molekuli enda poolt. Splaissingureaktsioon ei vaja välist energiaallikat ega valkude aktiivsust. Kofaktorina on vaja vaba 3´-OH rühma kas GTP-lt, GDP-lt, GMP-lt või guanosiinilt (G-3´-OH) ning monovalentset ja divalentset katiooni. Splaissing toimub etapiviisiliselt: kõigepealt toimub fosfodiestersideme ülekanne ekson-intron ühendusalalt G-OH-le (RNA ahela katkeb eksoni ja introni ühendusalas), seejärel katkeb fosfodiesterside järgmise eksoni ja introni 3´- otsa vahel ning fosfodiesterside moodustub eksonite vahel. Väljälõigatud intron tsirkulariseerub molekulisiseselt (toimub veel üks fosfodiestersideme ülekanne). (3) Rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kahe-etapiliselt ribonukleoproteiin-partiklites splaissosoomides. Splaissosoomid sisaldavad snRNA molekule U1-U6 (U3 asub tuumakeses) ja üle 40 erineva valgu. snRNA-d ei ole tumas vabalt, vaid kuuluvad väikestesse RNA-valk kompleksidesse, mida nimetatakse snRNP-deks
d. *polüadenüleerimine mRNA 3' otsa lisatakse polü A-saba (kaitseb eksonukleaaside eest), enne toimub 3' otsa lõikamine e. *transport tuumast tsütoplasmasse läbi pooride tänu mRNA polü A-sabale. 23. Nimeta keemilised reaktsioonid, mis on pre-mRNA splaisingu taga. Missugused on need 3 staadiumit, mida katalüüsib splaisosoom? a. Transesterfikatsioon - *branchpointi A 2'-OH ja introni 5'-otsa fosfaatrühma-vaheline 2'5'-fosfodiesterside*ligeeritakse 2 eksonit 3'5'-fosfodiestersidemega b. Vabaneb lasiaadistruktuuriline intron, mis lagundatakse kohe Rnaaside poolt. 24. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? a. U1, U2,U5U6U4 ja U1U4. 25. Mis on GT-AG reegel? a. Intron algab alati GT'ga ja lõppeb AG'ga. 26. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. a. Splaissingut teostab splaissosoom snRNP + pre-mRNA. b
Nukleotiid 1. Suhkrujääk 2. Lämmastikalus 3. Fosfaatjääk Nukleosiid 1. Suhkrujääk 2. Lämmastikalus DNA struktuur Lämmastikalused: Adeniin (A), Tümiin (T), Tsütosiin (C) ja Guaniin (G) DNA struktuur 1. Selgroog ehk ühesuguse lüli kordus suhkrujääk + fosfaatjääk 2. Külgahelad lämmastikalused DNA struktuur (ühendused) Nukleotiidid polünukleotiidiahelas kovalentne fosfodiesterside Polünukleotiidiahelad vesiniksidemed A:T 2 vesiniksidet G:C 3 vesiniksidet DNA struktuur DNA esineb paremalepöörduva kaksikheeliksina (B-DNA) Mis on geen? Geen Kromosoomi kindlas lookuses paiknev pärivustegur, mis määrab otse või kaudselt ühe või mitme tunnuse arengu Geen DNA molekuli funktsionaalne lõik (kindel nukleotiidne järjestus), mis sisaldab informatsiooni ühe valgu sünteesiks
enda poolt. Splaissingureaktsioon ei vaja välist energiaallikat ega valkude aktiivsust. Kofaktorina on vaja vaba 3´-OH rühma kas GTP-lt, GDP-lt, GMP-lt või guanosiinilt (G-3 ´-OH) ning monovalentset ja divalentset katiooni. Splaissing toimub etapiviisiliselt: kõigepealt toimub fosfodiestersideme ülekanne ekson-intron ühendusalalt G-OH-le (RNA ahela katkeb eksoni ja introni ühendusalas), seejärel katkeb fosfodiesterside järgmise eksoni ja introni 3´-otsa vahel ning fosfodiesterside moodustub eksonite vahel. Väljälõigatud intron tsirkulariseerub molekulisiseselt (toimub veel üks fosfodiestersideme ülekanne). 3. Rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kahe-etapiliselt ribonukleoproteiin-partiklites – splaissosoomides. Splaissosoomid sisaldavad snRNA molekule U1-U6 ja üle 40 erineva valgu. snRNA-d ei ole tumas vabalt, vaid kuuluvad
6. Nukleiinhapete lühiiseloomustus. Rakkudes on laias laastus 2 erinevat nukleiinhapet-- DNA ja RNA-- millel on erinevad ülesanded-- DNA on geneetilise info kandja ja RNA on geneetilise info vahendaja. Nukleiinhapped on polümeerid, mille monomeerideks on nukleotiidid. DNA-l on kindel struktuur-- biheeliks, milles on kaks omavahel komplementaarset ja antiparalleelset ahelat. RNA molekule on erineva kuju ja pikkusega ning ka erinevate ülesannetega. Sünteesitav RNA on üheahelaline. 7. Fosfodiesterside. Side, mis moodustub ühe nukleotiidi fosfaatrühma ja teise nukleotiidi suhkrujäägi kolmanda süsiniku küljes oleva hüdroksüülrühma vahel. Fosfaatrühma fosfor on seotud 4 hapniku aatomiga: üks vaba hapniku aatom , kahe suhkrujäägi hüdroksüülrühma hapnik ja üks kaksiksidemega hapnik-- aineklassilt on tegu fosforhappe diestriga, millest tuleneb sideme nimetus -- fosfodiesterside. 8. Mida tähendab komplementaarsusprintsiip, millisel keemilisel asjaolul see põhineb?
kaksikheeliksis antiparalleelsed. DNA ühe ahela otsast on vaba 3' OH rühm ja teise ahela otsas vaba 5' fosfaat.Fosfodiestersidemed polünukleotiidiahelas tekivad sel viisil et kasvava DNA ahela viimase nukleotiidi suhkru vabale 3'OH rühmale lisatakse nukleosiidtrifosfaat, kus fosfaadid on seotud suhkru 5'C-ga.3'C küjes olev OH ühineb 5'C seotud fosfaadi H-aatomiga ning 3'C ja järgmise nukleotiidi fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside.Sideme tekkel eraldub vesi ja vabaneb pürofosfaat. 45)Bakterikromosoomi srtuktuur Kogu geneetiline info ühes kromosoomis. Bakteri kromosoom on rõngasmolekul mis asub nukleoidis. On kokku volditud moodustades 50-100 lingu. Ühe lingu moodustavad ligi 40 000 aluspaari. DNA superspilalisatsioon tekib siis kui üks DNA ahel on kaksikheeliksis teise, fikseeritud ahela suhtes roteerunud kas vasaku- või paremasuunaliselt. Paremasuunalise puhul on tegu
spetsiifilist nukleotiidset järjestust. 2) Osade rRNA prekursorite puhul kõrvaldatakse intronid autokatalüütiliselt, RNA molekuli enda poolt. Kofaktorina on vaja vaba 3´-OH rühma kas GTP-lt, GDP-lt, GMP-lt või guanosiinilt (G-3´-OH) ning monovalentset ja divalentset katiooni. Splaissing toimub etapiviisiliselt: kõigepealt toimub fosfodiestersideme ülekanne ekson-intron ühendusalalt G-OH-le, seejärel katkeb fosfodiesterside järgmise eksoni ja introni 3´-otsa vahel ning fosfodiesterside moodustub eksonite vahel. Väljälõigatud intron tsirkulariseerub molekulisiseselt (toimub veel üks fosfodiestersideme ülekanne). 3) Rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kahe-etapiliselt ribonukleoproteiin-partiklites splaissosoomides. Splaissosoomid sisaldavad snRNA molekule U1-U6 (U3 asub tuumakeses) ja üle 40 erineva valgu. snRNA-d ei
Retseptor on tavaliselt kovalentselt seotud mingi suurema struktuuri külge. Ligand on tavaliselt mõni vabalt liikuv väike molekul; võib olla ka mõne suurema struktuur teatud osa. Lämmastikalused ACGTU, struktuur – [Pilt]. Nomenklatuur. Nukleotiid – nukleiinhappe monomeer; molekul, mis koosneb suhkrujäägist, lämmastikalusest ja fosfaatrühmast. Nukleosiid - suhkrujääk koos lämmastikalusega. puriin pürimidiin. Fosfodiesterside – side, kus fosfaatrühm ning temaga seotud fosfaatrühm (või ta ainuüksi ise?) seovad estersidemete kaudu erinevaid struktuure; nt. lämmastikalustes. N: -C-O-P-O-P- O-C. 3´ ja 5´ otsad – tähistavad süsinikke suhkrujäägil; 3’ ots on nukleiinhappe see ots, kus pole seotud suhkrujäägi 3’ süsinik; 5’ otsas pole seotud suhkrujäägi 5’ süsinik. Stacking – Interkalatsioon - DNA B vorm RNA A vorm Glükosiidside – ühendab glükoosijääki mingi teise struktuuriga
· Telomeeride funktsioonid: Takistavad DNA molekulide otste lagundamist nukleaaside poolt. Takistavad erinevate DNA molekulide otste kleepumist. Võimaldavad lineaarsete DNA molekulide otste replitseerumist, ilma et DNA molekulid kaotaksid replikatsiooni käigus otstest geneetilist materjali. 48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid. · Nukleiinhappeid sünteesitakse 5' -> 3' suunas. Fosfodiesterside moodustub ahela viimase nukleotiidi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi 5' süsinikuga seotud fosfaadi vahele. · Ensüümid, mis viivad läbi nukleiinhapete sünteesi: DNA polümeraas sünteesib ühele DNA ahelale komplementaarse DNA ahela; vajab praimerit, mis on paardunud matriitsahelaga (praimer lühike oligonukleotiid DNA või RNA ahel) RNA polümeraas sünteesib DNA ahelale komplementaarse RNA; seondub spets.
Lisaülesanded: 5.1) Sekveneerimissegu sisaldab nii dNTP kui ddNTP, mis on nende erinevus? dNTP-desoksü, ddNTP-didesoksü (2' ja 3' asendites vesinikud, terminaatornukleotiid). ddNTP ei inkorporeeru nii hästi, pannakse lahusesse suure kontsentratsiooniga (ülehulgas). 5.2) Kui ddNTP inkorporeerub kasvavasse DNA ahelasse, miks ekstensioon termineerub? 3' otsas on vesinik, ei saa moodustuda fosfodiesterside järgmise nukleotiidiga. 5.3) Pikemad järjestused (>1000 nt) sekveneeritakse järestuse otstest kahe erineva vastassuunalise praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Sest järjestused kuhjuksid üksteise peale ning pildi pealt pole neid kerge eristada. 5.4) Sekveneeritav DNA sade lahustatakse formamiidis, mis sisaldab 5 mM lõppkontsentratsiooniga EDTA-d (FA+EDTA lahus)
Käibel oleva mudeli kohaselt assambleeruvad viis splaisingus osalevat snRNAd pre-mRNAle moodustades suure ribonukleovalkkompleksi, mida nim splaisosoomiks. Pärast splaisosoomi moodustamist viib snRNPde ja pre-mRNA ulatuslik paardumine U1 ja U4 snRNPde vabastamiseni. Katalüütiliselt aktiivne ümberstruktureeritud splaisosoom viib läbi transesterifikatsiooni reakstiooni nii, et (1) moodustub branchpoint A 2'hüdroksüülrühma ja introni 5' otsa fosfaatrühma vaheline 2'5'-fosfodiesterside. Teise struktuurse muutuse tulemusena, teise transesterifikatsiooni reaktsiooni käigus, (2) ligeeritakse kaks eksonit omavahel 3'5'fosfodiestersideme moodustumise tulemusena, nii 7 et intron vabaneb harulise lariaat-struktuurina. Pikkade pre-mRNAde puhul osalevad eksoni äratundmisel SR valgud. SR valgud interakteeruvud eksoni järjestusega, mida nim eksoonseteks splaisingu võimendajateks (ESE).
Komplementaarsus: DNA: A=T C=G RNA: A=U C=G 3. Nukleosiidid ja nukleotiidid - struktuur, sidemed komponentide vahel, nomenklatuur. Tsüklilised nukleosiidmonofosfaadid. Nukeosiidi- ja trifosfaadid: roll, ehitus, fosfoanhüdriidsidemed. Nukleosiid lämmastikalus + suhkur Nukleotiid lämmastikalus+suhkur+fosforüülrühm 4. DNA primaarstruktuur- polünukleotiidahela ehitus, 3' ja 5' otsa tähendus, fosfodiesterside. Ahela lihtsustatud (skemaatiline) esitusviis. Miks on DNA hape? 5. DNA denaturatsioon - mõiste, denatureerivad faktorid, sulamiskõverad. DNA renaturatsioon. 80 kraadi juures DNA denatureerub, katkevad nõrgad sidemed ehk H sidemed. Kui temperatuur taastub, siis ahelad taastuvad, toimub renaturatsioon. 7. RNA liigid, nende bioloogiline roll, struktuur ja lokalisatsioon rakkudes. DNA ja RNA ahela erinevused. Ribosoomid mõiste, koostis, roll rakkudes. Ribosoomide ehitus ja funktsioon
Suhkrus tähistatakse C-aatomeid C1', C2', C3', C4' ja C5'. Fosfodiestersidemed polünukleotiidahelas tekivad sel viisil, et kasvava DNA ahela viimase nukleotiidi suhkru vabale 3'C-OH rühmale lisatakse nukleosiidtrifosfaat, kus fosfaadid on seotud suhkru 5'C-ga. Suhkru 3'C küljes olev OH-rühm ühineb lisanduva nukleotiidi (nukleosiidtrifosfaadi) suhkru 5'C-ga seotud fosfaadi H-aatomiga ning 3'C ning järgmise nukleotiidi fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside. Sideme tekkel eraldub vesi ja vabaneb pürofosfaat (PPi). Nukleiinhapet sünteesitakse 5' otsast 3' suunas. Kuna see on ainuvõimalik DNA ahela sünteesi suund, on DNA ahelad kaksikheeliksis antiparalleelsed. DNA molekuli ühe ahela otsas on vaba 3' OH-rühm, teise ahela otsas aga vaba 5' fosfaat. DNA kaksikheeliks püsib stabiilsena tänu paardunud lämmastikaluste vahel moodustunud vesiniksidemetele. Lisaks stabiliseerivad DNA-d ka külgnevate aluspaaride vahelised hüdrofoobsed sidemed.
Suhkrus tähistatakse C-aatomeid C1', C2', C3', C4' ja C5'. Fosfodiestersidemed polünukleotiidahelas tekivad sel viisil, et kasvava DNA ahela viimase nukleotiidi suhkru vabale 3'C-OH rühmale lisatakse nukleosiidtrifosfaat, kus fosfaadid on seotud suhkru 5'C-ga. Suhkru 3'C küljes olev OH-rühm ühineb lisanduva nukleotiidi (nukleosiidtrifosfaadi) suhkru 5'C-ga seotud fosfaadi H-aatomiga ning 3'C ning järgmise nukleotiidi fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside. Sideme tekkel eraldub vesi ja vabaneb pürofosfaat (PPi). Nukleiinhapet sünteesitakse 5' otsast 3' suunas. Kuna see on ainuvõimalik DNA ahela sünteesi suund, on DNA ahelad kaksikheeliksis antiparalleelsed. DNA molekuli ühe ahela otsas on vaba 3' OH-rühm, teise ahela otsas aga vaba 5' fosfaat. DNA kaksikheeliks püsib stabiilsena tänu paardunud lämmastikaluste vahel moodustunud vesiniksidemetele. Lisaks stabiliseerivad DNA-d ka külgnevate aluspaaride vahelised hüdrofoobsed sidemed.
Viie C-ga suhkur: RNA-s riboos, DNA-s deoksuriboos ja tsükliline alus: Puriinid: RNA-s ja DNA-s adeniin ja guaniin. Pürimidiinid: RNA-s uratsiil ja tsütosiin, DNA-s tümiin ja tüutosiin. Geneetilise materjali funktsioonid: 1.genotuubiline funktsioon (replikatsioon). 2. Fenotuubiline funktsioon (geeni avaldumine e. geeni ekspressioon). 3. evolutsiooniline funktsioon (mutatsioonid). 79. Milles seisneb DNA ahelate antiparalleelsus? DNA spetsiifilisuse näitajad. 5' - 3' keemiline polaarsus (fosfodiesterside) Antiparalleelsus (vastaspolaarsus): uks ahel on 5'->3' ja teine on 3'<-5' suunaline. Peegelpildi efekt. DNA spetsiifilisuse näitaja : A + T / G + C. DNA spetsiifilisust tõendab see, vesiniksidemed saavad moodustuda ainult kindlate paaride korral. 80. Valkude ehitus ja struktuursed vormid. Valk koosneb aminohappe jääkidest, mis on ühendatud peptiidsidemetega. Primaarne struktuur - aminohapete järjestus. Sekundaarne struktuur - alfa-heeliks ja beeta- sheets
Nukleotiidid on mitme prootiniga happed. NTPd on koensüümide komponendid; energiakandjad ATP on keskne molekul energia metabolismis; GTP on peamine energiaallikas valgu sünteesis; CTP on oluline metaboliit fosfolipiidide sünteesis; UTP aktiveerib suhkrud polüsahhariidide sünteesis. Nukleotiideide kooseisu kuuluvad N-alused toimivad äratundmisühikutena, ise nad metabolismis ei osale. 4. DNA primaarstruktuur- polünukleotiidahela ehitus, 3' ja 5' otsa tähendus, fosfodiesterside. Ahela lihtsustatud (skemaatiline) esitusviis. Miks on DNA hape? Nukleotiidid on ühendatud 3'5'-fosfodiestersidemetega. Nukleotiidide järjestust loetakse alati 5'-> 3' suunas. See vastab valgu puhul suunale N -> C DNA Skemaatiline ehitus: 5. DNA sekundaarstruktuuri vormid. Lineaarse biheeliksi B-vormi parameetrid. Teised võimalikud vormid (A, Z). DNA denaturatsioon - mõiste, denatureerivad faktorid, sulamiskõverad. DNA renaturatsioon.
kõrvaldatakse intronid autokatalüütiliselt, RNA molekuli enda poolt. Splaissingureaktsioon ei vaja välist energiaallikat. Kofaktorina on vaja vaba 3´-OH rühma nt GTP-lt ning monovalentset ja divalentset katiooni. Splaissing toimub etapiviisiliselt: kõigepealt toimub fosfodiestersideme ülekanne ekson-intron ühendusalalt G-OH-le (RNA ahela katkeb eksoni ja introni ühendusalas), seejärel katkeb fosfodiesterside järgmise eksoni ja introni 3´-otsa vahel ning fosfodiesterside moodustub eksonite vahel. Väljälõigatud intron tsirkulariseerub molekulisiseselt (toimub veel üks fosfodiestersideme ülekanne). 3. Rakutuumas asuvate pre-mRNA molekulide splaissing toimub kahe-etapiliselt splaissosoomides. snRNA-d ei ole tumas vabalt, vaid kuuluvad väikestesse RNA-valk kompleksidesse, mida nimetatakse snRNP. 62. mRNA molekulis asuva geneetilise informatsiooni muutmine – RNA editing. Geneetilist informatsiooni RNA molekulis võidakse muuta kahel viisil:
Valgusünteesi teostamine tunnuste kujunemiseks organismil) Tunnus Süsivesikud Lipiidid Valgud Nukleiinhapped Koostisosad Monosahhariidid Alkohol+rasvhapped Aminohapped Nukleotiidid Jäägid Jäägid Jäägid Jäägid Keemiline Glükosiidside Esterside Peptiidside fosfodiesterside põhiside Bioaktiivsed ühendid Ühendid, mis väikestes kogustes mõjutavad organismi ainevahetust 1) Organismi sisesese päritoluga: hormoonid, ensüümid 2) Organismiväline päritolu: vitamiinid (liitensüümide osad) Vitamiinid Eritingimused: 1) Vitamiine peab inimene saama toiduga, või mikroorganismide abiga. Teatud juhtudel süneesib ise (A ja D vitamiin). 2) Ööpäevas vajatakse mg...mikrogrammides 3) Organismis on vitamiinivarud (mõnest nädalast kuni aastani)
Peptiidoglükaanil 1. Joonistage RNA koostisesse kuuluva monosahhariidi struktuur (ka DNA kohta). (beeta-riboos)RNA (beeta-desoksüriboos)DNA 2. Milline suhkur kuulub DNA koostisesse (ka RNA kohta)? DNA RNA 3. Joonistage DNA ahelas nukleotiidijääke ühendav keemiline side (ka RNA kohta) (Pildil on RNA, kuid DNA kohta käib samasugune fosfodiesterside) 4. Milline on DNA on füsioloogilise pH juures? Negatiivse laenguga 5.Milline nukleotiid on kujutatud joonisel, kas ta kuulub DNA või RNA koostisesse(kõik neli NMP-d ja neli dNMP-d)? Guanosiin, kuulub DNA koostisesse 6. . Kas joonisel toodud nukleotiidis esineb puriin või pürimidiin lämmastikalus? (kokku 5 erinevat). Pürimidiin(tsütosiin) püriin(adeniin) püriin(guanosiin) püridimiin(tsümiin)
Käibel oleva mudeli kohaselt assambleeruvad viis splaisingus osalevat snRNAd pre-mRNAle moodustades suure ribonukleovalkkompleksi, mida nim splaisosoomiks. Pärast splaisosoomi moodustamist viib snRNPde ja pre-mRNA ulatuslik paardumine U1 ja U4 snRNPde vabastamiseni. Katalüütiliselt aktiivne ümberstruktureeritud splaisosoom viib läbi transesterifikatsiooni reakstiooni nii, et (1) moodustub branchpoint A 2'hüdroksüülrühma ja introni 5' otsa fosfaatrühma vaheline 2'5'- fosfodiesterside. Teise struktuurse muutuse tulemusena, teise transesterifikatsiooni reaktsiooni käigus, (2) ligeeritakse kaks eksonit omavahel 3'5'fosfodiestersideme moodustumise tulemusena, nii et intron vabaneb harulise lariaat-struktuurina. Pikkade pre-mRNAde puhul osalevad eksoni äratundmisel SR valgud. SR valgud interakteeruvud eksoni järjestusega, mida nim eksoonseteks splaisingu võimendajateks (ESE). Pärast ESEga seondumist vahendavad nad U1snRNPde
13. Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? (sama küsimus ka RNA kohta). V: Enamasti on geneetiline informatsioon kodeeritud kaheahelalises DNA-s (kuid esineb ka viirusi, mille genoom koosneb üheahelalisest DNA-st või RNA-st.) 14. Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta). 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? (sama küsimus ka RNA kohta). a) fosfodiesterside b) fosfoanhüdriidside c) vesinikside 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? a) AT rikas b) GC rikas Kuna G-C aluspaar on stabiliseeritud kolme vesiniksideme poolt, siis kulub tema lõhkumiseks rohkem energiat. Samuti on van der Waalsi interaktsioonid G-C aluspaari puhul tugevamad. H°' suurem G-C rikaste nukleiinhapete puhul ja järelikult on suurem ka vastav Tm 17. Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 b) 25 c) 50 18
mRNA liigub tsütoplasmas paiknevatesse ribosoomidesse, kus translatsiooni tulemusena saadakse valgud. 8. DNA replikatsioon DNA kahekordistamine. Teostab ensüüm DNA polümeraas. Süntees toimub praimeri ja matriitsi olemasolul. Esmalt DNA helikaas lahutab kaheahelaline DNA. Praimer on vaba 3’OH rühmaga nukleotiidjärjestus, millelt alustatakse matriitsahela alusel DNA süntees. 3’OH otsa lisatakse sünteesil desoksüribonukleotiidid (5’fosfaat). 3’OH ja 5’ fosfaadi vahele tekib fosfodiesterside. Süntees toimub 5’-3’ suunas. DNA replikatsioon on kahesuunaline. Ühelt ahelalt toimub pidev süntees st juhtiv ahel (süntees toimub 5’3’ suunas, vaja ühekordselt praimerit). Mahajääv ahel sünteesitakse Okazaki fragmentidena, mis omavahel (ükiskahelalisi katkeid) liidab DNA ligaas (3’- 5’ suunas). Vajatakse iga fragmendi sünteesiks uuesti praimerit, mille DNA praimaas sünteesib matriitsahela alusel (praimeriteks sünteesitakse lühikesed RNA fragmendid)
3. Lämmastikaluste spetsiifilisest paardumisest tuleneb DNA ahelate komplementaarsus. Kui ühe DNA ahela nukleotiidne järjestus on teada, on selle põhjal võimalik kirjutada vastasahela nukleotiidne järjestus. Just DNA ahelate komplementaarsus võimaldab geneetilist informatsiooni säilitada ja kanda põlvkonniti edasi. Ühte DNA kaksikheeliksi pöördesse mahub 10 lämmastikaluste kaudu paardunud nukleotiidi. Suhkrus tähistatakse C- aatomeid C1', C2', C3', C4' ja C5'. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhapet sünteesitakse 5' otsast 3' suunas. Kuna see on ainuvõimalik DNA ahela sünteesi suund, on DNA ahelad kaksikheeliksis antiparalleelsed. DNA molekuli ühe ahela otsas on vaba 3' OH-rühm, teise ahela otsas aga vaba 5' fosfaat.
U2 snRNPde assotsatsiooni premRNAga vahendab valk U2AF, mis seondub 3'splaissaidi läheduses asuva pürimidiin-rikka alaga. U2AF interakteerub tõenäoliselt teiste splasinguks vajalike valkudega domeeni kaudu, mis sisaldab dipeptiidseid seriin-arginiin (SR-motiiv) kordusi. Katalüütiliselt aktiivne ümberstruktureeritud splaisosoom viib läbi transesterifikatsiooni reakstiooni nii, et moodustub branchpoint A 2'hüdroksüülrühma ja introni 5' otsa fosfaatrühma vaheline 2'5'-fosfodiesterside. Teise struktuurse muutuse tulemusena, teise transesterifikatsiooni reaktsiooni käigus, ligeeritakse kaks eksonit omavahel 3'5'fosfodiestersideme moodustumise tulemusena, nii et intron vabaneb harulise lariaat-- struktuurina. Eemaldatud intron lagundatakse kiiresti tuumas olemasolevate Rnaaside poolt. Splaisosoom on peaagu sama suur struktuur kui ribosoomi väike alaühik, koosnedes umbes 70 valgust, mis kõik osalevad splaisingus
Heterosügootsete kimääride omavahelisel ristamisel saadakse nokauditud geeniga homosügoote, kes on nii geno- kui ka fenotüübiliselt ravimiresistentsed. Sebrakala (D. rerio) fenotüübiliste morfoliino- nokautmutantide tekkemehhanism. Morfoliinod on tüüpiliselt 20–25 alaüksuse pikkused sünteetilised ühendid, mis on seondunud lämmastikalustega (A, T, U, G või C). Subüksused on omavahel ühendatud fosfodiamidaatsidemetega (DNA-s ja RNA-s on fosfodiesterside). Morfoliino seondub mRNA 5´-otsa mittetransleeritava nukleotiidijärjestusega ja blokeerib startkoodoni ning sellega ka vastava geeni avaldumise. Tulemuseks on geeni fenotüübiline mitteavaldumine või allareguleerimine (geen on nokauditud (knock- out) või allasurutud (knock-down). 12. Geeniteraapia inimesel Reproduktiivne ja terapeutiline kloonimine. Reproduktiivsel kloonimisel saadakse transgeenne kloonitud isend.
Ühelt geenilt võib toimuda paljude RNA molekulide süntees. Bakterites esineb valk Cre faktor, mis suurendab pürofosforülüütilist toimetamist. Sarnaneb hüdrolüütilisele toimetamisele. Vale nukleotiidi ahelasse ei lülitata (toimub pärast fosfodiestersideme sünteesi). Seotud promootori puhastamisega. α-heeliksil kaks domääni, mis asuvad teineteisest suhteliselt kaugel. β’-subühikud on kohad, kuhu ühinevad 2 Mg iooni ja sünteesitakse fosfodiesterside. RNAPI – rRNA süntees, RNAP II – mRNA süntees, RNAP III – dRNA süntees. Mõned subühikud kattuvad. Eeltuumsete promootor ja pärisbakterite promootor Koht, kust süntees algab. 10 aluspaarist koosnev DNA järjestus. Esinevad vabadusastmed. „-„ mitu nukleotiidi eespool alguspunktist. Esimene on -10 heksameer. Teise vabadusaste on -35 heksameer. Nende kahe vahele jääb 17 aluspaari. -10 ja – 35-ga seonduvad sigmafaktorid. Startsait ei ole juhuslik ja algab alati puriiniga
DNAkaheahelalise molekulina, RNAüheahelalisena 14.(110) Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta). Replikatsiooni läbi viiv ensüüm DNA (või RNA) polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3'C külge. Seega jääb DNA/RNA "ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5'OHrühmaga ja reaktsiooni saabki nimetada 5'3' suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? a) fosfodiesterside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16.(112) Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? b) GC rikas, sest Gd ja Cd seovad omavahel 3 vesiniksidet, aga Ad ja Td 2. 17.(113) Mitu aluspaari tuleb ühe BDNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 18.(114) Mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? c) 3 x 109 19
RNA kohta). DNAkaheahelalise molekulina, RNAüheahelalisena 14.(110) Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? (sama küsimus ka RNA kohta). Replikatsiooni läbi viiv ensüüm DNA (või RNA) polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3'C külge. Seega jääb DNA/RNA "ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5'OHrühmaga ja reaktsiooni saabki nimetada 5'3' suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? (sama küsimus ka RNA kohta). a) fosfodiesterside b) fosfoanhüdriidside c) vesinikside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16.(112) Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? a) AT rikas b) GC rikas GC rikas, sest Gd ja Cd seovad omavahel 3 vesiniksidet, aga Ad ja Td 2. 17.(113) Mitu aluspaari tuleb ühe BDNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 b) 25 c) 50 18
O Fosfaatesterside R1 O P O Fosfaadid (rida metaboliite) O O O Fosfoanhüdriidside* R1 O P O P O Nukleotiidid (ATP) O O O Fosfodiesterside R1 O P O R2 Nukleiinhapped, fosfolipiidid O Disulfiidside Disulfiidid (tsüstiin) R1 S S R2 * "makroergiline (energiarikas) side" Enamiku ester-, eeter- ja amiidsidemete teke vajab 1...5kcal/mol. Niisama suur energiahulk vabaneb ka nende hüdrolüüsil
annaabi.ee 
