Bioinformaatika arvestus ül (0)

5 VÄGA HEA

Lõik failist

Kristina Raud
YAGB -41
060290
10.04.07

Bioinformaatika ülesanded

Fülogeneetilised puud.

DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ).

Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit.
1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG
2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG
3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG
4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG
5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA
Vastus:
A
B
C
D
B
9
C
2
11
D
4
11
4
E
5
12
5
3
AC
B
D
B
10
D
4
11
E
5
12
3
AC
B
B
10
DE
4,5
11,5
ACDE
B
10,75

Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit.
Vastus:

A
B
C
D
B
9
C
2
11
D
4
11
4
E
5
12
5
3
r(A)=9+2+4+5=20
r(B)=9+11+11+12=43
r(C)=2+11+4+5=22
r(D)=4+11+4+3=22
r(E)=5+12+5+3=25
n=5

M

A
B
C
D
B
-12
C
2-14= -12
11-21,7= -10,7
D
4-14= -10
11-21,7= -10,7
4-14,7= -10,7
E
5-15= -10
12-22,7= -10,7
5-15,7= -10,7
3-15,7= -12,7

Teiste terminaalsete punktide vahekaugused:
dAU =(dAD+dEA - dDE)/2=3
dBU=(dBD+dBE-dDE)/2=10
dCU=(dCD+dCE-dDE)/2=3
d
A
B
C
B
9
C
2
11
U
3
10
3

Järgmine kaugusmaatriks:
r(A)=9+2+3=14
r(B)=9+11+10=30
r(C)=2+11+3=16
r(U)=3+10+3=16

n=4

M

A
B
C
B
9-22=-13
C
2-15= -13
11-23=-12
U
3-15= -12
10-23=-13
3-16=-13

dBU1=(dBA+dBC-dAC)/2=9
dUU1=(dUA+dUC-dAC)/2=2
d
AC (U1)
B
B
9
U
2
10
Järgmine kaugusmaatriks:
r(U1)=9+2=11
r(B)=9+10=19
r(U)=2+10=12

n=3
M
AC (U1)
B
B
9-30=-21
U
2-23=-21
10-31= -21

dU1U2=(dU1B+dU1U-dBU):2=(11-10)/2=0,5
AC (U1)
BU (U2)
0,5

Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu .
Vastus:
1)A ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG
2)B ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG
3)C ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG
4)D ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG
1.
2.

3.

4.
Sama on võimalik ka A ja T puhul.

Võrrelda tulemusi.
Vastus:
Juurteta puu näitab ainult evolutsioonilisi kaugusi, kuid juurtega

Lae alla, et näha rohkem ▪ ▪ ▪

100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.

~ 21 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2012-11-01 Kuupäev, millal dokument üles laeti

38 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

Mumm Õppematerjali autor

Bioinformaatika ülesanded koos lahenduste ja vastustega

Fülogeneetilised puud Bioinformaatika raud matrix formaat kvantitatiivne

Kasutatud allikad

Sarnased õppematerjalid

doc

Bioinformaatika ülesanded II - Fülogeneetilised puud.

olema PHYLIP formaadis: 1. MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme: a. DNAPARS b. DNAPENNY c. DNAMOVE d. Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE). Joonistamisel tuleb valida Bitmapi formaat resolutsiooniga 640 ja 400. 2. Kaugusmeetodite kasutamisel moodustada kõigepealt kaugusmaatriks kasutades DNADIST ning puud arvutada järgmiste programmidega: a. FITCH b. KITSCH c. NEIGHBOR d. Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE). 3. ML meetodi kasutamisel teha kõigepealt MSA-le bootstrapping

Bioinformaatika