koodoni koostisse. 3. Geeni tüübid vastavalt avaldumisele: 1) Avalduvad samaaegselt kõigis organismi rakkudes 2) Avalduvad kindla koe rakkudes 3) Avalduvad elutegevuse kindlal etapil 4) Ei avaldu kunagi 4. Transkriptsiooni reguleerimine 5. Millise molekuli osast on jutt? Nukleotiid U RNA molekul Stoppkoodon RNA molekul Nukleotiid T DNA molekul Aminohape DNA ja RNA molekulid Geen DNA molekul Promootor DNA molekul Transleeritav piirkond 6. Matriitsreaktsioon on ühe biomolekuli monomeeride järjestuse alusel teise biomolekuli süntees. Matriitsreaktsioonid on replikatsioon, transkriptsioon ja translatsioon. 7. Viirus koosneb nukleiinhappest ja valkudest. Pole rakulist ehitust! 8. HAIGUS VIIRUS PEAMINE LEVIMISVIIS Gripp Gripiviirus A,B,C Piisknakkus Hingamisteede põletikud Adeno- , rino-, korona-, piisknakkus
2. Geenid mis avalduvad aibnt ühe kindla koe rakkudes. 3. Geenid mis avalduvad ainult rakkude elutegevuse kindlal etapil. 4. Geenid, mis ei avaldu mitte kunagi. mRNA molekuli kolm järjestikust nuleotiidi määravad ära kindla aminohappe valgu molekulis. Seda vastavust nimetatakse geneeliliseks koodiks. Morna molekuli nukleotiidses järjestuses oleva info lugemine algan initsiaatorkoononist ja lõpeb stoppkoodiniga.Nende vahele jääv transleeritav piirkond määrab sünteesitava valgu amonohappelise järjestuse.mRNA algus ja lõpposad ei sisalda infot valgu amonohappelise järjestuse kohta : need lõigud on mõeldud ribosooniga seorsumiseks ja molekui kaitseks teda lagundavate ensüümide eest. Kui translatsioon jõuab ühe nimetatud koodonini, siis valgussüntees lõppeb ja seetõttu nimetatake neid stoppkoodoniteks.Seega mRNA molekulis määrab initsiaatorkoodon geneetilise info lugemise alguse ja toppkoodon selle lõõppu.
( asuvad reeglina geenist kaugel). Transkriptsiooni ini-saidist eespool. - downstream (suund) võimendaja, piirkonnad.. promootorpiirkonnast tagapool. Transkriptsiooni initsiatsiooni saidist tagapool. - Splaisosoom organellid raku tuumas, kus leiab aset intronite lagundamine. Splaisosoomid on suured kompleksid, mis koosnevad valkudest ja snRNAst. koht kus toimub splaising, raku tuumas - ORF piirkond ehk avatud lugemisraam. Transleeritav DNA piirkond - Monotsistroonne - mRNA eukarüoodil on reeglina (>90%) monotsistroonne, s.t. kodeerib ühte valku - Polütsistroonne prokarüoodil polütsistroonne. Vt eelmine - Kozaki konsensus (järjestus) - soodustab translatsiooni initsiatsiooni - Valk e proteiinid on biopolümeerid, mille monomeerideks on aminohappejäägid. Valgud on organismid kõige mitmekesisemad makromolekulid.primaarstruktuur- lineaarne
asuvatest struktuursetest elementidest. Ka siin lisab RdRp maatritsi 3’ otsa täiendava A-jäägi taastades normaalse 3’ otsa (CCAoh). Loeng 2 Merits Positiivse polaarsusega RNA viiruseda + RNA viiruste genoom on sama polaarsusega kui mRNA. + RNA viiruste paljad genoomid on infektsioonilised. + RNa viiruste esimeseks biosünteesiks rakus on alati translatsioon. + RNa viiruste replikaas on alati transleeritav otseselt genoomselt RNA-lt. Kõik eukarüootide + RNA viirused replitseeruvad alati raku tsütoplasmas ja replikatsioon on alati seotud raku membraaniga. Eristatakse RNA viiruste seas nelja erinevat super-sugukonda: 1. Picorna sarnased viirused. 2. Alpha sarnased viirused. 3. Flavi sarnased viirused. 4. Corona sarnased iirused Sugukond Picornaviridae: virionid Virion on membraanita ja ca 30nm diameertigam ikosaeeder. Virioni kapsiidi
lahtimõtestamine. Toovad kohale õiged aminohapped ja lülitavad need sünteesitava valgu ahelasse. 30. Geneetiline kood. mRNA molekuli 3 järjestikust nukleotiidi e koodonit määravad ära kindla aminohappe valgu molekulis. Ühesugune koodonite ja aminohapete vastavus eksisteerib peaaegu kõigi eel- ja päristuumsete organismide rakkudes. mRNA molekulis määrab initsiaatorkoodon gen info lugemise alguse ja stoppkoodon selle lõpu. Nende vahele jääv transleeritav piirk määrab sünteesitava valgu aminohappelise järjestuse. 31. Translatsioon. Valgu süntees, toimub raku tsütoplasmas asuvates ribosoomides. Protsessi toimumiseks on vaja lisaks mRNAle veel tRNAd, aminohappeid, ensüüme ja energiat. Translatsioon algab mRNA ühinemisest ribosoomiga. mRNA initsiaatorkoodoniga seostub 1. tRNA molekul, millega on ühendatud aminohape Met. Edasi seostub iga tRNA molekul tsütoplasmas
mille nukleotiidseks järjestuseks on TATAAA. Selle järjestuse tunneb ära TBP (TATA- binding protein). 11. Pre-mRNA põhilised modifitseerimise protsessid. Alternatiivne RNA splaissimine pre-mRNA võib saada splaissitud mitmetest erinevatest ühenduskohtadest, nii et tekivad erinevad küpsed mRNA-d, millel on erinevad eksonite kombinatsioonid Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre- mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA- molekuliks. 12. Pre-mRNA kokkupõime ehk splaissingu reaktsioon * Kirjelda mehhanismi, mille abil pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. splaissing (ka splaising; inglise splicing) protsess, mille käigus lõigatakse rakutuumas asuvast RNA molekulist välja intronjärjestused ning allesjäänud eksonite otsad ühendatakse. Splaissingu tulemusena tekib mRNA, mida
open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5’UTR ja 3’UTR - eukarüootidel on 5’cap ja 3’polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid – introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega – eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
- avatud lugemisraam e ORF open reading frame, valku kodeeriv osa translatsiooni initsiaatorkoodonist kuni stopkoodonini - mittekodeerivad järjestused 5'UTR ja 3'UTR - eukarüootidel on 5'cap ja 3'polü-adenosiin-järjestus (polüA saba) Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
3. Ensüüm RNA-polümeraas jõuab terminaatorpiirkonda. 4. DNA ahel suletakse ensüümide abil. 5. Geeni kopeerimisel valmib mRNA, mis viiakse rakutuumast välja ribosoomidesse. (lisaks võib luua ka tRNAd ja rRNAd) NB! Toimub rakutuumas, tuumapiirkonnas, mitokondrites ja kloroplastides. 27. mRNA erinevused prokaüootidel ja eukarüootidel Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Eukarüoodid: Geenis intronid, pre-mRNA läbib splaisingu, modifitseeritakse (5’cap ja 3’polüA-saba) ja eksporditakse tuumast tsütoplasmasse Transkriptsiooniks on vaja aktivaatorvalke Promootorid on keerulisemad Üks mRNA kodeerib eukarüootidel ainult ühtevalku, prok mitut.
jaguneb teatud fragmentideks lisatakse teatud järjestused muudetakse keemilist koostist (N-aluseid) 24. mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. POWERPOINT: L3 DNA-valk http://en.wikipedia.org/wiki/Messenger_RNA#Prokaryotic_mRNA_degradation Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
Eukarüootide mRNA mRNA ehitus eukarüootides on võrreldes prokarüootsete mRNA-dega oluliselt erinev: Eukarüootne mRNA on reeglina (>90%) monotsistroonne ja kodeerib seega ainult ühte valku. Prokarüootne mRNA on reeglina polütsistroonne st. kodeerib mitut erinevat valgu molekuli (ühes mRNA molekulis on mitu ORF’i ehk avatud lugemisraami). mRNA prosessing. Prokarüootidel on geeni poolt määratav esmane transkript võrdne mRNA-ga ning ta on ka kohe transleeritav. Eukarüootides toimub aga esmalt eellas- ehk pre-mRNA süntees, misjärel toimub nn. eellas-mRNA protsessing küpseks mRNA-molekuliks. Protsessimise käigus toimub enne translatsiooni pre-mRNA-lt spetsiifilise järjestuse kõrvaldamine ning transkripti mõlema otsamodifikatsioon. Enamikus eukarüootsetes geenides on mittekodeerivad järjestused e. intronid, mis lõigatakse RNA protsessingul RNA-st välja, ühendades sellega RNA-s geeni kodeerivad järjestused ehk eksonid
Kuigi RNA editingi bioloogiline tähtsus on seni veel väljaselgitamisel, on selge, et see protsess mõjutab oluliselt geenide avaldumistaset trüpanosoomide ja taimede mitokondrites. 63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides. Transkriptsioon ja valgusüntees toimuvad bakterirakus korraga, kindel koht puudub, eukarüoodis aga eraldi etappidena ja erinevates kohtades. Bakteris: iga mRNA molekul on samaaegselt transleeritav paljudel ribosoomidel – polüribosoomil. Valgusüntees toimub ribosoomidel, mis koosnevad 3-5 erinevast rRNA molekulist ja üle 50 erinevast ribosoomivalgust. Transkriptsioon – rakutuumas. Translatsioon – tsütoplasmas. Bakterirakus ei ole ribosoomidel kindlat asukohta. 64. Ribosoomide ehitus prokarüootses ja eukarüootses rakus. Ribosoomid koosnevad suurest ja väiksest alaosast ehk subühikust, milles sisalduvad rRNA ja valgud.
jaguneb teatud fragmentideks lisatakse teatud järjestused muudetakse keemilist koostist (N-aluseid) 24. mRNA struktuur prokarüootidel ja eukarüootidel. POWERPOINT: L3 DNA-valk http://en.wikipedia.org/wiki/Messenger_RNA#Prokaryotic_mRNA_degradation Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA- ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti,pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
Giid-RNA-s asuvad mRNA-ga mittepaarduvates alades A nukleotiidid ja just nende vastu lisatakse mRNA-s uridiinmonofosfaadid. Mõjutab oluliselt geenide avaldumist trüpanosoomide ja taimede mitokondrites. 63. Transkriptsiooni ja translatsiooni toimumise aeg ja koht bakterites ja eukarüootides. Transkriptsioon ja valgusüntees (translatsioon) toimuvad bakterirakus korraga, kindel koht puudub, eukarüoodis aga eraldi etappidena ja erinevates kohtades. Bakteris : Iga mRNA molekul on samaaegselt transleeritav paljudel ribosoomidel polüribosoomil (polüsoomil). Valgusüntees toimub ribosoomidel, mis koosnevad 3-5 erinevast rRNA molekulist ja üle 50 erinevast ribosoomivalgust. Eukarüoodil: Transkriptsioon rakutuumas. Translatsioon tsütoplasmas. Bakterirakus ei ole ribosoomidel kindlat asukohta. 64. Ribosoomide ehitus prokarüootses ja eukarüootses rakus. Ribosoomid koosnevad väikesest ja suurest subühikust.
2. Regulatoorne funktsioon hoidmaks teatavate valkude hulk rakus madal kas pidevalt või muuta valkude ekspressioonitaset vastusena keskkonna signaalidele (näiteks nälg) 3. Komplekssete struktuuride nagu viburid ja fimbriad süntees Valkude proteolüüs: 1. Pidev, konstitutiivne 2. Reguleeritud Reguleeritud proteolüüs trans-translatsiooni kaudu Protsessis osaleb tmRNA ssrA valgu poolt kodeeritud väike stabiilne RNA, hübriid millel on tRNA ja mRNA omadused, on transleeritav. Alaniiniga laetud tmRNA liigub kompleksis teiste valkudega ribosoomi, kui valgusüntees on peatunud, tekkinud on viga ja ribosoom enam edasi ei liigu. Originaalne mRNA vabaneb ning valgusüntees jätkub tmRNA matriitsilt. Valgu C-terminaalsesse otsa liidetud SsrA peptiidi tunneb ära SspB ja valk degradeeritakse proteaaside (näiteks ClpXP) poolt. tmRNA võimaldab jätkata mRNA transleerimist teiste ribosoomide poolt. Kui üks stopib, siis teised jäävad ka seisma
RNA molekulis paiknevad nukleotiidide tripletid määravad ära, millised aminohapped lülitatakse translatsiooni käigus polüpeptiidahelasse. Näiteks UUU triplet RNA molekulis vastab aminohappele fenüülalaniin polüpeptiidahelas. Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA-ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
RNA molekulis paiknevad nukleotiidide tripletid määravad ära, millised aminohapped lülitatakse translatsiooni käigus polüpeptiidahelasse. Näiteks UUU triplet RNA molekulis vastab aminohappele fenüülalaniin polüpeptiidahelas. Translatsioon toimub ribosoomidel. RNA molekuli, millelt toimub translatsioon, nimetatakse mRNA-ks (inglise keelest messenger RNA). Prokarüootsetes rakkudes on primaarne transkript üldjuhul ka koheselt transleeritav. Eukarüootses rakus toimub aga primaarse transkripti, pre-RNA, protsessimine transleeritavaks mRNA molekuliks. Enamus eukarüootseid geene rakutuumas sisaldavad endis mittekodeerivaid alasid introneid, mis vahelduvad kodeerivate piirkondadega eksonitega. Intronjärjestusi sisaldavatelt geenidelt sünteesitakse transkriptsiooni käigus pre-mRNA, millest seejärel kõrvaldatakse mittekodeerivad järjestused splaissingu (splicing) teel. Slaissingureaktsiooni
kohtades, kus translatsiooni elongatsioon korraks peatub, andes ribosoomile võimaluse mRNA-l "libiseda". Mõne polüpeptiidi sünteesil toimub ühelt lugemisraamilt teisele nihkumine kindlates kohtades kõrge sagedusega. Lugemisraami muutumist translatsiooni käigus on kirjeldatud näiteks DNA polümeraasi III subühikute sünteesil. Bakteris E. coli kodeerib DNA polümeraasi III tau ja gamma subühikuid dnaX geen. Tau subühik koosneb 643-st aminohappest ja on transleeritav ühe lugemisraamina. Positsioonides 428 432 asuvates koodonites sisaldub 6 järjestikust adeniini ning seejärel raamis 1 järjestus UGA, mis võib toimida stop koodonina. Gamma subühik on 431 aminohappe pikkune. See valk on järjestuselt identne tau subühiku N-terminaalse järjestusega, kuid tema translatsioon on termineerunud varem teises lugemisraamis asuva stop koodoni poolt. - 1 raaminihe tekib A-järjestustel kõrge sagedusega. Seetõttu sünteesitakse
annaabi.ee 
