Polümeraasi sünteesi kiirus on ca 20 nukleotiidi sekundis. Mutatsioonide kontroll oluliselt halvem replikatsioonisünteesist. RNA sünteesi saab indutseerida ilma praimerita. Eukarüootses rakus on kolm RNA polümeraasi, mis transkribeerivad erinevaid geene. Transkriptsiooni tsükkel: 1. RNA polümeraas ja sigmafaktor seondub promootoriga 2. DNA lahti harutamine 3. initsiatsioon 4. elongatsiooni algus 5. elongatsioon 6. terminatsiooni signaal destabiliseerib polümeraasi 7. RNA eraldumine RNA polümeraas võib DNA molekulil liikuda mõlemas suunas. Liikumise suund määrab ära kumba DNA ahelat transkibeeritakse. Ka transkriptsioon põhjustab DNA superspiraale. RNA protsessing Eukarüoodis esineb RNA protsessing. Eukarüootse RNA protsessingu kolm peamist elementi: mRNA esimase transkripti 5’-otsa müts mRNA splaissing mRNA polüadenüleerimine
mtDNA abil määrata sugulust emaliini pidi, b( uurida inimese kui liigi põlvnemist, c) uurida mitokondriaalseid haigusi, mis tekivad mtDNA muteerumise tulemusel ja päranduvad mitokondriaalse päritavustüübi alusel. 5. Mis on ja kuidas toimub mitokondriaalse ja genoomse DNA interaktsioon? erinevus tuuma DNA-st seisneb koodonite kasutuses: Näiteks: koodonid AGA ja AGG vastavad tuumagenoomis arginiinile (Arg), mitokondris põhjustavad nad aga translatsiooni terminatsiooni (STOP-koodonid); UGA, mis on stop koodoniks tsütoplasmas, kodeerib mitokondris trüptofaani (Trp); - AUA tsütoplasmas on isoleutsiini (Iso) koodon, mitokondris vastab aga metioniini (Met) initsiaatorkoodonile. Osad mitokondriaalsed valgud on kodeeritud tuumas asuva DNA poolt mitokondriaalse ja genoomse DNA interaktsioon. 6. mtDNA praktiline tähtsus teaduslikes ja meditsiinilistes uuringutes? mtDNA-s on geenide evolutsioon 10 korda kiirem tuuma omast
3. Kui RNA plümeraas on sünteesinud 10 nukelotiidse RNA, siis murduvad interaktsiooni promootorpiirkonnaga DNA'l, 4. Sigma faktor vabaneb. Polümeraas läheb tugevamini DNA külge, toimub elongatsioon, liigub mööda DNA ahelat. Sigmafaktor liitub hiljem uuesti RNA polümeraasiga, et hakata sünteesima uut ahelat. 5. Elongatsioonis on transkriptsioon väga produktiivne, polümeraas lahkub DNA ahelalt ja vabastab vast-sünteesitud RNA, kui kohtab terminatsiooni signaali. 6. Terminatsiooni signaal tuleb DNAlt , selle tulemusel moodustub RNA juuksenõela struktuur, mis destabiliseerib polümeraasi hoidmist RNA küljest. RNA polümeraasid eukarüootide rakkudes RNA polümeraas I transkribeerib 5,8S, 18S ja 28S rRNA geene RNA polümeraas II transkribeerib kõiki valke kodeerivaid geene, aga lisaks ka snoRNA, miRNA, siRNA, lncRNA ja enamust snRNA geene RNA polümeraas III transkribeerib tRNA, 5S rRNA, mõnesid snRNA ja teiste väikeste RNA-de geene
polü-(A) sabata transkriptid akumuleeruvad tuuma ning suunatakse lagundamisele.) 39. Selgita lühidalt mRNA polüadenüleerimise tähtsust eukarüoodi rakus. a. Polü A-saba lisamine: kaitseb, lokalisatsioon. 40. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. a. trp operoni regulatsiooni järjestuse trpL vahendusel. Attenuatsioon kontrollib 41. transkriptsiooni terminatsiooni mehhanismi operoni liiderjärjestustel. 42. Mis on genoom, proteoom, trankriptoom, reguloom? a. Genoom kogu organismi poolt kantav geneetiline informatsioon. b. Proteoom organismis sisalduvate valkude kogum (muutub pidevalt erinevalt genoomist). c. Transkriptoom rakkude poolt toodetud mRNA hulk. d. Reguloom rakus olevate regulatsioonikomponentide hulk (geenid, mRNA..). 43. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused
mille hulka kuuluvad 3 universaalset faktorit: EF-Tu (+ GTP) – vahendab aminoatsüül-tRNA 13 sisenemist ribosoomi vabasse A-saiti; EF-Ts – EF-Tu guaniini nukleotiidivahetusfaktor, katalüüsides GDP vabanemist EF-Tu-lt; EF-G (+ GTP) – katalüüsib tRNA ja mRNA translokatsiooni mööda ribosoomi pärast iga polüpeptiidi elongatsioonitsükli lõppu. Terminatsioon Terminatsiooni käigus peab vabanema valmissünteesitud peptiidahel ja ribosoomid tuleb vabastada kõigist tema ligandidest. Terminatsiooni- (ehk nonsense) ehk STOP-koodoneid on 3: • UAG - amber • UAA - ochre • UGA - opal Kui ribosoomi A-saiti satub üks nendest koodonitest ja P-saidis on peptidüül-tRNA, siis algab terminatsioon. Peptiidi vabanemisfaktor ehk klass I polüpeptiidi vabanemisfaktor (RF ehk
diferentsiaalvärvimiseks kasutatakse Q, G ja R vöötide meetodit. Tumedad vöödid on tugevamalt kokku pakitud kromatiin. Prometafaasis 300-400. Q vöödid (akrihhiinvärv) tähistavad AT-rikkaid alasid. G vöödid (trüpsiini mõjutus ja Giemsa värv) värvivad Arg-rikkaid histoone. R- vöödid värvuvad vastupidiselt Q- ja G-vöötidele ja värvivad GC-rikkaid alasid. 14. Mis on DNA replikatsioon? Kirjelda selle toimumist initsiatsiooni, elongatsiooni ja terminatsiooni etappidel? DNA replikatsioon on matriitssüntees, mille tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. See protsess leiab aset kõikides elusorganismides ning on aluseks bioloogilisele põlvnemisele. Mõlemad ahelad algsest kaheahelalisest DNA molekulist töötavad komplementaarse ahela sünteesil matriitsina. Rakuline vigade korrigeerimine ning teised
Polüadenüülimine toimub kahes etapis. Esimese 12 A lisamine toimub väga aeglaselt, sellele järgneb väga kiire 200 või enama A lisamine. Kiire faas eeldab mitme RRM motiivi omava polü(A)ga-seonduva valgu sidumist. Seda valku nim. PABPII, et eristada seda polü(A)ga-seonduvast valgust, mis asub tsütoplasmas. PABPII seondub lühikesele A sabale ning stimuleerib PAPi järgnevaid A jääke polümeriseerima. PABPII on vajalik ka PAPile signaalimaks polümerisatsiooni terminatsiooni, kui polü(A) saba pikkus on jõudnud 200-250 nukleiinhappejäägini. Küpse, funktsionaalse mRNA tekkimine hõlmab veel protsessi, mida nim. splaisinguks, mille käigus intronid lõigatakse välja ja eksonid liidetakse kokku. mRNA-d ümbritsevad valgud ja ta toimetatakse rakutuumast välja. Tsütoplasmas vahetuvad mRNAga seotud valgud (hnRNP-d tuuma tagasi). 13
esimene tRNA molekul, millega ühendatud aminohape Met. Iga tRNA molekul seostub tsütoplasmas kindla aminohappega (energia arvelt, ensüümi abil), siseneb järgmine tRNA molekul , tuues kaasa järgmisele koodonile vastava aminohappe, tRNA otste küljes olevate aminohapete vahele sünteesitakse peptiidside, dipeptiid vabaneb initsiaator tarnast ja jääb viimasena sisenenud RNA külge, kestab kuni jõuab stoppkoodonini, sellega seostub terminatsiooni ensüüm, mis vabastab kõik reaktsiooni osapooled (valguahela, tRNA, mRNA, ribosoomid) Polüsoom- mRNAga seotud ribosoomide kogum, milles sünteesitakse ühesuguse aminohappelise järjestusega valke Antikoodon- tRNA 3 nolekuli, mis komplementaarsed mRNA koodoniga Geenide avaldumine- geen on avaldunud, kui on toimunud transkriptsioon (korraga avalduvad 10% geenidest) sõltub RNA polümeraasi seostumisest DNA promootorpiirkonnaga, ühineb, siis toimub
(terminaatorkoodonid kattevagu geenis blokeerivad lüüsvalgu translatsiooni). Selle põhjuseks on: Lüüsivalgu geeni alguses asub “juuksenõela” struktuur mis ei lase ribosoomidel otse initseerida L- geeni translatsiooni. Lüüsivalgu geenil puudub RBS järjestus Seepärast oimub L-geeni translatsioon järgmiselt: Ribosoom, mis transleerib kattevalgu geeni, jõuab oma terminaatorile ja toimub translatsiooni termineerumine. Peale terminatsiooni, võib see ribosoom tänu juhuslikule liikumisele piki RNA- d jõuda L-geeni algusesse ja alustada translatsiooni. Selline initsiatsioon toimub madala tõenäosusega, see tõenöosus on määratud kapsiidivalgu terminaatori (pos. 1727) ja lüüsivalgu initsiaatori (pos. 1678) vahel. Ribosoomi liikumine on juhuslik ja re-initseeritakse lähimal initsiaatoril. Selline mehhanism tagab ka L-valgu ekspressiooni hilises infektsioonis. Valmimisvalgu ekspressioon
- Suppressor tRNA juuresolekul toimub vastav stoppkoodoni transleerimine sense koodonina alla 50% (piisav muteerunud valgugeeni translatsiooniks ja samas viib suppressor tRNA ka normaalsete valkude pikendamisele, seda aga alla 50% juhtudest). - Rakk saab vajaliku valgu ja peptiidahela terminatsioon saab toimuda piisava sagedusega. Enamikul valgugeenidel on stoppkoodonid väikese vahega korratud, kui ei toimu terminatsiooni esimesel stoppkoodonil, siis järgmisel toimub see suure tõenäosusega. - Normaalsed stoppkoodonid on sobivas järjestuses – suurendab terminatsiooni tõenäosust ja vähendab suppressiooni efektiivsust. Raainihke ja misense suppressorid on veelgi väiksema „võimekusega“ kui nonsense suppressorid. Valgusünteesi protsesiivsus – näitab, kui suur osa alustatud valkudest lõpuni sünteesitakse. See on äärmiselt kõrge.
akumuleerumise tõttu. Sageli ei ole nende järjestuste kohta kuigi palju teada. Veelgi enam, eukarüootsete geenide intron-ekson struktuuri tõttu ei ole kuigi ekrge kodeerivaid järjestusi ära tunda. Seetõttu kasutataksegi koodnite kasutamise ja koodonite konteksti andmeid kodeerivate piirkondade indentifitseerimiseks. Koodoni konteksti põhjused ei ole paraku veel selged. Eriti tugev on konteksti efekt stop koodonite puhul ja kontekst mõjutab oluliselt valgusünteesi terminatsiooni efektiivsust. Täiendav kirjandus geneetilise koodi kohta: Osawa, S., Jukes, T. H., Watanabe, K., Muto, A., (1992) Recent evidence for evolution of the genetic code. Microbiological Reviews 56, (1), p. 229-264 Suzuki, T., Ueda, T., Watanabe, K., (1997) The `polysemous' codon - a codon with multiple amino acid assignment caused by dual specificity of tRNA identity. EMBO J. 16, (5), p. 1122-1134 IIb tRNA ja valgusünteesi preribosomaalne etapp Transport-RNA struktuur
informatsiooni pärilikkuse kohta. Inimese terve nukleotiidilise järjestuse teadmine annaks võimaluse leida haiguse tekkes osalevaid geene ning õppida paremini tundma haiguste tekkemehhanisme. Hõlbustaks ja täpsustaks haiguste diagnoosimist ning seeläbi tõstaks meditsiini kvaliteeti. Millised olid projekti väljakutsed ning läbimurded ja kuidas on see kujundanud kaasaegse genoomika arengut? 31. Kirjeldage klassikalist Sangeri sekveneerimise protseduuri. 4:11- 13 Ahela terminatsiooni meetod vajab üheahelalist DNAd, DNA praimerit, polümeraasi, vastavaid desoksüribonukleotiidtrifosfaate (dNTP) ja modifitseeritud nukleotiide (didesoksüNTP-d e. ddNTP), millel puuduvad sünteesi jätkamiseks vajalikud 3’-OH rühmad. Kõigepealt liituvad DNA praimerid DNA maatriksmolekuliga täpselt samast kohast, siis seondub sinna DNA polümeraas. Piisava koguse algmaterjali ja reaktsioonikemikaalide korral toimub süntees samaaegselt paljudelt
Attenuaator viitab spetsiifilisele regulatoorsele järjestusele, mis transkribeeritult RNAsse moodustab hairpin struktuure, et peatada transkriptsioon kui kindlad tingimused pole täidetud. Ntks: trp operoni liiderjärjestus on võimeline moodustama alternatiivseid sekundaarstruktuure. Kui omavahel paarduvad nukleotiidid regioonidest 1 ja 2 ning 3 ja 4, moodustuvad sekundaarstruktuurid, mis termineerivad transkriptsiooni, kui aga omavahel paarduvad nukleotiidid regioonidest 2 ja 3, on terminatsiooni põhjustavate juuksenõelastruktuuride moodustumine takistatud ning transkriptsioon jätkub. 50. Seleta lühidalt antiterminatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. Antiterminatsioonil on kirjeldatud 2 mehhanismi: (1) RNA polümeraasi modifitseerimine nii, et transkriptsioon ei termineeru terminaatorjärjestusel (faag lambda terminaatorid, rrn operonid). (2) Terminaatori moodustumine on takistatud valgulise faktori abil, mis seondub mRNA-ga
H-NS mõjutab ka DNA topoloogiat, suurendades DNA negatiivset superspiralisatsiooni. Dps (DNA-binding protein from starved cells) hulk suureneb drastiliselt statsionaarse faasi rakkudes. Dps seondub DNA-ga mittespetsiifiliselt, on DNA-d kaitsva funktsiooniga ja arvatakse, et tema seondumine DNA-ga võib pärssida ka osade geenide transkriptsiooni statsionaarses faasis. 10 3. Geeniekspressiooni regulatsioon transkriptsiooni terminatsiooni tasemel Transkriptsiooni elongatsioon ei toimu ühtlase kiirusega. RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda (ingl. k. "pausing") juuksenõelastruktuuride moodustumise tõttu vast-sünteesitud mRNA-s. Peatumise aeg varieerub, sõltudes RNA järjestusest. Terminaatoritena toimivate sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi
2. Polümeraas avab DNA ahela ning transkriptsioon algab. 3. Kui RNA polümeraas on sünteesinud 10 nukelotiidse RNA, siis murduvad interaktsioonid-sidemed promootorpiirkonnaga DNA’l ning sigma faktor vabaneb. 4. Polümeraas läheb tugevamini DNA külge, toimub elongatsioon, liigub mööda DNA ahelat. Sigmafaktor liitub hiljem uuesti RNA polümeraasiga, et hakata sünteesima uut ahelat. 5. Elongatsioonis on transkriptsioon väga produktiivne. Kui kohtab terminatsiooni signaali, polümeraas lahkub DNA ahelalt ja vabastab vast-sünteesitud RNA. 6. Terminatsiooni signaal tuleb DNAlt , selle tulemusel moodustub RNA juuksenõela struktuur, mis destabiliseerib polümeraasi hoidmist RNA küljest. Bakterites on ainult ühte tüüpi RNA polümeraasi, selle poolt sünteesitakse kõik RNA tüübid. 38. Transkriptsiooni suunad bakteri kromosoomi lühikeses piirkonnas 1. Transkriptsioon võib toimuda mõlemalt ahelalt, aga erinevas suunas. 2
Cidofovir toimib viirustele, kel pole tümidiin-kinaasi, kusjuures P-rühm on asendatud fosfonometüleenrühmaga, sisuliselt fosforhappe-ester, bioisosteer, kuid vastupidav ensümaatilisele hüdrolüüsile. Nukleosiidse ravimi atsükloviiri toimemehhanismid Atsükloviir on deoksüguanosiini analoog, ning saab seetõttu DNA-ga seonduda trifosfaat-vormis. Kuna sel aga puudub suhkrujääb vastava hüdroksüülrühmaga uue sideme loomiseks, kutsub see esile ahela terminatsiooni. Teisest küljest võib atsükloviir seonduda DNA polümeraasiga ja seda inhibeerida. Antisenss- ja tubuliini inhibiitorite toimemehhanismid d(P-tio)(G-C-G-T-T-T-G-C-T-C-T-T-C-T-T-C-T-T-G-C-G) Fomvirsen on esimene DNA antisens molekul, mida on lubatud ravimina kasutada. Fosfaadist stabiilsem fosfortioaat on selle struktuuris, suurendamaks selle stabiilsust. Ravim blokeerib RNA translatsiooni võrkkesta põletiku korral, mida põhjustab tsütomegaloviirus AIDS-i patsientidel
Transkriptsiooni attenuatsioonil osalevad nii rho-sõltuvad kui ka rho-sõltumatud terminaatorid. Regulatsiooni transkriptsiooni attenuatsiooni kaudu on kirjeldatud näiteks aminohapete biosünteesi operonidel, pürimidiini biosünteesi operonil, aminoatsüül tRNA süntetaasi operonil ja trüptofaani degradatsiooni operonil. Pürimidiini biosünteesi operonid Pürimidiini biosünteesi kodeeriv pyrB1 operon kodeerib liiderpeptiidi. Transkriptsiooni terminatsiooni põhjustav sekundaarstruktuur lõhutakse transkriptsiooni ja translatsiooni koosmõjul. 20 nt enne liiderpeptiidis olevat terminatsioonisaiti asuvad 8 uridiinnukleotiidi. UTP madala kontsentratsiooni korral aeglustub traskriptsiooni elongatsioon U-järjestuse sünteesil. Sel juhul jõuab transleeriv ribosoom RNA polümeraasile järele ning nende koostoime tulemusena lõhutakse transkriptsiooni terminaatorina toimiv sekundaarstruktuur
sisemusse. - Regulatoorne funktsioon valgulised hormoonid. - Kaitsefunktsioon antikehad, mis võitlevad organismidele mitteomaste ühendite vastu. - Energeetiline funktsioon seda alles siis, kui kõik teised varud on ammendunud. 17. Geneetiline kood. Geneetiline kood on kogum 64 nukleotiidest tripletist, mis määravad 20 aminohapet ning polüpeptiidahela initsiatsiooni ja terminatsiooni. Lugemine toimub mRNA järjestuse põhjal. See on universaalne ja esinevad algus- ja lõpukoodonid, initsiaatorkoodon AUG, stoppkoodonid UAG, UAA, UGA. Enamik aminohappeid on määratud mitme koodoniga. 18. Ribosoomide ehitus ja funktsioon. Ribosoom on nii eel- kui ka päristuumse raku tsütoplasmas esinev kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Selle ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes
Mahajääv ahel sünteesitakse Okazaki fragmentidena, mis omavahel (ükiskahelalisi katkeid) liidab DNA ligaas (3’- 5’ suunas). Vajatakse iga fragmendi sünteesiks uuesti praimerit, mille DNA praimaas sünteesib matriitsahela alusel (praimeriteks sünteesitakse lühikesed RNA fragmendid). Hiljem kõrvaldatakse RNA praimerid ja asendatakse DNA lõikudega. Replikon - üks replikatsiooni ühik, peab sisaldama replikatsiooni alguse ja lõpu signaale. Algus on ORI sait, lõpp terminatsiooni sait. Replikatsioon toimub ahela mitmes piirkonnas korraga. 9. RNA biosüntees - transkriptsioon Geen on DNA lõik, mis määrab ühe RNA molekuli sünteesi. Geeni piirkonnad on promootor – nukleotiidne järjestus geeni algusosas, millele kinnitub RNA polümeraas, terminaator – nukleotiidne järjestus geeni lõpuosas, mis lõpetab transkriptsiooni. RNA sünteesitakse ühe DNA ahela baail. Ensüümid keeravad DNA biheeliksi lahti ja sünteesivad üksikahelale komplementaarse RNA ahela
ei vaja praimerit süntees algab promootorilt ... - kindel DNA signaaljärjestus, seonduvad regulaatorvalgud ... lõppeb terminaatorini jõudmisel - DNA järjestus, kus RNA pol vabastab sünteesitud RNA Initsiatsioon (RNA pol seondub DNA promootorile ning algab transkript), pärast seda vabastatkse promootor ning algab elongatsioon (sünteesimine), terminatsioon (elongatsiooni lõppemiseks on vajalik terminatsiooni signaal, lõpuks lõpetatakse süntees) täpsus: 1 viga iga 10 000 nt kohta TRANSKRPITSIOON I. Koht: Eeltuumsed- tsütoplasmas Päristuumsed tuumas, mitokondrites, kloroplastides . II. Aeg: Eeltuumsetel - kogu raku eluea jooksul Päristuumsetel enamuse rakutsükli ajast va mitoos ja meioos (siis ei toimu) III. Eeldused: 1. Üksikahelaline DNA lõik 2. Ensüümid: RNA polümeraas 3. Energeetilised faktorid ATP 4. Nukleotiidid RNA koostises 5
- prokarüootidel abifaktor ei vaja praimerit süntees algab promootorilt ... - kindel DNA signaaljärjestus, seonduvad regulaatorvalgud ... lõppeb terminaatorini jõudmisel - DNA järjestus, kus RNA pol vabastab sünteesitud RNA Initsiatsioon (RNA pol seondub DNA promootorile ning algab transkript), pärast seda vabastatkse promootor ning algab elongatsioon (sünteesimine), terminatsioon (elongatsiooni lõppemiseks on vajalik terminatsiooni signaal, lõpuks lõpetatakse süntees) täpsus: 1 viga iga 10 000 nt kohta TRANSKRPITSIOON I. Koht: Eeltuumsed- tsütoplasmas Päristuumsed tuumas, mitokondrites, kloroplastides . II. Aeg: Eeltuumsetel - kogu raku eluea jooksul Päristuumsetel enamuse rakutsükli ajast va mitoos ja meioos (siis ei toimu) III. Eeldused: 1. Üksikahelaline DNA lõik 2. Ensüümid: RNA polümeraas 3. Energeetilised faktorid ATP 4. Nukleotiidid RNA koostises 5
RNA polümeraas võib transkriptsiooni käigus peatuda juuksenõelastruktuuride moodustumise tõttu vast- sünteesitud mRNA-s. Peatumise aeg varieerub, sõltudes RNA järjestusest. Terminaatoritena transkriptsioonil toimivate sekundaarstruktuuride puhul peatub RNA polümeraas ligikaudu 60 sekundit. RNA sekundaarstruktuuri tekkimine võib destabiliseerida DNA::RNA hübriidi. Selle tulemusena RNA dissotseerub ja transkriptsiooni elongatsioonikompleks laguneb. Terminatsiooni võib põhjustada ka spetsiifilise terminatsioonifaktori seondumine RNA-le. Sellest tulenevalt on bakterites kirjeldatud 2 erinevat terminatsioonimehhanismi: 1. rho-sõltuva mehhanismi puhul seondub heksameerne rho valk RNA 5' otsast spetsiifilisele järjestusele ja jõuab järele RNA polümeraasile, mis on peatunud RNA sekundaarstruktuuri tõttu. Selle tulemusena dissotseerub RNA rho-sõltuva terminaatorjärjestuse kohal matriitsilt. 2
mis põhjustab vaimset alaarengut. Ravitav varases lapseeas spetsiaaldieediga. Kandub edasi kui mendellik retsessiivne tunnus. 7. Kiirgusmutageneesi eripärad kiirgusmutagenees (ingl. Radiation mutagenesis)- Ioniseeriva kiirguse põhjustatud mutatsioonide teke. 8. Geneetiline kood, olemus ja koodonite tüübid geneetiline kood (ingl. Genetic code)- Kogum 64 nukleotiidsest tripletist, mis määravad 20 aminohapet ning polüpeptiidahela initsiatsiooni ja terminatsiooni. koodon (ingl. Codon)- Kolm kõrvutiasetsevat nukleotiidi mRNA- molekulis määravad kindla aminohappe lülitumise polüpeptiidahelasse või polüpeptiidahela sünteesi lõpetamise (stoppkoodon). 9. Valgu biosüntees ribosoomis Ribosoom (30S+50S alaüksus prokarüootidel Kolm saiti: sisenemis (A)-, peptidüül (P)- ja väljumis (E)-saidid tRNA toob antikoodonispetsiifiliselt aminohapped Koodon-antikoodon paardumine
G-C rikas piirkond, millele järgneb 6 või rohkem A:T paari, kus A-d on matriitsahelas. G:C rikas piirkonda transkriptsioonil moodustub sisemise homoloogsusega RNA, mis moodustab sekundaarseid kaksikahelaid e. juuksenõela struktuure. See struktuur aeglustab RNA polümeraasi liikumist ja viib A:T rikkas piirkonnas transkriptsiooni terminatsioonini. Pärast juuksenõela struktuuri on U-järjestus ja A:U paarid on nõrgad. RNA matriitsilt lahti! Rho-sôltumatu terminatsiooni mehhanismi korral on terminaatoriks järjestus, mis kodeerib stabiilset G-C rikast juuksenôelastruktuuri ning sellest 3' suunas jääb mitu U-d. Terminatsioon toimub pärast U-de lülitumist. Rho sõltuv - Rho-valgud, erinevad. Terminatsioonijärjestus 50-90 aluspaari, palju C-sid, pole G-sid. Valk jälitab polümeraasi, kui kätte saab - siis terminatsioon. Rho-sôltuva mehhanismi puhul seondub heksameerne rho valk RNA 5' otsast spetsiifilisele
3. Initsiatsioon- transkriptsioonifaktorid vahendavad RNA polümeraasi seondumist ja transkriptsiooni initsiatsiooni, ehk alles pärast kindla transkriptsioonifaktori ühendumist promootorjärjestusele seondub RNA polümeraas sellele. Tulemuseks on initsiatsioonikompleks (transkriptsioonifaktorid ja RNA polümeraas) 4. Elongatsiooni algus 5. Elongatsioon e pikendamine- DNA ahelalt komplementaarse RNA ahela sünteesimine RNA polümeraasi abil 6. Terminatsiooni signaal destabiliseerib polümeraasi- sünteesi lõpp 7. RNA eraldumine RNA polümeraasi ehk holoensüümi töö ● RNA polümeraas katalüüsib ribonukleotiidide sidemeid ● RNA polümeraas liigub DNA molekulil 5’ --> 3’ suunas, harutades samal ajal lahti DNA molekuli ● Polümeraasi sünteesi kiirus on ca 20 nukleotiidi per sekund ● RNA sünteesi saab indutseerida ilma praimerita.
annaabi.ee 
