Kaspaase on terve perekond ja nende iseloomulikuks omaduseks on see, et nad on ülispetsiifilised aspartaadi suhtes, selle aminohappe olemasolu on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. Kaspaaside kaskaadi käivitumisel toimub rakustruktuuride süstemaatiline purustamine, sündmused toimuvad kindlas järjekorras ja ette-ennustatavalt. Rakk purustatakse kiiresti, 30-60 minuti jooksul. 11. Milliste avastuste eest said Nobeli preemia 2002.a. Sydney Brenner ja H. Robert Horvitz? Avastuste eest, mis puudutavad organite arengu ja programmeeritud surma geneetilist regulatsiooni.
mRNA..). 43. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused ensüümid neid RNAsid transkribeerivad? a. rRNA PolI 44. Mis vahe on miRNAl ja siRNAl? a. miRNA mikroRNA, üheahelaline RNA molekul 21-23 nukleotiidi pikkune. Peamine funkt.: Geeni regulaator. b. siRNA silencingRNA 2ahelalilised RNA molekulid, 20-25 nukleotiidi pikkused. c. Peamine funkts.: geenide vaigistamine, seondub inaktiivsele nukleaasi kompleksile, mis aktiveerub ja moodustub RNA indutseeritud vaigistus, kompleksi RISC.
Kaspaase on terve perekond ja nende iseloomulikuks omaduseks on see, et nad on ülispetsiifilised aspartaadi suhtes, selle aminohappe olemasolu on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. Kaspaaside kaskaadi käivitumisel toimub rakustruktuuride süstemaatiline purustamine, sündmused toimuvad kindlas järjekorras ja ette-ennustatavalt. Rakk purustatakse kiiresti, 30-60 minuti jooksul. Immunotsütokeemiliselt on võimalik detekteerida aktiveeritud kaspaase vastavate antikehadega. Selliseid interaktsioone saab hiljem määrata mikroskoopiliselt või kasutades FACS-i · Milliste avastuste eest said Nobeli preemia 2002.a. Sydney Brenner ja H.
Oletatavaks funktsiooniks võib olla: - Endonukleaasid osalevad peremehe DNA degradeerimisel, mis on oluline viiruse replikatsiooniks vajalike substraatide vabastamiseks. Metüül-transferaasid kaitsevad viiruse enese DNAd selle süsteemi rünnaku eest. - Viirused kasutavad restriktsioonisüsteemi kaitseks teise viiruse rünnaku vastu. Eksperimentaalsed andmed toetavad enam esimest võimalust. Vähemalt kaks nukleaasi (kuid mitte metüültransferaasi) pakitakse virioni ja vastutavad peremehe DNA kiire degradeerimise eest. Teised Phycodnaviridae esindajad Peale Chlorella viiruste uuritakse suhteliselt intensiivselt ka: - üherakuliste merevetikate Micromonas pusilla ja Chysochromulina (vastavalt MpV ja CbV) ja Emiliania huxleyi viiruseid (EhV) - hulkraksete pruunvetikate Ectocarpus ja Feldmannia viiruseid (vastavalt EsV ja FsV).
Üks kromosoom on 1 DNA molekul mitu kromosoomi, pluss kõiki kromosoomi komplekte on enamasti kaks. DNAs on palju korduvjärjestusi, suur osa DNAst ei ole kodeeriv. 47. Mis funktsioon on eukarüootsetes kromosoomides tsentromeeridel ja telomeeridel? Tsentromeer hoiab koos kahte kromatiidi kromosoomis, kinnituskoht on kinetohooridele (kääviniidid). Telomeerid: · Takistavad DNA molekulide otste lagundamist nukleaasi poolt · Takistavad erinevate DNA molekulide otste kleepumist · Võimaldavad lineaarsete DNA molekulide otste replitseerumist ilma, et DNA molekulid kaotaksid otstest geneetilist materjali. 48. Nukleiinhapete sünteesi suund ja nukleiinhapete sünteesi läbiviivad ensüümid. Sünteesitakse 5'otsast 3' otsa suunas. DNA polümeraas DNA ahelale komplementaarse ahela, vajab sünteesil praimerit, milleks on lühike DNA või RNA ahel, mis on paardunud matriitsahelaga
4 . Allelic discrimination and identification 5 . Multiplex PCR assays 6 . Diagnostic clinical assays 18.Suure võimsusega genotüpiseerimise võimalused 30 Suure võimsusega genotüpiseerimis tehnikad (high throughpout): Polümeraasipõhised ekstensioonitehnikad (a, b) - Polümeraasipõhised pürosekveneerimistehnikad(c) -Hübridisatsioonipõhised (d) -Alleelspetsiifilised ligatsioonitehnikad -Alleelspetsiifiline nukleaasi restriktsioon 19.Preimplantatsioonilise diagnostika meetodid Standartsed prenattaallse diiagnosttiika ttehniikad Indikatsioonideks: 1. Ema vanus (>35) 2. Eelnev laps kromosomaalse hälbega 3. Perekonnas kromosomaalse hälbe juhud 4. Perekonnas monogeensed haigused 5. Perekonnas neuraaltoru või teised strukturaalsed defektid 6. Hälbed tuvastatud raseduse käigus (kasv) 7. Kokkupuuted riskifaktoritega(sagedased abordid, ravimid) Testimine võii skriiiiniimiine
Samas kõige kiiremini kasvatatav ning kõige kuluefektiivsem. Küüliku retikulotsüüdi ekstrakt Küüliku retikulotsüütide lüsaat valmistatakse aneemiliste küülikute retikulotsüütidest ja dialüüsitakse. Lisatakse AH, ATP, GTP ja energia regeneratsiooni süsteem.Sünteesitavaid valke analüüsitakse geelelektroforeesiga. Kuidas teha rakuvaba valgusünteesi süsteem sõltuvaks lisatavast mRNAst Tehes lüsaadile nagu restardi, paned lahusesse Ca-sõltuva nukleaasi (RNaas?), sellega vabaned üksnes endogeensest mRNA-st (mitte aga rRNA-st), siis lisad EGTA, mis aktiveerib lüsaadi. Millised on fraktsioneeritud valgusünteesi süsteemid ja mida need sisaldavad. Bakteriaalsed ribosoomid, mRNA, tRNA, S-100 valgufraktsioon, Foolhape (tetrahüdrofolaat), aminohapped, ATP, GTP, energia regeneratsioon SH reagent, Mg2+, K+ või NH4+ DNA sõltuvad valgusünteesi süsteemid DNA suunatud valgusüntees. Seda süsteemi saab
põhimõte: veereva ratta replikatsioon. Vaja on kolme erinevat oligod. Üks neist (3) lõpeb täpselt enne meid huvitavat positsiooni ja teised kaks lõpevad G või Cga. Vastavalt sellele, kumb neid paardub (ligeerub) tänu ligaasidele oligo 3ga... teine pestakse välja. Polümeraas hakkab rulluma, kasutades üht ahelat maatriksiks ja amplifitseerib selle. Saab väga tugeva ja selge signaali. 5. alleelspetsiifilised nukleaasi restriktsioonitehnikad: 1. Flap endonukleaas on seal. 3 proovi, kus 2 alleelspetsiifilist proovi, kus uuritavas positsioonis T või C. Overhang jääb. Flap lõikab selle märgistatud alleelspetsiifilise jupi maha ja seda saab detekteerida. 19. Preimplantatsiooniline diagnostika (Konspektis on olemas meetodid) Indikatsioonideks-ema vanus, eelnev laps kromosomaalse hälbega, perekonnas kromosomaalse
Homoloogiliste kromosoomide sõltumatu lahknemine-Anafaasis Ristsiire ja geeni konversioon- Profaasi pahhüteeni ja dipolteeni faasis Kromosoomide sünapsi teke ja selle struktuuri muutused meioosi I profaasi erinevatel etappidel. Sünaptoneemiline kompleks-moodustub paardunud kromosoomide vahele Mehhanism, mille kaudu meioosis toimuv homoloogne rekombinatsioon tekitab kromosoomides ristsiirdeid Spo11 katkestab DNA ahela ja Mre11 nukleaasi kompleks lõikab katkestatud DNA lühemaks. RecA taoline valik katalüüsib ahealte vahetuse. DNA ahelaosade vahetus ja nende ligeerimine, edasi toimub Holliday ühenduste liikumine ehk harude migreerumine. Geeni konversiooni ja ristsiirde erinevus- konversioonis toimub väikeste DNAosade vahetamine, ristsiirdes vahetatakse suuri DNA lõike Mutatsioonide teke nukleotiidide keemilise muutmise tagajärjel. Transpositsioon ja konservatiivne saitspetsiifiline rekombinatsioon .
14 on absoluutselt vajalik kaspaasile äratundmiseks. Kaspaasid aktiveeruvad kaskaadselt, kõigepealt aktiveerub kaspaas 8, see omakorda aktiveerib teisi. Kaspaaside toimel aktiveeruvad ka nukleaasid, mis asuvad lõikama DNA-d. Nukleaas on rakus seotud inhibitoorse valguga, mille kaspaas lagundab ning seejärel toimubki nukleaasi aktiveerumine. 12.)Kirjeldage mitokondritega seotud apoptoosi (Apaf valgud, tsütokroom c, Bcl valgud): Cyt c vabaneb, kui Bcl valgud ei takista kanali teket mitok membraani ja seostub Apaf valgug a, mis aktiveerib kaspaasid tekib nn apaptosoom. Kaspaaside kaskaadi aktiveerumine- Seesmine aktiveeriv rada (rakusisesed signaalmolekulid mis tekivad stressiolukorras, seotud Bcl valkudega ja mitokondritest vabaneva tsütokroom c-ga). Bcl 2 - anti-apoptootilised
interaktsioonid saavad kõrvalelementidele seondunud faktorite poolt oluliselt tugevdatud, mis teeb ka TFide lokaalse kontsentratsiooni hästi kõrgeks. Valmistati plasmiidid, mis koosnesid -globiini geenist koos ja ilma 366-aluspaarise lõiguga SV40 DNAst. Need plasmiidid transfekteeriti rakkude kultuuri ja iga tekkinud RNA hübridiseeriti -globiini DNA prooviks (1, 2). Rakkude poolt sünteesitud -globiini mRNA kogus transfekteeriti ühte plasmiidi või teist töödeldi S1 nukleaasi kaitse meetodiga (3). Restriktsiooni lõigu proov, mis oli saadud -globiini cDNA kloonist, oli komplementaarne 5' otsale -globiini mRNA-s. 5'ots proovis märgistati 32P (punane täpp). -globiini mRNA kaitstud proovi hübridiseeriti ~340-nukleotiidine lõik, mida oli lagundatud S1 nukleaasiga, mis lagundab üksikahelalise DNA, aga mitte RNA-DNA hübriidi. Autoradiograafia elektroforeesitud S1-kaitstud lõikudest (4) näitas, et rakud, mida oli transfekteeritud plasmiid 1-ga (1
kondensaatorites, veesüsteemides (ka haiglas). Kõrge riskiga sümptomaatiliseks haiguseks: kompromiteeritud kopsufunktsiooniga haiged, vähenenud rakulise immuunsusega patsiendid (eriti transplantatsioonipt-d). Virulentsus. Komplemendi C3b sidumine võimaldab fagotsüüdi CR3 retseptori kaudu rakku siseneda. Võimeline replitseeruma alveolaarmakrofaagides, monotsüütides. Takistab fagolüsosoomi sulandumist Toodab proteolüütilisi ensüüme, fosfataasi, lipaasi, SOD, fosfolipaasi C, nukleaasi – kui vakuool lüüsub, tapavad need ensüümid peremehe. Haigused. • Pontiaci palavik (gripilaadne haigus). L. pneumophila. Iseparanev: palavik, külmavärinad, müalgia, väsimus, peavalu; kopsupõletik puudub. Sümptomid tekivad 12 tunniga, kestavad 2…5 päeva, paranevad spontaanselt antibiootikumravita. Esineb epideemiliselt, aastaringselt. • Leegionäride haigus (legionelloos). Tõsisem, arvestatava suremusega (15…20%). Inkubatsioon 2…10 päeva,
Bakterid saavad olla ka ilma RecA-ta, kuid ilma Rad 51-ta rakud jaguneda ei saa. Mitoosi kontrollpunktist ei lähe mitoos edasi. RecBCD ha RecFDR katalüüsivad ainevahetust. RacA filamendi tekke suund – 5’ → 3’ suunas liitub RecA kompleks kiiremini. RecA filament võib tekkida mõlemas suunas. Eukarüootide meioosil toimub rekombinatsioon, mis on suhteliselt sama mis RecBCD, aga sel ei toimu ulatuslikku lagundamist ja RecBCD homoloog, kus tekitatakse kaheahelaline katke Spo11 nukleaasi abil, sellest mõlemas suunas lagundatakse üks DNA ahel ära (vastasahel) ja tekib kaks RecA filamenti. Põhiline erinevus on geomeetrias. RecA ahela vahetuse ensüümid Tuleb leida homoloogiline koht, kuhu DNA vahele surgata kaheahelalisse DNA-sse. See ahel sulatatakse lahti, aluspaar topitakse vahele, vaadatakse, kas sobib. Eukarüootide meioosis toimub homoloogiline rekombinatsioon →kaheahelaline kromosoomistik → liituvad Spo 11 (katked) ja MRX (tunneb ära kaheahelalise katke,
annaabi.ee 
