rRNA kui ka tRNA molekulid. DNA molekuli järgi RNA molekuli moodustamine: TG / C G T T A C C A T A G T A T T/ A DNA GCAAUGGUAUCAUAA RNA Translatsioon- ehk valgusüntees. Toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks on lisaks mRNA molekulidele vaja veel erinevaid tRNA molekule, aminohappeid, ensüüme ja energiaallikana ATP-d ja GTP-d. See algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. Valgu süntees algab alati initsiaator koodonist. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul. tRNA-d toovad kohale aminohapped. Aminohappe määrab antikoodon-koodon vastavus. Kahe aminohappe vahele moodustub peptiidside. Esimene tRNA lahkub ja tuleb kolmas. Korraga on ribosoomis kaks tRNA-d. Süntees jätkub stoppkoodonini (UAA, UAG, UGA), millele ei vasta ühtegi aminohapet. Ribosoomist vabanenvad tRNA, mRNA ja sünteesitud valk. Geneetiline kood- mRNA molekuli kolm järjestikust nukleotiide määravad
TG / C G T T A C C A T A G T A T T/ A DNA G C AA U G G U A U C A U AA RNA 5. Mis on translatsioon,kus toimub,lähteained,mis toimub, mis tekib? Translatsioon- ehk valgusüntees. Toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks on lisaks mRNA molekulidele vaja veel erinevaid tRNA molekule, aminohappeid, ensüüme ja energiaallikana ATP-d ja GTP-d. See algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. Valgu süntees algab alati initsiaator koodonist. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul. tRNA-d toovad kohale aminohapped. Aminohappe määrab antikoodon-koodon vastavus. Kahe aminohappe vahele moodustub peptiidside. Esimene tRNA lahkub ja tuleb kolmas. Korraga on ribosoomis kaks tRNA-d. Süntees jätkub stoppkoodonini (UAA, UAG, UGA), millele ei vasta ühtegi aminohapet. Ribosoomist vabanenvad tRNA, mRNA ja sünteesitud valk. 6. Ülesanne: mRNA molekuli järgi valgu moodustamine. 7
mRNAl moodustavad koodoni, mis määrab ära ühe aminohappe. Selle koodi lahtimuukimiseks kasutatakse koodipäikest. · Geneetilise koodi omadused: universaalus- kehtib kogu eluslooduses; sünonüümsus- ühele aminohappele võib vastata mitu koodonit; ühetähendlikkus- ühele koodonile vastab alati ainult üksainus aminohape; mittekattuvus- üks ja sama nukleotiid ei saa olla korraga kahes kõrvutiolevas koodonis. Koodi lugemine algab koodonist AUG(initsiaatorkoodon), määrab ära meteoniini.Initsiaatorkoodon määrab ära lugemisraami. Stoppkoodon- valk on valmis. Geneetiline kood- koodipäike mRNA kohta Täpike- stoppkoodon, kolmnurk- initsiaatorkoodon · Translatsioon- mRNA alusel aminohapete järjekorda panemine, valgu tootmine. Vaja - mRNA, tRNA, rRNA, aminohapped, ensüümid, ATP ja GTP. Protsess toimub ribosoomis. Ribosoom on
Transkriptsiooni tulemusel saadakse mRNA, rRNA kui ka tRNA molekulid. Translatsioon--- Valgu süntees--- (selle käigus sünteesitakse mRNA molekulide alusel vastava struktuuri ja funktsiooniga valgud) Toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks on lisaks mRNA molekulidele vaja veel erinevaid tRNA molekule, aminohappeid, ensüüme ja energiaallikana ATP-d ja GTP-d. See algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. Valgu süntees algab alati initsiaator koodonist. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub esimene tRNA molekul. tRNA-d toovad kohale aminohapped. Aminohappe määrab antikoodon-koodon vastavus. Kahe aminohappe vahele moodustub peptiidside. Esimene tRNA lahkub ja tuleb kolmas. Korraga on ribosoomis kaks tRNA-d. Süntees jätkub stoppkoodonini (UAA, UAG, UGA), millele ei vasta ühtegi aminohapet. Ribosoomist vabanevad tRNA, mRNA ja sünteesitud valk. Geneetilise koodi omadused: · Tripletsus - ühe koodoni koosseisu kuulub 3 nukleotiidi mRNA-s
sünteesitakse eri valke. GENEETLINE KOOD *mRNAs olev info on kodeeritud *Igale kolmenukleotiidilisele lõigule vastab üks aminohape. *4 nukleotiidi võivad kolmekaupa kombineeruda 64-ks erinevaks koodoniks. *mRNA sisaldab translatsiooni alguskoodonit (AUG), millele vastab aminohape metioniin. *Stoppkoodoneid on kolm: UGA, UAA ja UAG. Neile koodonitele ei vasta ükski aminohape. *Kui ribosoomi jõuab üks neist kolmest koodonist, siis aminohappeahela sünteesimine katkeb. VALGUSÜNTEESI KÄIK *Tsütoplasmasse jõudnud mRNA kinnitub ribosoomile, mis omakorda liigub piki mRNAd kuni jõuab alguskoodonini. mRNAs sisalduva info tõlkimiseks vajatakse tRNA molekule. tRNA-molekulid kannavad enda küljes aminohappeid. Selle, milline aminohape tRNA külge kinnitunud on, määrab tRNAs sisalduva kolmest nukleotiidist koosnev antikoodon. *Antikoodon seostub komplementaarsusprintsiibi alusel mRNA-ahelas oleva
muutus viib EF-Tu GTPaasi aktivatsioonile • aa-tRNA 3’-CCA ots liigub PT tsentrisse Kuidas viib korrektne (cognate) koodon-antikoodon paardumine GTP hüdrolüüsile EF-Tu-s 18 Translatsiooni terminatsioon ja retsükleerimine Mis on terminatsioon; peptiidi vabanemine; subühikute retsükleerimine Kui polüpeptiid on valmis, siis A-saidis on üks kolmest STOP ehk nonsense-koodonist (UAG – „amber“, UAA – „ochre“, UGA – „opal“). P-saidis on peptidüül-tRNA. Klass I polüpeptiidi vabanemisfaktor tunneb ära stop-koodoni A-saidis ning katalüüsib peptidüül- tRNA hüdrolüüsi. Järgnevalt eemaldab klass II vabanemisfaktor ribosoomilt klass I faktori ja lahkub seejärel ise ribosoomilt. Klass II vabanemisfaktor on GTPaas (sarnaneb EF-Tu-le ja EF-G-le). RRF (ribosome recycling factor) ja EF-G lammutavad ribosoomi subühikuteks,
(aDAR ensüüm) C-st U-ks tsütosiiini deamineerimine uratsiiliks mRNA transport tuumast tsütoplasmasse on rakus rangelt reguleeritud. * Kontroll translatsiooni tasemel sh Shine-Dalgarno järjestus, translatsiooni alustamise kaks mehhanismi (nt rakkudes ja viirustes) Bakterites kontrollib mRNA translatsiooni konserveerunud nukleotiidne järjestus (Shine-Dalgarno järjestus), mis asub alustava AUG koodoni ees 1. Cap-dependent mechanism- Rakkudes algab translatsioon mRNA 5´-otsast AUG koodonist Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist. 2. IRES-dependent mechanism- Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´- otsast kaugel, kus asub sisemine ribosoomi sisenemise koht (ingl.k. internal ribosome entry site, IRES), spetsiifiline RNA järjestus * Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel Geenide ekspressioonil eristatakse kahte geneetilise kontrolli mehhanismi: positiivne ja negatiivne geneetiline kontroll
vastavate koodonite arvu vahel, mida sagedamini esinev aminohape, seda rohkem vastab talle koodoneid (vt. joon. 9.2). Ka see fakt viitab koodi otstarbekohasusele ja seega evolutsioonilisele optimiseeritusele e. pikale evolutsioonilisele ajaloole. Valguahelat kodeerivad koodonid on järjestikku. Seetõttu on võimalik sama mRNA järjestust tõlkida valguks kolmes erinevas "lugemisraamis". Näiteks järjestus: AUGGCUUCGCUCAA, tähendab esimeses lugemisraamis (alustades lugemist esimesest koodonist, AUG) Met-Ala-Ser-Leu, teises raamis (nimetatakse ka +1 raamiks) on järjestus: UGGCUUCGCUCA, mis vastab valgujärjestusele: Cys-Leu-Arg-Ser, 14 kolmandas raamis (ka -1 raam) GGCUUCGCUCAA kodeerib sama RNA järjestusega aminohappeid: Gly-Phe-Ala-Glu Näeme et need valgu järjestused on täiesti erinevad, vaid Ala ja Leu esinevad korduvalt ja sedagi erinevais positsioonides
Valk on makromolekul, mis koosneb ühest või enamast polüpeptiididst. Iga polüpeptiid koosneb aminohapete ahelast, kus aminohapped on ühendatud peptiidsidemega. 17. Geneetiline kood. Translatsiooni käigus muudetakse mRNA nukleotiidne järjestus valkude aminohappeliseks järjestuseks. Seejuures igale mRNA koodonile vastab tRNA antikoodon. Info ülkandmisel ühest süsteemist teise vajatakse geneetilist koodi. Geneetiline kood on kogum 64 nukleotiidsest tripletist ehk koodonist, millest 61 määravad 20 aminohapet ja kolm on translatsiooni terminaatorkoodoniteks. Geneetilist koodi iseloomustavad a) universaalsus – toimib kõigis organismides üheselt b) mittekattuvus – vaadeldaval ajahetkel saab üks nukleotiid olla vaid ühe aminohappe koosseisus c) sünonüümsus – ühte aminohapet määrab mitu koodonit d) ühetähenduslikkus – üks koodon määrab vaid ühe aminohappe 18. Ribosoomide ehitus ja funktsioon
funktsiooni korrata. 11. Geneetiline kood ja selle põhiomadused. 1. Tripletsus. Iga aminohappe koht polüpeptiidahelas määratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). 2. Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3. Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4. Kolineaarsus. Koodonite järjestus mRNA-s ja aminohappejääkide järjestus polüpep- tiidahelas on lineaarselt kõrvutatavad. 5. Terminaatorkoodonid. Nende koodonite funktsiooniks on polüpeptiidahela sünteesi
16. Valkude lühiiseloomustus - Valgud ehk proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Valkude süntees toimub ribosoomides. Valkudel on organismis elutähtis roll, sest osalevad põhimõtteliselt kõikides bioloogilistes protsessides - Valgud on ensüümid, mis reguleerivad biokeemiliste reaktsioonide kiirust, valgud kaitsevad antikehade vastu, vastutavad rakuliikumise eest, kontrollivad kasvu jne. 17. Geneetiline kood - kogum 64 koodonist (triplet kolmest nukleotiidist), mis määravad 20 aminohapet ning translatsiooni alguse ja lõpu. 18. Ribosoomide ehitus ja funktsioon.- väikesed ümmargused struktuurid, mis liiguvad vabalt tsütoplasmas või on kinnitunud tsütoplasmavõrgustiku külge, nad koosnevad rRNA-st ja valkudest, nendes toimub valgu süntees. 19. Translatsioon peamine osa valgu sünteesist, mille käigus sünteesitakse aminohapetest polüpeptiidahel ehk valguahel.
1) Tripletsus. Iga aminohappe koht polüpeptiidahelas määratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Näit. aminohappele fenüülalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2) Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3) Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4) Kolineaarsus. Koodonite järjestus mRNA-s ja aminohappejääkide järjestus polüpeptiidahelas on lineaarselt kõrvutatavad. (näit. mRNA-s on nukleotiidide järjestus järgmine:
56. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. Attenuatisioon leiti kõigepealt E.coli trp operonis. Uuring oli suunatud kahele faktile mutatsioonid, mis lõid välja trp repressori ei olnudki täielikult trüptofaaniga represseeritud, trp operoni alusjärjestus oli ebatavaline ORF, mis eelnes tuntud trüptofaani biosünteesivate ensüümide struktuursete geenide ORF- idele. Esmalt leiti, et ORF koosneb kahest tandem Trp koodonist, teiseks, et mRNA-l koosnes selles alas kahe grupilisest sümmeetriast, mis võimaldas moodustada tal eksklusiivseid sekundaarstruktuure, millest üks meenudas rho-sõltuvat transkriptsiooni terminatsiooni signaali ja teine kaitseks esimese formeerumise eest ja seeläbi ka terminatsiooni eest (pre-emptor struktuur) Attenuatsiooni mehhanism: · RNAP initsieerib trp promootori transkriptsiooni · RNAP teeb pausi 90nda nukleotiidi juures sekundaarstruktuuris
1. Tripletsus. Iga aminohappe koht polupeptiidahelas maaratakse koodoniga, mis koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Naiteks aminohappele fenuulalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2. Pidevus. Polunukleotiidahelas ei ole koodonid uksteisest mingil viisil eraldatud, vaid jargnevad vahetult uksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemargid». Uhe nukleotiidi valjalangemise korral koodonist loetakse koodonisse jargneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajarjel muutub kogu informatsioon. 3. Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult uhte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete jarjestus polupeptiidahelas on uksteisest soltumatu. 4. Kolineaarsus. Koodonite jarjestus mRNA-s ja aminohappejaakide jarjestus polupeptiidahelas on lineaarselt korvutatavad. Naiteks mRNA-s on nukleotiidide jarjestus jargmine:
Dalgarno järjestus. BAKTERIAALNE INITSIATSIOON: · IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile, 70S initsiatsioonikompleks saavutatakse kui IF2 vahendatud GTP hüdrolüüsi energia arvelt viiakse kokku väike ja suur alaühik. Shine-Dalgarno järjestus ( Shine-Dalgarno box), on ribosomaalne seondumissait, mis paikneb 6-7 nukleotiidi ülevalpool start koodonist. See on kuue aluseline konsensusjärjestus mis aitab ribosoomi väikesel subühikul õigesti positsioneeruda, kusjuures see toimub üle anti-Shine-Dalgarno järjestuse (CCUCCU) 16S rRNA-l EUKARÜOOTNE INITSIATSIOON toimub mRNA 5' otsa juures: · eIF3 ja eIF6 hoiavad ribosoomi dissotsieerunult. eIF 2, GTP ja Met-tRNA moodustava aktiivse ternaarkompleksi, selle ühinemisel 40S subühikuga · zeIF3- fosforüleerimise kaudu reguleeritakse initsiatsiooni
Eukarüootides pole metioniini aminorühm blokeeritud formüülrühmaga. Eukarüoodil moodustub initsiatsioonikompleks mRNA 5'-otsaga spetsiifilise valgu CBP kaudu, initsiatsioonikompleks skanneerib mRNA-s kuni esimese AUG koodonini ning see tõttu algab translatsioon enamasti esimeselt AUG koodonilt. Prokarüootides on vaja mRNAs spetsiaalset RBS (ribosome binding site) järjestust AGGAGG, mis asub AUG koodonist 7 nukleotiidi kõrgemal. · Sarnasused üldjoontes on sama intsiatsiooniprotsess. :D 67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. · Kolmeetapiline protsess üldjoontes sarnane bakteris ja eukarüoodis Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti ning paardub antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis asuva koodonjärjestusega mRNAs, olles assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTP-ga.
Sellega on taastunud ribosoomide algne olek, st. subühikud on eraldi. 9 Valgusünteesi initsiatsioon. Osalevad lisaks ribosoomidele ka valgulised initsiatsioonifaktorid, IF-1, IF-2 ja IF-3. Valgusünteesi elongatsiooni käigus toimub ribosoomis peptiidahela pikendamine vasavalt mRNA programmile kuni ribosoomi dekodeerivasse tsentrisse jõuab üks kolmest stop-koodonist. Elongatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele, mRNA'le ja aa-tRNA'le veel elongatsioonifaktorid: EF-Tu, EF-Ts ja EF-G ning kofaktorina GTP. Peptiidahela terminatsioonil osalevad terminatsioonifaktorid RF-1, RF-2, RF-3 ja RRF. Nimed tulenevad sõnadest release (vabanema ingl. k.) ja factor, RRF tuleneb ribosome release factor'ist. Terminatsioonifaktorid RF-1 ja RF-2 tunnevad kumbki ära kaks terminaator-koodonit. RF-1 seondub spetsiifiliselt UAA ja UAG stop-koodoniga (kooditabelis
A T T C T A C G A A G A T G T C G A T C G A T C T A T T C DNA U A A G A U G C U U C U A C A G C U A G C U A G A U AA G mRNA (siit loed vastavaid AHsid) A UU C U A C G AA G A U G U C G A U C G A U C U A UU G tRNA tRNAde standardiseerimine – sünteesitakse väiksel arvul tRNAsid ja nii säästetakse energiat. Ohtralt avalduvad geenid kasutavad väikest arvu koodoneid. Rakk saab vähema energiavaruga hakkama. Koodonite järgnevus pole juhuslik ja 3. täht sõltub järgmisest koodonist. Ribosoomis tunneb tRNA antikoodon ära koodoni. rRNA nukleotiid kompab väikeses vaos aluspaari geomeetriat. 2. tähe äratundmine – tekib võrgustik, palju vesiniksidemeid 3. tähe äratundmine – „wobble“ lubatud, aluspaari geomeetriat ei kontrollita, vesiniksidemed pole tähtsad. Antikoodon - tRNA ühes lingus - koosneb 3-st nukleotiidist - antikoodon tRNA-s paardub ribosoomi koodoniga. - AU ja GU paar on võrdse stabiilsusega
(mittemõtteline) - mittekodeeriv. 119. RNA korrektsioon. mRNA posttranskriptsiooniline informatsiooni muutmine enne translatsiooni. Üksikute N-aluste struktuuri muutus (tsütosiini deamiinimisel tekib uratsiil). Inserteerides või deleteerides uridiinmonofosfaatjääke. C -> U-tüüpi mRNA korrektuur. Taimede mitokondrites tavaline; loomade sooltraktis. Spetsiifilise RNA-seoseline deaminaasiga toimub tsütosiini oksüdatiivne deamiinimine, moodustub uratsiil ja CAA koodonist UAA (terminaatorkoodoniks valgu sünteesil). RNA korrektsiooni juhib giid-RNA. 120. Intronid ja eksonid. Geeni splaising. Geenidest lõigatakse välja intronid (mittekodeerivad järjestused , mis on esindatud DNA-s, aga mitte mRNAs) ja järeljäävad eksonid (mRNAs esindatud geeni ala; kodeerivad järjestused) ühendatakse geeni splaissingul. Tavaliselt fosforsidemeid üle kandes. DMD - 78 intronit, kana kollageen - vähemalt 50. Introneid lõigatakse välja:
Bakterites kontrollib mRNA translatsiooni konserveerunud nukleotiidne järjestus (Shine-Dalgarno järjestus) asub alustava AUG koodoni ees. — kui see järjestus on kuidagi tõkestatud, siis translatsiooni ei saa alustada. 58. Translatsiooni alustamise kaks mehhanismi: Cap-dependent mechanism (eukarüoodi rakkudes) ja IRES-dependent mechanism (viirustes) 1.Cap-dependent mechanism (eukarüoodi rakkudes) — rakkudes algab translatsioon mRNA 5´-otsast AUG koodonist — Cap ja polüA saba stimuleerivad komplekti initsiatsiooni faktorite seondumist 2.Ires-dependent mechanism (viirustes) – Viiruste puhul algab translatsioon tihti mRNA 5´-otsast kaugel, kus asub sisenemine ribosoomi, spetsiifiline RNA järjestus Mõlema puhul on vajalik translatsiooni initsiatsioonifaktor elF4E. 59. Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel RNA polü(A) saba ja cap struktuuri lagundatakse samaaegselt translatsiooniga, e
aminohappele. DNA triplett → mRNA koodon → üks aminohape ● Universaalne kood eluslooduses (kuid mõningate eranditega) ● Geneetilist koodi loetakse lugemisraamis nii, et üks mRNA nukleotiid saab kuuluda ainult ühe koodoni juurde; loetakse suuna 5’-3’, loetakse triplettide kaudu. ● Koodonite kombinatsioone on 64, aminohapped 20, seega mitu koodonit kodeerib ühte aminohapet (v.a. Met ja Trp). Seega geneetiline kood = kogum 64 koodonist (triplet 3 nukleotiidist), mis määravad 20 aminohapet ning translatsiooni alguse ja lõpu. ● Paljud koodonid on sünonüümsed, ehk mitu eri koodonit võib määrata sama aminohappe. ● Olemas on algus- (AUG (metioniini sünteesikoodon)) ja lõpukoodonid (UGA, UAA, UAG (neile ei vasta ükski aminohape ning nendeni jõudes kukub ribosoom mRNA molekulilt maha, nad on stop-koodonid)). 30
koosneb mRNA kolmest nukleotiidist (DNA kolmest nukleotiidipaarist). Näit. aminohappele fenüülalaniin (Phe) vastavad nukelotiidide tripletid: UUU ja UUC, leutsiinile (Leu) aga CUC, CUU, CUA ja CUG jne. 2) Pidevus. Polünukleotiidahelas ei ole koodonid üksteisest mingil viisil eraldatud, vaid järgnevad vahetult üksteisele. Puuduvad «tekstisisesed kirjavahemärgid». Ühe nukleotiidi väljalangemise korral koodonist loetakse koodonisse järgneva tripleti esimene nukleotiid, mille tagajärjel muutub kogu informatsioon. 3) Kattumatus. Iga nukleotiid kuulub ainult ühte koodonisse. Kattumatusest tuleneb asjaolu, et aminohapete järjestus polüpeptiidahelas on üksteisest sõltumatu. 4) Kolineaarsus. Koodonite järjestus mRNA-s ja aminohappejääkide järjestus polüpeptiidahelas on lineaarselt kõrvutatavad. Näiteks mRNA-s on nukleotiidide järjestus järgmine:
Muide - selle fenomeni ennustas Motoo Kimura ette enne, kui osati ülepea geene sekveneerida. Samas: vaikivate positsioonide mutatsioonide sagedused eri geenides võivad olla siiski hämmastavalt erinevad. Vaikivate positsioonide muutuste kiiruste erinevused nõuavad ilmselt case-by-case analüüsi. Kuid üldistuse tasemel on tänaseks hästi teda, et seda saab mõjutada eelistatud koodoni valik selles organismis, Eelistatud koodonid on selge tähendusega mõiste - 61’st mõttega koodonist tarvitatakse kõrge sagedusega vaid ca 25. Seda universaalselt - ka bakteritel. Kuid need eelistused on eri organismidel erinevad. Sama teemaga kattub nn. GC surve - s.o. on selgesti jälgitav tendents, et geene on tihedamalt genoomi GC rikastes alades - ka siit lisandub mõju koodoni tähe valikule isegi "vaikivas" positsioonis. Seetõttu võib olla ja tegelikult ka on teatav liikumisvabaduse puudus nukleotiidsete asenduste osas vaikivates positsioonides. Igal
annaabi.ee 
