kasutatavad vähi biomarkerid on valgulised. Valgud osalevad otseselt enamikes rakulistes protsessides. Seetõttu sobivad nad paremini haiguse diagnoosimiseks, võrreldes DNA või RNA biomarkeritega.[5] Põhilised molekulaarsed vähi biomarkerid[muuda | redigeeri lähteteksti] Vähi tüüp Vähi biomarker ER (estrogen receptor), HER-2 (human epidermal growth factor receptor-2)[2], CA15-3 (cancer Rinnavähk antigen 15-3), BRCA-1, BRCA-2[11],CA 2729, uPA (urokinase plasminogen activator), PAI-1 (plasminogen activator inhibitor)[5] CA125 (cancer antigen 125)[2],hCG (human chorionic gonadotrophin)[11],HE4 (human epididymis Munasarja vähk protein 4), VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor)[12] CEA (carcinoembryonic antigen)[2], CD133, CD24, CD29, CD44, CD166, EpCAM (epithelial cell
11. der Prävention, -en - ennetamine 12. der Antikörper- antikeha 13. der Biotransformation, -en - biotransformatsioon 14. die Enzyme, -en - ensüüm 15. ensymatisch- ensümaatiline 16. der Hämoglobin, -e - hemoglobiin 17. der Gerinnungsfaktor, -en - hüübimisfaktor 18. klonen- kloonima 19. die Genkartierung- geeni kaardistus 20. der Mikroorganismus- mikroorganism 21. die Zelle- rakk 22. der Allel- alleel 23. anaerob- anaeroobne 24. das Antigen, -e - antigeen 25. der Startcodon- startkoodon 26. der Stopcodon- stoppkoodon 27. der Klonierungsverktor, -en - kloneerimisvektor 28. der Transformation, -en - transformatsioon 29. die Sequenzierung, -en - sekveneerimine 30. die Synthese- süntees 31. die Labormethod, -en laborimeetod 32. tierische Zelle- loomarakk 33. die Ribosomen- ribosoomid 34. die Morphologie, -n morfoloogia 35. der Embryo- embrüo 36. die Mutagen, -e - mutageen 37. die Klonierung, - en - kloneerimine 38
sclerosis multiplex jt. Immunoglobuliini molekul Antigeeni sidumiskohad Raske Kerge ahel Fab ahel fragment Disulfiid Papaiin sidemed Fc fragment Retseptori sidumiskoht B-lümfotsüüt ja antikehad Antigeeni esitlevad (presenteerivad) rakud (APC - antigen presenting cells) = makrofaagid ja dentriitrakud bakterid Aktiveeritud makrofaag B-lümfotsüüt B-lümfotsüüt lüsosoom Peptiidide Peptiid-MHC Antikeha IgG lammutusproduktid kompleks Humoraalne immuunvastus Esmane kokkupuude B-lümfotsüüt
Acids, alcohols and gases are usually detected in these tests when bacteria are grown in selective liquid or solid media. The isolation of enzymes from infected tissue can also provide the basis of a biochemical diagnosis of an infectious disease. Serological methods are highly sensitive, specific and often extremely rapid tests used to identify microorganisms. These tests are based upon the ability of an antibody to bind specifically to an antigen. The antigen, usually a protein or carbohydrate made by an infectious agent, is bound by the antibody. This binding then sets off a chain of events that can be visibly obvious in various ways, dependent upon the test. Complex serological techniques have been developed into what are known as Immunoassays. Immunoassays can use the basic antibody antigen binding as the basis to produce an electro - magnetic or particle radiation signal, which can be detected by some form of instrumentation
Puhkab B-rakk on väike. Antigeeni poolt aktiveeritud B rakk läbib rakutsükli. T-lümfotsüüdid on saanud oma nime tüünuse järgi, kus nad küpsevad. Moodustavad 60-70% perifeerse vere lümfotsüütidest. Küpsedes peab T-rakk läbima kindlasti tüümuse. Leida on neid lümfisõlmes ja põrnaarterioolide ümber. Omades spetsiifilist TCR (T-cell receptor) pinnaretseptorit, tunneb ta ära sellega kokkupuutuva võõrfaktori antigeeni. Lümfotsüüdi pinna CD3 (cluster designation antigen) proteiini molekul annab selle antigeeni infosignaali Tlümfotsüüdile edasi. T-rakud sünteesivad veel CD4 ja CD8 pinnamolekule vahekorras 21:1 CD4+ kasuks. nimetatakse Tüümuses kõrvaldatakse need T rakud, kes tunnevad organismile omaseid valk . Th ja Tc =2:1 (kui tasakaal rikutud, siis autoimmuunhaigused ja im.puudulikkus). T raku membraani retseptor TCR tunneb ära AG + MHC kompleksi, seejärel T rakk hakkab prolifereeruma ja differentseeruma efektor ja mälu T rakkudeks
väiksemateks peptiidideks, pannakse MHC klass I molekulidega kokku karedapinnalises ER-s ja esitletakse membraanil CD8+ Tc rakkudele. Eksogeenne rada Eksogeensed antigeenid võetakse sisse ja degradeeritakse endotsüütilises kompartmendis happeliste, pH-sõltuvate endosomaalsete ja lüsosomaalsete ensüümide poolt ja need kombineeruvad MHC klass II molekulidega CD4+ Th rakkudele esitlemiseks. Professional APCs specialize in presenting antigen to T cells. They are very efficient at internalizing antigens, either by phagocytosis (macrophages and dendritic cells) or by receptor-mediated endocytosis (B cells), processing the antigen into peptide fragments and then displaying those peptides, bound to a class II MHC molecule, on their membrane. Non-professional antigen presenting cells include all nucleated cell types in the body. They use an MHC class I molecule coupled to beta-2
Koesobivus- ehk transplantatsiooniantigeene leidub organismi rakkudes erinevalt. Kõige enam on neid lümfoidses koes: põrnas, lümfisõlmedes, edasi maksas, kopsudes, siis soolestikus, neerudes, südamelihases, aordis ja ajus. Suure praktilise tähtsusega on see, et transplantantsiooniantigeenid vastavad leukotsütaarsetele antigeenidele, so. lümfotsüütide pinnal paiknevatele kudede individuaalsust määravatele antigeenidele HLA (Human Leukocyte Antigen). Sellel põhinebki transplantatsiooniantigeenide määramine praktikas. Teistest perifeerse vere rakkudest on leitud transplantatsiooniantigeene ka trombotsüütidel, kuid need on vähem aktiivsed kui leukotsütaarsed antigeenid. Samas on lümfotsüütidel transplantatsiooniantigeene rohkem kui granulotsüütidel. Põhilisi transplantatsiooniantigeene determineerib inimesel HLA-süsteem (ingl k human leukocyte antigens). Need geenid asuvad 6
a given patient. Reference Standards Ideally, reference standards for a test should be determined by testing a sizeable population (>60) of animals representative of the patient being tested. Accuracy may differ according to age of patient, species, sex, diet, weight, time of day, and activity status. For example, reference ranges for hemoglobin concentration are age- and sex-dependent As another example, an antigen-based heartworm test is the gold standard, antemortem diagnostic test for dogs; however, cats often have low worm burden, unisex worm infestations, or immature worm infestations that are not readily detected by these tests Thus, sensitivity is much lower in cats, and this test would not be appropriate as a gold standard for testing cats. Established reference ranges and interpretation of results are only valid for the methods and the laboratory described
Tsütokiinidel on ka tähtis roll antikehade tüübi määramiseks, mida tootma hakatakse. TD korral toodetakse kõrge afiinsusega antikehi, see tuleb sellest, et annavad b rakule edasi signaali, et nad toodaksid kõrge afiinsusega antikehi. TI korral on madal afiinsusega antikehad. ANTIGEENIDE ESITLEMINE JA ÄRATUNDMINE T-RAKKUDE POOLT T rakk tunneb ära kompleksi (MHC+peptiid), mis on talle esitletud rakumembraani pinnal. Valguline antigeen peab olema degradeeritud peptiidideks (antigen processing). On kaks teed, endogeenne ja eksogeenne. Degradeeritud peptiidid seonduvad MHC molekulidega (raku sees) ja seejärel kompleks peptiid-MHC transporditakse raku membraanile ja paisatake raku pinnale, seda nimetatakse antigeeni esitlemiseks e. antigen presentation. MHC I-ga on seotud endogeensed peptiidid, mis protsessitekse raku tsütoplasmas. Endogeensed antigeenid produtseeritakse viiruste poolt, replitseeruvad peremees rakus, protsessitakse proteolüütilises süsteemis ja
Monotsüüdid on leukotsüütidest kõige suuremad. Monotsüütidele on iseloomulik sõrmjate tsütoplasmaatiliste jätkete, samuti fagotsütaarsete ja pinotsütaarsete vakuoolide moodustumine. Monotsüüdid kuuluvad organismi makrofaagide süsteemi (MPS). Monotsüüdid ringlevad veres ja kujutavad endast diferentseerumisvõimeliste rakkude reservi. Lümfisõlmed. Iga lümfisõlm koosneb koorest (sisaldab B rakke, spetsiaalseid antigeeni-esitlevaid rakke (antigen-presenting cells, APC)) ja sisemisest säsist (T-, B- ja plasmarakud). Väljaspoolt on ta kaetud sidekoelise kihnuga, millest siirduvad sõlme sisse põrgad, vaheseinad ja põimuvad seal üksteisega võrgustikuks. Nende vaheseinte vahekohtades asetsevad lümfifolliikulid, millest suunduvad säsisse säsiväädid. Säsiväätides leidub rohkesti lümfotsüüte, hemolümfoblaste, plasmarakke. Kõik need
eukarüootset promootorit ja polüadenüleerimisjärjestust selektsioonimarkeri ekspressioonikassetti 122. 123. pEGFP : võimaldab ekspresseerida EGFP-d (roheliselt fluorestseeruv valk) eukarüootsetes rakkudes võimaldab ekspresseerida EGFP liitvalke, kui EGFP geeni ette või järele on kloneeritud samas lugemisraamis uuritavat valku kodeeriv järjestus replitseerub episomaalsena rakuliinides, kus on ekspresseeritud SV40 viiruse large T-antigen (Cos1, Cos7), mis tähendab tugevamat ekspressiooni 124. 125. 126. 127. 128. 129. 130. 131. Esimene päev – rakkude transfekteerimine PEI-ga 132. Esmalt tuleb vaadelda rakkud mikroskoobis ja hinnata nende seisukorra. Rakud ei ole saastanud ega surnud. Rakkude tihedus on umbes 95%. 1. Transfektsioonisegu ettevalmistamine. Võta 3 1,5 ml epsi. Esimeses segada 25 μl DMEMi ja 2 μl pEGFPd.
plasmiidis, PXO1 (189 kb, antraksi toksiin) ja pXO2 (96 kb, kapslit kodeerivad geenid). pXO1 kodeeritud toksiin on kompleks 3-st plasmiidis kodeeritud valgust (LF (lethal factor) ja EF (edema (turse) factor). Kõrge LF tase hävitab leukotsüüdid ja bakter pääseb organismi. EF tõstab cAMP taset. Koos EF on peremees nakkusele tundlikum cAMP taseme tõus suurendab vedeliku akumulatsiooni rakkudesse. Teine plasmiidis kodeeritud valk PA (protective antigen) laseb toksilised valgud rakkudesse. PA moodustab multimeerse rõnga mis inserteerub peremehe rakumembraani. PA üksikuna pole toksiline ning inaktiveertuna pole ka toksilised valgud enam ohtlikud. Kapsli teke sõltub pXO2 plasmiidist. Kapsli teke on infektsioonis väga oluline, kuna muudab patogeeni fagotsütoosi suhtes resistentseks. 19. Muhkkatk ja plasmiidid 20. Transponeeruvad elemendid IS elemendid- 1-2 kb, kodeeritakse vaid transpositsiooniks vajalikke valke
ekspressioonivektor, mis: • võimaldab ekspresseerida EGFP-d (roheliselt fluorestseeruv valk) eukarüootsetes rakkudes • võimaldab ekspresseerida EGFP liitvalke, kui EGFP geeni ette või järele on kloneeritud samas lugemisraamis uuritavat valku kodeeriv järjestus • replitseerub episomaalsena rakuliinides, kus on ekspresseeritud SV40 viiruse large T- antigen (Cos1, Cos7), mis tähendab tugevamat ekspressiooni Figure 3 pEGFP C1 ekspressioonivetori kaart (Clontech). Joonisel on tähistatud plasmiidi funktsionaalsed osad ning numbriliselt on välja toodud kaugus mõttelisest plasmiidi alguspunktist. Esimene päev – rakkude transfekteerimine PEI (polyethyleneimines)-ga Attachment promoter Polyethyleneimines are used in the cell culture of weakly anchoring cells to increase attachment
grupi verega. Kassidel esinevad veres antikehad teiste veregruppide vastu (nagu inimesel). Veregruppe saab määrata spetsiaalse kitiga. * Hobuse veregrupid 7 rahvusvaheliselt tunnustatud süsteemi. Aa ja Qa on neonataalse isoerütrolüüsi põhjustajad (vaja arvestada paaride valikul). Probleem tekib, kui mära on nende suhtes negatiivne, kuid täkk positiivne. Aa ja Qa antigeenide esinemine varieerub tõuti. * Koerte veregrupid DEA (dog erythrocyte antigen) 1-7. 98% koertest on DEA 4 + ja 90% koertest lisaks mõne teise DEA suhtes positiivsed. Kõige tugevamad antigeenid on DEA 1.1 ja DEA 1.2 DEA 4 + antigeeni omavad koerad (teiste veregruppide suhtes negatiivsed) on universaalsed doonorid. Neonataalne isoerütrolüüs - ema piim võib sisaldada antikehi järglase punaliblede antigeeni vastu. Kassil, kui ema on B ja isa A ning järglane A. Hobusel, kui ema on Aa- ja isa Aa+, järglane Aa+. Koeral, kui ema on DEA 1.1- ja isa DEA 1
18. Antikehade koostis antikeha (ingl. Antibody)- Organismi veres või koevedelikus olev valk, mida sünteesitakse organismivõõra aine (antigeen) toimel ja mis seob seda. Iga antikeha on tetrameerne valk (immuunglobuliin), mis koosneb neljast polüpeptiidist: kaks identset kerget ja kaks identset rasket ahelat, mis on seotud disulfiidsildadega. 19. Koesobivusantigeenid koesobivusantigeen (ingl. Histocompatibility antigen)- Nende antigeenidega määratakse võõraste kudede eristamine organismi enda kudedest. Võtmerollis on siin MHC-valgud. Vt. HLA-antigeenid. 20. Antikehade geneetiline determinatsioon 1. Antikeha geenide assambleerimine a. Kerge ahela lambdageenide assambleerimine kahest geenisegmendist b. Kerge ahela kapageenide assambleerimine kolmest geenisegmendist c
double-stranded / double helix ; may have 4º structure ; circular ; ref to, 2º / 3º, structure / AW ; AVP ; e.g. role of H bonds 3 max (b) (i) stimulates, immune response / production of antibodies / T or B cells ; 1 (ii) stimulate, cell-mediated immunity / T cells ; antigen, remains in body longer / continuously produced ; antigens in blood only stimulate, humoral immune system / B cells ; antigens (in blood) lost in urine / broken down in liver ; ref to MHC ; 1 max (c) (i) binds RNA polymerase ; allows, transcription / production of mRNA ; switches gene on / allows gene expression ; 2 max
Koduloomi peab vaktsineerima (kasutatakse elusvaktsiini avirulentsetest tüvedest). Inimeste puhul kasutatakse surmatud vaktsiini. Kinnaste ja kaitseriietuse kandmine ka aitab. B. anthracise virulentsusfaktorid. 1. Paks glutamiinhappest koosnev kapsel, mis takistab fagotsütoosi. 2. Valgulised eksotoksiinid (tursetoksiin ja letaalne toksiin).Valguline nn. Protective antigeen osaleb poori moodustamises, mis vahendab toksiini jõudmist rakku. Toksiini PA (protective antigen) subühikud agregeeruvad raku pinnal eelpooriks. Sellega seostuvad letaalne toksiin (LF) ja tursetoksiin (EF) ning kogu kompleks endotsüteeritakse. Endosoomi sisu hapestumisel paigutub poor endosoomi membraani ja läbi selle transporditakse letaalne toksiin ja tursetoksiin raku tsütoplasmasse. Siberi katku saaks ravida muteeritud PA valguga. Kui seda viia inimese organismi, siis suudab ta agregeeruda normaalsete PA valkudega eelpooriks ja siseneb rakku, kuid endosoomis ei suuda selline
ekspresseerivad oma pinnal MHC klass II valke. Loomulikud tapjarakud e. NK-rakud. Need on suured granulaarsed lümfotsüüdid, mis tapavad viirustest nakatanud rakke ja kasvajarakke. Põhilised koesobivuse kompleksi valgud. Põhilised koesobivuse kompleksi (ingl. k. major histocompatibility complex, MHC) klass I valgud ekspresseeruvad enamikul rakkudel, klass II valgud aga ainult antigeeni esitlevatel rakkudel. Inimesel nimetatakse neid HLA-I ja HLA-II valkudeks (ingl. k. Human Leukocyte Antigen). Erinevate T-lümfotsüütide ja NK-rakkude funktsioonid. Tsütotoksiline T-lümfotsüüt tunneb ära viiruse peptiide kui need on eksponeeritud MHC klass I molekulide poolt nakatunud raku pinnal. Nad aktiveeruvad ja lüüsivad rakke eraldades tsütotoksiine (perforiinid ja gransüümid). T-abistaja rakud tunnevad ära viiruse peptiide, mis on eksponeeritud antigeeni esitleva raku pinnal MHC klass II molekulide poolt. Nad sekreteerivad tsütokiine (lümfokiine), mis
Kuigi DNA-viirus, kodeerib ta pöördtranskriptaasi ning paljuneb üle RNA vaheastme. Virioni diameeter on 42 nm. Ümbrisega viiruste kohta on nad ebaharilikult stabiilsed – eetrile, madalale pHle, külmetamisele, mõõdukale kuumutamisele. Virionis sisaldub proteiini kinaas ja ribonukleaas H ja pöördtranskriptaasi aktiivsusega polümeraas, genoomile kinnitunud P-proteiin, seda kõike ümbritseb hepatiit B südamiku antigeen (HBcAg, HB core antigen) ja ümbris, milles on hepatiit B pinnaantigeen (HbsAg). Virionis sisaldub ka minoorse komponendina HBeAg. c ja e on peaaegu sama järjestusega, aga protsessitakse erinevalt, HBeAg sekreteeritakse peaasjalikult seerumisse ja ei assambleeru ise, antigeensed determinandid on ka erinevad. HBsAg sisaldavad partiklid vabastatakse seerumisse, on arvukamad kui pärisvirionid. Nad on sfäärilised või filamentjad, immunogeensed.
praimeri, mis on komplementaarnte templeit DNA-ga ja seejärejl hakkab polümeraas seda pikendama moodustades lühikese 5'RNA-3'DNA tütarahela. Seejärel võtab polümeraas üle ja jätkab ahela pikendamist. Pol on seotud templeitahelaga seotuse tõttu Rfc-valguga (replication factor C), mis pöördudes muutub PCNA-ks (proliferating cell nuclear antigen trimeerne valk, mis ümbritseb tütarDNA-d). Tavaliselt on mehhanism kahesuunaline replikatsioonikahvlid liiguvad kahes suunas. Regulatsioon toimub kuuest MCM valgust koosneva helikaasi aktiivsuse kontrollimisega. Ensüümid: · Helikaas keerab DNA biheeliksi lahti · DNA güraas e. topoisomeraas kompenseerib lahtikeerdumist (aitab struktuuri hoida) · DNA-polümeraasid vastutavad polünukleotiidahelate sünteesi eest 5'->3' suunas
alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt, nimetatakse replikoniks. Eukarüoodi kromosoomil on palju replikone. Prokarüoodil võib replikoniks olla terve kromosoom. 2) Eukarüootidel on juhtiva ja mahajääva DNA ahela sünteesiks 2 erinevat DNA polümeraasi, juhtiva ahela sünteesiks, , millel on ka primaasi aktiivsus, viib läbi mahajääva ahela sünteesi. Lisaks osaleb protsessis terve rida abistavaid valke. Näiteks PCNA (proliferating cell nuclear antigen) on polümeraasi kofaktoriks, mis kiirendab replikatsiooni. 3) Eukarüootne DNA on koos histoonidega nukleosoomideks organiseeritud. Replikatsiooni ajal nukleosoomi struktuur muutub. Replikatsioonikahvli läbiminekul jaotub nukleosoom ajutiselt kaheks alaosaks. Koos DNA replikatsiooniga S faasis tõuseb hüppeliselt ka histoonide süntees. Seda selleks, et pakkida sünteesitud DNA nukleosoomideks. 4) Kromosoomid on lineaarsed DNA molekulid
alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt, nimetatakse replikoniks. Eukarüoodi kromosoomil on palju replikone. Prokarüoodil võib replikoniks olla terve kromosoom. 2) Eukarüootidel on juhtiva ja mahajääva DNA ahela sünteesiks 2 erinevat DNA polümeraasi, juhtiva ahela sünteesiks, , millel on ka primaasi aktiivsus, viib läbi mahajääva ahela sünteesi. Lisaks osaleb protsessis terve rida abistavaid valke. Näiteks PCNA (proliferating cell nuclear antigen) on polümeraasi kofaktoriks, mis kiirendab replikatsiooni. 3) Eukarüootne DNA on koos histoonidega nukleosoomideks organiseeritud. Replikatsiooni ajal nukleosoomi struktuur muutub. Replikatsioonikahvli läbiminekul jaotub nukleosoom ajutiselt kaheks alaosaks. Koos DNA replikatsiooniga S faasis tõuseb hüppeliselt ka histoonide süntees. Seda selleks, et pakkida sünteesitud DNA nukleosoomideks. 4) Kromosoomid on lineaarsed DNA molekulid
Selleks kasutatakse aktiivtransporti. Ioontransporterid kasutavad ainete rakku transportimiseks energiat ning tavaliselt saadakse vajalik energia prootongradiendist. See tähendab, aine transportimiseks viiakse koos substraadiga rakku ka H +. Prootongradient taastatakse hingamisahelaga. Näiteks E. coli laktoosi transporter LacY kasutab prootonit laktoosi transportimiseks rakku. ABC-tüüpi (inglise keeles on kasutusel kaks varianti ATP-binging cassette või antigen-binding cassette) transporterid koosnevad mitmest valgust. Näiteks E. coli's on maltoosi jaoks ABC-tüüpi transporter, mis kulutab maltoosi transpordiks ATP energiat. ABC-transporterid koosnevad kolmest osast: periplasmas on substraati siduv valk (MalE), mis annab substraadi edasi membraanivalkudele, mis tegelikult transpordivad substraati (MalFG), ning kolmanda osana on membraani tsütoplasma-poolses osas ATPaasid (MalK), mis genereerivad transpordiks vajaliku energia ATP hüdrolüüsiga
annaabi.ee 
