eksonukleaaside eest), enne toimub 3' otsa lõikamine e. *transport tuumast tsütoplasmasse läbi pooride tänu mRNA polü A-sabale. 23. Nimeta keemilised reaktsioonid, mis on pre-mRNA splaisingu taga. Missugused on need 3 staadiumit, mida katalüüsib splaisosoom? a. Transesterfikatsioon - *branchpointi A 2'-OH ja introni 5'-otsa fosfaatrühma-vaheline 2'5'-fosfodiesterside*ligeeritakse 2 eksonit 3'5'-fosfodiestersidemega b. Vabaneb lasiaadistruktuuriline intron, mis lagundatakse kohe Rnaaside poolt. 24. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? a. U1, U2,U5U6U4 ja U1U4. 25. Mis on GT-AG reegel? a. Intron algab alati GT'ga ja lõppeb AG'ga. 26. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. a. Splaissingut teostab splaissosoom snRNP + pre-mRNA. b. *splaissosoom interakteerub pre-mRNA-ga ning moodustub
Mürisaat (14:0) 52 < staeraat (18:0) 69,1. Rasvade sulamistemperatuur sõltub ahela pikkusest ja kordsete sidemete arvust, st mida rohkem kordseid sidemeid, seda madalam sulamistemp või mida rohkem c'd, seda kõrgem sulamis temp. 10. Glütserofosfolipiidi molekuli amfipaatsed (amfifiilsed) omadused on tingitud C-1 ja C-2 juurde estersidemega seotud tema mittepolaarsetest rasvhappetest ja C-3 juurde fosfodiestersidemega seotud polaarsest alkoholist. Glütserofosfolipiidi summaarne laeng on negatiivne siis, kui fosfordoestersidemega on liitunud neg või 0 laenguga aminoalkohol (rühm) ja laenguta on siis, kui on liitunud pos laenguga aminoalkohol (rühm). 11. Seebistamine e leeliseline hüdrolüüs: CH2(arahhishape)CH(olehape)CH2(linoolhape) +NaOH -> glütserool + arahhishappe Na sool [CH3(CH2)18COO-Na+]+ olehappe Na sool + linoolhappe Na sool.
Teiste organellide membraanid (ER, Golgi kompleks, Mitokonder) tagavad nende organellide ja tsütosooli vahelise iseloomuliku keskkonnaerinevuse. 2. Membraanilipiidid, nende omadused ja erinevused. Membraanilipiidid: fosfolipiidid, glükolipiidid, steroidid (kolesterool). Bioloogilised membraanid koosnevad põhiliselt fosfolipiididest. Fosfoglütseriidid on glütserool-3-fosfaadi derivaadid, kus glütserooli jäägile on liidetud 2 rasvhappe jääki estersidemega ja üks fosfaatrühm fosfodiestersidemega. Sfingolipiidid on sfingosiini derivaadid, millele on lisatud rasvhappejääk. Sfingomüeliinid on tseramiinid, mille C-1 asendi hüdroksüülrühm on esterdatud fosforüülkoliini või fosforüületanoolamiiniga. Glükosfingolipiidid on tseramiidid, mille C-1 asendi hüdroksüülrühma juurde on -glükosiidsidemega seotud üks või enam suhkrujääki. Tsrebrosiidid sisaldavad monosahhariidi, gangliosiidid sisaldavad oligosahhariidi.
Vaha rasvhapete estrid. On vees lahustumatud. Omavad kaitsefunktsiooni (vaha kihiga on kaetud loomade nahk ja karv, taimede lehed, lindude suled). Karnaubavaha palmilehtedest poleerimisvahad; lanoliin lambavillast kosmeetika ja ravimid). 3. 3. Polaarsed lipiidid kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ja C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol (aminoalkoholid aminoetanool, trimetüülaminoetanool e koliin jt). Glütserofosfolipiidid. Kui esineb küllastamata rasvhape, siis on see teises asendis. Levinuimad esindajad: fosfatidüületanoolamiin, fosfatidüülseriin, Singosiin fosfatidüülglütserool, difosfatidüülglütserool, fosfatidüülnositool.
· kõrgem sulamistemperatuur kui 45°C · pärast sulamist suhteliselt madal viskoossus · vees lahustumatus · hüdrofoobsus ehk veetõrjuvus Päritolult saab vahasid liigitada taimseteks, loomseteks, fossiilseteks ja sünteetilisteks. Pika C-ahelaga alkoholide ja pika C-ahelaga rasvhapete estrid. c) glütserofosfolipiidid - e. fosfatiidid Polaarsed lipiidid, kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ning C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol. 8.Mis on nukleotiid? Joonistage pürimidiinnukleotiidi molekulstruktuur ja iseloomustage komponente ühendavaid sidemeid. Anda nukleotiidile nimetus ja sümbol. Nukleotiid on nukleiinhappe monomeerid. Nukleiinhappeid on kahte sorti DNA ja RNA, vastavalt sellele on ka desoksüribonukleotiidid ja ribonukleotiidid. 9.Tegurid, mis mõjutavad ensüümireaktsioonide kiirust. Graafilised sõltuvused. 10.Motoorsed valgud
· ei vaja solvatatsiooni · efektiivselt pakitav On head termoisolaatorid ja tekitavad organismis metaboolset vett. Vahad Pika C-ahelaga alkoholide ja pika C-ahelaga rasvhapete estrid. Vees lahustumatud ja omavad kaitsefunktsiooni. (Loomade nahk ja karv, taimede lehed ja lindude suled on kaetud vahakihiga.) Glütserofosfolipiidid Polaarsed lipiidid, kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ja C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol. Näiteks koliin ja letsitiin. Sfingolipiidid Struktuuri aluseks on sfingosiin ehk C-18 aminoolalkohol. · tseramiidid · sfingomüeliinid · glükosfingolipiidid Terpenoidid Ühendite rühm, mille molekulid koosnevad korduvatest C 5 ühenditest, mida võib vaadelda, kui isopreeni jääke. Limoneen, mentool, lükopeen, fütool Jagunevad: · monoterpenoidid · seskviterpenoidid · diterpenoidid · triterpenoidid · tetraterpenoidid Karotenoidid
pöördfaaskromatograafia, geelfiltratsioonkromatograafia. Geelelektroforeesi põhimõte – lahutamine poorses keskkonnas elektrivälja toimel. Kasutatavad polüakrüülamiid geel ja agaroos. Isoelektriline fokuseerimine. Biomolekulide detekteerimise meetodid geelis. Geel värvitakse valgu spetsiifilise värviga/spets antikehad. 11. Nukleotiidid Nukleiinhapped on biomakromolekulid, milles nukleotiidijäägid on seostunud fosfodiestersidemega. Inimkehas on kaks nukleiinhapet – DNA ja RNA. Nukleotiidid on nukleiinhapete monomeerid, rakus esinevad anioonidena, on happed. Nukleotiid koosneb lämmastikalusest (N-alustest, pentoosist ja ühest või enamast fosfaatrühmast: • N-aluseks on puriin voi pürimidiin • Pentoosiks on D-riboos voi 2-desoksü-D-riboos N-aluse ja pentoosi kompleks on nukleosiid. Nukleiin hapete monomeerid. Nukleotiidid on nukleosiidide (puriin- või
(1 aine liigub teiste suhtes, liikuma panev jõud- elekter). Kasutatavad polüakrüülamiid geel ja agaroos. Isoelektriline fokuseerimine. Biomolekulide detekteerimise meetodid geelis. Geel värvitakse valgu spetsiifilise värviga/spets antikehad. Geeli sisu peab olema aluseline, kõik valgud aluselises KK on neg. laenguga- ioonid liiguvad 11. Nukleotiidid Nukleiinhapped on biomakromolekulid, milles nukleotiidijäägid on seostunud fosfodiestersidemega. Inimkehas on kaks nukleiinhapet DNA ja RNA. Nukleotiid koosneb lämmastikalusest (N-alustest, pentoosist ja ühest või enamast fosfaatrühmast: · N-aluseks on puriin voi pürimidiin · Pentoosiks on D-riboos voi 2-desoksü-D-riboos N-aluse ja pentoosi kompleks on nukleosiid. Nukleotiidid on nukleiinhapete monomeerid, nukleosiidide (puriin- või pürimidiinaluse ja pentoosi kompleksid) mono-, di- või trifosfaatestrid (AMP, ADP, ATP). Riboosi
· Molekulaarne äratundmine: rakupinna polüsahhariidid (glükoproteiinid, proteoglükaanid, lipopolüsahhariidid) Steroidid polütsükli-lised ühendid, sisaldavad 3 tsükloheksaani ja 1 tsüklopentaani tuuma ehk steraani skeletti. Kolesterool - levinuim steroid loomsetes organismides, kõikide loomsete steroidide lähteühend. Glütserofosfolipiidid e fosfatiidid - Polaarsed lipiidid, kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ja C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol. Triatsüülglütseroolid e rasvad on kolmealuselise alkoholi glütserooli ja kolme rasvhappe estrid. SPONTAANSELT FORMEERUVAD LIPIIDSTRUKTUURID Monokiht - tekib vee pinnal väikese koguse rasvhapete lisamisel vette; COOH- rühmad kontakteeruvad veega, hüdrofoobsed sabad suunatud õhku. Kaksikkiht - moodustub polaarsetest lipiididest(fosfolipiidid) polaarses solvendis (vees); hüdrofoobsed sabad on peidetud kaksikkihi sisse
Guaniin ning kolme vesiniksidemega. 13. . Kas DNA esineb eukarüootses rakus reeglina ühe- või kaheahelalise molekulina? Kaheahelaline. RNA on tavaliselt üheahelaline. 14. . Miks toimub DNA ahela süntees alati 5´otsast 3`otsa suunas? Sest replikatsiooni läbiviiv ensüüm DNA/RNA polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3' otsa, seega jääb vabaks 5' OH rühmaga. 15. Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? Fosfodiestersidemega 16. Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? GC rikas, sest GC omab kolme vesiniksidet, AT vaid kahte. 17. . Mitu aluspaari tuleb ühe B-DNA heeliksi pöörde kohta? 10 18. Ligikaudu mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? 3 x 10^9 19. Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? Sest nad on paaris omavahel. A-T ja G-C ning seetõttu on neid ühepalju, nad on nagu komplekt. 20
22.Geenitehnoloogia mudelorganismid. Soolekepike, pärmid. 23. DNA pakkimine. 24.Replikatsioon. DNA süntees. DNA polümeraas sünteesib suunas 5´-3´, vajab vaba 3´OH otsa; omab ühtlasi 3´-5´eksonukleaasset aktiivsust. 3´OH tuleb RNA praimerist , mille sünteesib DNA primaas. Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena (RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas). Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivad ruumilised takistused. Üksikahelalist DNA-d stabiliseerivad valgud. Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke ja katkeid. DNA sünteesi katalüüsib DNA polümeraas. DNA polümeraasi kopeerimisvigade arvu vähendab ensüümi 3´-5 ´eksonukleaasne aktiivsus, mis eemaldab mittepaardunud nukleotiidi. Reparatsioon ehk vigade parandus on ahelapõhine. 25
nukleotiidi. sünteesib suunas 5’-3’ vajab vaba 3’OH otsa omab ühtlasi 3’-5’ eksonukleaasset aktiivsust - 3’OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi. Matriitssüntees- st, et DNA ,
nukleotiidi. sünteesib suunas 5'-3' vajab vaba 3'OH otsa omab ühtlasi 3'-5' eksonukleaasset aktiivsust - 3'OH tuleb RNA praimerist, mille sünteesib DNA primaas - Juhtahel sünteesitakse pidevana, mahajääv ahel Okazaki fragmentidena RNaseH lagundab RNA, tühimikud täidab DNA polümeraas ja eri fragmendid ühendab fosfodiestersidemega DNA ligaas - Lisaks osalevad ensüümid, mis ületavad DNA replikatsiooni käigus tekkivaid ruumilisi takistusi DNA helikaas sulatab kaksikahela lahti Üksikahelalist DNAd stabiliseerivad valgud Topoisomeraasid teevad DNA ahelatesse ajutisi auke (nick) ja katkeid (break) - Päristuumsetel rakkudel toimub see enne mitoosi ja meioosi. Matriitssüntees- st, et DNA ,
kuivamise vastu (eriti kõrbes!). Terpenoidid struktuurilt mitmekesine ja laialt levinud looduslike ühendite rühm, mille molekulid koosnevad korduvatest C5 ühikutest (C5H8)n, mida võib vaadelda isopreeni jääkidena: Fosfatiidid glütserofosfolipiidid e. polaarsed lipiidid, millel on tähtis roll rakumembraanide-vahelises ainete transpordis ning kus glütserooli C-1 ja C-2 juurde on estersidemega seotud rasvhapped ja C-3 juurde fosfodiestersidemega polaarne alkohol. Kui esineb küllastamata rasvhape, on alkohol C-2 asendis. Struktuuri näide: 2.) Aineklass lipiidid hõlmab järgmisi esindajate rühmi: · Rasvhapped · Rasvad · Glütserofosfolipiidid · Sfingolipiidid · Vahad · Steroidid · Terpenoidid Vahel loetakse steroide terpenoidide hulka! Lipiidide funktsioonid organismides on näiteks: · Kaitsefunktsioon (nt. vahad nahal, karvadel, lehtedel)
(sama küsimus ka RNA kohta). Replikatsiooni läbi viiv ensüüm DNA (või RNA) polümeraas saab nukleotiide liita vaid 3'C külge. Seega jääb DNA/RNA "ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5'OHrühmaga ja reaktsiooni saabki nimetada 5'3' suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? a) fosfodiesterside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16.(112) Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? b) GC rikas, sest Gd ja Cd seovad omavahel 3 vesiniksidet, aga Ad ja Td 2. 17.(113) Mitu aluspaari tuleb ühe BDNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 18.(114) Mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? c) 3 x 109 19.(115) Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide? DNA kaksikheeliks on stabiliseeritud vastasahelate lämmastikaluste vaheliste
I etapis toimub 5' intron splaissingu saidis (tavaliselt GU; splice donor) katkemine, intramolekulaarsete fosfordiestersideme teke katkemispunkti G 5' süsinikku ja konserveerunud A 2?' süsinikku vahel introni 3' otsa poolt. Vaja ATP energiat. 5' introniga on seoses U, järgnevalt seondub U5 3' otsaga, seejärel moodustub terviklik splaissosoom U2 ja U4/U6 ühinemisega. II etapis toimub 3' splaissingu saidis, kus U5 snRNP tekitab katke, U4 vabaneb, ning 2 eksonit ühinevad 5' - 3' fosfodiestersidemega. 123. Prokarüoodi ribosoomi komponendid. Ribosoom - ribosomaalsest RNAst ja valkudest koosnev kompleks rakus, mis seondub mRNAga ja katalüüsib valgusünteesi. E-coli - väiksem e. 30S alaüksus (21 valku + 16S rRNA); suurem e. 50S alaüksus (31 valku + 23S rRNA + 5S rRNA); 70S ribosoom. 124. Eukarüoodi ribosoomi komponendid. Inimene - väiksem e. 40S alaüksus (33 valku + 18S rRNA); suurem e. 60S alaüksus (49 valku + 28S rRNA + 5.8S rRNA + 5S rRNA); 80S ribosoom. 125. tRNA struktuur
Desoksüribonukleotiidid sümbol on vastavalt dATP, gGDP jne. Nukleotiidide summaarhulk rakus jääb alati üsna konstantseks ning nad omavad neeldumismaksimumi vahemikus 259...271nm, mille alusel saab nende hulka ahuses määrata. 12. RNA: Ehitus, funktsioon RNA ehitus: · Üheahelaline · Koosneb ribonukleotiidijääkidest · N- alusteks on A, G, C, U RNA primaarstrukruur ... on 3',5'- fosfodiestersidemega seotud ribonukleotiidjääkide lineaarahel. DNA A-G-C-T-A-G- RNA U-C-G-A-U-C- Eukrüootses rakus sünteesitakse RNA eritüüpide molekulid DNAühel ahelal komplmentaarsuse printsiibi alusel, Seetõttu peegeldab RNA nukleotiidne järjestus komplementaarsusest tulenevalt DNA teatud lõigu nukleotiidjärjestust. RNA sekundaarstruktuur - Üheahelalise RNA aluste komplementaarne paardumine vesiniksidemete abil tekitab sekundaarstruktuuri ehk kujuneb kaksikhelikaalsed alad
Seega jääb DNA/RNA "ülemisse" otsa nukleotiid vaba 5'OHrühmaga ja reaktsiooni saabki nimetada 5'3' suunaliseks. 15.(111) Millise sideme kaudu on ühendatud nukleotiidijäägid DNA ahelas? (sama küsimus ka RNA kohta). a) fosfodiesterside b) fosfoanhüdriidside c) vesinikside Nukleotiid lämmastikalus + suhkur + monofosfaat Nokleotiidid on ühendatud lineaarseks polümeeriks nukleiinhappeks 3'5' fosfodiestersidemega 16.(112) Milline oligonukleotiid omab kõrgemat ,,sulamistemperatuuri" Tm. Miks? a) AT rikas b) GC rikas GC rikas, sest Gd ja Cd seovad omavahel 3 vesiniksidet, aga Ad ja Td 2. 17.(113) Mitu aluspaari tuleb ühe BDNA heeliksi pöörde kohta? a) 10 b) 25 c) 50 18.(114) Mitut aluspaari sisaldab inimese genoom? a) 3 x 105 b) 3 x 107 c) 3 x 109 19.(115) Miks sisaldab enamikust organismidest eraldatud DNA ligikaudu võrdsel hulgal A ja T ning G ja C nukleotiide?
annaabi.ee 
