Apolaarsed (hüdrofoobsed) aminohapped Leutsiin (Leu,L) Proliin (Pro, P) Alaniin (Ala, A) Valiin (Val, V) Kaks ülemist happelised Aspartaat (Asp, D) Glutamaat, Glu, E) Neli alumist Metioniin, Met, M) Trüptofaan (Trp, W) apolaarsed Fenüülalaniin (Phe, F) Isoleutsiin (Ile, I) Kolm Treoniin (Thr, T) Tsüsteiin (Cys, C) esimest polaarsed, neutr. (laenguta) Türosiin, Tyr, Y) Histidiin (His, H) Kolm viimast aluselised Lüsiin Arginiin (Lys, K) (Arg, R) Biokeemia 3 Loeng 3
III. AMINOHAPPED. PEPTIIDID. 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete (valkudes esinevate, harilike) aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminorühm mis on seotud valgus on tetraeedrilise kujuga. Proteogeenseid aminohappeid on 20, mida peame teadma. Grupeerumine: Apolaarsed ehk hüdrofoobsed: Leutsiin(Leu,L), Proliin(Pro,P), Alaniin(Ala,A), Valiin(Val,V), Polaarsed ehk neutraalsed: Glütsiin(Gly,G), Seriin(Ser,S), Aspargiin(Asn,N), Glutamiin(Gln,Q), alaliigitus: happelised ja H+ loovutajas on Aspartaat(Asp,D), Glutamaat(Glu,E), Jälle apolaarsed: Metioniin(Met,M), Trüptofaan(Trp,W), Fenüülalaniin(Phe,F), Isoleutsiin(Ile,I), jälle polaarsed ehk laenguta: Treoniin(Thr,T), Tsüsteiin(Cys,C), Türosiin(Tyr,Y), ja aluselised ja h
(koosnevad C-st ja H-st, võivad sisaldada ka O-d, mis pole otseselt seotud H-ga). Nt süsivesinikud, halogeeniühendid, rasvad, eetrid (praktiliselt vesiniksidemeid vee molekulidega ei anna), suurema süsinike arvuga alkoholid, karboksüülhapped (neil pikk hüdrofoobne „saba”). Hüdrofoobsed ained lahustuvad hästi mittepolaarsetes lahustites (nt eeter, bensiin, benseen). Eelnevate aastate riigieksamite vastused, http://goo.gl/5jg4Yo, 17.02.2014. Apolaarsed ehk hüdrofoobsed aminohapped, mis ei sisalda laetud rühmi ja on seega hüdrofoobsed ehk vett tõrjuvad. Need aminohapped on sageli valgu ruumilises struktuuris sisemuses, olles üksteise läheduses ja tõrjudes vett eemale. B. Lewin “Genes” V ja VI väljaanne, http://goo.gl/LM6aOH ,17.02.2014. Molekulide erinevad struktuuriosad (süsivesinikahelad, funktsionaalsed rühmad jne) võivad põhjustada aine hüdrofiilsust voi hüdrofoobsust. M. Saar, GAG 2011, http://goo.gl/YZmS0C, 17.02.2014
RASVAD 15,6 9 140 000 78 VALGUD 9,5 4 38 000 21 SÜSIVESI KUD 0,5 4 2 000 1 LIPIIDID - kontsentreerituim "kütus" rakkudele, kuna rasvhapetes on C aatomid enamsati vesinikuga maksimaalselt küllastatud Kuna lipiidid on apolaarsed (vees lahustumatud), siis varud on kompaktsed, suure tihedusega NB! ATP saagis rasvadest oluliselt suurem kui süsivesikutest! GLÜKOOS (Mr = 180): 38 moliATP / 180 g = 0,21 moliATP / g STEARHAPE (Mr = 248): 146 moliATP / 248 g = 0,51 moliATP / g TOIDULIPIIDID Vajadus 70-100 g/ööp 25 - 30 % toiduenergiast Vajadust mõjutab · iga · sugu · tegevuse iseloom · klimaatilised tingimused *Loomsed *Taimsed NB! Rasvlahustuvad vitamiinid A D E K TOIDULIPIIDIDE HÜDROLÜÜS
läheb neil kauem aega, et kolonnist välja elueeruda. Poori mõõtmetest suuremad osakesed aga liiguvad kiiresti kolonnist välja, kuna ei saa pooridesse siseneda. Konstrueeritakse seos molekulmassi ja retensiooniruumala vahel, elueerides mõned tuntud molekulmassiga ühendid. Tundmatu ühendi molekulaarmass määratakse saadud kõvera abil. Normaal- ja pööratud faasi kromatograafia olemus. Normaalfaasi kromatograafia puhul elueeruvad apolaarsed molekulid esmalt, samal ajal interakteeruvad polaarsed molekulid silikageeli hüdroksüülrühmadega; eluendina kasutatakse apolaarseid solvente (heksaan, petrooleeter), suurendades polaarsust (lisades polaarset solventi või suurendades selle osakaalu) elueeruvad ka polaarsed molekulid. Pööratud faasi puhul on silikageelile kovalentselt seotud C8 või C18 rühmad, mistüttu interakteeruvad nende apolaarsed molekulid ning polaarsed elueeruvad esimesena, kasutades polaarset eluenti (vesi,
Dekstriinidele võib veel mõjuda glükoamülaas, mis võtab tükkide kaupa otstest. Kui võtab kahekaupa, nimetatakse maltaasiks. See ensüüm, mis lõhub hargnemisekohtades, on amüloglükosidaas. Kasutatakse käärimistööstuses. 15. Toidurasvade ehitus. Küllastunud ja küllasumata rasvhapped. Lipiidid on vees lahustumatud heterogeensed ühendid, mis lahustuvad orgaanilistes lahustites (alkohol, benseen,atsetoon jms apolaarsed solvendid). Lipiidid on keemiliselt ehituselt rasvhapete tegelikud või potentsiaalsed estrid. Küllastunud (nt stearhape) või küllastumata (nt linoolhape, linoleenhape) kas süsiniku aatomite vahel on ükski-või kaksikside. Lisaks jaotatakse ka ahelapikkuse järgi: lühi-, keskmise ja pika ahelaga. Keskmine on kuus -10. Sis- ja transrasvhapped: Kui on transhape, siis on üks ahela osa ühel pool tasapinda, teine teiselpool, sishappe puhul ühel tasandil. 16
Toimub eukarüootsetes rakkudes mitokondri sisemembraanisvõi selle pinnal (membraaniprotsess). b) Millistest komponentidest ETS koosneb? Dehüdrogenaasid, tsütokroomid, Fe-S valgud (viimased kaks on elektronide edastajad). c) Kuidas hingamisahela komponente rühmitatakse? Funktsionaalsed kompleksid (I, II, III, IV). d) Millised hingamisahela komponendid on apolaarsed (rasvlahustuvad), millised polaarsed (vesilahustuvad)? Apolaarne koensüüm Q (CoQ); polaarne tsütokroom c (Cytc). PS! Enamus komponente on rasvlahustuvad. 3. Kirjeldage, millise ehitusega molekulid on tsütokroomid ja mis on nende ülesandeks hingamisahelas. Tsütokroomid on valgud, mis on ühe-elektroni ülekande agendid. Struktuur: Heemi porfüriin on seotud valguga kovalentselt kahe S kaudu. Heemi Fe on kordineeritud nii His
põhjendage sellist jaotust. Üldreaktsioonid ( biureedireaktsioon ) on omased kõikidele valkudele, erireaktsioonid (Mulderi, Milloni, tiooli) on iseloomulikud ainult teatud aminohappeid sisaldavatele valkudele. 2. Kirjutage aminohappe molekuli üldistatud struktuurivalem. Kuidas aminohappeid klassifitseeritakse radikaali keemilise ehituse järgi? Polaarsed mitteionogeensed radikaalid, ionogeensed radikaalid (happelised ja aluselised), apolaarsed radikaalid. 3. Kuidas tekib peptiidside? Kirjutage reaktsioonivõrrand, kasutades vabalt valitud aminohappeid. 4. Kirjutage 2 polüpeptiidahela fragmenti ja näidake, kuidas tekib biureetkompleks valguga. 5. Milliste aminohapete esinemist valgus näitab positiivne a) tioolireaktsioon Tsüsteiin - Cys b) ksantoproteiinireaktsioon Aromaatset tuuma omavad Tyr, Phe, Trp c) Milloni reaktsioon Fenoolse rühmaga aminohape - Tyr 6
Lihtsad triatsüüglütseriidid (looduses esinevad harva) sisaldavad kolme ühesugust rasvhappe radikaali. Looduses esinevad vaidavalt segatud triatsüüIglütseriidid, mis sisaldavad kahe või kolme erineva rasvhappe radikaale. TRIATSÜÜLGLÜTSERIIDIDE TEKE - Glütserooli polaarsed hüdroksüülrühmad reageerivad üksteise järel kolme rasvhappe polaarsete (ioniseerunud) karboksüülrühmadega, moodustades neutraalsed estersidemed. Seetõttu on rasva molekulid apolaarsed, hüdrofoobsed. RASVADE REAKTIIVSUS - Rasvade keemilised omadused on tingitud a) estersidemete, b) küllastumata rasvhapete kaksiksidemete reaktiivsusest. Viimased võivad siduda halogeene ja vesinikku või alluda hapniku toimele. HÜDROLÜÜS estersidemete katkemine, füsioloogilistes tingimustes toimub seedetraktis ja rasvarakkudes ensüümide lipaaside toimel. Produktides on vabad rasvhapped ja glütserool. SEEBISTUMINE estersidemete hüdrolüüs tugevalt leelises
glükosüül-fosfatidüülinositoolankrud. Lipiidankrute roll seisneb selles, et nad kontrollivad signaaliülekandeid, mis tekivad membraanile ankurdudes ja sealt vabanedes. Kuna iga elusrakk peab hankima ümbritsevast keskkonnast aineid, et saada energiat ja toota endale vajalikke aineid, siis peab ta need läbi rakumembraanist kuidagi läbi saama. Kuid vaid vähesed ained suudavad membraani kaksikkihti iseseisvalt läbida, reeglina on need apolaarsed. Polaarsed ja laetud ühendid ei suuda aga üldse membraani iseseisvalt läbida. Nende transport toimub membraanivalkude abil. Membraanivalgud vahel ainult kiirendavad difusiooni kontsentratsioonigradiendi suunas. Kuid transpotrt võib toimuda ka kontsentratsioonigradiendi vastases suunas (energiat vajav protsess). Passiivne difusioon tähendab ilma valkude abita difundeerimist läbi rakumembraani. Kui ühelpool membraani on osakesi rohkem kui teisel pool, siis
võimaldab Idenfitseerida segus olevaid komponente väga väikese proovi mahu juures. ÕK kromotograafias viiakse protsess läbi plaatidel, mis on saadud sorbendikihi kandmisel klaas- alumiinium,- või mõnest muust lahustit mitteimavast materjalist lehele. Mida väiksem on sorbendiosakese läbimõõtsed lihtsam on aine tuvastamine. Voolutitena kas puhtaid lahusteid või nende segusid. Polaarsete ainete lahutamiseks sobivad polaarsed , apolaarsete ainete lahutramiseks sobivad apolaarsed voolutid. Normaalfaaskromotograafia polaarne adsorbent ja apolaarne vooluti . Pöördfaaskromotograafia- apolaarne adsorbent ja polaarne vooluti Kui lahutatavad kombonendid ei ole värvilised võib kasutda UV- kiirgust v mõünda muud ilmutusreagenti. Rf= ühendi kaugus stardijoonest/ lahustifrondikaugus stardijoonest.Meie töös uuriti aminohapete lahutamist tõusva vooluga vertikaalse ÕK kromotograafia abil. Meetod põhineb
PEPTIIDID. 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete (valkudes esinevate, harilike) aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminohappeid klassifitseeritakse proteogeenseteks ja aproteogeenseteks nende kuuluvuse järgi valkude koosseisu. Klassifitseerimise aluseks võivad olla ka kõrvalahelda omadused: - Suurus (suured ja väikesed) - Polaarsus (apolaarsed ja polaarsed neutraalsed) - Hüdrofoobsus (hüdrofoobsed ja fiilsed) - Happelisus (happelised ja aluselised) LIISI KINK 10 BIOKEEMIA test I NIMETUS SÜMBOL TÄHIS RADIKAAL -R 1 Glütsiin Gly G H- 2 Alaniin Ala A CH3- 3 Valiin Val V (CH3)2-CH-
· ensüümvalgud · transportvalgud · kaitsevalgud · kontraktiilsed valgud · retseptoorsed valgud · regulatoorsed valgud · depoovalgud · eksporditavad valgud 14. Millised on lipiidide põhilised liigid ning nende bioloogilised funktsioonid? Fosfoglütseriidid on glütserooli estrid, milles kaks OH-rühma on esterdatud rasvhapetega ja üks fosforhappega. Fosfolipiidid on rakumembraanide oluline ehitusmaterjal, nad moodustavad ca 90% membraani lipiididest. Vahad on apolaarsed lipiidid, mis keemiliselt ehituselt on rasvhapete ja pika süsinikuahelaga alkoholide (nn rasvalkoholide) estrid. Looduses omavad vahad kaitsefunktsiooni Steroidid on lipiidid, mis sisaldavad tsüklilist struktuuri nn steroidtuuma, mille moodustavad omavahel seotud kolm tsükloheksaani tsüklit ning üks tsüklopentaani tsükkel. Steroidid sisalduvad sapisoolades ning erituvad soolestikku ja osalevad rasvade suspendeerimisel
3. Riboos, desoksüriboos 4. Galaktoos 5. ** Sahharoos: transportühend taimedes 6. Laktoos 7. Maltoos Lipiidid 1. Triglütseriidid: õlid, rasvad: (energia)varu, kaitse 2. Vaha 3. Fosfolipiidid (Glütserool+2 rasvhapet+fosfaat koliiniga (N-sisaldav hüdrofiilne aine)): membraanide põhielement 4. Steroidid (kolesterool): stabiliseerivad membraane madalamal temperatuuril Aminohapped Valkudes 20 Apolaarsed: Gly, Ala, Val, Leu, Ile; Met (S); Phe, Trp, Pro Polaarsed: Ser (-OH), Thr (-OH), Cys (-SH), Tyr (-OH), Asn, Gln Laetud: Aluselised: Lys, Arg, His (N) Happelised: Asp, Glu Vabu rohkem, mõned ka erandlikes valkudes. 3 Üldbioloogia. 1.-2. Vitamiinid: funktsionaalne rühm, ensüümide aktivaatorid, koensüümid, mida organism ise ei suuda sünteesida.
konjungeeritud alusest (tavaliselt soolast), puhverlahuse tema mingi parameeter säilitab püsiva väärtuse. Gibbsi vabaenerga · G= 0, reaktsioon on tasakaalus · G < 0, produktide siseenergia on väiksem kui reaktantidel, reaktsioon kulgeb spontaanselt (eksergooniline) · G > 0, produktide siseenergia on suurem kui reaktantidel, reaktsioon ei kulge spontaanselt (endergooniline) Aminohapete klassifitseerimine · proteogeensed (esinevad valkude koostises) apolaarsed, polaarsed, happelised, aluselised · aproteogeensed ei esine valkude koostises Peptiidside aminohapetes esineb trans-konfiguratsioonis, iseloomult 40% kaksikside, lühem kui tüüpiline üksikside ja pkem kui tüüpiline kaksikside, põhiskelett kergelt laetud, tänu osalisele kaksiksideme peptiidsideme 6 aatomit on planaarselt Liitvalkude prosteetilised rühmad glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinid Valkude bioloogilised funktsioonid
rasvalkohol taimede kaitseks). Fosfolipiidid (membraanide põhielement, üks ots hürofiilne, teine -foobne). Steroidid (kolesterool, hormoonid, stabiliseerivad membraane madalal temperatuuril). NB! Lipiidid on paremad energia saamiseks kui sahhariidid, sest nad ei muuda raku keskkonda üldse, sest nad ei lahustu vees. Energeetiline, ehituslik, kaitse (külma eest). 3) Aminohapped (süsinikskelett, aminorühm, happerühm, valkudes 20tk). Apolaarsed (valgu mehhaanilise struktuuri loomiseks, neutraalse laenguga, Gly, Ala, Val, Leu, Ile; Met (S); Phe, Trp, Pro). Polaarsed (kujundavad kõrgemat järku struktuure gloobuleid, ebavõrdne laeng molekulis, Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln). Laetud (aluselised Lys, Arg, His, happelised Asp, Glu). 4) Vitamiinid (ensuumide aktivaatorid, funktsionaalne rühm, koensüümid, mida organism ei suuda ise sünteesida). Makromolekulid: 1) Polüsahhariidid (monosahhariididest)
(Õpik lk 35-44) 1. Aminohapped: molekuli ehitus, proteogeensete aminohapete üldarv, grupid tulenevalt keemilisest ehitusest, struktuurid, nimetused ning ühe- ja kolmetähelised koodid. Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Aminohapped koosnevad karboksüülrühmast, aminorühmast ja kõrvalahelast. Proteogeenseid ehk alfa- aminohappeid on 20. Aminohapped jagunevad: 1. Apolaarsed ehk hüdrofoobsed 2. Polaarsed ehk neutraalse kõrvalahelaga 3. Happelised ehk negatiivse laenguga 4. Aluselised ehk positiivse laenguga Ebaharilikud aminohapped: Hüdroksülüsiin ja proliin (kollageen) Fosforüleeritud aminohapped (signaalülekanne): Fosfoseriin, -treoniin, -türosiin. 2. Aminohapete dissotsiatsioon millised ioonsed vormid esinevad? pKa1, pKa2 ja pKa3 (pKaR) mõiste, ligikaudsed väärtused. Aminohappe pI ja kuidas ta avaldub. Aminohapete ioonsed vormid: 1
Võimalik ka monotoopne sidumine membraanile (ulatuvad vaid ühte lipiidikihti). Lipiid-ankurdatud valgud. Ankurdatud membraani tänu kovalentsele sidemele lipiididega. Valkude pöörduv ankurdamine membraanile ja vabastamine membraanilt kontrollib signaaliülekannet. 4 ankru tüüpi: Amiid-seotud müristüülankrud; Tioester-seotud (rasvhappe-) atsüülankrud; Tioeeter-seotud prenüülankrud; Glükosüül-fosfatidüülinositoolankrud. 3. Membraanitransport. Vähesed apolaarsed ained lahustuvad membraani lipiidses kaksikkihis ning suudavad iseseisvalt läbida membraani. Polaarsed ja laetud ühendid ning ioonid ei suuda läbida membraani ilma membraanivalkude abita. Tüübid: passiivne difusioon ja soodustatud difusioon ei vaja välist energiat, kulgeb kontsentratsiooni või laengu gradiendi suunas. Aktiivne transport (primaarne ja sekundaarne) kulgeb vastu kontsentratsiooni gradiendi suunda, vajab ATP hüdrolüüsi või ioongradiendi energiat
Milliseid ebaharilikke aminohappeid teate? Valkude koostises on 20 alfa-aminohapet ehk proteogeenset aminohapet. Koosneb alfa- süsinikust, karboksüülruhmast, aminorühmast, kõrvalahelast. Kõrvalahelad erinevad suuruse, ruumilise kuju, fun.rühmade, laengu, vesiniksidemete moodustamise võime, hüdrofoobsuse ja keemilise reaktiivsuse poolest. (Fun.rühmad alkoholid, tioolid, tioeetrid, karboksüülhapped, karboksamiidid ja alused). Jagatakse: Apolaarsed ehk hüdrofoobsed aminohapped (Leu, Pro) Polaarsed, mille laeng on ebaühtlaselt jaotunud (Thr, Cys) Happelised ehk negatiivselt laetud (Asp, Glu) Aluselised ehk positiivselt laetud (Lys, Arg) Ebatüüpilised aminohapped: Kollageen, Fosfoseriin 2. Aminohapete dissotsiatsioon millised ioonsed vormid esinevad? pKa1, pKa2 ja pKa3 (pKaR) mõiste, ligikaudsed väärtused. Aminohappe pI ja kuidas ta avaldub. Kõigil aminohapetel on vähemalt kaks deprotoneeruvat fun
tagamine; globuliinid-alfa transport, beeta raua transport ja sidumine, gamma immuunsus; histoonid) – lahustuvad füs lahustes, kolloidolek, denatureeruvus, alfa- heeliksi domineerimine; ja liitvalgud – valgulistest ja mittevalgulistest osadest: (kromoproteiinid, fosfoproteiinid, glükoproteiinid, lipoproteiinid). • Füsio-keemiline klassifikatsioon: • Polaarsed (hüdrofiilsed) valgud (vesilahustuvad valgud) • Apolaarsed (hüdrofoobsed) valgud (praktiliselt vesilahustumatud valgud) • Amfifiilsed ehk amfipaatsed valgud, omavad molekulis hüdrofiilset ja hüdrofoobset osa – biomembraanide valgud Funktsionaalne klassifikatsioon: • Ensüümid – pepsiin, trüpsiin, amülaas jt • Transportvalgud – hemoglobiin, transferriin, vereseerumi albumiin, ioonpumbad jt • Struktuurvalgud – kollageenid, elastiinid, histoonid jt
vees, vastupidavad; ja globulaarsed (albumiinid-onkootse rõhu tagamine; globuliinid-alfa transport, beeta raua transport ja sidumine, gamma immuunsus; histoonid) lahustuvad füs lahustes, alfa-heeliksi domineerimine; liitvalgud valgulistest ja mittevalgulistest osadest:(kromoproteiinid, fosfoproteiinid, glükoproteiinid, lipoproteiinid). Füsio-keemiline klassifikatsioon: · Polaarsed (hüdrofiilsed) valgud (vesilahustuvad valgud) · Apolaarsed (hüdrofoobsed) valgud (praktiliselt vesilahustumatud valgud) · Amfifiilsed ehk amfipaatsed valgud, omavad molekulis hüdrofiilset ja hüdrofoobset osa biomembraanide valgud Funktsionaalne klassifikatsioon: · Ensüümid pepsiin, trüpsiin, amülaas jt · Transportvalgud hemoglobiin, transferriin, vereseerumi albumiin, ioonpumbad jt · Struktuurvalgud kollageenid, elastiinid, histoonid jt · Kontraktiilsed valgud aktiin, müosiin jt
..1,7 , siis - side on polaarne Kui aatomid on äärmuslikult erineva elektronegatiivsusega > 1,7 , siis - ioonne side. HÜDROFOOBSED INTERAKTSIOONID Apolaarsete ühendite ja apolaarseid aatomirühmi (aromaatsed tuumad, pikemad C- radikaalid) sisaldavate molekulide selline orientatsioon vesikeskkonnas, mis tagab nende minimaalse kontakti veega, st apolaarsete rühmade omavaheline "tõmbumine" vesikeskkonnas. Põhjendus: Vesikeskkonda sattudes apolaarsed (hüdrofoobsed) ühendid häirivad H-sidemetest tingitud vee sisestruktuuri. Taoliste molekulide või rühmade agregatsioon vähendab üldist hüdro-foobset pinda ja takistab süsteemi entroopia vähenemist. Amfifiilsed e amfipaatsed molekulid. Molekulid, mis sisaldavad nii hüdrofiilseid (polaarseid) kui ka hüdrofoobseid (apolaarseid) rühmi ning mida "tõmbab" sama-aegselt nii polaarsesse kui apolaarsesse keskkonda.
Valgud võivad adsorbeerida mitmesuguseid aineid ja ioone. See muudab need ained lahustuvateks või blokeerib nende toimet/toksilisust. 10. Makromolekulaarsus 9. Valkude klassifikatsiooni printsiibid, tähtsamad esindajad. (Lk64) Päritolu järgi: Loomsed, taimsed, bakteriaalsed, viiruste valgud Paiknemise järgi: membraan-, tsütoplasma-, mitokondri-, ribosoomi-, lüsosoomi jne valkudest. Füsiko-keemiline klassifikatsioon: 1. Polaarsed; 2. Apolaarsed; 3. Amfifiilsed Struktuurne klassifikatsioon: 1. Lihtvalgud a) Fibrillaarsed kollageenid, elastiinid, keratiinid, fibroiinid (fibrinogeen), müosiinid b) Globulaarsed albumiinid, globuliinid, histoonid, protamiinid, prolamiinid, gluteliinid 2. Liitvalgud: kromoproteiinid, fosfoproteiinid, glükoproteiinid, proteolipiidid, lipoproteiinid, nukleoproteiinid, metalloproteiinid ja liitensüümid. Funktsionaalne klassifikatsioon:
9 Molekulide kujud on ennustatavad valentskihi elektronpaaride tõukumise alusel: need elektronpaarid on üksteisest maksimaalsel kaugusel. Molekulid polaarsete kovalentsete sidemetega omavad dipoolmomenti ja on polaarsed (kui molekuli sümmeetria tõttu ei toimu pooluste vastastikkune “nullimine” ruumis). Molekulid, kus ei ole polaarseid kovalentseid sidemeid, on apolaarsed (mittepolaarsed). Lisa 1:Täiendavaid juhiseid anorgaaniliste ühendite valemite kirjutamiseks: Elemendisümbolite järjestus valemis: -elektronegatiivsuse järgi,KCl -iooni iseloomustav element esikohale, OH- -arvesta tegelikku struktuuri, HOCN -katioon enne aniooni,NaCl Koostisosade nimetused: -elektropositiivne koostisosa - vastava elemendi nimetus -elektronegatiivne koosstisosa –tuletatakse elemendi ladinaleelsest nimetusest pluss järrelliide “iid” näit.
optilisest aktiivsusest ja valgu konformatsioonist. Valgud võivad adsorbeerida mitmesuguseid aineid ja ioone. See muudab need ained lahustuvateks või blokeerib nende toimet/toksilisust. Makromolekulaarsus 9. Valkude klassifikatsiooni printsiibid, tähtsamad esindajad Päritolu järgi: loomsed, taimsed, bakteriaalsed, viiruste valgud Paiknemise järgi: membraan-, tsütoplasma-, mitokondri-, ribosoomi-, lüsosoomi jne valkudest. Füsiko-keemiline klassifikatsioon: Polaarsed, Apolaarsed, Amfifiilised Struktuurne klassifikatsioon: 1. Lihtvalgud a)fibrillaarsed kollageenid, elastiinid, keratiinid, fibroiinid(fibrinoogeen), müosiinid b)globulaarsed albumiinid, globuliinid, histoonid, protamiinid, prolamiinid, gluteliinid 2.Liitvalgud kromoproteiinid, fosfoproteiinid, glükoproteiinid, proteolipiidid, lipoproteiinid, nukleoproteiinid, metalloproteiinid ja liitensüümid Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapete jääkidest
jaotumine, mis mõjutab rakkude sümmeetriat jagunemisel. NÄITED: Inimese trofektrodermi ja ICM kujunemine toimub asümmeetriliste jagunemiste tulemusena. Kahe asümmeetrilise jagunemislaine (8–16 ja 16–32 rakku) käigus tekib kaks ruumiliselt ja molekulaarselt erinevat rakupopulatsiooni: välimised polaarsed rakud (apikaalne piirkond koos sinna kuuluvate determinantidega) on suunatud arenema trofektodermi (trofoblasti) rakkudeks ja sisemised apolaarsed rakud kujunevad pluripotentseteks ICM’iks, kust saavad areneda kõik rakud va trofektodermi rakud. Asümeetris sõltub lõigustustasa pinna asetusest polaarsustelje suhtes. Raku polarisatsioon ilma jagunemiseta: dünaamiline makrofaag, mis bakterit taga ajab, et ta fagotsüteerida. Ta tunneb bakteri kohalolu nii, et kui bakter jätab mingisuguse peptiidijäägi enda liikumise järel alles, tunneb makrofaag oma retseptoritega selle ära ja ta saab selle suunas liikuda
Aminohapped jaotuvad mitmesse klassi vastaval oma keemilisele koostisele ja omadustele. Siinkohal nimetan ainult klassid vastavalt laengule, mis on olulised valkude ruumilise struktuuri tekkel: Laetud aminohapped e. hüdrofiilsed aminohapped, mis jagunevad omakorda happelisteks ja aluselisteks vastavalt külgahela laengule. Laetud aminohapped osalevad valgu seondumisel teiste molekulidega ja nad on enamasti valgu ruumilises struktuuris väljaspool. Apolaarsed e. hüdrofoobsed aminohapped, mis ei sisalda laetud rühmi ja on seega hüdrofoobsed e. vett tõrjuvad. Need aminohapped on sageli valgu ruumilises struktuuris sisemuses, olles üksteise läheduses ja tõrjudes vett eemale. Valmis valkudele lisatakse sageli mitmesugusei rühmi (sünteesijärgsed modifikatsioonid), mille tulemusena tekivad modifitseeritud e. mittekodeeritud 6 aminohapped
Peptiidsidemes on nii H-sideme doonor kui akseptor, mis osalevad valgu sekundaarstruktuuri moodustumisel. Väga olulised ruumilise struktuuri tekkel on ka tsüsteiinijääkidel, mis moodustavad disulfiidsidemeid – need hoiavad ruumilise struktuuri stabiilsena. Laengu alusel jaotatakse AH-d: laetud aminohapped ehk hüdrofiilsed jagunevad omakorda happelisteks ja aluselisteks (vastavalt külgahela laengule). Osalevad valgu seondumisel teiste molekulidega ja on struktuurist väljaspool. Apolaarsed ehk hüdrofoobsed laetud rühmadeta. Esinevad ruumilise struktuuri sisemuses ja on üksteise läheduses Valkude sünteesijärgne modifikatsioon: valmis valkudele lisatakse mitmesuguseid rühmi, mille tulemusena tekivad modifitseeritud ehk mittekodeeritud aminohapped. 5 Fosforüleerimine – fosforhappe jäägi lisamine Atsetüleerimine – äädikhappe jäägi lisamine amiidsideme abil NH2-le Metüleerimine – APPI
annaabi.ee 
