1. Degradatsioon Süntees 1 Lokatsioon rakus mitokonder tsütosool 2 Atsüülrühma kandja CoA ACP valk 3 Kovalentne side atsüüli ja tioester side tioester side kandja vahel 4 Elektronkandja(d) NADH, FADH2 NADH 5 ATP vajadus 2 fragmendiga -> 1 ATP 2 fragmendiga -> 1 ATP 6 Produkstiks/doonoriks on 2 2 xx C-aatomit sisaldavad ühendid 7 Millisest rasvhappe ptsast karboksüüli metüüli toimub ahela lühenemine/ kasv 2. Asendamatuteks rasvhapetekes loetakse linoleenhape ja linoolhape, sest inimese organismis puuduvad sünteesikd vajalikud ensüümid + palmithape, palmitolehape, stearhape, olehape. 3
Flavonoolid on vees raskesti lahustuvad kollakad ühendid. Kõige sagedamini esinevad nad taimes aglükoonidena, milleks on kemferool, kvertsetiin ja müritsetiin. Glükolüseerimata kujul on nad vees lahustumatud ning esinevad eeterlikes õlides ja ka puidus ja lehtedes. Milliseid keemilisi elemente sisaldab? Flavonoidide rühma lähteühendeiks võib pidada 1,3- ja 1,2-difenüülpropaani. Tegemist on ühenditega, mille molekulis on kaks aromaatset tuuma A ja B, mis on ühendatud C3-fragmendiga. B-tuuma erineva liitumise tulemusena moodustuvad erinevad flavonoidühendid. Flavonoolid: Kemferool trihüdroksüflavonool ( R=R'=H) Kvertsetiin tetrahüdroksüflavonool (R=OH, R'=H) Müritsetiin pentahüdroksüflavonool ( R=R'=OH) Flavonooli keemiline struktuur Kus flavonoole leidub raku ja organismi (taime) tasemel? Millistes taimedes? Flavonoidide tähtsusest üldisemalt. Flavonoolid (nagu ka kõik flavonoidid) asuvad vees lahustunud kujul
Selle tulemusel eemaldatakse vektori 5'fosfaat rühmad ja vektor ei religeeru iseendaga kokku. 3. Tömpide otstega DNA lõikude paremaks sisestamiseks kasutatakse ka linkereid või adaptereid. Linkerid ja adapterid on kaheahelalised sünteetilised oligod, mis sisaldavad restriktaaside poolt äratuntavaid DNA järjestusi (restriktsiooni saite) Esimeses ringis ligeeritakse adapterid või linkerid, mida võetakse DNA fragmentide suhtes suures ülehulgas, et ligeerimisel liidetaks iga fragmendiga adapterid või linkerid. Seejärel linkeritega varustatud DNA restrikteeritakse, et eemaldada linkerite ülearused osad. Edasi fragment puhastatakse ja ligeeritakse soovitud vektorisse.
26. Selgita patsiendile, millised kõrvaltoimed võivad tekkida, kui manustatakse tsefalosporiinide rühma antibiootikume? Allergia 5%, neerude kahjustus, tuubulite nekroosi, diarröa, harva luuüdi kahjustus, granulotsütopeenia. 27. Millega on seotud makroliidide toimemehhanism? a) DNA-sõltuva RNA-polümeraasi pärssimisega b) valgu sünteesi inhibeerimisega ribosoomi 50 S alaühikul c) mikroobiraku seina kahjustamisega peptidoglükaani moodustamisel konkureerimisega D- alanüül-Dalaniini fragmendiga d) valgu sünteesi inhibeerimisega ribosoomi 30 S alaühikul 28. Makroliidid on kitsa toimespektriga/laia toimespektriga ühendid, toimivad peamiselt G-positiivsesse mikrofloorasse/ G-negatiivsesse mikrofloorasse (bakteriostaatiline toime) 29. Makroliidide resistentsuse põhjusteks on a) ribosomaalse RNA metüleerumine b) antibiootikumi inaktivatsioon mikrobiaalsete ensüümide toimel c) suurenenud effluks pumba mehhanism 30. Milline tekitaja on õige
lõigud viiakse lahuses kokku ja nad ühinevad komplementaarsuse alusel, kleepuvate otste vahele tekivad vesiniksidemed. Ensüüm ligaasi abil ühendat eri päritolu lõigud kovalentsete sidemetega, tekib rekombinantne DNA molekul. Bakterid kaitsevad end sedasi viiruste eest. 46. DNA kloneerimise etapid. 1)DNA lõigatakse restriktaasi abil fragmentideks ja segatakse bakterite plasmiididega, mis on lahti lõigatud sama restriktaasiga 2)Iga plasmiid ühineb võõra fragmendiga. Ligaasi toimel ühinevad ahelate otsad 3)Bakterid võtavad rekombinantsed plasmiidid endasse, saadakse kloonbakterite kogumid 4)Kolooniad eraldatakse. Siiratud fragment(DNA) paljuneb koos bakteritega, saadakse DNA-pank. 47. Mis on cDNA? Kodeeriv DNA e eksonid. Paiknevad eukarüootide geenis vaheldumisis intronite e mittekodeerivate aladega. Neis oleva nukleotiidijärjestuse alusel järjestat ribosoomis aminohapped sünteesitavasse valgumolekuli
DNA võib hambast välja voolata. Mis juhtub migreeruva DNA-ga, kui elektroforees „ununeb“ jooksma mitmeks tunniks? Kus on DNA? Mida kauem hoidad, seda kaugemale DNA liigub. Lõpuks meil ei ole geelis enam DNAd näha, sest DNA läheb puhvrisse. Praktiline töö nr.4: DNA puhastamine agaroosgeelist Eesmärk: Huvipakkuva PCR produkti väljapuhastamine geelist. Materjalid: Võimalikult täpselt Agaroosgeeli tükk DNA Meile huvipakkuv DNA välja lõigatud fragmendiga fragment (0,15g) 450 µl ADB puhver Kõrge soolakonsentratrsioon ja sobilik pH, et DNA seonduks SiO2’le. 7 2 x 200 µl DNA pesupuhver Et kõrvalistest ainetest lõplikult vabaneda.
5. DNA analüüsid a) isaduse ja emaduse tuvastamine - murrang, sest vanasti suudeti tuvastada vaid isaduse eitamist b) hukkunute säilmete tuvastamine - eeldab võrdlusmaterjali olemasolu, mis pärineb veresugulastelt c) pärilike haiguste eelsoodumuse tuvastamine - vaja on teada spetsiifilisi nukleotiidjärjestusi, millel põhineb haigusrisk; uuritavalt isikult DNA proovi, mida kordistatakse (polümeraasi ahelreaktsioon) ja võrreldakse analüüsitava fragmendiga. Kui uuritaval isikul on vastav nukleotiidijärjestus, esineb ka vastav haigusrisk. 6. Modelleerimine loomkatsetel a) leida loomi, mis kannatavad samade pärilike haiguste all, mis inimestel on. Nt verehüübimatus hobustel ja koertel; hamstrid, merisead põevad II tüüpi diabeeti. b) transgeensete katseloomade valmistamine, mille baasil saab uurida pärilikke ja mittepärilikke haigusi. Levinuimad hiired, kel on osad geenid välja löödud või juurde lisatud.
siis eemaldatakse antud fluorofoor ja blokaatorgrupp. SOLID tehnoloogia põhineb sünkroonsetes ligeerimistsüklites. SOLID tehnoloogia kasutab DNA amplifitseerimises emulsioon- PCR meetodit. DNA fragmentide raamatukogu valmistatakse mikrokuulidel. PCR-i lõpptulemusena on iga kuulike kaetud tuhandete koopiatega algsest fragmendist. Seejärel vastavalt rakendusele asetatakse kuulid klaaspinnale. Fluorestsentsvalgus eraldub alles siis kui üksikahel ligeeritakse olemasoleva fragmendiga. SOLiD kasutab samuti nelja värviga fluorestsentsmarkeerimist, et kaardistada võimalike nukleotiidide kombinatsioone Miks on oluline teada organismide genoomide täispikki järjestusi? Selle abil on võimalik koostada evulutsiooni puid või arendada välja kindlaid mehhanisme sihtivaid ravimeid. Näiteks meditsiinis saab seda kasutada haiguste identifitseerimiseks ja potentsiaalselt ka ravi väljatöötamiseks erinevatele geneetilistele haigustele.
märgistamine). E.M. Southern töötas välja meetodi DNA fragmentide kindlakstegemiseks agaroosgeelis. Restrikataasi abil lôhustatud kaksikahelalise DNA fragmentide elektroforeetilise lahutamise järel denatureeritakse DNA topeltahelad üksikahelateks NaOH abil. Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. 49. Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC
Northern blotting ("lõuna" ja "pôhja" märgistamine). E.M. Southern töötas välja meetodi DNA fragmentide kindlakstegemiseks agaroosgeelis. Restrikataasi abil lôhustatud kaksikahelalise DNA fragmentide elektroforeetilise lahutamise järel denatureeritakse DNA topeltahelad üksikahelateks NaOH abil. Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. 51. Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Antikehad on immuunsüsteemi efektiivsed tööriistad kahjustavate haigustekitajate ja võõrühendite spetsiifiliste struktuuride äratundmisel ja eemaldamisel 1) ANTIGEENIDE KINDLAKSTEGEMINE 2) MEDITSIINILINE JA VETERINAARNE DIAGNOSTIKA 52
("lõuna" ja "pôhja" märgistamine). E.M. Southern töötas välja meetodi DNA fragmentide kindlakstegemiseks agaroosgeelis. Restrikataasi abil lôhustatud kaksikahelalise DNA fragmentide elektroforeetilise lahutamise järel denatureeritakse DNA topeltahelad üksikahelateks NaOH abil. Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. 42.Kromatograafia. Kromatograafia on üldmõiste mitmesuguste laboratoorsete füüsikalis-keemiliste meetodite kohta, mida kasutatakse ainete segu komponentide lahutamiseks paljukordse sorptsiooni ja desorptsiooni tingimustes.
Northern blotting ("lõuna" ja "pôhja" märgistamine). E.M. Southern töötas välja meetodi DNA fragmentide kindlakstegemiseks agaroosgeelis. Restrikataasi abil lôhustatud kaksikahelalise DNA fragmentide elektroforeetilise lahutamise järel denatureeritakse DNA topeltahelad üksikahelateks NaOH abil. Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. Kromatograafia valkude puhastamisel. Valkude eraldamine kromatograafiliselt (st puhta või rikastatud valgu eraldamine bioloogilistest materjalist (taimeleht, organell, aju, rakukultuur, bakterimass) ‘’segudest’’’ – nt lüüsitud rakkudest/kudedest) 1
-----Valgud ristseotakse (crosslinking) genoomsele DNA-le in vivo. -----DNA lõigatakse ensüümidega või mehhaniliselt -----DNA-valk kompleksid immunopretsipiteeritakse -----Eri allikatest pärit (kotroll ja test DNA) kompleksidega seostatakse linkerid ja amplifitseeritakse ning märgistatakse erinevate värvidega -----Tulem hübridiseeritakse kiipidele -----Mida erinevam on signaali erinevus fragmentide vahel, seda tugevam on valkude seostumine antud fragmendiga -Kaardistamine kasutades DNA adeniin metüültransferaasi määramist ------DNA adeniin metüültransferaas seotakse kromatiiniga seostuvatele valkudele ja ekspresseeritakse rakkudes ------Kimäärne valk seostub kromatiiniga ja metüleerib naabruses asuva adeniini. ------Metülatsioonitundlik DpnI lõikab DNA metüleeritud GATC saitides. ------Fragmendid eraldatakse suuruse järgi, märgistatakse ja hübridiseeritakse kiipidega 24
("lõuna" ja "pôhja" märgistamine). E.M. Southern töötas välja meetodi DNA fragmentide kindlakstegemiseks agaroosgeelis. Restrikataasi abil lôhustatud kaksikahelalise DNA fragmentide elektroforeetilise lahutamise järel denatureeritakse DNA topeltahelad üksikahelateks NaOH abil. Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. 42.Kromatograafia. Kromatograafia on üldmõiste mitmesuguste laboratoorsete füüsikalis-keemiliste meetodite kohta, mida kasutatakse ainete segu komponentide lahutamiseks paljukordse sorptsiooni ja desorptsiooni tingimustes.
6) Tavaliselt uuritavaks materjaliks veri (nabaväädist) V DNA-analüüsid: 1) Isade ja emade tuvastamine 2) Hukkunute säilmete tuvastamine 3) Pärilike haiguste eelsoodumuste tuvastamine: a. On vaja teada spetsiifilisi nukleotiidijärjestusi, millel põhineb haigusrisk b. Vaja uuritavalt isikult DNA proovi c. Seda DNA-proovi kordistatakse polümeraasi ahelreakstiooniga ja võrreldakse analüüsitava fragmendiga. Kui selgub, et uuritaval isikul vastav nukleotiidijärjestus on, siis esineb ka haigusrisk VI Modelleerimine loomkatsetel: 1) Leida loomi, kes kannatavad samade pärilike haiguste all nagu inimesed 2) Transgeensete katseloomade valmistamine, mille baasil saab uurida pärilikke ja mittepärilikke haigusi Inimese pärilikud puuded: 1) Genoommutatsioonid: Autosoomidega 13., 18., ja 21. kromosoome kolmekordsus
nukleotiidahelat sünteesida. Polümeraasil on vaja vaba 3’ hüdroksüülrühma, mille külge haakuda 1) Viivisahelal on ahela ühes otsas RNA praimer ja teises otsas sünteesib DNA primaas uue RNA praimeri. 2) DNA polümeraas seondub uuele RNA praimerile ja sünteesib Okazaki fragmendile uue DNA ahela kuni vana DNA praimerini 3) Eksonukleaasidega eemaldatakse RNA praimer ja asendatakse okazaki fragmendiga 16. Imetaja DNA replikatsiooni kahvel Inimese rakutuumas sünteesitakse juhtiv ja mahajääv ahel Pol α ja Pol δ abil ning mitokondris Pol γ abil. Juhtivalt ahelalt liigub replikatsioonikahvel 3’-5’ suunas – see võimaldab komplementaarse ahela sünteesi 5’→ 3’ suunas. Mahajääval ahelal liigub kahvel 5’→ 3’ suunas, mistõttu ei saa mahajäävat ahelat replikatsioonikahvli liikumise suunas pidevalt sünteesida. Mahajääv ahel sünteesitakse fragmentide kaupa. 17
Füsioterapeutilist hindamist ja ravi ei saa soovitada standard juhendi alusel, sest kaks patsienti ei ole kunagi identsed. Füsioteraapia akuutse ebastabiilse luumurru korral Peamised printsiibid: Tuleb vältida igasugust lihase kontraktsiooni, mis võib liigutada luuotsi- see takistab paranemist, põhjustab valu ning luuotste kõrvalekallet. See võib juhtuda, kui tugev lihasgrupp on seotud väikse luumurru fragmendiga nt. iliopsoaslihase kontraktsioon ja reieluu proksimaalse fragmendi murd. Kui luumurd on ebastabiilne, siis vastav piirkond peab olema toetatud, kuid harjutusi tohib teha jäseme distaalsetele osadele. Näiteks õlavarreluu murru korral, vaatamata sellele, et kätt toetatakse tugisidemega, võib teha harjutusi küünarliigesele, randmele ja labakäele. Liigese liikuvus Et suurendada liigese liikuvust ning tagada patsiendile kindlustunne, on igasuguse
annaabi.ee 
