Vajad kellegagi rääkida?
Küsi julgelt abi LasteAbi
Logi sisse Registreeri konto

Bioinformaatika ülesanded (0)

5 VÄGA HEA
Punktid

Esitatud küsimused

  • Milliste ülesannete lahendamisel on vajalik järjestuste joondamine?
  • Millise nähtusega võiks tegemist olla?
Vasakule Paremale
Bioinformaatika ülesanded #1 Bioinformaatika ülesanded #2 Bioinformaatika ülesanded #3 Bioinformaatika ülesanded #4 Bioinformaatika ülesanded #5 Bioinformaatika ülesanded #6 Bioinformaatika ülesanded #7 Bioinformaatika ülesanded #8 Bioinformaatika ülesanded #9 Bioinformaatika ülesanded #10 Bioinformaatika ülesanded #11 Bioinformaatika ülesanded #12 Bioinformaatika ülesanded #13 Bioinformaatika ülesanded #14 Bioinformaatika ülesanded #15 Bioinformaatika ülesanded #16 Bioinformaatika ülesanded #17 Bioinformaatika ülesanded #18 Bioinformaatika ülesanded #19 Bioinformaatika ülesanded #20 Bioinformaatika ülesanded #21 Bioinformaatika ülesanded #22 Bioinformaatika ülesanded #23 Bioinformaatika ülesanded #24
Punktid 100 punkti Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 100 punkti.
Leheküljed ~ 24 lehte Lehekülgede arv dokumendis
Aeg2012-11-01 Kuupäev, millal dokument üles laeti
Allalaadimisi 33 laadimist Kokku alla laetud
Kommentaarid 0 arvamust Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
Autor Mumm Õppematerjali autor

Kasutatud allikad

Märksõnad

Sarnased õppematerjalid

thumbnail
21
doc

Bioinformaatika arvestus ül

Kristina Raud YAGB-41 060290 10.04.07 Bioinformaatika ülesanded Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA Vastus: A B C D B 9 C 2 11

Bioinformaatika
thumbnail
2
doc

Bioinformaatika ülesanded II - Fülogeneetilised puud.

Bioinformaatika ülesanded II Fülogeneetilised puud. 1. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude käsitsi koostamine kasutades kaugusmeetodeid (UPGMA, NJ). a. Moodustada antud 5 järjestuse kaugusmaatriks ning joonistada kvantitatiivne juurtega fülogeneetiline puu kasutades UPGMA meetodit. 1 ACAAACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTGGG 2 ACAAACAGTT TCTAGCGATT GCAGTCAGGG 3 ACAGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCTCGG 4 ACTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGAG 5 ATTGACAGTT CGATCGATTT GCAGTCAGGA b. Koostada eelpool toodud järjestuste fülogeneetiline puu kasutades Neighbour Joining meetodit. c. Valida 4 järjestust (ülevalt) ja leida informatiivsed positsioonid (ML meetod).

Bioinformaatika
thumbnail
79
doc

BIOinformaatika kodutöö 5

Bioinformaatika 5 Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs 1. KEGG-i kasutamine (http://www.genome.jp/ a. Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas. Escherichia coli glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7

Bioinformaatika
thumbnail
1
doc

Bioinformaatika kodutöö 2

VAADELDAV VALK: Forkhead box protein O3 Transkriptide võrdlus Homo Sapiens FoxO3 järjestusega Kattuvad Organism Järjestuse ID Pikkus järjestused Identsed alused Tühikud Pan troglodytes Simpans ref|XM_003311514.2| 7946 1 7076/7133(99%) 18/7133(0%) Sumatra Pongo abelii Orangutan ref|XM_002817219.2| 7812 1 7190/7343(98%) 46/7343(0%) Gorilla gorilla gorilla Gorilla ref|XM_004044495.1| 7595 1 7024/7175(98%) 73/7175(1%) Macaca mulatta Reesusmakaak ref|XM_001093593.2| 7300 1 7079/7328(97%) 66/7328(0%) Papio anubis Anubis baboon ref|XM_003898343.1| 7775 1 7094/7353(96%) 60/7353(0%) Dasypus 4216/4873(87%) 169/4873(3%)

Bioinformaatika
thumbnail
16
docx

Geoinformaatika kordamine

Geoinformaatika kordamine Loeng 1 sissejuhatus, erinevad vaatenurgad, GIS tootjad, arengutendentsid, informatsioon ja andmed. GIS ­ geograafiline infosüsteem. · Riistvara, tarkvara, andmete, inimeste, organisatsioonide ja institutsionaalsete sätestuste kogum maakera piirkondade kohta teabe kogumiseks, hoidmiseks, analüüsiks ja levitamiseks. GIS = tööriist, vahend. Riistvara ­ Suur, kõrge resolutsiooniga kuvar, kiire arvuti, koordinaatide ja teksti sisetamise seade, arhiiv jne Tarkvara ­ ArcGIS, Mapinfo, GeoMedia, Autocad Map, MGE, IDRISI, ERDAS Mõisted · Geoinfo e. kohateave hõlmab Maa maastikusfääri, so maapindmikuga seonduvat ruumi kõigi seal paiknevate nähtustega · Geoinfosüsteem ­ automatiseeritud süsteem ruumiliste andmete kogumiseks,

Geoinformaatika
thumbnail
1
doc

Bioinformaatika kodutöö 1

1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24486593 Inimese FoxO3a ekspressiooni vähenemine põhjustab neerurakkudes kartsinoomi teket ja kasvajarakkude metastaasi. 2. Pikkus 7341 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, lookuses NM_201559. Komponendid: 176-178 upstream in-frame stopp-koodon, arvukalt fosforüleerimis- ja metüleerimissaite, 1040-1093 tuumalokalisatsioonisignaal, 7320-7325 ja 7341 polüadenüleerimissait. 3. Pikkus 124,947 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, vahemikus 108 559 823- 108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest saitidest, mis Homo sapiensi FoxO3a. FoxO3a on liikide eri liikides tugevalt ko

Biotehnoloogia
thumbnail
23
doc

Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW).

Bioinformaatika ülesanded Järjestuste võrdlemine, otsingud andmebaasidest (BLAST, FASTA, SW). 1. BLAST programmide kasutamine tundmatu valgujärjestuse identifitseerimiseks või sarnaste valgujärjestuste leidmiseks (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/). Programmide kasutamisel tutvuda tutorialite ja juhenditega!!! (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/BLASTinfo/information3.html). a. Otsida sarnaseid järjestusi antud valgujärjestusele. Valida sobiv programm vastavalt NCBI juhendile valgujärjestuse võrdlemiseks valgujärjestuste seast. Valida otsimiseks Refseq andmebaas, sooritada otsing, tulemuste formaat 500 joondamise jaoks. GTESPLLTDPSTPNFFWLAWQARDFMSKKYGQPVPDRAVSLAINSRTGRTQNHFHIHISCIRPDVRKQLDNNLAN ISSRWLPLPGGLRGHEYLARRVTESELVQRSPFMMLAEEVPEAREHMGRYGLAMVRQSDNSFVLLATQRNLLTLN

Bioinformaatika
thumbnail
575
docx

Nimetu

Sisukord Eessõna Hea õpilane! Microsofti arenduspartnerid ja kliendid otsivad pidevalt noori ja andekaid koodimeistreid, kes oskavad arendada tarkvara laialt levinud .NET platvormil. Kui Sulle meeldib programmeerida, siis usun, et saame Sulle pakkuda vajalikku ja huvitavat õppematerjali. Järgneva praktilise ja kasuliku õppematerjali on loonud tunnustatud professionaalid. Siit leid uusimat infot nii .NET aluste kohta kui ka juhiseid veebirakenduste loomiseks. Teadmiste paremaks omandamiseks on allpool palju praktilisi näiteid ja ülesandeid. Ühtlasi on sellest aastast kõigile kättesaadavad ka videojuhendid, mis teevad õppetöö palju põnevamaks. Oleme kogu õppe välja töötanud vabavaraliste Microsoft Visual Studio ja SQL Server Express versioonide baasil. Need tööriistad on mõeldud spetsiaalselt õpilastele ja asjaarmastajatele Microsofti platvormiga tutvumiseks

Informaatika



Lisainfo

Järjestuste paaride joondamine (dot-plot, dünaamiline programmeerimine, skoorid).

Meedia

Kommentaarid (0)

Kommentaarid sellele materjalile puuduvad. Ole esimene ja kommenteeri





Sellel veebilehel kasutatakse küpsiseid. Kasutamist jätkates nõustute küpsiste ja veebilehe üldtingimustega Nõustun