toimumiseks? a) püruvaat, laktaat, glütserool, valdav osa aminohappeid, kõik tsitraaditsükli intermediaadid b) makroergilised ühendid 4. Kuidas põhjendate väidet: glükoneogenees ei ole glükolüüsi pöördprotsess? Kolm glükolüüsi etappi (1,3,10) on glükoneogeneesis asendatud 4 unikaalse reaktsiooniga: nende kaudu toimub regulatsioon; uued reaktsioonid toovad spontaansuse. 5. Iseloomustage glükogeeni järgmistest aspektidest: a) Molekuli monomeerne koostis ja molekuli ehitus? Glükogeen koosneb -D-Glükoosi monomeeridest. b) Millised ensüümid katalüüsivad glükogeeni hüdrolüüsi, milline on nende toimespetsiifika ja millised produktid tekivad? Glükogeeni hüdrolüüsi katalüüsivad ensüümid on amülaasid. Produktid: tekivad alfa amülaas dekstriinid, beeta amülaas maltoos ja glükoamülaas glükoos, lõpp-produktiks on vabad glükoosi molekulid. c) Milliste kudede rakkudes ja millises raku osas glükogeeni varu säilitatakse?
Sugukond: Pilvikulised Russulaceae Perekond: Riisikas Lactarius Pers.1797 Iseloomustus • Viljakeha kübara, jala ja eoslehekestega. • Seeneliha piimmahlaga, mis tekib spetsiaalsetes seeneniitides ehk nn piimmahlasoontes. • Kübara- ja jalaliha heteromeerne- koosneb seeneniitidest ja nende vahel pesadena asuvatest rakjatest elementidest ehk sfärotsüstidest. Kalamees.K.2011.Riisikad.Tasku määraja Iseloomustus • Eoslehekeste seeneliha enamasti monomeerne- koosneb ainult seeneniitidest, sfärotsüstide pesi leidub harva eoslehekeste välimises osas. • Erandlikult koosneb eoslehekeste seeneliha ainult sfärotsüstidest kuldriisikal ( L.volemus). • Eosed ribidest, näsadest ja/või paratsüstiididega, vaid kuldriisikal lamprotsüstiididega. • Pandlad(seeneniitide rakuvaheseinte kohal tekkivad sillakesed ) puuduvad. Kalamees.K.2011.Riisikad Iseloomustus • Eranditult ektomükoriisaseened.
4. Multidomeense struktuuri moodustumine Kokkupakkumine võib olla pidurdatud metastabiilsete vaheühendite tekke kaudu. Kokkupakkumist assisteerivad ensüümid: 1. Peptidüülprolüül isomeraas 2. Disulfiidi isomeraas 3. Saperonid (E.coli GroELGroES) Hemoglobiin ja müoglobiin Hemoglobiin hapniku transportimine veres. Punaste vereliblede valk Müoglobiin lihasrakkude valk Mõlemad valgud sisaldavad prosteetilise rühmana heemi Müoglobiin monomeerne valk, 1 heem Hemoglobiin tetrameerne valk, 4 heemi Kopsudes, kus hapniku partsiaalrõhk on kõrge, seondub hemoglobiin hapnikuga: Hb + 4O2 Hb(O2)4 Lihasrakkudes, kus hapniku partsiaalrõhk on madal, vabaneb hapnik hemoglobiiniga kompleksist Hb(O2)4 Hb + 4O2 Valkudes esinevad molekulaarsed liikumised Valgud ei ole jäigad struktuurid Valkudes võib rääkida kolme tüüpi molekulaarsetest
18. Ainuke mitteredutseeriv on d. Trehhaloos, kuna puudub vaba hemiatsetaalne/hemiketaalne ots. · Monomeeriks alfa-D-glükoos · Gükosiidsideme tüüp lineaarses osas alfa(1,4)-glükosiidside · Glükosiidsideme tüüp hargnemispunktides alfa(1,6)-glükosiidside. · Bioloogiline funktsioon: o Loomse organismi energiavaru. 20. TÄRKLIS TSELLULOOS Monomeerne koostis Alfa-D-glükoos Beeta-D-glükoos (Amüloos + amülopektiin) Glükosiidsideme tüüp Alfa-anomeerne Beeta-anomeerne Polümeeri ahelate struktuur Hargnenud Pikad lindid Molekuli ehitus Amüloosi ja amülopektiini Moodustab H-sidemete abil
oksüdatsioonil, kui ka tsütosoolis tekkiv NADH siseneb mitokondrisse ja reoksüdeerub oksüdatiivse fosforüleerumise protsessis. Biokeemia test II variant 2 1. Kirjutage mingi aldopentoosi molekul a) lineaarses vormis, b)tsüklilises furanoosi vormis. Selgitage kuidas tsükliline struktuur formuleerub ja iseloomustage kujutatud suhkru stereostruktuuri. 2. Selgitage glükogeeni kohta järgmist: a) millisesse ainegruppi kuulub? B) milline on monomeerne koostis, c) milline on molekuli struktuur, d) mis tüüpi glükosiidsidemeid temas esinevad, e) bioloogiline roll. 3. Kirjutage loodusliku 18:3 (kolmnurk: 9, 12;15) rasvhappe struktuurivalem. Andke sellele happele 1)triviaalne ja süstemaatiline nimetus, b) iseloomustage viimane kaksiksideme (oomega) paiknemise aspektist c)isomeerse vormi cis/trans iseloomustus. 4. Iseloomustage järgmiste lipiidi rühmade keemilist ehitust ja kirjutage
e allosteeriline efektor. Ta toimib kooperatiivselt, s.o soodustab iseenda sidumist. Molekule, mille sidumine mõjutab teiste ligandite sidumist, nim heterotroopseteks efektoriteks. Positiivne heterotroofne efektor e. Allosteeriline aktivaator soodustab S sidumist. Negatiivne heterotroopne efektor e allosteeriline inhibiitor vähendab S sidumist. 5. Hemoglobiin ja müoglobiin on hapniku transpordi ja säilitamise valgud. Müoglobiin on monomeerne (153 aminohapet, MW 17200), polüpeptiidahel koosneb kaheksast heliksaalsest segmendist, mis on ühendatud lühikeste struktureerimata osadega. Hemoglobiin tetrameerne (2 alfa-ahelat 141 jäägiga, 2 beeta-ahelat 146 jäägiga, MW 64500). Hb seob hapniku kopsus ja vabastab kudede kapillaarides. Mb on monomeerne hemoproteiin. Müoglobiinis on hapniku sidujaks polüpeptiidahelaga seotud heemne raud 2+ (Fe vormis)
alaühikut ja 10-14 väiksemat alaühikut, milledest mõned on olemas kõigi kolme polümeraasi kompleksis (täpsemalt kirjeldada ei viitsi). 7. Mis on TBP funktsioon initisiatsioonikompleksi tekkes? TATA-box siduv valk (TATA binding protein (TBP)) on transkriptsiooni faktor, mis seondub spetsiifiliselt DNA järjestusega TATA-box'ga. TBP on esimene valk, mis "istub" TATAbox promootorile. Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB (generaalne trankriptsiooni faktor) seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N-terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine
Peptiidid on molekulid, mis koosnevad peptiidsidemete abil ühendatud kahest või enamast aminohappest. III. VALGU STRUKTUUR, ISELOOMUSTUS JA BIOLOOGILINE ROLL. (Õpik lk 45-58) 1. Üldine iseloomustus molekulide suurus, makrostruktuur, mono- ja oligomeerse valgu mõiste. Valgud on aminohapete polümeerid, milles aminohappejäägid on omavahel ühendatud kovalentsete sidemetega peptiidsidemetega. Koosnevad ühest või mitmest polüpeptiidahelast: monomeerne valk ( üks polüpeptiidahel); Multimeerne valk (mitu polüpeptiidahelat). Sisaldavad ka mitteaminohappelist osa: Lihtvalgud (koosnevad ainult aminohappest); Liitvalgud (sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa). Igal valgul on unikaalne aminohappe järjestus. See on kodeeritud vastava DNA lõigu järjestusega. 2. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest.
neist "üles voolu". Promootor RNA polümeraasi siduv järjestus. Operaator repressorvalku siduv järjestus. Valgu Mutatsioonide tulemusel võib geeni nukleotiidne järjestus muutuda. Punktmutatsioon - ühe nukieotiidi vahetumine või väljalangemine ahelast. Ristsiire ja rekombineerumine - uute nukleotiidi järjestuste teke erinevate DNA ahelate baasil. NB! Valdav enamus mutatsioone on kahjulikud!; Valgu biosünteesi põhimehhanismid on universaalsed: a) DNA monomeerne koostis on sama (A, T, C, G); b) Geneetiline kood on universaalne. VIIRUSED - Väljaspool rakku viirusosakesed e virionid - supramolekulaarsed kompleksid (makromolekulide organiseeritud kogumid). Valdav enamus sisaidab üht DNA või RNA molekuli (genoom) ja valkkatet (kapsiid). Komplitseeritumatel on valkkatte peal ümbris, mis sisaidab glükoproteiine ja membraanilipiide: Kuna puudub iseseisev ainevahetus ja reprodutseerumisvõime, siis viirusosakesed pole elusorganismid
Mehhanism: GTP sidumine ja hüdrolüüs, pendeldavad 2 oleku vahel – GTP-seoseline AKTIIVNE; GDP-seoseline INAKTIIVNE. GTPaasi tsükkel, G-nukleotiidi vahetusfaktor GEF, GTPaasi aktiveeriv valk GAP GTPaasid ja G-domeen: Konserveerunud piirkonnad: switch I, switch II, P-loop P-loop seob GTP fosfaatrühmi Switch-id olulised GTP hüdrolüüsiks NB! Vaadake slaide 12 - 13 EF-Tu Tu” : T –” transfer”, u - “unstable”. Monomeerne GTPaas, 3 domeeni GTPaasne aktiivsus. GTPaasi stimuleerib ribosoom. Kolmikkompleks : EF•Tu-GTP•aa-tRNA. EF-Tu seondub ribosoomiga kolmikkompleksis. EF-Tu konformatsioon muutub GTP hüdrolüüsi järel. EF-Tu•GTP kompleks seob aa-tRNAd tugevalt EF-Tu nn. “suletud” vormis GTP hüdrolüüs EF-Tu-l. EF-Tu omandab “avatud” konformatsiooni EF-Tu•GDP dissotsieerub aa-tRNA küljest. His84 aktiveerib H2O molekuli, see atakeerib γ-fosfaatrühma GTPs
Suhkur on redutseeriv! b. Tsellobioos: beta,D-glükosüül(1-->4)beta,D-glükosiid. Suhkur on redutseeriv! c. Laktoos: beta,D-galaktosüül(1-->4)alfa,D-glükosiid. Suhkur on redutseeriv! d. Trehhaloos: alfa,D-glükosüül(1-->1)alfa,D-glükosiid. Suhkur on mitteredutseeriv! Põhjendus: Kuna trehhaloosi jäägid on kokku ühendatud anomeerse süsinikuga kus toimuks redutseerimine. 14. Skitseerige fragment glükogeeni molekulist. Selgitage, milline on tema a) monomeerne koostis b) polümeeri struktuur c) glükosiidsideme tüüp d) bioloogiline funktsioon Glükogeeni molekul koosneb alfa-D-glükoosi monomeeridest, mis on ühendatud alfa(1-->4) glükosiidsidemetega. Molekul iseenesest on hargnenud kuna iga 8-12 glükoosi monomeeri tagant tekib hargnemine alfa(1-->6)glükosiidsidemega. Glükogeeni bioloogiliseks funktsiooniks on glükoosi varundamine (energia). Glükogeeni on maksas kuni 10%-i ja lihastes 1-2% lihasmassist. 15
kaudu. See kaitseb mukoosseid pindu mikrobiaalse invasiooni eest. Sekretoorset IgAd leidub pisarates, süljes, rinnapiimas, kolostrumis jne. Tänu sellele, et teatud sekretoorne osake on seotud IgA antikehaga, väheneb proteolüütiliste ensüümide poolt degradatsiooni oht intestinaalses keskkonnas. IgA esineb nii monomeerses kui ka dimeerses (kahte monomeeri hoitakse koos J-ahela abil) vormis. Monomeerne vorm on tsirkulatsioonis ja ta omab kahte alaklassi. Dimeerne vorm osaleb primaarses kaitses lokaalsete infektsioonide vastu, olles süljes, pisarates, bronhiaalsetes sekreetides, nina limas, prostata vedelikus, vaginaalsetes sekreetides ja mukoossetes peensoole sekreetides. Oraalse tolerantsi kasutamine ravis - mõte selles, et süües sisse (või ka nt ninalimaskestale aerosoolina
järjestusest. Aminohapete kõrvalahelate erinevad omadused tingivad nende erinevad konformatsioonid vesilahustes. Valgu struktuur määrab tema bioloogilise aktiivsuse (funktsiooni). Valgu AH järjestus on igale valgule omane unikaalne tunnus. See on kodeeritud vastava DNA lõigu ehk geeni nukleotiidide järjestusega. Valgu AH järjestuse kaudu realiseerub geneetiline informatsioon. Järjestust loetakse alati amino-ehk N-terminusest karboksüül-ehk C-terminus suunas. Monomeerne valk – üks polüpeptiidahel. Multimeerne valk – mitu polüpeptiidahelat. Lihtvalk on ehitatud ainult aminohapetest. Liitvalgus esineb veel täiendav rühm, milleks võib olla sahhariidi, rasvataolise või mõne muu lihtsama aine molekul, millega omakorda võivad olla seotud metalliioonid. Kui mitte-AH osa on funktsionaalselt oluline, siis nim seda prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt mitte-AH osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks.
BIOKEEMIA test I Allosteeriline reguleerimine ja kovalentne modifitseerimine 5. Hemoglobiini funktsioneerimine allosteerilise regulatsiooni näitena. Müoglobiini ja hemoglobiini molekulide struktuur ja füsioloogiline roll. Struktuuride erinevuste mõju hapnikutranspordile. · Hemoglobiin ja müoglobiin on hapniku transpordi ja säilitamise valgud · Müoglobiin on monomeerne ja hemoglobiin tetrameerne valk · Mb: 153 aminohapet, MW 17200 · Hb: 2 alfa-ahelat 141 jäägiga, 2 beetaahelat 146 jäägiga, MW 64500 Müoglobliin (Mb) Mb ja Hb hapniku sidumise kõverad Hemoglobliin (Hb) LIISI KINK 40
(Õpik lk 45-58) 1. Üldine iseloomustus molekulide suurus, makrostruktuur, mono- ja oligomeerse valgu mõiste. Peptiid on molekul, mis koosneb kahest või enamast aminohappejäägist, mis on omavahel ühendatud peptiidsidemetega. Sõltuvalt jääkide arvust nimetatakse peptiide: 2 jääki dipeptiid 3 jääki tripeptiid 12-20 jääki oligopeptiid 20 -100 jääki polüpeptiid >100 jääki Mr>10 000, valk Valgud koosnevad ühest või mitmest polüpeptiidahelast: Monomeerne valk üks polüpeptiidahel; Multimeernevalk mitu polüpeptiidahelat 2. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest Liitvalgud sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa: kui see osa on funktsonaalselt oluline prosteetiline rühm (lihtne ehitus kofaktor, keeruline koensüüm). Liitvalgud jagatakse vastavalt mitteaminohappelisele osale:
2) The other condition is that the atom with a lone pair which the H is hydrogen-bonded to must be O, N or F. 3.Kirjeldage erinevusi taime- ja loomarakkude vahel. 4.Kirjutage Henderson-Hasselbach´i võrrand. Arvutage atsetaatiooni ja mittedissotsieerunud happe suhe äädikhappe lahuses (pH=5,24). Äädikhappe Ka=1,76 10^-5 pH = 5,24 pKa = 1,76 -5 6.Skitseerige tselluloosi ahela fragment ja iseloomustage seda: a)süsivesiku tüüp(mono-,oligo-,polü-)polüsahhariid. b)monomeerne koostis koosneb glükoosi monomeeridest. c)glükosiidsideme tüüp -1,4-glükosiidsed sidemed. d)ahela struktuur on lineaarse struktuuriga, koosneb -glükoosi molekuli jääkidest. e)bioloogiline roll struktuurne, taimeraku kestas. Tsellulloos on D-glükoosi jääkidest koosnev polümeer, milles monomeerid on omavahel seotud -1,4-glükosiidsete sidemete kaudu. 7.Kirjutada üldistatud struktuurvalemid ja iseloomustada keemilise ehituse järgi:
Allosteerilised ensüümid ... on ensüümid, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide pöörduva, mittekovalentse sidaise kaudu. Regulatoorsed molekulid sünteesitakse sama metaboolse raja mõnes teises etapis. Efektorid võivad olla nii aktivaatorid kui ka inhibiitorid. Allosteerilised ensüümid omavad allosteerilist tsentrid, mida on vaja regulatoorse molekulide sidumiseks. Müoglobiin ja hemoglobiin Müoglobiin on monomeerne valk, hemoglobiin on tetrameerne valk. Kui müoglobiinile on hapnik juba seotud, siis ta rohkem siduda ei saa. Hemoglobiinil toimub esimese hapniku sidumise järel konformatsiooniliste muutuste seeria, mille tulemusel suureneb järgmise subühiku hapniku sidumise afiinsus (positiivne kooperatsioon). Müoglobiin on vajalik hapiku kandmiseks südamepiirkonnas, hemoglobiin kannab hapnikku kõikidesse kudedesse. Motoorsed valgud
samuti oleks kontrollitud F + I summaarne hulk rakus? Produkt F peab inhibeerima CD katalüüsivat ensüümi ja/või aktiveerima CG katalüüsivat ensüümi. Ja sama I-ga. Lisaks on kasulik veel olukord, kus nii F kui ka I akumuleerumine inhibeeriks mõlema haruraja esimest ühist reaktsiooni ehk A B ensüümi. 83. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt Michaelis-Menteni kineetikale b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldiseisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud 84. Visandage reaktsioonikiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist juhul kui ensüüm seob oma substraati positiivse kooperatiivsuse alusel. 85. Märkige juurde milline graafikul kujutatud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale: a) efektori puudumisel b) allosteerilise inhibiitori juuresolekul
immunogeenile. Variaabel regioon erineb erinevate B- rakkude poolt produtseeritud antikehade vahel, aga sama raku poolt produtseeritud antikehades on samasugune. Konstantne regioon on identne kõikides sama isotüübi antikehades, aga erineb erinevate isotüüpide antikehades. Konstantne regioon determineerib mehhanismi, mis on vajalik antigeeni hävitamiseks. Ig H ahela konstantne osa on isotüüpidel IgM ja IgE ühe C domääni võrra pikem. IgM 5-15% seerumi Ig-dest. Monomeerne IgM- membraanseotud vorm, ekspreseeritakse esimese antikehana B-raku pinnale. Sekreteeritav IgM pentameer, J (joint chain) osaleb pentameeri polümerisatsioonis. Erütrotsüüdid+IgM agregatsioon -agglutinatsioon. Parim komplemendi aktivaator! Viirus +IgM neutraliseerib võimsalt. IgM suur molekul, vähe liikuv, vähene kontsentratsioon veres, võib läbida epiteelrakud. Iseloomulik primaarsele immuunvastusele. IgG-80% seerumi Ig-dest. Inimesel 4 IgG alamklassi (IgG1, IgG2, IgG3,
regulaatorite seondumise kohta või kohti. Neid kohti nimetatakse allosteerilisteks seostumiskohtadeks ja neid reguleerivaid ensüüme allosteerilisteks ensüümideks. krt kas keegi oskaks seda lühemalt sõnastada, ma ei oska? 92. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt MichaelisMenteni kineetikale??? b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldi seisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud Allosteerilised ensüümid on eranditult multimeersed valgud, s.t. nad koosnevad rohkem kui ühest subühikust ja sisaldavad seega ka rohkem kui ühte aktiivtsentrit (iga subühik sisaldab ühe aktiivtsentri). Allosteerilistele valkudele on omane substraatide (homoallosteeria) ja regulatoorsete
Milline tähtsus on järjestustel KDEL ja Man-6-P sekreteeritavatel valkudel. - KDEL järjestus tagab, et ER luumenis esinevad valgud jäävad sinna püsima ja ei sekreteerita raku pinnale või lüsosoomidesse. - Man-6-P järjestus tagab lüsosoomi valkude transpordi lüsosoomidesse. Millised valgud ja milleks on vajalikud tagamaks vesiikuli membraani ja õige märklaudmembraani ühildumist. Igal endomembraani vesiikuli tüübil on oma spetsiifiline Rab valk (monomeerne G-valk). Rab valkusid on tuntud ~70 erinevat. Kui on seotud GDP-ga, on inaktiivne ja paikneb tsütosoolis. GTPga seotud kujul on seotud organelli või transportvesiikuli membraaniga GPI ankruga ja aktiivne. Rab valgud seostuvad märklaudmembraani Rab efektoriga, mis on vajalik membraanide kokkusulamiseks. Rab efektoriks võivad olla mootorvalgud, mis transpordivad vesiikuleid piki mikrotorukesi või filamente märklaudmembraanini
ternespiimas(>1g/100ml kohta). Koos IgG-dega kaitsevad vastsündinut infektsioonide eest. Sekretoorne IgA kaitseb efektiivselt N. Salmonella, polio, influenza ja retroviiruste eest. Sekretoorset IgA-d produtseeritakse päevas 5-15 grammi. IgA on peamine limaskestades leiduv Ig-klass. Imetajate sekretoorne IgA dimeriseerub ja sellisena on ta võimeline basaalmembraani läbima. Seega tagab ta organismi esmase kaitse limaskestade piirkonnas. IgM 5-15% seerumi Ig-dest; conts.=1.5 mg/ml; Monomeerne IgM- (MW 180000) membraanseotud vorm ekspreseeritakse esimese antikehana B-raku pinnale. Sekreteeritav IgM pentameer; J (joint chain) osaleb pentameeri polümerisatsioonis. Erütrotsüüdid+IgM-agregatsioon agglutinatsioon. Viirus +IgM neutraliseerib võimsalt. Sadestamine. IgM on suur molekul, vähe liikuv, vähene conts. veres ; võib läbida epiteelrakud (retseptor mediated endocytose like IgA ). IgM on polümeer, kus immuniglobuliinid on
pinnale või lüsosoomidesse. - Man-6-P järjestus tagab lüsosoomi valkude transpordi lüsosoomidesse. 14. Millised valgud ja milleks on vajalikud tagamaks vesiikuli membraani ja õige märklaudmembraani ühildumist. 7 Igal endomembraani vesiikuli tüübil on oma spetsiifiline Rab valk (monomeerne G-valk). Rab valkusid on tuntud ~70 erinevat. Kui on seotud GDP-ga, on inaktiivne ja paikneb tsütosoolis. GTPga seotud kujul on seotud organelli või transportvesiikuli membraaniga GPI ankruga ja aktiivne. Rab valgud seostuvad märklaudmembraani Rab efektoriga, mis on vajalik membraanide kokkusulamiseks. Rab efektoriks võivad olla mootorvalgud, mis transpordivad vesiikuleid piki mikrotorukesi või filamente märklaudmembraanini. Rab valgu seostumisel Rab
sisaldavad lisaks aktiivtsentrile ka eraldi regulaatorite seondumise kohta või kohti. Neid kohti nimetatakse allosteerilisteks seostumiskohtadeks ja neid reguleerivaid ensüümeallosteerilisteks ensüümideks. krt kas keegi oskaks seda lühemalt sõnastada, ma ei oska? 92. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt MichaelisMenteni kineetikale??? b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldi seisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud Allosteerilised ensüümid on eranditult multimeersed valgud, s.t. nad koosnevad rohkem kui ühest subühikust ja sisaldavad seega ka rohkem kui ühte aktiivtsentrit (iga subühik sisaldab ühe aktiivtsentri). Allosteerilistele
omavad diaadset (polaarset, kaheli) sümmeetriat, ent pole identsed. Nagu HMGI ja teised DNAd-painutavad valgud, interakteerub TBP DNA väikese vaoga, painutades tugevasti kaksikheeliksit. DNAd-siduv valgu pind on TBP puhul konserveerunud kõigis eukarüootides, mis selgitab ka TATAbox promootorelemendi kõrget konserveerumist läbi evolutsiooni. 11. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Jah, Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N- terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine
mis seovad ATP-d ja kannavad ATP-lt fosfaadi jäägi üle HisKa domeenis olevale histidiini jäägile. HATPaasi domeen seob veel Mg 2+-iooni, mis on vajalik kineerimise läbiviimiseks. HisKa domeen moodustub neljast -heeliksist, kaks heeliksit mõlemalt sensori monomeerilt. HisKa domeenis olevad histidiini jäägid on eksponeeritud väljapoole, mille tõttu on neid kerge atakeerida nii HATPaasi domeenidel kui ka regulaatori vastuvõtval domeenil. Hpt-domeen E. coli CheA-l on monomeerne ning tal on ainult 1 histidiini jääk, mida kineerida. Siiski, CheA Hpt-domeen koosneb 4 -heeliksist, sarnaselt EnvZ HisKa domeenile. Vastust kujundava regulaatorvalgu signaali vastuvõtudomeen koosneb tavaliselt vaheldumisi asuvast viiest -lehest ja viiest -heeliksist. Regulaatori signaali vastuvõttev domeen sisaldab tavaliselt 3 tugevalt konserveerunud Asp-jääki, millest keskmine on vajalik fosforüleerimiseks. Aspartaadi jäägid moodustavad
annaabi.ee 
