoplasmast ribosoomi aminohappeid. Translatsioon: translatsioon on RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas painkevatel ribosoomidel. Vajalikud timgimused: Ribosoomid mRNA, tRNA aminohapped energia(ATP) mRNA primarstruktuur määrab ära valgu primmarstruktuuri. Geneetiline kood on süsteem, mille abil nukleiinhapetes olev info viiaksee üle valgule. Tripletus- ühe koodoni koosseisu kuulub 3 nukleotiidi mRNA-s
8) selgitab valgusünteesi üldist kulgu. Valgusünteesiks vajatakse ühte mRNA molekuli, erinevaid aminohappeid ja ensüüme, energiaallikatena ATP ja GTP molekule ning erinevaid tRNA molekule. tRNA molekulide põhiülesandeks on aminohapete toomine tsütoplasmast ribosoomidesse. Iga uus aminohape lülitatakse sünteesitavasse peptiidahelasse vaid siis, kui seda aminohapet toonud tRNA molekuli antikoodon suudab komplementaarselt paarduda mRNA koodoniga. 1. Ribosoomile kinnitunud mRNA alguskoodonile kinnitub vastava antikoodoniga tRNA. Selle küljes on alguskoodonile vastav aminohappejääk – metioniin. 2. Järgmisele koodonile seostub sellele vastav tRNA ning nendega seotud aminohappejääkide vahele sünteesitakse peptiidside. 3. Peptiidsideme sünteesil vabaneb esimene tRNA enda küljes olnud aminohappejäägist. Esimene aminohappejääk on nüüd teisega seotud ja teine aminohape on omakorda teisele koodonile vastava tRNA küljes. 4
on lisatud ja siis saab alata elongatsioon (RNA polümeraas saab liikuda). 2. Elongatsioon e. pikendus (elongation)- DNA lahtikeeramine ja nukleotiidide lisamine jätkub 3. Terminatsioon e. lõpp (termination)- Moodustab juuksenõela struktuuri (enda suhtes komplementaarne). mRNA modifikatsioonid: · 5' `müts' (cap)- funktsioonid: Olla `lipuks' transpordil tuumast välja, Kaitsta lagundamise eest, Seondumiskoht ribosoomile (translatsiooni algus) · 3' polü(A) saba- funktsioonid: Kaitseb lagundamise eest, Vajalik translatsiooni lõpetamiseks · Splaissimine- snRNA molekulid viivad läbi. Splaissing võimaldab ühelt DNA järjestuselt kodeerida erinevaid valke. Spinat ja müürlooga rubisco aktivaas oli esimene 1998 · Eksonid järjestuse osa, mis jääb alles
koodoniga. Koodoniks nimetatakse ühele ami- millele vastab aminohape metioniin(Met). nohappele vastavat mRNA nukleotiidi- Valgusünteesi lõpetavaid koodoneid on kolm: kolmikut. DNA neli erinevat nukleotiidi võivad UGA, UAA ja UAG. Neile ei vasta ükski kombineeruda 64 erinevaks koodoniks. Igale aminohape. Tsütoplasmasse sattunud mRNA kinnitub mRNA-s sisalduva informatsiooni tõlkimiseks esiotsaga ribosoomile, mis ,,liugleb" piki vajatakse tRNA molekule. tRNA ühes otsas on mRNA-d, kuni jõuab initsiaatorkoodonini. koodon ja teises otsas sellele koodonile vastav 7.3 Valgusüntees. Uus õpik lk 109 - 113 aminohape. tRNA molekul, millega on ühi- antikoodon UAC. Seejärel siseneb ribosoomi nenud aminohape metioniin(Met), seostub teine tRNA molekul, mille küljes on järgmisele
ILE THR ASN SER ILE THR ASN SER ACIDIC ILE THR LYS ARG MET THR LYS ARG VAL ALA ASP GLY VAL ALA ASP GLY Valgu süntees: 1. Valgu süntees toimub ribosoomidel 2. mRNA transleeritakse 5' suunas 3'. ProtValk sünteesitakse Nterminuselt Cterminusele 1. A/h seob tRNA, mis transpordib selle ribosoomile: Spetsiifiline seondumine tRNAga Komplementaarne aluste paardumine mRNA koodoni ja tRNA anti koodoni vahel. mRNA tunneb ära tRNA anti koodoni, mitte a/h Translatsiooni 4 staadiumi 1. tRNA aktiveerimine 2. Initsiatsioon 3. Elongatsioon aminoatsüül tRNA sidumine ribosoomiga Peptiidsideme moodustumine a/h vahel Ribosoomi liikumine järgmisele koodonile 1. Terminatsioon
Ribosoomivalgud – riigispetsiifilised ja siis üldised. Ribosoomi ”funktsionaalsed tsentrid” ja nende roll valgusünteesil: 30S Dekodeeriv tsenter- koodon : antikoodon (paardumise kontroll). P/E-saidi “värav”- tRNA liikumine P- 12 saidist E-saiti translokatsiooni ajal. 16S rRNA 3’-ots- mRNA kinnitumine ribosoomile SD- anti-SD interaktsiooni abil. 16S rRNA heeliks 44- subühikutevahelised kontaktid. 50S: Peptidüültransferaasne tsenter-peptiidsideme moodustumine. L11 stalk- Translatsioonifaktorite “kinnipüüdmine” ; translatsiooniliste GTPaaside aktivatsioon. Sartsiin- ritsiin ling - Translatsiooniliste GTPaaside aktivatsioon. L1 stalk-tRNA väljutamine E-saidi kaudu. A-sait-aminoatsüül-tRNA sidumine. P-sait peptidüül-tRNA sidumine. E-sait-
Ribosoomi väike subühik on seotud initsiaator tRNA-ga ja algab mRNA skaneerimine-- initsiatsioonisaidi (startkoodon AUG) otsimine. Kui kompleks leiab initsiatsioonisaid, siis tRNA kinnitub sellele ja ribosoobi väiksele subühikule liitub suur subühik. 39. Translatsiooni terminatsioon. Translatsioonil on 3 faasi, nendest viimane on terminatsioon. Terminatsioon - translatsiooni lõpetab stop-koodon, mis annab ribosoomile märku mRNA pealt alla hüpata. 40. Translatsioonifaktorid Valgud, mis osalevad translatsiooni (valgusünteesi) protsessis. 41. Kuidas valgud omandavad rakkudes oma ruumilise struktuuri? Valgude ruumilise struktuuri määravad peaahela ja kõrvalahela lubatud konformatsioonid ja struktuuri stabiliseerivad interaktsioonid. 42. Ribosüümid. Ribosüüm= RNA ensüüm. Katalüütiliste omadustega RNA-molekul. Toimib kui ensüüm. Ribosüümid
*mRNAs olev info on kodeeritud *Igale kolmenukleotiidilisele lõigule vastab üks aminohape. *4 nukleotiidi võivad kolmekaupa kombineeruda 64-ks erinevaks koodoniks. *mRNA sisaldab translatsiooni alguskoodonit (AUG), millele vastab aminohape metioniin. *Stoppkoodoneid on kolm: UGA, UAA ja UAG. Neile koodonitele ei vasta ükski aminohape. *Kui ribosoomi jõuab üks neist kolmest koodonist, siis aminohappeahela sünteesimine katkeb. VALGUSÜNTEESI KÄIK *Tsütoplasmasse jõudnud mRNA kinnitub ribosoomile, mis omakorda liigub piki mRNAd kuni jõuab alguskoodonini. mRNAs sisalduva info tõlkimiseks vajatakse tRNA molekule. tRNA-molekulid kannavad enda küljes aminohappeid. Selle, milline aminohape tRNA külge kinnitunud on, määrab tRNAs sisalduva kolmest nukleotiidist koosnev antikoodon. *Antikoodon seostub komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA-ahelas oleva koodoniga ning toob nii ribosoomi mRNA koodonile vastava aminohappe.
Üks DNA ahel on 3’-5’ ja teine vastupidi. 5. Millised on peamised erinevused DNA ja RNA vahel? erinevad suhrujäägid (DNA-desoksüriboos; RNA-riboos) lämmastikalused (DNA-T; RNA-U) ahelad (DNA-kaksikahel; RNA-üksikahel) RNA omab katalüütilist funktsiooni (ensüümid kindlustavad biokeemiliste reaktsioonide kulgemise organismis) 6. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid. mRNA- kannab informatsiooni DNAlt ribosoomile. mRNAde kodeerivad järjestused määravad aminohappelise järjestuse sünteesitavas valgus.Rakulised organismid kasutavad seda geneetilise informatsiooni vahendajana; osaleb aminohapete kokkuliitmisel polüpeptiidideks. (messenger) tRNA- Transpordib aminohappeid ribosoomi. tRNAl on piirkonnad aminohapete seondumiseks ja antikoodonregioonid koodonite äratundmiseks mRNA ahelal. Mittekodeeriv RNA. (transport) rRna- ribosoomi katalüütiline komponent
ahela eri osade vahel) komplementaarsus A=T, C=G A=U, C=G põhiline ülesanne päriliku info säilitamine ja päriliku info realiseerimine ülekanne RNA erinevad tüübid ja ülesanded organismis: mRNA - informatsiooni RNA, toob geneetilise koodi ribosoomi, ja selle alusel saab hakata sünteesima valku ribosoomil tRNA - võtab kaasa ribosoomile aminohappejäägid rRNA - on ribosoomi koostises ja aitab seda valku sünteesida Komplementaarsusprintsiip on kahe paralleelse ahela täpne sobivus. DNA struktuuritasemed: Primaarstruktuur - Nukleotiidide dAMP, dGMP, dCMP ja dTMP järjestus (on leitud ka nende metüülderivaate) Sekundaarstruktuur - Kahest antiparalleelsest DNA polünukleotiidahelast komplementaarsuse alusel moodustunud kaksikspiraal (kaksikheeliks) Jaguneb:
rsisaldab riboosi. Desoksüriboosis puudub tsüklilises pentoosis 2’ positsioonis hüdroksüülgrupp. See hudroksüülgrupp muudab RNA ebastabiilsemaks, kuna hüdrolüüs saab toimuda suurema tõenäosusega. DNA-s on adeniinile komplementaarne alus tümiin, RNA-s aga uratsiil. RNA omab katalüütilist funktsiooni. 6. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid. mRNA – messenger – kannab informatsiooni DNA-lt ribosoomile. Määravad aminohappelise järjestuse sünteesitavas valgus. tRNA – transfer – transpordib aminohapped ribosoomi rRNA – ribosomal – ribosoomi katalüütiline komponent, ühendab aminohapped valkudeks. 7. Mis on replikatsioon, kuidas see toimub? DNA replikatsioon on DNA omadus iseennast taastoota. Selle tulemusena tekib ühest DNA molekulist kaks identset DNA molekuli. DNA replikatsioon algab spetsiifilistelt genoomi lõikudelt, originidelt. Esmalt
Translatsioonil on 3 faasi: 1. initsiatsioon - ribosoom ankurdub mRNAle start-koodoni (AUG) lähedal. See faas lõpeb, kui tRNA molekul metioniiniga tunneb ära start koodoni ja kinnitub sellele. 2. elongatsioon - aminohapetest koosnev polüpeptiidi ahel pikeneb vastavalt koodonite infole. Igale koodonile toob tRNA molekul vastavalt järjestusele aminohappe. 3. terminatsioon - translatsiooni lõpetab stop-koodon, mis annab ribosoomile märku mRNA pealt alla hüpata. 20. Translatsiooni terminatsioon valguahela sünteesi lõpetamine. https://nukleiinhapped.weebly.com/transkriptsioon.html 21. Geeniekspressiooni regulatsioon Geeniekspressiooni käigus avaldub geenides sisalduv pärilik materjal RNA või valguna. Geeniekspressiooni algprodukt on DNA, vaheprodukt on RNA ja lõppprodukt on valk. Selle 3 olulisemat etappi: 1
Translatsioon, tRNA ja ribosoomide ehitus Translatsioon – ehk valgusüntees on tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel toimuv valkude tootmise protsess. Valke sünteesitakse aminohapetest. Selleks, et teada, missuguseid aminohappeid tuleb ritta seada, tuleb erinevatel ensüümidel lugeda RNA molekulile kirjutatud koodi, kus igale koodonile vastab üks aminohape. Valgusüntees algab alati initrsaatorkoodoniga. Transplatsiooni etapid: 1. Tuumast tsütoplasmasse sattunud mRNA kinnitub ribosoomile, kus ta jõuab initsaatorkoodonini. Seejärel jääb ta tRNA-d ootama, kes protsessi tõlkima hakkaks. 2. Selle jaoks, et tõlkida mRNA informatsiooni on vajalik tRNA molekulide olemasolu (mRNA-l on koodon, tRNA-l antikoodon). mRNA koodonis olev AUG ühineb initsaator-tRNA antikoodoniga UAC. 3. Süsteemi siseneb järgmine tRNA (mille küljes on uur aminohape) ning ensüümide abil sünteesitakse aminohapete vahel peptiidside. Seejärel esimene tRNA lahkub
rakkudesse • Transkriptsioon protsess, mille käigus DNA-ahela järgi sünteesitakse mRNA-ahel – Rna-polümeraas seondub promootoriga, RNA-polümeraas alustab uue RNA-ahela sünteesi, värskelt sünteesitud RNA vabaneb – toimub rakutuumas – eesmärk on päriliku info avaldumine • Translatsioon on valkude süntees ehk aminohappeahela koostamine – mRNA kinnitub ribosoomile, mRNAs sisalduva info tõlgendamiseks vajatakse tRNA molekule, selle, milline aminohape tRNA külge on kinnitunud määrab antikoodon, aminohapete vahele sünteesitakse peptiidside, tRNA väljub ribosoomist, ribosoom liigub piki mRNA molekuli kuni jõutakse stoppkoodonini – toimub ribosoomides XI. Mis on aheldunud geenid? (õp.nr.3 lk. 89) • Esimese geeni avaldumine kutsub esile teise geeni avaldumise 7. Vesi a) Vee erilised omadused
Kõik ribosoomid koosnevad suurtest ja väikestest subühikutest. Toimib toesena ribosoomsetele valkudele. Transpordi RNA (tRNA) eristatakse primaar-, sekundaar- ja tertsiaarstruktuure. Sekundaarne struktuur moodustub 4 kaksikhelikaalset domeeni, kolm lõppevad ''juuksenõela'' silmusega ja neljas ''tüvega''. Tertsiaarve L-kujuline struktuur moodustub H-sidemete abil. Iga aminohappe jaoks on vähemalt üks unikaalne tRNA, mis kannab selle aminohappe ribosoomile XII METABOLISMI ÜLDPÕHIMÕTTED (Õpik lk 205-237) 1. Seedimise etapid. Valkude, süsivesikute ja rasvade lagundamise etapid, põhiensüümid ja produktid. Rakusignaalid energiatasakaalu hoidmiseks. Seedimine toidu ümbertöötlemine biomolekulideks I etapp toidu suured molekulid lagundatakse väiksedmateks koostisosadeks: valgud aminohapeteks, polüsahhariidid lihtsuhkruteks, rasvad rasvhapeteks.
kloroplastide stroomas. Ribosoomid on rRNA ja valkude kompleksid, mis liiguvad mööda mRNA, juhivad mRNA ja aminoatsüül-tRNA interaktsioone ja katalüüsivad peptiidsideme teket aminohapete vahel. Eukarüootsed ribosoomid on väiksema ehitusega ning sarnanevad eukarüootide mitokondri ja kloroplasti ribosoomidele. Translatsioon · Initseerimine mRNA ja aminoatsüül-tRNA seotakse ribosoomile · Elongatsioon peptiidsidemete süntees, mille käigus aminoatsüül-tRNAad lisanduvad ribosoom- mRNA kompleksi ja polüpetiidahel kasvab ühe aminohappejäägi võrra. Ühe peptiidsideme sünteesiks on vaja 4 GTP või ATP hüdrolüüsi energiat. · Terminatsioon leiab aset kui jõutakse stopp-koodoni juurde Pärast translatsiooni ribosoom laguneb subühikuteks. Sünteesitud valgud pakitakse kokku (vajalik tsaipronite juuresolek) ja modifitseeritakse
(positiivne ahel) 3’ otsaga (-CAAoh) mis on selle valgu puudumisel dupleksis lähedal asuvate G-jääkidega. IFQ harutab selle juuksenõela lahti ja vabastab 3’ otsa. Replikatsioon QB replikaas seondub RNA-ga kahes sisemises saidis (S ja M): Interaktsioon S- saidiga on vajalik ribosoomide väljatõrjumiseks maatriksist. Seda vahendab subphik 1(S1 valk , selle valgu loomulik funktsioon on translatsiooni initsiatsiooni käigus seondada mRNA ribosoomile; S- sait vastab kattevalgu translatsiooni alguspunktile , seega funktsioneerib S1 valk viiruse RdRp-s samamoodi kui ka ribosoomis). See on ka põhjuseks miks S1-valk on vajalik aiult negatiivse RNA sünteesiks. Interaktsioon M-saidiga on replikatsiooniks absoluutselt vajalik. M-saidiga seondunud replikaasi aktiivtsenter asub kontaktis genoomi 3’- otsaga. Seega on replikatsiooni initseerimiseks oluline pigem RNA ruumiline struktuur. Kuna
on geneetiliselt määratletud. On aluseks kõikide kõrgemat järku struktuuride moodustamisele. Siduvaks sidemeks on peptiidside, teised sidemed esinevad ebakorrapäraselt. Valgusüntees · Sünteesi initsieerimise käigus seostub ribosoom oma valkude abil mRNA-ga viimase 5 ´-otsa lähedal. Polüpeptiidahela süntees algab N-otsast, st mRNA loetakse suunas 5´- 3 ´ · Aminohapetes tekib aminoatsüül-tRNA sünteesi ja ATP toimel aktiivvorm mis trantsporditakse ribosoomile, seostub seal sidumiskohtadega ning tRNA antikoodoni ja mRNA koodoni komplementaarsus paneb paika õige aminohappejäägi. Ribosoomivalkudel on peptiidsidet tekitav ensüümaktiivsus. Ahela pikenemist soodustavad tsütoplasma valgulised pikendamisfaktorid. · Kui mRNA lugemine jõuab stoppkoodonini, peatub polüpeptiidahela süntees. Peatumises ja polüpeptiidahela vabanemises ribosoomilt osalevad tsütoplasma valgulised termineerimis-/vabastusfaktorid
EF-Tu.GTP.aa-tRNA kompleksid seonduvad ribosoomi A saidiga juhuslikult ja ainult nende kompleksidega, millel tekib koodon-antikoodon äratundmine (tRNA antikoodon on komplementaarne mRNA koodoniga), tekib stabiilne seondumine, mis omakorda indutseerib GTP hüdrolüüsi EF- 24 Tu'l. EF-Tu seondub aa-tRNA aktseptoorse õla ja 3'otsaga nii, et aminohape on kolmik-kompleksis kaitstud st. ei ole ribosoomile kättesaadav. Seni kuni ribosoomis on EF-Tu ei saa aa-tRNA osaleda peptiidsideme moodustumisel kuna aa-tRNA 3' ots ja aminohape on seotud EF-Tu'ga. See asjaolu hoiab ära peptiidsideme moodustumise "vale" aminohappega. Alles peale EF-Tu sõltuvat GTP hüdrolüüsi ja EF-Tu.GDP kompleksi lahkumist ribosoomidelt saab toimuda peptiidsideme süntees. EF-Tu lahkub ribosoomist GDP vormis ja enne järgmise aa-tRNA sidumist peab toimuma nukleotiidi vahetus - GDP asendub GTP'ga
välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)? Nimetage selle kursuse raames käsitletud funktsioone/organelle/ensüümikomplekse, kus RNA on osaline. RNA aitab moodustada sekundaarstruktuure, transportida valke ER-i, osalevad X kromosoomi inaktivatsioonil ja telomeeride sünteesis. rRNA ribosoomide struktuuriüksus, katalüüsib valkude sünteesi tRNA transpordib RNA ribosoomile. snRNA osaleb splaissingus siRNA võimelised geeniekspressiooni välja lülitama. 34. Kui suure osa inimese genoomist moodustavad valke kodeerivad järjestused ehk eksonid? Mis on pseudogeen? Eksonid moodustavad 1,5%. Pseudogeen on introniteta ja promootoriteta, ei ekspresseeru. (mRNA pöördtranskripteeritud molekul) Pseudogeen on mRNA pöördtranskripteeritud molekul, ei ekspresseeru, puuduvad intronid ja promootorid. 35
40S väike subühik: 18S rRNA (1900 nukleotiidi)- 33 valku mRNA ja tRNA seostumiskohad ribosoomis. mRNA molekuli transleerimise etapid. mRNA seostub ribosoomi väikese subühiku peale. tRNA on kolm seostumiskohta suure ja väikese ribosoomi subühiku vahel. Translerimise etapid: E- exit site, P- peptidüül tRNA site, A- aminotsüül- tRNA site) Ribosomaalsete RNA-de funktsioonid. Ribosüümi mõiste. Ribosoom koosneb 2/3 RNA-st ja 1/3 valkudest. rRNA-d (kuid mitte valgud) annavad ribosoomile struktuuri, aitavad siduda tRNA mRNA-le ja katalüüsivad peptiidsidemete teket, seega käituvad kui ensüümid (ribosüümid). Valgusünteesi algatamiseks ja lõppfaasiks vajalikud komponendid ja struktuurid eukarüootides. I etapp( initsiatsioon): Ribosoomi väikese subühiku P sitei kinnitub initsiaator tRNA (Met).tRNA-le kinnitub eIF2 (eukarüoodi algatusfaktorid (ingl.k. eukaryotic initiation factors). eIF4E ja eIF4G - eukarüootide translatsiooni algatusfaktorid (asuvad mRNA cap
ja ribosoomid on läbinud valgusünteesi ribosoomi tsükli. Valku hakatakse sünteesima N-terminaalsest otsast C-poole. Initsiatsioon Peab olema koodon, millelt valgusüntees algab. (Transkriptsioonis oli promootor). osalevad lisaks ribosoomidele ka valgulised initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Järgnevalt prokarüootide initsiatsioon. Ribosoom peab seostuma mRNA-ga, leidma üles startkoodoni ja initsiaator-tRNA (peavad ka seostuma ribosoomile). Initsiatsioon ei lõppe enne kui on esimene peptiid sünteesitud. Esinevad 23 initsiatsioonifaktorid, kui tähtsaim on IF-2 – suur valk, mis moodustab kompleksi fMet-tRNA (initsiaator-tRNA) ja GTP-ga → see kompleks seostub ribosoomi väiksemale subühikule. IF-3 takistab mittetranskribeeruvatel ribosoomidel kokku minna, seostub väiksema subühikuga ja ei lase neil kokkuseonduda kui translatsioon pole alanud. Takistab 50S subühiku seondumist
bakteritel steroolid puuduvad. Valgu sünteesi pärssimine (III) Valgu sünteesi pärssimise korral on antibiootikumide ründepunktid erinevad: §Tetratsükliin takistab tRNA seostumist 30S ribosoomiga ja 30S initsiatsioonikompleksi moodustamist (bakteriostaatiline) §Aminoglükosiidid takistavad valgu süntees seostudes 30S ja vähem 50S ribosoomiga - koodi valesti lugemine (bakteriotsiidsed) §Klooramfenikool, makroliidid, klindamütsiin takistavad 50S ribosoomile seostudes peptiidahela korrektset moodustumist translatsioonil (bakteriostaatilised) Nukleiinhapete sünteesi pärssimine (IV) § DNA replikatsiooni takistamine toimub topoisomeraas I ja güraasi pärssimise kaudu - takistatud supercoling (nalidiksiinhape, ciprofloksatsiin, ofloksatsiin). § DNA-st sõltuva RNA polümeraasi inhibeerimine - rifampitsiin seostub polümeraasiga, transkriptsioon seiskub. § DNA fragmentatsioon - metronidasooli redutseerimine ensüümi
termineerivad polüpeptiid ahela . Nõrk side(Wobble) tRNA antikoodonis, mis tähendab, et kolmas nukleotiid on kõige nõrgem ja paardub vähemspetsiifiliselt. Kood ei kattu ja seda loetakse ilma vaheta 3-kaupa. Kood on universaalne. Kogu elusloodus on ühesuguse geneetilise koodiga. See on tõestus evolutsioonist. Valgu süntees toimub ribosoomidel. mRNA transleeritakse 5' suunas 3'. ProtValk sünteesitakse N-terminuselt C-terminusele . A/h seob tRNA, mis transpordib selle ribosoomile: Spetsiifiline seondumine tRNA-ga; Komplementaarne aluste paardumine mRNA koodoni ja tRNA anti-koodoni vahel. mRNA tunneb ära tRNA anti koodoni, mitte a/h. Translatsiooni 4 staadiumi: tRNA aktiveerimine; Initsiatsioon; Elongatsioon (aminoatsüül tRNA sidumine ribosoomiga , Peptiidsideme moodustumine a/h vahel, Ribosoomi liikumine järgmisele koodonile); Terminatsioon. tRNA aktiveerimine(aminoatsüleerimine): A/h ühineb tRNAs aminoatsüül-tRNA süntetaasi abil. Kasutab ATP energiat
materjal jõuab valgu kujule, intronid lõigatakse RNAst splaissingu käigus välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)? Nimetage selle kursuse raames käsitletud funktsioone/organelle/ensüümikomplekse, kus RNA on osaline. RNA aitab moodustada sekundaarstruktuure, transportida valke ER-i, osalevad X kromosoomi inaktivatsioonil ja telomeeride sünteesis. rRNA ribosoomide struktuuriüksus, katalüüsib valkude sünteesi tRNA- transpordib RNA ribosoomile. snRNA osaleb splaissingus siRNA võimelised geeniekspressiooni välja lülitama. 34. Kui suure osa inimese genoomist moodustavad valke kodeerivad järjestused ehk eksonid? Mis on pseudogeen? Eksonid moodustavad 1,5% Pseudogeen on introniteta ja promootoriteta, ei ekspresseeru. (mRNA pöördtranskripteeritud molekul) 35. Millised kromosoomi osad liigitatakse kõrgelt korduva DNA hulka? Kust tuleneb nende nimetus ,,satelliit-DNA"? Tsentromeerid ja telomeerid
● miRNA – mikro RNA (microRNA). Väikesed, 20-25 nt. Reguleerivad geenide avaldumist (mõjutab mRNA aktiivsust ja stabiilsust) 26. Kirjelda RNA protsessingu kolme peamist osa Esineb eukarüootides. ● mRNA esmase transkripti 5’-otsa müts (cap), tagurpidi RNA 7-metüülguanosiin-5’-müts. Side on 5’-5’ fosfaatside. Lisatakse elongatsioonil. Funktsioon on kaitsta lagundamise eest (ribonukleaasid), olla signaalmolekul transpordil ning anda märku ribosoomile, kus on õige koht alustada translatsiooni. ● mRNA splaissing Intronite kõrvaldamine geeni splaissingul. Teatud regioonid lõigatakse välja lariaat-struktuuri abil. Eksonid - järjestuse osa, mis jääb alles. Intronid - väljalõigatud järjestuse osad. ● mRNA polüadenüleerimine Lisatakse ahela 3’ otsa polü(A) saba (polüadenüleerimine). Teostatakse polü(A)-polümeraasi abil
liiderpeptiidi translatsioon 9-nda koodoni juures, mille tulemusena regioon 2 paardub hoopis regiooniga 3 ning erm geeni translatsiooni pärssivat sekundaarstruktuuri ei moodustu. Lugemisraami nihkumine (translational frame shifting) ja ribosoomide hüppamine translatsiooni elongatsioonil Arvatakse, et valgusünteesi ümberlülitamine ühelt lugemisraamilt teisele (lugemisraami nihkumine) toimub kohtades, kus translatsiooni elongatsioon korraks peatub, andes ribosoomile võimaluse mRNA-l "libiseda". Mõne polüpeptiidi sünteesil toimub ühelt lugemisraamilt teisele nihkumine kindlates kohtades kõrge sagedusega. Lugemisraami muutumist translatsiooni käigus on kirjeldatud näiteks DNA polümeraasi III subühikute sünteesil. Bakteris E. coli kodeerib DNA polümeraasi III tau ja gamma subühikuid dnaX geen. Tau subühik koosneb 643-st aminohappest ja on transleeritav ühe lugemisraamina. Positsioonides 428
sisuliselt on A ja G-rikas järjestus (AGGAGG), siis RsmA seondub Shine-Dalgarno järjestusele ja takistab ribosoomi seondumist mRNAle, pärssides translatsiooni initsiatsiooni. RsmA võib ka soodustada mRNAde translatsiooni, sellisel juhul asub RsmA seondumisjärjestus Shine-Dalgarno järjestusest eemal, tihti on seotud aktiveeriv toime mRNA sekundaarstruktuuri avamisega, mille tulemusel Shine- Dalgarno järjestus muutub ribosoomile kättesaadavaks. Tavaliselt RsmA pärsib hulgatunnetuse signaalmolekulide sünteesi, millest tulenevalt inhibeeritakse ka patogeneesiks vajalike faktorite süntees, nagu püotsüaniid (phz), vesiniktsüaniid (hcnABC), elastaas (lasB), ja lektiin (lecA). RsmA reguleerib positiivselt lipaasi (lipAH) ja ramnolipiidide (rhlAB) sünteesi ja seeläbi liikumist. GacS-GacA süsteem on seotud P. aeruginosa antibiootikumitundlikkusega. Kuigi täpne mehhanism on teadmata, on nähtud, et P
annaabi.ee 
