vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside rühma. Eksopeptidaaside esindajateks on karboksüpeptidaasid (R2 = C-terminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0). Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsentri ehitus (millised aminohapped sellesse kuuluvad) ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism. Siinkohal piirdume vaid nelja peamise rühma nimetamisega, süüvimata nende toimemehhanismide erinevustesse: seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasid.
ja vabu aminohappeid. Proteaasi leidub kõigis organismides, kuna nad osalevad erinevate funktsioonide täitmises. Näiteks toiduvalkude seedimises ja kõrgreguleeritud ensüümireaktsioonide kaskaadides. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase: · Eksopeptidaasi esindajateks on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid- need lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. · Endopeptidaasideks on näiteks savinaasi, alkalaasi omavad väga nõrka spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalne keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (ph~2,5), neutraalseid (pH~7,2), leelisproteaase (pH~9). Proteaasi aktiivsuse määramise meetod põhineb kaseiini hüdrolüüsi uuritava proteaasi toimel
produtseerides vabu aminohappeid (piiramatu proteolüüs). Olenevalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse vastavalt endo- ja eksopeptidaase. Kõik eelnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside hulka. Eksopeptidaasid on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH ~2,5), neutraalseid (pH ~7,2) ja leelisproteaase (pH ~9,0). Aktiivtsentri ehituse järgi jaotatakse proteaasid põhiliselt seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasideks. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühikuks on 1 µkat, mis väljendab sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 µmooli peptiidsidemete hüdrolüüsi või 1 µmooli aminohapete vabanemise 1
kesksetele peptiidsidemele. otsmisele peptiidsidemele. karboksüpeptidaasid (R2 = Cterminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N- terminaalne aminohape), lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0). Neutraalsete ja aluseliste proteaaside aktiivsuse määramisel kasutatakse substraadina reeglina kaseiini. Kaseiin on piima põhivalk, mis koostiselt on fosfoproteiin.Tänu kaseiini molekulide kõrgele hüdrofoobsusele esineb ta piimas mitsellidena.
spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Ka mina kasutasin selles katses sellist proteaasi, alkanaasi. Kui proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele peptiidsidemetele on tegemist endopeptidaasiga, kui otsmistele, siis eksopeptidaasiga. Selles katses kasutasin endopeptidaasi. Eksopeptidaasid on näiteks karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N- terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimise optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH=2,5), neutraalseid (ph=7,2) ja leelisproteaase (pH=9,0). Proteaase klassifitseeritakse aktiivtsentri ehituse (millised aminohapped sellesse kuuluvad) järgi, millest tuleneb ensüümi toimemehhanism. Neli peamist rühma on seriin -, tiool-, aspartaat- ja metallproteinaasid. Kuna hüdrolüüsinud peptiidsidemete hulk ei ole
spetsiifikat ja lagundavad valkudes praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides vabu aminohappeid. Eristatakse endo ja eksopeptidaase, vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Kõik üleval pool nimetatud proteaasid on endopeptidaasid. Eksopeptidaasid on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid , neutraalseid ja leelisproteaase . Oluline proteaaside klassifikatsiooni aspekt on aktiivtsentri ehitus (millised aminohapped sellesse kuuluvad) ja sellest tuleneb ensüümi toimemehhanism. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühik on selline ensüümi hulk, mis põhjustab peptiidsidemete hüdrolüüsi või aminohapete vabanemise vältel juures.
külgnevaid peptiidsidemeid, piiramatu proteolüüsi esindajad toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Piiratud proteolüüsi viivad läbi ja produtseerivad põhiliselt trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin Kõik ülalnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside rühma, st proteaas toimib kesksetele peptiidsidemetele. Eksopeptidaaside esindajateks on karboksüpeptidaasid ja aminopeptidaasid, mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH =2,5), neutraalseid (pH = 7,2) ja leelisproteaase (pH = 9,0). Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsentri aminohappeline järjestus ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism. Neli peamist rühma on seriin-, tiool-, aspartaat- ja metalloproteinaasid. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühikuks 1 kat loetakse sellist ensüümi hulka, mis
- Trüpsiin (R1= Lys, Arg; R2=/ Pro) - Kümotrüpsiin (R1= Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile, Val; R2=/ Pro) - Pepsiin (R1= Phe, Leu, jpt; R2=/ Pro) Ühtlasi ka endopeptidaasid. Eristatakse endo- ja eksopeptidaase sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib ahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Eksopeptidaasideks on karboksüpeptidaasid (R2= C-terminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1= N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid vabastades. Optimaalne pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH~2,5), neutraalseid (pH~7,2) ja leelisproteaase (pH~9,0). Aktiivtsentri ehitusest, millised aminohapped sinna kuuluvad, tuleneb ensüümi toimemehhanism. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühikuks 1 mikrokat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 mikromooli peptiidsidemete hüdrolüüsi või 1 miksomooli aminohapete vabanemist 1 sekundi vältel 30 kraadi juures Celsiuse järgi.
- Trüpsiin (R1= Lys, Arg; R2=/ Pro) - Kümotrüpsiin (R1= Tyr, Phe, Trp, Leu, Ile, Val; R2=/ Pro) - Pepsiin (R1= Phe, Leu, jpt; R2=/ Pro) Ühtlasi ka endopeptidaasid. Eristatakse endo- ja eksopeptidaase sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib ahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Eksopeptidaasideks on karboksüpeptidaasid (R2= C-terminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1= N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid vabastades. Optimaalne pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH~2,5), neutraalseid (pH~7,2) ja leelisproteaase (pH~9,0). Aktiivtsentri ehitusest, millised aminohapped sinna kuuluvad, tuleneb ensüümi toimemehhanism. Ensüümi proteolüütilise aktiivsuse ühikuks 1 mikrokat loetakse sellist ensüümi hulka, mis põhjustab 1 mikromooli peptiidsidemete hüdrolüüsi või 1 miksomooli aminohapete vabanemist 1 sekundi vältel 30 kraadi juures Celsiuse järgi.
ENDOPEPTIDAAS ensüüm, mis toimib polüpeptiidahele kesksetele peptiidsidemetele (nt trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, alkalaas, subtilisiin, savinaas) EKSOPEPTIDAAS ensüüm, mis toimib polüpeptiidahele otsmistele peptiidsidemetele. Nad lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid (nt karboksüpeptidaasid R2=C-terminaalne aminohape ja aminopeptidaasid R1=N-terminaalne aminohape) Ensüümi toimimiseks optimaale pH väärtuse järgi eristatakse järgmisi ensüüme: 1. HAPU PROTEAAS ensüüm, mis toimib, kui pH2,5 2. NEUTRAALNE PROTEAAS ensüüm, mis toimib, kui pH7,2 3. LEELISPROTEAAS ensüüm, mis toimib, kui pH9,0 Aktiivtsentri ehitus ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism on oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks
alad, sest DNA süntees toimub ainult 5´- 3´suunas: Geneetiline info lineaarsete DNA molekulide otstest läheb replikatsiooni käigus kaotsi Lahendus: Kapsiidi pakitud DNA molekulid sisaldavad 3 – 5% ulatuses terminaalseid kordusi Terminaalsete kordustega DNA molekulid rekombineeruvad, ja tekivad konkatemeerid (sama genoomi lineaarsed kordused) T4 DNA molekulid on otstest redundantsed ja tsirkulaarselt permuteeritud Redundantsed – sisaldavad otstes samu järjestusi
Miks on lineaarse kromosoomiga faagi geneetiline kaart esitatud rõngasmolekulina? Erinevate faagimutantide ristamistel leitud rekombinatsioonisageduste põhjal koostatud geneetiline kaart viitas sellele, et T4 kromosoom on rõngasmolekul. Tegelikult on T faagide kromosoom lineaarne. Millest sellised vastuolulisena näivad tulemused? T4 genoom on 168000 bp suurune. Viriooni pakitud DNA molekulid sisaldavad 3 - 5% ulatuses terminaalseid kordusi. Lineaarse DNA replikatsioonil jäävad molekulide otstesse üksikahelalised alad. DNA replikatsioon toimub ainult ühes suunas (5'3') ning seetõttu jääb praimerialune ala lineaarse DNA molekuli otstes pärast täis sünteesimata (praimeriks on RNA ja see kõrvaldatakse DNA molekulist DNA sünteesi järgselt). Selleks, et üksikahelalistele regioonidele sünteesitaks komplementaarsed ahelad, moodustuvad konkatemeerid (sama genoomi lineaarsed kordused). Konkatemeeride lahtilõikamine
(eemaldatud on 42 N-terminaalset ah jääki, nn. µ1N peptiid (4.3 kDa), mis jääb samuti virioni). See protsessing on autokatalüütiline ja leiab aset seoses partiklite moodustamisega (seondumisel 3 valguga); - peale selle esineb ka protsessing µ1 ja µ1C valkude C-terminaalses regioonis (seda teostavad raku trüpsiin- või kemotrüpsiin proteaasid). µ1 ja µ1C protsessingu N- terminaalseid produkte nimetatakse vastavalt µ1- ja -valkudeks, C-terminaalset 8 LIISI KINK 9 VIROLOOGIA
omavahelisel elektronide jagamise teel. riboos 14. Nukleaasid on ensüümid, mis hüdrolüüsivad nukleiinhappe fosfodiestersidemeid. Milles seisneb ekso- ja endonukleaaside toimespetsiifika erinevus? Eksonukleaasid hüdrolüüsivad otsmisi ehk terminaalseid fosfodiestersidemeid. Endonukleaasid hüdrolüüsivad nukleiinhapete ahelasiseseid ehk mitte-terminaalseid fosfodiestersidemeid. 15. Iseloomustage järgmiste ensüümide toimet (kirjeldage katalüüsitavaid reaktsioone). Vajadusel illustreeriga vastust joonise või skeemi abil. a) Endonukleaas Rnaas A endonukleaasid hüdrolüüsivad nukleiinhapete sisemisi fosfodiestersidemeid. Powerpoindist võetud tabel: Ahelate lõikamise loogika üldiselt:
(piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Eksopeptidaaside esindajateks on karboksüpeptidaasid (R2 = Cterminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. 3. Kuidas klassifitseeritakse proteaase optimaalse pH väärtuse järgi ja millisesse rühma kuulus teie uuritud ensüüm? Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0). 4. Palun iseloomustage proteaasi substraadina kasutatavat ainet kaseiini. Millised reaktsiooniproduktid tekivad kaseiini hüdrolüüsi käigus?
5. Nukleiinhapete hüdrolüüs. RNA onvastupidav lahjades hapetes, hüdrolüüsitakse lahja leelise poolt. DNA on vastupidav leeliste suhtes; lahjades hapetes depurineeritakse, st hüdrolüüsitakse puriinnukleosiidide N- glükosiidside. Polünukleotiidahelate lõikamine. Eksonukleaasid hüdrolüüsivad fosfodiestersidet terminaalsete jääkide juurest. Endonukleaasid hüdrolüüsivad nukleiinhapete sisemisi (mitte-terminaalseid) fosfodiestersidemeid. Restriktsiooniensüümid. Bakterid kaitsevad ennast võõra DNA sissetungi eest restriktsiooniensüümide e restriktaaside abil. II ja III tüüpi restriktaasid lõikavad DNA ahelaid kindlates kohtades. Ensüümid võivad ära tunda 4-6 või rohkem aluseid potensiaalse lõikamissaidi juures. XV NUKLEIINHAPETE STRUKTUURITASEMED 1
3) produktsioonid asendatakse kujule aA1A2A3… Regulaarsete keelte hulk on KV keelte pärisosahulk. Vaatame kasvõi pumpamise lemmasid: uvjw on lihtsalt uvjwxjy erijuht ehk uvjwjxjy= u(vwx)jy. 13 Taandatud KV grammatikad. Iga KV keele jaoks leidub teda genereeriv taandatud KV grammatika: 1) ε-vaba (puuduvad tühja parema poolega produktsioonid, v.a S → ε, kui ε kuulub sellesse keelde) 2) ei sisalda kasutuid sümboleid ehk mitteterminale, millest ei saa tuletada terminaalseid sõnesid; 3) ei sisalda saavutamatuid sümboleid (mis nkn ei teki ühegi produktsiooni käigus kunagi); 4) tsüklivaba ehk ühegi mitteterminaali ei saa temast endast tuletada. 1. ja 4. tingimuse täitmiseks piisav, kui eemaldada ε-d ja ahelproduktsioonid. Eemaldada tuleb ka sümbolid, milleni nkn kunagi ei jõuta. Ja tuleb vaadata, et S * wXy * wxy (lõpuks aint terminaalid). 14 KV-keelte tarvilikkuse tingimus.
muudavad RNA vastuvõtlikuks hüdrolüüsile. NB! RNA molekulid on loodud peale kasutamist hävitamiseks. DNA-l puudub 2'- OH, mistõttu ta on stabiilsem. NB! Geneetiline materjal peab olema stabiilne! · RNA - on vastupidav lahjades hapetes - hüdrolüüsub lahjas leelises · DNA - on vastupidav leeliste suhtes - lahjades hapetes depurineerub, st puriinnukleotiidides ,N-glükosiidside hüdrolüüsub Eksonukleaasid hüdrolüüsivad otsmisi (terminaalseid) fosfodiestersidemeid; Endonukleaasid hüdrolüüsivad ahelasiseseid fosfodiestersidemeid. Restriktaasid Spetsiifilised endonukleaasid, esinevad bakterites vajalikud neile kaitseks võõra DNA sissetungi vastu II ja III tüüpi restriktaasid lõikavad DNA mõlema ahela teatavaid fosfodiestersidemeid Võivad potentsiaalse lõikamispunkti (saidi) juures ära tunda 4...6 ("six- cutter") või rohkem aluseid
Kõõluselund ehk Golgi elund on pinge ärrituse vastuvõtja – reageerib nii lihase kokkutõmbele kui ka lõõgastusele. Moodustub 10-12 ekstrafusaalse kiu kõõluste kinnitusest, ümbritsetud sidekoelise kapsliga. Moodustub lihase üleminekukohas kõõluseks. Golgi organ hõlmab endas aferentse sensoorse neuroni lõppe, mis on seondunud kollageensete kiududega kõõluses. Kui lihas tekitab jõudu, siis sensoorsed lõpud on kokku surutud. See deformeerib aferentse aksoni terminaalseid lõppe, avatakse mehhanotundlikud katioonkanalid. Akson depolariseeritakse ja närviimpulss kantakse seljaajusse.Sensoorne tagasisidestus tekitab spinaalseid reflekse ja supraspinaalseid vastuseid, mis kontrollivad lihase kontraktsiooni. Ehk: golgi organ reageerib pinge kasvule, reaktsiooni tajutakse valulikkusena või ebameeldiva tundena lihases. Annab signaali, et ei tohi lihast väga järsku ja jõuliselt enam edasi venitada. Aitab vältida vigastusi ja ülevenitusi. 4.4
vedelikud lahustada. Seejuures on lahustunud gaasi hulk sõltuv gaasi osarõhust. Piisava aja ja kokkupuutepinna korral gaaside osarõhud vedelikus ja gaasifaasis tasakaalustuvad. Tasakaal hapniku osarõhkudes vere ja alveolaarruumi vahel saabub 0,25 s jooksul, mis on kolmandik punalible kopsukapillaaris viibimise ajast. Teekond, mida gaasid läbivad on 0,2-1 mikronit. P CO2 suurenemine alveolaarruumis laiendab bronhe, PO2 vähenemine aga ahendab terminaalseid arterioole, mis suunab vere uuesti alveoolidesse, milledes on suurem P O2. Hapniku transport verega: · Hapniku füüsikaline lahustuvus veres on väike, 1l veres lahustunult 3ml hapnikku, seega oleks 70 kg kaaluva inimese 5 liitris veres 15 ml hapnikku. · Tänu erütrotsüütides olevale hapnikukandjale hemoglobiinile on 1l arteriaalses veres hapnikku ca 200 ml, millest jääb 50 ml kudedesse. Seega on ka venoosses veres 150ml hapnikku.
vedelikud lahustada. Seejuures on lahustunud gaasi hulk sõltuv gaasi osarõhust. Piisava aja ja kokkupuutepinna korral gaaside osarõhud vedelikus ja gaasifaasis tasakaalustuvad. Tasakaal hapniku osarõhkudes vere ja alveolaarruumi vahel saabub 0,25 s jooksul, mis on kolmandik punalible kopsukapillaaris viibimise ajast. Teekond, mida gaasid läbivad on 0,2-1 mikronit. P CO2 suurenemine alveolaarruumis laiendab bronhe, PO2 vähenemine aga ahendab terminaalseid arterioole, mis suunab vere uuesti alveoolidesse, milledes on suurem P O2. Hapniku transport verega: · Hapniku füüsikaline lahustuvus veres on väike, 1l veres lahustunult 3ml hapnikku, seega oleks 70 kg kaaluva inimese 5 liitris veres 15 ml hapnikku. · Tänu erütrotsüütides olevale hapnikukandjale hemoglobiinile on 1l arteriaalses veres hapnikku ca 200 ml, millest jääb 50 ml kudedesse. Seega on ka venoosses veres 150ml hapnikku.
Seejuures on lahustunud gaasi hulk sõltuv gaasi osarõhust. Piisava aja ja kokkupuutepinna korral gaaside osarõhud vedelkus ja gaasifaasis tasakaalustuvad. - Tasakaal hapniku osarõhkudes vere ja alveolaarruumi vahel saabub 0,25 s jooksul, mis on kolmandik punaliblede kopsukapillaaris viibimise ajast. Teekond, mida gaasid läbivad on 0,2- 1 mikronit. - P(co2) suurenemine alveolaarruumis laiendab bronge, P(o2) vähemine aga ahendab terminaalseid arterioole, mis suunab vere uuesti alveoolidesse, milledes on suurem P(o2) HAPNIKU TRANSPORT VEREGA ·Hapniku füüsikaline lahustuvus veres on väike, 1l veres lahustunult 3 ml hapnikku, seega oleks 70 kg kaaluva inimese 5 liitris veres15 ml hapnikku. ·Tänu erütrotsüütides olevale hapnikukandjale hemoglobiinile on 1l arteriaalses veres hapnikku ca 200ml, millest jääb 50ml kudedesse. Seega on ka venoosses veres 150ml hapnikku.
produtseerides vabu aminohappeid. Sõltuvalt sellest, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiid- sidemetele, eristatakse endo- ja eksopeptidaase. Kõik ülalnimetatud proteaasid kuuluvad endopeptidaaside rühma. Eksopeptidaaside esindajateks on karboksüpeptidaasid (R2 = C- terminaalne aminohape) ja aminopeptidaasid (R1 = N-terminaalne aminohape), mis lühendavad peptiide, vabastades ühekaupa C- või N-terminaalseid aminohappeid. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse hapusid (pH 2,5), neutraalseid (pH 7,2) ja leelisproteaase (pH 9,0). 80 Oluliseks proteaaside klassifikatsiooni aspektiks on aktiivtsentri ehitus (millised amino- happed sellesse kuuluvad) ja sellest tulenev ensüümi toimemehhanism. Siinkohal piirdume vaid nelja peamise rühma nimetamisega, süüvimata nende toimemehhanismide erinevus-
annaabi.ee 
