üksteisest nii struktuuri kui katalüütiliste parameetrite poolest. 4) Allosteerilised ensüümid - mõiste, bioloogiline roll. Regulatoorse tsentri mõiste molekulaarne sisu. Allosteerilise regulatsiooni mudelid; aktiveerimine ja inhibeerimine. Allosteeriliste ensüümide kineetilised kõverad (v versus S). Allosteerilised ensüümid e regulatoorsed ensüümid ensüümid, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide, nn allosteeriliste efektorite, pöörduva, mittekovalentse sidumise kaudu. Molekuli konformatsioon muutub efektori sidumise tulemusel. Bioloogiline roll: omavad võtmepositsiooni ainevahetusreaktsioonide reguleerimisel. Regulatoorne tsenter e allosteeriline tesenter tsenter millega reguleeritakse reaktsiooni kiirust (ensüümi aktiivsust) sidudes ensüümile efektor (modulaator). Allodsteerilise regulatsiooni mudelid: MWC allosteerilised valgud võivad eksisteerida kahes olekus: lõdvestatud (R) ja pingestatud (T) olekus
arvutiprogrammid kasutavad seda, kus sisestatakse otseselt v versus [S] katseandmed): 4. Kiirust mõjutavad tegurid. (temperatuur, pH, kontsentratsioon, Km ja Vmax väärtused) Ensüümide inhibiitorid, inhibeermise tüübid, nende analüüs. Ensüümide inhibiitorid on vahendid, mis madaldavad reaktsooni kiirust (võimaldades neid paremini kontrollida). Nad moodustavad ensüümiga kovalentse sideme (pöördumatud) või mittekovalentse sideme (pöörduvad). Pöörduva inhibeerimise tüübid: - konkurentne: inhibiitor seondub ainult E, mitte ES kompleksiga ehk I ja S konkureerivad sama sidumistsentri pärast aktiivtsentris - mittekonkurentne: inhibiitor seondub mõlemaga nii E kui ka ES kompleksiga (I sidumine ensüümile ei mõjuta S sidumist, kuna neil on erinevad sidumistsentrid. Inhibiitor ei mõjuta Km- i, kuid vähendab Vmax väärtust) - ebakonkurentne: inhib
[CBBG 2H ] [CBBG H ] + H CBBG + H [CBBG- Valk] Punane Roheline Sinine Sinine-CBBGValk (max470 nm) (max 650 nm) (max 590 nm) (max 590 nm) CBBG sisaldab kuut fenüülijääki ja kaht sulfoonhappe jääki ning seostub spetsiifiliselt valgus esinevate positiivselt laetud (Arg, Lys, His), kuid ka aromaatsete (Trp, Tyr, Phe) aminohappejääkidega. CBBG- moodustab mittekovalentse kompleksi valkudega, mis suurendab valguse absorbtsiooni 590 nm piirkonnas. Kuna CBBG kontsentratsioon on tunduvalt suurem valgu kontsentratsioonist, siis suureneb lahuse absorbtsiooni 590 nm piirkonnas võrdeliselt valgu kontsentratsiooniga (Joonis 2). 3 Bradfordi reagent inkub. valguga Bradfordi reagent 2
· Substraadid seostuvad kindla järjekorra alusel 2. Asendatud ensüümiga ehk ping-pong mehhanism substraatide seostumiskohad on ülekattuvad, esineb modifitseeritud-ensüüm (E*) vaheühend Ensüümide inhibitsioon Inhibiitorid on ained, mis alandavad ensüümkatalüüsitavate reaktsioonide kiirust mõjuvad ensüümile kui katalüsaatorile Ensüüm-inhibiitor kompleks on katalüütiliselt inaktiivne 1. Pöörduv inhibitsioon inhibiitor moodustab ensüümiga mittekovalentse kompleksi · Konkurentne · Ebakonkurentne · Mittekonkurentne · Sega tüüpi 2. Pöördumatu inhibitsioon inhibiitor moodustab ensüümiga kovalentse kompleksi Pöörduva inhibitsiooni tüübid Tulenevalt inhibiitori mõjust ensüümkineetika parameetritele, kcat ja KM eristatakse: 1. Konkurentne (competitive) inhibiitor suurendab KM, kcat jääb samaks 2
Aktivaatorid on ensüümreaktsiooni kiirust oluliselt tõstvad faktorid ning nende hulka kuuluvad: Metalli-ioonid tihti on raske eristada, kas metall-ioon on aktivaator v ensüümi ehituskomponent. Anorgaanilised ja orgaanilised ühendid toimivad allostreiilsete aktivaatoritena Inhibiitorid on ensüümreaktsiooni spetsiifiliselt või mittespetsiifiliselt pidurvadad faktorid. Pöörduvad inhibiitorid moodustavad nõrga mittekovalentse sideme ja on võimelised kompleksist dissotseeruma. Ensüüm on aktiivne siis, kui lahusest inhibiitorit ei eemalda. Pöörduv inhibitsioon võib olla: Konkurentne kokureerib esüümi aktiivtsentri pärast substraadiga. Aiatb S konts tõstmine. Mittekonkurentne inhibiitor ühineb ensüümiga väljaspool aktiivtsentrit, võib blokeerida reaktsiooni osaliselt või täielikult. Ei aita S konts tõstmine.
10. Biotehnoloogiatööstuses on aegade jooksul välja töötatud meetodid kõigi aminohapete tootmiseks mikroobide abil. Milline järgnevast valikust on kõige enam toodetud aminohape: a) Tsüsteiin b) Asparagin c) Valiin d) Glutamiinhape 11. Kui ensüümide immobiliseerimiseks tahkele kandjale kasutatakse adsorptsioon meetodit, kas sellisel juhul on tegemist? a) Sisestamismeetodiga b) Kovalentse sidumisega c) Mittekovalentse sidumisega 12. Geneetiliselt modifitseeritud E. coli rakkudes kasutatakse tihti sinna sisestatud transgeeni transkriptsiooni kontrollimiseks trüptofaani operoni trp promootorit. Kui bakteri kasvukeskonnas on trüptofaani külluses, siis on trp promootor a) Aktiveeritud b) Inaktiivne 13. Kuidas nimetatakse protsessi, kui bioremediatsiooni käigus viiakse saastunud kohta täiendavaid mikroobitüvesid eesmärgiga soodustada loodusliku mikroobipopulatsiooni aktiivsust?
tegeliku KM väärtusega võrreldes: Suurem. Inhibiitorid ained, mis alandavad ensüümkatalüüsitavate reaktsioonide kiirust mõjuvad ensüümile kui katalüsaatorile. 57. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat väärtusega võrreldes: Väiksem. 58. Pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga: Pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga mittekovalentse kompleksi, mis on tasakaalus vaba ensüümi ja vaba inhibiitoriga. Pöördumatu inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga kovalentse kompleksi. 59. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? Katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöördumatuid inhibiitoreid. 60. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades?
(1) Allosteerilised üleminekud (allosteeriline kontroll). (2) Fosforüleerimine defosforüleerimine. (3) Proteolüütiline modifitseerimine (aktivatsioon või innaktivatsioon). (4) Valkude kompartmentalisatsioon ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi. Allosteerilisteks nii ensüüme, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide, nn allosteeriliste efektorite, pöörduva mittekovalentse sidumise kaudu. Allosteerilised efektorid sünteesitakse sama metaboolse raja mõnes teises etapis, efektroid võivad olla nii otseside aktivaatorid kui ka tagasiside inhibiitorid. Omavad regulatoorset e allosteerilist tsentrit efektori sidumiseks. On oligomeersed kvaternaarse struktuuriga valgus. Toimivad rakumetabolismis regulaatoritena. Allosteerilised valgud võivad esineda ühest kahest olekus: R (lõdvestunud) ja T (pingestunud). S puudumisel domineerib T-olek. S sidumisel
või soodustab järgmise seondumist, Hilli koefitsioent) -Fosforüleerimine - defosforüleerimine -Proteolüütiline modifitseerimine (aktivatsioon või innakstivatsioon, nt trüpsinogeen ja trüpsiin- seedeensüümid) -Valkude kompartmentalisatsioon- ensüüm kas pääseb või ei pääse substraadile ligi. Allosteeriliseks nim ensüüme, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide nn allosteeriliste efektorite, pöörduva, mittekovalentse sidumise kaudu. Allosteerilised efektorid sünteesitakse sama betaboolse raja mõnes teises etapis. Efektorid võivad olla nii otseside ektivaatorid kui ka tagasiisde inhibiitorid. Efektoreid, mis suurendavad valgu aktiivsust, nimetatakse allosteerilisteks aktivaatoriteks, kusjuures neid, mis vähendavad valgu aktiivsust, nimetatakse allosteerilisteks inhibiitoriteks. Termin allosteeria tuleneb kreeka keelest vihjates
Joonis loeng9/slaid7! 3. Sümogeenid e proensüümid on valkude inaktiivsed prekursorid, mille proteolüütilise lõikamise tulemusel saadakse aktiivne valk. Isosüümid on ensüümi vormid, mis katalüüsivad samu reaktsioone, kui erinevad üksteisest nii struktuuri kui katalüütiliste parameetrite poolest. 4. Allosteerilisteks nii ensüüme, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide, nn allosteeriliste efektorite, pöörduva mittekovalentse sidumise kaudu. Allosteerilised efektorid sünteesitakse sama metaboolse raja mõnes teises etapis, efektroid võivad olla nii otseside aktivaatorid kui ka tagasiside inhibiitorid. Omavad regulatoorset e allosteerilist tsentrit efektori sidumiseks. On oligomeersed kvaternaarse struktuuriga valgus. Toimivad rakumetabolismis regulaatoritena. Allosteerilised valgud võivad esineda ühest kahest olekus: R (lõdvestunud) ja T (pingestunud). S puudumisel domineerib T-olek
7. Põletiku peamised mehhanismid (3) ! Põletiku ülesanne on takistada mikroobide edasist levikut ja teavitada immuunsüsteemi. Mehhanismid: Kapillaaride laienemine verevoolu suurendamiseks Plasma proteiinide ja leukotsüütide lahkumine tsirkulatsioonist Leukotsüütide kogunemine kahjustuskoldesse 8. Antikeha ülesanded sh põhiülesanne SEOSTUDA ANTIGEENIDEGA JA NEUTRALISEERIDA NENDE KAHJULIK TOIME! Antigeen ja antikeha seotakse omavahel mittekovalentse sidemega ning on seotud omavahel väga nõrga interaktsiooni kaudu. Teised ülesanded: A. Toksiinide neutralisatsioon B. Mikroobide lüüs komplemendiga C. Mikroobide adhesiooni takistamine (peamiselt pärsivad IgA tüüpi antikehad) D. Rakuväliste viiruste neutralisatsioon 9. Tsütokiinide ülesanded - Tagada kommunikatsioon immuunsüsteemi erinevate rakkude vahel - Lisaks on nad süsteemsed põletikureaktsioonide mediaatorid
S-kujuline substraatsõltuvus on erinevate ensüümide korral erinev - võib toimuda järsk tõus väga kitsas kontsentratsioonivahemikus. 5) Ensümaatiliste reaktsioonide kineetika: Michaelis-Menteni võrrand ja kineetilised parameetrid. MM pakkusid välja reaktsiooni skeemi: k1 kcat E + S <===> ES ===> P + E k-1 , mille tähtsaimaks eripäraks on mittekovalentse ensüüm-substraat kompleksi, (ES), teke. k1 on ESi moodustumise kiiruskonstant (v = k1[E][S]) k-1 on ESi dissotsiatsiooni kiiruskonstant (v = k-1[ES]) Reaktsiooni kiirus on: 2 peamist lihtsustust: Esiteks eeldame, et k-1 on suurem kui kcat nii et ensüüm, substraat ja ensüüm-substraat kompleks on omavahel tasakaalus. Tasakaaluolekus on ES-kompleksi moodustumise ja lagunemise kiirused võrdsed, järelikult: k1[E][S] = k-1[ES] Ehk :
· produkti kontsentratsiooni kaudu kiirus väheneb produkti akumuleerumisel · ensüümide kovalentse modifitseerimise teel · allosteeriliste efektorite abil · sümogeenide, isosüümide, modulaatorvalkude abil Valkude fosforüleerimise roll ensüümide aktiivsuses Katalüütiliselt aktiivne on ENSÜÜM-OH vorm, katalüütililselt inaktiivne on ENSÜÜM-PO4 vorm Allosteerilised ensüümid ... on ensüümid, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide pöörduva, mittekovalentse sidaise kaudu. Regulatoorsed molekulid sünteesitakse sama metaboolse raja mõnes teises etapis. Efektorid võivad olla nii aktivaatorid kui ka inhibiitorid. Allosteerilised ensüümid omavad allosteerilist tsentrid, mida on vaja regulatoorse molekulide sidumiseks. Müoglobiin ja hemoglobiin Müoglobiin on monomeerne valk, hemoglobiin on tetrameerne valk. Kui müoglobiinile on hapnik juba seotud, siis ta rohkem siduda ei saa. Hemoglobiinil toimub esimese hapniku sidumise järel
54. Milline väide on õige konkurentse inhibiitori kohta? Konkurentne inhibitor omab substraadiga võrreldes sama või ülekattuvat seostumiskohta ensüümil 55. . Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi KM substraadi jaoks on tegeliku KM väärtusega võrreldes suurem 56. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat väärtusega võrreldes väiksem 57. Pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga mittekovalentse sidemega, pöördumatu kovalentse sidemega 58. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? Pöördumatu inhibitor 59. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades? Inaktiveerivad metabolismi võtmeensüüme. Kuna inhibitsioon on pöördumatu, siis toimivad pöördumatud inhibiitorid juba väga väikestes hulkades 60
56. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi K M substraadi jaoks on tegeliku KM väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c) sama 57. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c)sama 58. Pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga: a) kovalentse kompleksi b)mittekovalentse kompleksi c) ei moodusta kompleksi (sama küsimus ka pöördumatu inhibitsiooni kohta) Pöördumatul inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga kovalentse kompleksi. 59. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? V: Pöördumatuid. 60. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades? V: Inaktiveerivad metabolismi võtmeensüüme
nii struktuuri kui katalüütiliste parameetrite poolest. 4. Allosteerilised ensüümid - mõiste, bioloogiline roll. Regulatoorse tsentri mõiste molekulaarne sisu. Allosteerilise regulatsiooni mudelid; aktiveerimine ja inhibeerimine. Allosteeriliste ensüümide kineetilised kõverad (v versus S). Allosteerilisteks nimetatakse ensüüme, mida reguleeritakse regulatoorsete molekulide, nn allosteeriliste efektorite, pöörduva, mittekovalentse sidumise kaudu. Allosteerilised efektorid sünteesitakse sama metaboolse raja mõnes teises etapis. Efektorid võivad olla nii otseside aktivaatorid kui ka tagasiside inhibiitorid. Allosteerilised ensüümid omavad regulatoorset e. allosteerilist tsentrit efektori (modulaatori) sidumiseks. Need on oligomeersed valgud (NB! Kvaternaarne struktuur), toimivad rakumetabolismis regulaatoritena regulatoorsed ensüümid. Allosteerilise käitumise MWC mudel
ii. tsütoplasmaatilist saba (30aa) · kerge e. -ahel - seondub mittekovalentselt -ahela ekstratsellulaarse osaga. ja ahelate ühinemine on vajalik MHC molekulide viimiseks raku membraanile. Esitlevad peptiidi TC rakkudele. Koesobivusantigeen II (MHC II) - raku pinnal asuv valgukompleks, on glükoproteiinid, mida ekspresseeritakse APC (makrofaagid, dendriitrakud, B-rakud) pinnal. MHC II koosneb kahest sarnasest ahelast ja (33 ja 28kD), mis on omavahel seotud mittekovalentse sidemetega, mõlemad polümorfsed. Esineb: 1) peptiidi siduv osa: (1ja 1); glükosüleeritud; üks S-S sild. 2) Ig-line domään: (2ja 2). 2 tunneb CD4-ja. 3) transmembraanne osa 4) tsütoplasmaatiline osa lühike, ei sisalda fosforüleerimissaite, sealt signaali edasi ei kanta. Sellega seondunud võõrvalgu fragmente tunnevad ära Th-rakud. MHC molekul määrab ära T-rakkude aktivatsiooni, mitte sellega seotud antigeen
Inhibiitorid ained, mis alandavad ensüümkatalüüsitavate reaktsioonide kiirust mõjuvad ensüümile kui katalüsaatorile. KM näiline dissotsiatsioonikonstant, Michaelise konstant (Ensüümkineetika lk 12; keeruline valemitemängJ) 61. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c)sama 62. Kas pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga: a) kovalentse kompleksi b)mittekovalentse kompleksi (mis on tasakaalus vaba ensüümi ja vaba inhibiitoriga) c) ei moodusta kompleksi (sama küsimus ka pöördumatu inhibitsiooni kohta) 63. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? pöördumatuid 64. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades? 65
Paljude ravimite toime seisneb vastava ensüümi inhibeerimiseks. Inhibitsioon pöördumatu või pöörduv. Pöördumatu puhul seostub inhibiitor ensüümi aktiivtsentrisse või mujale väga tugevalt (kovalentselt või mittekovalentselt) ning inhibiitori dissassotsiatsioon ensüümilt on väga aeglane. Side moodustub aminohappega, mis osaleb normaalselt ensümaatilises reaktsioonides. Pöörduvad inhibiitorid on nõrga mittekovalentse sidemega ja on võimelised kompleksist dissotseeruma. Ensüüm on inaktiivne ainult siis, kui me lahusest inhibiitorit ei eemalda. Pöörduva inhibitsiooni variandid: · Ensüüm-substraadi kompleks · Konkurentne inhibitsioon o Inhibiitor konkureerib substraadiga ensüümi aktiivtsentrisse seostumisel o Substraadi kontsentratsiooni tõus tõrjub aktiivtsentris seostunud inhibiitori välja · Mittekonkurentne inhibitsioon
kerge- (12kD)= 2-mikroglobuliin (ei kodeerita MHC lookuses); invariantne (st. muutumatu), seondub mittekovalentselt -ahela ekstratsellulaarse osaga. ja ahelate ühinemine on vajalik MHC molekulide viimiseks raku membraanile. Esitlevad peptiidi TC rakkudele. Koesobivusantigeen II(MHC II)-raku pinnal asuv valgukompleks, on glükoproteiinid, mida ekspresseeritakse APC (makrofaagid, dendriitrakud, B-rakud) pinnal. MHC II koosneb kahest sarnasest ahelast ja (33 ja 28kD), mis on omavahel seotud mittekovalentse sidemetega, mõlemad polümorfsed. Esineb: 1) peptiidi siduv osa: (1ja 1) ;glükosüleeritud; üks S-S sild. Pilusse saab siduda 13-17 aa peptiid. Parim 13aa; pos.4 on D või E (asp e. glut.ac). pos.9 L; P(pro); Y(Tyr), F(Phe) st. hüdrofob. 2) Ig-line domään: (2ja 2). 2 tunneb CD4-ja. 3) transmembraanne osa4) tsütoplasmaatiline osa lühike, ei sisalda fosforüleerimissaite, sealt signaali edasi ei kanta.
katalüsaatorile. KM näiline dissotsiatsioonikonstant, Michaelise konstant (Ensüümkineetika lk 12; keeruline valemitemängJ) 61. Konkurentse inhibiitori juuresolekul määratud ensüümi katalüütiline konstant on tegeliku kcat väärtusega võrreldes: a) suurem b) väiksem c)sama 62. Kas pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab inhibiitor ensüümiga: a) kovalentse kompleksi b)mittekovalentse kompleksi (mis on tasakaalus vaba ensüümi ja vaba inhibiitoriga) c) ei moodusta kompleksi (sama küsimus ka pöördumatu inhibitsiooni kohta) 63. Kas katalüsaatorimürkideks nimetatakse pöörduvaid või pöördumatuid inhibiitoreid? pöördumatuid 64. Miks toimivad pöördumatud inhibiitorid tihtipeale organismide jaoks mürkidena ja mõjuvad hukatuslikult juba väga väikestes hulkades? 65
inaktiveeritaks või degradeeritaks. Geenide induktsiooniks kuluv aeg võib samuti liiga pikk olla. Selleks, et kiirendada rakkude adapteerumist muutunud keskkonnatingimustega, on rakus välja kujunenud valkude aktiivsust kontrollivad posttranslatsioonilised mehhanismid. Posttranslatsiooniline regulatsioon võimaldab bakterirakkudes metaboolseid ümberlülitusi juba mõne sekundi jooksul. Kontrollmehhanismid toimivad kas ensüümide aktiivsuse mittekovalentse moduleerimise (allosteeriline regulatsioon), valkude kovalentse modifitseerimise (enamasti fosforüleerimine) või valkude kompartmentalisatsiooni näol. Allosteerilised ensüümid on aktiveeritavad või inaktiveeritavad metaboliitide mittekovalentse seondumise kaudu ensüümide aktiivtsentri regulatoorsetesse saitidesse, mis paiknevad aktiivtsentrist eraldi. Sel viisil toimub näiteks biosünteetiliste ensüümide tagasisidestuslik inhibitsioon. Allosteeriline regulatsioon
mõjuvad ensüümile, kui katalüsaatorile. Teatud solvendid denatureerivad valku, mõjuvad valgule sõltumata katalüüsitavast reaktsioonist, neid aga ei käsitle. Täielik inhibitsioon ensüüm on täielikult inhibeeritud, jääkaktiivsust pole. Osaline inhibitsioon mingi jääkaktiivsus jääb järgi. Näilised ensüümkineetika parameetrid sõltuvad inhibiitori kontsist hüperboolselt. Pöörduva inhibitsiooni puhul moodustab ensüüm inhibiitoriga dünaamilise, mittekovalentse kompleksi pidev formeerumise ja lagunemise prosess. Inhibiitori efektiivsust sõltub sellest, kui tugev on seostumine K i väärtus oluline. Mida väiksem Ki, seda tugevam on inhibiitor. E+IEI Konkurentne ehk spetsiifiline inhibitsioon Ebakonkurentne ehk katalüütiline inhibitsioon Sega tüüpi inhibitsioon Mittekonkurentne inhibitsioon segatüüpi inhibitsiooni üks erijuhtudest.
signaaljärjestus kas N- või C-terminuses. F/R1-tüüpi ja R388-tüüpi konjugatsiooni relaksosoome on enim uuritud. Relaksaasid on suured valgud, mil pea kõikidel on fosfodiesteraasne aktiivsus ja DNA-d protsessiv aktiivsus. R388 TrwC relaksaasi N-terminaalne domeen tunneb ära oriT järjestuse, teeb DNA-sse lõike ning seob kovalentselt DNA 5' otsa katalüütilise türosiini (Tyr18) jäägiga. Pärast lõiget jääb DNA 3' ots seotud relaksaasiga tugeva mittekovalentse sideme abil. R388 TrwC jääb DNA 5' otsaga seotuks Tyr amh-jäägi kaudu kuni DNA translokatsiooni lõpuni. Relaksaasil on helikaasne domeen 5'-3' suunalise helikaasse aktiivsusega, ATP-st sõltuv. Relaksaasi TraI domeenid ei seondu korraga oriT-le, vaid enne seondub endonukleaasne domeen ja siis helikaasne domeen. F-plasmiidi TraI vajab signaali, mis aktiveeriks autoinhibeeritud TraI helikaasse aktiivsuse. Tõenäoliselt on selleks vaja relaksaasi seondumist T4CP valguga.
annaabi.ee 
