Farmakogeneetika aitab valida patsiente, kelle jaoks ravim effektiivne (rohelised) ja kes on ülitundlikud (sinine). Ebaeffektiivselt vastavate patsientide (punane) väljaselekteerimine võimaldab edasised katsed muuta effektiivsemaks ja odavamaks. Momendil 10-15 aastat! --- Geeniduplikatsioonide tekkemehhanismid *Tandeemne geeniduplikatsioon ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu. *Duplikatiivne transpositsioon retrotransposonite poolt vahendatud. *Horisontaalne geeniülekanne geeniülekanne erinevate genomide vahel nt. (bakteritelt selgroogsetele). *Segmentaalne duplikatsioon duplikatsioon suurte blokkidena. *Polüpoidsuse teke terve genoomi ploidia kordistumine Selgroogsete genoom on arenenud läbi ploidsuse kasvu duplikastioonide teel. *Enamik tänapäevaseid liike omavad degenereerunud polüploidiat või on polüploidsed. *Selgroogsete evolutsioonis toimunud ürgsed tetraploidiseerumise kahe duplitseerumise tagajärjel (2R hüpotees, Ohno 1993)
Selle järgi oli varase maa atmosfäär keemiliselt redutseeriv ehk puudus hapnik. Selles energiarikkas atmosfääris tekkisid lihtsad orgaanilised ühendid. Need ühendid kogunesid "ürgsupiks" erinevates kohtades, näiteks kaldalähises meres või kuumaveeallikates. Supis tekkisid lihtsatest ühenditest keerulisemad orgaanilised ühendid- biomolekulid. *Jumal *suure paugu teooria 7.Eukarüoodid ja nende tähtsus Eukarüood ehk päristuumne rakk(1 või rohkem tuuma). Horisontaalne geeniülekanne on toimunud eukarüootides. 8.Hulkraksete organismide teke Kui rakukogumikus arenes rakkudevaheline tööjaotus nii kaugele, et rakud ei saanud enam üksi hakkama, tekkis hulkrakne organism. Esimesed hulkraksed olid käsnad, kes koosnesid paljudest eritüüpi rakkudest. Esimest hulkraksete loomarühmade puhul oli tegemist kehavälise viljastumisega. 9.Kambriumi tähtsus Kambriumis tekkisid esimesed keelikloomad(loomade hõimkond, kuhu kuuluvad selgroogsed ning mõned
Sealt edasi järgneb juba nende oksüdatiivne lagundamine atsetüülCoA-ks, suktsinaadiks, püruvaadiks ja atseetaldehüüdiks, mida enamus mikroorganisme suudab metaboliseerida. a) Protokatehuaadiks b) Bensoaadiks c) Fenooliks d) Katehooliks e) Tolueeniks 4. Valige järgnevast loetelust kaks põhilist meetodit võõr DNA sisestamiseks taimerakku transgeensete taimede saamiseks? a) Agroinfektsioon Agrobacterium tumefaciens-i abil b) Laser vahendatud geeniülekanne c) Liposoom vahendatud geeniülekanne d) DNA mikroinjektsioon taimerakkudesse e) Biolistika (geenipüss) 5. Kui võrrelda taimekasvatuses kasutatavaid putukatõrjevahendeid, siis milliste insektitsiidide toimespekter on kitsam võimaldades rakendada täpselt suunatud kahjuritõrjet teatud kindlate putukaröövikute vastu? a) Bioloogilisi insektitsiide b) Keemilisi insektitsiide 6
Ortoloogid on erinevate genoomide geenid, mis on seotud ühise eellase kaudu (inimese ja hiire müoglobiinid). Paraloogid on ühe genoomi geenid, mis on tekkinud duplikatsiooni tulemusena (inimese müoglobiin ja tsütoglobiin). Geeniduplikatsioonide tekkemehhanismid: Tandeemne geeniduplikatsioon ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu, Duplikatiivne transpositsioon retrotransposonite poolt vahendatud, Horisontaalne geeniülekanne geeniülekanne erinevate genoomide vahel (nt. bakteritelt selgroogsetele), Segmentaalne duplikatsioon duplikatsioon suurte blokkidena, Polüploidsuse teke terve genoomi ploidia kordistumine. 24. Kromosoomide ja genoomide evolutsioon. Võrreldes H.influenza ja M.genitaliumi on minimaalse genoomi suurus 300 geeni (arvestatud ortoloogsete geenide hulka ja geeniasendusi s.t. samaseid funktsioone kannavad mitteortoloogsed geenid). Minimaalse genoomi mõiste seotud ortoloogsete geenide klastrite mõistega
Bioloogid ei tea sageli, kas kaks morfoloogiliselt sarnast organismide gruppi on võimelised ristuma. Ringliikide puhul ristuvad lähedaste populatsioonide liikmed edukamalt kui kaugemate populatsioonide omad. Mõnel juhul võib olla füüsiliselt võimatu sama liigi loomadel paarituda. Siinkohal on tegemist aga inimese sekkumisega morfoloogilistesse muutustesse ja seetõttu on see bioloogilisest liigikontseptsioonist välja arvatud. Horisontaalne geeniülekanne teeb liigi defineerimise veelgi keerukamaks. Liikide arv 2010. aasta andmetest lähtuvalt: Kirjeldatud eukarüootide liikide arv 1,7 miljonit, sealhulgas: · 3067 pruunvetikat, · 321 212 taime, sealhulgas: · 10 134 puna- ja rohevetikat, · 16 236 sammalt, · 12 000 sõnajalgtaime ja osja, · 1021 paljasseemnetaime, · 281 821 katteseemnetaime; · 31 496 seent; · 17 000 samblikku; · 1 367 555 looma, sealhulgas:
CARTAGENA PROTOKOLL bioloogiline ohutus Tuleneb bioloogilise mitmekesisuse konventsioonist. 24 mai 2000 allkirjastati 67 riigi poolt. Eesti allkirjastas septembris. Biloogilise ohutuse protokoll käsitleb geneetiliselt muundatud elusorganismide ohutut käsitlemist ja piiriülese liikumise kontrolli. GMO'd ehk.geneetiliselt muundatud organismid Erinevus looduslikust geeniülekandest: teatakse, millised geenid üle viiakse; kiirem, ülekanne liikide vahel efektiivne. Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne. HELCOM Läänemere piirkonna merekeskkonnakaitse konventsioon Vastuvõetud 1974 ning täiendatud 1992. Põhieesmärgid: vähendada maalt, õhust ja laevadelt Läänemeree lähtuvat reostust, tagamaks merekeskkonna talutav ökoloogiline seisund; teha teaduslik-tehnilist koostööd kaasaegsete keskkonnakaitse abinõude väljatöötamist; koordineerida merekeskkonna ja atmosfääri teaduslike uuringute läbiviimist; töötada välja ja juurutada ühtne keskkonnakaitse strateegia
protokoll käsitleb geneetiliselt muundatud elusorganismide ohutut käsitsemist ja piiriülese liikumise kontrolli. o GMOd e. Geneetiliselt muundatud organismid Erinevus looduslikust geeniülekandest: teatakse, millised geenid üleviiakse (klassikaline sordiaretus kontrollimatu,ebatäpne) kiirem, ülekanne liikide vahel(looduses harv ja aeglane),efektiivne Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne (nt viirusega horisontaalne geeniülekanne). Statistiliselt oluliselt vähem ohtlik kui mikrobioloogia. Geenitehnoloogia potentsiaalsed ohud: Bioloogiliserelva väljatöötamine Uurija hoolimatu nakkusekandja sattub keskkonda senini ei ole selliseid juhtumeid registreeritud. Pealegienamus laborites saadud baktereid hukkuvad niipea, kui nad väliskeskkonda sattuvad.
Seentele on iseloomulik suletud mitoos: tuumamembraan säilib tuuma jagunemisel, tuuma jagunemine meenutab tihti amitoosi (Kullman, 2004). 82 Seentele on tüüpiline kromosoomi pikkuse polümorfism (CLP) aneuploidsus, mtDNA rekombinantsus ning transposonite, viiruste ja mitmesuguste funktsioonidega plasmiidide (nt. killerplasmiidid) olemasolu rakus (Weber, 1993, Zolan, 1995, Saville et al., 1998, Beadle et al., 2003 ); esineb horisontaalne geeniülekanne (Kullman, 2002). See kõik annab mitmeid varuvariante mitmekesisuse suurendamiseks ka siis, kui puudub suguline paljunemine. Seentele kõige olulisem iseärasus on hüüfi tipmine kasv, mis tagab genoomi sobilike muutuste edasikandumise, pärandumise vegetatiivse kasvu käigus. Radiaalselt levivad hüüfid võivad oma tippudes kanda erinevaid genoome (tekkinud mutatsioonide, tuumade „ristsiirde“, paraseksi jm. tulemusel) ja neid erinevates tingimustes, erinevatele
- Genoteegid ja kloniteegid 3. Geeniraamatukogud - Genoteegid - Klonoteegid 4. Transposoonid 4. Transgeenne tehnoloogia Transgeen(Organismi või rakku sisseviidav võõras geen) transgeenne kunst (ingl. Transgenic art)- Võimalused konstrueerida ebanormaalsete omadustega järglasi (monstrumeid). Näiteks sinised tomatid või helenduvad kalad ja imetajad. 5. Horisontaalne geeniülekanne horisontaalne geeniülekanne (ingl. Horizontal gene transfer)- Liikidevaheline geeniülekanne isenditele, kes pole geenidoonori järglased. 6. Geenide kloonimine 1. Restriktaasid a. Kleepuvad ja tömbid otsad b. Restriktsiooni-modifikatsioonisüsteem 2. Rekombinantne DNA a. Kloonimisvektorid b. Multikloonimissait c. Fagemiidid (ekspressioonivektorid) d. Kosmiidid e
Keenias konventsiooni osapoolte 5. konverentsil. Eesti allkirjastas protokolli septembris. Bioloogilise ohutuse protokoll käsitleb geneetiliselt muundatud elusorganismide ohutut käsitsemist ja piiriülese liikumise kontrolli. GMOd e. geneetiliselt muundatud organismid Erinevus looduslikust geeniülekandest: teatakse, millised geenid üle viiakse (klassikaline sordiaretus kontrollimatu, ebatäpne); kiirem, ülekanne liikide vahel (looduses harv ja aeglane), efektiivne.Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne (nt viirusega horisontaalne geeniülekanne)..Statistiliselt oluliselt vähem ohtlik kui mikrobioloogia. Geenitehnoloogia potentsiaalsed ohud: 1. Bioloogilise relva väljatöötamine 2. Uurija hoolimatu nakkusekandja sattub keskkonda senini ei ole selliseid juhtumeid registreeritud. Pealegi enamus laborites saadud baktereid hukkuvad niipea, kui nad väliskeskkonda sattuvad. 3. Produkt, mis osutub pikas ajaskaalas ohtlikuks (allergeenid ühest organismist teise liiki)
Bioloogilise ohutuse protokoll käsitleb geneetiliselt muundatud elusorganismide ohutut käsitsemist ja piiriülese liikumise kontrolli. 37 GMOd e geneetiliselt muundatud organismid Erinevus looduslikust geeniülekandest: 1. teatakse, millised geenid üle viiakse (klassikaline sordiaretus kontrollimatu, ebatäpne) 2. kiirem, ülekanne liikide vahel (looduses harv ja aeglane), efektiivne Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne (nt viirusega horisontaalne geeniülekanne). Statistiliselt oluliselt vähem ohtlik kui mikrobioloogia. Geenitehnoloogia potentsiaalsed ohud: 1. Bioloogilise relva väljatöötamine 2. Uurija hoolimatu nakkusekandja sattub keskkonda senini ei ole selliseid juhtumeid registreeritud. Pealegi enamus laborites saadud baktereid hukkuvad niipea, kui nad väliskeskkonda sattuvad. 3. Produkt, mis osutub pikas ajaskaalas ohtlikuks (allergeenid ühest organismist
tolmuvahetus lähedase loodusliku liigiga. Geneetiliselt muundatud raps pääses USAs vabadusse. St 2 võimalikku teed: 1. Transgeense taime ellujäämine väljaspool kultiveerimist -> reproduktsioon vabas looduses -> taastootva populatsiooni teke -> levimine -> potentsiaalne kahju. 2. Transgeense taime tolmuvahetus lähedase loodusliku liigiga -> hübriidi sünd ja ellujäämine -> hübriidi paljunemine -> võõrgeenide introgressioon looduslikku liiki -> potentsiaalne kahju. 2. Horisontaalne geeniülekanne patogeenidele, mullabakteritele või viirustele. Bt insektitsiidile resistentsete putukate teke. AB resistentsus kandub üle patogeensetele bakteritele. 3. Otsesed mõjud looduslikele sihtgruppi mittekuuluvatele liikidele. 4. Uued viirushaigused. Uued viirused võivad tekkida transgeensete viirus-resistentsete taimede vahendusel läbi rekombinatsiooni. Lähedalt seotud viirused võivad omavahel vahetada kattevalke. 5. Geneetiliselt homogeenne põld
katseliselt töötab hästi loomadel. Meestel sperma säilitamine väga lihtne ja levinud, problemaatiline prepuberteedieas poiste puhul, kasutatake testikulaarsete kudede biopsiate säilitamist, hulgalisetl eetilisi probleeme Kelve NB!!! NEED ON EELMISE AASTA OMAD, MA EI TEA KAS NEED SEE AASTA ÜLDSE KEHTIVAD, ÜLE VAST TASUB IKKA VAADATA 1) GM põllukultuuride võimalik mõju keskkonnale ja inimesele; GM põllukultuuride puhul on kaks kardetavamat ohtu inimesele: allergeensus ja geeniülekanne (geenide võimalik ülekanne GM toidult inimese keharakkudele või seedetrakti bakteritele nt antibiootikumresistentsuse geenid) Keskkonna koha pealt kardetakse: * väljaristamine ülekandumine GM taimelt metsikule. Vältimiseks nõutav piisava laiusega eraldusriba GM põllu ümber * geeni püsimajäämine peale saagi koristust * mitte-sihtorganismide vastuvõtlikkus geeniproduktidele (nt kahjutud putukad) või kahjulikel resistentsuse kujunemine * uued taimepatogeenid
• Alu-de eksoniseerumine – introonsed Alu-elemendid võivad tekitada mutatsiooni, mis tekitavad funktsionaalseid splaissimise saite. Võivad konverteeruda eksonitesse. • • Genoomi evolutsiooniline dünaamika, võrdlev genoomika: • Genoomi funktsionaalse diversiteedi allikad Uute valgu domeenide ja struktuuride tekkimine Olemasolevate valgu domeenide ja valgu perekondade laienemine ja divergents Horisontaalne geeniülekanne Alternatiivne splaissing RNA editing Posttranskriptsioonilised modifikatsioonid Regulatoorsed võrgustikud • • Susumu Ohno: DNA duplikatsioon kui põhimehhanism genoomi evolutsioonis; seda teooriat toetavad teadmised • Ohno pakkus välja, et geenide duplikatsioon on peamine tegur uute geenide arengul. Mis on praeguseks hetkeks teada üks olulisimaid mehanisme uute geenide tekkel
asja seedida. Aheldatuse tasakaalutus (esinevad mõlemad alleelid koos, mittejuhuslik). Multiplikatiivsed kohasused on teineteisest sõltumatud, üks mõjutab ellujäämist 1-6 elukuul, teine 6-12 elukuul. Aheldatuse tasakaal (juhuslikkus, kas üks või teine lookus). 1. Nimeta vähemalt neli genoomievolutsiooni põhimehhanismi. eksonite ümbersegamine, geeniduplikatsioon koos divergeerumisega, retropositsioon revertraasi abil, transpositsioon transposoonide abil, horisontaalne geeniülekanne (erinevate organismide (liikide) vahel, geeni liitumine/lagunemine, geeni uusteke eelnevast mittekodeerivast DNA-st 2. Mille poolest erinevad bakterite operonide ja loomade geeniklastrite nagu globiini geeniklaster teke. Bakteritel sama biokeemilise raja geenid tavaliselt koos operonides, reguleeritud samade regulaatorelementide poolt. Sarnase biokeemilise raja, funktsiooniga geenidel on kalduvus paikneda genoomis kõrvuti geeniduplikatsioonid, adaptiivne geenide klasterdumine (operonid).
APG II Klass - Selts - Sugukond - Perekond Liik Basaalne rühm: (ANITA + Magnoliidid) o õieosade spiraalne asetus, lahklehisus, õiekattelehed ei eristu, hajusad juhtkimbud. Õieosade suur arv o Õistaimede fülogeneetilistel basaalrühmadel puuduvad üheiduleheliste ja päriskaheiduleheliste spetsialiseerumised:. Õied sageli 3-osalised või spiraalselt paiknevate vabade õiekattelehtede, tolmukate ja viljalehtedega. Õied on sageli protogüünsed (eelemased). Õiekattelehtede eristumine tupp- ja kroonlehtedeks, kokkukasvamised ja sügomorfsed õied esineb harva. Tolmuterad on harilikult ühekavilised (mitte kolmeavalised ehk triaperturaatsed nagu päriskaheidulehelistel) või avata - inaperturaatsed. Tavalised on eeterlike õlidega rakud ja bensüülisokinoliinalkaloidid ANITA rühm Selts Amborellaceae...
Sisemised sõlmed kujutavad liigitekke sündmusi. Geenipuu kujutab geenide evolutsioonilist arengukäiku. Sisemised sõlmed kujutavad geeniduplikatsioone ja/või liigitekke sündmusi. Geenipuu ei ole identne liigipuuga, ühele liigipuule võib vastata palju geenipuid. Põhjused miks geenipuu ei ole liigipuuga identne: Liinide mittetäielik sorteerumine Geenide duplikatsioon ja kadumaminek Horisontaalne geeniülekanne Hübridisatsioon Rekombinatsioon 19. Iseloomustage homoloogsete geenide tüüpe (orto-, para- ja ksenoloogsed geenid). Milliseid neist eelistatakse fülogeneesipuu konstrueerimisel ja miks? Ortoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud liigitekke teel ühisest eellasgeenist. Ehk geenid kahest eri liigist, mis pärinevad ÜHEST geenist nende liikide viimases ühises eellases.
Tuleneb bioloogilise mitmekesisuse konventsioonist. 24 mai 2000 allkirjastati 67 riigi poolt. Eesti allkirjastas septembris. Bioloogilise ohutuse protokoll käsitleb geneetiliselt muundatud elusorganismide ohutut käsitlemist ja piiriülese liikumise kontrolli. GMO’d ehk geneetiliselt muundatud organismid Erinevus looduslikust geeniülekandest: teatakse, millised geenid üle viiakse; kiirem, ülekanne liikide vahel efektiivne. Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne. HELCOM – Läänemere piirkonna merekeskkonnakaitse konventsioon Vastuvõetud 1974 ning täiendatud 1992. Põhieesmärgid: vähendada maalt, õhust ja laevadelt Läänemerre lähtuvat reostust, tagamaks merekeskkonna talutav ökoloogiline seisund; teha teaduslik-tehnilist koostööd kaasaegsete keskkonnakaitse abinõude väljatöötamist; koordineerida merekeskkonna ja atmosfääri teaduslike uuringute
· Vertikaalne ülekanne e info ülekanne toimub põlvkonnalt põlvkonnale. Kogu geneetilise info vahetamine käib sugulise paljunemise alusel. Evolutsioonis omab ta tähtsust info säilitajana ja paljundajana.. · Horisontaalne ülekanne ehk geneetiline ülekanne toimub geneetiliselt sõltumatute isendite vahel e geneetilise materjali ülekanne organismide vahel mis ei ole omavahel suguliselt ühilduvad. Horisontaalne geeniülekanne võimaldab kiiret resistentsuse levikut eeltuumsete populatsioonides. Üks horisontaalse geeniülekande teid on ka taimeviirused. Selle ülekande eeliseks populatsioonis oleva info muutmine, uuendamine ja kohandamine. Horisontaalse ülekande puhul peab eksisteerima 2 osapoolt: Doonor see on bakter, kes väljastab geneetilist materjali DNA-na Retsipient bakter, kes võtab geneetilist materjali vastu.
piiriülese liikumise, transiidi ja kasutamise suhtes, millel võib olla bioloogilisele mitmekesisusele või inimtervisele kahjulik mõju. Ei kohaldata protokolli ravimitena kasutatavate organismide suhtes.' GMOd Erinevus looduslikust geeniülekandest: 1. teatakse, millised geenid üle viiakse (klassikaline sordiaretus kontrollimatu, ebatäpne) 2. kiirem, ülekanne liikide vahel (looduses harv ja aeglane), efektiivne Sama ohtlik kui looduslik geeniülekanne (nt viirusega horisontaalne geeniülekanne). Statistiliselt oluliselt vähem ohtlik kui mikrobioloogia. Endla Reintam, 2008/2009 86 Geenitehnoloogia potentsiaalsed ohud: 1. Bioloogilise relva väljatöötamine 2. Uurija hoolimatu nakkusekandja sattub keskkonda senini ei ole selliseid juhtumeid registreeritud. Pealegi enamus laborites saadud baktereid hukkuvad niipea, kui nad väliskeskkonda sattuvad. 3
keskkonnatingimustele kohasust tõstva väärtusega. Arvatakse, et 17-25 protsenti Escherichia coli genoomist on saadud horisontaalse geeniülekande abil. Horisontaalset geeniülekannet võimaldavad: 1. konjugatsioon 2. transformatsioon 3. transduktsioon Prokarüootsed organismid on võimelised kiiresti kohanema keskkonna muutunud tingimustega, sest neil on olemas mitu mehhanismi, mis võimaldavad bakteri füsioloogiat muuta. Üheks selliseks on horisontaalne geeniülekanne konjugatsiooni abil. Arvatakse, et konjugatsioon on bakteritel olulisemaks mehhanismiks võõr-DNA hankimiseks, sest plasmiididega on võimalik üle kanda tunduvalt rohkem geene kui transduktsiooni abil (faag-bakter interaktsioon). Transformatsiooni abil on samuti eelistatud väiksemate DNA molekulide ülekandumine, sest üldiselt DNA laguneb keskkonnas kiiresti. Konjugatsiooniks nimetatakse DNA võimet kanduda ühest elavast
oma enda reproduktsioonilisi huvisid grupi kui terviku omadele. Looduses ei paista, et grupivalik saaks prevalleeruda indiviidi tasemel kahjulikult mõjuvate tulemuste üle (väiksem reproduktiivsus). Ja pealegi - kuivõrd adaptatsioonist saab rääkida vaid samas kontekstis päritavusega, siis grupi puhul on asi hoopis lõdvam, kuivõrd grupp kui tervik ei päri - pärivad seal olevad indiviidid. Samas kui horisonytaalne geeniülekanne on väga haruldane (kuigi siiski esinev) mehhanism, siis grupi tasemel on lihtne kujutada ette migrantide saabumist teisest grupist jms. Valiku ühik (unit of selection) - mäletatavasti on see termin, mida Mayr ei armasta. Kuid tänapäeva käsitluses on ta siiski levinenud ja palju tühjast vaidlusest jääb ära, kui aktsepteerida, et valiku ühikul on kaks käibivat ja sugugi mitte omavahel konfliktset tähendust: esimene tähistab objekti, kellele kohandub fenotüübiline adaptatsioon;
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
