Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1. MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme: a. DNAPARS
stm_STM0249 CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTAAAGAAGC 1544 spt_SPA0256 CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCTTA------- 1546 ****************************************** c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide dokumentatsiooniga, kasutusjuhend http://koti.mbnet.fi/tuimala/oppaat/phylip2.pdf) salvestatud MSA fail peab olema PHYLIP formaadis: 1. MP metoodi kasutamisel arvutada fülogeneetilised puud kasutades järgmisi programme: Vastus:
Selle uus versioon on tulekul, kuid saabumine võib võtta veel palju aega. HENNIG86 on määratud kasutamiseks IBM PC tüüpi arvutitele ja ei nõua koprotsessori olemasolu. Programmi on palju kasutatud Skandinaaviamaades; piiranguks on väiksem kasutamisvariantide hulk (PAUP 3.1.1-ga võrreldes), ka eelistatakse PAUP-i seetõttu, et selles kasutatavad algoritmid on vähe- malt põhijoontes avaldatud, HENNIG86 omad aga teadmata. Lisaks pakub palju erinevaid meetodeid programm PHYLIP, mis pealegi on erinevalt eelmistest, kuigi üsna odavatest, kätte saadav tasuta. Vähegi suuremate andmemaatriksite jaoks on see programm aga (praeguses versioonis) väga aeglane. Kui oleme (näiteks PAUP-i abil) saanud mingi kladogrammi - hüpoteetilise fülogeneesipuu, võime programmi MacClade abil otse ekraanil jälgida tun- nuste muutumist puu harudes; võime oma suva järgi ümber tõsta puu harusid või üksikuid taksoneid teise kohta ja vaadata, kuidas see mõjustab puu ko-
annaabi.ee 
