matriitsina DNA-d. • TATA-box on TATA järjestus, paljude eukarüootsete geenide promootoralas olev konsensusjärjestus, mis seob üldist transkriptsioonifaktorit ja määrab seega ära transkriptsiooni alguskoha. • TBP on esimene valk, mis ”istub” TATAbox promootorile, TATA-siduv proteiin. Temal on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP seondub DNA väiksese valku, rikub DNA normaalse dupleksi struktuuri, koolutades/väänates DNAd oluliselt. • Mediaator on multiproteiinne kompleks, mis toimib transkriptsioonikoaktivaatorina kõigis eukarüootides. • HAT (histoonatsetülaasid) - põhjustavad histooni N-terminaalsete sabade hüperatsetülatsiooni, tänu millele generaalsed transkriptsioonifaktorid seonduvad tugevamini. • HDAC (histoondeatsetülaasid) - need valgud põhjustavad nukleosoomides, mis seonduvad TATA-
ta peab erinevarele agresiivsetele keskkondadele vastu. 1.4.1 Dupleks terased Dupleks terased koosnevad kahest faasist, austeniidist ja ferriidist ning umbes pooleks. Neid kasutatakse heade mehaaniliste omaduste tõttu, nagu korrosioonikindlus. Dupleks teras on peaegu kaks korda tugevam kui tavaline feriit või austeniit teras. Dupleksil on oluliselt parem kõvadus kui feriidil, kuigi väiksem kõvadus kui austeniidil. [13] Dupleksi märgistus on EN 10088 1.4.2 Dupleks sulam 2304 Tõmbetugevus 600-830 N/mm2 Voolepiir 400 N/mm2 Väga hea korrosiooni kindlus Kõvadus-260HB [14] Keemiline C Si P S N Cr Ni Mo Cu Mn element max max max max max max max max max Dupleks 0.05- 22.0- 0.030 1.00 2.00 0.035 0.015 3
DNA replikatsiooni initsiatsioon on limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide - ori regioonide olemasoluga. Nimetus ori tuleneb inglisekeelsest terminist "origin of replication". Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O oril puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A- T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. DNA ahelate lahtisulamise tulemusena ilmneb struktuur, mida nimetatakse replikatsiooni mulliks ehk silmaks (lokaalne denaturatsiooni ala). E.Coli'l alguspunktiks oriC (13mer, 13bp jarjestus on 3-s tandeemses korduses ja 9-mer 4-s
Leidis kinnitust. 50)DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. -limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide-ori regioonide olemasoluga. -on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. -praimerit on vaja selleks et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'OH ots kuhu DNS polümeraas saab liita nukleotiide.Praimeriks võib olla kas DNA või RNA.Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas, DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena.Kuna DNA dupleksi avamine on kergem A-T rikastes regioonides on ori regioonid alati A-T rikkad. 51)Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites.Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteril E.Coli on leitud 5 DNA polümeraasi(I,II,III,IV,V) I ja II osalevad DNA vigade parandusel III on põhiline DNA replikatsiooni ensüüm
komplementaarse RNA ahela. Toimub transkriptsioon. Transkriptsiooni initsiatsiooniks seondub RNA polümeraas spetsiifiliselt promootorjärjestusega ning seejärel katkevad promootrorpiirkonnas DNA ahelate vahelised vesiniksidemed. Ei vaja initsiatsiooniks praimerit. 7. TBP on esimene valk, mis "istub" TATAbox promootorile, TATA-siduv proteiin. Temal on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP seondub DNA väiksese valku, rikub DNA normaalse dupleksi struktuuri, koolutades/väänates DNAd oluliselt. 9. eIF1 (15 kDa) koos eIF1A-ga (16 kDa) on vajalik 43S-i skaneerimiseks mRNA-l. eIF2 (koosneb 3 valgust: a - 35 kDa, b - 38 kDa ja g -52 kDa). a alaühiku fosforüleerimine inhibeerib translatsiooni initsatsiooni peatades eIF2-GTP kompleksi tekke. See fosforüleerimine kutsutakse esile näiteks viirusinfektsiooni korral, et pidurdada viiruse elutsüklit rakus. b ja g alaühik osalevad Met-tRNAi ja GTP sidumisel. Seega on eIF2 bakteri IF2 analoog
G:C piirkonnad on stabiilsemad. Chargraffi reeglid Adeniini hulk võrdub tümiini hulgaga, samamoodi guaniini hulk tsütosiiniga Adeniini ja guaniini hulk moodustab 50% kogu lämmastikaluste hulgast 4. RNA struktuurielemendid lämmastikalus (A, C, G või U) riboos, mille 2’ –OH rühm muudab RNA reaktiivsemaks kui DNA fosfaatrühm RNA võib moodustuda üheahelalise (nt hairpin) või kaheahelalise sekundaarstruktuuri või hoopis DNA-RNA dupleksi. Esineb ka tertsiaarstruktuuri. mRNA on kaetud 5’ otsast metüülguanosiinmütsikesega (cap), 3’ otsas on polü-A saba. Need struktuurid aitavad mRNA-d stabiliseerida ja ära tunda. 5. Nukleiinhapete de- ja renaturatsioon, Tm Denaturatsioon- vesiniksidemete lõhkumine. DNA kaksikhelikaalset struktuuri lõhuvad ekstremalne temperatuur, keskkonna pH väiksem 3-st või suurem 10st ja ioonjõud ning tugevad H-sidemete moodustajad nagu formamiid ja uurea. Kui
(TBP on eukarüootse transkriptsiooni faktori TFIID alaühik: TBP + 16 TAF'i = TFIID). Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus. Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks) ning transkriptsiooni üleminekul elongatsioonifaasi). 3 11. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaatorkompleks ja selle tähtsus.
terminaatori (pos. 1727) ja lüüsivalgu initsiaatori (pos. 1678) vahel. Ribosoomi liikumine on juhuslik ja re-initseeritakse lähimal initsiaatoril. Selline mehhanism tagab ka L-valgu ekspressiooni hilises infektsioonis. Valmimisvalgu ekspressioon Valmimisvalku transleeritakse ainult kasvavalt mRNA ahelalt, kuna selle geeni RBS on vaba ainult senikaua kuni kasvav RNA molekul pole saavutanud alalist teise astme struktuuri, mille koosseisus RBS moodustab stabiilse dupleksi. Vastava teise astme struktuuri saavutamine on spetsiaalselt aeglustatud nn.kineetilise lõksu abil: algul moodustub ebastabiilne teise astme struktuur, milles RBS on vaba (komplementaarne järjestus pole veel sünteesitud), vastava komplemendi sünteesi järel läheb metastabiilne struktuur aeglaselt üle alaliseks stabiilseks struktuuriks. Muidu moodustuks stabiilne struktuur sekundiga, mis ei ole translatsiooni initsiatsiooniks piisav.
kromosoomidest radioaktiivne.) Dispersiivne mudel mõlemas DNA molekulis sisaldavad DNA ahelad segu vanadest ja uuesti sünteesitud lõikudest. 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. DNA replikatsioon algab ori järjestustelt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees. Bakterkromosoomil on ainult üks alguspunkt oriC. Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. DNA dupleksi avamine toimub kas transkriptsiooni toimel või spetsiaalsete initsiaator valkude seondumise tulemusena. Ori regioonid on alati A-T rikkad. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Põhiliseks DNA replikatsiooni läbiviivaks valguks on DNA polümeraas Pol III. V- kujuline, sisaldab 2 apoensüümi. Apoensüümi moodustavad subühikud a, e ja q.
Dispersiivne mõlemas DNA molekulis sisaldavad DNA ahelad segu vanadest ja uuesti sünteesitud lõikudest. Kinnitust leidis semikonservatiivne mudel. 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. DNA repl algab ori järjestuselt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees. Praimer (võib olla nii DNA kui RNA) on vajalik selleks, et DNA polümeraasil oleks vaba 3' ots, kuhu nukleotiide liitma hakata. DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni teoimel või spetsiifiliste initsiaatorvalkude toimel. Kuna AT vahel on üks vesinikside, on neid piirkondi lihtsam avada ning ori-regioonid on alati AT-rikkad. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? Bakteris on põhiliseks DNA replikatsiooni läbiviivaks valguks DNA polümeraas Pol III (replikatiivne DNA polümeraas). See koosneb erinevatest subühikutest
· Dispersiivne mudel mõlemad tütarahelad sisaldavad segu vanadest ja uutest sünteesitud lõikudest 50. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanism. · DNA replikatsioon algab ori (origin of replication) järjestustelt, kus toimub DNA ahelate lahtikeerdumine ja praimeri süntees (praimer on vajalik, et polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots). Ori järjestus on alati A-T rikas. Bakterikromosoomil on ainult üks alguspunkt oriC. DNA dupleksi avamine toimub kas transkriptsiooni toimel või spets. initsiaatorvalkude seondumisel. 51. Erinevate DNA polümeraaside funktsioonid bakterites. Mis mehhanismidega on tagatud DNA replikatsiooni täpsus? · E. coli rakust on eraldatud 5 DNA polümeraasi: I ja II osalevad DNA reparatsioonil III on peamine DNA replikatsiooni ensüüm. IV ja V sünteesivad vigaderohket DNAd olukorras, kus DNA Pol III poolt läbiviidav
29. DNA replikatsiooni initsiatsiooni mehhanismid oriC'lt bakteris E. coli. DNA replikatsiooni initsiatsioon on limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide - ori regioonide olemasoluga. Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste valkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni initsiatsioon oriC-lt Minimaalne oriC on 245 bp pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud
Dekodeeriv tsenter tRNA kaheetapiline selektsioon : Near-cognate tRNA dissotsiatsioon kiireneb - initial selection (IS) ajal - proofreading (F) ajal • Non-cognate tRNA IS-ist edasi ei jõuagi • GTP hüdrolüüsi kiirus tRNA-st ei sõltu • EF-Tu kui “internal clock” • Near-cognate tRNA korral suurem GTP kulu NB! Vaadake ”Translatsiooni täpsus” slaidi nr. 34 Koodon-antikoodon dupleksi struktuur ja interaktsioon dekodeeriva tsentriga DNA/RNA kaksikheeliksi suur ja väike vagu A-minor interaktsioon Dekodeeriv tsenter : dekodeerivas tsentris on kaks lapatsina liikuvat RNA nukleotiidi A1492 ja A1493 käib vaid koodonites 1 ja 2 (väikese vao poolt) kolmandas ei ole, seal saab toimuda too wobble paardumine. A minor paardumine aitab energeetiliselt paardumisele kaasa, ilma selleta tuleb lisakulutused
Praimerit on vaja 61 selleks, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide (vt. fosfodiestersidemete moodustumine DNA ahelas!). Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud
Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Praimerit on vaja selleks, et sünteesitaval polünukleotiidahelal oleks vaba 3'-OH ots, kuhu DNA polümeraas saab liita nukleotiide (vt. fosfodiestersidemete moodustumine DNA ahelas!). Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste initsiaatorvalkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni alguspunkt bakteritel oriC on 245 aluspaari pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud
Mõnedel juhtudel laiub aktivatsioonidomään DNAd-siduva domääni sisse. 13. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? Olemas on 13 TAF-i, TAF TBP associated factor. TAF-1, TAF-2, TAF-6 (nõrgalt), TAF-11, TAF-12, TAF-13 14. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. See võimaldab RNAPolII-l avatud kompleksi vormis istuda matriitsahela START-saidile. Kui ka rNTPd on keskkonnas, siis RNAPolII alustab matriitsahela transkribeerimist. Transkriptsiooni käigus teine TFIIH alaühik fosforüülib paljudest erinevatest positsioonidest RNAPolII CTDi. In vitro katsetest on selgunud, et TBP jääb TATAboxiga seotuks matriitsahela transkriptsiooni lõpuni, samas kui ülejaanud GTFid dissotseeruvad kompleksist. 15
DNA replikatsiooni initsiatsioon on limiteeritud spetsiifiliste initsiatsiooni regioonide - ori regioonide olemasoluga. Nimetus ori tuleneb inglisekeelsest terminist "origin of replication". Replikatsiooni initsiatsiooniks on vajalik DNA ahelate lokaalne lahtikeerdumine ning praimeri süntees. Erinevate DNA molekulide replikatsiooni puhul võib praimeriks olla kas DNA või RNA, samuti valguga seondunud nukleotiid. Praimeri sünteesib kas RNA polümeraas või primaas (ingl. k. primase). DNA dupleksi avamine võib toimuda kas transkriptsiooni toimel (faagid T4, T7, mõned ColE1 replikoni sisaldavad plasmiidid E. coli´s) või spetsiifiliste valkude seondumise tulemusena (DnaA oriC puhul, O ori puhul). Kuna DNA dupleksi avamine on lihtsam A-T rikastest regioonidest, on ori regioonid alati A-T rikkad. Bakterikromosoomi replikatsioon toimub rakutsükli teatud etapil. DNA replikatsiooni initsiatsioon oriC-lt Minimaalne oriC on 245 bp pikkune ning eubakterites tugevalt konserveerunud
Lõpp-struktuur tekib nende vahevormide kaudu. Ruumiline lõplik struktuur vajab eelnevaid vaheolekuid. Geneetilise info ülekandmise täpsus Kontrollmehhanismid: 1) Odav vigadeparandus sünteesi ajal – RNA polümeraasil kineetiline veerulugemine (proofreading). Kui vaja, hüdrolüüsitakse üks nukleotiid otsast ära ning pannakse uuesti, kus peab olema 2) Kallis mehhanism (editing) e. toimetamine. Produkt lagundatakse täielikult, kui midagi on valesti. Kontrollitakse RNA dupleksi õigsust, Lagundab degradosoom. DNA polümeraasidele on omane oma vigade sagedus. DNA sünteesi täpsused: 1) DNA sõltuv DNA süntees – E-5-E-6 2) DNA sõltuv RNA süntees – E-5 3) RNA sõltuv DNA süntees –E-3-E-4 Valgusüntees on kõige vähem täpsem. Vigade sagedus sõltub substraadi kontsentratsioonist ja reaktsioonide kiirustest Transkriptsioon eukarüootidel - tRNA transportida tuumast tsütoplasmasse - kromatiin asub tuumas
annaabi.ee 
