geeni eksoneid ja omavad tavaliselt ühes otsas oligo (dA)/(dT) järjestusi. Tekkinud retrotranspositsiooni tagajärjel cDNA-dest (üle 2000 ribosomaalse valgu protsesseeritud pseudogeeni). Tavaliselt ei ekspresseeru. Ekspresseeritud protsesseeritud geenid ehk retrogeenid on samuti tekkinud retrotranspositsiooni teel, on muutunud valiku survel funktsionaalseks. Transpositsioonis on edukaimad RNA polümeraas III transkriptid. Alu kordusjärjestused on arvatavasti pärit 7SL RNA protsessitud pseudogeeni koopiatest. DNA järjestused, mis saavad ennast liigutada uude positsiooni ühe rahu genoomi piires. Mehhanism võib olla kas: ,,copy and paste" or "cut and paste". Võivad esile kutsuda fenotüübi mutatsioone ja muuta raku genoomi suurust. Transposoneid moodustab suur omsa C-väärtusi eukarüootses rakus. Kaks klassi posoneid: DNA transposonid ja retroposonid (jaotuvad LTR-e omavateks ja mitteomavateks). NB! Ekspressioon on sageli koe-, soo-ja ajaspetsiifiline! Ka imprinting!
Mütsiks on lämmastikaluse positsioonis 7 metüleeritud guanosiin. Side on 5’-5’ fosfaatside. Lisatakse juba kui RNA polümeraas on sünteesinud 25-30 nt. Müts kaitseb RNAd ribonukelaaside vastu. Eukarüootsel geenil on eksonid (kodeerivad) ja intronid (vahejärjestused) Geenidel esineb sageli alternatiivsed splaissingut. Eksonite splaissimiseks on ekson-intron piirides ja intronite sees spetsiifilised signaalijärjestused. Ekson splaissitakse välja lariaat-struktuuri abil. Kui RNA on protsessitud, siis ta transporditakse läbi tuuma pooride tsütoplasmsse.
vajab nii antigeeni seondumist B-raku BCR-retseptorile kui ka otsest kontakti aktiveeritud Th- rakuga. Mõlemad sündmused on tagatud lümfisõlme anatoomiaga. B-rakud erinevad T-rakkudest selle poolest, et nende retseptorid saavad ära tunda vaba antigeeni. B-rakk kohtub antigeeniga tavaliselt folliiklis. Kui tema BCR seondub antigeenile, aktiveerub B-rakk osaliselt ning ,,neelab alla" ja protsessib selle antigeeni. B-rakud on spetsialiseerunud antigeeni esitlevad rakud, mis esitlevad protsessitud peptiid-MHC komplekse oma pinnal Th- rakkudele. B-rakud, mis on antigeeni edukalt protsessinud, muudavad migreerumiskäitumist ning liiguvad T-raku-rikkase parakorteksisse, kus suureneb nende võimalus kohata aktiveeritud Th- rakku, mis tunneb ära B-raku esitletava MHC- antigeen kompleksi. Kui B-rakk interakteerub edukalt Th- rakuga, jäävad nad kontakti mitmeks tunniks, muutudes täielikult aktiveerituks ja saades signaale, mis indutseerivad B-raku jagunemist. Mõned aktiveeritud B-
kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Eukarüoodid: Geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5’cap ja 3’polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse Transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke Promootorid on keerulisemad Üks mRNA kodeerib eukarüootidel ainult ühtevalku, prok mitut. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. 28. mRNA protsessing mRNA protsessing – pre m-RNA süntees küpseks mRNA molekuliks. Protsessing toimub enne translatsiooni! Intronid – mittekodeerivad alad
53. miRNA ja siRNA vahe tuleneb nende päritolust: siRNA pärineb dsRNA-st; siRNA on kõige tavalisemalt vastus võõrale RNA-le ja on tihti 100% täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. miRNA pärineb ssRNA-st, mis moodustab U-kujulise sekundaarse struktuuri; miRNA reguleerib post-transkriptsionaalset geeni väljendust ja pole sageli 100 täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. 54. hnRNP A1 tuumast ekspordi protsess: Lõplikult protsessitud mRNA-5' otsa ning hnRNP valk-kompleks (mRNP) assotseerub "cap"-siduva kompleksiga (CBC), mis läbib esmalt NPC (tuumapoori-kompleks). Kui mRNPsid transporditakse läbi NPC, siis tuumas lokaliseeruvad hnRNPd eemaldatakse; need valgud, milledel pole NESi (nuclear export signal, tuumaekspordi signaali), hoiavad mRNAd tuumas. hnRNP A1 transporditakse läbi NPC ning nad kannavad assotseeritud RNA tsütoplasmasse. Tsütoplasmaatiline RanGAP stimuleerib Rani GTPd hüdrolüüsima
Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus – polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. 28. mRNA protsessing - Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav
Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. 28. mRNA protsessing - Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav
Transkriptsioon toimub tuumas Transkriptsiooni faasid : · Initsiatsioon e. algus (initiation) · Elongatsioon e. pikendus (elongation) · Terminatsioon e. lõpp (termination) Translatsioon - Translatsiooni käigus ,,tõlgitakse" RNA molekuli nukleotiidne järjestus valgu (polüpeptiidi) aminohappeliseks järjestuseks geneetilise koodi kaudu. · Translatsioon toimub ribosoomidel. · RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA-ks. · Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. 3 · Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. (loeng 4) Geneetiline kood - Üks koodon (=3nukleotiidi) kodeerib üht aminohapet
(mobiilsed DNA elemendid). Tandemid. Tandeemselt korduvad geenid kodeerivad rRNAsid, tRNAsid ja histoone. Neid eristavad duplitseerunud geeniperekondadest identsed või peaaegu identsed valgulised või funktsionaalsed RNA-produktid. Tandemkordusega geenide paljusus on oluline, kuna rakul on vaja nende produkte suures koopiaarvus. Hajuskordused. Enamlevinud korduv-DNA vorm, nende hulgas on transposoonid, retrotransposoonid, mitte- LTR transposoonid ja protsessitud pseudogeenid. DNA "sõrmejäljed" ja nende määramine. Tekivad lihtsa järjestusega DNA järjestuste pikkuste erinevustest. Inimestele ja teistele imetajatele on iseloomulikud alad nimega minisatelliidid. Mikrosatelliitidest erinevad need selle poolest, et esimeste kordusalad on lühemad. Minisatelliidid on polümorfsed ning nende alade pikkuse järgi saab iga inimese jaoks koostada unikaalse DNA sõrmejälje. Speiser DNA.
tavaliselt ühes otsas oligo (dA)/(dT) järjestusi. Tekkinud retrotranspositsiooni tagajärjel cDNA-dest (üle 2000 ribosomaalse valgu protsesseeritud pseudogeeni). Tavaliselt ei ekspresseeru, Ekspresseeritud protsesseeritud geenid ehk retrogeenid on samuti tekkinud retrotranspositsiooni teel, on muutunud valiku survel funktsionaalseks, Transpositsioonis on edukaimad RNA polümeraas III transkriptid. Alu kordusjärjestused on arvatavasti pärit 7SL RNA protsessitud pseudogeeni koopiatest. Klasterdatud geeniperekonnad sisaldavad sageli protsessimata pseudogeene või geenifragmente (HLA I perekond 6p21.3 koosneb 20 geenist). Protsesseeritud pseudogeenid ja retrogeenid tulenevad RNA transkriptide pöördtranskriptsioonist (LINE-1 elemendid) ja integratsioonist genoomi. 18. Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA esineb tandemkorduste blokkidena, mis võivad olla lihtsad (<10 bp) või keskmiselt kompleksed (10-100 bp).
peale infektsiooni ja sõltub pidevast valgusünteesist. Vaba proteaasi (nsP2) kontsentratsioon rakus on sel ajal veel madal (polüproteiin on sel ajal veel stabiiline). Varajase replikaasina funktsioneerib kompleks , mis koosneb polüproteiinist P123 ja nsP4 valgust. Hiline replikatsioon ei ole sõltuv pidevast valgusünteesist ja toimub juba valminud sfäärulites. Hiline replikaas kujutab endast täielikult protsessitud nsP1, 2, 3 ja 4 stabiilset kompleksi ning sünteesib nii genoomseid kui subgenoomseid (+)RNA ahelaid. Struktuursed valgud sgRNA-lt 3h pärast nakatumist polüproteiini alguses paikneb tugev translatsiooniline enhanser, mis võimendab struktuurse polüproteiini translatsiooni ligi kümme korda. Enhanseri toime põhineb viirus-indutseeritud translatsioonilise bloki kompenseerimises. C: kattevalk (kapsiidivalk)
Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. RNA molekulide tüübid Eukarüootses rakus on põhiliselt nelja tüüpi RNA molekule: mRNA, tRNA, rRNA ja snRNA.
ahelat nukleaasidedegradatsiooni eest ning eukarüootide mRNA polü(A)-saba suurendab oluliselt transkripti stabiilsust ja tal on tähtis roll mRNA transportimisel tuumast tsütoplasmasse. Küpses mRNA-s on ka mittekodeerivad piirkonnad (ingl. UTR-untranslated regions) – liider (alguses, 5’ osas), treiler (lõpus, 3’ osas). Splaissingu läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Kõik nimetatud protsessid toimuvad tuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse, kus ta transleeritakse. Translatsioon on mRNA- s nukleotiididejärjestusena salvestatud informatsiooni ülekandmine aminohapete järjestuseks sünteesitava valgu molekulis. mRNA nukleotiididetriplettide vastavust aminohapetele valgu molekulis nimetatakse geneetiliseks koodiks. Järelikult on transkriptsioon ja translatsioon eukarüootidel ajaliselt ja ruumiliselt lahutatud. Seevastu prokarüootsetes rakkudes
Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. RNA molekulide tüübid Eukarüootses rakus on põhiliselt nelja tüüpi RNA molekule: mRNA, tRNA, rRNA ja snRNA.
Oluline ka RNA selektsiooni ja pakkimise protsessis. µ1 (76 kDa). Väliskapsiidi peamine struktuurvalk (interageerub 2 ja 3 valkudega). µ1-valk modifitseeritakse posttranslatsiooniliselt N-terminaalse müristüleerimise teel. µ1 on oluline raku membraanide läbimiseks virionide poolt. µ1 valgule on iseloomulik intensiivne post- translatsiooniline protsessing: - Virionides kujutab enamus µ1 valgust (95%) endast protsessitud vormi µ1C (eemaldatud on 42 N-terminaalset ah jääki, nn. µ1N peptiid (4.3 kDa), mis jääb samuti virioni). See protsessing on autokatalüütiline ja leiab aset seoses partiklite moodustamisega (seondumisel 3 valguga); - peale selle esineb ka protsessing µ1 ja µ1C valkude C-terminaalses regioonis (seda teostavad raku trüpsiin- või kemotrüpsiin proteaasid). µ1 ja µ1C protsessingu N-
omavahel 3'5'fosfodiestersideme moodustumise tulemusena, nii et intron vabaneb harulise lariaat-- struktuurina. Eemaldatud intron lagundatakse kiiresti tuumas olemasolevate Rnaaside poolt. Splaisosoom on peaagu sama suur struktuur kui ribosoomi väike alaühik, koosnedes umbes 70 valgust, mis kõik osalevad splaisingus. Mõned splaisingfaktorid (SF) on assotseeritud snRNPdega, teised mitte. Selleks et eksport tuumast välja toimuks, peavad mRNAd olema lõplikult protsessitud. mRNAd, mis on splaisosoomi koosseisus, on reeglina ekspordi vastu "kaitstud". 43. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? Splaisingus osalevad viis väikest U- rikast tuuma RNAd (snRNA), mida tähistatakse U1, U2, U4, U5 ja U6. Nad on 107 kuni 210 bp pikad ning assotseeritud tuumas 6 kuni 10 väikse tuuma ribonukleopartikli valguga (snRNP). U1 snRNA 5' otsa ja pre-mRNA 5'splaissaidi paardumine on splaisingu toimumiseks hädavajalik. U2
Klass II alfa ja beeta ahelad on seotud ERiga. Alfa ja beeta ja invariantne ahel sünteesitakse ERis, mis transporditakse seejärel Golgi kompleksi. Golgist transporditakse eksotsüütilise vesiikuli abli endosoomi. Endosoomis algab invariantse ahela proteolüüs. Proteiin nimega invariant II on seotud alfa ja beeta ahela pakkimisega, ER väljumise võimaldamisega. MHC invariantne kompleks transporditakse varajasse endosoomi. MHC molekul võtab avatud struktuuri. Ahel CIIP seondub osaliselt protsessitud antigeeniga. Lüsosoomis ClIP eemaldatakse. MHC antigeen kompleks liigub raku pinnale. Antigeeni protsessing peatatakse keemiliste agentide ja proteaaside inhibiitorite abil. Mittepeptiidset päritolu AG esitlemine - need antigeenid tuntakse samuti ära immuunsüsteemi poolt. Selliseid antigeene esitlevad CD1 perekonna molekulid. CD1 perekonna molekul+ 2 mikroglobuliin = sarnane MHC I-ga Kui mikroobil on sellised valgud, millest ükski ei seondu MHC-le, siis jääb ta T-rakkudele märkamatuks
Klass II alfa ja beeta ahelad on seotud ERiga. Alfa ja beeta ja invariantne ahel sünteesitakse ERis, mis transporditakse seejärel Golgi kompleksi. Golgist transporditakse eksotsüütilise vesiikuli abli endosoomi. Endosoomis algab invariantse ahela proteolüüs. Protein nimega invariant Ii on seotud alfa ja beeta ahela pakkimisega, ER väljumise võimaldamisega. MHC invariantne kompleks transporditakse varajasse endosoomi. MHC molekul võtab avatud struktuuri. Ahel CLIP seondub osaliselt protsessitud antigeeniga. Lüsosoomis ClIP eemaldatakse. MHC antigen kompleks liigub raku pinnale. Antigeeni protsessing peatatakse keemiliste agentide (chloroquine) ja proteaaside inhibiitorite abil (leupeptin). Mittepeptiidset päritolu AG esitlemine (CD1 family)- Need antigeenid tuntakse samuti ära immuun süsteemi poolt. Selliseid antigeene esitlevad CD1 perekonna (mitteklassikalised klass I) molekulid. CD1 perekonna molekul+ 2 mikroglobuliin sarnane MHC I-ga
Valgu lagunemisel putuka vastse seedetraktis tekivad toksilised valgud, mis lüüsivad sooleseina. Moodustub sobiv keskkond ka batsilli endospooride idanemiseks. Vastne sureb. Kasutatakse taimekahjurite biotõrjes. Need preparaadid on maailmas suurimas koguses toodetavad biopestitsiidid. Kaubastatakse pulbrina, mis sisaldab spoore ja parasporaalkehasid. B. thuringensise toksiini (Bt toksiini) geen on kloneeritud ja sekveneeritud. Protoksiini M on 130-140 kDa, protsessitud toksiinil on M 30-80 kDa. Protoksiin on lahustumatu tavatingimustes ja seetõttu ohutu näiteks inimesele. Lahustuvaks muutub ta aluselises keskkonnas (pH9.5) ja redutseeritud keskkonnas (vastse sooles). Magnetosoomid Mõnedel bakteritel on leitud rakkudes magnetosoomid magnetiliste omadustega nanokerakesed. Magnettundlikud. Need koosnevad kas magnetiidist (Fe3O4) või greigiidist (Fe3S4). Väävlirikkas keskkonnas moodustub greigiit. Praegu on teada magnetosoomidega
muutunud juba korduvalt - sellest aga ei säilu ühtki jälge. Pseudogeenide kiire evolutsioon on vesi NT veskile. Pseudogeenid on normaalsete geenide analoogid, mis on kaotanud oma funktsiooni. Nad võivad olla tekitatud pöördtranskriptsiooniliselt - st. vastava geeni mRNAst on mingil kombel tekkinud pöördtranskriptaasi (RNA-sõltuv DNA-polümeraas) abil jupike DNAd, mis siis on uuesti inkorporeerunud kuhugi raku DNAsse ja säilub seal. Neid pseudogeene kutsutakse protsessitud pseudogeenideks. Teine sort pseudogeene (nn. protsessimata) on mingi mutatsiooni tõttu inaktiveerunud geenid. Viimasel juhul säiluvad ka intronid - geenisisesed mittekodeerivad alad. NT jaoks on pseudogeen suurepärane näide GT olemasolust - peaks ju pseudogeen olema ideaalmolekuliks, kus LV ei peaks avaldama mingi mõju evolutsioonile. LV võiks ju töötada - kuid siis ainult negatiivses tähenduses - pseudogeenide elimineerimiseks. Aga et pseudogeene
eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. RNA molekulide tüübid Eukarüootses rakus on põhiliselt nelja tüüpi RNA molekule: mRNA, tRNA, rRNA ja snRNA. Eelnevalt oli
eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni läbiviimiseks moodustub makromolekulaarne struktuur, mida nimetatakse splaissosoomiks. Enne splaissimist lisatakse pre-mRNA-le 5´-otsa 7-metüülguanosiin ja 3´- otsa polü-A järjestus polüA saba, mis on 20-200 nukleotiidi pikk. Kõik need protsessid toimuvad rakutuumas. Protsessitud mRNA transporditakse tsütoplasmasse ning alles seal toimub translatsioon. Erinevalt eukarüootidest, kus transkriptsioon ja translatsioon on ajaliselt ja ruumiliselt teineteisest lahutatud, toimuvad prokarüootsetes rakkudes mõlemad protsessid korraga: parasjagu sünteesitavalt mRNA molekulilt algab kohe ka translatsioon. RNA molekulide tüübid Eukarüootses rakus on põhiliselt nelja tüüpi RNA molekule: mRNA, tRNA, rRNA ja snRNA. Eelnevalt oli
annaabi.ee 
