spetsiifilisuse Paraku ei tee lukk võtmega midagi 2. Tänapäeval aktiivtsenter on komplementaarne üleminekuolekuga Seostumisenergia saab realiseeruda alles pärast üleminekuoleku moodustumist Substraat "surutakse" aktiveeritud olekusse Tõestus ensüümid seovad tugevalt üleminekuoleku analooge Indutseeritud sobivuse mehhanism Daniel Koshland 1958 ensüümi aktiivtsenter ei ole algselt komplementaarne üleminekuolekuga Substraadi seostumisega indutseeritakse ensüümis konformatsioonilised muutused tekib komplementaarsus üleminekuolekuga Glükoos indutseerib heksokinaasis ulatuslikud konformatsioonilised muutused Heksokinaas katalüüsib glükoosi fosforüleerimist Glükoos + ATP Glükoos-6-fosfaat + ADP Trioosfosfaadi isomeraas (TPI, TIM) · glükolüüsiraja ensüüm · üks perfektsemaid ensüüme kcat = 4,3 x 103 s-1
6.selektsioonimarkeri ekspressioonikassetti. Praktiline töö III Immuunotsütokeemia 1. Mille poolest on erinevad monoklonaalsed ja polüklonaalsed antikehad? Mka reageerivad vaid ühe epitoobiga antigeeni molekulis, on väga spetsiifilised 2. Mis on epitoop? Too välja kaks erinevat tüüpi epitoopide rühma ja kirjelda mille poolest need erinevad. Antigeeni osa, mis seostub spetsiifiliselt antikeha retseptorile. Konformatsioonilised(tertsiaarstruktuuri järgi) ja lineaarsed(aminohappejäägi järjestuse järgi) 3. Kuidas töötab fluorestsentsmikroskoop? Ergastav valgus juhitakse läbi filtri uuritava objektini. Filter laseb läbi ainult kindla lainepikkusega valgust, mis on sobiv fluorokroomi ergastamiseks. Emiteeritud valgus sorteeritakse palju tugevamast ergastavast valgusest teise filtri abil. 4. Nimeta erinevaid võimalusi rakukomponentide märgistamiseks fluorokroomidega?
Püranoos on 6-lüliline, furanoos on 5-lüliline 84. Glükosiidse sideme hüdrolüüsi Gº = -15 kJ/mol. Kuidas on võimalik oligo- ja polüsahhariidide esinemine vee keskkonnas? Nad eksisteerivad vesikeskkonnas vaid sellepärast, et nende hüdrolüüs on aeglane ja pole veel jõudnud tasakaalu. Biomolekulide tasakaalutus on elukeemiale väga oluline, sest tasakaal võrdub surmaga. 85. Kas toodud struktuuride üksteiseks üleminek on võimalik ilma kovalentsete sidemete katkemiseta? Konformatsioonilised struktuurid saavad üksteiseks üleminna, ilma, et peaks kovalentseid sidemeid katkestama 86. Millised toodud suhkrutest on oksüdeeritud? Oksüdeeritud on need suhkrud, millel on.......... 87. Millised toodud suhkrutest on desoksüderivaadid? Teine on derivaat. Hüdroksüülgrupi eemaldamisel saame desoksüderivaadid. 88. Milline disahhariid on pildil? Laktoos
92. Mida mõjutavad reeglina steroidhormoonid? Steroidhormoonid mõjutavad reeglina geenide ekspressiooni. 93. Mis asi on sekundaarne signaalmolekul? Teist tüüpi rakulised vastused hormoonide toimele hõlmavad rakusiseste sekundaarsete signaalmolekulide sünteesi. Hormoonvastusena sünteesitud sekundaarsed signaalmolekulid kutsuvad esile juba muutused raku metabolismis. 94. Kirjeldage peptiidhormoonidefunktsioneerimise põhimõtet? Hormooni seostumine retseptoriga indutseerib viimases konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel aktiveeritakse lõpuks sekundaarse signaalmolekuli sünteesi katalüüsiv ensüüm. Sellise mehhanismi kaudu toimivate hormoonide hulka kuuluvad polüpeptiidsed hormoonid nagu glükagoon ja mõned aminohapetest tulenevad hormoonid nagu adrenaliin. 95. Milline toodud molekulidest on sekundaarne signaalmolekul? (erinev valik) (küsimuses võib esineda üks kolmest sekundaarsest signaalmolekulist: cAMP, diatsüülglütserool ja inositool-1,4,5-trisfosfaat) 2) on cAMP
Basaalplaat on 6-nurkne, igas nurgas on nõel (pin). Saba pikkus on konstantne. Basaalplaadilt algavad ka 6 sabakiudu. Sabakiud tunnevad ära raku pinnal olevaid faagi-spetsiifilisi retseptoreid. Erinevad T- faagid tunnevad ära erinevaid retseptoreid. Faagi kinnitumine rakupinnale sabakiududega on pöörduv protsess. Seejärel toimib kinnitumine basaalplaadi nõelte abil, mis on pöördumatu. Basaalplaat lõhub rakukesta basaalplaadis sisalduva lüsosüümi toimel. Plaadis toimuvad konformatsioonilised muutused ning ta avaneb DNA väljutamiseks. ATP-d tarbiv tupe kontrakteerumine surub faagi pead basaalplaadi ja kiudude suunas. Saba südamikus olev toru läbib rakukesta, kuid mitte rakumembraani ning valkkatteta DNA siseneb läbi rakumembraani. Selleks, et faagi DNA oleks kaitstud rakusiseste nukleaaside eest, on ta modifitseeritud. Faagi paljunemistsükli erinevatel etappidel avalduvad erinevad geenid. Varajases infektsioonistaadiumis
GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa hüdrofoobseid piirkondi mis olid vajalikud substraadi seondumiseks kaovad. Samuti seondub GroES, mis suleb chaperoni õõnsusesse substraadi, järgneb ATP hüdrolüüs. Ko-chaperoni seondumine ja ATP hüdrolüüs toovad kaasa veel suuremad konformatsioonilised mutused, mille tagajärjel muutub chaperoni sisene õõnus väga hüdrofiilseks erinevalt algsest hüdrofoobsest. ATP seondumine teisele ringile soodustab GroES-i ja ADP ning substraadi vabanemise vabanemise esimesest ringist. Enamasti läbivad valgud chaperonini tsüklit mitu korda enne kui nad korralikul ta pakkinud on. 12. Valkude keemiline vananemine.??? Valkude eluiga on determineeritud tema järjestusega. Keemiline vananemine Gln Asn deaminatsioon. 13
GroEL moodustab kaks heptameerset ringi, mis mõlemad on kambrid, kuhu valk saab siseneda ning GroES moodustab kaane, mis siis selle kambri katab. Pärast ATP seondumist toimub chaperonis konformatsiooniline muutus läbi mille osa hüdrofoobseid piirkondi mis olid vajalikud substraadi seondumiseks kaovad. Samuti seondub GroES, mis suleb chaperoni õõnsusesse substraadi, järgneb ATP hüdrolüüs. Ko-chaperoni seondumine ja ATP hüdrolüüs toovad kaasa veel suuremad konformatsioonilised mutused, mille tagajärjel muutub chaperoni sisene õõnus väga hüdrofiilseks erinevalt algsest hüdrofoobsest. ATP seondumine teisele ringile soodustab GroES-i ja ADP ning substraadi vabanemise vabanemise esimesest ringist. Enamasti läbivad valgud chaperonini tsüklit mitu korda enne kui nad korralikul ta pakkinud on. 14 Valkude keemiline vananemine Gln ja Asn deaminatsioon Met ja Cys oksüdeerumine ratsemisatsioon (L- ja D-aminohapete segu teke)
92. Mida mõjutavad reeglina steroidhormoonid? a) ensüümide aktiivsust b) membraanide läbilaskvust c) geenide ekspressiooni 93. Mis asi on sekundaarne signaalmolekul? Kutsuvad esile muutused raku metabolismis. hormoon ei sisene (primaarne signaalmolekul) märklaudrakku vaid seostub viimase plasmamembraanis paikneva valgulise retseptoriga. Plasmamembraanis hormooni siduv osa paikneb väljaspool rakku. Hormooni seostumine retseptoriga indutseerib viimases konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel aktiveeritakse lõpuks sekundaarse signaalmolekuli sünteesi katalüüsiv ensüüm. 94. Kirjeldage peptiidhormoonide funktsioneerimise põhimõtet? 95. Milline toodud molekulidest on sekundaarne signaalmolekul? (erinev valik) (küsimuses võib esineda üks kolmest sekundaarsest signaalmolekulist: cAMP, diatsüülglütserool ja inositool-1,4,5-triofosfaat) Diatsüülglütserool 1
Translokatsiooni käigus tRNA-d A/P ja P/E HÜBRIIDSAITIDES. Hübriidsaidid “vahetult” näha ribosoomide krüo-EM-is. Hübriidsaitide ajas moodustumise järjekord : P/E → A/P. 15 Hübriidsaitide tekkeks vajalik P-saidi tRNA deatsüleeritud olek !!! tRNA-de minek hübriidsaitidesse sõltumatu EF-G-st !!! Ribosoomi konformatsioonilised muutused elongatsioonil. Väike subühik pöördub suure subühiku suhtes. ~ 60 → ratchet liikumine. Samaaegselt hübriidsaitide moodustumine. Ratcheti vallandab P-saidi tRNA deatsüleerimine (nn. ribosoomi unlocking). Ratchet toimub ka EF-G puudumisel. EF-G stabiliseerib ribosoomi “ratchet” olekut. Ümberkorraldused B1a ja B1b sildade. L1 stalk liigub ratcheti ajal E-saiti sissesubühikute ”ratchet” :
Ser195 on seotud karbonüülse süsinikuga. Kuid see kompleks ei lagune produktideks,sest trüpsiin ja PTI on väga jäigalt seotud ning veemolekulid ei pääse reaktsioonitsentrisse. Produktinhibeerimine: a) Reaktsioonil tekkiv produkt on sama reaktsiooni inhibiitoriks, see on väga levinud regulatsioonimehhanism. b) Metaboolse raja vahe- või lõpp-produkt inhibeerib võtmeensüümi aktiivsuse. Keskkonnast sõltuvad konformatsioonilised muutused: Näit. Katepsiin (proteaas) on aktiivne endosoomis, kus pH happeline ja inaktiivne tsütoplasmas, kus pH on neutraalne. Modulaatorvalgud on regulatiivsed subühikud, mis võivad ensüümi aktiveerida või inhibeerida tingimustest sõltuvalt. cAMP proteiinkinaas on tetrameerina inaktiivne. cAMP seostumisel regulatoorsed subühikud dissotsieeruvad ja ensüüm muutub aktiivseks. Paremal on kujutatud reaktsiooni hüpoteetilise aktiveeriva modulaatoriga.
B- ja T rakud tunnevad ära antigeeni teatud piirkonda, mida nimetakase eipitoobiks, ehk antigeenseteks determinantideks. Epitoobid on immunogeeni immunoloogiliselt aktiivsed piirkonnad, mis seostuvad antigeen-spetsiifiliste membraani-retseptoritega või sekreteeritud antikehadega. B-ja T-rakud tunnevad ära erinevaid epitoope samal antigeeni molekulil. B-rakud tunnevad soluble antigeeni (antigeen on vabalt lahuses), äratuntavad epitoobid on surface exposed, lineaarsed või konformatsioonilised. T-rakud tunnevad (peptiid+MHC). Esitletav peptiid on sisemine , lineaarne. Epitoobid on kattuvad, mittekattuvad, allosteerilised (kui üks antigeen on juba seondunud, siis teise kohta teine ei saa). Lineaarsed (järjestatud aminohapped); konformatsioonilised -(denaturatsioonil kaovad). Neoantigeenid tekivad valkude modifitseerimisel. Multivalent.antigeen =palju ühesuguseid epitoope = tugev im. vastus. B-raku epitoobid on lahustuvad kättesaadavad ja immunoloogiliselt dominantsed
3’- poolne 1/3 genoomi kodeerib struktuurseid valke (SP) ja ekspresseerub sgRNA kaudu. sgRNA sünteesitakse infektsiooni käigus (virionides seda ei ole) subgenoomselt promootorilt viiruse RdRp poolt. sgRNA on capeeritud ja polüadenüleeritud. Seondumine rakule ja sisenemine rakku Rakkudesse sisenemiseks kasutatakse alternatiivseid retseptoreid. Alfa-viiruse antiretseptoriks on E2 glükoproteiin. Retseptor-antiretseptor interaktsioon indutseerib virionis konformatsioonilised muutused, mis on olulised partikli edasisel lahtipakkimisel. Rakku sisenemine toimub retseptor- vahendatud endotsütoosi teel, viiruse membraani liitumine vesikulite membraaniga on pH-sõltuv protsess: Happelistes tingimustes (pH 5- 6) E1:E2 diameerid dissotsieeruvad ja moodutavad E1 tiameerid, on aktiivseks fusion-valguks. Membraani liitumise tulemusena vabaneb viiruse kapsiid tsütoplasmasse.
Paikneb mitokondri sisemembraanis. L konformatsioon: ADP ja Pi seonduvad. T: ADP + Pi ATP. O: ATP vabaneb. Kõikides konformatsioonides kasutatakse H+ gradiendi energiat konformatsiooni muutmiseks. F1 alfa3 beeta3 teisi1 Fo ab2c9-12 Alfa,beeta subühikud moodustavad 6 osalise sfääri. Igal ab dimeeril on üks aktiivsait, enamik substraadi kontakte on beeta subühikuga. 17. ATP sünteesi mehhanism, katalüüsi kooperatiivsus konformatsioonilised muutused katalüütilises tsüklis. ATP sünteesitsükkel läbib järgmised olekud: 1. L: (loose) seob ADP ja Pi nõrgalt. ADP ja Pi seonduvad -> (H+grad.energia kasutatakse konformats.muutmiseks) 2. T: (tight) seob ADP ja Pi või ATP tugevalt. ADP + Pi-> ATP ->(H+grad.energia kasutatakse konformats.muutmiseks) 3. O: (open) ei seo nukleotiide. ATP vabaneb ->(H+grad.energia kasutatakse konformats.muutmiseks) 4. Tsükkel algab uuesti
vastavalt iga sarkomeer lühenes 2.5 -lt 2.0 mikrom-ni. Lihase kontraheerumisel muutuvad kitsamaks heledad vöödid. Lihaskontraktsioon initsieeritakse Ca++ ioonide kontsentratsiooni suurenemisega müofibrille ümbritsevas sarkoplasmas. Kaltsiumi ioonid tulevad sarkoplasmaatilisest retiikulumist, puhkeolekus pumbatakse ioonid sinna uuesti tagasi . Energia lihaskontraktsiooniks tuleb ATP hüdrolüüsist, millega kaasnevad konformatsioonilised muutused müosiini molekulis, mis phjustab müosiini molekulide nihkumise aktiinifilamentide suhtes. Peened e. aktiinifilamendid skeletilihasrakus on seotud lisavalkude tropomüosiini ja troponiiniga, mis vimaldavad kontraktsiooni regulatsiooni Ca + + ioonide poolt. 8.)Millistes protsessides lisaks lihasrakkude kontraktsioonile veel osaleb aktiin/müosiin kompleks.: Lihasrakule sarnaseid aktiinile-müosiinile baseeruvaid kontraktiilseid struktuure
mikrotuubuli. Selline 9+2 struktuur esineb kikide eukarüootide viburite ja ripsmete südamikus, mida nimetatakse ka aksoneemiks. Aksoneemi koosseius olevad mikrotuubulid on seotud omavahel spetsiaalsete valkude düneiini ja neksiini abil. Aksoneemi liikumine phineb tema koosseisus olevate mikrotuubulite libisemisel üksteise suhtes. Phimtteliselt on liikumist genereeriva mehanismi alusphi sama, mis aktiini-müosiini puhul: ATP hüdrolüüsiga kaasnevad konformatsioonilised muutused, mis nihutavad molekule üksteise suhtes. 15. Tsütoskelett III. Intermediaarsete filamentide ehitus ja nende ülesanne. Intermediaarsed filamendid (IF) on jäigad ja püsivad moodustised enamiku kõrgemate eukarüootide tsütoplasmas. Primaarne funktsioon on tagada rakule mehhaaniline toestus! Loomsetes rakkudes moodustavad nad rakutuuma ümber korvitaolise struktuuri ning ulatuvad sealt ka raku perifeeriasse. Intermediaarsed filamendid on väga stabiilsed struktuurid
ringikujuliselt ümber kahe üksiku mikrotuubuli. Selline 9+2 struktuur esineb kikide eukarüootide viburite ja ripsmete südamikus, mida nimetatakse ka aksoneemiks. Aksoneemi koosseius olevad mikrotuubulid on seotud omavahel spetsiaalsete valkude düneiini ja neksiini abil. Aksoneemi liikumine phineb tema koosseisus olevate mikrotuubulite libisemisel üksteise suhtes. Phimtteliselt on liikumist genereeriva mehanismi alusphi sama, mis aktiini-müosiini puhul: ATP hüdrolüüsiga kaasnevad konformatsioonilised muutused, mis nihutavad molekule üksteise suhtes. 15. Tsütoskelett III. Intermediaarsete filamentide ehitus ja nende ülesanne. Intermediaarsed filamendid (IF) on jäigad ja püsivad moodustised enamiku kõrgemate eukarüootide tsütoplasmas. Primaarne funktsioon on tagada rakule mehhaaniline toestus! Loomsetes rakkudes moodustavad nad rakutuuma ümber korvitaolise struktuuri ning ulatuvad sealt ka raku perifeeriasse. Intermediaarsed filamendid on väga stabiilsed struktuurid
Koosneb kolmest domeenist: 1 Pea, N-terminaalne, seostumiskohaks aktiinile nim ka P-ling. Seostumiskohaks ATPle, omab ATPaasi aktiivsust, toodab mehhaanilist jõudu 2 Kael, ümbritsetud kergete ahelatega ja võib olla seotud regulaatorvalkudega 3 Saba, C-terminaalne, sisaldab seostumiskohti mis annavad spetsiifilisuse kerged ahelad seovad Ca2+ 132. Peamised etapid müosiin-aktiin interaktsioonis. Ensümaatiliselt aktiivne müosiini pea teostab ATP hüdrolüüsi. Konformatsioonilised muutused müosiinimolekulis, mis libistavad aktiini müosiini suhtes edasi poole(alati - ots ees aktiinil ja müosiin liigub seega + otsa poole). Etapid: nukleotiidi seostumine, müosiin ja aktiin seotud, ATP seostub ATP-seostumiskohta, aktiini vagumus avaneb ja pea dissotseerub. hüdrolüüs, pea pöördub, kaela konformatsioon muutub, müosiini pea seostub uuesti aktiinile, kuid ühe subühiku võtta + otsa poole.
Sellest sõltub nende eluiga. Et püsiks orgaismis (nt kui toodame bakterites) peab olema glükosüleeritud. Variaable domään – halliga eriti varaablid domäänid. Mustaga on tähist kahe tsüsteiini vahel ole disulfiidsild. EPITOOBID – piirkonnad millele antikehad seonduvad 1.STRUKTUURSED – see võib olla struktuur, mingi jupp valgust mida ära tuntakse, pole oluline kas on natiivne või denatureeritud, enamus antikehasid 2.KONFORMATSIOONILISED – tunnevad ära anult natiivseid antigeene, tunnevad ära struktuuris olevaid aminohappeid mis ona struktuuris üksteise kõrval. 3.NEO – avanevad kui oleme antigeeni proteaasidega töödelnud, midagi avanud ära lõiganud. Müoglobiin ja tema antigeensed piirkonnad. Piirkonnad mis jäävad antigeeni pinnale, pöördekohad – need on need alad mida antikeha meelsamini ära tunneb. Antigeen antikeha omavaheline seostumine. L1 L2 L3 – kerge ahela variaablid domäänid, H1 H2
Sünteesitakse antikeha üleminekuoleku struktuuri suhtes, antikeha seob üleminekuolekut, moodustuvad soodsad interaktsioonid. Üritatakse valmistada antikehi, mis suudavad katalüüsida reaktsiooni, mille üleminekuolekuga seostuvad. Indutseeritud sobivuse mehhanism 1958 Koshland indutseeritud sobivuse hüpotees. Vaba ensüüm ei oma algselt komplekentaarsust üleminekuolekut, aga substraadi seostumine tekitavad ensüümis konformatsioonilised muutused, tekib üleminekuolekuga komplementaarsus. Osa energiat läheb kaduma selleks, et muuta ensüümi konformatsiooni. Üleminekuoleku struktuuris on erinev ensüümi ja ka substraadi struktuur. Ntx Glükoos indutseerib heksokinaasis ulatuslikud konformatsioonilised muutused. Biomolekulaarsed versus monomolekulaarsed reaktsioonid 60
determinante. B-rakkudel pole epitoopi, vaid on epitoobiga seostumise ala (Fab), samuti T-rakkudel. Paratoop: idiotoop või antigeenne ala antikehal või T-raku retseptoril, mis on seotud antigeeni epitoobi seostamisega. B-rakkude poolt äratuntavaid epitoope iseloomustab: Ehituselt: polümeeri primaarjärjestus, st lineaarsed või korduva järjestusega determinandid; sekundaarne, tertsiaarne, kvaternaarne molekulstruktuur, st konformatsioonilised. Suuruselt: antikeha Fab-fragment seob 4-8 aminohappejääki. Arvult: teoreetiliselt võiks iga aminohape 4-8st aminohappest olla eraldiseisev antigeenne determinant, reaalselt aga on antigeensete determinantide arv antigeeni kohta palju väiksem. Üldiselt on antigeensete determinantide arv piiratud antikehade võimega neid ära tunda ja siduda. T-rakkude poolt äratuntavaid antigeenseid determinante iseloomustab: Ehituselt: aminohappeline primaajärjestus
käigus lülitub GO vastu C, toimub selle tulemusena asendus AT CG. III. Nukleotiidide DNA ahelast väljalõikamine Pikk reparatsioonirada - kõrvaldatakse 1500 nt, osaleb DNA pol I. Lühike reparatsioonirada - kõrvaldatakse 12 - 13 nt, osalevad UvrABC ekstsinukleaas ja UvrD. UvrA (kahjustust tundev valk) ning UvrB (helikaas) tunnevad DNA-d skanneerides ära defekti. Kahjustuse kohal toimuvad valkudes konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel UvrA dissotseerub ning UvrB ja defektse ala kompleksiga seostub UvrC. UvrB-l on endonukleaasne aktiivsus, ta tekitab katke 5-ndasse fosfodiestersidemesse kahjustusest 3´ suunas. 8-nda fosfodiestersideme katke kahjustusest 5´suunas teostatakse UvrC poolt. Seejärel kõrvaldavad UvrD helikaas ja DNA polümeraas I oligo ning toimub tühiku täissüntees. UvrABC kompleksi nimetatakse ka UvrABC ekstinukleaasiks. Kuigi uvrA, uvrB ja uvrD
tulemusena asendus AT CG. GO reparatsiooniensüümide homolooge on leitud ka eukarüootsetest rakkudest. Nukleotiidide DNA ahelast väljalõikamine Pikk reparatsioonirada - kõrvaldatakse 1500 nt, osaleb DNA pol I. Lühike reparatsioonirada - kõrvaldatakse 12 - 13 nt, osalevad UvrABC ekstsinukleaas ja UvrD. UvrA (kahjustust tundev valk) ning UvrB (helikaas) tunnevad DNA-d skanneerides ära defekti. Kahjustuse kohal toimuvad valkudes konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel UvrA dissotseerub ning UvrB ja defektse ala kompleksiga seostub UvrC. UvrB-l on endonukleaasne aktiivsus, ta tekitab katke 5-ndasse fosfodiestersidemesse kahjustusest 3´ suunas. 8-nda fosfodiestersideme katke kahjustusest 5´suunas teostatakse UvrC poolt. Seejärel kõrvaldavad UvrD helikaas ja DNA polümeraas I oligo ning toimub tühiku täissüntees. UvrABC kompleksi nimetatakse ka UvrABC ekstinukleaasiks. Kuigi uvrA, uvrB ja
Nukleotiidide DNA ahelast väljalõikamine Bakterites on kirjeldatud kaks reparatsioonirada: 1) Pikk reparatsioonirada - kõrvaldatakse 1500 nt, osaleb DNA pol III. 2) Lühike reparatsioonirada - kõrvaldatakse 12 nt, osalevad UvrABC ekstsinukleaas (excinuclease, väljalõikenukleaas) ja UvrD. UvrA (kahjustust tundev valk) ning UvrB (helikaas) tunnevad DNA-d skanneerides ära defekti. Kahjustuse kohal toimuvad konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel UvrA dissotseerub ning UvrB ja defektse ala kompleksiga seostub UvrC. UvrC-l on endonukleaasne aktiivsus, ta tekitab katke 5-ndasse fosfodiestersidemesse kahjustusest 3´-suunas ja 8-nda fosfodiestersideme katke kahjustusest 5´-suunas. Seejärel kõrvaldab UvrD helikaas (DNA helikaas II) üksikahelalise 12 nt-pikuse DNA lõigu ja DNA polümeraas I sünteesib tühiku täis. Sarnane reparatsioonisüsteem ja valgud on olemas ka inimesel, kuid võrreldes bakteriaalse
GO reparatsiooniensüümide homolooge on leitud ka eukarüootsetest rakkudest. Nukleotiidide DNA ahelast väljalõikamine Bakterites on kirjeldatud kaks reparatsioonirada: 1) Pikk reparatsioonirada - kõrvaldatakse 1500 nt, osaleb DNA pol III. 2) Lühike reparatsioonirada - kõrvaldatakse 12 nt, osalevad UvrABC ekstsinukleaas (excinuclease, väljalõikenukleaas) ja UvrD. UvrA (kahjustust tundev valk) ning UvrB (helikaas) tunnevad DNA-d skanneerides ära defekti. Kahjustuse kohal toimuvad konformatsioonilised muutused, mille tagajärjel UvrA dissotseerub ning UvrB ja defektse ala kompleksiga seostub UvrC. UvrC-l on endonukleaasne aktiivsus, ta tekitab katke 5-ndasse fosfodiestersidemesse kahjustusest 3´-suunas ja 8-nda fosfodiestersideme katke kahjustusest 5´-suunas. Seejärel kõrvaldab UvrD helikaas (DNA helikaas II) üksikahelalise 12 nt-pikuse DNA lõigu ja DNA polümeraas I sünteesib tühiku täis. Sarnane reparatsioonisüsteem ja valgud on olemas ka inimesel, kuid võrreldes bakteriaalse
Promootorile kõige lähemal asub aktivatsiooni järjestus I1. Crp-cAMP seondub promootoralas I1 ja O1 vahele. Kui arabinoosi keskkonnas pole, siis regulaatrovalk AraC seondub promootori lähedal olevale alale aktivatsiooni järjestusele I1 ja operaatorile O2. Moodustub DNA luup, mis 75 takistab RNAP seondumist promootoralaga. Kui arabinoos on saadaval, siis arabinoosi seondudes regulaatorvalgule AraC toimuvad konformatsioonilised muutused ning seejärel muutuvad ka seondumiseelistused. Arabinoosiga seondunud AraC seondub I1 ning Crp-cAMP saab seonduda DNA-ga ning arabinoosi katabolismigeenid aktiveeritakse. 8.4. Geenide organiseeritus Bakterites pole kõigil geenidel oma promootorit, millelt RNAP saaks initsieerida transkriptsiooni. Geenid, mis asuvad sama promootori järel ning mida RNAP transkribeerib korraga, nimetatakse operoniks ning sellist RNA-d, mis
annaabi.ee 
