Biokeemia praktikumi protokoll Töö 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Üliõpilane: Jaroslav Marhivka (rühm B) Juhendaja: Ly Villo Teaduskond ja eriala: Matemaatika- ja loodusteaduskond, Geenitehnoloogia Matrikli Nr :134369 YAGB Sissejuhatus Invertaas -D-fruktofuranosiidi fruktohüdralaas (E.C. 3.2.1.2.6) ensüüm, mis kuulub glükosiidsideme hüdrolaaside hulka (glükosidaaside hulka). Glükosidaasid katalüüsivad O- glükosiidsidemete hüdrolüüsi järgmiselt: Polü- või Oligosahhariid + Monosahhariid + (lühem)Polü- või Oligosahhariid Antud töös vaadeldatakse sahharoosi hüdrolüüsi reaktsioon, mis kulgeb C ja pH=4,8 juures. Reaktsiooni produktideks on -D-glükoos ja -D-fruktoos. Invertaasi aktiivsuse määramine põhineb sahharoosi, kui mittetaandava suhkru hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud taandavate suhkrute summaarse kontsentratsioo...
Töö nr 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Koostas: Juhendaja: Mart Reimund Teoreetilised alused Invertaas (-D-fruktofuranosiidi fruktohüdrolaas ehk EC 3.2.1.26) kuulub glükosidaaside hulka, mis katalüüsivad O-glükosiidsidemete hüdrolüüsi. Invertaas katalüüsib -D- fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni, vabastades neist fruktoosi molekule. Looduses on kõige levinumaks -D-fruktofuranosiidiks sahharoos. Inimesele on see oluline seedeensüüm, invertaasi toimel hüdrolüüsib sahharoos. Invertaasi aktiivsuse määramise meetod põhineb sahharoosi (mittetaandav) hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud glükoosi ja fruktoosi (taandavad) summaarse kontsentratsiooni määramisel reaktsioonisegus. Kasutatakse kompleksomeetrilist meetodit. Lühidalt, oma sõnadega kirjutada, millel baseerub antud katse...
Töö nr 3.3 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Koostas: Juhendaja: Mart Reimund Teoreetilised alused Glükoosisisalduse määramiseks bioloogilistes objektides kasutatakse ensümaatilist meetodit, mis põhineb ensüümide glükoosi oksüdaasi (GOx) ja peroksüdaasi (POx) kasutamisel. GOx on substraadispetsiifiline ,D-glükoosi suhtes ning seetõttu saab selle meetodiga määrata glükoosisisaldust ka teiste suhkrute juuresolekul. GOx katalüüsib ,D-glükoosi oksüdeerimist molekulaarse hapniku toimel, produktideks on vesinikperoksiid ja ,D-glükonolaktoon, mis moodustab hüdrolüüsides D-glükoonhappe. GOx on liitvalk, mittevalguliseks komponendiks on FAD, mis toimib koensüümina. GOx-i molekul on dimeerne valk. FAD seob glükoosi molekulilt 2 vesiniku aatomit, redutseerudes FADH 2-ks ning kannab need molekulaarsele hapnikule. Tul...
TÖÖ 2.1: AINETE SEGU LAHUTAMINE GEELKROMATOGRAAFIA MEET ODIL Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek Teooria Geelkromatograafia ehk geelfiltratsioonkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõtteks on lahuses sisalduvate ainete lahutamine ehk fraktsioneerimine nende molekulmasside, täpsemalt molekulide enda suuruste järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, võimalikult ühesuguse poorsusega geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafiat kasutatakse makromolekulide lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, kusjuures proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Geelkromatograafia protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega...
1. Töö teoreetilised alused Geelkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mille põhimõte seisneb lahuses sisalduvate ainete lahutamises (ehk fraktsioneerimises) nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise poorse geeli erineva kiirusega. Geelkromatograafia meetodit kasutatakse makromolekulide (biopolümeeride) lahutamiseks, lisandite eemaldamiseks, soolade eraldamiseks või puhvri vahetamiseks, proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Protsess viiakse läbi kinnises süsteemis kolonnis, mis on täidetud pundunud geelgraanulitega, mille poorid on samas suurusjärgus lahuses sisalduvate makromolekulide mõõtmetega. Geelkromatograafias kasutatakse geele, mis koosnevad dekstraanist, agaroosist või polüakrüülamiidist. Geelkromatograafia kolonni iseloomustavad mahud: · kolonni vaba maht (graanulitevahelise vedeliku maht) VV · graanulitesisese vedeliku...
1. Töö teoreetilised alused Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi reaktsiooni valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide või vabu aminohappeid. Proteaasid on väga levinud kõikides organismides, kuna nad osalevad paljude füsioloogiliste funktsioonide täitmises. Proteolüütilistel ensüümidel on erinevad toimespetsiifikad, osad lõhustavad vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid, teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele. Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin ja pepsiin, praktiliselt kõiki peptiidsidemeid valkudes lagundavad subtilisiin, savinaas ja alkalaas ning produtseerivad sellega ka vabu aminohappeid. Eristatakse endo- ja eksopeptidaase vastavalt sellele, kas proteaas toimib polüpeptiidahela kesksetele või otsmistele peptiidsidemetele. Ensüümi toimimiseks optimaalse keskkonna pH väärtuse järgi eristatakse h...
1. Töö teoreetilised alused Glükoosisisalduse kvantitatiivseks määramiseks bioloogilistes objektides (vereseerum, toiduained) kasutatakse laialdaselt ensümaatilist meetodit, mis põhineb ensüümde glükoosi oksüdaasi ja peroksüdaasi kasutamisel. Tänu GOx-i substraadispetsiifilisusele ,D-glükoosi suhtes võimaldab see meetod määrata glükoosisisaldust ka teiste suhkrute juuresolekul. GOx katalüüsib ,D-glükoosi oksüdeerumist molekulaarse hapniku toimel, reaktsiooniproduktideks vesinikperoksiid ja ,D-glükonolaktoon, mis kiiresti hüdrolüüsudes moodustab D-glükoonhappe. GOx on liitvalk, flavoproteiin, mis sisaldab mittevalgulise osana flaviinadeniindinukleotiidi (FAD), mis toimib koensüümina. FAD seob glükoosi molekulilt 2 vesiniku aatomit, redutseerudes FADH2-ks ning kannab need molekulaarsele hapnikule, mis sisaldub lahustunult reaktsioonikeskkonnas. Reaktsiooni tulemusena tekib ekvimolaarses koguses D- glükoonhapet ja vesi...
1. Töö teoreetilised alused Invertaas on ensüüm, mis kuulub glükosiidsideme hüdrolaaside ehk glükosidaaside hulka, mis katalüüsivad O-glükosiidsideme hüdrolüüsi vastavalt skeemile: Invertaas katalüüsib hüdrolüüsireaktsiooni, vabastades fruktoosi molekule: Sahharoos on looduses levinuim -D-fruktofuranosiid ja tema hüdrolüüsireaktsiooni produktideks on -D-fruktoos ja -D-glükoos. Invertaasi toodavad pärmid, hallitusseened, taimed ja mesilased. Inimesele on ta oluline seedeensüüm. Invertaasi aktiivsuse määramisel kasutatakse substraadina tavaliselt sahharoosi. Meetod põhineb sahharoosi kui mittetaandava disahhariidi hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud taandavate suhkrute glükoosi ja fruktoosi summaarse kontsentratsiooni määramisel reaktsoonisegus. Antud töös kasutatakse glükoosi ja fruktoosi koguse kindlakstegemisel kompleksomeetrilist meetodit, kus põhireaktsiiviks on tugevalt alusel...
Biokeemia praktikumi protokoll Töö 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Üliõpilane: Jaroslav Marhivka (rühm B) Juhendaja: Ly Villo Teaduskond ja eriala: Matemaatika- ja loodusteaduskond, Geenitehnoloogia Matrikli Nr :134369 YAGB Sissejuhatus Geelkromatograafia on üks kromatograafia meetoditest, mis põhineb lahuses olevate ainete lahutamisel nende molekulmassi suuruse järgi. Lahuses sisalduvad, erineva molekulmassiga ained liiguvad läbi peeneteralise, ühtlase poorsusega geeli erineva kiirusega. Seda meetodit kasutatakse makromolekulide segude lahutamiseks, puhvri vahetamiseks ja lisandite eemaldamiseks. Proov transporditakse läbi kolonni vesilahuse abil. Kolonnis oleva geeli graanulite pooride suurus on samas suurusjärgus segu makromolekulide dimensioonidega. Geelid koosnevad dekstraanist (glükoosi polümeer), agaroosist (punavetikate lineaarne polüsahhari...
YKL0060 Biokeemia Töö number: 3.1 Töö nimi: Invertaasi aktiivuse määramine Töö teostaja: Õppejõud: Priit Eek, Kaia Kukk Töö teostatud: 25.02.2013 3.1 Invertaasi aktiivsuse määramine Invertaas (-D-fruktofuranosiidi fruktohüdrolaas ehk -fruktofuranosidaas) on ensüüm, mis kuulub glükosidaaside hulka, mis katalüüsivad O-glükosiidsidemete hüdrolüüsi: Invertaas katalüüsib -D-fruktofuranosiidide hüdrolüüsireaktsiooni ning vabastab neist fruktoosi molekule: Sahharoos, mida kasutatakse reeglina invertaasi preparaatide aktiivsuse määramisel substraadina, on looduses levinuim -D-fruktofuranosiid, millest peensoole limaskesta rakkude poolt toodetava invertaasi toimel hüdrolüüsudes tekivad -D-fruktoos ja -D-glükoos: Invertaasi aktiivsust määratakse sahharoosi hüdrolüüsil uuritava invertaasi preparaadi toimel ja vabanenud glükoosi ja fruktoosi summaarse kontsentratsiooni määramisel reaktsioonisegus. ...
1.1 Valkude reaktsioonid Valgud on polüpeptiidid, milles olevad aminohapped on omavahel seotud amiidsidemega, mida nimetatakse ka peptiidsidemeks. Peptiidside tekib ühe aminohappe karboksüülrühma ja teise aminohappe aminorühma vahel, mille tulemusena eraldub ka vesi. Peptiidside on osalise kordsuse tõttu planaarne. Valkude koostises leidub 20 üldlevinud aminohapet, mida nimetatakse proteogeenseteks aminohapeteks. Mõningad valgud sisaldavad ka ebaharilikke aminohappeid. Valgud täidavad oma funktsioone tänu iseloomulikele ruumilistele struktuuridele, mis tulenevad primaarstruktuurist ehk aminohapete valikust ja järjestusest polüpeptiidahelas. Sekundaarne struktuur iseloomustab ahela lokaalset korrapärastumist, tertsiaarse struktuuri mõistet kasutatakse kogu valgumolekuli kolmemõõtmelise struktuuri iseloomustamiseks. Osamolekulidest ehk subühikutest koosnevaid valke nimetatakse oligomeerseteks, tal on mitu polüpeptiidahe...
TÖÖ 1: AINETE TUVASTAMINE KVALITATIIVSETE REAKTSIOONIDEGA Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek 1.1. Valkude reaktsioonid 1.1.1. Biureedireaktsioon Ühendid, mis sisaldavad kaht või enamat peptiidsidet, moodustavad aluselises keskkonnas Cu2+ ioonidega violetse kompleksi. Kuna biureedireaktsioon on tingitud peptiidsidemete esinemisest, siis on ta valkude üldreaktsioon. Leeliselises keskkonnas moodustub valgumolekuliga sinakasvioletne biureetkompleks. Kompleksi värvuse intensiivsus sõltub valgu kontsentratsioonist ja vase ioonide hulgast lahuses. Töö käik Katseklaasi valatakse 1 ml munavalgu lahust. Lisatakse 1 ml 10% NaOH lahust ja mõni tilk 1% CuSO4 lahust. Loksutatakse. Reaktsioonisegu muutub lillakaks, mille põhjustavad biureetkompleksid. Järeldus Lillakas (violetne) värvus kinnitab pika...
TÖÖ 3.2 PROTEOLÜÜTILISE ENSÜÜMI AKTIIVSUSE MÄÄRAMINE Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek Proteolüütilised ensüümid ehk proteaasid on ensüümid, mis katalüüsivad peptiidsidemete hüdrolüüsi valkudes ja peptiidides, produtseerides madalama molekulmassiga peptiide ja vabu aminohappeid. Proteaase leidub kõikides organismides, nad seedivad näiteks toiduvalke. Mõned proteolüütilised ensüümid lõhustavad eelistatult spetsiifilisi, vaid teatud aminohapetega külgnevaid peptiidsidemeid (piiratud proteolüüs), teised toimivad kõikidele peptiidsidemetele (piiramatu proteolüüs). Piiratud proteolüüsi viivad läbi näiteks trüpsiin, kümotrüpsiin, pepsiin, mis produtseerivad enamasti peptiide. Subtilisiin, savinaas ja alkalaas on bakteriaalsed proteaasid, mis lagundavad praktiliselt kõiki peptiidsidemeid, produtseerides v...
Töö teoreetiline osa, töö käik ja tulemuste analüüs PARANDUSED Kvalitatiivsete reaktsioonide abil saab uurida, kas on mingil materjalil teatud keemilise elemendi funktsionaalne rühm, ühendite rühm või ei ole. VALGUD - polüpeptiidid (aminohappejäägid seotud peptiidsidemetega), omavad 4 struktuuri. Valkude detekteerimiseks(=kindlakstegemiseks) kasutatakse: värvusreaktsioonid, väljasadestamine, väljasoolastamine. Kvalitatiivsed reaktsioonid: universaalsed (üldreaktsioonid) ja spetsiifilised (erireaktsioonid). BIUREEDIREAKTSIOON Kasutatakse et määrata ühendit millel on kaks või enam peptiidsidet aluselises keskonnas Cu2+-ioonidega moodustavad violetse kompleksi. Valkude üldreaktsioon. 1.1ml munavalgu 2.1ml 10%-list NaOH, 1 tilk 1%-list CuSO4 3.Loksutasin Lahus muutus sinakasvioletseks => Cu2+-ioonid moodustusid valgumolekulidega biureetkompleksi => lahuses olid valgud. KSANTOPROTEIINREAKTSIOON (MULDERI REAKTSIOON) Kasutata...
Töö 2.2 teoreetiline osa Karotenoidid fotosünteesi abipigmentid, mis asuvad taimerakkude kloroplastides ja kromoplastides (ka teistes fotosünteesivates organismides) ja absorbeerivad valgust klorofüllist erinevatel lainepikkustel ning on täienduvateks kiirguse retseptoriteks, aga täidavad taimedes ka kaits. Karotenoidid (>600) klassifitseeritakse kui tetraterpenoide, struktuurilt on nad polüeensed ahelad, mille ühes või mõlemas otsas on reeglina 6-liikmelised ionoontsüklid. Lükopreen kõige pikema ahelaga karotenoid. Karotenoidide kaks põhigruppi on: karoteenid (ei sisalda O2 , lükopreen, -,-,-, -, - karoteenid, ..) ja ksantofüllid (sisaldavad O2, luteiin, zeaksantiin, ..) Loomsetele organismidele on neli karotenoidi (-,- ja -karoteen ning -krüptoksantiin) vitamiini A eelühenditeks. Vitamiin A esmaseks funktsiooniks on nägemisprotsessi tagamine, lisaks sellele on ta antioksüdant ja kaitseb silmi kahjul...
TÖÖ 1.3 LIPIIDIDE REAKTSIOONID TÖÖ 2.2 KAROTENOIDIDE IDENTIFITSEERIMINE JA SISALDUSE MÄÄRAMINE Juhendajad: Kaia Kukk Priit Eek 1.3 Lipiidide reaktsioonid Lipiidid on heterogeenne ühendite rühm, mille molekulide keemilist ehitust iseloomustab enamasti estersideme(te) esinemine. Reeglina ei lahustu lipiidid vees ja vesilahustes, vaid apolaarsetes orgaanilistes solventides, nagu triklorometaan (kloroform), tetraklorometaan, benseen, eeter jt. Lipiidide lahustumatus vees ja vesilahustes on tingitud hüdrofoobsete aatomirühmade ja pikkade süsivesikinradikaalide sisaldusest molekulis. Lipiidid on organismides rakumembraanide põhiliseks koostiskomponendiks, loomsetes organismides, aga ka mitmetes taimsetes kudedes peamiseks energeetiliseks varuaineks. Lisaks sellele o...
YKL0060 Biokeemia-praktikum Laboratoorne Töö pealkiri: töö nr. 2.1 Ainete segu lahutamine geelkromatograafia meetodil Õpperühm: Töö teostaja: KATB-41 Sigrid Reinsalu 095908 Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll arvestatud: Tiina Randla 28.02.2011 Töö teoreetilised alused Kromatograafia on segu komponentide lahutamise meetod, mis põhineb nende erineval jaotumisel liikuva ja liikumatu faasi vahel. Geelkromatograafia meetoditest on kõige tuntum geelfiltratsioon ehk molekulaarsõelte meetod. See on ainete lahutamise, puhastamise ja analüüsi meetod, mis baseerub segus olevate ainete molekulmasside erinevusele.Geelkromotograafias viiakse protsess läbi kinnises süsteemis-kolonnis, mis on täidetud pundunud geeligraanulitega, mille pooride mõõtmed on samas suurjusjärgus lahuses sisalduvate makrom...
TTÜ Keemiainstituut Bioorgaanilise keemia õppetool YKL0061 Biokeemia I Laboratoorne töö Töö pealkiri: nr. 5 3.3 Glükoosisisalduse määramine ensümaatilisel meetodil Õpperühm: Töö teostaja: YAFB21 Jana Sarnavskaja(YAFB163900) Õppejõud: Töö teostatud: Protokoll esitatud: Protokoll Tiina Randla 21.03.2017 16.04.2017 arvestatud: 3.3 GLÜKOOSISISALDUSE MÄÄRAMINE ENSÜMAATILISEL MEETODIL Glükoosisisalduse kvantitatiivseks määramiseks bioloogilistes objektides on laialdaselt kasutusel ensümaatiline meetod, mis põhineb ensüümide glükoosi oksüdaasi (GOx) ja peroksüdaasi (POx) kasutamisel. Tänu GOx-i substraadispetsiifilisusele β,D- glükoosi suhtes võimaldab see meetod määrata glükoosisisaldust ka teiste suhkrute juuresolekul. GOx-i süstemaatiline nimetus β,D-glükoosi:O 2-oksüdo-redukta...
annaabi.ee 
