Kuulumine ribosoomi koostisesse, millel leiab aset valgusüntees. Replikatsioon on Dna kahekordistumine enne raku jagunemist. Uus Dna ahel sünteesitakse vastavalt komplementaarsusele. Komplementaarsusprintsiip on kaksikahelaliste nukleiinhapete ehitusprintsiip. Dna on kromosoomide põhiline koostisosa. Päriliku info säilitamine ja selle täpne ülekanne tütarrakkudele(mis on tekkinud raku jagunemise käigus). RNA nukleotiide nimetatakse ribonukleotiidideks. Need on DNA nukleotiididega sarnased, koosnedes samuti süsiveikust, fosfaatrühmast ja lämmastikalusest. DNA nukleotiide nimetatakse desosküribonukleotiidideks. Lämmastikaluseid on DNA monomeeride koostises 4. Need on: Adeniin(A); tümiin(T); guaniin(G); tsütosiin(C). Transkriptsioon on matriitssüntees, mille käigus sünteesitakse DNA molekuli ühe ahela nukletiidse järjestusega komplementaarne RNA molekul. Transkriptsiooni tagajärjeks on DNA ahelaga komplementaarne üheahelaline RNA-molekul.
kui DNA ahela katkemiskohti. Üldiselt pole telomeerid kindla pikkusega. Inimesel 650 kuni 2500 kordust (eri kudedes erinev). 3´ots on alati G-rikas ja ca 200 bp üleulatuv, mis arvatakse tagasi pöörduvat ja lassotaolise T-lingu moodustavat. Miks telomeerid lühenevad? DNA molekul jääb aga iga replikatsioonitsükliga otstest järjest lühemaks, sest DNA sünteesil nn mahajääva ahela iga jupi sünteesi alustamiseks kasutatava RNA praimeri kõige viimast enda seondumiskohta ei täida DNA nukleotiididega enam miski. Seega sünteesitud mahajääv ahel on 5’ otsast lühem kui ahel, mille järgi ta sünteesiti. Mis juhtub rakuga, kui telomeerid on raku põlvkondade vältel täielikult kadunud? Sellised kromosoomid muutuvad ebastabiilseteks – kui katkiste otstega kromosoome on mitu, võivad nad omavahel liituda. Lisaks toimib kõikides rakkudes rakujagunemise kontrollsüsteem, mille käivitab DNA kahjustus - kui DNA ahel (kromosoom) mingil põhjusel katkeb ja tekib vaba DNA ots, tekitab
Tetrasool aktiveerib fosforamiide nii, et see moodustub kovalentne side 3-fosfiite ja 5-hüdroksüülrühma vahel. See aste on väga tundlik vee suhtes. (6) Pesemine: argooni abil eemaldatakse tetrasoole ja fosforamiide (7) Capping: mitte kõik nukleosiidid on seotud esimese tsükli jooksul fosforamiiditega, neid tuleb ära viia, selleks, et takistada puuduvate nukleotiididega oligonukleotiidide moodustumist. Selle tõttu jäänud OH-rühmad kaitstake atsetüülrühmadega (püsivad lahustajate suhtes). Protsessi viiakse lisades kolonni kolonni atseetanhüdriidi ja dimetüülaminopüridiin (aktivaator). (8) Oksüdatsioon: mittestabiilset fosfiit-triestersidet oksüdeeritakse 0.1M iodiini abil kõrgema stabiilsuseks vievalentseks fosfiit-triestriks.
moodustavat. 12 20. Miks telomeerid lühenevad? DNA molekul jääb aga iga replikatsioonitsükliga otstest järjest lühemaks, sest DNA sünteesil nn mahajääva ahela iga jupi sünteesi alustamiseks kasutatava RNA praimeri kõige viimast enda seondumiskohta ei täida DNA nukleotiididega enam miski. Seega sünteesitud mahajääv ahel on 5' otsast lühem kui ahel, mille järgi ta sünteesiti. 21. Mis juhtub rakuga, kui telomeerid on raku põlvkondade vältel täielikult kadunud? Sellised kromosoomid muutuvad ebastabiilseteks kui katkiste otstega kromosoome on mitu, võivad nad omavahel liituda. Lisaks toimib kõikides rakkudes rakujagunemise kontrollsüsteem, mille käivitab DNA kahjustus - kui DNA ahel (kromosoom) mingil põhjusel katkeb ja tekib vaba
20. Miks telomeerid lühenevad? Oksüdatiivne stress; DNA lüheneb iga replikatsioonitsükliga (RNA praimeri seondumiskohas pole enam nukleotiide). Telomeeride otsi pikendab 3' otsast telomeraas. Enamus somaatilistes rakkudes on telomeraas inaktiivne ning rakud saavad jaguneda vaid kindla arvu kordi, sest iga replikatsioonitsükliga jääb DNA lühemaks. See tuleb sellest, et DNA sünteesil mahajäävale ahelale RNA praimeri seondumiskohta ei täida nukleotiididega enam miski. Telomeerid on väga vastuvõtlikud ka oksüdatiivsele stressile. Põhjustab isegi suuremat kadu kui see viimase RNA praimeri värk. 21. Mis juhtub rakuga, kui telomeerid on raku põlvkondade vältel täielikult kadunud? Hakkab kaotsi minema geneetiline materjal, DNA kahjustuse korral peatub rakutsükkel, rakk ei jagune enam ning sureb. 22. Milline ensüüm pidurdab osades rakkudes telomeeridel lühenemast? Mil viisil see pidurdamine toimub?
põhjustab autoimmuunhaiguste (antikehade produtseerimine lümfotsüütide poolt omaenese valkude vastu) tekkimist. 14.)Nimetage apoptootiliste rakkude avastamise meetodeid: 1. DNA fragmenteerumisel DNA ahelasse tekkivaid katkemiskohti on võimalik tuvastada spetsiaalse ensüümi - terminaalse desoksünukleotidüüli transferaasi (TdT) abil. (nn TUNEL reaktsioon).See ensüüm tunneb ära vabad 3'-OH otsad ning pikendab neid nukleotiididega. Kui reaktsioonikeskkonda lisada radioaktiivse või fluorestsmärgisega nukleotiide, siis sisestuvad need märgistatud nukleotiidid sünteesitavasse DNA-sse.2. Normaalsetes rakkudes on plasmamembraan ebasümmeetriline fosfolipiidide suhtes. Fosfatidüülseriin paikneb membraani tsütoplasmaatilises pooles. Apoptootilises rakus fosfatidüülseriin eksponeerub ka membraani ekstratsellulaarsele poolele. On olemas valk (anneksiin V), mis seostub fosfatidüülseriiniga.
kromosoomis (Morgani seadus). Geneetiline aheldus on tingitud geneetiliste markerite lähestikusest paiknemisest ühes lineaarses struktuuris, ühes kromosoomis või muus genoomses nukleiinhappemolekulis (NH). 25. Mis on replikatsioon? Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela (informatsiooni-allikas ehk kopeeritav ahel) nukleotiididega. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest viib läbi ensüüm DNA helikaas. Sünteesi viivad läbi ensüümid, mida nimetatakse polümeraasideks. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30,000 nukleotiidi minutis. Replikatsioonil käituvad
Moodustavad konkatemeere. 101. DNA süntees ja info lugemise suund. Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5' --> 3' suunas (infot loetakse teiselt ahelalt suunas 3'- 5'). Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest katalüüsib DNA helikaas. Pidevalt sünteesitavat ahelat nim. liiderahelaks. 3'-5' ahela süntees toimub nn. mahajääva ahela sünteesina. 102. Replikatsioon eripära kahel erineval ahelal. Telomeeride replikatsioon. Replikatsiooni eripära kahel erineval ahelal
Imetajates toimub globaalne ehk ülegenoomne demetülatsioon. Esineb ka lookus-spetsiifilist demetüleerimist – nt genoomne imprinting jne. Aktiivne demetülatsioon võib toimuda läbi otsese 5mC eemaldamise või edasi modifitseeritud tsütosiini läbi. Otsene eemaldamine on nt aluspaari eemaldamine ja mittemetüleeritud aluse inserteerimine base excision repair mehanismi kaudu (BER). Või eemaldatakse terve DNA lõik mis täidetakse nukleotiididega nukleotide excision repair (NER) poolt. Edasi modifitseeritud tsütosiini puhul tekib oksüdatsiooni käigus hüdroksümetüültsütosiin, mis deaminaaside poolt deamineeritakse, nt AID/Apobec, TET. Deaminatsiooni ja oksüdatsiooni produktid parandatakse TDG glükosülaasi poolt mis on seotud BER mehanismiga. • • DNA hüdroksümetülatsioon: levik genoomides (mida tänaseks teada), roll(id) genoomide) funktsioonis.
- kasvav polüpeptiid on seotud ribosoomiga, nii et ta on tRNA otsas kogu aeg kovalentselt kinni. Prokarüootidel osalevad EF-Tu, EF-Ts ja EF-G. - tsükliline protsess - ainult antikoodon seostub ribosoomiga ja seal testitakse selle sobivust. Otsitakse geomeetria järgi õige. Kui tRNA paardub mRNA-ga, moodustub 3-st järjestikusest nukleotiidist kaksikheeliks. Nii tRNA kui ma mRNA annavad vesiniksidemeid 16S RNA nukleotiididega. 2 A nukleotiidi teevad vesiniksidemeid mRNA ja tRNA vahelise komplektiga siis, kui geomeetria on õige. Koodon- antikoodon geomeetria kontroll toimub kahe nukleotiidiga, toimub GTP ja Tu hüdrolüüs, mis vabanevad. tRNA 3’ otsa ei kaitse miski ja saab reageerida peptidüül RNA-ga. Toimub peptiidsideme süntees, mida katalüüsib ribosoomi suurem subühik. Ribosoom on üks suur ribosüüm. Ribosoomi valgud on küll
regulatsiooni. DNA sünteesi viib läbi ensüüm - DNA-sõltuv DNA polümeraas kusjuures substraatideks on desoksü- nukleosiid 5'-trifosfaadid. Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest katalüüsib DNA helikaas. DNA replikatsiooni käigus lülitatakse kasvavasse DNA ahelasse inimesel 3000 nukleotiidi minutis, bakteril 30000 nukleotiidi minutis. DNA sünteesil eristatakse 3 etappi - initsiatsioon, elongatsioon ja terminatsioon
mRNA kompleks, mis koosneb mRNA'st koos kahe tRNA'ga nihkub ribosoomis ühe koodoni võrra edasi. Peale translokatsiooni asetub pepitüül-tRNA tervenisti ribosoomi P saiti ja deatsüül-tRNA asetub ribosoomi E saiti. Seda ümberpaiknemise reaktsiooni katalüüsib elongatsioonifaktor G (EF-G) koos GTP'ga. Peale translokatsiooni või ka selle käigus toimub EF-G'l GTP hüdrolüüs ja EF-G koos GDP'ga lahkub ribosoomist (joonised 8.23 ja 8.24). EF-G seostub G nukleotiididega nõrgalt ja ei vaja nukleotiidi vahetuseks lisafaktorit nagu seda vajab EF-Tu. Ribosoomi translokatsioon on huvitav ja kompleksne protsess, milles on veel palju ebaselget ja mille kohta on mitmeid 25 vasturääkivaid mudeleid. Muuhulgas on ebaselge GTP osa translokatsioonis. Üks huvitav fakt ribosoomi elongatsioonifaktoritega seotud reaktsioonides on EF-Tu ja EF-
Supermutageen- erinevad peamised orgaanilised keemilised ühendid, mis ülisuure tõenäosusega ka väikses koguses põhjustavad mutatsioone (tsüklilise ehitusega halogeenid, lämmastikühendid, fosforühendid). USA kasutas esimesena Vietnami sõjas keemiarelvana. Mutatsiooni ja mutageeni mõiste võttis kasutusele hollandi botaanik Hugo de Vries XX-sajandi alguses. Töötas oma teooria välja kuningakepi peal. Mutatsioonide jaotused: Geenmutatsioonid- muutused nukleotiididega ühe geeni piirkonnas. 1. Nukleotiidipaari väljalangemine; 2. Nukleotiidipaari ümberpaiknemine; 3. Nukleotiidipaari asendumine; 4. Nukl. paari lisandumine; 5. Paaridest koosneva lõigu ümberpööramine. Geenmutatsioonide jaotus: 1. Dominantsed ja retsessiivsed mutatsioonid: dominantsed avalduvad tunnusena, retsessiivsed avalduvad vaid siis kui dominantset normaalset pole; 2. Generatiivsed ja somaatilised, päranduvad mõlemad juhul kui pole täpsustatud organismi; 3
heterokromatiinis või siis telomeerides. 59 11. DNA replikatsioon Replikatsioonist üldiselt Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest katalüüsib DNA helikaas. Nukleiinhapete sünteesi läbiviivad polümeraasid: 1. DNA polümeraas ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Toimub DNA replikatsioon. Vajab sünteesil praimerit, mis on paardunud matriitsahelaga
heterokromatiinis või siis telomeerides. 11. DNA replikatsioon Replikatsioonist üldiselt Nukleiinhappe (DNA või RNA) ahel kasvab 5'3' suunas. Fosfodiesterside moodustub kasvava nukleiinhappe ahelas oleva viimase nukleotiidi suhkrujäägi 3'-OH rühma ja lisanduva nukleotiidi suhkrujäägi 5' C-ga seotud fosfaadi vahel. Nukleiinhappe sünteesil lülituvad sünteesitavasse ahelasse nukleotiidid, mis on komplementaarsed matriitsahela nukleotiididega. Sünteesi viivad läbi polümeraasid. Matriitsina toimib üksikahelaline nukleiinhape. Seega peab kaksikahelaline DNA replikatsiooni initsiatsioonisaidist olema eelnevalt viidud üksikahelaliseks. DNA ahelate eraldumist teineteisest katalüüsib DNA helikaas. Nukleiinhapete sünteesi läbiviivad polümeraasid: 1. DNA polümeraas ensüüm, mis sünteesib DNA ahelale komplementaarse DNA ahela. Toimub DNA replikatsioon. Vajab sünteesil praimerit, mis on paardunud matriitsahelaga
ribosoomide kohta), siis SpoT lagundab (p)ppGpp. Alarmoonist sõltuvatel promootoritel on iseloomulik diskriminaatorjärjestus, mis on -10 elemendi ja transkriptsiooni alguspunkti vahel olev GC-rikas järjestus. Diskriminaatori abil pärsitakse avatud kompleksi avanemist ning transkriptsiooni initsiatsiooni, sest GC-rikas ala takistab ahelate lahtisulamist, mis päädib RNAP dissotseerumisega DNA-lt. Ühe hüpoteesi kohaselt ppGpp seondub diskriminaatorjärjestuses olevate C-nukleotiididega ning takistab sedasi promootori vabastamist. Promootorid, mida ppGpp pärsib, on diskriminaatorjärjestusega promootorid, mis on aktiveeritavad negatiivse superspiralisatsiooniga. Tavaliselt on selliste promootorite vaheala lühem N=16. Seevastu promootorid, millel on diskriminaatorpiirkonnas AT-rikas järjestus või on pikema vahealaga N=18 pole ppGpp-ga represseeritavad. Pikema vahealaga promootorid on negatiivse
annaabi.ee 
