BAKTERIOFAAGID ssRNA bakteriofaagid Ph. Leviviridae G. Levivirus MS2 G.Allolevivirus Qbeeta dsRNA bakteriofaagid Ph. Cystoviridae phi6 Isomeetrilised ssDNA bakteriofaagid Ph. Microviridae G. Microvirus phiX174 Niidikujulised ssDNA bakteriofaagid Ph. Inoviridae G. Inovirus Ff faagid
üks viirus võimeline nakatama vaid teatud tüüpi rakke: eristatakse looma-, taime- ja bakteriviirusi ehk faage. nakatunud rakk lülitub norm elutegevuselt viiruse paljundamisele 2. Kirjelda viiruse üldist ehitust ja genoomi? Võib joonisena. - Ümbrise valgud viirusspetsiifilised. Viiruse ümbris ehk kest pärineb peremeesraku membraanist. Pöördtranskriptaas ehk revertaas ensüüm, mis retroviiruste ssRNA-st sünteesib komplementaarse dsDNA, mis integreerub peremehe genoomi ensüüm integraasi abil. Proviirus viiruse DNA latentne koopia peremehe genoomis. Kapsiid NH ümbritsev valguline kate. iseloomulik on, et viiruse kromosoom koosneb valdavalt nukleiinhappest ja ei ole seotud valkudega näiteks faagil MS2 on genoomiks üks RNA molekul, milles 3569 nukleotiidi ja 4 geen.i faag T2 DNA järjestuses on 150 geeni 3. Joonista skeem retroviiruse genoomist
näiteks seondudes mRNA-le, takistavad nad sellelt toimuva translatsiooni ehk valgusünteesi. RNAi rada leidub paljudes eukarüootides, kaasa arvatud kõrgemates hulkraksetes loomades , ning mida alustab ensüüm Dicer. Dicer lõikab pika kaheahelalise RNA ehk dsRNA molekulid väiksemateks umbes 20 nukleotiidi pikkusteks fragmentideks, mida nimetataksegi siRNA-ks. Iga siRNA hargneb lahti kaheks üheahelaliseks RNA-ks (ssRNA): guide-ahelaks ja passenger ehk anti-guide-ahelaks. Passenger-ahel lagundatakse, kuid guide-ahel kuulub RNA- indutseeritud geenivaigistamiskompleksi (RISC). Selle enim uuritumaks tulemiks on post-transkriptsiooniline geenivaigistamine . See ilmneb siis, kui guide-ahel paardub mRNA komplementaarse järjestusega ning katalüütiline RNA indutseeritud geenivaigistamiskompleksi(RISC-i) komponent argonaut tekitab lõike. See
kapsiid, millel loomaviiruste puhul on ka ümbris (envelope) Viiruse genoom on kas üksikahelaline või kaksikahelaline : dsDNA – bakteriofaagid T4 ja lambda, papilloomiviirus ssDNA – bakterifaag M13, parvoviirused (koinfektsioon adenoviirustega) dsRNA – reoviirused (hingamisteede haigused) ssRNA – gripiviirus, HIV Mõnedel viirustel on genoomiks RNA Tubaka mosaiigiviirus TMV Gripiviiruse genoom koosneb mitmest ssRNA segmendist HIV on retroviirus – tema genoomiks on ssRNA, millelt pöördtranskriptaas sünteesib DNA Viiruse kapsiid on sümeetriline – helikaalne või ikosaeedriline
Nukleokapsiid võib koosneda ühesugustest valgu molekulidest, või olla üsna keerulise ehitusega. Mõnikord ümbritseb nukleokapsiidi veel peremeesraku rakumembraanist lipiidkest. 14. Nimeta RNA ja DNA viiruseid. DNA viirused klassifitseeritakse enamasti neis sisalduva DNA koostise järgi üksikahelaga DNA viirusteks ja kaksikahelaga DNA viirusteks (herpesviirus, papiloomviirus). RNA-viirused on viirused, mille genoomiks on RNA. Mõnede viiruste genoom on üheahelaline RNA (ssRNA), teistel kaheahelaline RNA (dsRNA). Üheahelaline RNA on kas pluss-ahelaline või miinus-ahelaline. Leidub ka viiruseid, mille genoom on osaliselt pluss- ahelaline ja osaliselt miinus-ahelaline. Neid kutsutakse ambisense-viirusteks. 15. Viirustel eristatakse lüütilist ja lüsogeenset elutsüklit. Lüütiline tsükkel Viirus sisestab peremees-rakku oma genoomi Peremeesraku ainevahetus korraldatakse ümber
Viriooni ehitus. Viiruspartikkel sisaldab nukleiinhapet, mis kodeerib viirusspetsiifilisi valke. Viiruse geneetiliseks materjaliks on kas DNA või RNA molekul. Eristatakse üksikahelalise (ss -single strand) ja kaksikahelalise (ds - double strand) genoomiga viirusi. dsDNA viirused on näiteks loomaviirustest papilloomiviirus ning bakteriofaagidest T4 ja lambda faag; ssDNA genoomiga on bakteriofaag M13. Reoviiruste (põhjustavad hingamisteede haigusi) genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil
4. Genoomi elementide ümbervahetus. Viiruse antiretseptor- virioni component (valk, glükproteiin), mille abil virion seondub peremeesrakule. Viiruse retseptor- peremeesraku pinnamolekul, millele virion seondub. Viiruse retseptoriks võivad olla valgud, glükoproteiinid, lipopolüsahhariidid, fosfolipiidid. Infektsiooni algus, raku nakatamine. Raku sisenemiseks vajavad ssRNA genoomsed faagid bakteri niitjaid struktuure- pilid, mis on viirusele retseptoriks: E.coli F (-sex) pili; Pseudomonas, caulobakter nn. Polaarne pili Faagid seonduvad pili külgedele A- valgu (antiretseptori) kaudu, kattevalk pole seondumiseks oluline. Faagi peremeesteringi määrab ära sobiva pili olemasolu raku pinnal. Seondumine pili struktuurile kutsub esile A-valgu lõikamise kaheks fragmendiks (15kDa ja 24kDa)
kannab koodonitena informatsiooni valgu primaarjärjestuse kohta; tRNA identifitseerib koodi ja toob ribosoomi koodile vastava aminohappe ; rRNA assotsieerub ribosoomi valkudega moodustades ensüümkompleksi, mis otseselt sünteesib peptiidsideme. 53. miRNA ja siRNA vahe tuleneb nende päritolust: siRNA pärineb dsRNA-st; siRNA on kõige tavalisemalt vastus võõrale RNA-le ja on tihti 100% täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. miRNA pärineb ssRNA-st, mis moodustab U-kujulise sekundaarse struktuuri; miRNA reguleerib post-transkriptsionaalset geeni väljendust ja pole sageli 100 täiendav(komplementaarne) sihtmärgile. 54. hnRNP A1 tuumast ekspordi protsess: Lõplikult protsessitud mRNA-5' otsa ning hnRNP valk-kompleks (mRNP) assotseerub "cap"-siduva kompleksiga (CBC), mis läbib esmalt NPC (tuumapoori-kompleks). Kui mRNPsid transporditakse läbi NPC, siis tuumas
vertikaalselt munade kaudu). GSV replikatsioon aktiveerub putuka hormoonide toimel. Kõige enam on nudiviiruste hulgast uuritud Hz-1 molekulaarbioloogiat. Hz-1 genoom on ca 228 kbp pikkune tsirkulaarne DNA ja see viirus tekitab peamiselt persistentset ja latentset infektsiooni, mida iseloomustab viiruse DNA stabiilne integreerumine peremeesraku kromosoomi. Vetikate viirused Vetikaid nakatavad väga mitmed erinevad viirused, sh. ssRNA, dsRNA, ssDNA ja dsDNA genoomiga viirused. Enim on uuritud suured dsDNA genoomiga viirused. Need viirused kuuluvad sugukonda Phycodnaviridae ja jagunevad mitmesse perekonda: - Chlorovirus (Paramecium bursaria chlorella virus 1 – PBCV1) - Coccolithovirus (Emiliania huxleyi virus 86 – EhV-86) - Prasinovirus (Micromonas pusilla virus SP1 – MpV-SP1) - Prymnesiovirus (Chrysochromulina brevifilum virus PW1, CbV-PW1)
Kombineerituna NRTI-de ja NNRTI-dega areneb resistentsus aeglasemalt. Suukaudselt väikese aktiivsusega, kuid toiduga paraneb. Võetakse suures koguses, kuna seostub hästi plasmavalkudega. Trecovirsen on antisens ravim, koosneb 25 nukleotiidist ja hübridiseerub mRNA-ga, mis on pärit HIV gag-geenist. Seeläbi pärsitakse HIV valgusünteesi, kuid toksilisuse tõttu ei kasutata. Gripiviiruse sisenemine rakku Gripiviiruse nukleokapsiidis on ssRNA ja RNA polümeraas, ning membraanümbrises on kaks viiruse glükoproteiidi neuraminidaas (NA) e sialidaas ja hemaglutiniin (HA). C viirused ei muteeru, B-d muteeruvad aeglaselt ja A-d iga aasta. Viirusel tuleb läbida rakke ümbritsev lima, mis koosneb siaalhapet sisaldavatest glükoproteiinidest ja -lipiididest. NA katalüüsib siaalhappejäägi eemaldamist glükoproteiinidest, mille tulemusena limakiht laguneb j viirus saab epiteelkoeraku pinnale.
pöördtranskriptsiooni, et sünteesida RNA genoomilt DNA koopia - HIV - AIDS HIV elutsükkel - Viirusvalk gp120 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku - Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA mis integreerub raku DNAga - Viiruse dsdNAlt sünteesitakse viiruse dsDNA mis integreerub raku DNAga - Viiruse dsDNAlt sünteesitakse viiruse ssRNA mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusoskaeste assambleerimisel - Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga 54.Operoni struktuurkomponendid - Operon – grupp geene mis moodustuvad ühtse regulatoorse või kontrollüksuse. Üksus koosneb operaatiorist, promootorist ja struktuurgeenidest. Omased prokarüootidele Struktuurkomponendid
hulk rakus kõrgem, see võib väljenduda kõrgenenud ensüümiaktiivsuses. Duplikatsioonide analüüsiks kasutatakse sageli translokatsioonidega kromosoome. Proovitakse erinevaid versioone ning mõõdetakse ensüümaktiivsuse järgi, kus geen asub. 41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni kandjaks? Päriliku informatsiooni kandjaks võib olla kaheahelaline DNA, rõngas DNA, üheahelaline DNA, ssRNA, dsRNA. 42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni. Sia ja Dawsoni katse: tehti eksperiment kahe bakteritüvega IIR (mitte virulentne, kapslita ning väikesed karedapinnalised kolooniad) ja IIIS (limakapsliga, virulentne, suured karedapinnalised kolooniad). Virulentne IIIS tüvi tapeti kuumaga, pandi kokku elusa IIR tüvega ja töödeldi teatud seerumiga, tulemuseks olid IIIS kolooniad.
pol- määrab transkriptaasi, integraasi ja ribonukleaasi. env- determineerib viiruse ümbrises asuva glükoproteiini. Inimese retroviirus HIV infitseerib immuunsüsteemi rakke ja põhjustab eluaegse haigestumise AIDS´i. Inimese HIVi elutsükkel Viirusvalk gpe20 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku. Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA, mis integreerub raku DNA-ga. Viiruse dsDNA-lt sünteesitakse viiruse ssRNA, mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse, kus teda transleeritakse ja kasutatakse uute viirusosakeste assambleerimisel. Viirusosakesed väljutatakse rakust ja kaetakse rakumembraaniga. HIV nakkuse epidemioloogia ja mehhanismid. Põhjalik informatsioon: http://www.kliinikum.ee/infektsioonikontrolliteenistus/doc/oppematerjalid/IV/HIV %20prax.pdf HIV-vastase ravi võimalusi.
toimub palju kõrgemal tasemel, on virionide vabanemine nakatatud rakkudest oluliselt efektiivsem. 3.3.8. Infektsiooni mõju peremeesrakule BTV replikatsioon toob kaasa peremeesraku makromolekulide sünteesi kiire mahasurmise, toimuvad muutused raku tsütoskeletis (eriti vahepealsetes filamentides). Nakatatud rakkudes moodustuvad: - viirus-spetsiifilised tubulaarsed struktuurid (NS1-valk) ja - viiruse replikatsioonisaidid (IB-d), milles asuvad viiruse ssRNA, NS2-valk (ka mingil hulgal NS1-valk) ja struktuursed valgud. 3.4. Taimede reoviirused PEREKONNAD PHYTOREOVIRUS, FIJIVIRUS, ORYZAVIRUS Taimede reoviiruseid iseloomustab segmenteeritud dsRNA genoom ning replikatiivne ja permessiivne vektorülekanne (esineb ka viiruse ülekanne ühelt vektori põlvkonnalt teisele vektori põlvkonnale). Iga viirus on vektorspetsiifiline (üks või väike arv liike), mehhaaniline ülekanne taimelt taimele puudub
RIG-I ja akronüümid immunoloogilistes tekstides RIG-I(retinoic-acid-inducible protein ) retseptorite (tsütosoolsed RNA helikaasid) käivitatud signaalirajad Taimede immuunsüsteemi elemente PAMPS- Pathogen-associated molecular pattern LRR- leucine-rich repeat (leutsiini rikaste kordustega retseptorid) R genes (resistentsuse geenid) RNA interference Lihtsamad keemilised mediaatorid ja signaalnolekulid (salitsüül hape,jasmon hape, etüleen.....) Immuunreaktsioonid taimedel miRNA ssRNA molekule mõnest tuhandest kuni 40,000 molekulini raku kohta Leitud kõigis metazoa liikides, 0.5-1% geenidest siRNA märklauaks on geenid, millest on ise pärit miRNA reguleerib erinevaid geene 100 erinevat mRNA molekuli võib olla reguleeritud ühe miRNA poolt 3. loeng Immuunsüsteemi rakud ja koed Primaarsed lümfoidsed organid – spetsiifilised immuunsussüsteemi organid – alates kõhrkaladest. Sekundaarsed lümfoidsed organid – seotud lümfotsüütide küpsemisega.
Samasse õlga paigutusid ka fosfoglütseraadi kinaasi PGK ja glükoos-6-fosfaadi dehüdrogenaasi G6PD geenid. 27 41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni kandjaks? Nukleiinhapped jagunevad: DNA ja RNA. Mõlemad võivad olla geneetilise info kandjaks, kuid enamuse organismide puhul on selleks 2-ahelaline DNA. Seda sellepärast et DNA on stabiilsem. RNA on genoomiks osadel viirustel (nt HIV on retroviirus, kelle genoomiks on ssRNA, mille pöördtranskriptaas sünteesib DNA) 42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni. 1928 näitas Griffith bakteri S.Pneumoniae transformatsiooni – DNA kandumist väliskeskkonnast bakterirakku. IIR tüüpi kapslita rakud – ei ole virulentsed. Väikesed karedapinnalised kolooniad. IIIS tüüpi limakapsliga rakud – on virulentsed. Suured siledapinnalised kolooniad. Limakapsel takistab peremeesorganismil bakterit hävitamast.
annaabi.ee 
