Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA Esineb tandemkorduste blokkidena, mis võivad olla lihtsad (<10 bp) või keskmiselt kompleksed (10-100 bp). Sõltuvalt blokkide suurusest jaotatakse kolmeks alamklassiks: 1) Satelliit DNA 2)Minisatelliit DNA. 3)Mikrosatelliit DNA 1)Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised.*Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt peritsentromeerselt. Esineb kolme tüüpi I, II, III, mida saab eraldada tiheduses gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks. *Eraldi klass alpha satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait) 2)Minisatelliit DNA: *Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused. *Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritu...
RNA geenid ja nende klassid- momendil üle 3000 RNA geeni, arv on arvatavasti tugevalt allahinnatud. snoRNA, snRNA, miRNA, rRNA, tRNA, AntisenseRNA. rRNA geenid-Inimesel umbes 700-800 rRNA geeni(16S ja 23S ribosomaalse rRNA ja 28S, 5.8S, 5S ning 18S tsütoplasmaatilise rRNA geeni), mis on organiseeritud 44 kb pikkuste tandeemsete klastritena. 28S, 5.8S ja18S rRNA geenid sünteesitakse ühe transkriptsiooniühikuna, mis koosneb viiest klastrist. Igas klastris on 20-30 tandemkordust (kromosoomide 13, 14, 15, 21 ja 22 p õlgades). 5SrRNA paikneb 1q41-42. Samuti tandeemselt organiseeritud. Vähemalt 200-300 geeni. Esineb palju seotud pseudogeene, vähemalt 3000 5SRNA puhul. tRNA geenid- Umbes 500 tRNA geeni ja arvukalt pseudogeene (324) vähem tsütoplasmaatilisi tRNA geene (497) kui C.elegans(584). Jaotatakse 49 perekonda vastavalt antikoodoni spetsiifikale (kolmanda aluspaari kõdumine!). Geenid kõikides kromosoomides v.a. 22 ja Y. Paiknevad kla...
G:C 3 vesiniksidet DNA struktuur DNA esineb paremalepöörduva kaksikheeliksina (B-DNA) Mis on geen? Geen Kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt ühe või mitme tunnuse arengu Geen DNA molekuli funktsionaalne lõik (kindel nukleotiidne järjestus), mis sisaldab informatsiooni ühe valgu sünteesiks Inimese genoomis on umbes 30 000 geeni! ekson kodeeriv nukleotiidijärjestus Intron mittekodeeriv nukleotiidijärjestus NB: GC rikastes alades geene rohkem ja intronid lühemad! DNA kromosoomides Kromosoom Struktuurselt individuaalne element rakutuumas, mille moodustavad DNA ja temaga seonduvad valgud Kromatiin Nukleoproteiidne kompleks, mis sisaldab DNA-d, valke ja RNA-d DNA kromosoomides Igal kromosoomil on oma territoorium Ka kromosoomisisene struktuur Geenirikkad alad koondunud kokku aitab tõsta transkribeerimise efektiivsust? DNA kromosoomides
Speiser- geenide vaheline ala. Prokarüoodi geenis puuduvad.Operaator- negatiivne geenireg piirkond (bakteris). Repressor- DNAd siduv valk mis represeerib transkriptsiooni.cDNA- complementary DNA- küpsest mRNAst (RNA sõltuvast DNA polumeraasi abil ) sünteesitud DNA. Enhansereid vaja transkriptsiooniks. microRNAs (miRNA) üheahelalised RNA molekulid 21-23 nukleotiidi pikad. Reguleerivad geeniekspressiooni. miRNAd kodeerib geen mis on transkribeeritud DNAlt kuid ei ole transleeritud valguks ( mittekodeeriv DNA)Mediaatori funkts: (valgukompleks 50 erinevast valgust). Tähtis koaktovaator, Transkriptsiooni kontroll PolI ja II kaudu, transkriptsiooni aktiveerimine. Aitab edastada signaale PolII-te ja transleerida aktiivsuse tõstmiseksKromosoom-pärilikkuse salvestaja, geenide materiaalne kandjaMobiilne DNA- DNA, mis saab ringi liikuda genoomi siseselt: transposoomid (retro-, DNA transposoomid, lisajärjestused), plasmiidid, bakteriofaagid, II rühma intronid
Mõjutavad geeniekspressiooni translatsiooni tasemel - seondudes mRNA molekulile, põhjustavad mRNA translatsiooni represseerimist.miRNA võib olla seondunud mitme erineva mRNA-ga, sest seondumisel ei pea RNAd olema täielikult homoloogsed nagu seda siRNAde korral. NB! miRNA on endogeense päritoluga 10. Nimeta RNA alatüübid ja nende olulisemad funktsioonid? 1. Kodeeriv RNA ehk mRNA , mis transleeritakse valgujärjestuseks . 2. Mittekodeeriv RNA ehk ncRNA, mida ei transleerita valguks. snoRNA- osalevad rRNA, snRNA, tRNA keemilises modifitseerimises ja protsessingus. snoRNA geenid asuvad rRNA geenide intronites. snoRNA moodustab komplekse valkudega snoRNP. Otsmised pöördkordusjärjestused (nt IS elemendil)- mõlemas otsas on IR järjestused (inverted repeat) ehk 9 50 bp otsmised pöördkordusjärjestused (vastassuunalised, palindroomsed)
polüpeptiidid) 2. Mitmed rajad on harulised "Üks geen üks ensüüm" "üks geen üks polüpeptiid" Praegu: Üks geen võib anda rohkem kui ühe polüpeptiidi Alternatiivne splaissing on koespetsiifiline. Paljud geenid transkribeeritakse RNAsse kuid nende järgi ei moodustu valku ( rRNA, tRNA, snRNA). See on oluline geenide regulatsioonis ontogeneesis Ka mittekodeeriv DNA reguleerib geenide ekspressiooni Pärilikud haigused inimesel seotud ensüümide puuduse või madala aktiivsusega Sageli pleiotroopne efekt fenotüüp võib olla patsientidel erinev: Fenüülketonuuria (PKA) I tüüpi Albinism TaySachs'i tõbi Fenüülketonuuria Mutatsioon fenüülalaniin hüdroksülaasi geenis, mis takistab fenüülalaniini konverteerimist türosiiniks
c. miRNA seostub mRNA 3' UTR-le represseerib geeni ekspressiooni. 36. Nonsense-mRNA vahendatud lagundamine(NMD). a. Esineb tsütoplasmas, vahendab kiiret mRNAde lagundamist, kus stopkoodonid esinevad mRNAs enne viimast splaissimisliidest. 37. Mis vahe on inteiinil ja intronil? a. Inteiin kindel sisemine valgu osa, mis lõigatakse välja valkude splaissimisel. b. Intron eukarüootse geeni mittekodeeriv piirkond, mis trankribeeritakse RNA-ks, ent seejärel lõigatakse splaissingu tulemusena välja. 38. Mis juhtub, kui polüadenülatsiooni motiivis (AAUAAA) või RNAP II CTD alas on mutatsioon? a. CTD mutatsioon takistab seondumist TF-de ja DNA-ga, inhibeerib transkriptsiooni. TF-d ei seondu. b. AAUAAA mutatsioon takistab polü A saba lisamist, spetsiaalsed faktorid ei seondu (vale lokalisatsioon, häiritud translatsioon,
Transkriptsioon- RNA molekuli süntees DNA info põhjal. DNA ahelale sünteesitakse komplementaarne RNA üksikahel, mida nimetatakse transkriptiks. RNA- üksikahelaline polünukleotiidide ahel. Suhkruks on riboos. Alusteks adeiin, guaniin, tsütosiin ja uratsiil. RNA molekulide tüübid: mRNA- kodeerib valke (translatsioon) tRNA- transpordi RNA rRNA- ribosoomide koostises snRNA- väikesed tuuma RNAd, osalevad nitronite splaissimisel. RNA sünteesiks ei ole vaja praimerit. Iga RNA molekuli süntees algab uue molekuli sünteesiga päris algusest. RNA polümeraas- ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA ahela. Pöördtranskriptsioon e. revertaas- ensüüm, mis sünteesib RNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Vajab praimerit. Promootor- DNA järjestus, millele RNA polümeraas seondub. Selle abil saab reguleerida geeni ekspressiooni. Konstitutiivne promootor- ekspressioon toimub kogu aeg igas taime osas. ...
6. Kolm põhilist RNA-de klassi rakkudes, nende funktsioonid. mRNA- kannab informatsiooni DNAlt ribosoomile. mRNAde kodeerivad järjestused määravad aminohappelise järjestuse sünteesitavas valgus.Rakulised organismid kasutavad seda geneetilise informatsiooni vahendajana; osaleb aminohapete kokkuliitmisel polüpeptiidideks. (messenger) tRNA- Transpordib aminohappeid ribosoomi. tRNAl on piirkonnad aminohapete seondumiseks ja antikoodonregioonid koodonite äratundmiseks mRNA ahelal. Mittekodeeriv RNA. (transport) rRna- ribosoomi katalüütiline komponent. Moodustab koos valkuteda tsütoplasmas nukleoprotiini e ribosoomi. Ühendab aminohapped omavahel valkudeks. Mittekodeeriv RNA(ribosoomi) 7. Mis on replikatsioon, kuidas see toimub? DNA kahekordistumine, selle tulemusena saadakse ühest DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidse järjestusega DNA molekuli. Raku DNA replikatsioon algab spetsiifilistelt genoomi lõikudelt, mida kutsutakse originideks
funktsionaalseks, Transpositsioonis on edukaimad RNA polümeraas III transkriptid. Alu kordusjärjestused on arvatavasti pärit 7SL RNA protsessitud pseudogeeni koopiatest. Klasterdatud geeniperekonnad sisaldavad sageli protsessimata pseudogeene või geenifragmente (HLA I perekond 6p21.3 koosneb 20 geenist). Protsesseeritud pseudogeenid ja retrogeenid tulenevad RNA transkriptide pöördtranskriptsioonist (LINE-1 elemendid) ja integratsioonist genoomi. 18. Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA esineb tandemkorduste blokkidena, mis võivad olla lihtsad (<10 bp) või keskmiselt kompleksed (10-100 bp). Sõltuvalt blokkide suurusest jaotatakse kolmeks alamklassiks: Satelliit DNA, Minisatelliit DNA ja Mikrosatelliit DNA. Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised, Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt
kuigi genoomi suurus erineb neli suurusjärku. Järelikult erinevus genoomi suuruses põhineb mittekodeerivatel korduvatel DNA järjestustel. (50% maisi genoomist on retrotransposoonid). Inimese haploidne genoom sisaldab ~3,2x109 aluspaari, mis on jaotatud 23 kromosoomi vahel. Keskmine kromosoomi pikkus ~108 bp. Suurem osa tuuma DNA-st on vajalik kromosoomide ja genoomi struktuuri tagamiseks, aga mitte valkude kodeerimiseks. Kui intronid kodeerivast DNA-st välja arvata, siis mittekodeeriv on tavaliselt üle 90% DNA-st Maisil on kodeeriv osa ~1% genoomist. Regulaatorvalke kodeerivate geenide osa moodustab eukarüootides ligikaudselt 10-15% kogu geenide arvust. Eukarüootse DNA klassifikatsioon Kodeeriv DNA · üksikgeenid (võib esineda ainult üks koopia, 25-30% valku kodeerivate geenide arvust). · duplitseerunud ja divergeerunud geenid, 50% valku kodeerivate geenide arvust. (Duplitseerunud geenid, mis kodeerivad valgud sarnase, aga mitte identse
45. Nonsense mediated decay ühe või enam eksoni vahele jätmine, mis põhjustab ekson-intron liidese vahetus 3' läheduses Stop koodoni sissetuleku, mis kuulub mRNA järelvalve mehanismide hulka. Ta vahendab kiiret mRNAde lgundamist, kus Stop koodonid esinevad mRNAs enne viimast splaisiliidest. 46. Inteiin proteiini segment, mis on võimeline eemaldama ennast ja taasühenema eksteiini peptiidsidemega. Nad on väga võimekas proteiini splisingus. Intron on eukarüootse geeni mittekodeeriv piirkond, mis transkribeeritakse RNA molekuliks, ent seejärel lõigatakse sealt splaisingu tulemusena välja.Vahe on selles, et intronid lõigatakse välja ja eksonid (inteiinid) liidetakse kokku. 47. Peaagu kõik mRNAd sisaldavad järjestust AUAAA, mis asub polü(A) sabast 10-35bp ülavoolu. Kui see AUAAA ära muteerida, siis RNA transkriptide polüadenüülimist peaagu ei esine. Muteerimisel need polü(A)-sabata transkriptid kogunevad tuuma ning suunatakse lagundamisele
LIISI KINK 1 VIROLOOGIA Grupp III dsRNA viirused Ehkki kõik need viirused erinevad, lisaks erinevate peremeesorganismide kasutamisele, teineteisest oluliselt ka genoomide ning virionide organisatsiooni poolest, leidub nende elutsüklites küllalt palju ühiseid jooni. 1. SUGUKOND BIRNAVIRIDAE Birnaviirustel on kahest segmendist koosnev dsRNA genoom, mille ahelate 5'-otstes asub kovalentselt kinnitunud genoomiga seotud valk (VPg, terminaalne valk) ning seetõttu moodustab birnaviiruste genoomne RNA VPg kaudu iseloomulikke mittekovalentseid tsirkulaarseid struktuure. Üks genoomi segment transleeritakse polüproteiinina, mis lõigatakse valmis valkudeks...
kromosoomide samas lookuses ja toimivad sama tunnuse kujunemisele, tekitades selle eri vorme või avaldumisastmeid. Dominantne alleel alleel, mille poolt määratud tunnus alati avaldub (tähistatakse suurtähega nt A ). Retsessiivne alleel alleel, mille poolt määratud tunnus avaldub vaid dominantse alleeli puudumisel (tähistatakse väiketähega nt a). 28. Introni ja eksoni mõiste. Intron on geeni mittekodeeriv lõik, mis jääb eksonite vahele. Ekson on geeni kodeeriv lõik. 29. Mis on struktuursed geenid, mis reguleerivad geenid? Struktuursed geenid määravad raku ehituses ja ainevahetuses osalevate valkude, tRNA ja rRNA sünteesi. 8 Reguleerivad geenid kontrollivad struktuurgeenide avaldumist. 30. Mis on geeni ekspressioon e. geeni avaldumine? Geeniekspressioon ehk geeni avaldumine ehk geeni ekspressioon on organismi geneetilise info
miRNA – mikro RNA, osaleb geeniregulatsioonis siRNA – small interfering RNA, osaleb geeniregulatsioonis piRNA – piwi-interacting RNA, peamiseks funktsiooniks on transopsoonide kaitse SRP RNA – signaali äratundmis kompleksi RNA komponent. Funktsiooniks ko-translatsiooniline translokatsioon ja post-translatsiooniline transport. IncRNA – pikk mittekodeeriv RNA, reguleerib geenide transkriptsiooni ning osaleb epigeneetilises regulatsioonis TERC – telomeraasi RNA komponent Rnaaside RNA komponent scaRNA – väikesed cajal keha RNAd • • Regulatoorse RNA liigid ja klassifitseerimine 1. miRNA – mikro RNAsid leidub eukarüootsetes rakkudes. miRNAd toimivad läbi RNA interferentsi, kus miRNA efektorkompleks ja ensüümid
Spetsiifiline proteolüütiline töötlemine- väiksemaks lõikamine Mitmeahelaliste valkude moodustamine- üks valk võib koosneda mitmest peptiidist Valkude aktiivusse kestvus on erinev- mõned lülitatakse välja, lagundatakse, tagasiside inhibatsioon- kui produkti liiga palju, siis inhibeeritakse transkriptasioon Geeni struktuur: Enhanser- võimendi Promootor- lüliti TATA box- transkriptsiooni faktorite kinnituskoht Ekson- kodeeriv ala Intron- mittekodeeriv ala, lõigatakse välja 9. Transkriptsiooni ja antibiootikumid Rifamütsiin-seostub RNA polümeraasile. Aktinomütsiin D-seostub DNA-ga ja peatab mRNA ahela pikenemise. Erütromütsiin ja spectinomütsiin-mõjutavad mRNA seostumist ribosoomidega. Kloramfenikool, linkomütsiin ja tetratsükliin seostuvad ribosoomiga ja blokeerivad elongatsiooni. Streptomütsiin inhibeerib peptiidi sünteesi initsiatsiooni ja elongatsiooni 10. Geneetiline muutlikkus e. pärilik muutlikkus e
iseloomulikud valgud ja mittekodeerivad RNAd -> iseloomulikud morfoloogilised, biokeemilised, funktsionaalsed jne. tunnused.Rakutüübid säilitavad oma erijooned. Epigeneetiliselt (mitte mutatsioonid ja rekombinatsioonid): kromatiini erinev repressioon, kondensioon ja pakkimine; kromatiin valkude erinevad post-translatsioonilised modifikatsioonid; DNA erinev kovalentne modifikatsioon;valke mittekodeerivate RNA de erinev avaldumine. Mittekodeeriv RNA Xist represseerib ühe Xkromosoomi varase emas-embrüo kõigis rakkudes. Pöördumatu heterokromatiniseerumine. DNA demetüleeritakse replikatsioonil. Metüültransferaasid metüleerivad uue ahela vana ahela põhjal. Embrüonaalse arengu liikumapanev printsiib. Preformism vs epigenees.Preformism: täsikasvanud organism on miniatuursel kujul sugurakkused olemas enne viljastamist, loomishetkeks peale. Areng- kasvamine, lahtihargnemine, mitte uue tekkimine. Epigenees:täiskasvanu
o HN (hemaglutiniin-neuraminidaas) o F (fusion valk) mis põhjustab pH-st sõltumatut viiruse ja raku membraanide liitumist. Nukleokapsiid on spiaraalse konformatsiooniga ning koosneb genoomsest RNA-st ja kolmest valgust: N- valk, L-valk ja P- valgust. Nukleokapsiid on oma struktuurilt stabiilne, kuid transkriptsiooniliselt aktiivne. Genoom 15- 19 kb Genoomse 3’- otsas asub mittekodeeriv liider- järjestus (50b) ja 5’- otsas asub trailer- järjestus. Genoomis on olenevalt viirusest 6 – 10 geeni. Valgud Nukleokapsiidi valk (N- valk) L-valk. Redakteerimise protsess. M- valk P- geenis suur hulk geneetilist infot- samalt geenilt sünteesitakse erinevaid valke kasutades 5’- otsas asuvaid kattuvaid lugemisraame (“leaky scanning”) ja RNA redakteerimist, mille käigus lisatakse täiendavaid G-jääke
lineaarne). On GC rikas, seepärast tuuma DNAst kerge eraldada tsentrifuugimisel. mtDNAs puuduvad histoonide sarnased valgud. Kuna mitokondreid on rakus palju, siis nende koopiate arv eraldamisel suur ja neid on kerge amplifitseerida PCRiga. mtDNA suurus on väga varieeruv. mtDNA genoomi replikatsioon: Sarnane tuuma DNA replikatsiooniga (poolkonservatiivne) kuid tal on oma spetsiifiline DNA polümeraas. Toimub kogu aeg, mitte ainult S faasis, nagu tuuma DNA. Mittekodeeriv kontrollpiirkond moodustab lingu, mis funktsioneerib kui replikatsiooni piirkond. Mitokondriad kui organellid paljunevad, mitte ei moodustu de novo. mtDNA genoom: mtDNA geenid on tRNA, rRNA ja tsütokroom oksüdaasid, NADH-dehüdrogenaas, & ATPaasid . Mitokondriaalne geneetiline info ka tuumas: DNA polümeraas, replikatsiooni faktorid; RNA polümeraasid, transkriptsiooni faktorid; Ribosomaalsed valgud, translatsiooni faktorid, ah- tRNA süntetaasid; Samuti mõned tsütokroomid, NADH, ATPaasid.
1. Eukarüootide ja prokarüootide põhilised erinevused. · Prokarüootsed (eeltuumsed) bakterid ja arhed, rakutuumata, esineb ainult üks kromosoom, rõngas, superspiraliseerunud. Geenide hulk 400 4000. Rakkudel esineb rakusein, mis koosneb peptidoglükaanidest. Vastavalt rakuseina ehitusele toimub jaotus Gram (+)(ainult ühe membraanikihiga) ja Gram (-) (raku seina peal täiendav membraan, membraanide vaheline ala periplasmaatiline ala) bakteriteks. Bakteritel esinevad rakumembraani sissesopistused mida nim mesosoomideks. Mesosoomid on seotud DNA sünteesi ja valkude sekreteerimisega. Prokarüootsel rakul võivad esineda väljakasvud. Kui need on lühikesed, siis neid nim pili'deks ja need on vajalikud pinnaga seostumiseks. Suuremad väljakasvud kannavad nime viburid (flagella) ja on olulised liikumises. Bakterite viburid erinevad eukarüootide viburitest. Ei sisalda mikrotorukesi. On raku pinnaga seotud valg...
sidumine+aktivatsioon; ja 5S rRNA on põhimiseks funktsiooniks siduda omavahel 23S rRNA domeen 2 ja 5 ). Funktsionaalne ribosoom : 70S (2.30 MDa). 3 rRNA molekuli : 5S & 23S rRNA (suures), 16S rRNA (väikeses). Suur subühik: ~ 34 valku. Väike subühik: ~ 21 valku. EUKARÜOODID :2 subühikut : 40S (väike), 60S (suur). Funktsionaalne ribosoom : 80S (~ 4 MDa). 4 rRNA molekuli : 5S, 5.8S (on suure subühiku mittekodeeriv RNA komponent) & 28S rRNA (suur), 18S rRNA (väike). Suur subühik : ~ 50 valku. Väikse subühik : ~ 33 valku mida tähendab S nimedes 30S, 50S jne. Näitab, kui kergesti mingi osake tsentrifuugimisel põhja sadestub Valkude ja RNA struktuuri erinevad tasemed primaar- (1’) (aminohappe lineaarne järjestus), sekundaar- (2’) (AH järjestus on seotud vesenik sideme abil ) ja tertsiaarstruktuur (3’) (ühe polüpeptiid ahel ühe v mtme valgu
1. Eukarüootide ja prokarüootide põhilised erinevused. · Prokarüootsed (eeltuumsed) bakterid ja arhed, rakutuumata, esineb ainult üks kromosoom, rõngas, superspiraliseerunud. Geenide hulk 400 4000. Rakkudel esineb rakusein, mis koosneb peptidoglükaanidest. Vastavalt rakuseina ehitusele toimub jaotus Gram (+)(ainult ühe membraanikihiga) ja Gram (-) (raku seina peal täiendav membraan, membraanide vaheline ala periplasmaatiline ala) bakteriteks. Bakteritel esinevad rakumembraani sissesopistused mida nim mesosoomideks. Mesosoomid on seotud DNA sünteesi ja valkude sekreteerimisega. Prokarüootsel rakul võivad esineda väljakasvud. Kui need on lühikesed, siis neid nim pili'deks ja need on vajalikud pinnaga seostumiseks. Suuremad väljakasvud kannavad nime viburid (flagella) ja on olulised liikumises. Bakterite viburid erinevad eukarüootide viburitest. Ei sisalda mikrotorukesi. On raku pinnaga seotud valg...
Antisens RNA - RNA osad, mis reguleerivad geenide avaldumise aktiivsust. Antisens RNA-d ei transleerita. On transkribeeritud DNA antisens ahelalt. On komplementaarne transleeritava mRNA- ga. Môlemad RNA-d koos vôivad moodustada dupleksi ja inhibeerida valkude sünteesi. mRNA sünteesitakse vaid ühe DNA ahela (matriitsahela) põhjal, mida nim. ka RNA mõtteliseks ahelaks (sense strands). Teine DNA ahel on mittematriitsahel, millelt sünteesitakse antisens RNA (mittemõtteline) - mittekodeeriv. 119. RNA korrektsioon. mRNA posttranskriptsiooniline informatsiooni muutmine enne translatsiooni. Üksikute N-aluste struktuuri muutus (tsütosiini deamiinimisel tekib uratsiil). Inserteerides või deleteerides uridiinmonofosfaatjääke. C -> U-tüüpi mRNA korrektuur. Taimede mitokondrites tavaline; loomade sooltraktis. Spetsiifilise RNA-seoseline deaminaasiga toimub tsütosiini oksüdatiivne deamiinimine, moodustub uratsiil ja CAA koodonist UAA (terminaatorkoodoniks valgu sünteesil)
RB II – KORDAMISKÜSIMUSED 1 – 7. LOENG 1. Tuum 1. Tuumaümbris: tuumalähedane ruum, tuuma laamina (koostis, funktsioonid), karüoplasma, tuuma maatriks (kirjeldus, funktsioonid). Tuumaümbris koosneb kahest membraanist – sisemine, välimine tuumamembraan. Tuumalähedane ruum (perinuclear space) – see on ala, mis jääb kahe tuumamembraani vahele. Sisemises membraanis asuvad lamiinid, mis seovad endaga kromatiini ja tuuma valke. Tuuma laamina – valkude võrgustik, mis annab tuumaümbrisele toese. 1) Reguleerib genoomi organiseeritust ja kromatiini struktuuri a. interakteerudes otseselt kromatiiniga ja seostudes kaudselt kromatiini modifitseerivate ja reguleerivate valkudega 2) Reguleerib geeniekspressiooni a. Eraldab transkriptsioonifaktorid tuumaümbrisesse – piirab nende kättesaadavust nukleoplasmas 3) Vahendab tuuma ja tsütoskeletivahelisi struktuurs...
välismembraanis ka proiinid(valgud, mis on agregeerunud moodustama hüdrofiilseid poore), välismembraani ja rakumembraani vaheline ruum periplasma. (Bacillus Polymyxa) 2. Prokarüoodi raku ja genoomi suurus ~2 8µm Prokarüootses rakus esineb ainult üks rõngaskromosoom. Geenide hulk 400 4000. 3. Eukarüoodi raku ja genoomi suurus ~20 µm Geenide hulk 10 000 40 000. Suurem osa DNA-st mittekodeeriv. 4. Nimetage prokarüoodi (eubakter) ja eukarüoodi raku peamised erinevused Organell Prokarüoot Eukarüoot Tuum Puudub Esineb Rakumembraan Esineb Esineb Mitokondrid Puuduvad, oksüdeerumist Esinevad katalüüsivad ensüümid seotud rakumembraaniga Ribosoomid Esinevad Esinevad
Viirus siseneb rakku, DNA uncoatitakse, viiakse tuuma. Varased geenid toodavad suuri T ja väikseid t antigeene, mis hoogustavad rakukasvu. Replikatsioon vajab raku transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni hammasrattaid. T, näiteks, seondub DNA-ga ja kontrollib varaste ja hiliste geenide transkriptsiooni ning inaktiveerib p53 ja p105RB – põhjustades raku kasvu. Polüoomiviiruse genoomi kasutatakse väga efektiivselt: mittekodeeriv regioon on initsiatsioonisaitidega, hilistel valkudel on sama alguspunktiga mRNA, millest siis protsessingul saadakse kolm erinevat. Rõngaskromosoomi kasutatakse kahes suunas. Viirus vabaneb raku lüüsil. Patogenees. Igal viirusel spetsiifilised peremehed ja rakutüübid. JC ja BK on inimese viirused, mis ilmselt sisenevad hingamisteede kaudu, siis infitseerivad lümfotsüüte ja neere minimaalse tsütopatoloogilise efektiga. BK põhjustab neeru latentset infektsiooni, JC neeru-, B-
Genoom - organismi kõigi kromosoomide DNA. Organismi terviklik kromosoomikomplekt. Geneetilise info terviklik koopia. Bakteri genoom Inimese genoom Suhteliselt väike genoom. Suurus 10astmes Reeglina suur genoom. Genoomis on 6- 10 astmes 7 nukleotiidi. geenidele lisaks palju mittekodeerivat DNA-d - ca 98% genoomist on mittekodeeriv (aka “junk DNA”). Suurus (DNA pikkus) on 3 x 10’9 alusnukleotiidipaari. Lisaks nukleaarsele DNA-le esineb ka mitokondriaalne ja kloroplastide DNA. Genoom on pakitud 23 paarilisse kromosoomi. Suure osa
17 53. Mis vahe on inteiinil ja intronil? Inteiin valgu osa, mis suudab ennast välja lõigata ja taasühendada järelejäävaid osasid peptiidsidemega (valgu intronid). Enamik inteiine sisaldab ka endonukleaasset domääni, mis osaleb inteiinide levimises. Paljudes geenides on inteiini kodeerivad osad erinevates asendites. Intron - on eukarüootse geeni mittekodeeriv piirkond, mis transkribeeritakse RNA molekuliks, ent seejärel lõigatakse sealt splaisingu tulemusena välja. 54. Mis juhtub, kui polüadenülatsiooni motiivis (AAUAAA) või RNAP II CTD alas on mutatsioon? RNA Pol II Carboks Term Domain mutatsioon võib lüüa välja sealt Ser ja Tyr jääke, mistõttu seda enam ei saa fosforüülida, ning kaob transkriptsioonivõime. Peaagu kõik mRNAd sisaldavad järjestust AUAAA, mis asub polü(A) sabast 10-35bp ülavoolu. Kui see
tuumas, protsessitakse (pre-mRNA molekuli 5´ otsa lisatakse 7-metüülguanosiin, 3´ otsa polü-A saba ja splaissitakse) ning transporditakse seejärel tsütoplasmasse, kus toimub translatsioon (vt. ka eestpoolt, kus on võrreldud eukarüootset ja prokarüootset transkriptsiooni). Rakutuumas sisalduv RNA on nii koostiselt kui ka pikkuselt väga heterogeenne (heterogeneous nuclear RNA hnRNA). Suur osa sellest on mittekodeeriv, sisaldades pre-mRNA-st splaissingu tulemusena väljalõigatavaid intronjärjestusi, mis seejärel kiiresti degradeeritakse. Selleks, et kaitsta RNA-d ribonukleaaside (valgud, mis lagundavad RNA-d) eest, kaetakse RNA molekulid RNA-ga seonduvate valkude poolt. Selle tulemusena on eukarüootse RNA eluiga võrreldes prokarüootsega oluliselt pikem poolestusajaga viis tundi võrreldes bakteri RNA keskmiselt mõne minuti pikkuse poolestusajaga. RNA polümeraasid eukarüoodi rakus
Väga levinud geneetiline element. Drosophilas pisut rohkem kui pärmis, rohkem ka mittekodeerivat genoomi. Taimedes ja imetajates rohkem kui 50% mobiilsetest keemilistest elementides on vaigistatud. Inimesel ≈ 2% kodeerib valke, üle 50% transposoonidest pärinevad järjestused. Isekas DNA – organism ise ei saa valida, vaid teeb, mida geen ütleb. Kui geen tahab paljuneda, siis organism teeb seda. DNA-d ei huvita organism, vaid lihtsalt tahab, et teda saaks palju (so mittekodeeriv DNA). DNA transposoonid tüüp struktuuri iseärasus mehhanism näited 1. bakteri replikatiivsed otsmised pöördkordused. kopeeritakse koos Tn3 faag transposoonid Transposaas ja insertsioonidega resistentsuse marker. 2. bakteri „lõika-kleebi“ sama eelmisega. Nt. ABenne kui uude kohta Tn5; Tn10; Tn7; transposoonid resistentsus, transpoaas
tuumas, protsessitakse (pre-mRNA molekuli 5´ otsa lisatakse 7-metüülguanosiin, 3´ otsa polü-A saba ja splaissitakse) ning transporditakse seejärel tsütoplasmasse, kus toimub translatsioon (vt. ka eestpoolt, kus on võrreldud eukarüootset ja prokarüootset transkriptsiooni). Rakutuumas sisalduv RNA on nii koostiselt kui ka pikkuselt väga heterogeenne (heterogeneous nuclear RNA hnRNA). Suur osa sellest on mittekodeeriv, sisaldades pre-mRNA-st splaissingu tulemusena väljalõigatavaid intronjärjestusi, mis seejärel kiiresti degradeeritakse. Selleks, et kaitsta RNA-d ribonukleaaside (valgud, mis lagundavad RNA-d) eest, kaetakse RNA molekulid RNA-ga seonduvate valkude poolt. Selle tulemusena on eukarüootse RNA eluiga võrreldes prokarüootsega oluliselt pikem poolestusajaga viis tundi võrreldes bakteri RNA keskmiselt mõne minuti pikkuse poolestusajaga. RNA polümeraasid eukarüoodi rakus
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
