http://www.nostatic.com/ proteins/rhodopsin/RhodopCascade.htm FOTOKEEMILISED PROTSESSID VÕRKKESTAS III · Mida heledam valgus, seda ulatuslikum on hüperpolarisatsioon · Pimeduses on sensor osalise depolaratsiooni seisundis ja saadab välja pidurdavaid impulsse võrkkesta bipolaarsetele rakkudele · Kui valgus hüperpolariseerib sensori, siis vähenevad pidurdavad mõjud bipolaarsetele rakkudele ja need aktiveeruvad · Valguse "transleerimist" närvirakkude elektrilisteks potentsiaalideks nimetatakse fototransduktsiooniks · Bipolaarsed rakud on sünaptilises ühenduses ganglionirakkudega VÄRVUSTE NÄGEMINE Värvuste nägemise teooriad Trikromaatilisuse teooria · võrkkestas on sinise, rohelise ja punase valguse suhtes tundlikud rakud · rohelise ja punase sensori ärritumisel saadakse kollase värvuse aisting · sinise, rohelise ja punase sensori samaaegsel ärritumisel saadakse valge värvuse aisting
vajadusel varieerides parameetreid. a. Identifitseerida järjestus otsinguga nukleotiidide andmebaasist. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi? cmd=Retrieve&db=Nucleotide&list_uids=169887498&dopt=GenBank&WebEnv=08J vAS8kBlinjBrUEMjwnEGJY7QsTje9ctJtS_O29kHa_vVcySL_SQi5eaFRYLaT9Shy2 Dl4R1IHFhx%40D45A42847E9DBF30_0786SID&WebEnvRq=1 b.Identifitseerida valgud kasutades DNA transleerimist kõigis 6-s raamis ning otsingut valkude andmebaasist. pdb|2J0X|B Chain B, Crystal Structure Of E. Coli Aspartokinase Iii In Complex With Lysine And Aspartate (T-State) Length=446 Score = 268 bits (685), Expect = 7e-70 Identities = 179/184 (97%), Positives = 182/184 (98%), Gaps = 1/184 (0%) Frame = -3 Query 1339 SAGITNLLVALAEGLEPGERFEKLDAIRNIQFAILERLRYPNVireeierllENItvlae 1160 SAGITNLLVALAEGLEPGERFEKLDAIRNIQFAILERLRYPNVIREEIERLLENITVLAE
Selle tulemüüri variandi eeliseks on see, et avalikus internetis läheb vaja ainult ühte aadressi ning sisevõrgus saab (tuleb) kasutada privaatset adresseeringut (vaata selleks eraldatud aadressruumi kohta eespoolt). On ka võimalus, et tulemüür on sisevõrgu poolt vaadates tavaline marsruuter kuid avalikus internetis on ainult üks aadress. Selle saavutab kasutades võrguaadressite transleerimist (NAT - Network Address Translation) - tulemüür muudab pakettide edastamisel vastavalt IP aadresse ja vajadusel pordinumbreid nii, et välisvõrgu masinatele jääks mulje nagu nad suhtleksid tulemüüri enda, mitte sisevõrgu masinaga. 19. Interneti protokoll ICMP. Andmevahetuse kirjeldus ja kontrollimise programmid. ICMP (Internet Control Message Protocol) on mõeldud kontrollsõnumiste edastamiseks. ICMP
mõnel juhul isegi on see võimatu - kogu programm ei mahu tervikuna arvuti mällu. Programmi liigendamine väiksemateks autonoomseteks osadeks - muudab enamasti programmi ülevaatlikumaks - lihtsam on lugeda kümmet 20-realist kui üht 200-realist programmi - kergendab rühmatööd (eri inimesed võivad tegeleda eraldi alam- programmide loomisega, kooskõlastades vaid andmevahetuse) - lihtsustab programmi muutmist ja uuesti transleerimist jne. Programmi liigendamise võimalusi on mitmeid. Vaatleme esialgu variante, kus programm asub endiselt ühes failis, kuid erinevad alamtegevused on jaotatud erinevate alamprogrammide vahel. Alamprogrammide ja peaprogrammi vaheliseks andmevahetuseks kasutatakse parameetreid. Näiteks on ringi pindala arvutava alamprogrammi sisendparameetriks (algandmeteks) ringi raadius, väljundparameetriks (tulemuseks) aga pindala. Pascalis kasutatakse kaht liiki alamprogramme - protseduure ja funktsioone
11-trans- retinaal seostub mebraani G-valgu transdutsiiniga, mis aktiveerib omakorda cGMP fosfodiesteraasi ja cGMP muutub 5-GMP-ks. Naatriumikanalid sulguvad, Na+ sissevool väheneb. Kaaliumikanalid jäävad avatuks. Tulemuseks on sensorimembraani hüperpolarisatsioon, mis on ulatuslikum, mida tugevam on valgus. Kui valgus sensori hüperpolariseerib, siis vähenevad pidurdavad mõjud bipolaarsetele rakkudele ja need aktiveeruvad. Valguse ,,transleerimist" närvirakkude elektriliseks potentsiaalideks nim fototransduktsiooniks. Nägemisnärv, mille moodustavad ganglionirakkude jäted, sisaldab enam kui 10 6 kiudu. Võrkkestast nina poolt pärinevad nägemisnärvi kiud ristuvad nägemisristmikus, oimu poolt tulevad kiud ei ristu. Nina ja oiumu poolt tulnud närvikiud moodustavad ühinemisel nägemistrakti, mis suundub keskajus asuvasse külgmisse põlvikkehasse, kus toimub ümberlülitus nägemiskorteksisse iivatele neuronitele
- mõned andmed näitavad, et hilises infektsioonis toimub üleminek cap-sõltumatule translatsioonile. Samas on vähemalt mõnedel juhtudel näidatud, et reoviiruse poolt nakatatud rakkude ekstraktid on võimelised transleerima capeeritud mRNA-sid; - on andmeid, et reoviirus mitte ei blokeeri capeeritud mRNAde translatsiooni, vaid kodeerib mingit faktorit (tõenäoliselt on selleks 3 valk) mis soodustab capeerimata mRNAde transleerimist; - samuti on võimalik, et reoviiruse hiliste mRNAde eelistatud translatsioon tuleneb sellest, et need RNA-d tõrjuvad raku mRNAd polüsoomidelt välja (on tugevad translatsioonilised maatritsid). Peremehe poolsed kaitsemehhanismid Ehkki reoviiruse dsRNA paikneb alati partiklites toob reoviiruse infektsioon kaasa nakatatud rakkude poolse interferoonide sünteesi ja eraldamise. Võimalik, et see on seotud viiruse mRNAdes asuvate dsRNA segmentidega
mRNA omadused, on transleeritav. Alaniiniga laetud tmRNA liigub kompleksis teiste valkudega ribosoomi, kui valgusüntees on peatunud, tekkinud on viga ja ribosoom enam edasi ei liigu. Originaalne mRNA vabaneb ning valgusüntees jätkub tmRNA matriitsilt. Valgu C-terminaalsesse otsa liidetud SsrA peptiidi tunneb ära SspB ja valk degradeeritakse proteaaside (näiteks ClpXP) poolt. tmRNA võimaldab jätkata mRNA transleerimist teiste ribosoomide poolt. Kui üks stopib, siis teised jäävad ka seisma kokkuvõttes oleks hulk poolikuid valke. Stoppavasse ribosoomi seotakse tmRNa, vabastatakse mRNAlt ja ülejäänud saavad järkata. Valgud, mis natiivset str ei säilita või translatsiooniviga, kuumashokk, toksiliste kemikaalidega kokkupuude, valgud võivad minna degradatsiooni. Lon proteaas Koosneb 7 subühikust, on ringikujuline. Degradeerib nii ebanormaalseid valke kui ka spetsiifilisi
ning osaleb epigeneetilises regulatsioonis TERC – telomeraasi RNA komponent Rnaaside RNA komponent scaRNA – väikesed cajal keha RNAd • • Regulatoorse RNA liigid ja klassifitseerimine 1. miRNA – mikro RNAsid leidub eukarüootsetes rakkudes. miRNAd toimivad läbi RNA interferentsi, kus miRNA efektorkompleks ja ensüümid saavad seonduda komplementaarsele RNAle ja blokeerida mRNA transleerimist või kiirendada mRNA degradatsiooni 2. siRNA – väike interfereeriv RNA on lühike kaheahelaline RNA. Neid tekib nii viriaalsete RNAde lagundamisel kuid on ka endogeenseid siRNAde allikaid. 3. piRNA – osaleb transposoonide kaitsel 4. Antisenss-RNA – enamus surub maha geene, kuid mõned võivad olla transkriptsiooni aktivaatorid. Seondub mRNAle, moodustub dsRNA, mille lagundavad ensüümid. 5
Na+ sissevool väheneb. Kaaliumkanalid, millel puuduvad väratid, jäävad avatuks. Tulemuseks on sensorimembraani hüperpolarisatsioon, mis on seda ulatuslikum, mida tugevam on valgus. Pimeduses on sensor osalise depolarisatsiooni seisundis ja saadab pidevalt välja pidurdavaid impulsse võrkkesta bipolaarsetele rakkudele. Kui valgus sensori hüperpolariserib, siis vähenevad pidurdavad mõjud bipolaarsetele rakkudele ja need aktiveeruvad. Valguse ,,transleerimist" närvirakkude elektrilisteks potentsiaalideks nim fototransduktsiooniks. Bipolaarsed rakud on sünaptilises ühenduses ganglionirakkudega. Nägemisnärv, mille moodustavad ganglionirakkude jätked, sisaldab enam kui 106 kiudu. Võrkkestast nina poolt pärinevad nägemisnärvi kiud ristuvad nägemisristmikus, oimu poolt tulenevad kiud ei ristu. Nina ja oimu polt tulnud närvikiud moodustavad ühinemisel
29. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused ensüümid neid RNAsid transkribeerivad? Tuumakeses sünteesitakse rRNA-sid- RNA pol 1; snRNA- RNA pol 3, osad ka pol 2 poolt 30. Mis vahe on miRNAl ja siRNAl? MikroRNAd (miRNA; 21-22 nukleotiidi) on leitud eukarüootidest ja on aktiivsed RNA interferentsis, kus efektor kompleks miRNA-st ja RNA ensüümidest võib lõhkuda mRNA, millele miRNA on komplementaarne, takistada mRNA transleerimist või kiirendada selle lõhkumist. Small interfering RNAd (siRNA; 20-25 nukleotiidi) saadakse sageli viiruslike RNA-de lõhkumisest. siRNA käitub RNAi-s sarnaselt miRNA-le. 31. Kirjelda hnRNP A1 tuumast ekspordi protsessi. Missugused valgud selles osalevad? Kuidas rakk kontrollib, et see protsess on ühesuunaline? Missugune tsütoplasmaatiline valk on selle protsessi toimumiseks oluline ja miks?
terminatsioonifaktorite kontsentratsioon rakus on suhteliselt madal ja et stop-koodonile lähedast koodonit transleerivad tRNA'd võivad osaleda stop-koodoni transleerimisel (vt. ka suppressor tRNA). UGA koodonile on lähedane UGG koodon, mis vastab trüptofaanile. Trüptofaani lülitatakse väikese sagedusega UGA stop-koodoni kohale. Selline "vigane" translatsioon viib normaalsest pikemate valkude sünteesile. Stop- koodonite transleerimist nimetatakse ka "ülelugemiseks" (readthrough ingl. k.). Ülelugemine on rakkude eluks vajalik protsess. Mõnede valkude pikemad vormid omavad kindlat regulatoorset tähtsust. UAA on kõige tugevam stop-koodon ja selle koodoni kohale aminohapet ei lülitata. Seepärast on stop-koodoni valik valgu sünteesil oluline parameeter. Selenotsüsteiini (Sec) kodeerib UGA stop-koodon. Selenotsüsteiin esineb vaid vähestes valkudes (E. coli's kahes valgus ja needki on vajalikud ainult
ja cGMP muutub 5-GMPks. cGMP kontsentratsiooni languse tõttu sulguvad Na-kanalid. K-kanalid jäävad avatud. Tulemuseks on sensorimembraani hüperpolarisatsioon, mis on seda ulatuslikum, mida tugevam on valgus. Pimeduses on sensor osalise depolarisatsiooni seisundis ja saadab pidevalt välja pidurdavaid impulsse võrkkesta bipolaarsetele rakkudele. Kui valgus sensori hüperpolariseerib, siis vähenevad pidurdavad mõjud bipolaarsetele rakkudele ja need aktiveeruvad. Valgus “transleerimist” närvirakkude elektrilisteks potentsiaalideks nimetatakse fototransduktsiooniks. Nägemisnärv, mille moodustavad ganglionirakkude jätked, sisaldab enam kui 10 (astmel 6) kiudu. Võrkkestas nina poolt pärinevad nägemisnärvi kiud ristuvad nägemisristmikus, oimu poolt tulevad kiud ei ristu. Nina ja oimu poolt tulnud närvikiud moodustavad ühinemisel nägemistrakti, mis suundub keskajus asuvasse külgmisse põlvikkehasse, kus toimub ümberlülitud nägemiskorteksisse viivatele neuronitele
mRNA kogus raku kohta 20 korda, valgu hulk aga 100 korda. rpoS transkriptsioon on kontrollitud 4-lt promootorilt, neist peamine on p1 (70-sõltuv ja ppGpp poolt stimuleeritud). Transkriptsiooni stimuleerivad nõrgad happed (atsetaat, bensoaat) ning rakkude viimine rikkalt söötmelt vaesele (tagab 10-kordse transkriptsiooni tõusu). 2. Translatsioon. rpoS mRNA moodustab sekundaarstruktuuri, mis takistab mRNA transleerimist. Selleks, et mRNA muutuks transleeritavaks, peab temaga seonduma RNA shaperon Hfq (varem tuntud nimetuse all Host Factor I, HF-I osalust on näidatud veel RNA faagi Q replikatsioonil). S ekspressiooniks madalal temperatuuril kasvavates eksponentsiaalse kasvufaasi rakkudes on vajalik väike RNA molekul dsrA, mis muudab rpoS mRNA transleeritavaks madalal temperatuuril. Arvatakse,
Peptiidahel pikeneb nii 4. peale GTP hüdrolüüsi mitteproduktiivne dissotsiatsioon – proofreading ehk veeruparandus. Surppressor tRNA-d - vähemvõimekad – ei lülita mitte iga valikutsükli käigus AH peptiidi. - nende poolt moodustatud kolmikkompleksid (seonduvad ribosoomidega) on vähempüsivad ja suurem tõenäosus dissotseeruda pärast GTP hüdrolüüsi EF-Tu-l. Seepärast suunavad surppressor t-RNA-d stoppkoodoni transleerimist ainult väikese efektiivsusega (enamikel juhtudel toimub siiski stoppkoodoni kohal terminatsioon) 32 - TF-l on alati ülekaal surppressor t-RNA ja TF omavahelises konkureerimises. - Suppressor tRNA juuresolekul toimub vastav stoppkoodoni transleerimine sense koodonina alla 50% (piisav muteerunud valgugeeni translatsiooniks ja samas viib suppressor tRNA ka normaalsete valkude pikendamisele, seda aga alla 50%
annaabi.ee 
