BAKTERIOFAAGID ssRNA bakteriofaagid Ph. Leviviridae G. Levivirus MS2 G.Allolevivirus Qbeeta dsRNA bakteriofaagid Ph. Cystoviridae phi6 Isomeetrilised ssDNA bakteriofaagid Ph. Microviridae G. Microvirus phiX174 Niidikujulised ssDNA bakteriofaagid Ph. Inoviridae G. Inovirus Ff faagid
i faag T2 DNA järjestuses on 150 geeni 3. Joonista skeem retroviiruse genoomist. Milliseid põhilisi valke kodeerib retroviiruse genoom (3)? - Retroviiruse genoomi ehitus. Faagid jaotatakse virulentseteks ja mõõdukateks vastavalt sellele, kas nad sisenevad kohe peale bakteri nakatamist lüütilisse tsüklisse või võivad lülituda profaagina bakteri genoomi ja hiljem lüütilisse faasi. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks
Geenivaigistus on geeni avaldumise takistamine epigeneetiliste mehhanismidega transkriptsiooni või translatsiooni tasemel geeni struktuuri rikkumata. Meetod seisneb kindlate mRNA-molekulide blokeerimises või kiires lammutamises niinimetatud mikro- RNA-de kaudu, mille tulemusena geen ei avaldu ehk valgusünteesi ei saa toimuda. 2006. aastal said Andrew Fire ja Craig Mello Nobeli preemia füsioloogias ja meditsiinis esmaselt 1998.aastal avaldatud töö eest Nature ajakirjas . Fire ja Mello avastasid RNA interferentsi. RNA interferentsis on kahte tüüpi RNA molekule – mikroRNA ja siRNA . Need eelnimetatud väiksed RNA-d võivad seonduda teistele RNA-dele , tõstes või alandades nende aktiivsust, näiteks seondudes mRNA-le, takistavad nad sellelt toimuva translatsiooni ehk valgusünteesi. RNAi rada leidub paljudes eukarüootides, kaasa arvatud kõrgemates hulkraksetes loomades , ning mida alustab ensüüm Dicer. Dicer lõikab pika...
kapsiid, millel loomaviiruste puhul on ka ümbris (envelope) Viiruse genoom on kas üksikahelaline või kaksikahelaline : dsDNA – bakteriofaagid T4 ja lambda, papilloomiviirus ssDNA – bakterifaag M13, parvoviirused (koinfektsioon adenoviirustega) dsRNA – reoviirused (hingamisteede haigused) ssRNA – gripiviirus, HIV Mõnedel viirustel on genoomiks RNA Tubaka mosaiigiviirus TMV Gripiviiruse genoom koosneb mitmest ssRNA segmendist HIV on retroviirus – tema genoomiks on ssRNA, millelt pöördtranskriptaas sünteesib DNA Viiruse kapsiid on sümeetriline – helikaalne või ikosaeedriline
1. Nimeta molekulaargeneetika põhiprotsessid · DNA süntees ehk replikatsioon · RNA süntees ehk transkriptsioon · Valgu süntees ehk translatsioon 2. Mis on replikatsioon? Millal ja milleks see toimub? Replikatsioon on matriitssüntees, mille tulemusena saadakse DNA molekulist kaks ühesuguse nukleotiidide järjestusega DNA molekuli. Toimub iga kord enne raku jagunemist. Toimub kõigis organismides. 3. Mis on transkriptsioon? Translatsioon? RNA süntees, DNA alusel/ matriitssüntees, mille käigus saadakse DNa molekuli ühe ahela nukleotiidse järjestusega kompementaarne RNA molekul. 4. Mina nimetatakse geeniks? Geen on DNA lõik, mis määrab ära ühe RNa molekuli sünteesi. 5. Millistest osadest koosneb geen? Geeni osad- promootor , RNA, sünteesipiirkond ,terminaator (ilma naljata). 6. Mis on transkriptsiooni saadused? mRNA, rRNa ja tRNA molekulid 7. Mida nimetatakse geeni avaldumiseks? Geeni avald...
Viriooni ehitus. Viiruspartikkel sisaldab nukleiinhapet, mis kodeerib viirusspetsiifilisi valke. Viiruse geneetiliseks materjaliks on kas DNA või RNA molekul. Eristatakse üksikahelalise (ss -single strand) ja kaksikahelalise (ds - double strand) genoomiga viirusi. dsDNA viirused on näiteks loomaviirustest papilloomiviirus ning bakteriofaagidest T4 ja lambda faag; ssDNA genoomiga on bakteriofaag M13. Reoviiruste (põhjustavad hingamisteede haigusi) genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil
korduvjärjestused on viirustele väga olulised. 4. Genoomi elementide ümbervahetus. Viiruse antiretseptor- virioni component (valk, glükproteiin), mille abil virion seondub peremeesrakule. Viiruse retseptor- peremeesraku pinnamolekul, millele virion seondub. Viiruse retseptoriks võivad olla valgud, glükoproteiinid, lipopolüsahhariidid, fosfolipiidid. Infektsiooni algus, raku nakatamine. Raku sisenemiseks vajavad ssRNA genoomsed faagid bakteri niitjaid struktuure- pilid, mis on viirusele retseptoriks: E.coli F (-sex) pili; Pseudomonas, caulobakter nn. Polaarne pili Faagid seonduvad pili külgedele A- valgu (antiretseptori) kaudu, kattevalk pole seondumiseks oluline. Faagi peremeesteringi määrab ära sobiva pili olemasolu raku pinnal. Seondumine pili struktuurile kutsub esile A-valgu lõikamise kaheks fragmendiks (15kDa ja 24kDa)
1. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakku isoleeritud DNA abil. Transformatsioon võib toimuda ka looduslikes tingimustes. Sel juhul kandub elusrakkudesse surnud rakkudest vabanenud DNA. Transkriptsioon ümberkirjutamine, DNA ühe ahela alusel komplementaarse RNA molekuli süntees. Translatsioon mRNA põhjal ribosoomides valguahela sünteesimine ehk lihtsamalt öeldes valgu süntees. (RNA alusel valgu süntees tsütoplasmas paiknevatel ribosoomidel.) Translatsiooniprotsess loob geneetilise koodi ehk vastavuse mRNAde nukleotiidahelate ja valkude polüpeptiidahelate vahel. 2. Initsiatsioon prokarüootidel: transkriptsioon algab sellega, et protsessi läbiviiv ensüüm RNA polümeraas kinnitub struktuurgeenide ees asuvas promootoris sisalduvatele transkriptsiooni algussignaalidele. RNA polümeraas ei vaja transkriptsiooni initsiatsiooniks praimerjärjestust nagu seda vajas DNA polümeraas. Promootori pi...
vertikaalselt munade kaudu). GSV replikatsioon aktiveerub putuka hormoonide toimel. Kõige enam on nudiviiruste hulgast uuritud Hz-1 molekulaarbioloogiat. Hz-1 genoom on ca 228 kbp pikkune tsirkulaarne DNA ja see viirus tekitab peamiselt persistentset ja latentset infektsiooni, mida iseloomustab viiruse DNA stabiilne integreerumine peremeesraku kromosoomi. Vetikate viirused Vetikaid nakatavad väga mitmed erinevad viirused, sh. ssRNA, dsRNA, ssDNA ja dsDNA genoomiga viirused. Enim on uuritud suured dsDNA genoomiga viirused. Need viirused kuuluvad sugukonda Phycodnaviridae ja jagunevad mitmesse perekonda: - Chlorovirus (Paramecium bursaria chlorella virus 1 – PBCV1) - Coccolithovirus (Emiliania huxleyi virus 86 – EhV-86) - Prasinovirus (Micromonas pusilla virus SP1 – MpV-SP1) - Prymnesiovirus (Chrysochromulina brevifilum virus PW1, CbV-PW1)
Kombineerituna NRTI-de ja NNRTI-dega areneb resistentsus aeglasemalt. Suukaudselt väikese aktiivsusega, kuid toiduga paraneb. Võetakse suures koguses, kuna seostub hästi plasmavalkudega. Trecovirsen on antisens ravim, koosneb 25 nukleotiidist ja hübridiseerub mRNA-ga, mis on pärit HIV gag-geenist. Seeläbi pärsitakse HIV valgusünteesi, kuid toksilisuse tõttu ei kasutata. Gripiviiruse sisenemine rakku Gripiviiruse nukleokapsiidis on ssRNA ja RNA polümeraas, ning membraanümbrises on kaks viiruse glükoproteiidi neuraminidaas (NA) e sialidaas ja hemaglutiniin (HA). C viirused ei muteeru, B-d muteeruvad aeglaselt ja A-d iga aasta. Viirusel tuleb läbida rakke ümbritsev lima, mis koosneb siaalhapet sisaldavatest glükoproteiinidest ja -lipiididest. NA katalüüsib siaalhappejäägi eemaldamist glükoproteiinidest, mille tulemusena limakiht laguneb j viirus saab epiteelkoeraku pinnale.
pöördtranskriptsiooni, et sünteesida RNA genoomilt DNA koopia - HIV - AIDS HIV elutsükkel - Viirusvalk gp120 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku - Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA mis integreerub raku DNAga - Viiruse dsdNAlt sünteesitakse viiruse dsDNA mis integreerub raku DNAga - Viiruse dsDNAlt sünteesitakse viiruse ssRNA mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusoskaeste assambleerimisel - Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga 54.Operoni struktuurkomponendid - Operon – grupp geene mis moodustuvad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatiorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele Struktuurkomponendid
hulk rakus kõrgem, see võib väljenduda kõrgenenud ensüümiaktiivsuses. Duplikatsioonide analüüsiks kasutatakse sageli translokatsioonidega kromosoome. Proovitakse erinevaid versioone ning mõõdetakse ensüümaktiivsuse järgi, kus geen asub. 41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni kandjaks? Päriliku informatsiooni kandjaks võib olla kaheahelaline DNA, rõngas DNA, üheahelaline DNA, ssRNA, dsRNA. 42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni. Sia ja Dawsoni katse: tehti eksperiment kahe bakteritüvega IIR (mitte virulentne, kapslita ning väikesed karedapinnalised kolooniad) ja IIIS (limakapsliga, virulentne, suured karedapinnalised kolooniad). Virulentne IIIS tüvi tapeti kuumaga, pandi kokku elusa IIR tüvega ja töödeldi teatud seerumiga, tulemuseks olid IIIS kolooniad.
pol- määrab transkriptaasi, integraasi ja ribonukleaasi. env- determineerib viiruse ümbrises asuva glükoproteiini. Inimese retroviirus HIV infitseerib immuunsüsteemi rakke ja põhjustab eluaegse haigestumise AIDS´i. Inimese HIVi elutsükkel Viirusvalk gpe20 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku. Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA, mis integreerub raku DNA-ga. Viiruse dsDNA-lt sünteesitakse viiruse ssRNA, mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse, kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusosakeste assambleerimisel. Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga. HIV nakkuse epidemioloogia ja mehhanismid. Põhjalik informatsioon: http://www.kliinikum.ee/infektsioonikontrolliteenistus/doc/oppematerjalid/IV/HIV %20prax.pdf HIV-vastase ravi võimalusi.
toimub palju kõrgemal tasemel, on virionide vabanemine nakatatud rakkudest oluliselt efektiivsem. 3.3.8. Infektsiooni mõju peremeesrakule BTV replikatsioon toob kaasa peremeesraku makromolekulide sünteesi kiire mahasurmise, toimuvad muutused raku tsütoskeletis (eriti vahepealsetes filamentides). Nakatatud rakkudes moodustuvad: - viirus-spetsiifilised tubulaarsed struktuurid (NS1-valk) ja - viiruse replikatsioonisaidid (IB-d), milles asuvad viiruse ssRNA, NS2-valk (ka mingil hulgal NS1-valk) ja struktuursed valgud. 3.4. Taimede reoviirused PEREKONNAD PHYTOREOVIRUS, FIJIVIRUS, ORYZAVIRUS Taimede reoviiruseid iseloomustab segmenteeritud dsRNA genoom ning replikatiivne ja permessiivne vektorülekanne (esineb ka viiruse ülekanne ühelt vektori põlvkonnalt teisele vektori põlvkonnale). Iga viirus on vektorspetsiifiline (üks või väike arv liike), mehhaaniline ülekanne taimelt taimele puudub
1. loeng Akronüümid: TH1 – t lümfotsüüdid helper, IL interleukiin CD – diferentseerumise klaster, raku pinnal olev marker, valguline v lipo.. marker. Seos diferentseerumisega – erinevatel rakkudel eri omad. DSCAM- Down Syndrome Cell Adhesion Molecule, neuronid ei tunne üksteist õigesti ära, liiga palju DSCAM valku Down sündroomiga imetajatel. Drosophilal erinevad valgu variandid – tunnevad ära eri patogeene. PPR- molekulaarset mustrit ära tundvad TLRs- Tol like retseptors PAMPs- patogeeniga seotud molekulaarsed mustrid NLRs- bakterite äratundmiseks mitte rakkudde pinnal vaid sees Evolutsioon Varasemad – ei kaasne mälu, iga kord samaga kokku puutudes sama vastus sama tugev. Kuni kõhrkaladeni. Omandatud ehk adaptiivne alates kõhrakaladest hakkab tekkima, antikehad, T ja B lümfotsüüdid. Komplement – Ehhinodermidest, seotud ka kaasasündinud immunoloogiaga, kaasasündinud retseptorid võivad midagi väga spetsiifiliselt ära tunda, enne kui p...
Samasse õlga paigutusid ka fosfoglütseraadi kinaasi PGK ja glükoos-6-fosfaadi dehüdrogenaasi G6PD geenid. 27 41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni kandjaks? Nukleiinhapped jagunevad: DNA ja RNA. Mõlemad võivad olla geneetilise info kandjaks, kuid enamuse organismide puhul on selleks 2-ahelaline DNA. Seda sellepärast et DNA on stabiilsem. RNA on genoomiks osadel viirustel (nt HIV on retroviirus, kelle genoomiks on ssRNA, mille pöördtranskriptaas sünteesib DNA) 42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni. 1928 näitas Griffith bakteri S.Pneumoniae transformatsiooni – DNA kandumist väliskeskkonnast bakterirakku. IIR tüüpi kapslita rakud – ei ole virulentsed. Väikesed karedapinnalised kolooniad. IIIS tüüpi limakapsliga rakud – on virulentsed. Suured siledapinnalised kolooniad. Limakapsel takistab peremeesorganismil bakterit hävitamast.
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
