Erinevaid praimereid saab sünteesida vastavalt soovitavale DNA lõigule. Geel – elektroforees: - DNA proov kantakse geeli “hambasse” koos lahust raskemaks tegeva värvainega - Elektroforeesil liiguvad eri pikkusega DNA järjestused erineva kiirusega, lühemad kiiremini - Võrdluseks liiguvad geelil ka standardsed pikkusmarkerid, mille pikkus, nukleotiidide hulk on teada - Kasutatakse ainult DNA-ahelale seonduvat fluorestseeruvat värvi, mis võimaldab neid elektroforeesijärgselt detekteerida - Eri pikkusega DNA lõikudse kogumikele vastavad kriipsukesed geelil või sellest tehtud pildid Kordamisküsimused 1. Põhikursuses õpitud molekulaargeneetika kordavalt – replikatsioon, transkriptsioon, translatsioon. Nende protsesside mõisted, toimumiskohad rakus, ensüümid, toimumiskäigud. - Translaktsioon: RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevalt
Endoskoopia on näidustatud muuhulgas verikusesuse põhjuse diagnoosimiseks ja kusepõie kasvaja kahtluse korral. Protseduuri tegemisel patsient tavaliselt lamab, jalad eriliselt toetatud. Lastel tehakse protseduur narkoosi all, täiskasvanuile piisab kusitisse süstitud tuimestusgeelist. Tsütoskoobiga on nähtav limaskesta struktuur. Samal ajal võidakse võtta koeproovi tükke. Samuti võib süstida selle käigus kusepõide fluorestseeruvat värvainet, mis kinnitub põie pinnale, eriti hästi normaalsest erinevale limaskestale. Hiljem vaadeldakse põie limaskesta ultraviolettvalguses. Vaatluse käigus saab teha ka raviprotseduure. Kui põies on põiekive, võib need purustada ja eemaldada. Ka verikusesust tekitanud verejooksu koha võib tsütoskoopia ajal koaguleerida (Kaukua ja Mustajoki 2005). GÜNEKOLOOGILISED UURINGUD Kolposkoopia
Selljuhul võib sessoonse depressiooni raviks kasutada valgusteraapiat. Selle põhimõte on järgmine: ere hommikune valgus pidurdab ajus melatoniini hilinenud eraldumise. On teada, et sügismasenduse puhul ei suurene melatoniini kontsentratsioon veres mitte öösel, vaid hommikusel ajal. Sellest on tingitud bioloogiliste rütmide häired, mis toovadki kaasa soovimatud muutused organismis (4). Valgusteraapias kasutatakse täisspektri fluorestseeruvat valgust 2500 luksi. See on umbes 200 korda tugevam tavalisest toavalgusest. Valgusravi seansid toimuvad tavaliselt hommikuti enne päikesetõusu ja kestavad umbes tund aega. Patsient peab silmad kogu aeg lahti hoidma ja aegajalt valgusallikasse vaatama. Teraapia mõju on enamasti tunda 2-4 päeva pärast. Kui kümme hommikust seanssi ei anna tulemust, proovitakse seansse läbi viia õhtuti (4). Valgusteraapiat tehakse Tartu Ülikooli kliinikumi psühhiaatriahaiglas. Ravi saamiseks tuleb
siirdamine rakkude ja organismide geneetilise informatsiooni muutmiseks või nende kasutamine pärilike haiguste diagnoosimisel ja indiviidide geneetilisel tuvastamisel. 3. Kirjuta lühendi GMO pikem mõiste, mida see tähendab. GMO ehk geeniliselt muundatud organismid tavakeeles populaarne väljend transgeense ehk siirdgeense organismi tähistamiseks. 4. Mis põhjustab sebrakala fluorestsentsvärvi? Sebrakalale siirdatud genoom on fluorestseeruvat valku kodeeriv geen meduusilt, mis põhjustab kala fluorestsentsvärvuse. 5. Millal loodi esimesed rekombinantsed viirused ja plasmiidid? Esimesed rekombinantsed viirused ja plasmiidid loodi 1973. aastal. 6. Miks osutusid genoomipangad tehnogeneetilistes uuringutes ja rakenduste väljatöötamisel äärmiselt kasulikuks? Genoomipangad osutusid tehnogeneetilistes uuringutes ja rakenduste väljatöötamisel
“mustade punktikestega” laik – juuksed on murdunud ketendava peanaha lähedalt siledad juusteta laigud keerion – väga põletikuline ja mädane kolle Tavaliselt on põletikunähud tagasihoidlikud. Seenespooride kandjatel ei pruugi olla mingeid tunnuseid või on vaid vähene ketendus peanahal. Loomadelt saadud (M.canis) seeninfektsiooni vaatamisel Wood`i lambi (pikalaineline ultraviolettvalgus) all võib näha koldes rohelist fluorestseeruvat värvust. Peaseen võib põhjustada mujal kehapiirkondades allergilist laadi lööbeid, mis ise seeneelemente ei sisalda. Neid lööbeid võib esile kutsuda ka suukaudne seenevastane ravi (2-6 näd peale ravi alustamist). Tavaliselt võivad tekida tihedad, sügelevad villilised laigud kehatüvel või ka väikesed sõlmekesed otsmikul. Diagnoosimine Peaseene diagnoosi kinnitab mikroskoopiline preparaat ja külv nahalt ja juuste juurtelt saadud materjalist.
milliseid põhikomponente selleks vajatakse, millised on RT-PCRi põhietapid? Kasutatakse: viiruste kvantiteerimiseks, geeniekspressiooni kvantiteerimiseks, DNA kahjustuse mõõtmiseks, kvaliteedikontrolliks ja proovide valideerimiseks, genotüpiseerimiseks, patogeenide detekteerimiseks. Kvantifitseerimiseks, kasutatakse fluorestseeruvaid värvaineid (fluorofoore). Põhietapid: 1) PCR produkti kogust mõõdetakse pärast iga tsüklit (reaalajas) 2) Fluorestseeruvat signaali jälgitakse reaktsiooni kestel ja tema intensiivsus korreleerub moodustunud PCR produkti hulgaga 3)Seatakse mingi värvi fluorestsentsi intensiivsuse lävi ülalpool baasfluorestsentsi ja allpool maksimaalset fluorestsentsi 4)Ct (threshold cycle) – lävetsükkel, s.o tsükli number, mil fluorestsents ületab seatud läve 9. Mille poolest PCR erineb RT-PCR-st? 10. Mis on GMO? GMO – on geneetiliselt muundatud organism, mille pärilikkustegureid (genoomi) on
Denatureeritud ahelad kantakse üle nitrotselluloos kilele. Kile viiakse sondi sisaldavasse lahusesse. Sond hübridiseerub vastava üksikahelise DNA fragmendiga ja tema asukoht elektroforegrammil on vôimalik kindlaks määrata, kuna sond on märgistatud. Northern blotting'iks nimetatakse RNA fragmentide määramist samal meetodil. 49. Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros- koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. 50
Seda tehakse kuumutamisega, millele järgnevalt tuvastatakse vaatlusega uuritava sondi ehk märgistatud ahela asukoht. Seda meetodit saab kasutada selleks, et lokaliseerida DNA järjestusi kromosoomides, tuvastada RNA-d või viiruslikku DNA-d. In situ hübridisatsiooni kasutatakse, et leida kindlad nukleiinhapete järjestuste asukohad koes või kromosoomis. See on hädavajalik samm geenide organisatsiooni, regulatsiooni ja funktsiooni mõistmises. Fluorestseeruvat DNA in situ hübridisatsiooni (FISH) saab kasutada haiguste diagnostikas kromosoomide terviklikkuse kindlakstegemisel. RNA ISH-d kasutatakse erinevate RNA-de (mRNA-d, lncRNA-d ja miRNA-d) mõõtmiseks ja lokaliseerimiseks kudede sektsioonides, rakkudes ja ringlevates kasvajarakkudes. --- Tänu DNA, RNA molekulide vôimele siduda vabasid NH- id on vôimalik tetaud NH- järjestusega vabade märgistatud DNA-fragmentide abil avastada komplementaarse
funktsiooniga valgu järjestusega Affiinsuskromatograafia ja immunosadestamine võimaldavad leida seostunud valke Valgu funktsiooni uurimisel võib kasutada liitvalke (fusion proteins), samuti võib nende abil valku rakus lokaliseerida. 47.Antikehad ja liitvalgud Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. 47. GMO
valgu järjestusega · Affiinsuskromatograafia ja immunosadestamine võimaldavad leida seostunud valke Valgu funktsiooni uurimisel võib kasutada liitvalke (fusion proteins), samuti võib nende abil valku rakus lokaliseerida. 44.Antikehade ja liitvalkude kasutamisvõimalusi molekulaarbioloogias Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. - 45. Viirused. HIV
lisafaktorid, mis molekuli lahutamise järel oma partneritest on eemaldatud) In vivo: bioloogilise protsessi või molekuli analüüs organismi (või raku) sees + uuritava molekuli füsioloogiline konteksti pole muudetud - tehniliselt komplitseeritud ja kallis Antikehade ja liitvalkude kasutamisvõimalusi. Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin- isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid.
Uurimismaterjal: veri, karvad (karvasibul), sperma, limaskesta rakud, koeproov. 4. 8. Milleks kasutatakse kvantitatiivset polümeraasi ahelreaktsiooni (RT-PCR), milliseid põhikomponente selleks vajatakse, millised on RT-PCRi põhietapid? * Patogeenide (sh viiruste) kvantiteerimine ja identifitseerimine * geeniekspressiooni kvantiteerimine * DNA kahjustuste mõõtmine * proovide valideerimine * genotüpiseerimine (geenikaardi loomine). Lisatakse fluorestseeruvat värvainet (SYBR Green). Termotsükleril on fotodetektorid fluorestsentsi mõõtmiseks. Seatakse fluorestsentsi intensiivsuse lävi ülevalpool baasfluorestsentsi (nii et mõõtmine toimuks eksponentsiaalses faasis). Ct on lävetsükkel – tsükli number, mitu korda fluorestsents on ületanud seatud läve. Fluorestsentssignaali jälgitakse reaktsiooni kestel ja intensiivsus vastab moodustunud PCR produkti hulga, mida mõõdetakse pärast igat tsüklit. Faasid: 1
valgu järjestusega • Affiinsuskromatograafia ja immunosadestamine võimaldavad leida seostunud valke Valgu funktsiooni uurimisel võib kasutada liitvalke (fusion proteins), samuti võib nende abil valku rakus lokaliseerida. 48. Antikehade ja liitvalkude kasutamisvõimalusi Tamme, Loeng 6, slaid 16 Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. 49
valgu järjestusega · Affiinsuskromatograafia ja immunosadestamine võimaldavad leida seostunud valke Valgu funktsiooni uurimisel võib kasutada liitvalke (fusion proteins), samuti võib nende abil valku rakus lokaliseerida. 48. Antikehade ja liitvalkude kasutamisvõimalusi Tamme, Loeng 6, slaid 16 Antikehade kasutamine molekulaarbioloogias Flourentsmikroskoopia: Väga laialt on levinud rakubioloogias nn. immuunfluorestsentsi meetod, mis põhineb fluorestseeruvat värvainetega konjugeeritud antikehade kasutamisele. Enamlevinud fluorokroomidena antikehade märgistamiseks kasutatakse FITC (fluorestsiin-isotiotsüanaat), TRITC (tetrametüül-rodamiin- isotiotsüanaat ) PE (fükoerütriin) jt. Fluorestsentsmikros-koobis on valgusallikaks elavhõbedalamp, mis annab lühilainelist kiirgust (paljudel lainepikkustel). Immuunfluorestsents: Elavhõbedalambiga valgustatakse helendavate värvainetega märgistatud antikehasid. 49
järjestuste kaardistamiseks ning nende puudumise või olemasolu kinnitamiseks. Kasutatakse geenide positsioonide identifitseerimiseks, kromosomaalsete hälvete diagnoosimisel, tervete kromosoomide värvimisel, interfaasi kromosoomide analüüsimisel jne. Kromosomaalne sihtmärk-DNA denatureeritakse ning hübridiseeritakse märgistatud prooviga/sondiga, mis on samuti eelnevalt denatureeritud ja märgistatud fluorofoori või hapteeniga. Fluorestseeruvat 3 reportermolekuli on näha fluorestsentsmikroskoobiga ning saadakse infot teatud geneetilise aberratsiooni olemasolust või puudumisest. Plussid – saab uurida kromosomaalseid aberratsioone mittejagunevates rakkudes. On kõrge tundlikkuse ja spetsiifilisusega. Ulatusliku detekteerimisvõimega – saab mitmeid erinevaid teadaolevaid aberratsioone uurida.
erinesid. Nüüd on paljud nendest liikidest kantud uutesse perekondadesse Burkholderia, Comamonas, Deleya, Ralstonia jt. Praeguses perekonnas Pseudomonas eristub hästi fluorestseeruvate pseudomonaadide rühm, kuhu kuuluvad P. fluorescens, P. aeruginosa, P. putida ja P. syringae. P. aeruginosa on tüüpiline mullamikroob, denitrifitseerib ja osaleb N-ringes. Monotrihh, toodab proteaase ja elastaasi, fluorestseeruvat pigmenti ja sinakat pigmenti püotsüaniini. Kolooniad sageli limased tänu kapslile (alginaat). Kapsel on ka üks olulisim virulentsusfaktor, mis aitab tal koloniseerida igasugu pindasid. On tinglik patogeen. Põhjustab haava-, uro-, kõrva-, silma- hingamisteede- jt. infektsioone. Kuna ei ole invasiivne, vajab sissetungimiseks koevigastust. Koloniseerib edukalt põletushaavu (haava pind kattub sinirohelise mädaga) ja teisi suuri haavasid. Ta on tüüpiline haiglainfektsioonide põhjustaja.
annaabi.ee 
