arv igale puuharule, leida kõige tõenäolisem sugupuu. d. Võrrelda tulemusi. 2. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme. a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis
võib meenutada alkohoolset joovet. Tekitaja Salmonelle typhi Salmonella Koolera Salmonella enteritidis Vibrio cholerae parayphi Salmonella Salmonella typhimurium scottmuelleri Salmonella cholerasuis Inkubatsiooni 7-25 päeva Toidunakkuse 1-5 päeva periood puhul 6-24 tundi Kontaktnakkuse korral 6 päeva Nakkusallikas Haige inimene Haige või Haige inimene, alates teisest pisikukandja loom eritab rooja ja
vähendab seedeinfektsioonide riski: surub inimese soolestikus alla sinna sattunud haigustekitajaid ja suurendab kasulike laktobatsillide hulka. vähendab ateroskleroosi riski: langetab aterogeense oksüdeeritud LDL sisaldust, suurendab LDL biokvaliteeti ja vereseerumi antioksüdatiivset potentsiaali. Lactobacillus fermentum ME-3 tegutseb väga aktiivselt selliste sooleinfektsioonide tekitajate vastu, nagu näiteks Salmonella Typhimurium ja Shighella sonnei. Koos antimikroobsete kinoloonidega väldib ME-3 salmonellade kandluse teket, mis võib inimestel põhjustada raskeid vaevusi. ME-3 sisaldavad tooted suurendavad organismi loomulikku vastupanuvõimet mitmetele teistelegi seedeinfektsioonide tekitajatele. ME-3 regulaarne manustamine suurendab kasulike laktobatsillide üldhulka ja liigilist mitmekesisust. 3 Referaat „Probiootilised piimatooted“
hüpotiotsüanaat o Inhibeerib ensüüme nt laktaadi dehüdrogenaas, 6-P-glükonaadi dehüdrogenaas, heksokinaas, aldolaas oksüdeerides tioolrühmi (-SH) o Oksüdeerib NADH ja NADPH-d o Interakteerub membraanivalkudega inhibeerib aminohapete ja suhkrute transporti LPS antimikroobne toime: o Sagedamini bakteritsiidne toime GN-bakteritele (nt E.coli, Salmonella typhimurium, pseudomonaadid, Campylobacter jejuni) o Inhibeeriv toime ka GP-bakteritele: L.monocytogenes, Streptococcus sp. o Hüpotsüanaat resistentsetes bakterites NADH oksüdeeritakse ja OSCN- redutseeritakse II. Laktoferriinsüsteem Apolaktoferriin seob rauaioone o Holoensüüm o Glükoproteiin o 2 rauasidumisala o Fe3+ sidumiseks vaja 1 HCO-
tcccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtgggttgcaaaagaagtaggt agcttaaccttcgggagggcgcttaccactttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaa Kristina Raud YAGB-41 060290 caaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctcctta 3. Salmonella typhimurium LT2 http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?stm:STM0249 >stm:STM0249 rrsH; 16S ribosomal RNA; K01977 16S ribosomal RNA (N) gtttgatcatggctcagattgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaagtcgaacggt aacaggaagcagcttgctgcttcgctgacgagtggcggacgggtgagtaatgtctgggaa actgcctgatggagggggataactactggaaacggtggctaataccgcataacgtcgcaa gaccaaagagggggaccttcgggcctcttgccatcagatgtgcccagatgggattagcta gttggtgaggtaacggctcaccaaggcgacgatccctagctggtctgagaggatgaccag ccacactggaactgagacacggtccagactcctacgggaggcagcagtggggaatattgc
Viburite paigutus on oluline diagnostiline tunnus. Viburid võivad paikneda üksikult või kimpudena. Nad võivad kinnituda kas raku poolusele, pooluse lähedale, raku küljele või ümbritseda kogu rakku. A. Monopolaarne monotrihh, Caulobacter, Vibrio B. Monopolaarne polütrihh e. lofotrihh, Pseudomonas, Thiospirillum C. Bipolaarne monotrihh, Wolinella succinogenes (all keskel) Bipolaarne polütrihh, Halobacterium halobium, Spirillum D. Peritrihh, E. coli, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis Muu paigutus, Alcaligenes, Selenomonas, Pectinatus, Propionispora vibrioides Periplasmaatilised viburid spiroheetidel 28. Millisest otsast vibur kasvab? Vibur kasvab otsast. Viburi kasv toimub järjestikuste monomeeride liitumisega viburi distaalsele otsale - automontaazhiga. Monomeerid transporditakse viburi otsa viburikanali kaudu. E. coli'l saab vibur valmis 10 minutiga. Kui viburi tipp murdub küljest ära, siis see regenereeritakse. Viburi kasvu on uuritud enim E
Voogamine avastati perekonnas Proteus aastal 1885. Tuntuimad voogajad on Proteus mirabilis, Proteus vulgaris ja Vibrio parahaemolyticus. Aga nii võivad liikuda ka teised bakterid, näiteks klostriidid ja batsillid. Kui kõige efektiivsemad voogajad suutsid edasi liikuda suhteliselt kõval agarsöötmel (1-2% agarit), siis hiljem leiti, et pehmemal agaril (0.5-0.8%) saavad voogata ka paljud "tavalised" bakterid, näiteks Escherichia coli ja Salmonella typhimurium. Seega tundub, et bakterimaailmas on selline liikumine üsna levinud. Voogamist kasutades koloniseerivad bakterid mimesuguseid pindu (patogeenid epiteeli jne). Virulentsusfaktor! Bakterivibur ja selle töö? Kuna viburi läbimõõt on ainult ca 20-30 nm (pikkus küll ca 10 mkm), siis ei ole nad valgusmikroskoobis läbivas valguses nähtavad. Vibureid saab valgusmikroskoobis näha rakkude peitsimisel enne värvimist. Peits muudab viburi jämedamaks
Muud mittemikrobiaalsed mürgised ühendid. Helmintoosid- tekib parasiitidega saastunud toidu söömisel. Areneb parasiitide munadega saastunud toidu söömisel. Salmonella levikuteed, ennetamise võimalused toored ja vähekeedetud toiduained (kanaliha, munad, liha, vesi, toorpiim, lemmikooomad, närilised, kahjurid. Siirutaja- ristsaastumine. Ennetamine: kuumtöötlemine, ristasaastumise vältimine, linnuliha täielik sulatamine enne kuumtöötlemist. S. typhimurium, S. enteritidis. Säilib kuivatatud, külmutatud, suitsutatud ja soolatud toidus. S. aureus allikad/levikuteed, ennetamise võimalused<1 µg toksiini kutsub sümptomid esile. Ei moodusta toksiini >45°C juures, talub keetmist kauem kui 30 min! Valmistoidud, liha, linnuliha, koorekastmed, kreemid, piim, salatid, kalatooted. Ennetamine: toidukäitleja, keskkonnahügieen. Vastupidav kuivatamisel ja külmutamisel, säilib pindadel. Tekib soodne kasvukeskkond kui teised mikroobid keetmisel hävivad
alkali at up to 66°C) immediately after bleed- ing (Gill and Bryant 1992; Bolton et al. Knife-Trimming 2002). Scalding and singeing are known to cause up to 4.5 log10 CFU/cm2 reductions of As indicated, knife-trimming is required by total aerobic bacteria and 6.0 log10 CFU/cm2 FSIS in the United States for removal of reductions of pathogens, such as S. visible contamination (i.e., feces, soil, hair, Typhimurium and C. jejuni, on poultry (Yang milk fluids, and bruised tissue) from car- et al. 2001) or swine carcasses (Gill and casses before any spraying with water or Bryant 1992; Yu et al. 1999). However, decontamination liquids. In addition to despite these potential reductions in micro- cosmetic reasons, it is assumed that knife- bial counts, contamination levels may trimming removes microbial contamination
· Leptospira interrogans leptospiroosi tekitaja · Mycobacterium leprae pidalitõve tekitaja · Mycobacterium tuberculosis tuberkuloosi tekitaja; avastaja Robert Koch; kuulub aktinobakterite hõimkonda · Neisseria gonorrhoeae gonorröa tekitaja · Neisseria meningitidis meningiidi tekitaja · Rickettsia prowazekii tähnilise tüüfuse tekitaja · Salmonella typhi tüüfuse tekitaja · Salmonella typhimurium toidumürgituse tekitaja · Shigella düsenteeria tekitaja · Staphylococcus aureus kopsupõletiku ja toidumürgituse tekitaja; toodab mitmeid erinevad toksiine; toodab tsütotoksiini, mis toimib superantigeenina · Streptococcus pneumoniae kopsupõletiku tekitaja · Streptococcus pyogenes sarlakite tekitaja; toodab mitmeid erinevaid toksiine; toodab tsütotoksiini, mis toimib superantigeenina · Treponema pallidium süüfilise tekitaja
Viburiniit koosneb valgust- flagelliinist. On valgusmikroskoobis nähtav peitsimisel enne värvimist. Viburivalk on happeline - Asp ja Glu rikas. Viburite paigutus: 1) Monopolaarne monotrihh, Caulobacter, Vibrio 2) Monopolaarne polütrihh e. lofotrihh, Pseudomonas, Thiospirillum, Helicobacter 3) Bipolaarne monotrihh, Wolinella succinogenes 4) Bipolaarne polütrihh ehk lofotrihh, Halobacterium halobium, Spirillum 5) Peritrihh, Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis, Erwinia carotovora, Proteus mirabilis. (Bipolaarne polütrihh ehk lofotrihh (Spirillum volutans) ) Viburi funktsioon: Liikumine Võivad osaleda patogeneesis ja makroorganismi koloniseerimises. Vibur kinnitub rakule basaalkeha abil. G(+) basaalkeha koosneb ühest paarist valgulistest ketastest. G(-) koosneb basaalkeha kahest paarist valgulistest ketastest. Vibur on jäik ja ta pöörleb, nagu propeller, tõugates rakku edasi
Voogamine avastati perekonnas Proteus aastal 1885. Tuntuimad voogajad on Proteus mirabilis, Proteus vulgaris ja Vibrio parahaemolyticus. Aga nii võivad liikuda ka teised bakterid, näiteks klostriidid ja batsillid. Kui kõige efektiivsemad voogajad suutsid edasi liikuda suhteliselt kõval agarsöötmel (1-2% agarit), siis hiljem leiti, et pehmemal agaril (0.5-0.8%) saavad voogata ka paljud "tavalised" bakterid, näiteks Escherichia coli ja Salmonella typhimurium. Seega tundub, et bakterimaailmas on selline liikumine üsna levinud. Voogamist kasutades koloniseerivad bakterid mitmesuguseid pindu (patogeenid epiteeli jne). Virulentsusfaktorid on mikroorganismi sellised komponendid, mis määravad tema võimet ( virulentsust) põhjustada haigusi, kuid ei ole iseenesest tema elutegevuseks vajalikud. 59. Bakterivibur ja selle töö? Vibur on jäik ja ta pöörleb nagu propeller, tõugates rakku edasi. Viburite paigutus on bakteritel oluline
bakterid isoleeritavad verest, hiljem väljaheidetest. Iseloomulik on ka roosatäpilise lööbe teke rinnale ja kõhule. Aitab AB ravi. Pärast tüüfusest tervenemist võib inimene olla Salmonella kandja kuid või isegi enam. Kõhutüüfus on enam levinud vähe arenenud maades, kus vee puhastamisele ja toiduainete töötlemisele rõhku ei panda. Eestis 2003 aastal ei olnud kõhutüüfuse juhte. 2. Salmonelloos e. Salmonella-enteriit e. enterokoliit. Tekitavad S. typhimurium ja S. enteritidis. See on maailmas levinuim Salmonella-infektsioon. Bakterid esinevad sooleepiteelis (jäävad epiteelirakkudesse) ja verre ei tungi. Levivad fekaalidega saastunud toiduainete kaudu. Kui organismi satub piisavalt Salmonella typhimuriumi rakke, siis hakkavad nad sooles paljunema ja ca 12-24 tunni pärast ilmnevad külmavärinad, peavalu, kõhulahtisus, oksendamine, alakõhu krambid, palavik, mis kestavad 2-5 päeva. Kõhulahtisust põhjustab enterotoksiin ja palavikku endotoksiin
sooles neid toiduaineid, mis peensooles jäid imendumata. Prebiootikumid, soodustavad selektiivselt kasulike soolebakterite paljunemist inimese sooles. Olulisemad bakterhaigused: Siberi katk. Bacillus anthracis. Botulism. Clostridium botulinum. Koolera. Vibrio cholerae. Uroinfektsioonid. E. coli, Proteus, Ureaplasma jt. Difteeria. Corynebacterium diphtheriae. Düsenteeria. Shigella tüved. Toidumürgitus. Bacillus cereus, Campylobacter jejuni, Clostridium perfringens, E. coli, Salmonella typhimurium, Staphylococcus aureus, Yersinia enterocolitica. Gaasgangreen. Clostridium perfringens, Cl. histolyticum, Cl. septicum. Gonorröa. Neisseria gonorrhoeae. Legionelloos. Legionella pneumophila. Pidalitõbi. Mycobacterium leprae. 35 Meningiit. Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae. Katk. Yersinia pestis. Kopsupõletik. Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, mükoplasmad, klamüüdiad. Sarlakid. Streptococcus pyogenes. Süüfilis
10-14 päeva pärast pulkade sissesöömist tekib järjest tõusev palavik, mittespetsiifilised kaebused nagu peavalu, müalgiad, väsimus, anoreksia. Need sümptomid säilivad nädalakese. Järgnevad GI sümptomid (soole reinfektsioon pärast bakterieemiat). • Septitseemia. Kõik liigid võivad põhjustada. Risk kõrgem lastel, vanuritel, AIDSi korral. Kuni 10% võivad esineda lokaliseeritud mädased infektsioonid. • Salmonelloos (enterokoliit). S. enteritidis, S. typhimurium jt: sümptomid 6…48 tundi pärast kontamineeritud vee või toidu tarbimist: iiveldus, oksendamine, vereta diarröa. Sagedased on ka palavik, kõhukrambid, müalgia, peavalu. Ägeda vormi korral protsessid jämesooles ka. Sümptomid kaovad iseeneslikult 2 päeva kuni nädala pärast. Diagnostika. Isolatsioon roojast selektiivsete söötmetega. Tüüfuse puhul saadan verekülvi 5. palavikupäeval, siis tehakse ka antikehade määramine. Ravi ja profülaktika.
Vibureid saab valgusmikroskoobis näha rakkude peitsimisel enne värvimist. Peits muudab viburi jämedamaks.Hästi on viburid näha ka elektronmikrofotodel. Vibureid saab rakkudelt eraldada loksutamise või homogeniseerimisega. Viburi paigutus 1. Monopolaarne monotrihh (Caulobacter, Vibrio) 2. Monopolaarne polütrihh (lofotrihh, Pseudomona, Thiospirillum, Helicobacter) 3. Bipolaarne monotrihh (Wolinella succinogenes) 4. Peritrihh (E. coli, Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis, Erwinia carotovora, Proteus mirabilis) 5. Bipolaarne polütrihh (Halobacterium halobiom, Spirillum) Viburi valgud Viburi niit koosneb valgust- flagelliinist. Niidi keskel on kanal. Kokku on viburiniidis ca 20000 helikaalselt agregeerunud flagelliini monomeeri. Arhedel on viburivalgud glükosüülitud. Viburivalk on happeline - Asp ja Glu rikas. Flagelliin on struktuurilt sarnane lihaste müosiiniga
muutuvad hüdrofoobsetele antibiootikumidele tundlikumaks. Polümüksiin B on antibiootikum, mis konkureerib LPS-i polüsahhariidse südamikuga katioonidele. LPS destabiliseerub ning polümüksiin B siseneb periplasmasse. Sellega antibiootikum indutseerib iseenda ,,ülekorjamise" keskkonnast. Polümüksiin B märklauaks on tsütoplasmamembraan, millesse antibiootikum poeb oma hüdrofoobse sabaga ning destabiliseerib fosfolipiidset kaksikkihti. Salmonella typhimurium'il ja E. coli'l on teada polümüksiin B resistentsed tüved, mis taluvad kuni 100 korda kõrgemat polümüksiin B kontsentratsiooni võrreldes metsiktüvega. Leiti, et resistentsete tüvede LPS-des on toimunud muutused, mis vähendavad LPS vajadust katioonide stabiliseeriva toime järele ning seega on tundetumad EDTA-le ning polümüksiin B-le. Nende bakterite LPS-d sisaldasid 4 6 korda rohkem 4-aminoarabinoosi ja fosfoetanoolamiine lipiid-A fosfaatide
aga ka antimikroobsed valgud) Intratsellulaarselt asetsevatesse bakteritesse pole antikehad sagli suutelised toimima. Mikroobid võivad paikneda isegi fagotsüüdis.) - tsütoplasmas: haigustekitajateks on viirused, Chlamydia spp., Rickettsia spp., Llisteria monocytogenes, algloomad; Kaitsvaks immuunsuseks on Tc rakud ja NK-rakud. - vesiikulites: haigustekitajateks in Mycobacterium spp., Salmonella typhimurium, Yersinia pestis, Listeria spp., Legionella pneumophila, Cryptococcus neoformans, Histoplasma, Leishmania spp., Trypanosoma spp. ; kaitsvaks immuunsuseks T-rakkudest ja NK-rakkudest sõltuv makrofaagide aktivatsioon, nt. CD4 helper tüüpi, mis sekreteerivad tsütokiine ja aktiveerivad makrofaagide-sisest tapmist. Diagnostika: Kliinilisteks markeriteks on TNFα, IFNγ, IL-12, IL-1. Kui süstida TNFα põletikukoldesse (kuhu eelnevalt
annaabi.ee 
