Signaali edasikandumine tsütoplasmas, signaali amplifikatsioon (madalmolekulaarsed sekundaarsed infokandjate). 3. Vastus: a) Lühiajaline vastus – tsütoplasmas, nt valkude aktiivsuse muutused b) Pikaajaline vastus – tuumasisene etapp – geeniekspressiooni muutmine transkriptsioonifaktorite aktivatsiooni või inaktivatsiooni kaudu. 2. Mida tähendab ligandi-retseptori seondumise afiinsus ja spetsiifilisus? Retseptori seondumise spetsiifilisus viitab sarnaste ligandide seondumisele või mitteseondumisele. Ligandi seondumisel retseptorile toimub retseptoris konformatsiooniline muutus, millele järgneb rida reaktsioone põhjustades rakulise vastuse. Sama ligand võib erinevates rakkudes kutsuda esile erineva vastuse – efektori spetsiifilisus. 3. Nimeta levinumaid sekundaarseid infokandjaid rakus! Mida nad aktiveerivad? cAMP – aktiveerib valku kinaasi A (PKA) cGMP – aktiveerib valku kinaasi G (PKG)
3. Leutsiini tõmbluku valgud koosnevad kahest alfa-heeliksist, mida hoiavad koos hüdrofoobsed AH (leutsiin) külgmised sidemed. 4. -lehe tüüpi DNA-d äratundvad valgud 5. Tsink-sõrme valgud struktuuris üks või rohkem tsingi aatomit. * Milleks on oluline transkriptsiooni regulaatorite dimeriseerumine? Transkriptsiooni regulaatorite dimeriseerumine suurendab nende afiinsust ja spetsiifilisust DNA suhtes. 15. Nukleosoomide mõju transkriptsiooni regulaatorite seondumisele * Nukleosoomide 'hingamine' Nukleosoomi äärealal DNA n.ö. ,,hingab" st ajutiselt eksponeerib DNA-d, mis võimaldades transkriptsiooni regulaatoritel kergemini seostuda Seetõttu võimaldab nukleosoomi hingamine transkr. regulaatoril seostuda; 16. Transkriptsiooni repressorid. Transkriptsiooni regulaatorid: transkriptsiooni aktivaator lülitab geenid sisse ja repressor välja. Mõlemad seostuvad cis-regulatoorsele järjestusele DNA-
DNA ilusti ränist kätte ja tuli meile topsi? Mida tänasest kontrollgeeli pildist järeldad? Järeldan, et minu lahuses on puhtalt ainult vajaminev DNA fragment, ja et seda on väga palju. Milline aine ja kuidas seob kolonnis DNA-d? Milline elueerimispuhvri omadus aitab DNA kolonnist välja elueerida? Kolonnis olev ränioksiin seob DNA, nii, et DNA seob fosfaatselgroogupidi ränioksiidiga. (seondumisele aitab kaasa, eelnev ADB puhver). Elueerimispuhvri omadustest on kõige olulisemad madal soolasisaldus ja aluseline pH. Millist olulist infot saan kolonnide kohta firma kodulehelt? Kas kasutatud kit sobis antud praktikumi töö teostamiseks, millest seda järeldada? Aeg 15 minutit Vajatav varustus Tsentrifuug DNA suurus 50bp kuni 23kb
Kui see tekib meelerakus või sensoorses neuronis nimetatakse seda vastavalt retseptorpotentsiaaliks või generaatorpotentsiaaliks. Tegevuspotentsiaal ehk närviimpulss tekib aksoniküngastikul ja kulgeb närviraku aksonilõpmeni. Need 2 potentsiaali saavad tekkida, kui membraan sisaldab vajalikke ioonkanaleid ja on algselt puhkepotentsiaali seisundis. Ioonkanalite tüübid: · lekkekanal, mis spontaalselt vaheldumisi avaneb ja sulgub K ja Na ioonide läbivooluks · Ligandi seondumisele tundlik kanal dendriitidel ja rakukehal suleb või avab oma väravad kokkupuutel spetsiifilise keemilise stiimuliga · mehhaanilisel survel avanev kanal sensoorses retseptoris reageerib vibratsioonile, puudutusele, survele või koevenitusele · pingetundlik kanal aksonis avaneb vastavalt muutusele membraanipotentsiaalis ning vallandab niiviisi närviimpulsi ja juhib selle aksoni terminaali.
tekib bakteripopulatsiooni mutante, kes on tagasi saanud oma esialgse genotüübi. Selleks, et tekitada algsetest kemikaalidest metaboliite, mis võiksid olla potentsiaalsed mutageenid, töödeldakse uuritavaid kemikaale enne bakterikultuurile lisamist roti maksa ekstraktiga. 76. Põhilised DNA reparatsioonimehhanismid rakkudes. · Valgust sõltuv fotoreaktivatsioon. Pöördprotsess UV kiirguse poolt põhjustatud tümiinide seondumisele · Väljalõikereparatsioon lämmastikaluse või nukleotiidi väljalõikamine · Replikatsioonijärgne valepaardumisi kõrvaldav DNA ,,mismatch" reparatsioon MMR. Põhineb DNA ahelate metülerisatsioonil. MMR korrigeerib uut, veel metüleerimata ahelat · Rekombinatsiooniline reparatsioon käivitub SOS vastuse tulemusega, RecA valk mängib olulist rolli. See valk aktiveerub kokkupuutes ssDNAga.
Eksperimentaalsed andmed näitavad, et NS3-valgud osalevad orbiviiruste virionide rakust vabanemisel (seega on nad funktsioonilt sarnased rotaviiruste NSP4 valguga), modifitseerides raku eksotsütoosi rada (interageeruvad eksotsütoosis osalevate valkudega). 3.3.4. Seondumine retseptorile ja sisenemine rakku BTV retseptoriks imetajarakkudel on tõenäoliselt siaalhapet sisaldavad glükoproteiinid, viiruse antiretseptor on VP2 valk. Seondumine rakkudele võib olla, sarnaselt reoviiruste seondumisele, kaheetapiline protsess: kõigepealt toimub seondumine siaalhappe jäägile; järgneb seondumine retseptori valgu-osale (pole teada, kas see valk-osa on sama glükoproteiin või mingi teine membraanvalk). Putukarakkude nakatamise puhul võib orbiviiruse antiretseptor olla core-valk VP7. Seda kinnitavad andmed, mis näitavad et orviviiruste core-struktuur on putukarakkude (kuid mitte imetajate rakkude jaoks) jaoks kõrgelt infektsiooniline.
· Rahutus & unetus · Hirm & vaenulik käitumine · Vererõhu suurenemine · Kõhulahtisus · Külmavärinad, kananahk · Pupillide laienemine · Pisaratevool, voolus ninast · Kehatemperatuuri tõus · Spontaansed ejakulatsioonid Opiaadisõltuvuse võimalikud alusmehhanismid · Retseptorvalkudele ligipääsetavuse vähenemise puudumine, mis endopioididega fosforüülumisele & beetaarrestiinidega seondumisele järgneva internalisatsiooni tõttu toimub · Agonistspetsiifilised retseptorkonformatsioonid · Retseptorite kahekõne · Eriliste homo- või heterodimeeride moodustumine · Neurokeemilised interaktsioonid · Aju energeetilise reageerimise nõrgenemine Opiaadisõltuvuse probleemid · Mitmekesised sotsiaalsed probleemid sh õnnetusjuhtumid, vägivald, kuritegevus · Süstimisest põletikud & trombid · Levivad viirusnakkused - HIV, hepatiit suured kulud ühiskonnale!
Sulfonüülamiid-inhibeerib foolhappe sünteesi DNA topoisomeraaside inhibitsioon Norfloksatsiin Rakukesta sünteesi inhibitsioon Penitsiliin, Vankomütsiin Antibiootikumide väljatöötamise ajalugu Sulfonüülamiidid. Esimest korda oli sünteesitud aastal 1908. 1932 – protnosiil. Gerhard Domagk. Penitsilliin- 1929, FLEMING Streptomütsiin- 1944, Albert Schatz, Selman Waksman Tetratsükliini mõju kolmikkompleksi seondumisele ribosoomiga. Tetratsükliin seondab Asaidi lähedusse ja pärsib tRNA seonduist ribosoomiga. Aminoglükosiidide mõju translatsiooni täpsusele Aminoglükosiidid seonduvad A-saiti väiksele subühikule. Vastupidiselt tetratsükliinile seondavad aminoglükosiidid tRNA-d palju tugevamini ning seega ei toimu translokatsiooni. 27
ülekande RNA) molekulid. 107. RNA polümeraas I ehitus. RNA polümeraas (E.coli) MW 480000 D, koosneb 5 polüpeptiidist (a2bb's). a2bb's on holoensüüm. Kaks a-alaüksust määravad tetrameerse tüviensüümi a2bb' kokkupaneku. b-alaüksus sisaldab ribonukleosiidtrifosfaate seondavat saiti. b'-alaüksus sisaldab DNA-matriitsi seonduvat piirkonda. Sigma faktor (s) osaleb vaid transkriptsiooni initsiatsioonil ja pärast seda ta vabaneb RNA polümeraasist. Annab RNA polümeraasi seondumisele spetsiifilisuse. 108. RNA polümeraasid I, II ja III eukarüootidel. RNA polümeraas I - tuumake - produtseerib rRNAd (v.a. 5S RNA) - amantiinile mittetundlik. RNA polümeraas II - tuum - pre-mRNAd - täiuslik tundlikkus RNA polümeraas III - tuum - tRNA, snRNA, 5S RNAd - keskmine tundlikkus. 109. Upstream ja downstream järjestused. Transkripti 5'-poolsed järjestused on ülesvoolu (upstream) ja 3'-poolsed järjestused allavoolu (downstream).
Tõmbab histooni deatsetülaasi promootori juurde histoonide atsetüleerituse väheb takistab transkriptsiooni Tõmbab kohale histooni metüültransferaasi, mis paneb histoonidele külge metüülrühma Mõlemad seostuvad cis-regulatoorsele järjestusele DNA-s. Kaasaktivaatorid, kaasrepressorid ei seostu otse DNA-le, vaid DNA-ga seotud transkriptsiooni regulaatoritele. 51. DNA nukleosoomse struktuuri mõju transkriptsiooni regulaatorite seondumisele. Transkriptsiooni regulaatori seostumine sõltub DNA kättesaadavusest seostumine nukleosoomides olevale DNAle on nõrgem kui “paljale” DNA-le Cis-regulatoorsed järjestused, mida transkriptsiooni regulaatorid ära tunnevad, võivad olla nukleosoomis seespool ja ei ole seetõttu neile hõlpsasti kättesaadavad; Seetõttu võimaldab nukleosoomi hingamine transkriptsiooni regulaatoril seostuda
avastajate järgi. Prokarüootides esinevad ka ilma RBS'ta mRNA'd, mis on aga madala ekspressiooniga, kuna nad ei osale efektiivselt valgusünteesi initsiatsioonil. Bakteriaalne mRNA on võimeline seonduma ribosoomi väiksema subühikuga ilma lisafaktorite abita moodustades kaksikahelalise kompleksi mRNA RBS järjestuse (e. SD järjestuse) ja 16S rRNA 3' otsa vahel. Kuigi ribosoomi väiksem subühik on komplekseerunud IF-3'ga, ei oma see faktor olulist mõju mRNA seondumisele. 23 mRNA.30S kompleks seondub IF-2.GTP.fMet-tRNAfMet kompleksiga, mille käigus tekib esimene koodon-antikoodon paardumine. Viimane määrabki ära lugemisraami alguse. Initsiaator-tRNA (fMet-tRNAfMet) seondub 30S ribosoomi P saiti (joon. 8.12). Umbes 10% bakteriaalsetest mRNA'dest on initsiaator-koodoniks GUG ja väga harva mõni teine lähedane koodon
Juhul, kui rakk puutub aga kokku negatiivse stiimuliga või kui positiivne kemoatraktant dissotseerub, käivitub signaalse trasduktsiooni rada, mille tulemusena CheY fosforüleeritakse ning viburite pöörlemine lülitub päripäeva suunale (CW suunale). MCP valkude metüleerimisega kaasneb rakkude adapteerumine. Kui MCP retseptorvalk on metüleeritud, väheneb selle afiinsus atraktandile. MCP valkude metüleerimine kutsub esile vastupidise efekti kemoatraktandi seondumisele see soodustab CheA autofosforüleerumist ning viburite pöörlemine lülitub CCW suunalt CW suunale. Selleks, et laguneks retseptori kompleks CheW ja CheA-ga, nii et viburid hakkaksid uuesti pöörlema CCW suunas, on vaja kõrgemat atraktandi kontsentratsiooni. Seega võimaldab adapteerumine rakkudel otsustada, kas liikuda suunatult edasi või püsida paigal. Kui atraktandi kontsentratsioon keskkonnas langeb, toimub retseptorvalgu demetülatsioon fosforüleeritud CheB abil
Osades graam-negatiivsetes bakterites, näiteks perekonda Pseudomonas kuuluvates bakterites on kirjeldatud ligikaudu 20 erinevat sigma faktorit. Bacillus subtilis'el on 9 faktorit: A, B, C, D on seotud vegetatiivse kasvuga; E, F, G, H, K aga sporulatsiooniga. Nende faktorite avaldumine on kaskaadselt reguleeritud. Oma toime iseloomult ja järjestuse homoloogialt jaotub enamus faktoreid 2 klassi: 70 perkond 54 perekond Sigma faktorite vahel toimub konkurents RNA polümeraasiga seondumisele. E. coli rakus on ligikaudu 2000 RNA polümeraasi molekuli, millest 2/3 on parasjagu seotud transkriptsiooniga. seega jääb vaba apoensüümi, millega sigma faktor saaks seonduda, 600 700 molekuli. Kõiki sigma faktoreid on aga rikkal söötmel kasvavates rakkudes kokku 1200 molekuli. Eraldi rühma moodustavad faagide poolt kodeeritud faktorid. Näiteks faag T4 kodeerib faktorit gp55, mis aitab RNA polümeraasil spetsiifiliselt seonduda T4 hiliste geenide promootoritele.
silencer – järjestus, mis surub geenide aktiivsust maha trans-faktorid – enamasti valgud, mõnel juhul RNA. repressor, aktivaator, terminaator. ensümaatiline terminaator – sigma-sõltuv terminaator (tagasihoidlik juuksenõel + sigmafaktor). Transkriptsioon võib väga tihti jääda pooleli (erinevalt translatsioonist). Tavaliselt juhtub seda kahe faasi vahel: initsiatsioon-elongatsioon. Transkriptsiooni alustamine: 1) RNA polümeraas (järjestusspetsiifiline) seondub DNA-ga 2) seondumisele järgneb konformatsiooni muutus – suletud kompleks läheb üle avatule. 3) DNA ahelad sulavad lahti → tekib transkriptsiooni silm - sünteesitakse väike osa RNA-d. Otsa jääb trifosfaat. 4) RNA süntees, produkt vabaneb, DNA ahelad seonduvad taas kokku 5) promootori puhastamine täisensüüm – holoensüüm - α2 β β’ sigma põhiensüüm - α2 β β’ kui RNA polümeraas seondub sigmafaktoriga, siis hakatakse otsima promootorjärjestust
´ACAAAAACC3`. Heptameer-õlg-nanomeer järjestust kutsutakse rekombinatsiooni signaali järjestuseks e RSS. Et õiged segmendid oleks õiges järjekorras, toimub rekombinatsiooni kontolliv süsteem -> RSS . 12/23 reegel: segment, mille RSS-s 12 bp õlg, tohib liituda ühe segmendiga, mille kõrval asuvas RSS-s bp õlg. Somaatilised hüpermutatsioonid. Vastusena antigeeniga seondumisele koos T-rakkude signaalidega toimub B-lümfotsüüdis lõplikult rekombineerunud Ig geeni VH ja VL osades somaatilisi punktmutatsioone, mille tulemusena saadakse muteerunud BRC, mis seovad antigeeni paremini. Need rakud valitakse antikehi sekreteerivate rakkude arengu lõppfaasi. Immunoglobuliinide spetsiifilisuse geneetiline alus. võimalik on 1011 erineva spetsiifilisusega antikeha.
Salmonella valk, mis inverteerib fim geenide ees promootorala. Fis- tunneb DNA-l suhteliselt hästi konserveerunud järjestust, mis on oma loomult AT-rikas. Fis ekspressioon sõltub E. coli's väga tugevalt kasvukiirusest. Kui rakud ümber külvata värskele söötmele, siis Fis-i hulk rakus tõuseb järsult väga kõrgele, kuni 100 000 molekuli raku kohta. Eksponentsiaalse kasvufaasi keskel Fis-i hulk rakus väheneb drastiliselt 100 molekulini. Tänu DNA-ga seondumisele osaleb Fis väga paljudes raku funktsioonides, nagu nukleoidi moodustumine kiiresti kasvavates rakkudes, replikatsiooni initsieerimisel oriC-lt, rekombinatsiooni reguleerimisel ning transkriptsiooni reguleerimisel. Fis on E. coli nn kiire kasvu päästik, kuna aktiveerib ribosoomigeenide ekspressiooni. Fis põhjustab kuni 90 kraadise DNA painde ning negatiivse superspiralisatsiooni suurenemist nii lokaalselt kui ka globaalses mastaabis. 2.1.2. Tsütoplasma ja inklusioonkehad
annaabi.ee 
