seostumine hemoglobiinile Hemoglobiin on neljast subühikust koosnev tetrameerne valk Iga subühik on võimeline siduma ühe O2 molekuli O2 seostumine ühele subühikule tõstab ülejäänud subühikute afiinsust O2 suhtes Subühikute vahel eksisteerib koostöö Allosteerilised ensüümid: sigmoidsed V versus [S] kõverad Substraadi kooperatiivne seostumine avaldub ka reaktsioonikiiruse kaudu Ensüümkineetika ei allu Michaelis- Menteni võrrandile Multimeerne ensüüm esineb kahe konformatsioonilise vormina T ja R TR T madal afiinsus S suhtes R kõrge afiinsus S suhtes Substraat seostub eelistatult R vormile ja stabiliseerib seda kõrgetel substraadi kontsentratsioonidel on kogu ensüüm R vormis ja aktiivsus on kõrge Homoallosteeria teravdatud kontroll substraadi tasemel Hüpoteetiline näide: ekstreemne homoallosteeria ehk äärmiselt tugev kooperatiivsus Võimaldab hoida substraadi kontsentratsiooni püsivana mingis küllaltki kitsas vahemikus [S]c
12.Omandatud ja kaasasündinud immuunsuse olulisemad erinevused. 13.Lümfoidse diferentseerumis suuna rakud. 14.Müeloidse diferentseerumis suuna rakud. 15.Monotsüüdid ja nende diferentseerumine. 16.NK rakud 17.B lümfotsüüdid 18.T lümfotsüüdid 19.Aktiivsed hapniku ühendid makrofaagides ja neutrofiilides. 20.Lümfi tsirkulatsiooni eripära. 21. Tüümuse roll. 22.Hapteenid ning nende immunogeensuse mehanism 23.Immuunoglobuliin domään . 24. Võrrelge antikehade Ch2 ja Vh domääni. 25.Konformatsioonilise ja struktuurse epitoobi võrdlus. 26.Dimeerse IgA ja sekretoorse IgA erinevus. 27.Võrrelge IgM ja IgG klassi antikehi. 28.IgA tüüpi antikehade bioloogiline roll. 29.IgM tüüpi antikehade bioloogiline roll. 30.Võrrelge imetajate IgG ja lindude igY bioloogilist rolli. 31. Fc retseptorid ja nende funktsioon. 32.Kameliidide IgG2 eripära. 33.Komplemendi aktiveerumise erinevad teed. 34.Zümogeenid. 35.C3 konvertaas, mis see on ja mida teeb? 36.Tioesterside-mis see on ja kuidas aktiveerub. 37
eksoplasmaatiline 4. Kirjelda importi tuuma ja eksporti tuumast, mis signaaljärjestused on vajalikud? Kirjelda tuumapoorikompleksi! Mis funktsioon? Impordiks tuuma on vaja tuuma impordi retseptorit Importiini ja Ran valku. Ran – G-valk, mis ringleb GTP ja GDP seotud vormina, andes energia ühesuunaliseks transpordiks. Importiin seondub NLSi sisaldava valguga ja FG-tuumaporiinidega. Importiin-valgu kompleks seondub Ran-GTPga, mis põhjustab konformatsioonilise muutuse importiinis ning NLSiga valk vabastatakse. Ka valkude ekspordiks tuumast on vajalik teatava signaaljärjestuse olemasolu. Siinkohal on tegemist tuuma ekspordi signaaliga (NES), mis koosneb lühikestest hüdrofoobsetest leutsiini-või isoleutsiinirikastest järjestustest. Eksport tuumast toimub impordiga sarnase mehhanismi abil, ainult vastassuunas. Paljud valgud sisaldavad nii NLS-e kui ka NES-e, mis tähendab, et nad liiguvad pidevalt edasi-tagasi tuuma ja tsütosooli vahel
Goutin = RT ln([K+]in/[K+]out) + ZK+ Foutin = 7720 J/mol - 6750 J/mol = 970 J/mol = 0,97 kJ/mol Kahe mooli K+ pumpamiseks rakku: Goutin = 2 x 0,97 kJ/mol = 1,94 kJ/mol NB! Membraanpotentsiaal soosib K+ pumpamist rakku Gtotal = 40,65 kJ/mol + 1,94 kJ/mol = 42,59 kJ/mol Rakus valitsevatel tingimustel on ATP hüdrolüüsi G reeglina vahemikus 45 kJ/mol kuni 50 kJ/mol Pumba kasutegur vahemikus 85% kuni 95% Kuidas Na+-K+ ATP-aas töötab? Pump võib esineda kahe konformatsioonilise vormina: Sisekeskkonda avatud kõrge afiinsus Na+ suhtes Väliskeskkonda avatud kõrge afiinsus K+ suhtes Valgu fosforüleerimine põhjustab sisse avatud konformatsiooni ülemineku välja avatud konformatsiooniks Kardiotoonsed steroidid nagu ouabaiin ja digitoksiin seostuvad pumbale ja lukustavad selle välja avatud konformatsiooni Kotransport süsteemid: sekundaarne aktiivne transport ATP hüdrolüüsi energia arvel töötavad ioonpumbad genereeivad
koodonite arvu, mida see tRNA ära tunneb. Kui ühte amonihapet kodeerivates koodonites on erinevus esimese kahe aluse osas, siis on neil erinevad tRNA-d. Võnkumise bioloogiline roll: tRNA dissotsiatsioon ja valgu süntees mRNA-lt on kiirem. RNA ehituse geomeetriast tulenevalt on RNA A vormis kaksikheeliksis G-nukleotiidil võimalik paarduda lisaks C'le ka U'ga. Selline paardumine saab stabiilselt toimuda teatud konformatsioonilise vabaduse olemasolu korral. G-U paardumiseks vajalik struktuurne vabadus on olemas koodon-antikoodon paardumisel koodoni kolmandas positsioonis (vastab antikoodoni esimesele tähele). Koodoni kolmanda positsiooni suuremat vabadust paardumisel nimetatakse "wobble" reegliks (wobble - ingl. k. võnkuma, võbisema). Vastavalt "wobble" reeglile võib koodoni kolmandas positsioonis toimuda G-C ja G-U paardumine võrdse eduga st
NAD+. Aktiivsait on seega nendel ansüümidel alkoholi suhtes mitte eriti kõrge spetsiifikaga. Samal ajal on koensüümi suhtes spetsiifika tunduvalt suurem, kuna NADP+ ei saa elektronide akseptorina funktsioneerida. Substraadi puudumisel on ADH aktiivsait okupeeritud vee molekulide poolt. Aktiivsaidis paikneb ka Zn2+ ioon, mis on vajalik katalüütiliseks aktiivsuseks. Zn on seotud ensüümiga kahe tsüsteiini jäägi ja ühe histidiiniga. Substraadi sidumine toob enesega kaasa konformatsioonilise muutuse ensüümi struktuuris, mis eemaldab vee molekulid aktiivtsentrist ja paigutab substraadid katalüüsi toimumiseks vajalikku positsiooni. Zn aatom seob koordinatiivse sidemega ka substraadi hapniku aatomi, stabiliseerides katalüüsi käigus tekkiva negatiivse laengu (alkoholi hüdroksüüli pKa väheneb aktiivtsentris umbes 14-lt kuni 6.4-ni). Ensüümi His51 seob kaudsel teel prootoni alkoholi molekuli koosseisust. See protsess
struktuurilist pinda, ja arvatakse, et need viirused seonduvad raku poolsele retseptoritele virioni pinnal asuvate silmuste (loop) kaudu. Polioviiruse genoomi sisenemine rakku Polioviiruse rakku sisenemise esimeseks etapiks on endotsütoos. Erinevalt teistest viirustest on polioviiruse genoomi sisenemine rakku pH sõltumatu, kuid absoluutselt vajalik on virioni interaktsioon retseptoriga (CD155. Retseptorile seondumine indutseerib virionis konformatsioonilise muutuse: virioni pinnale “väljub” VP1 valgu N-terminaalne ots. VP1 valgu N-terminaalses osas asub 30 AH pikkune amphipaatiline heeliks , mis interageerub raku memmbraaniga. Selle tulemusena moodustub virioni ühes tipus membraani läbiv kanal, mille kaudu virionis sisalduv RNA kantakse üle rakku. Polioviiruse RNA polümeraas Katalüütiliselt aktiivne on vaid vaba 3D. Puhtal kujul on 3D praimerist sõltuv ensüüm. Ruumiliselt struktuurilt on RdRp nn
Kui [I]=0, siis Kui [I], siis (tühine seostumine) Edaspidi, kui räägime mõjust Vmax-le, siis mõtleme tegelikult mõju kcat-le. 04.12.2017 Ebakonkurentne inhibitsioon (uncompetitive) - Kiu Kiu ebakonkurentse inhibitsiooni konstant Inhibiitor seostub ainult substraat-ensüüm kompleksile, vabale ensüümile ei saa seostuda. Substraadi seostumine peab ensüümis indutserima konformatsioonilise muutumise, mille tõttu saab võimalikuls inhibiitori seostumine. Lähtudes statsionaarse faasi eeldusest võime välja kirjutada kiirusvõrrandi. Näeme, et inhibiitorist sõltuvad nii Vmax kui ka KM. Vaatame kuidas kiirus sõltub substraadi kontsist substraadi muudame ise, kiirust mõõdame, inhibiitor on ühel kontsil (paneme või on seal). Inhibiitori kontsi võib lugeda konstandiks, sest see ei muutu. MM võrrand jääb üldkujul kehtima.
spetsiifilise retseptoriga, siis selle tagajärjel tekitatakse üks või mitu rakusisest signaali, mis muudavad selle sihtraku käitumist. rasvlahustuvad signaalmolekuli (näit. steroid- ja kilpnäärme hormoonid) retseptorid paiknevad tsütoplasmas, pärast seostumist ligandiga lähevad nad rakutuuma, seostudes seal teatud kindlate geenide regulaatorpiirkondadega Veeslahustuva signaalmolekuli roll seostumisel retseptoriga seisneb konformatsioonilise muutuse tekitamises retseptoris. Vabade Ca-ioonide eemaldamine raku tsütosoolist. Signaaliülekanne rakus. Raku pinna retseptorid kuuluvad ühte kolmest võimalikust klassist: 1) ioonkanal-retseptor 16 Ligandi seostumisel retseptoriga muutub selle konformatsioon ning tekib vaba läbipääs teatud ioonidele. Selline on näit. atsetüülkoliini retseptor lihasrakkudel.
sisaldavad CREBi sidumissaite. Kui fosforüülitud juhusliku keerdkonformatsiooniga CREBi aktivatsioonidomään integreerub CBPga, siis toimub konformatsiooniline muutus ja moodustuvad 2 heeliksit, mis keerduvad ümber CBP interaktsioonidomääni. Ligand-siduvad domäänid funktsioneerivad tuuma-retseptoritel kui aktivatsioonidomäänid, kui nad on ligandseoselises vormis. Ligandi sidumine indutseerib konformatsioonilise muutuse, mis lubab ligand-siduval domäänil ligand-seoseliselt anda interaktsioone ka tuuma-retseptorite ko-aktivaatori lühikese -heeliksi domääniga, mille tulemusena moodustub kompleks, mis aktiveerib nende geenide promootoreid, mis sisaldavad tuuma-retseptori sidumissaiti. 23. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a)sarnaneb, b)erineb TATAbox-st? Sidumissait on ala DNA-l, millele transkriptsioonifaktor seondub. Mõlemad on transkriptsioonifaktorite sidumisalad
erinevatel geenidel erinev, aga seda vaatleme lähemalt eraldi. Geneetilise koodi struktuur väljendub ka tRNA ehituses ja koodon-antikoodon seondumise spetsiifikas. Koodon-antikoodon interaktsioon toimub ribosoomis, kus mRNA koodonile seatakse vastavusse tRNA antikoodon. RNA ehituse geomeetriast tulenevalt on RNA A vormis kaksikheeliksis G-nukleotiidil võimalik paarduda lisaks C'le ka U'ga. Selline paardumine saab stabiilselt toimuda teatud konformatsioonilise vabaduse olemasolu korral. G-U paardumiseks vajalik struktuurne vabadus on olemas koodon-antikoodon paardumisel koodoni kolmandas positsioonis (vastab antikoodoni esimesele tähele). Koodoni kolmanda positsiooni suuremat vabadust paardumisel nimetatakse "wobble" reegliks (wobble - ingl. k. võnkuma, võbisema). Vastavalt "wobble" reeglile võib koodoni kolmandas positsioonis toimuda G-C ja G-U paardumine võrdse eduga st. nii koodoni kolmandas positsioonis kui antikoodoni
1. E + aa + ATP – E ATPaa – E AMP-aa + PP 2. E AMP-aa + tRNA – E AMP-aatRNA – EaatRNA + AMP – E + aa-tRNA aminoatsüül-tRNA süntees on väga täpne – vigade sagedus 10-5 . tRNA valik süntetaasi poolt toimub kahes etapis: 1) seondub süntetaas stabiilselt vaid „sobiva“ tRNA molekuliga 2) toimub vaid „õigele“ tRNA –le AH liitumine kiiresti – vale tRNA võib küll süntetaasiga seonduda, aga teda ei aminoatsüleerita. õige tRNA molekul indutseerib süntetaasil konformatsioonilise muutuse, mis kiirendab aminoatsüleerimise reaktsiooni. vale tRNA molekul süntetaasi konformatsioonilist muutust esile ei kutsu, jõuab enne ensüümi pinnalt lahkuda, kui keemilise sideme süntees aset leiab. kineetiline veerulugemine – valiku mehhanism, mis põhineb reaktsioonide kiiruste erinevusel. AH valik toimub neil süntetaasidel, mille substraadil on keemiliselt lähedasi „valesid“ aminohappeid, ka mitmeastmeliselt. (Ile, millel on lähedased Val ja Leu).
Siiski, kahekomponentsete süsteemide paljud sensorid on dimeerid ning nende transmembraansed osad hoitakse üksteisest eemal tsütoplas-maatilise lingu abil. Kui EnvZ seondub ligandiga, siis monomeeride transmembraansed osad dimeriseeruvad ning moodustavad nelja transmembraanse domeeni puntra ning libisevad kolvina üles-alla. Teine võimalus on, et signaali vastuvõtmine põhjustab monomeeride pöörlemise ümber oma telje, mis annab konformatsioonilise muutuse edasi HATPaassele domeenile. Üldiselt sensori vastuvõtvad sensordomeenid on nõrgalt dimeriseerunud, kuid HAMP-domeen ja histidiinkinaassed osad dimeriseeruvad. Sellest johtuvalt võib sensor moodustada heterodimeere mõne teise spetsiifilise transmembraanse sensori monomeeriga, mis on signaali vastuvõtmisel ja edasikandmisel regulatoorse tähtsusega. Näiteks Pseudomonas aeruginosa kahekomponentse süsteemi sensor GacS on
annaabi.ee 
