veresoone nelja punkti - Trombiin vms Operatiivne ravi Näidustused: - Verejooksu ei õnnestu peatada konservatiivse raviga s.h endoskoopilise raviga - Verejooksu retsidiveerumine peale korduvat endoskoopilist ravi - Verejooksuga kaasneb perforatsioon - Piiratud võimalused verekaotuse asendamiseks Operatiivne ravi Mittedefinitiivne op Haavandi ektsisioon Haavandi või/ja veritseva soone suturatsioon Organiväline veresoonte ligeerimine Definitiivne Maohaavand - maoresektsioon BI või BII Prepüloorne haavand - TV+AE BI Duodenaalhaavand - haavandi ektsisioon +vagotoomia ja püloroplastika Haavandi perforatsioon Haavand tunngib läbi kõigi kihtide ja avaneb kõhuõõnde 5-10% 10% perforatsioon haavandtõve esimeseks avalduseks Sagedamini perforatsioon eesseinal Järsku algav valu, mis tekib sageli pärast söömist Lokaliseerub algul ülakõhtu või parema roidekaare alla, levib kiirsti üle kõhu
raamatukogu-valmistamisest, PCR reaktsioonist, DNA sekveneerimisest, jt. molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/
puhastamise käigus on PCR-i produkt kadunud. Minu proov asub kolmandas positsioonis. Kontrollgeelilt on näha üks õige pikkusega (um 300 bp) lõik, mis näitab, et puhastamine on õnnestunud. Geeli analüüsil selgus, et inserdi kontsentratsioon oli umbes 13,7 ng/l. Kuna vektori ja inserdi pikkuste suhe 3851/330=11,7. Kuna vektorit oli 9 ng, saame leida vektori ja inserdi koguste suhte: (13,7*11,7)/9=17,70. See suhe on küllaltki sobiv. 3. Rekombinantse plasmiidi ligeerimine a) Kasutasime pSTBlue-1 vektorit, mis sisaldab kahte replikatsiooniks vajalikku origini (üks kummaski suunas), ampitsilliini ja kanamütsiini resistentsusgeeni ja lacZ operoni, mille lugemisraami sisestame oma inserdi. See võimaldab sini-valge meetodil välja selgitada, millistes kolooniates on tühi, millistes meie inserti sisaldav plasmiid. Vektoril on T-overhangidega otsad, mis võimaldab A-overhangidega inserti sisestada.
cDNA sees on ainult eksonid. cDNA library - kloonide kollektsioon vektorites, mis on saadud RNA-de koopiatest. Ideaalne kogum sisaldab kõiki ühe organismi või koe geeni. DNA kogum: sisaldab ideaalselt vähemalt iga geeni üht koopiat. cDNAd vastavad aktiisetele geenidele, mis kodeerivad valke. Võimaldab vaadata aktiivseid valke. Genoomne DNA kogum kõik geenid, geenipank. Saab identsifitseerida. Genoomse kogumi loomiseks, kasutatakse genoomse DNA lõikamist restriktaasiga ja selle ligeerimine vektorisse: bakteriofaagid, kosmiidid, BAC ja YAC (Võivad esineda probleemid: geeni lõikamine keskel; geen on suurem, kui vektor võib vastu võtta. Kasutatakse randoomset lõikamist; ~20kb) Esineb mitu varianti cDNA sünteesimiseks: 1. cDNA sünteesitakse mRNA järgi, mille otsas on Polü-A-saba, mille praimeriks on polü-T oligonukleatiidne järjestus. Süntees toimub 5 3 suunas. Protsessi viib läbi revertaas dNTP olemasolul
hingeldus, oligoanuuria, rahutus/hirm. - Diagnoosi kinnitamiseks vaja endoskoopiat, isegi kui pt on teadaolevate vaariksitega. Ravi: - Toetav ravi: infusioonravi, lisahapnik, nasogastraalaspiratsioon jne - Mitteinvasiivne ravi: värskelt külmutatud plasma, vasoaktiivsed ained (somatostatiin, oktreotiid, terlipressiin) - Tamponaad: Blakemore toru, Danis stent ajutine lahendus - Endoskoopia: skleroteraapia, vaariksite ligeerimine peamine ravimeetod, ideaaljuhul 12t jooksul - Endoskoopilise ravi ebaõnnestumisel: transjugulaarne intrahepaatiline portosüsteemne sunt (TIPS), perkutaanne transhepaatiline embolisatsioon, kirurgiline venoosne sunteerimine või ösofagogastraalne devaskularisatsioon (Sugiura op). 15. Seedetrakti alaosa verejooks: põhjused, diagnostika ja ravi 13
DNA suurus 50bp kuni 23kb Sobivad proovid DNA TAE/TBE puhvriga agaroosgeelist DNA puhtus Kõrge kvaliteedi, puhtusega DNA, mis on sobilik sekveneerimiseks, ligatsioonireaktsiooniks jne... Kui palju DNA saadakse 50bp-10kb puhul 70-90% Praktiline töö nr. 5: Rekombinantse plasmiidi ligeerimine Eesmärk: Meid huvitava aplifitseeritud DNA järjestuse sisestamine vahevektorisse ehk paljundusplasmiidi. Materjalid: 1,25 µl pSTBlue-1 vektor Lineaarne vahevektor, kus on origin, (16ng/µl) antibiootikumide resistentsusgeen, lacZ üksus ja AccepTor kloneerimissait. 3,75 µl PCR produkt Sisaldab inserti 1 µl 10X ligeerimispuhvrit Loob sobiva keskkonna
raamatukogu-valmistamisest, PCR reaktsioonist, DNA sekveneerimisest, jt. molekulaarbioloogia põhilistest töömeetoditest. Iga üliõpilane esitab pärast töö teostamist protokolli (kas paberil või elektroonselt), milles toob ära põhilised tulemused ja lisaülesannete vastused. Kirjelduses märgib, millised etapid läbis edukalt ja millised olid probleemsed kohad. Töö nr 1: Inimese genoomse DNA restriktsioon Cfr42I restriktaasi abil. Saadud fragmentide ligeerimine "Bluescript" pBS SK+ plasmiidi ehk vektorisse. Lähteained: Inimese genoomne DNA (<300 kb fragmentidena), mis on eraldatud adenokartsinoomi (HeLa) või teratokartsinoomi (NT2) kasvajarakkude lüüsil mitteioonse detergendi (NP40) abil. DNA on lahustatud TE* lahuses (TE*, 10 mM Tris-HCl, pH 7,5; 1 mM EDTA-Na 2) kontsentratsiooniga 5-10 nanogrammi/mikroliiter (ng/l). HeLa ja NT2 rakuliini kohta vaata - http://www.lgcstandards-atcc.org/
ühesuunaliselt ilma ristsiirdeta. Ehk lühidalt vahetatakse aktseptor segment doonorsegmendi vastu. Geenikonversioon võib toimuda koos või ilma ristsiirdeta. Mehhanism – moodustub kaheahelaline katke DSB, millele järgneb 5’ otste lühenemine. Seejärel toimub ahela invasioon ning DNA süntees. Edasi võib minna kahte erinevat radapidi: geenikonversioon ristsiirdeta – ahela seondumine, süntees ja ligeerimine, mismatch parandus ning tagajärjeks konverteerunud ala. Geenikonversioon ristsiirdega – toimub Holliday struktuuri lahendamine, mismatch parandus ning ristsiire ja geenikonversioon. Konverteeritava ala pikkus on keskmiselt 300 bp. Lühidalt – rekombinatsiooniline protsess, kus üks alleel replitseeritakse teise alleeli järjestuse põhjal. Esineb nii kromosoomidevahelist kui ka kromosoomisisest geenikonversiooni. •
5. Järgmisena pipeteerisin kolonni keskele 10 μl MQ vett (elueerimiseks). Vett saab kasuta ainult juhul, kui selle pH > 6,0. 6. Jälle fuugimine 1 minuti jooksul – praimerite, nukleotiidide ja erinevate soolade eraldamine. Epsis on elueerinud PCRi produkt, mis on valmis edasiseks ligeerimiseks. 37. 38. 39. 40. Kontrollgeeli pilt. Oodatav produkti pikkus – 700 aluspaari, pildil on näha, et umbes nii see ongi. 41. 42.Rekombinantse plasmiidi ligeerimine 43. Eesmärgiks on meie DNA järjestuse sisestamine vahevektorisse ehk tervikliku plasmiidi taasloomine. Väga tähtis segada vektor ja sisestav DNA omavahel sobivates kontsentratsioonides, iga molekuli vektori jaoks peaks olema segus kolm sisestava DNA molekuli. DNAde otsad seovad komplementaarselt kokku ligaasi abil. 44. Me kasutasime kloneerimiseks pSTBlue-1 vektorit (T-overhangidega), kuhu saab sisestada saadud DNA järjestuse (A-overhangidega inserdi 3’ otsades)
tehtud õigesti ja saab topsis jäänud DNA-ga töötada jätkata. 4. Praktikum – Rekombinantse plasmiidi ligeerimine Selleks, et meid huvitava amplifitseeritud DNA paljuneda, on vaja teda sisestada vahuvektorisse(plasmiidi). Selleks on vaja kokku ligeerida meie järjestus (L-Desmo) ja pSTBlue-1 vektor. Selle praktikumi käigus kasutasimi vektorit, mis oli enne lõigatud niimodi, et kleepuvad osted sisaldasid T-otsad. Taq polümeraas ei oma eksonukleaarset aktiivsust, sellega suure tõenäosusega lisab iga PCR produkti sabale lisa A-nukleotiidi. Sellega meil on
niisugune DNA molekulide/molekuli osade kopeerimine ongi DNA kloneerimine. DNA kloonimiseks kasutatakse kõige enam baktereid ja plasmiide. Plasmiidid on väiksed rõngasjad bakteriaalsed DNA molekulid, mis replitseeruvad bakterikromosoomist eraldi. Etapid: Uuritava geeni isoleerimine, fragmentatsioon- valitud lõigu eraldamine DNAst Viimine isereplitseeruvasse geneetilisse elementi (kloonimisvektor), ligeerimine Amplifikatsioon- DNA molekulide paljundamine Uuritava geeniga rekombinantsete kloonide selektsioon 42. Mis on cDNA? cDNA ehk komplementaarne DNA on RNA matriitsilt in vitro sünteesitud DNA molekul. In vitro on bioloogilise protsessi katseline läbiviimine või vaatlus organismiväliselt, katseklaasis. Isoleeritakse avalduvate geenid mRNA ning sünteesitakse pöördtranskriptaasiga komplementaarne DNA koopia ehk cDNA,
eeskätt keemilisi protsesse). Kehamahlad asenduvad keemiliste elementidega. Hakati jälle tegelema esmaabiga. Nimetage Renessanssi perioodist olulisi arstiteaduse ajalukku läinud inimesi Leonardo da Vinci (anatoomia uurimine- silma ehitus, kapillaarid jms). Andreas Vesalius (juhtiv anatoom). Girolamo Francastro (nakkushaiguste spetsialist). Ambruanz Pare (kirurgia, eeskätt haava ravi ,,isa". Lisaks verejooksu kontrolli alla saamine- veresoonte ligeerimine amputatsioonidel). Paracelsus (tuli tagasi ontoloogiline käsitlus- haigus pole osa inimese elust, vaid iseseisev asi. Samuti oluline rohuteaduse ajaloos). 5.SEMINAR Nimetage inimkonna ajaloole mõju avaldanud nakkushaigusi Katku bioloogiline ajalugu on küllaltki ebaselge. Asja teevad keerulisemaks katku kolm vormi: · Levinuim muhkkatk levis parasiitide hammustuste kaudu; · Kopsukatk ning · septiline katk (levisid ka inimeselt inimesele).
sünteesil). RNA korrektsiooni juhib giid-RNA. 120. Intronid ja eksonid. Geeni splaising. Geenidest lõigatakse välja intronid (mittekodeerivad järjestused , mis on esindatud DNA-s, aga mitte mRNAs) ja järeljäävad eksonid (mRNAs esindatud geeni ala; kodeerivad järjestused) ühendatakse geeni splaissingul. Tavaliselt fosforsidemeid üle kandes. DMD - 78 intronit, kana kollageen - vähemalt 50. Introneid lõigatakse välja: tRNA prekursoritest splaissingu endonukleaasiga + ligeerimine (fosfodiesteraasne, kinaasne, ligaasne aktiivsus) rRNA prekursoritest autokatalüütiliselt. pre-mRNA transkriptidest kaheetapiliselt splaissosoomide abil. 121. Autokatalüütiline splaising. Puudub trans; on ainult cis katalüütiline aktiivsus. Reaktsioon vajab guaniini vaba 3'-OH gruppi kui kofaktorit! Intron kõrvaldatakse kahe fosforsideme ülekandega. Väljalõigatud intron võib muuta ringikujuliseks teise fosforsidemete ülekandega. rRNA prekursorid. 122. Splaissosoomid.
Kromosoomide sünapsi teke ja selle struktuuri muutused meioosi I profaasi erinevatel etappidel. Sünaptoneemiline kompleks-moodustub paardunud kromosoomide vahele Mehhanism, mille kaudu meioosis toimuv homoloogne rekombinatsioon tekitab kromosoomides ristsiirdeid Spo11 katkestab DNA ahela ja Mre11 nukleaasi kompleks lõikab katkestatud DNA lühemaks. RecA taoline valik katalüüsib ahealte vahetuse. DNA ahelaosade vahetus ja nende ligeerimine, edasi toimub Holliday ühenduste liikumine ehk harude migreerumine. Geeni konversiooni ja ristsiirde erinevus- konversioonis toimub väikeste DNAosade vahetamine, ristsiirdes vahetatakse suuri DNA lõike Mutatsioonide teke nukleotiidide keemilise muutmise tagajärjel. Transpositsioon ja konservatiivne saitspetsiifiline rekombinatsioon . Transposoonide kolm põhiklassi : DNA-ainult transposoonid- esinevad ainult DNA kujul, liikumiseks on vajalik transposaas,
- G on on seega nii alguses kui lõpus. - eukarüootides on 2 sorti introneid: GU…AG ja atakk-intronid. - väljalõikamise skeem sama. 5’ introni ots algab GU-ga, siis tuleb kindel järjestus. Selle tagumises osas on A nukleotiid, mille 2’O on tähtis reaktsioonrühm. Intronis edasi minnes tuleb hargnemiskoht, millele järgnev järjestus lõpeb AG-ga. Seal on olulised järjestuselemendid, mis on vajalikud introni väljalõikamiseks. Eksoni 3’ ots 5’ otsa juurde, ligeerimine, intron eraldub. - splaissimisel osalevad RNA-d U1, U2, U4, U5, U6. Need on GU…AG intronitega seotud RNA-d - splaissosoomi moodustavad U2, U4, U5, U6 - splaissingu reaktsiooni alguses U1 RNA seondub 5’ splassingu saidiga ning seonduvad introni 3’ piirkonda (U2AF, BBP). Asuvad hargnemiskoha ja 3’ splaiss-saidi vahel. - valgud: 1. U2AF – U2 aktakeeriv faktor 2. BBP – splaissimise koha määraja, E; - kui nad on seondunud, siis moodustub E1 kompleks, seal on U RNA-d
system) 2. DNA ülekanne 1. relaksosoomi teke, üheahelalise katke tekkimine oriT järjestuses ning DNA lahti-hargnemine. Selleks on vajalik konjugatsioonispetsiifilise endonukleaasi ehk relaksaasi ekspressioon (mõnel juhul eraldi helikaasi ekspressioon) 2. DNA-relaksosoomi kompleksi esitlemine T4SS-le T4CP (T4SS coupling proteiin) abil ning DNA ülekandmine retsipienti 3. DNA süntees ja ligeerimine 4. (piili lagunemine ning) rakkude lahknemine. 100 Rakk-rakk kontakti loomiseks peab doonorrakk olema võimeline moodustama sugupiili. Sugupiilid võivad morfoloogiliselt erineda, neid on jagatud peenteks ja painduvateks F-piilideks (F-plasmiid), jämedateks, jäikadeks ja lühikesteks P-piilideks (RP4 plasmiid), kuid kõik sugupiilid kujutavad endas tüüp
annaabi.ee 
