Bioinformaatika ülesanded Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW). 1. BLAST programmide kasutamine tundmatu valgujärjestuse identifitseerimiseks või sarnaste valgujärjestuste leidmiseks (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Programmide kasutamisel tutvuda tutorialite ja juhenditega!!! (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html). a. Otsida sarnaseid järjestusi antud valgujärjestusele. Valida sobiv programm vastavalt NCBI juhendile valgujärjestuse võrdlemiseks valgujärjestuste seast. Valida otsimiseks Refseq andmebaas, sooritada otsing, tulemuste formaat 500 joondamise jaoks. GTESPLLTDPSTPNFFWLAWQARDFMSKKYGQPVPDRAVSLAINSRTGRTQNHFHIHISCIRPDVRKQLDNNLAN ISSRWLPLPGGLRGHEYLARRVTESELVQRSPFMMLAEEVPEAREHMGRYGLAMVRQSDNSFVLLATQRNLLTLN RASAEEIQDHQCEILRMRHPLVMGNWKLNGSRHMVHELVSNLRKELAGVAGCAVAIAPPEM...
Bioinformaatika ülesanded Järjestuste paaride joondamine (dot-plot, dünaamiline programmeerimine, skoorid). 1. Milliste ülesannete lahendamisel on vajalik järjestuste joondamine? 2. Kasutada suvalist dot ploti visualiseerimise programmi (näiteks DotMatcher http://mfgn.usm.edu/cgi-bin/emboss.pl?_action=input&_app=dotmatcher või DotPlot'i applet http://arbl.cvmbs.colostate.edu/molkit/dnadot/index.html). Leida järgnevate nukleotiidsete järjestuste paaride sarnased piirkonnad erinevatel raami suurustel ja sarnasuse piirväärtustel raam = 1, lim = 0. Leida kõik suuremad sarnased piirkonnad varieerides raami ja piirväärtuse suurust, põhjendada tulemuste seost parameetrite väärtustega. Millise nähtusega võiks tegemist olla? · atgttgatgattaaaggaattatttttgatatggacggtgttttatttgatacagaacctttttatctgaggcg acgagaagatttttttaagacaaagggaattcccatt...
Kristina Raud YAGB-41 060290 10.04.07 Bioinformaatika ülesanded Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA Vastus: A B C D B 9 C 2 11 ...
Bioinformaatika 5 Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs 1. KEGG-i kasutamine (http://www.genome.jp/ a. Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas. Escherichia coli glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40 b. Leida vastavad geenid KEGG-i entry numbrid, geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil. Aldolaas : Escherichia coli K12 MG165...
VAADELDAV VALK: Forkhead box protein O3 Transkriptide võrdlus Homo Sapiens FoxO3 järjestusega Kattuvad Organism Järjestuse ID Pikkus järjestused Identsed alused Tühikud Pan troglodytes Simpans ref|XM_003311514.2| 7946 1 7076/7133(99%) 18/7133(0%) Sumatra Pongo abelii Orangutan ref|XM_002817219.2| 7812 1 7190/7343(98%) 46/7343(0%) Gorilla gorilla gorilla Gorilla ref|XM_004044495.1| 7595 1 7024/7175(98%) 73/7175(1%) Macaca mulatta Reesusmakaak ref|XM_001093593.2| 7300 1 7079/7328(97%) 66/7328(0%) Papio anubis Anubis baboon ref|XM_003898343.1| 7775 1 7094/7353(96%) 60/7353(0%) Dasypus 4216/4873(8...
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24486593 Inimese FoxO3a ekspressiooni vähenemine põhjustab neerurakkudes kartsinoomi teket ja kasvajarakkude metastaasi. 2. Pikkus 7341 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, lookuses NM_201559. Komponendid: 176-178 upstream in-frame stopp-koodon, arvukalt fosforüleerimis- ja metüleerimissaite, 1040-1093 tuumalokalisatsioonisignaal, 7320-7325 ja 7341 polüadenüleerimissait. 3. Pikkus 124,947 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, vahemikus 108 559 823- 108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest saitidest, mis Homo sapiensi FoxO3a. Fox...
docstxt/1419191184674.txt
Bioinformaatika ülesanded II Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA b. Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit. c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võ...
TARTU ÜLIKOOL LOODUS- JA TEHNOLOOGIATEADUSKOND MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA INSTITUUT Koostu tegemine algusest peale: mida iga bioloog peaks teadma Referaat TARTU 2014 Sissejuhatus Esimene täielikult sekveneeritud genoom kuulub bakteriofaagile -X174. Edukas viirusegenoomi DNA järjestuse kindlaks tegemine kannustas ette võtma mahukamaid projekte ja üks kulukamaid nende seas on ,,Inimese genoomi projekt" (HGP, inglise keeles the Human Genome Project). Tänaseks on välja töötatud järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodid (NGS, inglise keeles next-generation high-throughput sequencing), mis nõuavad üha vähem ajalisi ja rahalisi ressursse. Selline soodus olukord on vallandanud sekveneerimisbuumi, mis on tõstatanud uue probleemi mida teha saadud andmetega? Üha rohkem tuntakse vajadust sekveneeritud DNA järjestusi analüüsida ja tõlge...
Kodune kontrolltöö bioloogias 1. Bakterid keskkonna puhastajatena - Bakterid on ühed parimad puhastajad looduses. On teada et bakterid aitavad lagundada surnud osakesi. Näiteks kui looduses sureb mõni loom siis just bakterid on need, kes aitavad selle korjuse ära lagundada ja täpselt sama teevad bakterid kõikide teiste biomaterjalidega nagu näiteks puulehed, puuoksad, prügi jne 2. Bioinformaatika - on rakendusmatemaatika haru, mis tegeleb molekulaarbioloogia arvutuslike probleemidega. Kuigi bioinformaatikat määratleti selle termini loomisel kui infoteooria rakendamist biosüsteemide uurimisel, kujunesid sellenimelise valdkonna peamiseks tegevusalaks genoomika probleemid. 3. Funktsionaalsed toiduained - Funktsionaalne on selline toit, mille puhul on üheselt tõestatud, et lisaks toitelistele põhifunktsioonidele on tal mingit
haiguste geneetilise tagapõhja teadmiseks); põllumajandus (suurendada saagikus, vähendada toidutaimed tundlikust keskkonnatingimustes, parandada toiteväärtust ning toidu maitset ja välimust, vähendada vajadust väetiste ja taimekaitsevahendite vastu); korrakaitse (kahtlusaluste tuvastamine kehavedelike kaudu); keskkonnakaitse (mikroorganismidega seotud muudatused); bioinformaatika (viiruste nakkusohtlikust uuritakse); nanobiotehnoloogia (ränikiipide asemel DNA põhised) Geenitehnoloogia rakendamisega kaasnevad probleemid Geenmuundatud toit - toit, mille tooraineks on kasutatud geneetiliselt muundatud organisme Herbitsiid – umbrohumürk Geneetiline mitmekesisus - liigisisesed pärilikud erinevused Aretuse negatiivne pool: geneetilise mitmekesisuse vähenemine, mis põhjustad suureneva isendite haigestumise; looduslik taimesort tõrjutakse välja
Farmakogenoomika- inimestele sobivad ravimid. 10. Milliseid töökohti leidub geenitehnoloogile keskkonnauuringute vallas? Keskkonna puhastamisel saab geneetiliselt muundatud mikroorganismidega kõrvaldada näiteks õlireostust. 11. Kuidas kasutatakse geenitehnoloogiat kohtumeditsiinis? Kasutatakse kohtumeditsiinis isaduse tuvastamiseks, kurjategijate ja tundmataisikute laipade identifitseerimiseks 12. Milliste teadusharude meetodeid kombineerib bioinformaatika? Matemaatika, andmetöötlus ja statistika meetodid. 13. Mida uurib proteoomika? Organismide valkude komplekte. 14. Millised on kõige kiiremini arenevad biotehnoloogia valdkonnad? · Tervishoid - üheks haruks on kujunemas bioterrorismi eest kaitse ning vastavad ennetamise ja tõrjumise tehnoloogiad. · Põllumajandus - keskkonnakaitses ja toiduainetetööstuses kasutatavaks biotehnoloogiaks. · Traditsiooniline tööstus - keemiatööstuses,
1. Mis on ja mida uurib genoomika Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomi kaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika),Geenide identifitseerimise, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemid jne. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud)"Sussmann, 2006. "Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni." Smit 2006. 3. Genoomika suundumused ja probleemid Paradigmade muut on viinud genoomika: 1. Strukturaalsetest uuringutest funktsionaalsetele. 2.Geenikaardi põhiselt geenide tuvastamisest järjestuspõhilisele. 3.Haiguste etioloogia (põhjusest) uuringutest patogeneesi uurimise...
52. Too näiteid evolutsiooni põhimõtete rakendamisest meditsiinis. Uurida, mõista ja ravita haigusi; antibiootikumiresistentsus; parasiidi võilemiseks 53. Milliste katseobjektide peal on võimalik evolutsiooni katseliselt uurida ? Bakterite ja äädikakärbeste peal – kiire areng ja paljunemine 54. Millised on peamised evolutsiooni eitamise põhjused ? Ei süvenetta tõendidesse ja teooriatesse ning usuline lahkheli 55. Mõisted: fülogeneesipuu, bioinformaatika, pseudoteadus, kreatsionism. Fülogeneesipuu – evolutsioonilised seosed liikide vahel Bioinformaatika – tegeleb molekulaarbioloogia arvutuslike probleemidega Pseudoteadus – tegevusvaldkonnad ja väited, mis eistakse faktidena kuid ei kuulu teaduse alla Kreatsionism – õpetus, mille kohaselt on elu looja Jumal
1. Viiruste ehitus Viiruspartikli südamiku moodustab pärilikkusaine, mis on nukleiiinhape DNA või RNA. Nukleiinhapet nim. viiruse genoomiks. Viirusgenoomi DNA või RNA võib ola kahe-või üheahelaline. Pärilikkusainet ümbritesevad valgud, mis moodustavad kaitsva kapsiidi. Kapsiidi peal võib veel olla lipiididest ja valkudest ümbris. Kapsiidi või ümbrise pinnal asuvad valgud, mis tunnevad ära viiruse paljunemiseks oleva märklaudraku. 2. Viiruste lüütiline ja lüsogeenne tsükkel Lüütiline: 1)Nakatumine-viiruse antiretseptorid hakkuvad raku membraani retseptoritega 2)Viiruse DNA/genoom siseneb rakku 3) Viiruse DNA replikeerub 4)Transkriptsioon viirusegeenidelt 5)Sünteesitakse viirusvalgud 6)Viirusosakesed pakitakse 7)Rakk lüüsub 8)Otsastpeale Lüsogeenne: 1) Algab samuti nakatumisega. Viiruse DNA lülitub peremeesraku genoomi. Transkriptsiooni ei toimu, viirusosakesi ei teki. Kui rakk pooldub, replikeeri...
ensüümikombinatsioone, mis produtseerivad erinevaid ioone näit. amidaasid, dekarboksülaasid, esteraasid, fosfataasid ja nukleaasid. *** Optiliste biosensorite hulka kuuluvad ka mitmesugused ühekordse kasutamisega testribad. Näiteks glükoosi hulga mõõtmiseks veres ja ka uriini analüüsideks. Esimesel juhul on testribale immobiliseeritud ensüümid: glükoosi oksüdaas ja mädarõika peroksidaas koos kromogeeniga (värvust muutva ainega). 10. Bioinformaatika. Proteoom; proteiinide andmepank (Protein Data Pank) Bioinformaatika on suhteliselt uus interdistsiplinaarne teadussuund, mida võib määratleda kui ühenduslüli bioloogia ja arvutiteaduste vahel. Selle alaga tegelevad inimesed omavad enamasti kas bioloogia või arvutialast baas-haridust. Teist ala nad õpivad tavaliselt lahendades konkreetseid ülesandeid ja kasutades teise valda jäävaid töövahendeid. Mõiste "bioinformaatika" ei ole hästi defineeritud. Sellega seondub
korrapäraseks. GPU kasutab sorteerimise võrke. · Otsimine - programmeerija leiab üles teatud elemendi, kuid GPU ei otsi individuaalselt elementi vaid teostab otsinguid paralleelselt. GPGPU Referaat 2010 4. GPU KASUTUSALAD Siin on välja toodud mõned kasutusalad,kus GPU'd kasutatakse: · Kliimauuringud · Kvantmehaanikaga füüsika · Molekulaarsed mudelid · Bioinformaatika · Signaalitöötlus · Krüptograafia ja krüptoanalüüs GPGPU Referaat 2010 KOKKUVÕTE Kui enamjaolt kasutatakse arvutusteks CPU-d, siis üllatuslikult ilmneb, et GPU saab teatud ülesannete puhul sama tööga kümneid või sagu korda kiiremini hakkama. Kaasaegsed GPU-d on ülivõimsad,sisaldades sadu CPU-sid. 3D graafika on olemuselt paralleelne arvutusülesanne
30. die Synthese- süntees 31. die Labormethod, -en laborimeetod 32. tierische Zelle- loomarakk 33. die Ribosomen- ribosoomid 34. die Morphologie, -n morfoloogia 35. der Embryo- embrüo 36. die Mutagen, -e - mutageen 37. die Klonierung, - en - kloneerimine 38. das Protein- valk 39. abschalten- vigastama 40. die Genome, -en - genoom 41. die Infektionskrankheit, -en - infektsioonihaigus 42. die Hybridisierungsprobe, -en - hübriidproov 43. der Wirkstoff- e - toimeaine 44. die Bioinformatik- bioinformaatika 45. der Stoffwechsel,-e - ainevahetus 46. der Antibiotika, -en - antibiootika 47. der Struktur, -en - struktuur 48. der Wirkungsmechanismus, -en - toimemehhanism 49. der Peptid, -e - peptiid 50. die Mutasynthese,-en - mutasüntees 51. mikrobielle- mikroobiline 52. der Fasertyp,- e - kiud 53. der Kofaktor, -e -kofaktor 54. die Pathologie- patoloogia 55. der Diagnostik- diagnostika 56. der Pseudotumor, -en- pseutotuumor(kasvaja) 57. genetisch- geneetiliselt 58. die Blutzelle, -en -vererakk 59
Mis on Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu? Eesti Geenivaramu näol on tegemist maailma ühe suurema tervise- ja geeniandmete kogu loomisega. Kogutavad tervise-, sugupuu- ja geeniandmed on hindamatu uurimismaterjal paljude riikide teadlastele. Nii on uute avastuste juures alati ka Eesti spetsialistid. Eesti Geenivaramu projekti edu aitab kaasa mitme teadusharu arengule: inimese geneetika, bio- ja geenitehnoloogia, bioinformaatika, farmakogeneetika, proteoomika. Kes on geenidoonor? Vastavalt Inimgeeniuuringute seadusele on geenidoonor inimene, kes annab vereproovi ja kelle kohta koostatakse terviseseisundi kirjeldus. Eesti Geenivaramu Esimesed geenidoonorid Esimeste geenidoonorite andmed jõudsid Geenivaramusse 2002. aasta oktoobris. Andmekogu, mis suureneb iga päevaga, võimaldab kogutud andmeid teadusuuringutes juba kasutada. Geenidoonor Geenidoonoriks võivad saada kõik inimesed alates 18
seisukohale, et PSA ei ole kasvajaspetsiifiline marker, vaid pigem eesnäärme koespetsiifiline antigeen. Hoolimata mitmetest vastuolulistest seisukohtadest selle kasutamise kohta, on PSA siiski laialdaselt kasutusel olev biomarker eesnäärme funktsiooni ja kahjustuse hindamisel. [7] Viimasel aastakümnel oli tehtud suur samm analüütilises ja molekulaarses bioloogias. Avastati ja uuriti paljusid onkogeene, tuumor-suppressor geene. Hiljutised saavutused üle-genoomsete uuringute,proteoomika ja bioinformaatika vallas avaldavad suurt mõju uutele vähi biomarkerite avastamisele ja uurimisele. Tänapäevased tehnoloogiad on võimelised läbi viima suuremahulisi paralleelseid analüüse. Niisugune analüüs aitab tuvastada iseloomulikke seaduspärasusi ja identifitseerida korraga mitu markerit. Selline strateegia on nüüd valitud uute vähi biomarkerite otsimiseks.[6] Vähi biomarkerite rakendusi[muuda | redigeeri lähteteksti] · Vähi geneetilise eelsoodumuse hindamine
Elurikkuse informaatika valdkond EI tegeleb üksikindiviidi, populatsiooni, taksoni ja nendevaheliste suhete kohta käiva informatsiooni kogumise, talletamise, toimetamise, otsimise ning analüüsiga. EI hõlmab erinevates uurimisvaldkondades loodud informatsiooni: (molekulaarne) süstemaatika, evolutsioonibioloogia, populatsioonibioloogia, käitumisteadused, sünökoloogia jm. EI on osa bioloogilisest informaatikast, mis asetseb keskkonnainformaatika ja bioinformaatika (genoomika ja proteoomika) vahel ning kattub nendega osaliselt. EI moodustab bioloogiateaduste üldise infosüsteemi skeleti. Standardid TDWG - Taxonomic Database Working Group GBIF - Global Biodiversity Information Facility DNA triipkood: uus metoodika, mis kasutab kokkulepitud nn. standardgeeni lühikest DNA järjestust liikide molekulaarseks määramiseks. Liikide määramiseks mõeldud uus globaalne standard.
Taime-ja loomaaretus Korrakaitse-kohtumeditsiin Biotehnoloogia rakendusvõimalused Põllumajanduses ja toiduainetööstuses-kultuurtaimede omaduste parandamine, toiteväärtus,GMO. Funktsionaalsed toiduained. Puidu ja keemiatöösuses Energeetikas Materjaliteaduses Arstiteaduses Nanotehnoloogias Keskkonnakaitses Bioinformaatika Geneetika Nanobiotehnoloogia 3.1 Mendeli seadused Alleelid-ühe ja sama geeni erinevad variandid Homosügoot-organism, kelle homoloogilistes kromosoomides asuvad geeni identsed alleelid Heterosügoot-organism, kelle homoloogilistes kromosoomides asuvad vaadeldava geeni erinevad alaaliad. Mendeli 1 seadus ehk ühetaolisuse seadus Homosügootsete vanemate ristamisel saadakse esimese järglaspõlvkonnas genotüübilt identsed (ja fenotüübilt sarnased) järglased.
levimisest ja heterosigoodide hulgast alas aitavad neid haigusi ennetama. Kui on teada haigestumise sagedus popullatsioonis, võib kasutada Hardi-Weinberg’i valemit, et uurida genotüübide ja fenotüübide sagedust: p 2 + 2pq + q2 = (p + q)2 Kui on vaja määrata kindlaks ja kinnitama haigestumise tüübi, siis kasutatakse hii-ruudu meetodit: kus O – oodatav, ja J on jälgitav tervete või haigete hulk perekonnas. Samuti kasutatakse ka statiistilised meetodid bioinformaatikas. Bioinformaatika sisaldab: analüüsi matemaatilised meetodid võrdlusgenoomikas, valgu kolmemõõtmelise struktuuri ennetamiseks algoritmide ja programmide töötlemine jm.
käitumise genoomika, strukturaalne ning funktsionaalne genoomika ja proteoomika jne; Funktsionaalne genoomika oleks DNA järjestuses leiduva informatsiooni taandamine funktsioonile ehk struktuurilt funktsioonini; Metodoloogiliseks aluseks geneetilised meetodid; Genoom on erinevate DNA (RNA) molekulide (nukleaarse, mitokondriaalse, plastiidse, plasmiidse jne.) summa mingi kindla liigi rakku(de)s. Genoomide sekveneerimise ning bioinformaatika tulemused: Aheldatusgruppide leidmine, Genoomide ehituse võrdlused, Genoomse DNA, EST-de ja cDNA-de kombineerimine > valkude iseloomustamine, Geeniregulatsiooni alused, Evolutsiooni, ligitekke ja fülogeneesi alused, Liigisiseste genoomsete variatsioonide ja neist tulenevate erinevate fenotüüpide tuvastamine (HapMap). Viie peamise metodoloogia areng genoomikas: 1956 "kromosomoloogia", 1966 somaatiliste rakkude geneetika (geenide kaardistamine, kaasasündinud ainevahetushäired, vähiga
BIOKEEMIA Mis on biokeemia? Biokeemia 2 definitsiooni: · Biokeemia on elutegevuse molekulaarseid aluseid uuriv teadus · Biokeemia on teadus elava keemilisest koostisest, komponentide muundumisest ja nende muundumiste seostest elusorganismide struktuuride spetsiifiliste funktsioonidega Biokeemia on tänapäeval tihedalt integreeritud nii loodusteaduse distsipliinidega kui ka meditsiiniga: · Molekulaarbioloogia · Molekulaargeneetika · Geenitehnoloogia · Bioinformaatika · Molekulaarmeditsiin BIOKEEMIA JA MEDITSIIN Biokeemiliste protsesside uurimine molekulaarsel tasemel aitab meil mõista nii elutegevust laiemalt kui ka aru saada patoloogilistest seisunditest: Biokeemia otsene väljund meditsiini jaoks on: · Haiguste mehhanismide tuvastamine · Haiguste diagnoos · Ravi teadusliku baasi loomine · Uute ravimite väljatöötamine ELUSAINE KEEMILINE KOOSTIS Bioelemendid: · Elavast on leitud üle 70 keemilise elemendi:
Suguline orientatsioon samast soost indiviidide suunas. 98. Homoseksuaalsuse pärandumine perekondades. Homoseksuaalsus avaldub X-liitelise retsessiivse tunnusena. 99. Homoseksuaalsuse esinemissagedus. Kuni 10% populatsioonist. Levik: 450 liiki, 200 sotsiaalset liiki. 100. Homoseksuaalse käitumise muutumine. Märgatav mõju keskkonnatingimustel, kuid nad ei põhjusta nimetatud tunnuse avaldumist, kui vastavad geenid puuduvad. XII. 101. Bioinformaatika. Rakendusmatemaatika haru, mis tegeleb molekulaarbioloogia arvutuslike probleemidega. 102. Statistilise geneetika parameetrid. Selleks, et iseloomustada valimit. Valimi keskmine X, populatsiooni keskmine, valimi modaalklass, normaaljaotus, hajuvuvus e. dispersioon, standardhälve (ruutjuur dispersioonist). 103. Statistiline analüüs. Tegemist on kas korrelatsioonanalüüsiga, regressioonanalüüsiga (enamjaolt keskkonnast mõjutatud) või
- Transgeensed taimed - Transgeensed loomad a. Tuuma mikrosüstimine b. Viiruse või tüvirakkude ülekanne c. Tuumkloonimine - Geennokauditud organismid - Tunnusnokauditud organismid 2. Geeniteraapia inimesel 3. Pöördgeneetika - Antisenss-RNA - RNA interferents (miRNA) 4. Biotehnoloogia - Bioinformaatika - Punane, roheline, sinine ja valge biotehnoloogia 4. Biotehnoloogia olemus ja toimealad biotehnoloogia (ingl. Biotechnology)- Bioloogiline tehnoloogia, mis kattub valdavas osas rakendusgeneetikaga. Punane (meditsiiniline) Roheline (taimed) Sinine (vesi) Valge (tööstus) Bioinformaatika 5. Mikroobne toit 6. Inimese kasvuhormoon
338. Homoseksuaalsuse pärandumine perekondades: ühemunakaksikud-52%, erimunakaksikud- 22%, mittesugulased- 11% 339. Homoseksuaalsuse esinemissagedus: tulemused erisugused aga arvatakse 2-10% 340. Homoseksuaalse käitumise muutumine: homoseksuaalsuse avaldumisele on märgatav mõju ka keskkonnatingimustel, kuid keskkonnatingimused ei saa põhjstada tunnuse avaldumist, kui vastavad geenid puuduvad XII 341. Bioinformaatika: geneetilise ja muu bioloogilise informasiooni talletamine ja uurimine, kasutades arvutit ja statistilisi meetodeid, esmakordselt võttis kasutusele Paulien Hogeweg 1978. Aastal; järjestuste reastamine, genoomide kokkupanek, bioloogilise mitmekesisuse määramine 342. Statistilise geneetika parameetrid: valim- mingi juhuslik osa populatsiooni isenditest, sagedusjaotus- horisontaalsel X-teljel
· Maakeral on ilmselt 100-1000 x rohkem bakteriliike, kui seni kirjeldatud on. · Organismi kõik geenid kokku geenikogum; temas kodeeritakse kõik organismi omadused; · Genoom koosneb geenidest; · Geen on DNA järjestus (nukleotiidide järjestus, lõik DNAd, piirkond DNAs), mis kodeerib kas valku või RNAd. · Valke kodeerivate geenide DNA järjestustelt on võimalik tuletada valgu aminohappeline järjestus. · Genoomide uurimisel on suureks abiks bioinformaatika. · Määratud DNA järjestusi ja valgujärjestusi säilitatakse andmebaasides, mis on enamasti avalikud ja veebi kaudu hõlpsasti kättesaadavad. Geenipank. · · · · · · · · · · · · EU- JA PROKARÜOOTSE RAKU VÕRDLUS: (loeng 3.) 10. September 2009 · · Eukarüootne rakk on ~10x suurem kui prokarüootne rakk. · Mikroobirakk sisaldab 70-85 % vett, kuivainet 15-30 %. Kui rakkudes on palju
Järgnev biokeemia areng on toimunud tihedas seoses molekulaarbioloogia arenguga, olulisemateks sündmusteks näiteks valkude struktuuri avastamine 1951 Linus Paulingi poolt ning DNA struktuuri avastamine 1953 James Watsoni ja Francis Cricki poolt. Meditsiinilise biokeemia baasteadmised on aluseks füsioloogiale, immunoloogiale, farmakoloogiale, farmaatsiale, endokrinoloogiale, molekulaarbioloogia, molekulaargeneetika, geenitehnoloogia, bioinformaatika, molekulaarmeditsiin jt uutele spetsiifilistele arengutrendidele. 2. Keemilised elemendid ja ühendid loomorganismis Põhibioelemendid põhibioelementideks on H, C, O, N, P, S (moodustavad 96...98% elusorganismide elementaarkoostisest ja nende baasil formeeruvad biomolekulid, raku orgaaniline aine). Nende ainete evolutsiooniline ,,eelistatus" tuleneb sellest, et nad annavad kergesti kovalentseid sidemeid (tugevad sidemed
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
