lagundamiseks kasutatakse anaeroobseid baktereid, mille elutegevuse käigus tekib metaan, mida kasutatakse kütteks nagu maagaasi. SELETA MÕISTED GMO geneetiliselt muundatud organism ehk organism või viirus, mille geene on geenitehnoloogiliste meetoditega muudetud vi mille genoomi on siiratud uusi geene Farmakogenoomika teadusharu, mis uurib kuidas geneetilised erinevused mõjutavad organismide reaktsiooni ravimitele Vedelsööde vedel toitelahus, kus kasutatakse mikroorganisme või hulkraksest organismist eraldatud rakke Herbitsiid umbrohumürk Geenitehnoloogia teadusharu, milles DNA manipuleerimisega muundatakse rakkude, organismide ja viiruste geneetilist infot
Isoleerimissööde Diferentsiaalsööde Selektiivsed söötmed 14. Mis on transportsööde? Sisaldavad aineid, mis ei võimalda mikroorganismide paljunemist, aga tagavad nende säilimise. 15. Mis on säilitussööde? Kasutatakse mikroorganismide säilitamiseks, tagavad mikroobide eluvõimelisuse nende pikaajalisel säilitamisel. 16. Mis on taastussööde? Kasutatakse pikka aega stressis olnud mikroobikultuuri normaalse kasvuvõime taastamiseks 17. Mis on rikastussööde? Vedelsööde, mis oma koostise tõttu loob eriti soodsad tingimused mikroorganismide paljunemiseks. 18. Mis on isoleerimisööde? Tard- või pooltardsööde, mis loovad tingimused mikroorganismide kolooniate kasvuks ja/või moodustamiseks. 19. Mis on diferentsiaalsööde? Võimaldavad kiiresti eristada üht mikroobitüve / liiki / rühma teistest mikroobidest selgelt eristavate füsioloogiliste või biokeemiliste omaduste alusel. 20. Kuidas jaotatakse söötmeid nende konsistentsi järgi
Kasut mikroobide toitumisnõudluse ja rakust väljaerituvate ühendite uurimiseks. Komplekssöötmed puudub täpne keemiline koostis: sis ka pärmi, liha ja taimeekstrakte, võidakse kasutada tööülessannetest lähtuvalt. Liigitatakse: 1. selektiivsööde võim kiiresti eristada üht mikroobi teisest. 2. diferentsiaalsööde võim kiiresti eristada üht mikroobitüve teisest. 3. Rikastussööde ?. Konsintentsi järgi liigitatakse 1. Vedelsööde kasut dehüdreeritud toitepuljongi ekstrakti, mis sis lihaekstrakti või perrooni. 2. Tardsööde on lis geelistajaid, kasut agar agarit. Geelistajat 1,5- 2% 3. poolvedel sööde geelistaja konsentratsioon madal 0,7- 0,8%. Külviviisid: joonkülv- külvamine külviaasaga siksak või sirgjooneliste liigutustega mööda söötme pinda. Kasut tihti mikroobide puhaskülvi eraldamiseks. Pistekülv- külvinõelaga. Pindkülv- agarplaadile kasut
Mis juhtuks, kui unustaksime lisada X-gali? Kas viga oleks saanud parandada? Milleks X-gali on vaja? 11 Kui me ei oleks X-gali lisanud, siis ei oleks tekkinud sini-valget värvuseid. Me ei oleks saanud kuidagi enda bakterikoloonaid eristada. Viga saaks parandada hõõrudes X-galiga tassi. Praktiline töö nr. 7: Minipreparatsioon aluselise lüüsi meetodil Eesmärk: Bakterites paljundatud plasmiidi välja puhastamine Materjalid: 1,5 ml LB vedelsööde Kasvatame baktereid vedelsöötmes, et neid aereerida. Sisaldab ka antibiootikumi. Valge bakterikoloonia 200 µl Lahus E1 Hoiab rakke elus. 200 µl Lahus E2 Muudab lahuse aluseliseks 200 µl Lahus E3 Normaliseerib pH 420 µl Isopropanool Sadestab
· Meil on vaja ainult valged kolooniad. · Juhendajad märgistasid Peetri tasside peal sobivaid valged kolooniad ja andsid neile numbrid (1-...). Mõned valged kolooniad olid märgistatud küsimärkidega. Need kolooniad küsimärkidega me ei võta, sest nad on äärepeal või liiga lähedal üks teisele. · Spetsiaalse pulgaga me võtame nummerdatud valged kolooniad ükshaaval ja paneme selle koloonia katseklaasi, kus on 1,5 ml LB vedelsööde. Katseklaasi peale paneme fooliumi. · Jätame kõik kolooniad kasvama 37 kraadi juures. Minu Peetri tassis oli 3 valget kolooniat numbritega 4, 5, 6. Edasi oma töös kasutan 6-nda kolooniat. Lisaülesanded: 2.1) Võrdle antud transformatsiooni protokolli (mis on kasutusel GTI Molekulaarbioloogia laboratooriumis) DNA kokaraamatus tooduga. Millised on erinevused? Me teeme transformatsiooni 37 kraadi juures, Sambrook´i raamatus 42 kraadi juures. 2
Töö ülessannete järgi: 1) Selektiivsööde – osade mikroobide areng on füüsikaliste ja keemiliste protsesside poolt reguleeritud. Nt temperatuur. 2) Diferentsiaalsööde – võimalik eristada erinevate mikroobide tüvesid. 3) Rikastussööde – tingimused teatud bakterite kasuks. Lisatud on vastavaid toitained, mida kasutavad mikroobid. Konsistentsi järgi: 1) Vedelsööde – kasutatakse defidreeritud toitepuljongit, mis sisaldab lihaekstrakte ja peptooni. Puudub tarretumisaine. 2) Tardsööde – agar, saadakse punastest merevetikatest ja sööde tardub 42C juures. Ta on mikrobioloogiliselt identne želatiiniga. Sisaldavad geelistajaid. Miinuseks on temperatuur. 3) Poolvedelad söötmed – seal on geelistaja kontsentratsioon madal ( 0,2-0,3 % ). Väga vähesed mikroobid suudavad agarat lõhustada
värvub siniseks). 11. Mille poolest erineb selektiivsööde rikastussöötmest? Selektiivsöötmesse lisatakse ühe mikroobikultuuri jaoks pärssivaid aineid, rikastussöötmele ei lisata. Mõlemas luuakse ühele mikroobikultuurile soodsad kasvutingimused. 12. Millised ained põhjustavad mikroobi kasvukeskkonnas selektiivsust? antibiootikumid, värvaineid, happed. 13. Kuidas jaotatakse söötmed konsistentsi järgi? Tardsööde, vedelsööde, poolvedelsööde. 14. Millised agari füüsikalised ja keemilised omadused lubavad kasutada seda geelistajana tardsöötmes? Agar sulab vee keemistemperatuuril ja tardub 42 kraadi juures. Ta on mikrobioloogiliselt intertne (vähesed bakterid hüdrolüüsivad). 15. Miks ei sobi želatiin söötme geelistajana? Veeldub toatemperatuuril (25 kraadi) ja ei ole mikrobioloogiliselt inertne (kes toodavad proteolüütilisi ensüüme, need lagundavad). 16
2 päeva möödudes tulin tagasi laborisse. Minu tassi peal kasvasid nii valged, kui ka sinised kolooniad (nende suhe oli ~ 50/50). Sinised kolooniad sisaldasid plasmiidi, vaid ei sisaldanud inserdi, aga valged sisaldasid õige plasmiidi. Valisin kõige suurema valge koloonia ja panin neid kasvama: Võtsin epsi, kus tegin augu (ilma hapnikuta bakretid suervad ära) Lisasin 1ml Amp-i sisalav vedelsööde Otsikuga katsusin valge kolooniat ja panin otsik epsi sisse Panin bakterid loksutavasse inkubaatorisse 16 tunniks kasvama 375 C juures 6.1 Praktikum – minipreparatsioon aluselise lüüsi meetodil Eesmärgiks on bakteris paljundatud plasmiidi välja puhastamine. Võtsin üleöö kasvanud bakterid ja fuugisin bakterid põhja Eemaldasin supernatanti Re-suspendeerisin pellet 0,2 ml-s E1 lahuses (50mM glükoos – teeb lahuse
Vett ja puhtaid kemikaale. Kasut mikroobide toitumisnõudluse ja rakust väljaerituvate ühendite uurimiseks. Komplekssöötmed puudub täpne keemiline koostis: sis ka pärmi, liha ja taimeekstrakte, võidakse kasutada tööülessannetest lähtuvalt. Liigitatakse: 1. selektiivsööde võim kiiresti eristada üht mikroobi teisest. 2. diferentsiaalsööde võim kiiresti eristada üht mikroobitüve teisest. 3. Rikastussööde ?. Konsintentsi järgi liigitatakse 1. Vedelsööde kasut dehüdreeritud toitepuljongi ekstrakti, mis sis lihaekstrakti või perrooni. 2. Tardsööde on lis geelistajaid, kasut agar agarit. Geelistajat 1,5- 2% 3. poolvedel sööde geelistaja konsentratsioon madal 0,7- 0,8%. Külviviisid: joonkülv- külvamine külviaasaga siksak või sirgjooneliste liigutustega mööda söötme pinda. Kasut tihti mikroobide puhaskülvi eraldamiseks. Pistekülv- külvinõelaga. Pindkülv- agarplaadile kasut külviaasa või pipetti
peptooni. Töö ülessannete järgi: 1) Selektiivsööde osade mikroobide areng on füüsikaliste ja keemiliste protsesside poolt reguleeritud. Nt temperatuur. 2) Diferentsiaalsööde võimalik eristada erinevate mikroobide tüvesid. 3) Rikastussööde tingimused teatud bakterite kasuks. Lisatud on vastavaid toitained, mida kasutavad mikroobid. Konsistentsi järgi: 1) Vedelsööde kasutatakse defidreeritud toitepuljongit, mis sisaldab lihaekstrakte ja peptooni. Puudub tarretumisaine. 2) Tardsööde agar, saadakse punastest merevetikatest ja sööde tardub 42C juures. Ta on mikrobioloogiliselt identne zelatiiniga. Sisaldavad geelistajaid. Miinuseks on temperatuur. 3) Poolvedelad söötmed seal on geelistaja kontsentratsioon madal ( 0,2- 0,3 % ). Väga vähesed mikroobid suudavad agarat lõhustada
peptooni. Töö ülessannete järgi: 1) Selektiivsööde osade mikroobide areng on füüsikaliste ja keemiliste protsesside poolt reguleeritud. Nt temperatuur. 2) Diferentsiaalsööde võimalik eristada erinevate mikroobide tüvesid. 3) Rikastussööde tingimused teatud bakterite kasuks. Lisatud on vastavaid toitained, mida kasutavad mikroobid. Konsistentsi järgi: 1) Vedelsööde kasutatakse defidreeritud toitepuljongit, mis sisaldab lihaekstrakte ja peptooni. Puudub tarretumisaine. 2) Tardsööde agar, saadakse punastest merevetikatest ja sööde tardub 42C juures. Ta on mikrobioloogiliselt identne zelatiiniga. Sisaldavad geelistajaid. Miinuseks on temperatuur. 3) Poolvedelad söötmed seal on geelistaja kontsentratsioon madal ( 0,2- 0,3 % ). Väga vähesed mikroobid suudavad agarat lõhustada
ja glütserooliga L-J munasöötmele. Tahke söötme külve kontrollitakse kord nädalas. Vedelsöötme tuubid sisestatakse MGIT-960 automaatsesse mükobakterite testimise aparaati, kus positiivse tulemuse korral süttib aparaadi punane märgutuli. Negatiivseks loetakse tulemus 6 nädala möödumisel. Üldjuhul on positiivne tulemus hinnatav 1-3 nädala möödudes. Verest mükobakterite isoleerimiseks on kasutusel spetsiaalne BACTEC Myco/F-Lytic vedelsööde, mille testimine toimub BACTEC 9050MB aparaadis. Mükobakterite kasvatamiseks kasutatavale BACTEC söötmele on lisatud 14C-ga märgistatud substraati. Mükobakterid on suutelised seda substraati utiliseerima, metabolismi tulemuseks on radioaktiivse 14CO2 teke. 14 CO2 hulk ja tekkekiirus on proportsionaalne mükobakterite kasvuga. Meetodi eeliseks on tema tundlikkus ja kiirus, sest radiomeetriliselt on võimalik avastada väga väikest 14CO2 hulka, mistõttu ka mükobakterite kasv on
annaabi.ee 
