Komponendid: 176-178 upstream in-frame stopp-koodon, arvukalt fosforüleerimis- ja metüleerimissaite, 1040-1093 tuumalokalisatsioonisignaal, 7320-7325 ja 7341 polüadenüleerimissait. 3. Pikkus 124,947 aluspaari, paikneb kuuendas kromosoomis, vahemikus 108 559 823- 108 684 769. Eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida. 4. Pikkus: 673 aminohapet. Koosneb mitmetest fosforüleerimis- ja metüleerimissaitidest, FH (forkhead) saidist, DNA-sidumissaidist ja tuumalokalisatsioonisignaalist. 5. Kuna eksonite ja intronite koostist polnud võimalik leida, polnud võimalik ka arvutada. 6. Rattus norvegicus FoxO3a homoloog on 672 aminohapet pikk, ning koosneb samadest saitidest, mis Homo sapiensi FoxO3a. FoxO3a on liikide eri liikides tugevalt konserveerunud, mistõttu järjestused on 94% ulatuses identsed.
geeniregulatsioonilt. - Enchancer e võimendaja piirkonnad. Neid piirkondi vajatakse geeni maksimaalseks transkriptsiooniks. - Upstream (suund) - võimendaja, piirkond, mis asub promootorpiirkonnast eespool. Pikkus 50-150 np, misomakorda koosnevad väiksematest alaosaddest 18-20 np. On võimelised seostama geeni ekspressiooni reguleerivaid valke. Nende DNA piirkondade asukoht geeni suhtes pole tähtis ( asuvad reeglina geenist kaugel). Transkriptsiooni ini-saidist eespool. - downstream (suund) võimendaja, piirkonnad.. promootorpiirkonnast tagapool. Transkriptsiooni initsiatsiooni saidist tagapool. - Splaisosoom organellid raku tuumas, kus leiab aset intronite lagundamine. Splaisosoomid on suured kompleksid, mis koosnevad valkudest ja snRNAst. koht kus toimub splaising, raku tuumas - ORF piirkond ehk avatud lugemisraam. Transleeritav DNA piirkond - Monotsistroonne - mRNA eukarüoodil on reeglina (>90%) monotsistroonne, s.t
– Heeliks-pööre-heeliks – Tsinksõrm – Leutsiinizipper – Heeliks-ling-heeliks DNA seonduvad domeenid toimivad sageli dimeersete kompleksidena DNA seonduvad valgustruktuurid võivad “painutada“ DNA molekuli Geeni ekspressiooni regulatsiooni alad Eukarüootse geeni lähipromootor ja TATA-järjestus (TATA-box) – TATA-järjestus paikneb ca 25-35 nukleotiidi transkriptsiooni stardi saidist – TATA-järjestusele seondub TATA- seonduv valk (TBP) – Sageli on TATA-järjestusest 5’-suunas CAAT ja GC järjestused RNA polümeraas TATA seonduva valgu ja üldiste transkriptsiooni faktoritega TATA- järjestus on oluline transkriptsiooni alguse (initsiatsiooni) jaoks • Transkriptsiooniks on vajalikud nn. Üldised transkriptsioonifaktorid. Neid on mitu ja enamasti neid märgitakse TFIIA, TFIIB jne
Uus nukleotiid, uus aminohape, tekib teistsugune valk. Osata joonistada: • prokarüootse operoni struktuur ning näita ära struktuursed elemendid/alad • eukarüootse geeni struktuur ning näita ära struktuursed elemendid/alad Geeni kodeeriv osa koosneb eksonitest, funktsionaalne osa on promootor ja intronid. Lihtne eukarüootne transkriptsiooni ühik sisaldab ühte geeni kodeerivat ala, mis ulatub 5’ cap saidist 3’ polü(A)ni, ning vastavaid kontrollalasid. Intronjärjestused, mis paiknevad eksonite vahel, eemaldatakse primaarse transkripti protsessingu käigus ning seega nad ei kuulu funktsionaalse monotsistroonse mRNA koosseisu. Katkendliku joonega on tähistatud välja lõigatud intronid. • pre-mRNA struktuur ning näita ära struktuursed elemendid/alad • nukleosoom ning näita ära struktuursed elemendid
RNA-polümeraas transkribeerib DNA'd (- alaühik initsieerib sünteesi), kuid toodab umbes 10 "värdjalikku" (lühike, mitteproduktiivne) transkripti. Need transkriptid ei saa polümeraasist väljuda, kuna väljapääs on blokeeritud -faktoriga. Lõpuks -faktor dissotseerub holoensüümist ja järgenb elongatsioon. Eukarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: Eukarüootide promootor on tavliselt 50 aluspaari ülavoolu transkriptisooni intsiatsiooni saidist. Koosneb see basaalsest transkriptsiooni-kompleksist ja RNA-polümeraas II-st. Edasine transkriptsiooni regulatsioon on teostatud ülavoolu kontrollielementidega, tavaliselt asuvad nad umbes 200 aluspaari ülavoolu initsiatssiooni saidist. Promootorjärjestus sisaldab vahel TATA-box'i kõrgelt konserveerunud DNA äratundmisjärjestus TATA-box-seonduvatele valkudele (TATA box binding protein), milledee sidumine initsieerib transkriptsioonikompleksi kokkupanekut promootorile
Kui mõlemad suhkrud on olemas (glükoos ja laktoos) siis kasutatakse glükoosi, sest aktiivse CAP kontsentratsioon madal (madal cAMP). Kui eksperimentaalselt lisada cAMP siis lac operon alustab ekspressiooni ka glükoosi juuresolekul Positiivne kontroll CAPiga lac operoni järjestus oli esimene geeniregulatsiooni molekulaarne mudel: lac operoni promootor algab 84 bp kohe pärast lacI stop koodonit ja lõpeb 8 bp tarnskriptsiooni start saidist CAPcAMP seonduv sait on 54 kuni 58 ja 65 kuni 69. RNA polümeraasi sait ulatub 47 kuni 8. Operaator järgneb kohe promootorile 3 kuni +21. mRNA transkript algab +1 bp operaatori sees galaktosidaas geenil on juhtjärjestus enne start koodonit galaktosidaasi start koodon (AUG) on positsioonis+39 +41 Aluste järjestus E. coli lac operoni kontrollivtes piirkondades, promootoris ja operaatoris E. coli Trp operon:
- kui ribosoomi satub poolik mRNA, siis tuleb appi 10SaRNA (ssrA geeni produkt, mitusada nukleotiidi pikk, on aminoatsüleeritav). Sisaldab tRNA sarnast struktuuri. tRNA-l on T₃N₇₀ ja A nukleotiid terminaatori otsas. Aminoatsüleeritakse alaniiniga (esinevad Ala identsuselemendid). Moodustab nagu tRNA-gi: EF-Tu-ga komplekse ja seostub ribosoomi A-saiti, kui mRNA-d pole (A-saidis pole koodonit). - „Ribosoomi rämps“ translokeeritakse A-saidist P-saiti, millele järgneb pööre → muu teeb tRNA-st mRNA. ssrA geeni produkt on tmRNA (transport messenger). tmRNA-s on palju Ala koodoneid. C-terminusse pannakse 11 AH-d. Sellised valgud, millel on see järjestus, lagundatakse. Poolik mRNA vabaneb tmRNA-ga liitudes ribosoomist. TmRNA-l on UAA stoppkoodon ja translatsioon lõppeb. Ribosoom dissotseerub, vigane valk lagundatakse.
brauser saadab nõude sellele aadressile ja vastuseks saab kätte nõutud ressursi, peale ressursi kättesaamist kliendi ja serveri side katkeb. Intranet ja extranet 8 Veebiserver võib asuda nii internetis kui ka kohalikus võrgus. Kui veebiserver asub kohalikus võrgus, võib korraldada ka oma sisevõrgu, mis sarnaneb struktuurilt internetile. Sealjuures osa saidist võib olla avalik (internet) ja osa ettenähtud vaid sisemiseks kasutamiseks (intranet). Intraneti kasutajateks on asutuse töötajad, samas kui saidi avalik osa on mõeldud ettevõtte klientidele. Intranet sisaldab tööks vajalikku infot, kuid see ei tohi olla nähtav klientidele ja konkurentidele. Näiteks, võivad sisevõrgus olla õigusaktid, käskkirjad ja dokumendid tööprotsessi reguleerimiseks, mis on kõikidele töötajatele kättesaadavad.
Heterosügootsus: geenipaari seisund, mille puhul mõlemas homoloogilises kromosoomis paikneb vaadeldava tunnuse suhtes erinev alleel. (Aa) 24. Mis põhjustab geenide ahelduse? Komplementaarsus printsiip & vesinik sidemed (!?) 25. Mis on replikatsioon? DNA süntees e replikatsioon Eelneb raku jagunemisele, saadakse lähteraku igast DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotoodse järjestusega koopiat. DNA replikatsiooni viib läbi DNA polümeraas. NA replikatsioon algab spetsiaalsest saidist origin of replikation . Bakteri rõngaskromosoomil on üksainus selline sait teatud nukleotiidide järjestus DNA l. Eukarüootsel rakul on tuhandeid selliseid saite. Repli initsieerivad proteiinid seostuvad origin of replikation iga ja lahutavad DNA ahelad, tekitades sinna replikatsiooni mulli. Repl. kestab mõlemal hahelal kuni kogu ahel on replitseeritud. Uue DNA ahela pikenemine replikatsiooni käigus on katalüüsitud ensüümi DNA
Paiknevad ribosoomi välimisel küljel. Ribosoomi subühikutevahelised sillad eukarüootides on samad mis bakteritel, lisaks 3-4tk. Ribosoomivalgud – riigispetsiifilised ja siis üldised. Ribosoomi ”funktsionaalsed tsentrid” ja nende roll valgusünteesil: 30S Dekodeeriv tsenter- koodon : antikoodon (paardumise kontroll). P/E-saidi “värav”- tRNA liikumine P- 12 saidist E-saiti translokatsiooni ajal. 16S rRNA 3’-ots- mRNA kinnitumine ribosoomile SD- anti-SD interaktsiooni abil. 16S rRNA heeliks 44- subühikutevahelised kontaktid. 50S: Peptidüültransferaasne tsenter-peptiidsideme moodustumine. L11 stalk- Translatsioonifaktorite “kinnipüüdmine” ; translatsiooniliste GTPaaside aktivatsioon. Sartsiin- ritsiin ling - Translatsiooniliste GTPaaside aktivatsioon. L1 stalk-tRNA väljutamine E-saidi kaudu
promootorjärjestusest, see on kõige sagedasem, mis esineb tavaliselt kõrge transkriptsioonitasemega geenide promootorites, initsiaator enamikul neist on C positsioonis -1 ja A positsioonis +1, erinevalt TATAst pole konserveerunud, CpG saarekesed. TATAboxi või initsiaatorjärjestust sisaldavate geenide transkriptsioon algab vastavalt elemendilt, CpG saarekeste puhul aga 20-200bp ulatuses mitmelt võimalikult elemendilt. Enamikul neist geenidest on ca 100bp kaugusel start-saidist 20-50bp pikkune GC-jada. Proksimaalne promootor. Regulaatorelemendid, mis asuvad 100-200bp start-saidist, moodustavad koos TATAboxi või initsiaatoriga promootori proksimaalsete elementide kogumi ehk proksimaalse promootori. Distaalne promootor. Kaugemal asuvad elemendid moodustavad koos TATAboxi või initsiaatoriga distaalse promootori. 6. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Enhancer on promootorist kaugelasuv transkriptsiooni regulaatorala
Windows'i operatsioonisüsteemidega, sealhulgas ka Windows Vista (SP1), Windows XP (SP1, SP2, SP3), Windows Server 2003, Windows Server 2008, Windows 2000/NT. · Ta toetab IDE, SATA, SCSI, USB või Firewire(IEEE 1394) kõvaketastega kompuutreid ja samuti ka PCI PCI- EX kaarte. · Teda on väga lihtne kasutada... Kuidas teda kasutada: 1) Lae see PCLoginNow_Full_2.0.ISO ((PCLoginNow_Full_2.0(With Live boot CD)) fail SourceForge.net saidist alla ja põleta ta CD-plaadile. Klõpsa siia, seejärel keri seal natuke allapoole ja klõpsa Download, keri jälle tsipa allapoole ja klõpsa lingile PCLoginNow_Full_2.0(With Live boot CD). Selle peale ilmub tema alla uus link: PCLoginNow_Full_2.0.ISO, klõpsa ka temale ja ilmubki allalaadimise dialoogiaken; allalaetava faili kaal on 55,2 MB. (Sa võid ka siia klõpsata, siis on vähem vaeva...) (Kuidas neid ISO faile põletada, sellest oli ülevalpool ka juba juttu).
Lihtne moodus, kuid pole võimalik lehekülje üle kontrolli saavutada, s.t. et kõik tööriista ja kerimisribad kuvatakse ning samuti ei saa mõjutada akna suurust. Nüüd, võttes appi JavaScript'i, saame luua uue akna mis kuvatakse just sellisena nagu tahame. S.t. et JavaScript ise avab akna mille suurus ja asukoht on autori poolt m ääratud. Samuti võib JavaScript vajadusel uue akna sisu luua v. siis selle leida oma saidist. Kõigepealt kirjutame koodi dokumendi "head" sektsiooni: window.open('jav/popup_1.htm','name',' height=255,width=250,toolbar=no,directories=no,status=no,menubar=no, scrollbars=no,resizable=no'); "window.open" on JavaScript meetod mida kasutatakse brauseri uue akna avamiseks. Sellel meetodil on kolm parameetrit: · Esimene parameeter sisaldab faili nime, mis avatakse uues aknas. Selles näites on faili nimeks jav/popup_1.htm.
Erinevate lugemisraamide vahel asuvad spaisser järjestused. mRNA 5' otsa koguneb mitmeid valgulisi initsiatsioonifaktoreid, kuhu seondub ka ribosoomi väiksem alaühik 40S koos Met-tRNAga moodustub valgusünteesi initsiaatorkompleks Elongatsioon- aminohapete lisandumine polüpeptiidahelasse, mis on tsükliline protsess: tRNA, mis kannab ahelasse juurdelisanduvat aminohapet, seostumine ribosoomi A saiti 60S subühikus 60S subühiku P saidist kasvava valguahela ülekanne A saidis olevale tRNA-le (s.t. juurdelisanduvale aminohappele) Juurdelisatava aminohappe aminogrupp reageerib viimase aminohappe karboksüülgrupiga ja moodustub peptiidside. Katalüüsib ensüüm peptidüül transferaas, mis asub ribosoomi suuremas alaühikus vabanenud tRNA lahkub ribosoomist, ribosoom liigub mRNA-l edasi ühe sammu ehk koodoni võrra. Tsükkel kordub
eIF5 (125 kDa). Ribosoomist sõltuv GTPaas, soodustab ribosoomi alaühikute ühinemist. eIF6 (25 kDa) Seob 60S alaühikut, põhiline antiassotsiatsioonifaktor. Elongatsioonifaktorid eEF1 (3 alaühikut: 51 kDa, 48 kDa ja 35 kDa). Seob GTP-sõltuvalt aa-tRNA-d, omab ka GDP-GTP vahetusaktiivsust. Seega EF-Tu ja EF-Ts analoog. eEF2 (95 kDa). Bakteri EF-G analoog, translokatsiooni faktor. eEF3 (125 kDa). Ainult pärmis, katalüüsib tRNA dissotsatsiooni ribosoomi E-saidist. On ribosoomist sõltuv GTPaas ja ATPaas. Eukarüootides on leitud üks universaalne terminatsioonifaktor: eRF (54 kDa dimeer). Põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Kuna eukarüootide valgusünteesi terminatsiooni on seni suhteliselt vähe uuritud, siis on tõenäoline, et on veel avastamata terminatsioonifaktoreid (näiteks prokarüootse RRF'i analoog). On leitud eukarüootseid mRNA-sid kus 5´cap-i ja valku kodeeriva lugemisraami vahel
päikeseloojangul ja õhtul. Palvused kestavad keskmiselt 20-30. minutit. Reede on moslemitele püha päev. Sel päeval on kõik kohad suletud. Paljud ettevõtted sulgevad end ka laupäeval, tehes reedest ja laupäevast nädalavahetuse. (Qatar Religion 2012) Riigi pealinnas Dohas elab rohkem kui 80% kogu elanikkonnast. Selle parke, promenaadi ja auhinnatud arhitektuuri loetakse Doha keskuseks. Väiksematest linnadest Dukhanist, Um Saidist ja Al Khorist on saanud naftatööstuse keskused. Väiksemad külad on hajutatud üle kogu kõrbe. Doha linnaruumi kujundamisel püütakse ühendada modernset traditsionaalsega. 1960ndate alguses oli eesmärgiks ehitada võimalikult kiiresti. Kui arengutempo aeglustus hakati rohkem tähelepanu pöörama sellele, et linnast kujundataks Katari uus karakter. Disaineritel paluti kasutada vaid modernseid tehnoloogiaid. (Culture of Qatar 2012)
kahjustamata DNA-lt uue komplementaarse ahela. Tunneb ära, seondub ja lôikab välja. DNA- polümeraas täidab tühikud, DNA ligaas seob otsad kokku. N-alused - DNA glükosülaasid tunnevad ära ebahariliku N-aluse, põhjustavad N-aluse ja 2- desoksüriboosi vahelise glükosiidsidemekatkemise, tekitades apuriin- või apurimidiinsaidi. AP sait tuntakse ära AP endonukleaaside poolt, mis koos fosfodiesteraasidega lõikavad välja suhkrufosfaatgrupid vastavst saidist. Dna polümeraas täidab puuduva nukleotiidi. DNA ligaas muudab ahela intaktseks. Nukleotiidi puhul - Eksonukleaas. E- colil on vaja kolme geeni (uvrA, uvrB, uvrC) produkte. Kahe uvrA polüpeptiidi ja ühe uvr B polüpeptiidi kompleks tunneb ära DNAs oleva defekti, seondub sellega ATP enegria arvel. UvrA dimeer vabaneb ja seondub uvrC. UvrB põhjustab 3'-poolse ja UvrC 5'-otsmise fosfodiestersideme katkemise. DNA helikaas II kõrvaldab väljalõigatud dodekameeri
viirusvektorite abil saab; kui on vähe rakke, siis rekombinantse DNA meetod. 39. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Kauguste-tagant mõjuvad regulaatorelemendid on enhancer-id, mis on eukarüootsetele genoomidele väga iseloomulikud, samas kui bakteris nad peaagu täielikult puuduvad. Asuvad sadade kuni tuhandeteid aluspaaride kaugusel start-saidist, võivad asuda nii ülavoolu, intronites kui ka allavoolu. Enhancer'id on üldreeglina 50bp kuni 200bp pikad DNA järjestused sisaldades hulgaliselt transkriptsioonifaktorite sidumissaite. Arvatakse, et need TFid, mis ühele enhacer'ile seovad, interakteeruvad ka omavahel. - interferooni (valk, mis inimesel on viirusinfektsiooni blokkijaks) ca 70bp enhancer'i uurimine on näidanud, et see koosneb 4 regulaatorelemendist, mis seovad samaaegselt nelja TFi. Väikeste HMG (kromatiini siduvad,
haldusstrateegia ja sisuandmete uuendamise sageduse kohta ning näitama ära, millal sisu viimati uuendati. Informatsioon tehnilise strateegia kohta. Sait peab sisaldama informatsiooni tehniliste detailide kohta , mis parandavad kasutamisvõimalusi. Samuti on mahuka saidi puhul oluline teavitada kasutajat sisu mahust. Kui võimaldatakse mahuka faili allalaadimist, peaks kasutajat selle mahust teavitama enne allalaadimise alustamist ning andma talle võimaluse käsk tühistada. 2.4.4 Üldmulje saidist enne sellega põhjalikumat tutvumist Grupeerimise otstarbekus. Kultuuriveebi sisuelemendid on tavaliselt erinevate kriteeriumide alusel grupeeritud (näiteks teema, aeg, autor). Informatsioon peab olema hästi koostatud ning loogiliselt ja süsteemselt paigutatud, ent otstarbeka paigutuse määravad ära konkreetse kultuuriala tunnused ning lõppkasutaja teadmiste tase, saidi ülesehitus ja eesmärgid. Pesastamise otstarbekus. Informatsioon on tavaliselt hierarhiliselt grupeeritud ja
täpselt. Struktuurvalke kodeerivates, rakutuumas asuvates geenides paiknevate intronite otstes on lühikesed konserveerunud alad. 100%-liselt on konserveerunud dinukleotiidid GT intronist 5´ suunda jääva eksoni kõrval ja AG intronist 3´ suunda jääva eksoni kõrval. Nendest intronisse sissepoole jäävad vähemkonserveerunud alad. Üks neist on TACTAAC element, mis jääb introni 3´ splaissingu saidist 30 nukleotiidi ülepoole. Ekson-intron ühendusalade järjestus tRNA-de geenides ning struktuurgeenide puhul mitokondrites ja kloroplastides erineb eelpoolkäsitletust. Nende puhul on ka splaissingumehhanism teistsugune. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: (1) tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. Need ensüümid tunnevad
täpselt. Struktuurvalke kodeerivates, rakutuumas asuvates geenides paiknevate intronite otstes on lühikesed konserveerunud alad. 100%-liselt on konserveerunud dinukleotiidid GT intronist 5´ suunda jääva eksoni kõrval ja AG intronist 3´ suunda jääva eksoni kõrval. Nendest intronisse sissepoole jäävad vähemkonserveerunud alad. Üks neist on TACTAAC element, mis jääb introni 3´ splaissingu saidist 30 nukleotiidi ülepoole. Ekson-intron ühendusalade järjestus tRNA-de geenides ning struktuurgeenide puhul mitokondrites ja kloroplastides erineb eelpoolkäsitletust. Nende puhul on ka splaissingumehhanism teistsugune. Intronite väljalõikamine võib toimuda kolme erineva mehhanismi alusel: (1) tRNA prekursorite puhul teeb katked RNA ahelasse spetsiifiline splaissingu endonukleaas ning eksoneid sisaldavad RNA segmendid ühendatakse splaissingu ligaasi abil. Need ensüümid tunnevad
annaabi.ee 
