1. Mis on nukleiinhapped? Kuidas jaotuvad (lühend koos täieliku nimetusega)? 2. Millest nukleiinhapped koosnevad? 3. Nimetage DNA ja RNA koostises olevad lämmastikalused. Tehke joonised valemitest. 4. Mis on nukleosiidid? Nimetage need ja tehke joonised. 5. Mille poolest erinevad nukleotiidid nukleosiididest? 6. Kuidas toimub organismides nukleiinhapete süntees? Lämmastikaluste komplementaarsus? 7. Kirjeldage nukleiinhapete- DNA ja RNA primaar- ja sekundaarstruktuure. Mille poolest erineb RNA sekundaarstruktuur DNA sekundaarstruktuurist? 8. Mis on DNA- polümeraas, RNA- polümeraas, nukleaasid? Kuidas on need seotud nukleiinhapetega? 9. DNA ülesanded organismis? 10. RNA molekulide jaotus ja nende ülesanded organismis? 11. Millised tegurid võivad denatureerida DNA-d? Mis võivad olla tagajärgedeks? 12. Mis on ,,DNA analüüs" ja mis eesmärkidel seda kasutatakse? VASTUSED 1
RNA funktsionaalne ja struktuurne erinevus DNAga võrreldes baseerub kahel olulisel detailil: 1. RNA struktuuri kuulub riboos ja mitte desoksüriboos 2. RNA struktuuri kuulub lämmastikalus uratsiil ja mitte tümiin Lisa OH rühm suhkru koosseisus muudab RNA hüdrolüüsi suhtes tunduvalt labiilsemaks RNA molekul koosneb alati ühest kovalentselt seotud ahelast RNA ei moodusta pikka lineaarset kaksikheeliksi struktuuri RNA molekulid moodustavad sekundaarstruktuure voltudes iseendaga Kirjeldatud on mitmesugused sekundaarstruktuuri elemendid Juuksenõela (hairpin) struktuur Parempoolne kaksikheeliks Sisemised aasad ja paunad katkestavad sageli pideva kaksikheeliksi tRNA struktuur tRNA molekulid on 7493 nukleotiidi pikkused tRNAd funktsioneerivad kui aktiveeritud aminohapete kandjad valgu biosünteesis Iga aminohappe kohta on vähemalt üks vastav tRNA tRNA struktuuri kuulub palju modifitseeritud nukleotiide
Ahelas on omavahel seotud kindlad nukleotiidid, seda nim. komplementaarsuse printsiibiks. Ahel on lühike ja primaarstruktuuriga, teatud Koosneb kahest omavahel seotud ülesannet täitvad RNA molekulid primaarsest ahelast, mis on võivad moodustada keerdunud biheeliksiks. A=T, G=C. sekundaarstruktuure kokku keerdumise tulemusena. A=U, G=C. Molekule sünteesitakse pidevalt DNA ahel on võimeline raku tuumas oleva päriliku info kahekordistuma, st. algsest ahelast Talitlemin (DNA) alusel juurde ja neid moodustub 2 identset DNA
Esineb DNA-RNA interaktsioonide korral. B-vorm: paremakäeline, pikem ja peenem 3,32 Å, 10 bp pöörde kohta. Tavaline. Olulisim omadus on võime painduda piki telge, kui DNA komplekseerub valkudega. Z-vorm: vasakukäeline, pikim ja peenim 3,8 Å, 12 bp pöörde kohta. Sellise vormi annavad lühikesed ahelad ja alternatiivsed nukleotiidid. (Kolmeaheliline struktuur). Teatud nukleotiidide järjestused põhjustavad DNA ebaharilikke sekundaarstruktuure: Painded: tekivad enam kui nelja järjestikuse A esinemisel DNA ahelas. Ristikujulised ja juuksenõelstruktuurid tekivad palindroomsete järjestuste esinemise korral (palindroomseteks nim kaheahelalise DNA järjestuselõike, kus esineb kahekordnse sümmeetriaga pöördkordused). Superspiraalid. DNA kaksikheeliks on keerdunud ümber imaginaarse toroidi, ümber iseenda või asetsevad pikas lineaarses ahelas
5. Selgitage geeniregulatsiooni mehhanisme, mida võimaldab transkriptsiooni ja translatsiooni samaaegne toimumine bakterirakus? Transkriptsiooni regulatsioon Parasjagu sünteesitavalt mRNA-lt algab kohe ka translatsioon. Nende kahe protsessi praktiliselt samaaegne toimumine võimaldab reguleerida transkriptsiooni termineerumist transkriptsiooni ja translatsiooni elongatsiooni kiiruste kaudu. Regulatsioon toimub spetsiifilistelt liiderjärjestustelt, millel on potentsiaal moodustada RNA sekundaarstruktuure ning sellesse ei ole kaasatud regulaatorvalke. Transkriptsiooni attenuatsioonil osalevad nii rho-sõltuvad kui ka rho-sõltumatud terminaatorid. Regulatsiooni transkriptsiooni attenuatsiooni kaudu on kirjeldatud näiteks aminohapete biosünteesi operonidel, pürimidiini biosünteesi operonil, aminoatsüül tRNA süntetaasi operonil ja trüptofaani degradatsiooni operonil. Pürimidiini biosünteesi operonid Pürimidiini biosünteesi kodeeriv pyrB1 operon kodeerib liiderpeptiidi
nukelotiididest, ja alternatiivsed nukleotiidid. Kolmeaheliline struktuur: Hoogstein paardumine on komplementaarne Toimub , kui homopürimidiinahel paikneb Watson-Crick paardunud kaksikahelalise DNA suures vaos. Sellisel juhul tekib kolmikheeliks. Selle tekke eelduseks on homopuriin-homopürimidiin paardunud kaksikheeliks, kus kolmanda ahela tümiin seondub A-T paardunud osaga või tsütosiin seondub G-C paardunud osaga Teatud nukleotiidide järjestused põhjustavad DNA ebaharilikke sekundaarstruktuure: Painded: tekivad enam kui nelja järjestikuse A esinemisel DNA ahelas. Ristikujulised ja juuksenõelstruktuurid tekivad palindroomsete järjestuste esinemise korral (palindroomseteks nim kaheahelalise DNA järjestuselõike, kus esineb kahekordnse sümmeetriaga pöördkordused). Superspiraalid. DNA kaksikheeliks on keerdunud ümber imaginaarse toroidi, ümber iseenda või asetsevad pikas lineaarses ahelas. Ensüümid
Ribosoomi RNAde uurimine on näidanud, et nende roll valgusünteesil ei ole kindlasti mitte ainult struktuurne, vaid et nad osalevad ka reaalses katalüüsis – näiteks peptiidsideme sünteesis. Ribosoomi aktiivtsentris (P- ja A-sait) sisuliselt valke pole ja peptiidsideme sünteesi kahe aminohappe vahele katalüüsib RNA mitte valk!. NB! Erinevalt DNAst, on RNA-l ka fenotüüp. Ta moodustab järjestusest sõltuvalt Mikrobioloogia sekundaarstruktuure I 2017 (linge jne). Selline ruumiline (3D) molekul saab spetsiifiliselt seostuda teiste RNA elu hüpotees 1) Abiootiliselt sünteesitakse ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid (proteinoidid); 2) Isereplitseeruv RNA (RNA kopeerib end ise); 3) Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes; 4) Lihtsad rakud, kus RNA on nii kodeerivaks kui ka katalüüsivaks molekuliks;
49. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. (attenuation nõrgenemine) Attenuaator mängib olulist regulatoorset rolli prokarüootsetes rakkudes, kuna neis puudub tuum. Attenuaator viitab spetsiifilisele regulatoorsele järjestusele, mis transkribeeritult RNAsse moodustab hairpin struktuure, et peatada transkriptsioon kui kindlad tingimused pole täidetud. Ntks: trp operoni liiderjärjestus on võimeline moodustama alternatiivseid sekundaarstruktuure. Kui omavahel paarduvad nukleotiidid regioonidest 1 ja 2 ning 3 ja 4, moodustuvad sekundaarstruktuurid, mis termineerivad transkriptsiooni, kui aga omavahel paarduvad nukleotiidid regioonidest 2 ja 3, on terminatsiooni põhjustavate juuksenõelastruktuuride moodustumine takistatud ning transkriptsioon jätkub. 50. Seleta lühidalt antiterminatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid.
Transkriptsiooni attenuatsioon Bakteritel on transkriptsioon ja translatsioon omavahel väga tihedalt seotud: parasjagu sünteesitavalt mRNA-lt algab kohe ka translatsioon. Nende kahe protsessi praktiliselt samaaegne toimumine võimaldab reguleerida transkriptsiooni termineerumist transkriptsiooni ja translatsiooni elongatsiooni kiiruste kaudu. Regulatsioon toimub spetsiifilistelt liiderjärjestustelt, millel on potentsiaal moodustada RNA sekundaarstruktuure ning sellesse ei ole kaasatud regulaatorvalke. Transkriptsiooni attenuatsioonil osalevad nii rho-sõltuvad kui ka rho-sõltumatud terminaatorid. Regulatsiooni transkriptsiooni attenuatsiooni kaudu on kirjeldatud näiteks aminohapete biosünteesi operonidel, pürimidiini biosünteesi operonil, aminoatsüül tRNA süntetaasi operonil ja trüptofaani degradatsiooni operonil. Aminohapete biosünteesi operonid
terminatsioonisignaali. Seejärel transkriptsioonikompleks dissotseerub. Transkriptsiooni termineerivad signaalid on kas Rho valgust sõltuvad või sõltumatud. Rho-sõltumatud terminaatorid sisaldavad G:C-rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A:T paari (A nukleotiidid asuvad matriitsahelas). Üksikahelaline RNA moodustab molekulisiseselt kergesti sekundaarstruktuure (omavahel paarduvad komplementaarsed üksikahelalised alad). Selline paardumine toimub ka terminatsioonisignaali sisaldavate G:C-rikaste piirkondade vahel parasjagu sünteesitavas RNA molekulis. Moodustunud sekundaarstruktuur kutsub esile RNA polümeraasi peatumise. Kui vahetult peale sellist sekundaarstruktuuri asub RNA molekulis pikk U-nukleotiididest koosnev järjestus, soodustab see RNA
IBDV genoom: Segment A (3261 bp) sisaldab 5'-NTR (96 b) ja 3'-NTR (96 b) järjestusi. Segment B sisaldab 5'-NTR (111 b) ja 3'-NTR (182 b) järjestusi. Segmentide 5'-NTR järjestused on omavahel homoloogsed (eriti suur on homoloogia on 32 5'- terminaalset nukleotiidi vahel), 3'-NTR-id aga mitte. Peale selle kujutavad mõlema segmendi terminaalsed järjestused endast inverteeritud korduvjärjestusi. Need terminaalsed struktuurid võivad moodustada sekundaarstruktuure, mis on olulised viiruse genoomi replitseerumiseks ja pakkimiseks. Segmendi A kodeeriv ala sisaldab erinevates faasides kahte osaliselt kattuvat ORF-i. Pikk ORF1 kodeerib 110 kDa polüproteiini. Valmis valkude järjekord polüproteiinis on (N-terminusest alates) VP2-VP4-VP3. ORF2 kodeerib VP5 valku (17 kDa). VP5 on mittestruktuurne valk, mis pole viiruse replikatsiooniks absoluutselt vajalik. Segmendi B kodeeriv ala sisaldab ühte lugemisraami, mis kodeerib VP1 valku. VP1 on dsRNA
kasvava RNA ahela seondumine RNA polümeraasiga. Terminatsioon - RNA ahela süntees lõpeb siis, kui RNA polümeraas kohtab terminatsioonisignaali. Seejärel transkriptsioonikompleks dissotseerub. Transkriptsiooni termineerivad signaalid on kas Rho valgust () sõltuvad või sõltumatud. Rho-sõltumatud terminaatorid sisaldavad G:C-rikast regiooni, millele järgneb 6 või enam A:T paari. Üksikahelaline RNA moodustab molekulisiseselt kergesti sekundaarstruktuure (omavahel paarduvad komplementaarsed üksikahelalised alad). Selline paardumine toimub ka terminatsioonisignaali sisaldavate G:C-rikaste piirkondade vahel parasjagu sünteesitavas RNA molekulis. Moodustunud sekundaarstruktuur kutsub esile RNA polümeraasi peatumise. Rho valgust sõltuva transkriptsiooni korral (nagu see toimub rRNA sünteesi puhul) on terminatsioonijärjestused (samuti G:Crikkad, RNA ahelas enamasti C-nukleotiidid) pikemad. Sel juhul seondub Rho valk kasvava RNA
32. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Segmenteerituse all mõeldakse seda, et DNAs on intronid ja eksonid, eksonite geneetiline materjal jõuab valgu kujule, intronid lõigatakse RNAst splaissingu käigus välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)? Nimetage selle kursuse raames käsitletud funktsioone/organelle/ensüümikomplekse, kus RNA on osaline. RNA aitab moodustada sekundaarstruktuure, transportida valke ER-i, osalevad X kromosoomi inaktivatsioonil ja telomeeride sünteesis. rRNA ribosoomide struktuuriüksus, katalüüsib valkude sünteesi tRNA transpordib RNA ribosoomile. snRNA osaleb splaissingus siRNA võimelised geeniekspressiooni välja lülitama. 34. Kui suure osa inimese genoomist moodustavad valke kodeerivad järjestused ehk eksonid? Mis on pseudogeen? Eksonid moodustavad 1,5%. Pseudogeen on introniteta ja promootoriteta, ei ekspresseeru
Tähtsad on ka faktorite omavahelised interaktsioonid. Eukarüootsed initsiatsioonifaktorid on: eIF1, eIF2, eIF3, eIF4, eIF5 ja eIF6. eIF1 ja eIF3 takistavad väikese subühiku ühinemist suure subühikuga ning on seotud 40S subühikuga. eIF2 on sarnane prokarüootse IF2-ga, ta osaleb initsiaator-tRNA sidumisel 40S subühiku P- saiti ning GTP energiat kasutades dissotseerub koos eIF1 ja eIF3-ga, et subühikud saaksid ühineda. eIF4 on RNA helikaas, mis vähendab mRNA sekundaarstruktuure, et väiksel subühikul oleks võimalik seonduda. eIF5 on kofaktor subühikute ühinemisel. eIF6, nagu eIF3, takistab subühikute ühinemist, kuid seondub 60S külge. mRNA 5'otsas on seondumiskohad, kuhu vastavate valguliste faktorite olemasolul seondub 40S subühik. Kuna mRNA seondumine võtab aega, on 40S seotud eIF-3ga, mis takistab 60S subühiku ühinemist 40S-ga. Järgmisena seondub väikse subühikuga initsiaator-tRNA, mille ühinemine on sarnane
koos. A = T (nende vahel 2 besinik sidet) G C (3 vesinik sidet, pole joonistatud mul) d) Antiparalleelsus, naaber ahelates keemiliste sidemete suun vastupidine. · RNA struktuur kujutab molekuli,kus üksikahelased lõigud asenduvad kaksikahelate piirkondadega. a) komplementaarsus. AU / GC b) Vesiniksidemed saab üle kanda. A = U / G C ( kolmikside nende vahel) Sekundaarstruktuure hoivad koos vesiniksidemed. 3. Kolmandane struktuur Nukleiinhappe seostub valkudega ja see seos põhineb ioonsidemetel +, - laengutel. Nukleiin happed annavad fosforhappele laengu ja valgud annavad + laengu. · DNA puhul näiteks kromosoomid, kromosoomides on DNA siduvaks valguks histoonid( neid on 5 tüüpi). Histoon valkude ülesanded: a) vähendada Dna molekule b) kaitsta DNA-d: kiirguste katkemise eest
32. Mida mõeldakse eukarüoodi geenide segmenteerituse all ning mis toimub splaissingu käigus? Segmenteerituse all mõeldakse seda, et DNAs on intronid ja eksonid, eksonite geneetiline materjal jõuab valgu kujule, intronid lõigatakse RNAst splaissingu käigus välja. 33. Milliseid ülesandeid võib täita rakus RNA (mRNA-d mitte arvestades)? Nimetage selle kursuse raames käsitletud funktsioone/organelle/ensüümikomplekse, kus RNA on osaline. RNA aitab moodustada sekundaarstruktuure, transportida valke ER-i, osalevad X kromosoomi inaktivatsioonil ja telomeeride sünteesis. rRNA ribosoomide struktuuriüksus, katalüüsib valkude sünteesi tRNA- transpordib RNA ribosoomile. snRNA osaleb splaissingus siRNA võimelised geeniekspressiooni välja lülitama. 34. Kui suure osa inimese genoomist moodustavad valke kodeerivad järjestused ehk eksonid? Mis on pseudogeen? Eksonid moodustavad 1,5% Pseudogeen on introniteta ja promootoriteta, ei ekspresseeru
Z-DNA tekkimist soodustavad tsütosiini metüleerimine ning DNA negatiivne superspiralisatsioon. Arvatakse, et üks Z- DNA bioloogilisi rolle võib olla seotud transkriptsiooniga. 5. Nukleiinhapete primaar- sekundaar- ja tertsiaarstruktuurid. Kui nukleotiidid on omavahel ühendatud DNA või RNA ahelaks, on tegemist DNA või RNA primaarstruktuuriga. Sekundaarstruktuur tekib siis, kui kaks polünukleotiidahelat moodustavad kaksikheeliksi. Sekundaarstruktuure moodustab ka RNA. Rakkudes on DNA seotud erinevate valkudega, mille tulemusena DNA kaksikheeliks on volditud ja painutatud 3-mõõtmelisse struktuuri, mida nimetatakse DNA tertsiaarstruktuuriks. Tertsiaarstruktuure on kirjeldatud ka RNA puhul. KROMOSOOMI STRUKTUUR 1. Bakterikromosoomi struktuur. Nii nagu viirustel, on ka bakteritel kogu geneetiline informatsioon ühes kromosoomis. Bakterikromosoom on
coli trp operonis. Uuring oli suunatud kahele faktile mutatsioonid, mis lõid välja trp repressori ei olnudki täielikult trüptofaaniga represseeritud, trp operoni alusjärjestus oli ebatavaline ORF, mis eelnes tuntud trüptofaani biosünteesivate ensüümide struktuursete geenide ORF- idele. Esmalt leiti, et ORF koosneb kahest tandem Trp koodonist, teiseks, et mRNA-l koosnes selles alas kahe grupilisest sümmeetriast, mis võimaldas moodustada tal eksklusiivseid sekundaarstruktuure, millest üks meenudas rho-sõltuvat transkriptsiooni terminatsiooni signaali ja teine kaitseks esimese formeerumise eest ja seeläbi ka terminatsiooni eest (pre-emptor struktuur) Attenuatsiooni mehhanism: · RNAP initsieerib trp promootori transkriptsiooni · RNAP teeb pausi 90nda nukleotiidi juures sekundaarstruktuuris · Ribosoomid haaravad selle vastse mRNA kaasa ja initsieerivad põhivalgu translatsioni
Nanokerad suudavad kasvada kui monomeere (peptiide) juurde lisada ning nad suudavad jaguneda Liposoom+proteinoidid (lase kuivada) (proteinoidid lähevad liposoomikihtide vahele) + lisa vett (liposoomikihid kokku) = ÜRGRAKK Esimine pärilikkuse kandja- RNA 3 RNA võib sünteesida ka peptiidsidemeid RNA-l on fenotüüp, DNA-l ei ole RNA suudab järjestusest sõltuvalt moodustada sekundaarstruktuure RNA elu hüpotees 1. Abiootiliselt sünteesitud ribonukleotiididest RNA ahelad ja aminohapetest peptiidid 2. Isereplitseeruv RNA 3. Isereplitseeruv RNA lipiidse või peptiidse membraaniga kerakestes 4. Lihtsad rakud, RNA on kodeeriv kui ka katalüüsiv molekul 5. Sünteesitud valgud võtavad üle RNA katalüütilised rollid 6. DNA evolutsioon RNAst 7. Kaasaegne rakk Orgaanilised komponendid kosmosest? (panspermia) 1000d meteoriidid ja komeeded tõid kaasa org
eRF (54 kDa dimeer). Põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Kuna eukarüootide valgusünteesi terminatsiooni on seni suhteliselt vähe uuritud, siis on tõenäoline, et on veel avastamata terminatsioonifaktoreid (näiteks prokarüootse RRF'i analoog). On leitud eukarüootseid mRNA-sid kus 5´cap-i ja valku kodeeriva lugemisraami vahel on tuhandeid nukleotiide. Need mRNA-d sisaldavad oma 5´-mittekodeerivas osas tugevaid RNA sekundaarstruktuure ja sageli ka kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. On teada, et nende mRNA-de sekundaarstruktuurid juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni lähedale. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuuri mRNA's kannab nime IRES (internal ribosome entry site). Sellist cap-st sõltumatut translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA-d (TBP, FGF2, IGF2, antennapedia,
aluspaarid: 5'-GCGCGCGCGCGC-3' 3'-CGCGCGCGCGCG-5' Z-DNA tekkimist soodustavad tsütosiini metüleerimine ning DNA negatiivne superspiralisatsioon. Arvatakse, et üks Z-DNA bioloogilisi rolle võib olla seotud transkriptsiooniga. Nukleiinhapete primaar- sekundaar- ja tertsiaarstruktuurid Kui nukleotiidid on omavahel ühendatud DNA või RNA ahelaks, on tegemist DNA või RNA primaarstruktuuriga. Sekundaarstruktuur tekib siis, kui kaks polünukleotiidahelat moodustavad kaksikheeliksi. Sekundaarstruktuure moodustab ka RNA. Rakkudes on DNA assotsieerunud erinevate valkudega, mille tulemusena DNA kaksikheeliks on volditud ja painutatud 3-mõõtmelisse struktuuri, mida nimetatakse DNA tertsiaarstruktuuriks. Tertsiaarstruktuure on kirjeldatud ka RNA puhul. DNA denaturatsioon ja renaturatsioon Kui vesilahuses olevat DNA-d kuumutada 100°C-ni, katkevad aluspaaridevahelised vesiniksidemed ja DNA ahelad eralduvad teineteisest. Sellist protsessi nimetatakse DNA denaturatsiooniks. Kui
aluspaarid: 5'-GCGCGCGCGCGC-3' 3'-CGCGCGCGCGCG-5' Z-DNA tekkimist soodustavad tsütosiini metüleerimine ning DNA negatiivne superspiralisatsioon. Arvatakse, et üks Z-DNA bioloogilisi rolle võib olla seotud transkriptsiooniga. Nukleiinhapete primaar- sekundaar- ja tertsiaarstruktuurid Kui nukleotiidid on omavahel ühendatud DNA või RNA ahelaks, on tegemist DNA või RNA primaarstruktuuriga. Sekundaarstruktuur tekib siis, kui kaks polünukleotiidahelat moodustavad kaksikheeliksi. Sekundaarstruktuure moodustab ka RNA. Rakkudes on DNA assotsieerunud erinevate valkudega, mille tulemusena DNA kaksikheeliks on volditud ja painutatud 3-mõõtmelisse struktuuri, mida nimetatakse DNA tertsiaarstruktuuriks. Tertsiaarstruktuure on kirjeldatud ka RNA puhul. DNA denaturatsioon ja renaturatsioon Kui vesilahuses olevat DNA-d kuumutada 100°C-ni, katkevad aluspaaridevahelised vesiniksidemed ja DNA ahelad eralduvad teineteisest. Sellist protsessi nimetatakse DNA denaturatsiooniks. Kui
initsiaatorpiirkond kaugel 5’ otsast. Siin ei toimu skaneerimine vaid sisemine initsatsioon. Oluline on mRNA ruumiline struktuur, mis määrab ära 40 subühiku seondumise saidi. üks universaalne terminatsioonifaktor: eRF – põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Paljudel eukarüootsetel mRNA-del on AUG koodon cap’ist kaugel (kuni 1000 nukleotiidi). Need mRNA-d sisaldavad 5’ mittekodeerivas osas tugevaid RNA 36 sekundaarstruktuure ja kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. Nad juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni juurde. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuur mRNA-s – IRES – internal ribosome entry site. Cap-sõltumatu translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA- d (TBP, FGF2, IGF2, antennapedia, ultrabithorax, eIF4G, BiP jt) ja viiruste mRNA-d. IRES on sisemine ribosoomi seondumiskoht
annaabi.ee 
