1. pordis on ping ikka enamjaolt sama. Mida suurem on pakett, mida edastatakse, seda suurem on ping. 5.2.1 Sidekanali edastuskiiruse arvutused Valisin tesimiseks suuruse 65 500 baiti. Arvutan faili edastuskiirused: 65500 baiti * 8 = 524 000 bit Port 3: 524 000 bit / (0.014s / 2) = 74 857 142.8 bit/s Port 2: 524 000 bit / (2.692s / 2) = 391 044.7 bit/s Port 1: 524 000 bit / (0.316s / 2) = 3 316 455.7 bit/s 5.2.2 Video kokkupakkimise vajadus Kui palju tuleks kokku pakkida punktis 1 arvutatud suurima eraldusvõimega pakkimata videot kõige kiiremas võrgus, et sidekanal ei mõjutaks edastuse kvaliteeti? Suurima eraldusvõimega video: 604 661 760 bit/s Suurima edastuskiirusega võrgu kiirus: 74 857 142,8 bit/s 604 661 760 bit/s / 74 857 142,8 bit/s = 23.3 korda
Referentsnumbrid salvestatakse tavaliselt 128-bitiste väärtustena ning näidatakse 32 kuueteistkümnendiku numbrina. Koodekit peetakse parimaks võimalikuks vahendiks surudes kokku suuremahulised failid väiksemahulisteks. Koodekina pakib WMV suured video ja audio failid kokku ning säästab oluliselt arvutis ruumi. Koodek on seade või programm, mida kasutatakse digitaalfailide kas kokku- või lahtipakkimiseks. WMV on väga laialdaselt kasutatud video kokkupakkimise koodek. Koodeki kasutamine muudab digitaalfailide üles laadimise kiiremaks ning lihtsamaks. (About... 2015) Teisendamine on hea variant muutmaks videofaili selliseks, nagu seade seda vajab. Kõige lihtsam variant on WMV faili teisendamine MP4’ks, mis on tänapäeval kõige levinum. Selleks, et WMV faili teisendada, tuleb kasutada selleks mõeldud tarkvara. Alljärgnev pilt annab ülevaate tüüpilisest teisendusprogrammist. Joonis 1
400bytes/300ms = 1.333...KB/s
2(teine port): Teoreetiline võrgu kiirus on 200 kbit/s. Meie juhul paketti
pikkus oli 400 bytes ja aeg kuulutatud edastuseks on 18ms => 400bytes/18ms =
22.222...KB/s
3(kolmas port(piiramata võrk)): Võrgu kiirus on <1ms(minimaalne). Meie juhul
paketti pikkus on 400 bytes ja aeg kuulutatud edastuseks on <1ms => 400/1ms = 400
KB/s. See kiirus on minimaalne 400 bytes edastuseks
2.
Kui palju tuleks kokku pakkida punktis 1 arvutatud väikseima eraldusvõimega
R-rühmade vahelised hüdrofoobsed jõud Elektrostaatilised jõud erinimelise languga R- rühmade vahel Tertsiaalstruktuur -aktiivne, funktsiooni täitev valk (3D) – polüpeptiidahela spetsiifiline ülitihe kokkupakkimine, tagab valgu biofunktsiooni Kerajas-ellipsoidne (gloobul, globulaarsed valgud, enamus valke, kõik ensüümid) Niitjas (fibrill, fibrillaarsed valgud – kolageen, lihasvalgud) Baasinfo kokkupakkimiseks – primaarstruktuuris Kokkupakkimise protsessi osalevad Polüpeptiidahela seostusvalgud AH-jääkide R- rühmade vastastikused omavahelised toimed ja veemolekulidega (AH hüdrofiilsed rühmad asetuvad molekuli pinnale ja hüdrofoobsed molekuli sisemusse) Need sidemed võivad olla tugevamad, kui sekundaarstrutuuri tagavad H-sidemed Mutatsioonid primaarstruktuuris, mis muudavad konformatsiooni tagavaid sidemeid põhjustavad valkude bioaktiivsuse osalise või täieliku kadumise Tertsiaarsutruktuuris
0 37. Taimerakus on toimunud mutatsioon mis takistab Golgi kompleksi funktsioneerimist. Milline nimetatud protsessidest sellistes rakkudes ei toimu? Rakuseina teke 38. Nukleosoomi koostises DNA on keerdunud ümber Histoonide 39. Eukarüootides on aktiivne transkriptsioon seotud ainult eukromatiiniga 40. Sama organismi lihasrakud ja närvirakud on erineva struktuuriga, sest ekspresseerivad erinevaid geene 41. Milline loetelu on õige lähtudes DNA kokkupakkimise keerukusastme suurenemisest? Nukleosoom 30nm ,,kromatiin" tellingutel u kinnitunud DNA lingid 42. C4 taimed võivad fotosünteesida ilma fotorespiratsiooni toimumiseta, sest C4 tsükkel tõstab CO2 kontsentratsiooni pärja rakkudes TEST 5 1. Milline nimetatud hingamise protsessidest on kõige tihedamalt seotud rakusiseste membraanidega? Oksüdatiivne fosforüleerimine 2
44. Selgitage DNA ahelate komplementaarsuse ja antiparalleelsuse põhimõtet. DNA ahelas paarduvad alati A-T kahe h-sidemega ning G-C 3-h-sidemega. Seega kaks ahelat on omavahel koos nii, et üks on suunaga 5'-3' ja teine 3'-5'. 45. Bakterikromosoomi struktuur. Bakteril on kaheahelaline rõngaskromosoom, mis võib olla superspitaliseerunud, et vähem ruumi võtta. 46. Eukarüootsete kromosoomide koostis ja struktuur. Kromosoomidel on mitu kokkupakkimise struktuuri. Esimene on .... 47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel? Tsentromeerid hoiavad tütarkromatiide pärast replikatsiooni koos ja sinna kinnituvad valgud, mis viivad tütarkromatiidid jaguneva raku vastaspooltele. Telomeerid kaitsevad kromosoome lagundamise eest, kokkukleepumise eest ja geneetilise materjali kadumise eest replikatsiooni käigus. 48
Sekundaarne Polünukleotiidahel ruumiline struktuur DNA: *Lineaarne kaksikspiraalne (biheeliks). *Tsükliline kaksikspiraalne (tsirkulaarne biheeliks). *Üheahelaline RNA: *Vabakujuline ahel, *osaliselt (iseenda ümber) spiraliseerunud ahel, *Spetsiifilise kujuga ahel Tertsiaaerne Polünukleotiidahela "pakend" rakus või rakutuumas: *Superspiraliseerunud, *Kokkukägardunud, *Spetsiifilise vormiga. LINEAARSE DNA TERTSIAARNE STRUKTUR: Kromatiini (DNA + valgud) kokkupakkimise tulemusena formeeruvad kromosoomid. DNA DENATURATSIOON ehk sulamine vesiniksidemete katkemine ja polünukleotiidahelate lahknemine. Renaturatsioon ehk noolutamine termodenatureerunud DNA aeglasel jahutamisel toimuv ahelate reassotsiatsioon DNA REPLIKATSIOON Replikatsiooni lähtepunkt (origin) DNA piirkond, kus toimub pöördumine biheeliks mõttelise telje ümber ja ahelate lahtikeerdumine (despiraliseerumine). Eukarüootse DNA replikatsioon algab üheaegselt mitmest lähtepunktist
soojusliikumise tõttu. Kovalentsed sidemed katkevad keemilistes reaktsioonides. 29. Reastage interaktsioonid nende toime sõltuvuse alusel interakteeruvate osakeste vahelisest kaugusest. Eraldatuse suhtes kõige vähemtundlik interaktsioon pange esimeseks? a) laeng-laeng interaktsioon b) dipool-dipool interaktsioon c) elektronkatete tõukumine Nii jääbki! 30. Mida näitab aatomi van der Waalsi raadius? Van der Waalsi raadius R näitab võimalikult komplekse molekulaarse kokkupakkimise efektiivset raadiust (nimetatakse ka mõjuraadiuseks). 31. Kui lähedale võivad teineteisele tungida (ringi tasapinnas) kaks aromaatset tsüklit? a) 0,34 nm b) 3,4 nm c) 0,034nm Kuna süsinikuaatomi R = 0,17 nm, siis ei saa kaks aromaatset tsüklit tungida teineteisele lähemale kui 0,34 nm. 32. Milline on aromaatse tuuma van der Waalsi raadius? a) 0,017 nm b) 17 nm c) 0,17nm Aromaatse tuuma van der Waalsi raadius R on 0,17 nm. 33
funktsionaalne ja omaks võetud. Rühma energia on liikunud üksteisest teada saamisest ja mõistmisest ülesande täitmisele. Täisjõul tegutsemine on viimane etapp alalistes rühmades. Tegevuse katkestamine. Ajutistel rühmadel - komiteed, töörühmad, meeskonnad jt.- millel on piiratud tööülesanded, on ka viies etapp: tegevuse katkestamine. Selles staadiumis valmistub rühm laiali minemiseks. Ülesande täitmine ei ole enam rühma prioriteet. Selle asemel on tähelepanu suunatud kokkupakkimise tegevustele. Rühma tunnused Kontseptsioonid, mis aitavad mõista rühmakäitumist, on rollid, normid, kooskõla, rühma suurus, rühma kohesiivsus, konflikti juhtimine ja informaalne kommunikatsioon. Rollid. Roll on kellegi oodatud käitumismudel sõltuvalt tema positsioonist sotsiaalses üksuses. Inimesed on mitmesugustes rollides, kohandades oma rolle rühmaga, kuhu nad antud hetkel kuuluvad. Organisatsioonides püüavad töötajad kindlaks teha, millist käitumist neilt oodatakse
12. Valgu tertsiaarne struktuur – mõiste, aminohappejääkide külgahelate omadustest tulenevad tegurid, mis määravad antud valgu tertsiaarstruktuuri: elektrostaatilised jõud, vesiniksidemed, hüdrofoobsed ja hüdrofiilsed vastastikused toimed, disulfiidsillad: Tertsiaalse struktuuri all mõistetakse igale valgule spetsiifilist viisi polüpeptiidahela kokku pakkimiseks, mille tulemsena tekib stabiilne, valgu bioloogilisi funktsioone täita võimaldav ruumiline konformatsioon. See kokkupakkimise viis ei ole juhuslik, vaid tuleneb otseselt aminohapete jääkide järjestusest polüpeptiidaehlas, st primaarstruktuurist. Jõud, mis tingivad igale valgule spetsiifilise kokkupakkimise viisi, tulenevalt peamiselt polüpeptiidahelasse kuuluvate aminohapete radikaalide omadustest ning on seotud nii nende radikaalide vastastikuste toimetega kui ka keskkonna mõjuga neile. Peamised tegurid, mis tertsiaalstruktuuri tekkimise ja püsimise kindlustavad, on järgmised:
Histoonid sisaldavad palju positiivselt laetud aminohappeid arginiini ja lüsiini. Sellest tulenevalt on histoonid aluselised. Positiivne laeng aitab histoonidel DNA-ga seonduda. Eristatavad on 5 põhilist histoonide klassi: H2A, H2B, H3 ja H4 kuuluvad nukleosoomi koostisesse; histoon H1 asub linker-DNA alas. Protamiinid on tugevalt aluselised valgud, mis on ehituselt histoonidest lihtsamad ning ei sisalda türosiini. Protamiinid asendavad histoone spermides, võimaldades DNA väga tugeva kokkupakkimise. Histoone määravad geenid asuvad eükarüootide genoomis tandeemsete kordustena. Mittehistoonsete kromosoomivalkude hulka kuuluvad DNA topoisomeraasid, HMG valgud, teatud DNA-ga järjestsspetsiifiliselt seonduvaid valke, RNA polümeraasid, DNA süntetaasid ja proteiinkinaasid. Ensüüm topoisomeraas I ülesandeks on keerata lahti DNA keerd, tehes enne lõike ühte ahelasse. Topoisomeraas II lõhub kaheahelalise DNA, võimaldades DNA lahtikeerrumise
võetud. Rühma energia on liikunud üksteisest teada saamisest ja mõistmisest ülesande täitmisele. Täisjõul tegutsemine on viimane etapp alalistes rühmades. Tegevuse katkestamine. Ajutistel rühmadel - komiteed, töörühmad, meeskonnad jt.- millel on piiratud tööülesanded, on ka viies etapp: tegevuse katkestamine. Selles staadiumis valmistub rühm laiali minemiseks. Ülesande täitmine ei ole enam rühma prioriteet. Selle asemel on tähelepanu suunatud kokkupakkimise tegevustele. 24. Rühmatöö eelised ja puudused. Grupimõtlemine. Rühmatöö puudused on seotud kollektiivse töö iseärasustega. Halvasti ettevalmistatud ja juhitud nõupidamised on tõesti ebaefektiivsed ja nendest osavõtnud võivad suhtuda rühmatöösse skeptiliselt. Et parandada rühmatöö tulemuslikkust, on kasulik teada selle võimalikke puuduseid, milleks on aeglus ja
Heterokromatiini tekkes osalevad ülalkirjeldatud histoonide kovalentsed modifikatsioonid (deatsetüülumine, metüülumine). Arvatakse, et heterkromatiin võib olla kaitseks mobiilsete DNA elementide vastu. Heterokromatiinis sageli esinevad korduvad DNA järjestused (telomeeris, tsentromeeris). Üksteise järel esinevad mobiilsed DNA järjestused võivad tekitada heterokromatiini struktuuri ja selles piirkonnas olevad geenid on vaigistatud, ei ekspresseeru. DNA kokkupakkimise tähtsust geenide ekspressiooni regulatsioonis ja fenotüübi kujunemises illustreerib nn X inaktivatsiooni näide. Emaste imetajate kahest x kromosoomist üks kondenseerub (heterokromatiini struktuur) ja tema DNA ei ole transkribeeritav. (Sellega tagatakse geenide doosi võrdsus indiviidide vahel x kromosoom sisaldab rohkem kui 1000 geeni, y kromosoom vähem kui 100 geeni imetajatel). Kondenseerunud X kromosoom on nähtav tuuma membraani lähedal kompaktse
1. mRNA stabiilsuse optimeerimine – transkript voldib ennast optimaalseimasse konfiguratsiooni ja valik töötab selliste sünonüümsete asenduste vastu, mis seda destabiliseeriksid. 2. Efektiivse splaissingu kontrollimine – sünonüümsed positsioonid võivad olla olulised intronite väljalõikamiskoha defineerimisel. 3. Geeniekspressiooni regulatsioon üle mRNAle seostuvate miRNAde 4. Valkude kokkupakkimise optimeerimine Fülogeneetika Fülogeneesi- e evolutsioonipuud 7. Millega tegeleb fülogeneetika? Tegeleb organismirühmade evolutsioonilise arengukäigu ehk fülogeneesi uurimise ja rekonstrueerimisega. Ehk uutib organismirühmade teket ja muutumist ajas. 8. Mis on fülogeneesi- e evolutsioonipuu? Milles seisneb fülogeneesipuu ja fenogrammi põhiline erinevus? Fülogeneesipuu on fülogeneesi kujutis ehk organismide
funktsionaalne ja omaks võetud. Rühma energia on liikunud üksteisest teada saamisest ja mõistmisest ülesande täitmisele. Täisjõul tegutsemine on viimane etapp alalistes rühmades. Tegevuse katkestamine. Ajutistel rühmadel - komiteed, töörühmad, meeskonnad jt.- millel on piiratud tööülesanded, on ka viies etapp: tegevuse katkestamine. Selles staadiumis valmistub rühm laiali minemiseks. Ülesande täitmine ei ole enam rühma prioriteet. Selle asemel on tähelepanu suunatud kokkupakkimise tegevustele. 23. Rühmatöö eelised ja puudused. Grupimõtlemine. Rühmatöö potentsiaalsed tulemused Otsuste aktsepteerimine. Tõenäoliselt kõige olulisem koosolekutega kaasnev tulemus on see, et inimesed, kes osalevad otsustamisel, on ka ühtlasi rohkem motiveeritud neid otsuseid aktsepteerima ja ellu viima. Paljudel juhtudel ei olegi see nn kaasnev toode, vaid koosoleku esmane eesmärk. Inimene, kes on aidanud otsustada, on rohkem huvitatud selle elluviimisest.
valkudega. DNA-ga seonduvaid valke on laias laastus kahte sorti: struktuursed ja regulatoorsed. Kromatiini koostises olevad valgud jaotuvad kahte suurde klassi: 1. Histoonid - aluselised valgud. (neutraalse pH juures postiiivselt laetud). 2. Mittehistoonsed kromosoomivalgud - tugevalt happelised valgud (neutraalse pH juures negatiivselt laetud). Struktuur (kondenseerumise astmed): Kromatiini struktuur rajaneb järjestikulistele DNA kokkupakkimise tasanditele. Eukarüootne kromatiin koosneb enamjaolt DNA-st ja histoonidest. Ümber histoonide keerdunud DNA-d nimetatakse nukleosoomiks, mis on kõige lihtsam DNA kokkupakkimise ühend. DNA nukleosoomne struktuur - iga 200 nukleotiidi pikkuse DNA lõigu kohta on moodustunud 1 nukleosoom, mis sisaldab 146 aluspaari. Nukleosoomid on ühendatud linkeraladega. Linkeralade pikkus võib varieeruda nii liigiti kui ka erinevates rakutüüpides liigisiseselt. (varieerub 8 aluspaarist 114-ni). 13
6) Põhjenda bioloogiliselt, miks samade vanemate samast soost lapsed on väliselt erinevad. 7) Miks on sugurakkude poole vähem võrreldes keharakkudega aj kuidas see tagatakse. SUGURAKUD: sugurakkudele omased üldtunnused: 1) sugurakud on haploidsed. 2) Sugurakkudes on muutunud tuuma ja tsütoplasma suhe. 3) Viljastumisvõimelised sugurakud ei jagune, on kaotanud jagunemisvõime 4) Sugurakkudes on allasurutud ainevahetus. Mutatsioonide vältimine. 5) Sugurakkudes on DNA kokkupakkimise aste väga kõrge sugurakutasandil otsest DNA kasutust ei toimu. 6) Sugurakkude eripäraks on see, et nad ei kuulu ühegi koe koostisse. 7) Sugurakud on kehavõõrad ja ei tohi otseselt verega kokku puutuda. 8) Sugurakkude erinevatel piirkondadel on erinev bioloogiline väärtus. Sperm pea ja saba. Munaraku tasandil: tsütoplasma eripiirkondade mõju on erinev ka. 24.09. Spermide ehitus: Saab eristada tinglikult kolme osa:
Selleks tuleb ületada jõud, mis väljendub elektronkatete tõukumises. Seega dipooldipool moment kui mittekovalentne side ei saa esineda aatomite vahel väiksemal kaugusel kui elektronkatete tõukumine. Ehk siis dipooldipool momendi mõjuraadius on suurem kui elektronkatete tõukumisel ja ühtlasi on dipooldipool moment eraldatuse suhtes vähem tundlik kui elektronkatete tõukumine.) 30. Mida näitab aatomi van der Waalsi raadius? Rvõimalik kompaktseim molekulaarse kokkupakkimise efektiivne raadius. see raadius määrab piiri vr millest aatomid enam üksteisele lähemale energiabarjääri tõttu minna ei saa. vr = R1+R2 31. Kui lähedale võivad teineteisele tungida (ringi tasapinnas) kaks aromaatset tsüklit? a) 0,34 nm 32. Milline on aromaatse tuuma van der Waalsi raadius? c) 0,17nm v.d.W raadius määrab ära minimaalse kauguse, milleni teine osakse võib antud osakesele läheneda 33
8 bitise pildiga saame juba ühele pikslile määrata 256 värvi, 16 bitisele 65 536 värvi jne. 5 Rastergraafika failiformaadid Rastergraafika säilitamiseks ja kuvamiseks salvestatakse need kindlasse failiformaati. Igaühel neist on oma head ja vead ning sealt tulevad ka nende kasutusvaldkonnad. Vaatame enimlevinud formaate nagu jpeg, gif, png, bmp, tiff. JPEG - JPEG puhul on tegemist tuntuima pildi kokkupakkimise formaadiga (kadudega). Tema eelis kõigi teiste ees on väikseim faili maht suurepärase kvaliteedi juures. Arvestada tuleb, et kaotatud infot enam tagasi ei saa ning seepärast kasutatakse seda eelkõige lõppformaadina. Kuna faililaiendid on reeglina kolmetähelised, siis tuntakse seda ka kui JPG formaati. JPEG kasutatakse enim fotode salvestamiseks. GIF - selle formaadi puhul kasutatakse kadudeta kokkupakkimist,
Histoon H1 on seotud linkeralaga ja see stabiliseerib struktuuri ning osaleb kromatiinikiudude moodustamisel. 29 DNA on nukleosoomis negatiivselt superspiraliseerunud ja keritud 1,75 ringi ümber histoonse oktameeri. Nukleosoomi diameeter on 11nm. 2. Kromatiinkiud Kromatiin – interfaasi raku kromosoomimaterjal, mis koosneb valdavalt DNAst ja valkudest, väiksemas hulgas ka RNAst. Modifitseeritud histoonide tõttu moodustub kromatiini kokkupakkimise järgmine tase – kromatiinkiud. Kromatiinkiu diameeter on 30nm. Kromatiinkiu struktuur moodustub nukleosoomsest struktuurist H1 histoonide osalusel. 3. Kromosoomi tase Järgmisele tasemele pakivad kromatiini mittehistoonsed valgud, mis moodustavad kromosoomi toese, ning sellele kondenseerub Kromatiinkiud. Sellega eralduvad ja eristuvad eukatüootses kromosoomis superspiraliseerunud domeenid ehk lingud. Iga ling sisaldab 30 000 – 100 000 aluspaari. 47
Seega dipooldipool moment kui mittekovalentne side ei saa esineda aatomite vahel väiksemal kaugusel kui elektronkatete tõukumine. Ehk siis dipooldipool momendi mõjuraadius on suurem kui elektronkatete tõukumisel ja ühtlasi on dipooldipool moment eraldatuse suhtes vähem tundlik kui elektronkatete tõukumine.) 30. Mida näitab aatomi van der Waalsi raadius? Rvõimalik kompaktseim molekulaarse kokkupakkimise efektiivne raadius. see raadius määrab piiri vrmillest aatomid enam üksteisele lähemale energiabarjääri tõttu minna ei saa. vr = R1+R2 31. Kui lähedale võivad teineteisele tungida (ringi tasapinnas) kaks aromaatset tsüklit? a) 0,34 nm b) 3,4 nm c) 0,034nm 32. Milline on aromaatse tuuma van der Waalsi raadius? a) 0,017 nm b) 17 nm c) 0,17nm v.d.W raadius määrab ära minimaalse kauguse, milleni teine osakse võib antud osakesele läheneda 33
pakett krüptitakse nagu Nd A-s; c) pakett saadetakse Bob-ile. Bob: a) dekrüptib paketi nagu Nd A-s, b) dekrüptib sõnumi.); 4)saaja autentimine (saajaks on saaja, mitte pealtkuulaja). PGP (Pretty Good Privacy) - de facto e-maili krüpteerimisstandard. PGP tarkvara kasutab MD5 või SHA-1 sõnumikokkuvõtte arvutamiseks, CAST-i, 3DES-i või IDEA-t sümmeetrilise võtmega krüptimiseks; RSA-d avaliku võtmega dekrüptimiseks; lisaks pakub PGP andmete kokkupakkimise võimalust. PGP installeerimisel koostatakse kasutajale avaliku võtme paar, mille või panna kasutaja veebilehele või avaliku võtme serverisse. Avalik võti on kaitstud parooliga, mis tuleb sisestada alati võtme poole pöördumisel. PGP annab kasutajale võimaluse digiallkirjastada sõnum, krüptida sõnum või teha mõlemat korraga. PGP toimib ka avaliku võtme jagajana; PGP avalikke võtmeid jagatakse ka PGP avaliku võtme serveri kaudu Internetis.
annaabi.ee 
