9. Rakus sünteesitakse valke: 1) vakuoolides, 2) rakukestades, 3) ribosoomides, 4) tuumades, 5) tsentrioolides. 10.Prokarüootide hulka kuuluvad: 1) viirused, 2) algloomad, 3) kõik üherakulised organismid, 4) bakterid, 5)väikesemõõtmelised seened. 11. Autotroofide hulka ei kuulu: 1) fotosünteesivad bakterid, 2) seened, 3) rohelised taimed, 4 kemosünteesivad bakterid, 5) vetikad. 12.Membraani ei esine: 1) rakutuumal, 2)mitokondril, 3) ribosoomil, 4) kloroplastil, 5) vakuoolil. 13. Kromosoomide koostises on põhiliselt: 1) rasvad ja valgud, 2) nukleiinhapped ja valgud, 3) vaid nukleiinhapped, 4) ainult valgud, 5) süsivesikud, lipiidid ja valgud. 14. Võrrelge baktereid ja päristuumseid rakke. Leidke kolm ühist tunnust. 1. Ühe rakulised ; 2. Aeroobid ; 3.Kujult sarnased. 15. Kuidas nimetatakse allpool kirjeldatud organelli? Mis on tema peamiseks ülesandeks rakus?
Teineteise lähedale sattunud tRNA heeliksite vahel toimub samuti stäking-interaktsioon (coaxial stacking) ja tulemuseks on heeliksite liitumine. Aktseptorõlg ja T-õlg liituvad ning moodustavad ühise heeliksi. Omavahel liituvad ka D-õlg ja antikoodon-õlg ja nii tekib teine heeliks. Antikoodon- ja aktseptorõlg jäävad molekuli vastaspooltele. Erinevate tRNA molekulide ruumiline struktuur peab olema sarnane, kuna nad kõik peavad seonduma ribosoomil samasse piirkonda. tRNA sekundaarstruktuuris leiduvad üheahelalised regioonid saavad paarduda D-õla aluspaaridega, tekitades seeläbi kolmikahelalisi fragmente. Lisaks heeliksite paardumisele interakteeruvad tRNA üheahelalised regioonid ruumilises struktuuris ka omavahel. D- ja T-ling satuvad voltumise tulemusena lähestikku, mistõttu saavad tekkida interaktsioonid selle nn DT-regiooni üheahelaliste piirkondade vahel.
rakukest (kaitseb rakku), vakuool(kogub endasse jääkaineid, rakutuum(juhib raku elutegevust, mitokonder(varustab rakku energiaga), Golgi kompleks(sorteerib rakke) Loomarakk: rakutuum, mitokonder, Golgi kompleks. 2. Nimeta vähemalt kolm tunnust, mille poolest taimerakk erineb loomarakust. loomarakk ei saa fotosünteesida, loomarakul pole kloroplasti ja pole ka rakukesta. 3. Mis tähtsus on rakutuumal, mitokondril, kloroplastil, rakukestal, ribosoomil? rakutuum: juhib raku elutegevust, mitokonder: varustab rakku energiaga, kloroplast: selles sisalduv klorofülll annab rohelise värvuse, rakukest: kaitseb rakku, ribosoom: seal toimub valgu süntees. 4. Viirused- mõiste. Viirused on eluta ja elusa piirimail olevad objektid. 5. Viiruste sarnasus elusorganismidega ja erinevus elusorganismidest. Sarnasus elusorganismidega: pärilikkusaine ja valkude olemasolu, võime muutuda, võime pika aja jooksul areneda
Protsessis on kolm faasi: initstiatsioon -> elongatsioon -> terminatsioon. Ribosoom läbib selle käigus valgusünteesi ribosoomi tsükli. Vastavalt faasidele toimub: funktsionaalse ribosoomi moodustumine -> aminohapete lisamine peptiidahelasse -> sünteesitud valgu vabastamine ribosoomist. Tegu on kahe-astmelise dekodeerimisprotsessiga: 1. preribosomaalne etapp -> aminoatsüül-tRNA süntees 2. ribosomaalne etapp -> koodon-antikoodon translatsioon ja peptidsideme süntees ribosoomil. Avatud lugemisraam e valkukodeeriv järjestus - nukleiinhappe järjestus, mis sisaldab järjestikuseid aminohappeid kodeerivaid koodoneid ja mis algab initsiaator-koodoniga ning lõpeb stop-koodoniga. Initsiaator-koodonile eelneb ribosoomi sidumispiirkond RBS (ribosomebinding site) ehk Shine- Dalgarno järjestus. BAKTERIAALNE INITSIATSIOON: · IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile,
· Eestis taastus haigestumine difteeriasse 90-datel aastatel. · Maailmas järs tõus 90-date alguses, eriti NIS riikides 16. Olulisemad difteeriatekitajal esinevad virulentsusfaktorid Difteeria eksotoksiin - termolabiilne, polüpeptiid. Mürgisuse poolest botulismi ja teetanuse eksotoksiinide järel 3. kohal. Koosneb A ja B fragmendist. Fragment B tunneb rakkudel ära retseptorid ja seob toksiini rakuga. Fragment A inhibeerib valgu sünteesi käigus ribosoomil polüpeptiidahela pikenemist määravat EF2 faktorit. Valgusünteesi lõppemine põhjustab nekroosi ja neurotoksilise toime. 17. Difteeria patogenees Mikroobil puuduvad invasiivsed omadused. Koloniseerivad lokaalselt, tavaliselt kurgus ja nina- neelus. Tekib lokaalsest ärritusest, punalibledest ja fibriinist spetsiifiline katta ehk pseudomembraan. Pseudomembraanis olevad mikroobid eritavad eksotoksiini > resorbeerub > vereringesse > organite
molekul või kuju kaheaheline, biheeliks üheahelaline (osaline pöördumine ahela eri osade vahel) komplementaarsus A=T, C=G A=U, C=G põhiline ülesanne päriliku info säilitamine ja päriliku info realiseerimine ülekanne RNA erinevad tüübid ja ülesanded organismis: mRNA - informatsiooni RNA, toob geneetilise koodi ribosoomi, ja selle alusel saab hakata sünteesima valku ribosoomil tRNA - võtab kaasa ribosoomile aminohappejäägid rRNA - on ribosoomi koostises ja aitab seda valku sünteesida Komplementaarsusprintsiip on kahe paralleelse ahela täpne sobivus. DNA struktuuritasemed: Primaarstruktuur - Nukleotiidide dAMP, dGMP, dCMP ja dTMP järjestus (on leitud ka nende metüülderivaate) Sekundaarstruktuur - Kahest antiparalleelsest DNA polünukleotiidahelast komplementaarsuse alusel moodustunud kaksikspiraal (kaksikheeliks) Jaguneb:
valgu primaarjärjestuse kohta, rRNA assotsieerub ribosoomi valkudega moodustades ensüümkompleksi, mis otseselt sünteesib peptiidsideme, tRNA identifitseerib koodi ja toob ribosoomi koodile vastava aminohappe) 3. Translatsiooniprotsess on kaheastmeline dekodeerimisprotsess, milline on presibosomaalne aminoatsüül-tRNA süntees (ligaasid, ARS või ARL) ja ribosomaalne etapp koodon-antikoodon translatsioon ja peptiidsideme süntees ribosoomil. 4. Mittestandartne paardumine (Wobble base pairing) millised on seaduspärasused ja milleks on see vajalik? Paarduvad uridiin-guaniin, adenosiin-inosiin, tsütidiin-inosiin ja uridiin-inosiin, vajalik tRNA sekundaarstruktuuris ja geneetilise koodi õiges tõlkimises. Tuleneb sellest, et enamikel organismidel on vähem kui 45 tRNAd, vaja oleks üle 60, mistõttu antikoodoni 5' lämmastikalus, mis seostub mRNA 3' lämmastikalusega, pole ruumiliselt nii
AIDS patsiendid enam haaratud. Antimikroobne ravi n E. coli tundlikkus antibiootikumide suhtes varieerub. n Ravimresistentsuse määramine on enamasti vajalik. n Tsefalosporiinid 2 ja 3 pk, aminoglükosiidid, karbapeneemid, kinoloonid. n EHEC antibakteriaalse ravi korral võib suureneda shigataolise toksiini hulk veres, mis võib vallandada HUS. Virulentsusfaktorid n Shiga toksiin toodab S. dysenteriae, mõnikord väheses hulgas S. flexneri ja S. sonnei. n Pärsib valgu sünteesi 60S ribosoomil. See põhjustab soole haavandumist. n Välismembraani valgud ja sekreteeritud valgud. ¨ Neid valke toodetakse kehatemperatuuril ja kontakti korral M rakkudega, põhjustades bakterite fagotsütoosi vakuooli sisse. ¨ Shigella purustab vakuooli ja liigub raku tsütoplasmasse. ¨ Siit levib lateraalselt naaberrakkudesse, polümeriseerides aktiini filamendid ja neid mööda liikudes. Mikroobid ei tungi epiteelist väljapoole. Haigus n Düsenteeria = shigelloos
Enamik aminohappeid on määratud mitme koodoniga. 18. Ribosoomide ehitus ja funktsioon. Ribosoom on nii eel- kui ka päristuumse raku tsütoplasmas esinev kaheosaline molekulaarne masin, mis koosneb ribosomaalse RNA (rRNA) ja valgu molekulidest. Selle ülesanne on katalüüsida peptiidahelate moodustumist, lähtudes raku DNA pealt transkribeeritud informatsiooni-RNA järjestusest. Seda protsessi nimetatakse translatsiooniks. Ribosoomil on kaks alaüksust- väike ja suur, mis assotsieeruvad, kui ribosoomides algab mRNA translatsioon ning dissotsieeruvad pärast translatsiooni. Ribosoomi komponentide suurust väljendatatakse Svedbergi ühikutes (S). Prokarüootide väike alaüksus- 30S ja suur alaüksus- 50S, eukarüootidel väike alaüksus- 40S ja suur alaüksus- 60S. Ribosoomid moodustuvad tuumakestes. Sünteesijärgselt liiguvad nad mööda tuumamembraani pooride tsütoplasmasse
· tRNA identifitseerib koodi ja toob ribosoomi koodile vastava aminohappe · rRNA assotsieerub ribosoomi valkudega moodustades ensüümkompleksi, mis otseselt sünteesib peptiidsideme 3. Translatsiooniprotsess, presibosomaalne ja ribosomaalne etapp Translatsioon on kaheastmeline dekodeerimisprotsess 1. Preribosomaalne etapp: aminoatsüül tRNA süntees (ligaasid, ARS või ARL) 2. Ribosomaalne etapp: koodon-antikoodon translatsioon ja peptiidsideme süntees ribosoomil 4. tRNA struktuur, funktsionaalsed osad mRNA kood transleeritakse valguks läbi adaptermolekulide-tRNA · Sekundaarstruktuur ristikheinalehe kujuline: · Pikkus 72-94 nukleotiidi, loetakse 5' otsast · Antikoodon- 34-36 · Kolm lingu + paardumata 3'osa · 3' järjestus CCA 74-76, lisalingu nukleotiidid 47, 47:1 jne. · tRNA 3' paardumata osale järgneb aktseptoorne õlg, 7 aluspaari · Pseudouridiini õlg (T õlg)
kinnitub aminohape (vt. joonised 7.5 ja 7.6). Omavahel liitunud aktseptoorne ja T-õlg moodustavad ühise heeliksi. Teine heeliks tekib D-õla ja antikoodon õla liitumise tulemusena. Ruumilises struktuuris satuvad D-aas ja T-aas lähestikku ja nad on omavahel lämmastikaluste vaheliste vesiniksidemete abil seotud (tertsiaarsed vesiniksidemed), mis stabiliseerib tRNA molekuli struktuuri. Erinevate tRNA molekulide ruumiline struktuur peab olema sarnane, kuna nad kõik peavad seonduma ribosoomil samasse piirkonda. Seepärast on aminohappe ja antikoodoni vaheline kaugus oluline parameeter, mis peab kõigil tRNA'del olema sama (70 Å). tRNA funktsiooni seisukohalt on tähtsaim osa antikoodon (nukleotiidid 34-36). Antikoodoni kolm nukleotiidi paarduvad mRNA kolme nukleotiidiga (koodoniga), mis on geneetilise translatsiooni (nukleiinhappe järjestuse valgu järjestuseks tõlkimise) struktuurseks aluseks. Seepärast on antikoodoni geomeetria oluline koodon-antikoodon
UGA).Aminotsüül tRNA asemel seostub Aseiti vabastamisfaktor (eRF),mis langetab peptidüül transfraasi aktiivsust. Ensüüm katalüüsib OH rühma peptidüül tRNA-le aminohappe asemel (lisatakse veemolekul). mRNA vabaneb, ribosoom laguneb subühikuteks. Valgusünteesi algatamise erinevus bakteri ja eukarüoodi rakus. Bakterid saavad sünteesida rohkem kui ühe valgu sama mRNA molekuli alusel ja alustada translatsiooni mRNA erinevatest kohtadest. Eukarüootide ribosoomil on mRNA-le seostumiseks ja translatsiooni alustamiseks vaja 5ʹ otsa. Shine-Dalgarno järjestused (järjestused, kuhu seondub ribosoomi väike subühik 16S) Lagundamisele määratud valkude äratundmine ubikvitiinligaasi poolt ning nende valkud ubikvitinüleerimise protsess. Ubikvitiin seostub aktiveeriva ensüümi külge (E1). See kompleks seostub ubikvitiini külge siduva ensüümiga (E2) ja E1 vabaneb. Lagundatav valk seondub E3(ubikvitiinligaas- tunneb
polümeraasiga, iga polümeraas nõuab TF'i. Märgitakse vastavalt polümeraasile TFIID, TFIIB, TFIIF, TFIIE, TFIIH. RNA polümeraas + TF kompleksi nimetatakse preinitsiatsioonikompleksiks. Transkriptsiooni aktiveerib enhancer järjestus DNA-l. mRNA erinevused pro- ja eukarüootidel: Prokarüoodid : mRNA transkript on kohe selline, millel algab translatsioon. Kuna proakrüoodil puudub tuum, siis translatsioon algab kohe kui algab transkriptsioon (protsessid on üheaegsed), toimub muidugi ribosoomil. mRNAs on polüstistroonne: sisaldab mitmelt geenilt transkribeeritud mRNAd. Hiljem valkude eraldamine. Eukarüoodid : Esmalt pre-mRNA st. ta ei ole kohe valmis transleeruma, teda tuleb töödelda. Transkriptsioon ja translatsioon ei toimu samaaegselt(transporditakse enne tuumast tsütoplasmasse). Eukarüootne mRNA on monotsistroonne, vaid ühe geeni produkt. Vahe on selles, et eukarüootidel peab mrna tulema tuulmast välja, tuuakse aminohappe molekule sinna jne.
klass 2 (RF3). Esimese klassi vabanemisfaktorid osalevad terminatsioonis ning teise klassi vabanemisfaktor osaleb ribosoomi taaskasutamisel. RF1 tunneb ära UAG koodonit ja RF2 tunneb ära UGA koodonit, mõlemad tunnevad ära UAA koodonit. Vabanemisfaktor liigub A-saiti, kus nende valguline antikoodoni piirkond interakteerub mRNA koodoni piirkonnaga. Vabanemisfaktori õnnestunud seondumisel katalüüsib ta peptiidahela vabanemist ribosoomist. tRNA liikumine ribosoomis: Ribosoomil on mRNA seondumissait ja 3 tRNA seondumissaiti. tRNA seondumissaidid on E ehk väljumissait (exit), P ehk peptidüülsait ja A ehk aminoatsüülsait Ribosoomi mõlemate subühikute seondumine on vajalik tRNA seondumisaitide moodustumiseks 1. A-sait 2. P-sait 3. E-sait - väljub ribosoomist. 31. Mis on polüsoom? Polüsoom on polüribosoom, mis tekib, kui ühe mRNA’ga seondub mitu ribosoomi, mis sünteesivad sama valku. 32
polüpeptiidahela vahel vabaneb eelmine tRNA ja võib oma funktsiooni korrata. Pärast esimese tRNA molekuli seondumist mRNA-ga siseneb ribosoomi järgmine tRNA molekul. Selle tRNA antikoodon peab komplementaarselt paarduma initsiaatorkoodonile järgneva koodoniga. Aminohape, nagu on selgunud, kinnitub alati tRNA 3´-otsa, kus asub alati triplet CCA. Kui see triplet eemaldada, kaotab tRNA funktsioonivõime. Aminohappe ja tRNA sidumiseks ning ümberpaiknemiseks ribosoomil on vaja energiat, mida saadakse ATP-lt. Valgusüntees toimub hämmastava kiirusega: nii näiteks nõuab 146 aminohappest koosneva hemoglobiini -polüpeptiidahela süntees kõigest 21 sekundit, seega liitub ühes sekundis 7 aminohapet. 8 Geenid, alleelid ja lookused Teatud DNA lõigud kodeerivad teatud kindlaid polüpeptiide. Sellest tulenevalt võib lihtsustatult määratleda geeni kui DNA lõiku, mis koosneb ühe kindla polüpeptiidi
Akseptoorne õlg (heeliks) ja T-õlg (heeliks) - liitumisel moodustavad (ühise) heeliksi. D-õlg (heeliks) ja ja antikoodon-õlg (heeliks) – liitumisel moodustavad teise (ühise) heeliksi. Ruumilises struktuuris seega satuvad D- ja T- aas lähestikku ja on omavahel lämmastikaluste vaheliste vesiniksidemete abil ühendatud (tertsiaalsed H-sidemed) – stabiliseerib tRNA molekuli struktuuri. Erinevate tRNA-de struktuur peab olema sarnane, sest kõik seonduvad ribosoomil samasse piirkonda. 17 Kõigil tRNA-del peab olema sama aminohappe ja antikoodoni vaheline kaugus – 70 A. Antikoodon (nukleotiidid 34, 35, 36) paarduvad mRNA kolme nukleotiidiga (koodoniga), mis on geneetilise translatsiooni aluseks. Antikoodon aasas on alati 7 nukleotiidi, milles antikoodoni moodustavad 3 keskmist nukleotiidi. Antikoodoni ees paikneb konserveerunud U33 nukleotiid, mille järel teeb nukleiinhape järsu pöörde.
annaabi.ee 
