Vajad kellegagi rääkida?
Küsi julgelt abi LasteAbi
Ukraina abi Ukraina kaitse vajab abi. Tee annetus täna! Aita Ukrainat Sulge
Add link

Kategooria genoomika ja proteoomika - 12 õppematerjali

Bioloogia >> Genoomika ja proteoomika
3
docx

Mis on ja mida uurib genoomika

Mis on ja mida uurib genoomika Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomi kaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika),Geenide identifitseerimise, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemid jne. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud)"Sussmann, 2006. "Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni." Smit 2006. 3. Genoomika suundumused ja probleemid Paradigmade muut on viinud genoomika: 1. Strukturaalsetest uuringutest funktsionaalsetele. 2.Geenikaardi põhiselt geenide tuvastamisest järjestuspõhilisele. 3.Haiguste etioloogia (põhjusest) uuringutest patogeneesi uurimisele (mehhan...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
49 allalaadimist
0
docx

Valke kodeerivate geenide omadused ja funktsioonid

...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
14 allalaadimist
1
docx

Geenid ja nende klassid

snoRNA, snRNA, miRNA, rRNA, tRNA, AntisenseRNA. rRNA geenid-Inimesel umbes 700-800 rRNA geeni(16S ja 23S ribosomaalse rRNA ja 28S, 5.8S, 5S ning 18S tsütoplasmaatilise rRNA geeni), mis on organiseeritud 44 kb pikkuste tandeemsete klastritena. 28S, 5.8S ja18S rRNA geenid sünteesitakse ühe transkriptsiooniühikuna, mis koosneb viiest klastrist. Igas klastris on 20-30 tandemkordust (kromosoomide 13, 14, 15, 21 ja 22 p õlgades). 5SrRNA paikneb 1q41-42. Samuti tandeemselt organiseeritud. Vähemalt 200-300 geeni. Esineb palju seotud pseudogeene, vähemalt 3000 5SRNA puhul. tRNA geenid- Umbes 500 tRNA geeni ja arvukalt pseudogeene (324) vähem tsütoplasmaatilisi tRNA geene (497) kui C.elegans(584). Jaotatakse 49 perekonda vastavalt antikoodoni spetsiifikale (kolmanda aluspaari kõdumine!). Geenid kõikides kromosoomides v.a. 22 ja Y. Paiknevad klastrite...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
22 allalaadimist
1
docx

Pseudogeenid ja geenifragmendid

Pseudogeenid ja geenifragmendid Geeniperekondadesse kuuluvad sageli defektsed geenikoopiad (pseudogeenid), sisaldades tervet kodeerivat järjestust või selle osi ehk geenifragmente (puuduvad 3` või 5`otsad). Kanal 51, inimesel 19000 pseudogeeni, arvukalt tsentromeersetes piirkondades! Protsessimata pseudogeenid on tekkinud genoomse DNA tasemel duplikatsioonide tagajärjel, fragmenteeritud geenide osad aga ebavõrdse ristsiirde või õdekromatiidide vahetuse kaudu. Protsesseeritud pseudogeenid ja retrogeenid tulenevad RNA transkriptide pöördtranskriptsioonist (LINE-1 elemendid) ja integratsioonist genoomi. Protsesseeritud pseudogeenid sisaldavad funktsionaalse geeni eksoneid ja omavad tavaliselt ühes otsas oligo (dA)/(dT) järjestusi. Tekkinud retrotranspositsiooni tagajärjel cDNA-dest (üle 2000 ribosomaalse valgu protsesseeritud pseudogeeni). Tavaliselt ei ekspresseeru. Ekspresseeritud protsesseeritud geenid ehk retrogeenid on samuti tekkinud retro...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
18 allalaadimist
13
doc

Genoomika kursuse kordamispunktid vastatud

Mis on ja mida uurib genoomika? Genoomika - teadus genoomide ehitusest. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud). Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis, vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni. GENes and chromosOMEs (kromosoomide täielik kogu koos neis sisalduvate geenidega). Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomikaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika), Geenide identifitseerimisega, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemidega jne. 3. Genoomika suundumused ja probleemid. Post-genoomika e. modulaarne bioloogia: Genoomide tasemel - Molekulaarne fü...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
72 allalaadimist
12
doc

Praktiline töö - SDS-PAGE PROTEOOMIKA

2 SDS-PAGE Protokoll Koostaja: XXXXXX Juhendajad: Katrina Laks, Merlin Friedemann Tallinn, 2015.a Teoreetiline osa. Elektroforees on makromolekulide eraldamine elektrivälja toimel. SDS-PAGE (naatrium- dodetsüül sulfaat polüakrüülamiid geel elektroforees) on laialdaselt kasutatav valkude elektroforeetilise eraldamise meetod, kus valkude denatureerimiseks kasutatakse SDS-i. SDS (ka laurüül sulfaat) on anioonne detergent, mis seostub valgumolekulidega ja annab molekulidele negatiivse kogulaengu ning elektriväljas liiguvad nad anoodile (positiivselt laetud elektrood). Polüakrüülamiid geel piirab molekulide migreerumiskiirust, kusjuures väiksemad molekulid liiguvad kiiremini, kui suuremad molekulid. Kuna massi ja laengu suhe on erinevatel SDS- denatureeritud polüpeptiididel peaaegu sama, toimub erinevate valkude eraldamine polüpeptiidide molekulmasside alusel. SDS-PAGE abil valkude eraldamis...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
32 allalaadimist
2
docx

Geeniperekonnad

Geeniperekonnad Klassifikatsioon geeniperekondadesse toimub DNA järjestuse homoloogia alusel: *Paljud polüpeptiidide ja ka mittekodeeriva RNA geenid koonduvad DNA järjestusel põhinevatesse geeniperekondadesse, mis omavad suurt perekonnasisest järjestushomoloogiat. Paljud perekonna liikmed võivad olla mittefunktsionaalsed s.t. pseudogeenid ja geenide fragmendid. *Klassikalised geeniperekonnad on järjestuselt väga sarnased ja tekkinud peamiselt duplikatsioonide tagajärjel (histoonid, globiinid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud domäänide osas (transkriptsioonifaktorid). *Mõnedes geeniperekondades esineb homoloogia vaid teatavate konserveerunud lõikude osas (sarnaseid lõhikesi motiive omavad geeniproduktid)(DEAD box, WD kordus). *Mõned evolutsiooniliselt kauged geeniperekonnad liigitatakse superperekondadesse (produktid strukturaalselt ja/või funktsionaalselt kaudselt seotud...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
32 allalaadimist
7
docx

Valgu kontsentratsiooni määramine Bradfordi meetodil

Tallinna Tehnikaülikool Protokoll Valgu kontsentratsiooni määramine Bradfordi meetodil Tallinn 2012 Spektrofotomeetria põhialused. Valguse neeldumine keskkonnas on kirjeldatav järgmise skeemiga: , kus I0 - pealelangenud kiirguse intensiivsus; d - valgust neelava kihi paksus; I1 - paksusega d neelava kihi läbinud kiirguse intensiivsus. Valguse neeldumise mõõtmiseks kasutatakse kahte erinevat, kuid omavahel seotud parameetrit: 1. T - Läbilaskvus (transmittance) , mida väljendatakse protsentides. I T= I0 2. A - Absorbtsioon (absorbance), mis on seotud I ja I0­ga ning T-ga järgmiselt: I0 A = log = - log T...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
49 allalaadimist
1
docx

Farmokogeneetika ajalugu

Lõi inimese keemilise individuaalsuse kontseptsiooni. *Farmakogeneetika (FG) -1958 a. Vogel farmakogenoomika -1998 a. *FG uurib geneetilisi variatsioone, mis on seotud organismide vastustega ravimitele. *FG võimaldab leida ravimeid ja nende annuseid, mis on antud patsiendile antud diagnoosi puhul kõige optimaalsemad ning uusi effektiivsemaid ravimeid. *Isikustatud meditsiini kõige olulisem komponent.* A.L.Foxi tuvastas "maitsepimeduse", inimeste individuaalne võime tunda fenüültiokarbamiidi (PTC) kibedat maitset. *Esimene farmakogeneetiline uurimus L.H.Snyder poolt 800 perekonnas PTC tundlikuse osas. Tuvastas autosomaal-retsessiivse pärandumise. Põhjuslikus siiani teadmata! *A.Alving II MS ­10% afro-ameeriklastest akuutne hemolüütiline kriis pärast antimalaaria ravimi (primaquiin) manustamist. Defitsiit glükoos 6-fosfaadi dehüdrogenaasis (G6PD). Samal põhjusel ka haigus favism. X- kr...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
20 allalaadimist
2
docx

Eukarüootsete organismide genoomiprojektid

, 14 Mb, 16 kromosoomi, lisaks plasmiidid ja dsRNA viirused). Umbes 6340 geeni, 7% kodeerib mittetransleeritud RNA-d. Valke kodeerivaid ORF-e 5773 (25% nendest iseloomustamata). Geenide pikkus ca. 1.5 kb. Geenide kaugus ca 2 kb. Genoom väga kompaktne. Kromosoomides funktsionaalsed elemendid ARS, TEL, CEN. 2002 a. Schizosaccharomyces pombe­käärituspärm, genoom. 13.8 Mb. 4940 valke kodeerivat geeni e. 57% genoomist. Sarrnasem kõrgemate eukarüootidega kui S.cerevisiae. *Erinevused intronite arvus (S.cerevisiae275 e. 5%, S.pombe43%), transposonite arvus (S.cerevisiaearvukalt, S.pombevaid mõned) Protozoa: *Esimene sekveneeritud eukarüootne parasiit Plasmodium falsiparum2002 a. (samal aastal P.yoelii yoelii, näriliste parasiit). Genoomi suurus 23 Mb, 14 kromosoomi, umbes 5300 geeni. Geenid...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
19 allalaadimist
1
docx

Inimese genoomprojekt

1956 a. esimene inimgenoomi füüsikaline kaart 1977 a.Sanger: dideoksü sekveneerimise metoodika 1980 a. Botstein: geneetiline kaart RFLP-de alusel 1981 a. Sanger: mitokondriaalse genoomi järjestus 1987 a. USA DoE initsiatiiv inimgenoomi uurimiseks 1988 a. USA NIH loob National Center of Human Genome Research, paralleelselt luuakse HUGO 1990 a. algab HGP 1992 a. Weissenbach: esimene mikrosatelliitidel põhinev geenide aheldatuse kaart 1995 a. Lander: esimene STS põhinev aheldatuse kaart 1999 a. Sanger Center: esimene inimkromosoomi (22) täielik järjestus 2001 a. 90% inimgenoomist sekveneeritud (Celera ja HGSC) 2003 a. inimgenoom on 99% ulatuses sekveneeritud Esmane eesmärk, saada informatsiooni inimese geneetilise pärandi kohta, mis omakorda aitab selgitada erinevate geenide osa ontogeneesis ja patoloogiate tekkes. Projekt algselt planeeritud 15 aastaks, lõpetatud 2 aastat varem! Lis...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
16 allalaadimist
1
docx

Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA

Sõltuvalt blokkide suurusest jaotatakse kolmeks alamklassiks: 1) Satelliit DNA 2)Minisatelliit DNA. 3)Mikrosatelliit DNA 1)Satelliit DNA: koosneb väga pikkadest tandeemsetest DNA korduvjärjestustest, mis võivad olla lihtsad ja keskmiselt keerulised.*Moodustab peamise osa heterokromatiinist ning paikneb peamiselt peritsentromeerselt. Esineb kolme tüüpi I, II, III, mida saab eraldada tiheduses gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks. *Eraldi klass alpha satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait) 2)Minisatelliit DNA: *Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused. *Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritud <100...

Genoomika ja proteoomika - Tallinna Tehnikaülikool
24 allalaadimist


Registreeri ja saadame uutele kasutajatele
faili e-mailile TASUTA

Konto olemas? Logi sisse

Sellel veebilehel kasutatakse küpsiseid. Kasutamist jätkates nõustute küpsiste ja veebilehe üldtingimustega Nõustun