Bioinformaatika ülesanded II - Fülogeneetilised puud. (0)

5 VÄGA HEA

Lõik failist

Bioinformaatika ülesanded II

Fülogeneetilised puud.

DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ).

Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit.
1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG
2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG
3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG
4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG
5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA

Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit.

Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod). Koostada kõik võimalikud sugupuud (ML meetod) kasutades ainult informatiivsetest positsioonidest koosnevaid järjestusi, märkida mutatsioonide arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu.

Võrrelda tulemusi.

DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme .

Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele:

Escherichia coli K12 MG1655

Escherichia coli O157 EDL933

Salmonella typhimurium LT2

Shigella flexneri 301

Salmonella enterica serovar Paratyphi A

Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI).

Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis ( http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html , tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf ) – salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis :

MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme:

DNAPARS

DNAPENNY

DNAMOVE

Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE). Joonistamisel tuleb valida Bitmapi formaat resolutsiooniga 640 ja 400.

Kaugusmeetodite kasutamisel moodustada kõigepealt kaugusmaatriks kasutades DNADIST ning puud arvutada järgmiste programmidega:

FITCH

KITSCH

NEIGHBOR

Joonistada välja juurtega (DRAWGRAM) ja juurteta puu (DRAWTREE).

ML meetodi kasutamisel teha kõigepealt MSA-le bootstrapping (SEQBOOT) ning seejärel arvutada fülogeneetilised puud kasutades programme (mitte unustada, et meil on multiple datasets – tuleb panna sama number (replicates), mis bootstrapi tegemisel):

DNAML

DNAMLK

Konsensuspuu leidmisel kasutada programmi CONSENSE.

Analüüsida tulemusi ning võrrelda omavahel lähtudes programmide algoritmidest (juhend!).

Lae alla, et näha rohkem ▪ ▪ ▪

Bioinformaatika ülesanded II - Fülogeneetilised puud #1

Bioinformaatika ülesanded II - Fülogeneetilised puud #2

100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.

~ 2 lehte Lehekülgede arv dokumendis

2012-11-01 Kuupäev, millal dokument üles laeti

42 laadimist Kokku alla laetud

0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid

Mumm Õppematerjali autor

Bioinformaatika teise kodutöö ülesanded ja vastused koos lahendustega:Fülogeneetilised puud

Fülogeneetilised puud bioinformaatika

Kasutatud allikad

https://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

Sarnased õppematerjalid

doc

Bioinformaatika arvestus ül

Kristina Raud YAGB-41 060290 10.04.07 Bioinformaatika ülesanded Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA Vastus:

Bioinformaatika