antiparalleelsed, komplementaarsed RNA: Primaarstruktuur: Nukleotiidijääkide hulk ja järjestus RNAs. Tekib sünteesijärgselt. Sekundaarstruktuur: Molekul, milles üksikahelalised lõigud vahelduvad kaksikahelaliste lõikudega. omavahel paarduvad (A ja U)(G ja C) 8. DNA-polümeraas sünteesib mõlema DNA ahelaga komplementaarsed uued DNA ahelad RNA-polümeraas sünteesib ühe DNA ahela lõiguga komplementaarse RNA molekuli Nukleaas - Ensüümid, mis katalüüsivad fosfodiestersideme hüdrolüüsi 9. Päriliku info säilitamine ning täpne ülekanne tütarrakkudele, mis on tekkinud raku jagunemise käigus 10. mRNA Info toimetamine tuumas olevatest kromosoomidest valgu sünteesi toimumiskohta tRNA Aminohapete transport valkude sünteesi toimumiskohta rRNA Kuulumine ribosoomi koostisesse, kus leiab aset valgusüntees 11. Kuumutamine 90-95 °C juures 12
puhul on saadud haiguse ülekandeid katseloomadele. Prioonvalgud on viirustest väiksemad ning väga vastupidavad. Erinevalt teistest haigustekitajatest ei hävi need tavalisel kuumutamisel, külmutamisel ega kuivatamisel, ka keetmine, formaliin, alkohol, nukleaas ning erinevad kiirgused ei suuda neid hävitada.Teadaolevat saab prioonvalku muuta mitteaktiivseks vaid kahel viisil: autoklaavi kasutades või hoides neid umbes tunni 5-protsendilises naatriumhüpokloriti (NaClO) lahuses. Inimestel on eristatud nelja prioonhaigust:
RNAst. Hüdrolüüsib NTPd ja dNTPd. Kasutatakse kloonimisel, et vältida korduvat ligeerimist (Aga seda raske väljalülitada, võib häirida ligeerimist). Võib kasutada ka dNTP lõhutamiseks PCR reaktsioonis, et valmistada DNA sekveneerimiseks või SNP analüüsiks. Rnaas H: Lõhustab heterodupleksis (RNA/DNA) olevat RNA. Tulemusena moodustub üheahelaline DNA. Nukleaas S1: Lõhustab üheahelalist DNA ja RNA, moodustades 5´fosforüülitud mono- ja oligonukleotiide. 5. Millised omadused peavad olema plasmiididl, et ta saaks toimida kui kloonimise vektor? Antibiootikume resistentsust kodeeriv geen (ampitsiliin või tetratsükliin Väike suurus Kloonimise site (MCS), koht kuhu viiakse järjestuse sisse (plasmiidi ala) Sisene inaktivatsioon (insertional inactivation) Alfa-komplimentaarsus
kasutades FACS-i Kaspaadid lõikavad valku peale aminohapet aspartaati (asp). Kaspaase on terve perekond ja nende iseloomulikuks omaduseks on see, et nad on ülispetsiifilised aspartaadi suhtes, selle aminohappe olemasolu on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. Kaspaaside kaskaadi käivitumisel toimub rakustruktuuride süstemaatiline purustamine, sündmused toimuvad kindlas järjekorras ja ette-ennustatavalt. Rakk purustatakse kiiresti, 30-60 minuti jooksul. 11. Milliste avastuste eest said Nobeli preemia 2002.a. Sydney Brenner ja H. Robert Horvitz? Avastuste eest, mis puudutavad organite arengu ja programmeeritud surma geneetilist
Seda nähtust kirjeldati esmalt faag lambda ja P2 puhul. W. Arber leidis, et T4 paljunemine on osades E. coli tüvedes restrikteeritud (piiratud). Rakus on olemas metülaasid, mis modifitseerivad nukleotiide spetsiifiliselt restriktaaside poolt äratuntavatest 4 - 6 bp pikkustest DNA järjestustest. Metüleerimata DNA on substraadiks restriktaasidele, mis lõikavad DNA kleepuvate või tömpide otstega fragmentideks. Edasise degradatsiooni viib läbi rakuline nukleaas ExoV. Restriktsiooni- modifikatsioonisüsteemi bioloogiliseks funktsiooniks on võõra DNA degradatsioon (raku enda DNA on spetsiifiliselt samade restriktaaside äratundmissaitidest metüleeritud). Enamlevinud on klass I ja klass III restriktsiooni-modifikatsiooni süsteem. T-faagide DNA sisaldab hüdroksümetüültsütosiini (HMC) tsütosiini (C) asemel. Selline modifikatsioon kaitseb T4 faagi DNA-d T4 poolt kodeeritud endonukleaaside eest. Vahetult peale faagi infektsiooni ja faagi
Histoonide atsetülatsioon o Valgusünteesi komponendid eukarüoodil. Transkriptsioonilised RNA-d: mRNA, miRNA, rRNA, snRNA, tRNA. snRNA splaissingu funktsioon splaissosoomis. mRNA, rRNA, tRNA ribosoomide ja aminohapete osalus translatsioonil tsütoplasmas. miRNA regulatiivne funktsioon: Drosha on ensüüm, mis lõikab tuumas pre-miRNA-st välja kaksikahelalised RNA osad; Dicer on nukleaas, mis trimmib pre-miRNA-st miRNA; RICS on RNA indutseeritud translatsiooni vaigistav kompleks. Geeni struktuur o Prokarüootse geeni kodeeriv DNA-järjestus on pidev. o Eukarüootse geeni kodeeriv järjestus on katkestatud mittekodeerivate järjestustega (intronid). o Pro- ja eukarüoodi geeni kodeeriv järjestus ja vastav polüpeptiid on väga varieeruva suurusega. Kromosoomid
Kirjelda protsessi. Kaspaadid lõikavad valku peale aminohapet aspartaati (asp). Kaspaase on terve perekond ja nende iseloomulikuks omaduseks on see, et nad on ülispetsiifilised aspartaadi suhtes, selle aminohappe olemasolu on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. Kaspaaside kaskaadi käivitumisel toimub rakustruktuuride süstemaatiline purustamine, sündmused toimuvad kindlas järjekorras ja ette-ennustatavalt. Rakk purustatakse kiiresti, 30-60 minuti jooksul. Immunotsütokeemiliselt on võimalik detekteerida aktiveeritud kaspaase vastavate antikehadega
54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? · Nii toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise info ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil. Igatahes toimub DNA rõngasmolekuli replikatsioonil · Toimumine: Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestus-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus justkui veereks rõngalt maha. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil. 55. Molekulaarbioloogia põhidogma. · Geneetiline info liigub DNA-lt RNA-le (retroviirustel ka RNA-lt DNA-le) ning RNA-lt valgule. 56
Eukarüootidel on olemas telomerid. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Selle mudeli järgi replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid, võivad olla nii ühe kui ka kahe ahelalised. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha. Ülejäänud protsess sisuliselt sama mis tavalisel DNA replikatsioonil. 55. Molekulaarbioloogia põhidogma. Geneetiline info liigub DNA-lt RNA-le (transkriptsioon) ning RNA infost sünteesitakse valku (translatsioon)
DNA veereva ratta replikatsioon toimub järgmistel juhtudel: 1. Paljude viiruste genoomi replikatsioon 2. Geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil 3. Amfiibide oogeneesis ribosoomi-RNA geenide klastreid kandva kromosoomivälise DNA amplifikatsioonil. 32 Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus (See ots nagu "veereks" rõngalt maha). Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil 55. Molekulaarbioloogia põhidogma. Molekulaarbioloogia põhidogma seisneb geneetilise info edastamisel. Geneetiline info on salvestatud DNA nukleotiidses järjestuses. Geenide ekspressioon ehk avaldumine
telomeerid. Kui neid poleks, siis mahajääv ahel lüheneks pidevalt RNA praimeri kõrvaldamise tõttu mahajääv ahel on aga järgmises replikatsioonis matriits ning kromosoom lüheneks pidevalt. 54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikendamine algab vabast 3' OH-st ning 5' fosfaadiga lõppeva ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil uue ahela põhjal. Seda on kirjeldatud rõngaskromosoomide puhul: · Paljude viiruste genoomi replikatsioon · Geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil 55. Molekulaarbioloogia põhidogma.
Replikon on DNA segment, mille replikatsiooni kontrollitakse 1 replikatsiooni alguspunkti ja 2 termineeriva järjestuse poolt. 54)DNA replikatsiooni veereva ratta mudel.Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul on seda kirjeldatud? Veereva ratta mudeli alusel toimb paljude viiruste genoomi replikatsioon.Selle mudeli alusel replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid.Üks algsest DNA ahelast jääb rõngaks.Replikatsioon algab siis kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspinktis ühe katke DNA ahelasse.Ahela pikenemine toimub 3'OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. 55)Molekulaarbioloogia põhidogma. Geneetiline inf liigub DNA-lt <-> RNA-le(transkriptsioon) ja RNA-lt->valgule(translatsioon) 56)RNA tüübid mRNA- RNA molekul millelt toimub translatsioon(kodeerivad valke)vahendavad DNA nukleotiidses järjestuses salvestatud geneetilist infi translatsiooniaparaadile
53. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? 1. Paljude viiruste genoomi replikatsioon. 2. Geneetilise info ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil. 3. Ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3' otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil. 54. Molekulaarbioloogia põhidogma. Puudutab geneetilise info edastamise korda. Kõigepealt liigub see transkriptsiooni kaudu DNAlt RNA molekuli; info võib liikuda ka vastupidi (= RNAlt DNAle; nim revertaasiks)
54. DNA replikatsiooni veereva ratta mudel. Milliste DNA molekulide replikatsiooni puhul seda on kirjeldatud? Replitseeruvad rõngaskromosoomid. Paljude viiruste genoomi replikatsioon; geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil; ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3’-OH otsast ning 5’-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. Teine ahel sünteesitakse Okazaki fragmentide abil. 55. Molekulaarbioloogia põhidogma. Geneetiline informatsioon kandub põlvkonnast põlvkonda salvestatuna DNA nukleotiidses järjestuses. Transkriptsioon – geneetiline info kandub DNAlt RNAle
kirjeldatud? Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Selle mudeli alusel replitseeruvad tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha. Sünteesiproduktideks võivad olla pikad üksik-või kaksikahelalised DNA molekulid, milles võib lineaarsetes kordustes sisalduda mitu koopiat algsest DNA järjestusest. Kui sünteesitakse kaksikahelaline DNA, toimub teise ahela süntees Okazaki fragmentidena. 55
kromosoomi vaheline DNA-lõikude vahetuskoht, kus toimub ristsiire Sünaptonemaalne kompleks – sügoteenis moodustuv valguline struktuur, mis hoiab homoloogseid kromosoome omavahel koos Rekombinatiivne sõlm – Pahhüteenis homoloogsete kromosoomide konjugeerimisel sünaptonemaalsesse kompleks tekkiv multiensüümne kompleks, mis võimaldab kromosoomide ristsiirde Spo 11 valk – katkestab DNA ahela Mre11 nukleaas kompleks – lõikab DNA ahela lühemaks RecA moodi proteiin – katalüüsib ahela vahetuse Holliday kaksikühendused: ristsiirde käigus kaks kaheahelalist Dna molekuli eralduvad neljaks ahelaks, et omavahel segmente vahetada. 30. Geenikonversiooni ja ristsiirde erinevus Geenikonversiooni puhul toimub ainult lühikese osa DNA ülekanne ühest homoloogsest kromosoomist teise ja tihti muutub ainult osa geenist. → üks DNA annab enda info teisele, vastu ei saa midagi
RecBCD aitab võõrast DNA-d lagundada, taastada replikatsioonikahvel ja korraldada rekombinatsiooni. RuvA kõigi nelja DNA ahelaga sidumiseks oma piirkonnad olemas. Need piirkonnad on omavahelises orientatsioonis nii, et ühendus saab vabalt liikuda. Rekombinatsioon algab kaheahelalise katkega - Ruv A, Ruv B on b ensüümid. - 3 ensüümi ReBCD moodustavad DNA-l kompleksi ja, lagundavad kaheahelalisel DNA-l ühe ahela ära. - D;BC – üks on helikaas, ahel on katki, teine on nukleaas, mis lagundab. - X- sait – lambda järjestus – sellel kohal on krossingover väga sage. See jääb tekkiva üheahelalise DNA 3’ otsa. - seondub RecA – tekitab DNA-s RecA filamendi, katalüüsib ahela vahetust, algselt tekib kolmeahelaline DNA. RecA aitab üheahelalisele DNA-le homoloogilise koha, katalüüsib ahela vahetust (kulutab palju ATP-d). - Holliday puhul liigub 1 ristumiskoht, tegelikult liigub 2 ristumiskohta. - RuvA ja RuvB ühesuunalise liikumise tagabki ATP hüdrolüüs.
peale aminohapet aspartaati (asp). Kaspaase on terve perekond ja nende iseloomulikuks omaduseks on see, et nad on ülispetsiifilised aspartaadi suhtes, selle aminohappe olemasolu 14 on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. 12.)Kirjeldage mitokondritega seotud apoptoosi (Apaf valgud, tsütokroom c, Bcl valgud): Cyt c vabaneb, kui Bcl valgud ei takista kanali teket mitok membraani ja seostub Apaf valgug a, mis aktiveerib kaspaasid tekib nn apaptosoom. Kaspaaside kaskaadi aktiveerumine- Seesmine aktiveeriv rada (rakusisesed signaalmolekulid mis tekivad stressiolukorras, seotud
Peptidoglükaan, teihhoiinhapped aktiveerivad komplementi, põhjustavad põletikku: teihhoiinhape seostub fibronektiinile, on endotoksiinilaadne, pg tagab osmootse stabiilsuse, on leukotsüütide kemoatraktant, inh-b fagotsütoosi. Kihn (polüsahhariidne) on antifagotsütaarne. Rakuga seotud koagulaas tekitab fibriiniklombi, PMN ei pääse juurde, kokid agregeeruvad. Katalaas(+). Fibrinolüsiin lahustab fibriiniklombi levik organismis. Lipaas lõhustab rasunäärmete lipiide. Nukleaas. Beetalaktamaasid. Tsütotoksiinid lõhustavad vere vormelementide membraane. Eksfoliatiivne toksiin (epidermolüüs). Toksilise šoki sündroomi toksiin (TSST-1) ja superantigeen toksiline šokk. Enterotoksiin A-E, superantigeenid põhjustavad toidumürgistust (keetmisel ei lagune): vabastavad põletikumediaatoreid makrofaagidest, tugevdavad peristaltikat, vedeliku kadu. epidemioloogia. Kogu maailmas, sesoonsuseta. Resistentne kuivamisele, päiksele.
Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha. Sünteesiproduktideks võivad olla pikad üksik-või kaksikahelalised DNA molekulid, milles võib lineaarsetes kordustes sisalduda mitu koopiat algsest DNA järjestusest. Kui sünteesitakse kaksikahelaline DNA, toimub teise ahela süntees Okazaki fragmentidena
Veereva ratta mudeli alusel toimub paljude viiruste genoomi replikatsioon, geneetilise informatsiooni ülekanne rakust rakku bakterite konjugatsioonil ning ribosomaalse RNA ekstrakromosomaalne amplifikatsioon amfiibide oogeneesis. Nagu juba nimi vihjab, replitseeruvad selle mudeli alusel tsirkulaarsed DNA molekulid. Üks algse DNA ahelatest jääb rõngaks ja on matriitsiks sünteesitavale komplementaarsele DNA ahelale. Replikatsioon algab, kui järjestuse-spetsiifiline nukleaas tekitab replikatsiooni alguspunktis ühte DNA ahelasse katke. DNA ahela pikenemine algab vabast 3'-OH otsast ning 5'-fosfaadiga lõppev ahela ots eemaldub rõngast DNA sünteesi käigus. See ots nagu "veereks" rõngalt maha. Sünteesiproduktideks võivad olla pikad üksik-või kaksikahelalised DNA molekulid, milles võib lineaarsetes kordustes sisalduda mitu koopiat algsest DNA järjestusest. Kui sünteesitakse kaksikahelaline DNA, toimub teise ahela süntees Okazaki fragmentidena
annaabi.ee 
