Mullas olevate klostriidide ja mikroobide üldarvu leidmine Töö käik: Võeti 1g mulda, milelel lisati destilleeritud vet ning hiljem uhmerdati. Tehakse lahjendused mikroobide üldarvu kohta ja , Klostriidide määramiseks tehakse lahjendused ja . lahjenduse saamiseks võeti steriliseeritud klaaspipetiga 1ml lahust, mis viiakse katsutisse ning siis segatakse Hortex mikstiga 30 sekundit. Teise lahjenduse saamiseks korratakse tegevust, samuti ka teiste lahjendustega kuni lahjenduseni . Klostriidide lahjendused kuumutatakse vesivannil 15 minutit, et vabaneda üleliigsetest bakteritest. Vastavad lahjendused viiakse neljale Petri tassile, mis on eelnevalt märgitud. Petri tassid viiakse termostaati ( klostriidid 37°C ja mikroobide üldarv 22°C). Arvutused: Mikroobide üldarv mullas Üldvalem:
temperatuur viiakse alla ca 50 °C juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba miljonitesse, mis on rohkem
1 Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Uuritavad tüved on vedelsöötmes ette kasvatatud. 1 ml rakususpensiooni pipeteeritakse 1,5 ml Eppendorfidesse ja seejärel tsentrifuugitakse 10 minutit. Seejärel supernatant eemaldatakse ja biomass suspendeeritakse 500 l puhvris. Loksutatakse ja segatakse Vortexil. Iga kultuuri puhul kasutatakse uut pipetiotsikut. Rep-PCR viiakse läbi eelnevalt valmistatud Mastermixi segu kasutades. Mastermixi segu jaotatakse PCR katsutitesse. Igasse katsutisse lisatakse 1 l kultuurisuspensiooni ja kontrollproovi pipeteeritakse 1 l MilliQ vett. Proovid tsentrifuugitakse ja asetatakse termotsüklerisse PCR reaktsiooni läbiviimiseks. PCR kestab tunde, seepärast jäetakse proovid üleöö reageerima ja järgmisel päeval viiakse läbi agaroos- geelelektroforees. Selleks valmistatakse geel, mille sisse tehakse süvendid proovide ja markerite jaoks. Geeli ühte auku kantakse 5 l proovi. Markerite jaoks mõeldud pesadesse pannakse 3 l markerit
3. Bakterite genotüüpide uurimine rep-PCR meetodiga Uuritavad tüved on vedelsöötmes ette kasvatatud. 1 ml rakususpensiooni pipeteeritakse 1,5 ml Eppendorfidesse ja seejärel tsentrifuugitakse 10 minutit. Seejärel supernatant eemaldatakse ja biomass suspendeeritakse 500 l puhvris. Loksutatakse ja segatakse Vortexil. Iga kultuuri puhul kasutatakse uut pipetiotsikut. Rep-PCR viiakse läbi eelnevalt valmistatud Mastermixi segu kasutades. Mastermixi segu jaotatakse PCR katsutitesse. Igasse katsutisse lisatakse 1 l kultuurisuspensiooni ja kontrollproovi pipeteeritakse 1 l MilliQ vett. Proovid tsentrifuugitakse ja asetatakse termotsüklerisse PCR reaktsiooni läbiviimiseks. PCR kestab tunde, seepärast jäetakse proovid üleöö reageerima ja järgmisel päeval viiakse läbi agaroos- geelelektroforees. Selleks valmistatakse geel, mille sisse tehakse süvendid proovide ja markerite jaoks. Geeli ühte auku kantakse 5 l proovi. Markerite jaoks mõeldud pesadesse pannakse 3 l markerit
ning ajukelmete põletikku ehk meningiiti. (inimene.ee). DIAGNOOSIMINE Ohatise sümptomid võib kindlaks teha juba vaid visuaalsel vaatlusel ja sümptomid on väga tüüpilised ning uuringuid ei tehta. Diagnoosi saab kinnitada, kui koguda tampooniga materjali villi või haavandi põhjast, villi põhjalt, laikonjunktiivilt või ninakaabe, liikvor ja biopsiamaterjal. Materjal võta steriilse vatitampooniga, asetada katsutisse ning saata laborisse. Kui laborisse ei jõua analüüs kohe samal päeval siis asetatakse vatitampoonid 1,0 ml füs.lahust ja säilitad +4 juures külmikus. Biopsia tuleb saata laborisse koheselt. Liikvor ei vaja transportsöödet. 5 Laboris saab määrata vereanalüüsist viirusevastaseid antikehi ja antigeeni Inimesel on tuvastatud 8 tüüpi herpesviirust: HSV 1 ja HSV 2 on väga sarnased: nad on 50 % ulatuses DNA- homoloogid.
Ultraheli tehakse esimesest aksillaarjoonest kuni paravertebraaljooneni ning vedeliku kogumise koha ülemisest servast kuni alumiseni. Protseduuri käigus on keelatud köhimine, sügavalt hingamine ja liigutamine, kuna sellega võib kaasneda kopsu-vigastus. Proovimaterjal tuleb tuua kohe laborisse peale võtmist. Saata tuleb kogu kättesaadav vedelik. Materjali koaguleerumise vältimiseks võib lisada hepariini. Vedelik kogutakse vastavalt vajadusele mitmesse steriilsesse 50 ml katsutisse. Pleuravedelik säilib toatemperatuuril 30 minutit erinevateks uuringuteks. +2kraadi kuni 8+ kraadi juures sõltuvalt uuringust, mida on vaja teha, võib materjal säilida kas päeva või ainult 3 tundi5. Astsiidivedelik Astsiidiks nimetatakse patoloogilist vedeliku kogunemist peritoneaalõõnes. Astsiidiga patsientidel esineb üldjuhul tõsine maksahaigus, mis põhjustab rõhu tõusu maksaveresoontes ja madalat albumiini taset
koetromboplastiinitoimel, mis aktiveerib faktori VII. Võtmereaktsiooniks, milleni jõuavad nii sisemine kui ka väliminemehhanism, on protrombiiniaktiveerimine ja trombiinimoodustumine. Trombiinon vereplasmas sisalduv ensüüm, mis muudab vereplasmas lahustunud valgu fibrinogeenilahustumatuks niitjaks fibriiniks.Fibriinkoos kiudude vahele suletud vererakkudega katab haava kindlalt punase trombiga 25. Vere hüübimist saab vältida hirudiini.lisamise teel katsutisse 26. Inimese tähtsamad veregruppide süsteemid on AB0-süsteem ja Reesussüsteem AB0 süsteemi veregruppe määratakse järgmiselt... Veregrupp Anti-A seerum Anti-B seerum O - - A + - B - + AB + + 27. .......
joo hilisõhtul. • Uriini kogumiseks kasutatakse steriilseid spetsiaalseid anumaid, näiteks Greiner BIO-One vaakumsüsteem: pesta hoolikalt käed ja genitaalpiirkond vee ja seebiga, kuivatada. Urineerida 20-30 ml uriini WC-potti, et viia välja ureetra esiossa kogunenud mikroobid, seejärel topsi vähemalt 50 ml. Suruda uriinikatsuti kaanes oleva avause põhja. Hoida katsutit, kuni uriinivool katsutisse lõpeb. Eemaldada katsuti avausest, markeerida ja saata laborisse. NB! Uriin ei tohi seista toatemperatuuril üle kahe tunni. • Keskjoauriini kogumisel mikrobioloogiliseks uuringuks peab alati arvestama, et see võib kontamineeruda normaalse mikroflooraga. Diagnostiliseks kriteeriumiks loetakse ≥105 PMÜ/ml uriinis, kuid ka 103 PMÜ/ml on oluline teatud juhtudel: o kui on tegemist tuntud uropatogeeniga – E. coli, Proteus spp
glükoosi kontsentratsioon on madalam. 100l verd = 100l 90 l plasmat+ 10 l Seerum/plasma B-Gluc 10mmol/L glükoosivaba faasi B-Gluc 9mmol/L Glükoos-preanalüütika Glükoos on tundlik säilitamisele Täisveres säilib glükoos toatemperatuuril 10-15min Glükoosi analüüs on vajalik koguda fluoriidi sisaldavasse katsutisse Glükoosi määramisele peab eelnema paast Laktaat Organismi hapnikuvaeguse näitaja ja tähtis prognostiline marker hüpoksia korral Laktaadi sisaldus üle 9mmol/L surevus üle 90% Laktaadi tõus esineb ka kasvajate, pärilike anaeroobsete glükolüüsi ensüümide häirete, leukeemiate, lümfoomide jt seisundite puhul Laktaadi kuhjumist ja vere pH langust nimetatakse laktatsidoosiks (metaboolse atsidoosi vorm)
20. Atsidoos tähendab vere pH kiiret muutumist happelisuse poole. 21. Alkaloos tähendab vere pH kiiret muutumist aluselisuse poole. 22. Vere hüübimise põhietapid on: fibrinogeeni muutumine lahustumatuks fibriiniks, mis moodustab haavale tiheda võrgustiku, millesse jäävad kinni erütrotsüüdid, samal ajal fagotsüteerivad leukotsüüdid haigusetekitajaid, tekitades mäda. 23. Vere hüübimist saab vältida hirudiini lahuse lisamise teel katsutisse. 24. Inimese tähtsamad veregruppide süsteemid on ABO ja Rh. 25. AB0 süsteemi veregruppe määratakse järgmiselt: kasutatakse antiseerumit, kui veri muutub antiseerumis tükkideks- toimub aglutinatsioon ( kokkukleepumine), kui seguneb antiseerumiga korralikult, on tegu sama grupi verega, milline on antiseeerum, kas A või B. Kui veri seguneb mõlemas antiseerumis korralikult, on tegu AB veregrupiga, kui veri mõlema
temperatuur alla ca 50 °C juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela suntees DNA-polumeraasi toimel (72 °C juures, aeg soltub loigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Kasutatav ensuum on termostabiilne ja on isoleeritud kuumaveeallikates elavatest bakteritest (nt Thermus aquaticus, temalt saadud ensuumi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis (PCRis) kasutatavad komponendid (maatriks-DNA, praimerid, ensuum ja vabad nukleotiidid) viiakse kohe algselt uhte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsukleid voib korrata kumneid kordi. Igas tsuklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsuklites on reaktsiooni efektiivsus vaiksem, kuna ensuumi aktiivsus langeb, samuti lopevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga voimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsukli jarel juba miljonitesse, mis on piisav mistahes analuusiks.
juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba
viiakse alla ca 50 °C juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba miljonitesse, mis
temperatuur viiakse alla ca 50 °C juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada
viiakse alla ca 50 °C juurde 30 sekundiks; 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba miljonitesse, mis
3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba miljonitesse, mis
3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (72 °C juures aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumavee allikates elavatest bakteritest (näit. Thermus aquaticus ja temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis kasutatavad komponendid (maatriks DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukkleotiidid- viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahekordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada. Saadud koopiate arv ulatub aga 30 tsükli järel juba miljonitesse, mis
51 3) komplementaarse DNA ahela süntees DNA-polümeraasi toimel (70-75 °C juures, aeg sôltub lôigu pikkusest, kuid ca 1-3 min). Kasutatav ensüüm on termostabiilne ja on isoleeritud kuumaveeallikates elavatest bakteritest (nt Thermus aquaticus, temalt saadud ensüümi nimetatakse TaqI). Reaktsioonis (PCRis) kasutatavad komponendid (maatriks-DNA, praimerid, ensüüm ja vabad nukleotiidid) viiakse kohe algselt ühte katsutisse. Kuna ahelreaktsiooni etapid toimuvad erineva temperatuuri juures, siis on kogu protsess juhitav temperatuuri abil ja vastavaid tsükleid vôib korrata kümneid kordi. Igas tsüklis DNA hulk teoreetiliselt kahe- kordistub. Praktiliselt hilisemates tsüklites on reaktsiooni efektiivsus väiksem, kuna ensüümi aktiivsus langeb, samuti lôpevad otsa vabad nukleotiidid. Neid juurde pole aga vôimalik lisada
annaabi.ee 
